packFinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.packFinder

这是发展packFinder的版本;稳定版请参见packFinder。

包型可转位元素的从头注释

Bioconductor版本:开发(3.16)

硅封装转座子发现的算法和工具。过滤给定的基因组中DNA转座子特有的属性，并为返回匹配的调查提供工具。序列以DNAString格式输入，范围以数据帧的形式返回(格式由as.dataframe(GRanges)返回)。

作者:杰克·吉斯比[aut, cre]，马尔科·卡托尼[au]

维护者:Jack Gisby

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("packFinder")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“packFinder”)

超文本标记语言	R脚本	packFinder
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，遗传学，SequenceMatching，软件
版本	1.9.0
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(2年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 4.0.0)
进口	Biostrings，GenomicRanges，公里，猿、方法、IRanges，S4Vectors
链接
建议	biomartr，knitr，rmarkdown，testthat，dendextend，biocViews，BiocCheck，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jackgisby/packFinder
BugReports	https://github.com/jackgisby/packFinder/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	packFinder_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	packFinder_1.9.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	packFinder_1.9.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/packFinder
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/packFinder
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/packFinder/
软件包下载报告	下载数据