2021年10月27日

Bioconductors:

我们很高兴地宣布Bioconductor 3.14，由2083个软件包、408个实验数据包、904个注释包、29个工作流和8本书组成。

有89个新的软件包，13个新的数据实验包，10个新的注释包，1个新的工作流，没有新书，对现有软件包进行了许多更新和改进;Bioconductor 3.14兼容r4.1.1，支持Linux、32位和64位Windows以及Intel 64位macOS 10.13 (High Sierra)或更高版本。我们目前不支持arm64，因此希望安装Bioconductor Mac二进制包的arm64 Mac用户必须安装CRAN上可用的Intel 64位R版本。该版本将包括更新的Bioconductor码头工人的容器．

感谢大家对Bioconductor做出的贡献

访问2021年欧洲杯 有关详细信息和下载。

在我们3.14发布过程中，Bioconductor使用Microsoft Azure vm作为我们软件包分支过程的关键部分。通过我们与微软基因组学团队的合作，Bioconductor可以使用这些vm。

内容

• Bioconductor 3.14入门
• 新的软件包
• 新的数据实验包
• 新的注释包
• 新的工作流程
• 新书
• 来自新的和现有软件包的新闻
• 新闻从新的和现有的数据实验包
• 来自新的和现有工作流的新闻
• 已弃用和失效的包

Bioconductor 3.14入门

更新或安装Bioconductor 3.14:

1. 安装以下4.4.1 R。Bioconductor 3.14是专门为R。

2. 按照以下的说明操作2021年欧洲杯比分预测 ．

新的软件包

在这个版本的Bioconductor中有89个新软件包。

• atena通过ERVmap、TEtranscripts和Telescope等不同方法对RNA-seq数据中的转座元件(TEs)进行量化表达。提供了一个公共接口来使用这些方法，该接口包括构建一个参数对象，使用该对象调用量化函数，并获得一个summarizeexperiment对象作为量化表达式概要文件的输出容器。该实现允许人们以综合的方式量化TEs和基因转录本。

• benchdamic从一个微生物组数据集(具有绝对计数值的16S或WMS)开始，可以执行几项分析来评估许多差分丰度检测方法的性能。提供了主要差异丰度分析方法的基本和标准化版本，但用户也可以将自己的方法添加到基准测试中。分析主要集中在4个方面:i)每种方法的分布假设对观测计数数据的拟合优度，ii)控制错误发现率的能力，iii)方法内部和之间的一致性，iv)发现的真实性(如果已知任何先验知识)。有几个图形函数可用于结果可视化。

• BindingSiteFinder准确了解rna结合蛋白(RBP)的结合位点是理解(后)转录调控过程的关键。在这里，我们提出一个工作流，描述如何从iCLIP数据定义精确的绑定站点。该包提供了绑定站点定义和结果可视化的功能。详情请见插图。

• biodbChebibiodbChebi库使用biodb包框架提供对ChEBI数据库的访问。它允许通过登录号检索条目。可以通过名称、质量或其他字段访问Web服务来搜索数据库。

• biodbHmdbbiodbHmdb库是biodb框架包的扩展，提供了对HMDB Metabolites数据库的访问。它允许在本地下载整个HMDB代谢物数据库，访问条目并按名称或描述搜索条目。这个包的未来版本还将包括质量搜索和质谱注释。

• biodbKeggbiodbKegg库是biodb框架包的扩展，提供了对KEGG数据库化合物，酶，基因，模块，正交学和反应的访问。它允许通过登录号检索条目。像“find”、“list”和“findExactMass”这样的Web服务也可以使用。一些沿着路径导航的功能也实现了。

• biodbLipidmaps使用biodb包框架，biodbLipidmaps库提供了对Lipidmaps结构数据库的访问。它允许通过登录号检索条目，并运行web服务lmsdSearch和lmsdRecord。

• biodbUniprotbiodbuuniprot库是biodb框架包的扩展。它提供对UniProt数据库的访问。它允许根据条目的登录号检索条目，并运行web服务查询来搜索条目。

• BioPlexBioPlex包实现了从r内部访问BioPlex蛋白-蛋白相互作用网络和相关资源的功能，除了HEK293和HCT116细胞的蛋白-蛋白相互作用网络外，还包括访问CORUM蛋白复合体数据，以及这两个细胞系的转录组和蛋白质组数据。功能着重于导入各种数据资源，并将它们存储在专用的Bioconductor数据结构中，作为数据集成下游分析的基础。

• bugsigdbrbugsigdbr包实现了从R/Bioconductor内部对bugsigdb.org的方便访问。该包的目标是促进BugSigDB数据导入到R/Bioconductor，提供提取微生物签名的实用程序，并支持将提取的签名导出到标准文件格式(如GMT)的纯文本文件。

• BUSseqBUSseq R包适合一个可解释的贝叶斯层次模型——scRNA seq数据未知亚型的批处理效应校正(BUSseq)——在未知细胞类型存在时校正批处理效应。BUSseq能够同时纠正批处理效应，聚类细胞类型，并照顾计数数据性质，过度分散，退出事件，以及scRNA-seq数据的细胞特异性测序深度。在用BUSseq校正批处理效果后，校正后的值可以用于下游分析，就像所有细胞都在单个批处理中排序一样。BUSseq可以整合从不同scRNA-seq平台获得的读取计数矩阵，并允许在一些但不是所有批次中测量细胞类型，只要实验设计满足我们手稿中列出的条件。

• cageminer该软件包旨在整合gwas衍生的snp和共表达网络，以挖掘与特定表型相关的候选基因。为此，用户必须定义一组指导基因，这是与所研究的表现型有关的已知基因。此外，可以给挖掘的候选对象一个分数，以支持枢纽和/或转录因子的候选对象。这些分数可以用来对下游实验中最有前途的n个基因进行排名和选择。

• CellBarcode这个包执行细胞DNA条形码(遗传谱系追踪)分析。该软件包可以处理所有类型的DNA条形码，只要在单个测序中的条形码读取，并具有可以用正则表达式匹配的模式。这个包可以处理具有灵活长度的条形码，有或没有UMI(唯一分子标识符)。该工具还可用于一些扩增子数据的预处理，如CRISPR gRNA筛选、免疫组测序和元基因组数据。

• Cepo定义细胞的特性是理解细胞对各种环境信号和扰动的异质性的基础。我们提出了Cepo，一种从单细胞rna测序数据中探索细胞身份的新方法，使用差异稳定性作为定义细胞身份基因的新指标。Cepo计算与差异稳定基因表达相关的细胞类型特异性基因统计。

• cfDNAProcfDNA片段大小指标是利用液体活检在肿瘤早期检测、诊断、个性化治疗和监测的重要特征。分析和可视化插入大小指标可能需要大量时间。这个包旨在简化这个探索过程，它提供了两组用于数据描述和数据可视化的函数。

• cliProfiler一种可视化和分析高吞吐量IP数据的简单而快速的方法。这个包生成元基因配置文件和其他配置文件。这些剖面可以为理解IP实验结果提供有价值的信息。

• 我思生物学研究通常包括多种条件，用不同的实验室设置进行检查，如rna测序或芯片测序。为了获得整个结果数据集的概述，Cogito提供了一个关于所有样本和所有不同样本之间的基本比较的自动、完整、可重复和清晰的报告。该报告可以用作数据集的文档，也可以作为进一步自定义分析的起点。

• csdR这个包包含在两种不同条件下运行差异基因共表达的功能。该算法受到Voigt等人的启发，发现了保守、特异和分化的基因(因此得名CSD)。该软件包包括通过自举和Welford算法进行的高效和方差计算。

• CyTOFpower这个包是一个在微分状态分析环境中预测CyTOF实验能力的工具。该软件包提供了一个闪亮的应用程序，有两个选项来预测实验的威力:i.生成sicilico CyTOF数据，使用用户输入;在已预先计算功率的参数网格中浏览。

• cytoKernelcytoKernel实现了一个基于内核的评分测试，以识别高维生物实验中的差异表达特征。这种方法可以应用于许多不同的高维生物数据，包括基因表达数据和基于维数简化细胞术的标记物表达数据。在这个R包中，我们实现了计算特征相关的p值及其相应调整后的p值的函数。此外，它还计算了各特征的收缩效应大小及其对应的收缩效应大小。此外，它计算差异表达特征的百分比，并绘制了行上的顶部差异表达特征和列上的样本的用户友好的热图。

