特雷娜

doi：10.18129/b9.bioc.trena

这是发展Trena的版本；对于稳定版本，请参阅特雷娜。

使用基因表达，先验，机器学习拟合转录调节网络

生物导体版本：开发（3.16）

重建转录调节网络的方法，尤其是在全基因组TF结合位点信息的物种中。

作者：seth ament

维护者：Paul Shannon

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ trena”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Trena”）

html	R脚本	Trena简要介绍
html		案例研究四：红蛋白中GATA2的新型调节剂？
html		案例研究一：在块状RNA-seq中，GATA1对NFE2的已知调节
html		案例研究三：GATA1在散装RNA-Seq中复制NFE2的已知调节
html		案例研究两个在Erytrhop RNA-Seq中通过GATA1对NFE2的已知调节
html	R脚本	探索输出控件
html	R脚本	小插图示例
html	R脚本	TRENA：基因调控的计算预测
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	特征提取，，，，基因表达，，，，结肠管制，，，，网络引导，，，，回归，，，，软件，，，，系统生物学，，，，转录
版本	1.19.0
在生物导体中	Bioc 3.6（R-3.4）（4。5年）
执照	GPL-3
要看	r（> = 3.5.0），utils，Glmnet（> = 2.0.3），主题（> = 1.19.17）
进口	rsqlite，，，，rmysql，，，，拉索夫，，，，Randomforest，vbsr，xgboost，，，，rpostgresql， 方法，DBI，，，，BSGENOME，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10，snplocs.hsapiens.dbsnp150.grch38，org.hs.hs.eg.db，，org.hs.eg.db，，，生物弦，，，，基因组机，，，，Biomart，，，，AnnotationDbi，，，，WGCNA
链接
建议	运行，，，，plyr，，，，尼特，，，，生物基因，，，，rmarkDown，，，，格式，，，，降价，，，，生物比较，bsgenome.scerevisiae.ucsc.saccer3，bsgenome.athaliana.tair.tair9
系统要求
增强
URL	https://pricelab.github.io/trena/
BugReports	https://github.com/pricelab/trena/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	trena_1.19.0.tar.gz
Windows二进制	trena_1.19.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	trena_1.19.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/trena
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/trena
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/trena/
软件包下载报告	下载统计