Meskit

doi：10.18129/b9.bioc.meskit

这是发展Meskit的版本；对于稳定版本，请参阅Meskit。

通过体细胞改变从多区域衍生的肿瘤活检中剖析癌症进化的工具套件

生物导体版本：开发（3.16）

Meskit基于多区域测序（MRS）生成的突变数据提供了常用的分析和可视化模块。该软件包允许描述突变曲线，测量来自同一患者的肿瘤内或之间的异质性，跟踪进化动力学，并表征不同水平上的突变模式。还开发了闪亮的应用，以进行基于GUI的分析。作为一种方便的工具，Meskit可以促进对肿瘤异质性的解释以及MRS研究中区域之间进化关系的理解。

作者：Mengni Liu [AUT，CRE]，Jianyu Chen [AUT，CTB]，Xin Wang [AUT，CTB]

维护者：liu

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ meskit”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Meskit”）

html	R脚本	分析和可视化多区域全外观测序数据
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	软件
版本	1.7.0
在生物导体中	Bioc 3.12（R-4.0）（1。5年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 4.0.0）
进口	方法，Data.Table，，，，生物弦，，，，dplyr，，，，花花公子（> = 1.0.0），猿（> = 5.4.1），Ggrepel，，，，pracma，，，，Ggridges，，，，AnnotationDbi，，，，iranges，，，，循环，，，，牛仔图，，，，mclust，，，，Phangorn，，，，复杂的图像（> = 1.9.3），GGPLOT2，，，，rcolorbrewer，grdevices，统计，utils，S4VECTORS
链接
建议	闪亮的，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19（> = 1.4.0），org.hs.eg.db，，，，clusterProfiler，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	meskit_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	meskit_1.7.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	meskit_1.7.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/meskit
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/meskit
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/meskit/
软件包下载报告	下载统计