• deconvR这个包提供了一个函数集合，设计用于使用参考组学特征配置文件的图谱和用户选择的模型分析大量样本的反褶积。用户可以选择创建或扩展参考图谱，还可以模拟参考单元格类型的批量签名配置文件的所需大小。该包包括细胞类型特异性甲基化图谱和Illumina Epic B5探针id，可用于反褶积。此外，我们还包含了BSmeth2Probe，以便更容易地将WGBS数据映射到它们的探测id。

• DelayedTensorDelayedTensor直接对DelayedArray对象进行张量运算。DelayedTensor提供了一些与张量算术/分解相关的泛型函数，并将其分派到DelayedArray类上。DelayedTensor也支持通过einsum函数进行张量收缩，这是受到numpy einsum函数的启发。

• 恐龙Dino规范化单细胞mRNA测序数据，以纠正技术变化，特别是测序深度，在下游分析之前。该方法生成一个校正表达式矩阵，其排序深度与归一化表达式的完整分布之间的依赖性;许多现有的方法旨在消除排序深度和归一化表达式的平均值之间的依赖性。这在高度稀疏数据集的背景下特别有用，例如由10X基因组学和其他基于惟一分子识别器(UMI)的微流体协议产生的数据，对于这些数据，原始表达数据中与深度相关的零比例可能会带来挑战。

• dStructdStruct从RNA结构分析数据中识别差异反应区域。dStruct与广泛的结构分析技术兼容，例如:SHAPE-MaP、DMS-MaPseq、Structure-Seq、SHAPE-Seq等。参见Choudhary等人，基因组生物学，2019年的基本方法。

• 更容易该软件包为使用更简单的工具提供了工作流程，开发用于评估患者对ICB疗法的反应可能性，只提供患者的RNA-seq数据作为输入。我们整合RNA-seq数据与不同类型的先验知识，从几个角度提取肿瘤微环境的定量描述子，包括免疫组的组成，细胞内和细胞外通信的活性。然后，我们使用在TCGA数据中训练的多任务机器学习来确定这些描述符如何同时预测抗癌免疫反应的几个最先进的特征。通过这种方式，我们得到了癌症特异性模型，并确定了免疫反应的癌症特异性系统生物标志物。这些生物标志物已经在文献中进行了实验验证，easy预测的性能已经通过四种不同癌症类型的独立数据集进行了验证，这些患者接受了抗pd1或抗pdl1治疗。

• enhancerHomologSearch通过H3K4me1峰得到增强子区域的ENCODE数据，并搜索给定序列的同源区域。增强子同源区域的候选区域可以通过与目标TSS的距离进行筛选。来自人类和老鼠的最佳候选基因将彼此对齐，然后使用给定的增强子导出为多个对齐。

• epistackepistack包的主要目标是以感兴趣的基因组区域为中心的基因组轨迹堆栈(如，但不限于ChIP-seq, ATAC-seq, DNA甲基化或基因组保存数据)的可视化。

• FindIT2这个包实现了基于不同输入类型查找有影响的TF和目标的函数。它有五个模块:多峰多基因标记(mmPeakAnno模块)、调节电位计算(calcRP模块)、基于ChIP-Seq和RNA-Seq数据查找影响目标(查找影响目标模块)、基于不同输入查找影响因子(查找影响因子模块)、峰-基因或峰-峰相关性计算(peakGeneCor模块)。还有一些其他有用的功能，比如整合不同的源信息，计算TF的jaccard相似度。

• 火焰从批量和单细胞长读RNA-seq数据中进行半监督亚型检测和注释。Flames提供了分析异构体的自动化管道，以及手动执行的中间功能。

• genomicInstability这个包包含从scRNA-Seq数据运行基因组不稳定性分析(GIA)的函数。GIA估计基因表达和编码基因的基因组位置之间的联系。它使用aREA算法来量化基因表达谱上相邻基因集(位点块)的富集程度，并估计每个被分析细胞的基因组不稳定性评分(GIS)。

• GeoDiff使用计数生成分布对GeoMx RNA数据进行背景建模、特征和样本QC、归一化和差异表达分析的一系列统计模型。通过实例数据分析说明了这些方法的应用。

• GEOexplorerGEOexplorer是一款Shiny应用程序，能够对GEO数据库中保存的基因表达数据集进行探索性数据分析和基因表达分析的差异基因表达。输出是交互式图形，使用户能够探索分析结果。GEOexplorer的开发之所以成为可能，是因为GEO2R提供了优秀的代码(https: //www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/)。

• ggmsa一个用于多序列比对和相关数据的可视化勘探工具。使用“ggplot2”支持DNA、RNA和蛋白质序列的MSA。多序列比对可以很容易地与其他“ggplot2”图结合，如“ggtree”可视化的系统发育树、箱线图、基因组图等。更多功能:序列标识的可视化，序列束，RNA二级结构和检测序列重组。

• ggspavis以SpatialExperiment格式存储的转录组学数据集的空间解析可视化功能。包括从基于斑点(例如10x Genomics Visium)和基于分子(例如seqFISH)的技术平台为数据创建几种类型的图的功能。

• HPiP宿主-病原体相互作用预测(HPiP)使用集成学习算法预测宿主-病原体蛋白质-蛋白质相互作用(HP-PPIs)，使用从宿主和病原体蛋白质的氨基酸组成计算的结构和物理化学描述符。该方案能有效解决HP-PPI网络重建中数据短缺和数据不可用的问题。此外，在这方面建立计算框架将揭示对传染病的机制见解，并提出潜在的HP-PPI靶点，从而缩小后续湿实验室实验验证的可能候选范围。

• imcRtools这个R包支持处理和分析成像细胞术和其他高度复用的成像数据。主要功能包括在图像分割和测量后读取单单元数据，数据格式化以执行通道溢出校正和许多空间分析方法。首先，通过构建空间图来检测细胞与细胞之间的相互作用;这些图可以用细胞表示节点，相互作用表示边来可视化。此外，每个细胞，它的直接邻居被总结以允许空间聚类。每个图像/分组级别，计算不同类型细胞之间的相互作用，取平均值并与随机排列进行比较。通过这种方式，我们可以检测到，与偶然情况相比，相互作用更多(吸引)或更少(回避)的细胞类型。

• iPathiPath是Bioconductor软件包，用于计算个性化路径评分并测试与生存结果的相关性。丰富的单基因生物标志物已被鉴定并应用于临床。然而，数百个癌基因或肿瘤抑制基因参与了肿瘤的发生过程。我们相信预先定义的通路或基因集的个体水平表达模式是比单一基因更好的生物标志物。在本研究中，我们设计了一种名为iPath的计算方法来识别预后生物标志物通路，每次一个样本。为了测试它的实用性，我们对来自癌症基因组图谱的14种癌症类型进行了泛癌症分析，并证明iPath能够识别临床结果的高度预测性生物标志物，包括总生存率、肿瘤亚型和肿瘤分期分类。我们发现，基于通路的生物标志物比单一基因更健壮和有效。

• m6Aboost这个包可以帮助用户在自己的miCLIP2数据上运行m6Aboost模型。该包包含分配读取计数的函数和获取运行m6Aboost模型的特性的函数。miCLIP2数据应该存储在grange对象中。更多的细节可以在小插图中找到。

• 梅在代谢组学中输入缺失数据的两步方法。步骤1使用随机森林分类器将缺失值分类为完全随机缺失/随机缺失(MCAR/MAR)或非随机缺失(MNAR)。MCAR/MAR之所以合并，是因为在代谢组学数据中往往很难区分这两种缺失类型。步骤2根据分类缺失机制，采用合适的缺失算法对缺失值进行插值。对MCAR/MAR测试和可用的Imputation算法包括贝叶斯主成分分析(BPCA)，多重Imputation无跳过k最近邻(Multi_nsKNN)和随机森林。用于MNAR的已测试和可用的Imputation算法包括nsKNN和用于存在左截尾的代谢物的单一Imputation方法。

• metapone该包从非靶向代谢组学数据进行通路测试。它要求用户提供来自病例对照测试、回归或其他适合研究设计的特征级测试的特征级测试结果。根据代谢特征可能匹配的代谢物的数量，给它们赋予权重。该包可以结合路径测试中的阳性和阴性模式结果。

