girafe

doi：10.18129/b9.bioc.girafe

这是发展Girafe的版本；对于稳定版本，请参阅girafe。

基因组间隔和读取功能探索的比对

生物导体版本：开发（3.16）

软件包“ Girafe”处理了下一代测序数据的对齐读取的基因组级表示。它包含一个对象类，以启用具有对齐读取和功能的基因组间隔的详细描述，可与此类间隔和对齐的读取进行比较，可视化，导出和工作。因此，软件包与Shortread，Iranges和GenomeIntervals的软件包之间的链接进行交互并提供了链接。

作者：乔恩·托德林（Joern Toedling

维护者：J。Toedling

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ girafe”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Girafe”）

PDF	R脚本	基因组间隔和读取功能探索的比对
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	测序，，，，软件
版本	1.49.0
在生物导体中	Bioc 2.6（R-2.11）（12年）
执照	艺术2.0
要看	R（> = 2.10.0），方法，生物基因（> = 0.13.8），S4VECTORS（> = 0.17.25），rsamtools（> = 1.31.2），间隔（> = 0.13.1），Shortread（> = 1.37.1），基因组合（> = 1.25.1），网格
进口	方法，生物酶，，，，生物弦（> = 2.47.6），图形，grdevices，stats，utils，iranges（> = 2.13.12）
链接
建议	大量的，，，，org.mm.eg.db，，，，rcolorbrewer
系统要求
增强	基因组合
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	girafe_1.49.0.tar.gz
Windows二进制	girafe_1.49.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	girafe_1.49.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/girafe
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/girafe
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/girafe/
软件包下载报告	下载统计