Medips

doi：10.18129/b9.bioc.medips

这是发展Medips的版本；对于稳定版本，请参阅Medips。

DNA IP-seq数据分析

生物导体版本：开发（3.16）

开发了MEDIP，用于分析源自甲基化DNA免疫沉淀（MEDIP）实验的数据，然后进行测序（MEDIP-SEQ）。但是，MEDIP提供了分析任何定量测序数据（例如chip-seq，mbd-seq，cms-seq等）的功能，包括计算样品组和饱和度和相关分析之间的差异覆盖率。

作者：Lukas Chavez，Matthias Lienhard，Joern Dietrich，Isaac Lopez Moyado

维护者：卢卡斯·查韦斯（Lukas Chavez）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ medips”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Medips”）

PDF	R脚本	Medips
PDF		参考手册

细节

生物浏览	chipseq，，，，库务，，，，覆盖范围，，，，CPGISLAND，，，，DNAMETHYLATY，，，，差异性，，，，遗传学，，，，基因数，，，，微阵列，，，，预处理，，，，QualityControl，，，，测序，，，，测序，，，，软件，，，，可视化
版本	1.49.0
在生物导体中	Bioc 2.7（R-2.12）（11。5年）
执照	GPL（> = 2）
要看	r（> = 3.0），BSGENOME，，，，rsamtools
进口	基因组机，，，，生物弦，图形，gtools，，，，iranges，方法，统计，utils，EDGER，，，，DNACOPIGY，，，，Biomart，，，，rtracklayer，，，，预处理
链接
建议	bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，Medipsdata，，，，生物使用
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Medips_1.49.0.tar.gz
Windows二进制	medips_1.49.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	Medips_1.49.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/medips
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/medips
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/medips/
软件包下载报告	下载统计