• methylclock这个程序包允许使用不同的甲基化时钟来估计年代和妊娠DNA甲基化(DNAm)年龄以及生物年龄。按时间排列的DNAm年龄(以年为单位):Horvath的时钟，Hannum的时钟，BNN, Horvath的皮肤+血液时钟，PedBE时钟和Wu的时钟。妊娠DNAm年龄:奈特时钟，波林时钟，梅恩时钟和李氏时钟。生物学上的DNAm时钟:莱文时钟和端粒长度时钟。

• miaSim用广义Lotka-Volterra模型、自组织不稳定性(SOI)等模型模拟微生物组时间序列。利用哈贝尔中性模型确定丰度矩阵。得到的丰度矩阵应用于summarizeexperiment或treesummarizeexperiment对象。

• microbiomeMarker迄今为止，人们已经开发了许多基于宏基因组图谱的微生物组标记物发现方法，如LEfSe。然而，所有这些方法都有自己的优点和缺点，没有一个被认为是标准的或通用的。此外，不同的程序或软件可能使用不同的编程语言开发，甚至在不同的操作系统中。在这里，我们开发了一个多功能的R包microbiomeMarker，它集成了常用的差分分析方法和三种基于机器学习的方法，包括Logistic回归、随机森林和支持向量机，以促进微生物组标记的识别。

• MicrobiomeProfiler这是一个R/shiny包，用于对微生物组数据进行功能富集分析。这个包基于clusterProfiler。此外，MicrobiomeProfiler支持KEGG富集分析，COG富集分析，微生物-疾病关联富集分析，代谢途径分析。

• mitoClone2这个包主要从BAM对齐文件中识别线粒体基因组的变体。它过滤这些变异以去除RNA编辑事件，然后估计它们的进化关系(即它们的系统发育树)，并将单细胞分组为克隆。它还可以可视化突变，并提供额外的基因组背景。

• 蒙娜丽莎在基因组数据分析中处理序列基序的有用函数。这些方法包括用预测的基序命中来注释基因组区域或序列，以及识别驱动可及性或表达中观察到的变化的基序。还提供了用于生成所获得结果的信息可视化的函数。

• mosbi这个包是一个实现的双聚类集成方法MoSBi(分子签名识别从双聚类)。MoSBi为聚类结果提供了标准化的接口，并可以将其结果与多算法集成方法相结合，在分子组学数据上计算稳健的聚类聚类。这是通过计算双聚类的相似网络和使用自定义错误模型过滤重叠来实现的。然后，利用louvain模块化从相似网络中提取双聚类群落，然后将其转化为集合双聚类。此外，MoSBi包括一些网络可视化方法，以提供直观和可扩展的结果概述。MoSBi带有几种聚类算法，但可以很容易地扩展到新的聚类算法。

• MsBackendRawFileReader使用Thermo Fisher Scientific的NewRawFileReader . net库实现了光谱包的MsBackend。该包是一般化的功能引入了rawrr包(Kockmann T. et al. (2020) )在此包中定义的方法应该扩展光谱生物导体包。

• MSstatsLiPLiP肽和蛋白质显著性分析工具。提供了一些功能，用于总结、估计LiP肽的丰度，以及检测不同条件下的变化。利用跨MSstats包族的功能。

• 纳米管NanoTube包含处理、质量控制、分析和NanoString nCounter数据可视化的功能。分析功能包括差异分析和基因集分析方法，以及有助于理解结果的后处理步骤。附加功能包括与其他Bioconductor NanoString数据分析包的互操作性。

• netOmicsnetOmics是一个多组学网络构建器和浏览器。它结合了网络推理算法和基于知识的图来构建多层网络。该软件包可以与时间组学相结合，以合并时间过程表达数据，并从多组学动力学集群构建子网络。最后，从生成的多组学网络中，传播分析允许识别缺失的生物功能(1)、多组学机制(2)和运动簇之间的分子(3)。这有助于解决复杂的调节机制。

• NeuCANeuCA是一种基于神经网络的scRNA-seq数据标注方法。它可以根据单元格类型的相关性自动调整分类策略，以准确地注释单元格。NeuCA可以通过分层树自动利用单元格类型的结构信息，提高标注精度。当数据包含密切相关的单元格类型时，它尤其有用。

• nullranges用于生成表示零假设的范围集的模块包。这些可以采取范围的自举样本的形式(使用Bickel等人2010年的块自举框架)，或者跨一个或多个协变量匹配的控制范围集。nullranges被设计成可与其他包互操作，用于基因组重叠富集分析，包括plyranges Bioconductor包。

• NxtIRFcore交互式分析RNA-seq数据中的内含子保留和可选剪接事件(ASE)。NxtIRF使用一个拼接感知的对齐器(如STAR)对与基因组对齐的BAM文件中的ASE事件进行量化。核心量化算法依赖于通过Rcpp移植的IRFinder/ c++引擎，以实现多平台兼容性。此外，NxtIRF为下游分析和可发布的可视化工具提供了方便的管道。

• 奥得河ODER的目的是利用rna测序数据识别先前未注释的表达区域(ERs)。为此，ODER定义并优化ERs的定义，然后使用连接数据将这些ERs连接到基因。通过这种方式，ODER改进了基因注释。基因注释是许多生物信息管道的主要输入，更完整的基因注释可以更准确地解释疾病相关的变异。

• orthogeneorthogene是一个R包，便于在数百个物种中定位同源基因。它从700多个生物体中提取最新的物种间基因同源图。它还提供各种实用函数，将公共对象(例如数据帧、基因表达矩阵、列表)映射到任何其他物种的1:1基因正交图上。

• pairkatPaIRKAT是评估代谢产物网络(途径)和感兴趣的结果(表型)之间的统计关系的模型框架。PaIRKAT查询KEGG数据库以确定代谢物之间的相互作用，从而构建网络连接。该模型框架通过在核机回归设置中包含图的地形，提高了对高维数据的测试能力。对高维数据的研究很难包含变量之间的复杂关系。半参数核机器回归模型是捕获这些类型关系的强大工具。它们为测试感兴趣的结果和高维数据(如代谢组、基因组或蛋白质组途径)之间的关系提供了一个框架。PaIRKAT利用高维变量之间已知的生物连接，将它们表示为“图”或“网络”的边。“节点(如代谢物)与图中所有其他节点断开是很常见的，这导致不管图中是否包含信息，测试能力都显著下降。”我们包含了一个图形正则化或“平滑”方法来管理这个问题。

• pengls结合nlme包中的广义最小二乘方法处理自相关问题和glmnet包中的惩罚最小二乘方法处理高维数问题。这个pengls包通过迭代循环将它们粘在一起。该方法适用于具有自相关性的高维数据集，如空间或时间数据。

• plotgardenerR.基于坐标的基因组可视化包，它使用户能够以编程方式生成复杂的、多面板的图形。为基因组学量身定制，plotgardener允许用户可视化大型复杂的基因组数据集，并提供对如何放置和安排在页面上的图形的精细控制。

• ProteoDiscoProteoDisco是一个R包，用于促进蛋白质基因组学研究。它的功能是根据用户提交的基因组变体、拼接连接、融合基因和手动转录本序列创建定制的(突变)蛋白质数据库。灵活的工作流程可以用来适应无数的研究和实验设置。

• rGenomeTrackspyGenomeTracks是一个python软件，提供了强大的方法来可视化表观遗传数据文件，如窄峰，Hic矩阵，TADs和弧，然而，虽然，这里是目前没有办法在R交互会话中使用它。rGenomeTracks用附加的实用程序包装了pyGenomeTracks的整个功能，使R用户更愉快。

• RiboCrypt用于交互式可视化和浏览NGS数据的R包。它包含一个用于转录本和基因组坐标视图的浏览器。此外，还包括QC图和一般元图，以及差异翻译图和基因表达图。该软件包仍在开发中。

• RLSeqRLSeq是一个用于分析和评估R-loop映射数据集的工具包。RLSeq有两个主要目的:(1)促进数据集质量的评估(2)支持在RLBase公开可用的数据集中进行R-loop分析。该包旨在提供一个简单的管道，称为RLSeq ()函数，它执行所有的主要分析。单个功能也可访问，并提供自定义分析功能。最后生成一个HTML报告报告()．

