AnnotationForge

DOI:10.18129 / B9.bioc.AnnotationForge

这是发展注释forge的版本;稳定版请参见AnnotationForge．

用于构建基于sqlite的注释数据包的工具

Bioconductor版本:开发(3.16)

提供用于生成Annotation包及其数据库的代码。生成的包将与AnnotationDbi一起使用。

作者:Marc Carlson, Hervé Pagès

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("AnnotationForge")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“AnnotationForge”)

PDF	R脚本	AnnotationForge:为自定义标注资源创建选择接口
PDF	R脚本	创建探测包
超文本标记语言	R脚本	制造新的生物包装
PDF	R脚本	SQLForge:使用标准数据库模式创建新注释包的简单方法。
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，基础设施，软件
版本	1.39.0
在Bioconductor	BioC 2.11 (R-2.15)(9.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.5.0)，方法，utils，BiocGenerics(> = 0.15.10),Biobase(> = 1.17.0),AnnotationDbi(> = 1.33.14)
进口	DBI，RSQLite，XML，S4Vectors，RCurl
链接
建议	biomaRt，httr，GenomeInfoDb(> = 1.17.1),Biostrings，affy，hgu95av2.db，human.db0，org.Hs.eg.db，Homo.sapiens，GO.db，减价，BiocStyle，knitr，BiocManager，BiocFileCache
SystemRequirements
增强了
URL	//www.andersvercelli.com/packages/AnnotationForge
BugReports	https://github.com/Bioconductor/AnnotationForge/issues
全靠我
进口我	AnnotationHubData，GGHumanMethCancerPanelv1.db，GOstats，ViSEAGO
建议我	AnnotationDbi，AnnotationHub
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	AnnotationForge_1.39.0.tar.gz
Windows二进制	AnnotationForge_1.39.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	AnnotationForge_1.39.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AnnotationForge
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/AnnotationForge
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/AnnotationForge/
软件包下载报告	下载数据