• rmspcrmspc包使用r运行MSPC(多样本峰值调用)软件。对ChIP-seq样本的分析输出许多富集区域(通常称为“峰值”)，每个区域表示蛋白质- dna相互作用或特定的染色质修饰。在分析重复样品时，预期会出现重叠峰。因此，这种重复的证据可以用于局部降低接受峰值所需的最小显著性。MSPC使用来自重复实验的综合证据来评估峰值调用输出，挽救峰值，减少误报。它以任意数量的重复作为输入，提高了对每个重复的峰值调用的灵敏度和特异性，并识别输入样本之间的一致性区域。

• scanMiR一套用于使用miRNA亲和模型(KdModels)的工具，有效地扫描miRNA结合位点，并预测靶抑制。它支持使用miRNA种子、完整的miRNA序列(支持3 '对齐)和KdModels进行扫描，并包括切片和TDMD位点的预测。最后，它包括实用功能和绘图功能(例如mirna -目标对齐的可视化表示)。

• scanMiRApp一个闪亮的界面到scanMiR包。该应用程序能够扫描转录本和miRNA结合位点的自定义序列，KdModels和结合结果的可视化，以及浏览预测抑制数据。此外，还包含IndexedFst类，用于对大型基因组范围或数据帧进行快速索引阅读，以及一些实用程序，用于促进扫描和识别丰富的mirna -目标对。

• scAnnotatR该软件包包括一套预先训练的机器学习模型，用来预测基本的免疫细胞类型。这使得所有用户都可以快速获得数据集中单元格类型的第一个注释，而不需要事先了解。scAnnotatR还允许用户根据特定的研究需求训练自己的模型来预测新的细胞类型。

• scatterHatch这个程序包的目标是有效地创建散点图，在散点图中可以通过颜色和纹理区分组。计算生物学中的可视化往往有许多组，这使得仅凭颜色很难区分组。因此，这个包有助于增加那些有视觉障碍(如色盲)的人对散点图可视化的可访问性。

• scReClassify一个事后的单元格类型分类工具，使用半监督学习算法AdaSampling技术对任何单元格类型分类过程生成的单元格类型注释进行微调。当前版本的screclassification支持支持向量机和随机森林作为基本分类器。

• scShapes我们提出了一种新的统计框架，通过使用广义线性模型(GLMs)建模基因表达读取计数，来识别处理条件之间单细胞rna测序(scRNA-seq)数据的差异分布。我们使用误差分布泊松(P)、负二项(NB)、零膨胀泊松(ZIP)和零膨胀负二项(ZINB)在不同处理条件下对每个基因进行独立建模，并使用对数链接函数和基于模型的归一化方法对测序深度的差异进行校正。由于在我们的框架中考虑的所有四个分布都属于同一个分布家族，我们首先执行Kolmogorov-Smirnov (KS)检验来选择属于ZINB分布家族的基因。通过KS测试的基因将使用glm进行建模。模型的选择是通过计算贝叶斯信息准则(BIC)和似然比检验(LRT)统计量来完成的。

• scTreeVizscTreeViz提供类来支持交互式数据聚合和单细胞RNA-seq数据集的可视化，这些数据集具有不同分辨率的细胞集群等层次结构。的TreeIndex类提供了管理层次结构的方法，并在给定分辨率或跨分辨率拆分树。的TreeViz类继承了SummarizedExperiment并且可以对集群定义的计数矩阵执行快速聚合。

• 裂殖体染色质分割分析将ChIP-seq数据转化为基因组信号。后者用多元马尔可夫模型表示观察到的状态，以预测染色质的潜在状态。用Java编写的ChromHMM集成了组蛋白修饰数据集来从头学习染色质状态。这个包的目标是从R中调用chromHMM，捕获S4对象中的输出文件和其他相关Bioconductor分析工具的接口。此外，分段器还提供了测试、选择和可视化分段输出的功能。

• 麻雀为来自不同生物导体包的各种GSEA技术提供统一的接口。结果被统一到一个对象中，可以统一查询，以便快速探索和解释结果。GSEA结果的交互式探索是通过麻雀提供的一个闪亮的应用程序实现的。闪亮的兄弟姐妹包。

• spatialDESpatialDE是一种从空间转录组数据中寻找空间可变基因(SVG)的方法。这个包提供了在R中使用Python SpatialDE库的包装器，使用了reticulate和basilisk。

• spatzie识别从增强子-启动子相互作用数据中显著共富集的基序。虽然增强子-启动子注释通常用于定义交互锚的组，但spatzie还支持预处理交互锚之间的共富集分析。支持来自全基因组分析的BEDPE相互作用数据，如HiC, cia - pet和HiChIP。也可以用来寻找两个相互作用实验之间的差异丰富母题对。

• 有尖刺的spiky实现了cfMeDIP(无细胞甲基化DNA免疫沉淀)的方法和模型生成与spike-in对照。CfMeDIP是一种富集方案，它避免了稀缺模板的破坏性转换，使其成为理想的“液体活检”，但在比较标本、受试者和实验之间的结果时产生了一定的挑战。使用合成的峰值标准寡核苷酸，可以用cfMeDIP进行诊断，定量比较受试者、实验和时间点之间的样本，无论是相对量还是绝对量。

• surfaltr细胞表面蛋白构成可药物蛋白质组的主要部分，可用于组织特异性寡核苷酸/细胞基础治疗。另外，剪接的表面蛋白异构体在亚细胞定位和/或跨膜(TM)拓扑结构上有所不同。表面蛋白是疏水的，很难研究，因此需要使用TM拓扑预测方法，如TMHMM和Phobius。然而，需要生物信息学的方法来简化批处理异构体的比较和可视化拓扑。为了解决这一差距，我们开发了一个R包，surfaltr。它将输入的异构体(已知的或拼接的或新的)与它们的APPRIS注释的主要对应体配对，使用TMHMM或Phobius预测它们的TM拓扑，并生成可定制的图形输出。此外，surfaltr通过结合三种不同的排序指标和蛋白质校准功能，促进了生物多样性亚型对的优先级排序。这里提到的程序的引用可以在小插图中找到。

• svaNUMTsvaNUMT包含用于从结构变量调用检测NUMT事件的函数。它采用断头符号grange中的结构变体调用，并通过核-线粒体断头连接识别numt。如果在一定距离阈值范围内发现核基因组上的一对有效插入位点，则主函数报告候选numt。候选numt由事件报告。

• svaRetrosvaRetro包含从结构变量调用中检测反向转置转录本(RTs)的函数。它接受断头表示法GRanges中的结构变量调用，并通过外显子-外显子连接和插入位点来识别RTs。候选RTs由事件报告，并用插入的转录本的信息进行注释。

• 突触Synapsis是Bioconductor的一个软件包，用于自动(无偏和可重复)分析减数分裂免疫荧光数据集。该软件的主要功能是:i)识别减数分裂前期的细胞，这些细胞被突触复合体轴或中心元素蛋白标记;ii)分离单个突触复合体并测量其物理长度;iii)量化病灶并将其与突触复合体共定位;iv)测量突触复合体相关病灶之间的干扰。该软件的应用程序可以扩展到多个物种，并对标记减数分裂前期染色体的其他蛋白质进行分析。该软件将减数分裂免疫荧光图像转换为与机器学习方法兼容的R数据帧。给定一组减数分裂增殖玻片的显微镜图像，突触在单个单细胞周围提取图像，以每个细胞为基础计算链上的共聚焦焦点，并测量任何给定链上焦点之间的距离。

• tanggle提供了绘图分裂(或隐式)网络(无根、无向)和显式网络(有根、有向)的功能，并有网格扩展。' ggtree '和使用' ape '和' phangorn '中的函数。它扩展了' ggtree '包[@Yu2017]，允许使用' ggplot2 '语法可视化系统发育网络。它提供了“猿”天堂和Schliep (2019) 和“phangorn”Schliep (2011) 中已有的情节功能的替代方案。

• TargetDecoy基于质谱(MS)的蛋白质组学数据分析的第一步是识别多肽和蛋白质。在这方面，大量的实验质谱通常必须分配给从序列数据库派生的理论多肽。搜索引擎就是为此目的而使用的。这些工具将每个观察到的光谱与从序列数据库中导出的所有候选理论光谱进行比较，并计算每次比较的分数。然后将观察到的谱分配给得分最好的理论肽，这也称为肽谱匹配(PSM)。当然，下游分析评估这些比赛的质量是至关重要的。因此，使用假发现率(FDR)控制返回一个可靠的psm列表。然而，FDR需要对与错误肽匹配的psm的得分分布进行很好的描述(错误的目标命中)。在蛋白质组学中，目标诱骗方法(TDA)通常用于此目的。TDA方法将光谱与真实(目标)和无意义肽(诱饵)的数据库进行匹配。 A popular approach to generate these decoys is to reverse the target database. Hence, all the PSMs that match to a decoy are known to be bad hits and the distribution of their scores are used to estimate the distribution of the bad scoring target PSMs. A crucial assumption of the TDA is that the decoy PSM hits have similar properties as bad target hits so that the decoy PSM scores are a good simulation of the target PSM scores. Users, however, typically do not evaluate these assumptions. To this end we developed TargetDecoy to generate diagnostic plots to evaluate the quality of the target decoy method.

• transformGamPoi方差稳定转换有助于异方差数据(即，方差不是常数的数据，如计数数据)的分析。这个包提供了两种类型的方差稳定转换:(1)基于增量方法的方法(例如，' acosh '， ' log(x+1) ')，(2)基于模型残差的方法(皮尔逊和随机分位数残差)。

• traviztraviz提供了一套函数来绘制Bioconductor包中与轨迹相关的对象。它允许在降维中绘制轨迹，以及作为伪时间函数的平均基因表达平滑。除了一般效用函数，traviz还允许绘制由Slingshot估计的轨迹，以及由tradeSeq估计的平滑轨迹。此外，它允许使用ggplot2可视化Slingshot轨迹。

• 一绺头发这个包专门用于分析MeRIP-seq数据。目前的功能是检测转录组范围内的m6A甲基化区域。该方法基于层次负二项模型。

• triprTRIP是一个提供抗原受体(B细胞受体免疫球蛋白，BcR IG | T细胞受体，TR)基因序列数据分析服务的软件框架。它是一个用R Shiny编写的web应用程序。它将IMGT/HighV-Quest工具的输出文件作为输入。用户可以选择分别分析来自每个输入样本的数据，或者来自所有样本的组合数据文件，并相应地可视化结果。

• txcutr各种mRNA测序文库制备方法专门从转录本末端生成测序reads。专注于从这些数据中量化亚型用法的分析可以通过使用截断版本的转录组注释来辅助，无论是在对齐或伪对齐阶段，还是在下游分析中。这个包实现了一些方便的方法，可以方便地生成这种截断的注释及其对应的序列。

• VAExprs生物医学研究的一个基本问题是观察数量少，这主要是由于缺乏可用的生物样本、高昂的成本或伦理原因。通过将一些真实的观察结果与人工生成的样本相结合，他们的分析结果可能更加稳健，重现性也更高。解决这个问题的一个可能的办法是使用生成模型，这是一种数据的统计模型，试图从观察中捕获整个概率分布。使用变分自编码器(VAE)，一个著名的深度生成模型，这个包的目的是生成带有基因表达数据的样本，特别是单细胞RNA-seq数据。此外，VAE可以利用条件作用产生特定的细胞类型或亚群。有条件的VAE (CVAE)允许我们创建有目标的样本而不是完全随机的样本。

• velovizVeloViz利用从RNA速度分析中推断出的每个细胞当前观察到的和预测的未来转录状态来构建种群中细胞之间的最近邻图。然后，根据余弦相关阈值和/或距离阈值对边缘进行修剪，并使用力向图布局算法对结果图进行可视化。VeloViz可以帮助确保在2D嵌入中反映细胞状态之间的关系，允许更可靠地表示潜在的细胞轨迹。

新的数据实验包

在这个版本的Bioconductor中有13个新的数据实验包。

• curatedTBDatacuratedTBData是一个R包，提供标准化、策划结核病(TB)转录组学研究。该软件包的最初版本包含49项研究。curatedTBData包允许用户高效地访问结核病转录组，并通过多个数据集对不同的结核病基因签名进行高效比较。

• easierData获得简单包和典型膀胱癌数据集功能性能所需的内部数据，包括经过处理的RNA-seq数据和Mariathasan等人生成的ICB治疗反应信息。“TGF-B通过有助于排除T细胞来减弱肿瘤对PD-L1封锁的反应”，发表在2018年的《自然》杂志上doi: 10.1038 / nature25501．该数据可通过IMvigor210CoreBiologiesCC-BY license下的软件包。

• GSE103322来自18例口腔头颈部鳞状细胞癌患者的5902个细胞的单细胞RNA-Seq数据可作为GEO接入GSE103322．GSE103322数据已解析为ExperimentHub中可用的sincleel实验对象。

• GSE15952619个足月和9个孕早期胎盘绒毛膜绒毛和匹配的细胞分类样本在Illumina HumanMethylationEPIC DNA甲基化微阵列上运行。这些数据是在加入GEO时提供的GSE159526．原始数据和处理数据都已在\code{ExperimentHub}上提供。未经处理的原始数据格式化为RGChannelSet对象，用于使用minfi和其他现有的Bioconductor包进行集成和规范化。经过处理的规范化数据也可作为DNA甲基化\code{矩阵}，其对应的表型信息作为\code{data.frame}对象。

• nullrangesData提供nullranges包小插图的数据集，特别是DNase超敏位点(DHS)、CTCF结合位点和CTCF基因组相互作用的示例数据集。它们用于在nullranges小插图中通过块引导或匹配来演示零假设特征集的生成。有关更多详细信息，请参阅数据对象手册页和包中提供的对象构造R脚本。

• NxtIRFdataNxtIRFdata是NxtIRF的一个配套包，NxtIRF是一个基于IRFinder的R包，用于RNA-seq BAM文件的内含子保留和可选剪接定量。NxtIRFdata包含生成人和鼠标引用所需的mapability文件。NxtIRFdata还包含一个合成基因组引用和用于测试NxtIRF的示例BAM文件。BAM文件基于NCBI基因表达Omnibus提供的6个Leucegene数据集的样本，登录号为GSE67039。

• plotgardenerData这是plotgardener包的补充数据包。包括在plotgardener小插图和示例原始数据文件中使用的示例数据集。有关如何使用这些数据集的详细信息，请参阅plotgardener包小插图。欧洲杯2021体育彩票

• RLHub| RLHub为RLSuite提供的处理数据提供了一个方便的接口，RLSuite是一个用于分析r -loop映射数据集的工具链。RLHub的主要目的是为RLSeq R包和RLBase web服务所需的处理数据集提供服务。此外，RLHub为这些数据提供了一个独立的R接口，使用户能够解决与R-环区域(RL-Regions)、R-环结合蛋白(rlbp)、R-环共定位因子以及R-环映射方法之间的差异相关的问题。完整的数据生成协议可以在这里找到:https://github.com/Bishop-Laboratory/RLBase-data。

• scanMiRData这个包包含scanMiR包的配套数据。它包含KdModel(miRNA 12-mer结合亲和模型)对应于所有人类、小鼠和大鼠mirbase miRNAs的集合。有关详细信息，请参阅scanMiR包。

• scATAC。资源管理器这个包提供了一个工具，用于搜索和下载公开的单单元ATAC-seq数据集及其元数据集合。scATAC-Explorer旨在为希望研究单细胞ATAC-seq数据的用户充当单点入口。用户可以使用元数据表快速搜索可用的数据集，并下载感兴趣的数据集，以便在R中立即进行分析。

• spatialDmelxsim空间等位基因表达计数来自Combs & Fraser(2018)，编译为summarizeexperiment对象。该软件包包含果蝇胚空间切片的等位基因表达计数数据，一个黑腹果蝇和果蝇杂交。有关数据源，请参阅CITATION文件，以及有关如何从公共可用数据构造对象的相关脚本。

• TabulaMurisSenisData该软件包提供了对Tabula Muris Senis项目通过Bioconductor项目生成的RNA-seq数据的访问。这些数据由陈-扎克伯格生物中心提供，没有任何限制。它在这里提供，不进行进一步处理，以singlecel实验对象的形式收集。

• 肺结核结核病R/Bioconductor包提供了用于机器学习的结核病基因表达数据。所有来自GEO的人类样本都不是来自细胞系，不是死后提取的，也没有特征重组。该软件包包含超过10,000个来自微阵列和测序研究的样本，这些样本是通过超标准化、可重复的管道从原始数据中处理出来的。

新的注释包

在这个版本的Bioconductor中有10个新的注释包。

• chromhmmDataChromHMM的格式化基因组注释的注释文件。包括三种类型的文本文件:染色体大小、区域坐标和指定转录起始和结束位点的锚。该软件包包括人类和小鼠两个版本的基因组数据。

• CTCF预测的CTCF结合位点与motif MA0139.1 (Jaspar)的基因组坐标，在BED格式。具有链取向(结合的方向性)。人类(hg19, hg38)和小鼠(mm9, mm10)基因组。使用使用默认设置的MEME套件的FIMO工具检测绑定站点。额外的列包括母题名称(MA0139.1)、得分、p值、q值和母题序列。

• excluderanges处理基因组数据时应避免的有问题的基因组区域的基因组坐标。排除区域(以前被称为黑名单)，着丝粒，端粒，已知的异染色质区域等的GRanges (UCSC“间隙”表数据)。主要用于人类和小鼠基因组，hg19/hg38和mm9/mm10基因组组装。

• GeneSummary这个包提供了从RefSeq数据库中收集到的基因的长描述。提取“COMMENT”部分以“Summary”开头的文本作为对基因的描述。长文本描述可以用于文本挖掘等分析。

• ontoProcData这个包管理ontoProc包中使用的多个本体的rda文件。这些本体最初作为owl或obo文件下载并转换为Rda文件。这些文件在不同的时间被下载，但大部分是在2021年6月22日下载的。

• rGenomeTracksDatarGenomeTracksData是pyGenomeTracks项目的数据集合。这些数据的目的是测试和演示rGenomeTracks。该软件包包括14个来自不同基因组和表观基因组文件格式的样本文件。

• scAnnotatR.models预先训练的模型scAnnotatR包。这些模型可用于自动分类人类scRNA-seq数据中的几种(免疫)细胞类型。

• synaptome.data该包提供了对Synaptic蛋白质组数据库副本的访问。它是作为synapome . db包的一个配套设计的。数据库提供了特定基因的信息，并允许建立蛋白质-蛋白质相互作用图的基因集，突触间室和大脑区域。

• synaptome.db该包包含Synaptic蛋白质组数据库的本地副本。在此基础上，它提供了一组实用函数来查询和分析其内容。它允许提取特定基因的信息，并为基因集、突触区和大脑区域构建蛋白质-蛋白质相互作用图。

• TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart51通过将这些作为TxDb对象公开，公开从BioMart生成的注释数据库。这个包是为拟南芥(taxID: 3702)。BioMart plantsmart的发布号是51。

新的工作流包

在这个版本的Bioconductor中有一个新的工作流包。

• GeoMxWorkflows与NanoString Technologies GeoMx Technology使用的工作流程。Package提供以生物导体为中心的工作流，用于利用现有的包(例如GeomxTools)来处理、QC和分析数据。

新书

没有新的在线图书。

来自新的和现有软件包的新闻

a4Classif

1.41.1版的更改

• 小插图:选择子集所有数据不替换

affxparser

1.65.3版本更改(2021-09-22)

软件质量

• 确保所有路径名的长度都不超过100。

  1.65.2版本更改(2021-09-22)

软件质量

• 现在正确注册本机例程。

  1.65.1版本更改(21009-09)

错误修复

• 该包没有安装在带有M1芯片的macOS上，出现错误:“使用未声明的标识符' finite ';您是说‘有限的’吗?”这个问题可以追溯到2014年，当时macOS产生了“warning: ' finite ' is deprecated: first deprecated in OS X 10.9 [-Wdeprecated-declarations]”。isOk =有限(x);”。通过使用isfinite()而不是finite()修补。

AlpsNMR

3.3.4版本更改(21009-16)

• 修复了PCA图没有按照预期工作的问题
• 确保nmreexperiment名称在数据集中不重复(关闭#44)
• 修复了布鲁克示例中一些标题文件格式的问题(关闭#46)
• 在to_ChemoSpec中导出组
• 自AlpsNMR发布以来，许可证一直是MIT，正如生物信息学论文中所述

ANCOMBC

1.3.2版本变更(21008-05)

• 在建议字段中添加rmarkdown

  1.3.1版本变更(21008-05)

• 为小样本量增加警告。

AnnotationHub

3.1.0版的更改

主要更新

• (3.1.2)根据已弃用的缓存位置，从warning/deprecated升级为error/defunct，为下一个版本的移除依赖做准备

用户可见的修改

• 如果在集线器缓存中有一个资源的重复条目，集线器代码将不再产生ERROR。如果副本资源未被请求，则副本将被忽略。如果请求了重复的资源，则生成一个缓存损坏的警告，并继续处理第一个找到的条目。

• (3.1.3)修复消息显示错别字的问题

• (3.1.5)反对显示,Hub-method

错误修正

• (3.1.7)修复过时的组织数据库的错误消息

铁砧

1.6.0版的更改

新功能

• (v. 1.5.5) add repository()返回二进制存储库位置(如果可用)。

• (v. 1.5.7) drs_stat()和drs_cp()支持签名url

用户可见的变化

• drs_stat()使用多核(在非windows上)来提高性能

• (v. 1.5.6) install()委托给BiocManager::install()，提供了更多的灵活性(例如，从GitHub安装)和健壮性。

• drs_stat()更有选择性地返回字段。

AnVILPublish

1.4.0版的更改

新功能

• (v. 1.3.2)支持_bookdown。名称和顺序小插图

APAlyzer

1.7.3版本变更(21-08-01)

• 修正了小插图中的错别字。

  1.7.2版本更改(21-07-31)

• 修正了在PASEXP_IPA中使用3'most bam文件(使用ThreeMostPairBam生成)的问题。

  1.7.1版本更改(21-07-09)

• 修复了在PAS2GEF中缺失SS列的问题。

aroma.light

3.23.1版本变更(21008-19)

文档

• 更新几个被破坏或重定向到其他地方的引用url。

artMS

1.10.2版本更改(21-07-13)

• 修复影响{artmsanalysisquantiizations()}的错误

• 允许{artmsanalysisquantiizations()}处理以前版本的artMS

• 将{artms_sessionInfo_quantification}文件的扩展名从{.txt}更改为{.log}

• {artmsQuantification()}中可用的新参数包括:
  • 参数{printTables}。默认值{TRUE}，打印表。否则错误。
  • 参数{return_results_object}。如果为TRUE，则返回带有MSstats结果的数据帧列表。默认的是假的
  • 如果{printTables}和{printPDF}都为FALSE，那么{return_results_object}将变为TRUE，并返回一个数据帧列表

• 更改配置文件的默认参数:less verbose

  1.10.1版本更改(21006-30)

• 处理MSstats中的主要更改
  • 现在需要大于4.1的R版本
  • 馏分:选项“馏分”从配置文件中删除。如果出现了分数，用户必须在keys.txt文件中包含一个“Fraction”列，artMS将自动检测该列。
  • {artmsQualityControlEvidenceBasic}:不再需要分数参数(从密钥文件自动检测到)
  • {keys.txt}:使用{Fraction}代替{FractionKey}

• 不需要{artmsanalysisquantiizations}函数专用的外部包。在运行此函数之前，必须安装这些包。

• {artmsAvgIntensityRT}:参数{species}不再需要

• 示例数据集:
  • {artms_data_ph_evidence}:尺寸显著减小(生物导体要求)。只有两个生物重复和1/20的株系随机选择。包括原始证据文件中的36列
  • {artms_data_ph_msstats_results}:在证据文件的完整版本上运行{artmssquantification}的输出，包括4个生物复制(而不是包中可用的简化版本)
  • {artms_data_ph_msstats_modelqc}:在证据文件的完整版本上运行{artmssquantification}的输出，包括4个生物复制(而不是包中可用的简化版本)

ASpli

在2.3.1版的更改

错误修复

• 如果计数向量中的每个元素都大于过滤器，则。filterjunctionbsample中的vecMin函数将抛出一个错误。现在使用pmin可以正确工作。

ATACseqQC

1.17.1版本的更改

• 修复了当TSSEscore没有可用数据时生成NA的问题。

atena

0.99.36版本更改(21-08-01)

用户可见的变化

• 提交给Bioconductor项目的第一个版本。

基础知识

2.5.7版本更改(21-10-05)

• 修复BiocParallel行为的测试。

  2.5.6版本更改(21-10-05)

• 恢复2.5.5变化;向空测试添加期望。

  2.5.5版本变更(21008-24)

• 在BiocParallel行为发生变化时进行错误修复测试

  2.5.4版本变更(21008-24)

• 当使用分治法时，确保链中基因的排序与输入数据一致

  2.5.3版本变更(21008-11)

• 添加GeneExponent和CellExponent设置分治。

  2.5.2版本变更(21008-11)

• 在EFDR消息周围增加更好的间距。

• 修复ggplot2指导= FALSE警告

• 删除错误的browser()调用

  2.5.1版本变更(21005-19)

• 为未命名的单元格添加错误条件。

BayesSpace

1.3.1版的更改

微小的改进和修复

• 更新getRDS()、mcmcChain()和spatialEnhance()的文档。

  1.3.0版的更改

微小的改进和修复

• 为文档添加信息。
• getRDS()更新了新的URL。

benchdamic

0.99.4(21-10-15)版本的更改

• 更改stats::coef为stats4::coef

  0.99.3(21-10-15)版本的更改

• 为plotRMSE函数增加了plotIt = FALSE选项

• 在“适合度”一章增加了更多的解释

• fitNB、fitZINB、fitHURDLE、fitZIG和fitDM函数现在可以同时使用phyloseq对象或计数矩阵

  0.99.2(21-10-11)版本的更改

• 将依赖关系从R 4.0.0更改为4.1.0

• 增加了iterative_ordered()函数的示例

• 移除在小插图中使用@来访问对象的槽位

• 从createTIEC()中删除了suppressMessages()和suppressWarnings()

• 增加createTIEC()函数的冗长性

• 添加消息文件

  0.99.1(21-10-04)版本的更改

• 删除不必要的文件

  0.99.0版本更改(21009-29)

• 提交给Bioconductor的碰撞版本

• 添加README。md文件

BgeeDB

在2.18.1版本中的更改

• 从Bgee 15.0及之后检索单细胞全长RNA-Seq的可能性

• Bgee 15.0及之后基于性别和品系筛选数据的可能性

• 对于Bgee 15.0及之后的单细胞全长RNA-Seq筛选cellTypeId的可能性

• 在下载文件中增加pValue

BindingSiteFinder

在0.99.10版本的更改

• coverageOverRanges()现在支持将mean和sum作为组合方法。根据回收情况，在范围或重复中计算平均值/总和。

  在0.99.9版本的更改

• BSFDataSet()和BSFDataSetFromBigWig()现在检查元数据中bigwig文件的路径，以查找潜在的副本

• coverageOverRanges()现在也支持不同宽度的范围，如果return =merge_positions_keep_replicates

• 修复了makeBindingSites()的错误;minWidth参数现在实现为真下限(>=而不是>)。默认值已从2更改为3。

• 修复makeBindingSites()中的描述;minCrosslinks参数描述交联事件覆盖的位置的数量，而不是交联的总数。

• 更新了rangeCoveragePlot()中的配色方案;并改变了指示箱的位置

• 更新了再现性cutoffplot()函数的视觉效果

  在0.99.8版本的更改

• 更新的coverageOverRange()，函数现在支持不同的输出格式，根据范围、复制和条件总结不同的覆盖率

  在0.99.1版本的更改

• 修复Bioconductor提交的bug

  0.99.0版本更改(21-05-15)

• 提交给Bioconductor

BiocCheck

1.29版的更改

新功能

• (1.29.10)检查Sys.setenv而且suppressWarnings/suppressMessages

• (1.29.8)检查sessionInfo/session_info在装饰图案的代码。

• (1.29.5)检查小插图代码中的安装调用。

• (1.29.1)检查安装()R代码中的函数调用。

错误修复

• (1.29.14)代码库的各种内部改进。

• (1.29.12)检查职业成员代码现在包括是()= =语法。

• (1.29.6)使用适当的输入(添加pkgdir)到内部检查功能。

• (1.29.3)为遗留函数搜索添加单元测试。

• 将内部函数从checkIsPackageAlreadyInRepo重命名为checkIsPackageNameAlreadyInUse

BiocFileCache

2.1版的更改

主要更新

• (2.1.1)将缓存位置警告/弃用更改为ERROR，为下一个版本的删除依赖做准备。

BiocParallel

1.28版的更改

用户可见的变化

• (v 1.27.3)设置progressbar = TRUEfor SnowParam()或MulticoreParam()更改的默认值任务从0到.Machine integer.max美元，使每一个要素的进步X据报道。

• (v 1.27.3)任务大于长度(X)将长度(X)．因此.Machine integer.max美元，例如，保证的每个元素X是一个单独的任务。

• 对于SerialParam()， SnowParam()和MulticoreParam()，对于bplapply()和bpitere()，使用随机数对于任务间的作业分布是稳健的，对每个*Param()使用RNGseed=参数。此更改不向后兼容——希望精确复制早期结果的用户应该使用该包的以前版本。

• 标准化SerialParam()结构以允许设置附加字段。用as(将其他BiocParallelParam类型(例如SnowParam()， MulticoreParam())的强制转换标准化为SerialParam()。“SerialParam”)。

• (第1.27.9节)默认做不只在每次调用FUN()后运行垃圾回收，除了在MulticoreParam()下。只有当分叉进程(即MulticoreParam)假设它们是进程内存的唯一消费者时，R的垃圾收集算法才会失败。

• 面向开发人员的函数bploop.*()参数更改。

• 忽略set.seed()，永远不要增加全局随机数流。这将1.27.5节中引入的行为的副作用恢复为与1.26版本更一致的行为。

• (v 1.27.16)更好的BPREDO支持先前启动的BPPARAM，以及没有RNGseed的' transient ' BPPARAM。

错误修复

• (v 1.27.10)当只指定一个工作者时，强制转换到SerialParam时出现错误。https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/issues/151

BiocPkgTools

1.12.0版本的更改

新功能

• biocRevDepEmail向几个下游维护人员发送电子邮件，通知他们有一个已弃用的包。

• biocBuildEmail控件中的模板允许使用弃用通知本月文件夹中。使用templatePath ()通过它们的位置查看可用的模板。

• PackageStatus标记一个包是否被指定为“Deprecation”meat-index.dcf文件。

• pkgDownloadStats提供特定包的下载统计表。

错误修复

• biocDownloadStats包括所有类型的Bioconductor包

• biocBuildReport改进后可用于旧的rel、release和devel Bioconductor版本

BiocStyle

在2.22.0版本中的更改

用户可见的变化

• 在创建图表和图形时，为HTML小插图增加了可访问性考虑的部分。

HTML样式的Bug修复和改进

• 通过向目录中的元素添加role= ' link '和tabindex= ' 0 '，改进了屏幕阅读器的导航。除了用光标点击外，还可以通过在选中时按“Enter”进行TOC导航。

• 解决了由rmarkdown的变化引入的代码块的进一步样式问题。这一次在

  标签周围重新引入填充。
  

biocthis

1.3.8版的更改

用户可见的明显变化

• Use_bioc_github_action()已被更新以尽可能匹配r-lib/actions中的更改，直到最新提交https://github.com/r-lib/actions/commit/630f4c9d8b813f45d0327a2fc20eb264fd518450。

  1.3.4版的更改

新功能

• 由于Ben Laufer的这个拉请求，use_bioc_github_action()现在在防止tcltk错误方面更加健壮https://github.com/lcolladotor/biocthis/pull/19。

  1.3.2版的更改

新功能

• use_bioc_github_action()现在使用anvil支持的包二进制文件，这大大加快了docker (Linux) GitHub Actions构建中的依赖安装步骤。详情可参阅Nitesh Turaga的BioC2021幻灯片https://github.com/nturaga/bioc2021-bioconductor-binaries。

biocViews

1.61.0版的更改

增强

• (1.61.1)增加了Spatial, SpatialData, SpatialWorkflow以区别于SigleCell

biodb

1.1.16版本变更(2021-10-19)

• 更新文档。

• 为Alexis添加ORCID。

  1.1.15版本变更(2021-10-18)

• 修正getUrlContent()以处理二进制文件。

  1.1.14版本变更(2021-10-17)

• 将RCurl调用分解为全局函数。

• 在使用base::url()时禁用对readLines()的调用中的警告。

• 在试图设置区域设置时捕获错误。

• 正确的一些测试。

  1.1.13版本变更(21-10-12)

• 将自定义持久化缓存设置为默认值，跟随biodbHmdb中的BiocFileCache的慢性。

• 删除小插图/参考资料中无用的bib参考。

• 在小插图中添加会话信息。

• 添加ORCID、URL和BugReports。

• 在主插图中添加安装部分。

  1.1.12版本变更(21-10-09)

• 在Windows上的BiocFileCache错误和HMDB缓慢之后，切换回自定义的持久缓存实现。

  1.1.11版本变更(21-10-07)

• 分解测试test. collapserws()，因为没有在本地计算机上复制生物导体上的错误。

  1.1.10版本变更(2021-09-30)

• 禁用UniProt请求测试:它失败(结果是NA)的原因未知，只有在Bioconductor Linux服务器在“R CMD检查”期间。在本地计算机上工作良好。

  1.1.9版本更改(21009-28)

• 使用base:: URL()正确处理错误的URL。

  1.1.8版本更改(21009-28)

• 修正了Windows上UniProt请求的错误。

  1.1.7版本更改(21009-23)

• 构建包时忽略构建文件夹。

• 更新文档。

• 构建时正确设置R_ENVIRON_USER。

  1.1.6版本更改(21009-14)

• 更新文档。

  1.1.5版本更改(21009-13)

• 修正了BiodbRequestScheduler::sendRequest()返回类型中的错误。

• 测试引用文件名的正确编码。

  1.1.4版本更改(21009-12)

• 允许将测试引用文件夹直接设置为runGenericTests()。这对于在扩展包中运行通用测试来说是必需的。

  1.1.3版本更改(21009-12)

• 在调用runGenericTests()时设置包名，以便通过调用system.file()以正确的方式查找测试引用文件。

  1.1.2版本更改(21009-09)

• 对持久缓存系统使用BiocFileCache。

• 切换到R6。

• 定义do…()在子类中重新定义的私有方法，而不是重新定义父类中定义的公共方法。

• 现在使用本地条目文件测试条目字段的解析。

  1.1.1版本更改(21006-10)

• 在测试searchForEntries()时允许跳过一些字段。

• 将测试引用条目文件夹从tests/testthat/res移动到inst/ teststref。

• 将长测试文件夹从“测试/长”移动到“长测试”，并启用Bioconductor长测试。

  1.0.4版本更改(21006-09)

• Bug修复:正确调用BiodbPersitentCache类中的记录器。

  1.0.3版本更改(21005-26)

• Bug修复:正确的searchForEntries()通用测试，允许测试NA值。

  1.0.2版本更改(21-05-23)

• Bug修复:正确的searchForEntries()的返回类型，现在总是返回一个字符向量，而不是NULL。

  1.0.1版本更改(21005-20)

• Bug修复:修正一些会引发警告的日志函数调用。

biodbChebi

0.99.6(21-10-12)版本的更改

• 重命名装饰图案。

• 添加会话信息和安装章节在小插图。

• 使用importFrom。

  0.99.5(21-10-07)版本的更改

• 多行写描述。

• 在R6类中放置注释横幅来指示公共和私有部分。

  0.99.4版本更改(21009-28)

• 修正小插图中的列表索引。

  0.99.3版本更改(2021-09-28)

• 完成README的所有章节。

• 删除' foo '名称在vignette。

  0.99.2版本更改(2021-09-23)

• 在makefile中定义R_BUILD_TAR以便在UNIX上构建。

  0.99.1版本更改(2021-09-23)

• 升级维护文件。

• 忽视建立文件夹。

  0.99.0版本更改(21009-16)

• 提交给Bioconductor

biodbHmdb

0.99.4(21-10-18)版本的更改

• 在读取压缩后的数据库时，取唯一可用的XML文件，忽略其他文件。

  0.99.2(21-10-12)版本的更改

• 添加ORCID、URL和BugReports。

• 添加会话信息和安装章节在小插图。

• 修正了小插图中的缩进。

  0.99.1(21009-29)版本更改

• Bioconductor提交的轻微修改。

  0.99.0版本的更改(21-07-16)

• 提交给Bioconductor

biodbKegg

0.99.4(21-10-13)版本更改

• 将两个小插图合并为一个小插图。

• 从magick包中删除消息。

  0.99.3(21-10-12)版本的更改

• 在小插图中添加安装部分。

• 使用importFrom。

• 添加ORCID、URL和BugReports。

  0.99.2(21-10-12)版本的更改

• 重命名主插图文件。

• 添加引用。

• 在小插图中添加会话信息。

  0.99.1(21009-28)版本更改

• 为提交给Bioconductor做了一些修改。

  0.99.0版本更改(21009-16)

• 提交给Bioconductor

biodbLipidmaps

0.99.3(21-10-18)版本的更改

• 删除已弃用的请求发送慢频率。

  0.99.2(21-10-12)版本的更改

• 添加ORCID、URL和BugReports。

• 在插图中添加引文。

• 将安装和会话信息部分添加到小插图。

  0.99.1(21009-29)版本更改

• 完整的自述。

• Bioconductor提交的轻微修改。

• 添加生成的文档文件。

  0.99.0版本更改(21009-16)

• 提交Bioconductor。

biodbUniprot

0.99.4(21-10-12)版本的更改

• 添加会话信息和安装章节在小插图。

• 重命名装饰图案。

• 使用importFrom。

• 添加ORCID、URL和BugReports。

  0.99.3(21-10-11)版本的更改

• 在geneSymbolToUniprotIds()中显示过滤结果时的进度。

  0.99.2(21-10-03)版本的更改

• 使用biodb 1.1.10。

  0.99.1版本更改(2021-09-23)

• 构建包时忽略构建文件夹。

• 添加文档。

  0.99.0版本更改(21009-16)

• 提交给Bioconductor

biomaRt

2.50.0版本的更改

微小的变化

• useMart()和listMarts()将在使用http访问ensemble bl时警告用户。https将从2021年底开始由ensemble强制执行。

错误修复

• 地址问题，如果主www.ensembl.org站点不可用，检查ensemble Archives列表将停止所有查询。

• 修复了在getSequence()中引入的请求侧翼序列导致无效查询的错误。

• 参数“host”在useensemble()中不再被忽略(感谢论坛用户“A”- https://support.bioconductor.org/p/9139019/)

BioPlex

1.0.0版的更改

• BioPlex包的初始版本

biotmle

1.17.0版本的更改

• 删除未来而且doFuture简化并行化。所有的并行计算控制现在都完成了BiocParallel．

bugsigdbr

在0.99.0版本的更改

新功能

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.

用户可见的明显变化

• 创建包。

BUSseq

0.99.18(2020-06-01)版本的更改

• 在命名空间中导入“化验<-”

  0.99.17(2020-06-01)版本更改

• 修正依赖项的导入

  0.99.16(2020-06-01)版本更改

• 在加载依赖项时避免重叠

  0.99.15(2020-06-01)版本更改

• 删除多余的打印和汇总功能

  0.99.14(2020-06-01)版本更改

• 将BUSseq_MCMC的输出修改为singlecellexperexperiment对象，并允许将输入也修改为该对象

  0.99.13版本更改(2020-05-15)

• 修改运行示例

  0.99.12版本更改(2020-05-15)

• 修改MacOS的随机数生成器

  0.99.11版本更改(20-05-15)

• 调试的MacOS

  0.99.10版本更改(2020-05-15)

• 继续调试MacOS

  0.99.9版本更改(20-05-15)

• 在MacOS上构建时修改警告

  0.99.8版本更改(2020-05-15)

• 纠正操作系统宏的使用

  0.99.7版本更改(2020-05-14)

• 更新MacOS的源代码

  0.99.6版本更改(2020-05-13)

• 缩小示例数据集以避免达到检查的时间限制

  0.99.5版本更改(2020-05-12)

• 在源代码中添加Mac的宏

• 缩短小插曲

• 添加监视标签BUSseq到我的配置文件

  0.99.4版本更改(2020-05-12)

• 正确的R版本依赖性

• 通过缺少括号解决警告

  0.99.3版本更改(2020-05-08)

• 将LazyData设置为TRUE用于构建小插图

  0.99.2版本更改(2020-05-08)

• Git正确推送

  0.99.1版本更改(2020-05-07)

• 修改了R CMD检查的警告，包括在src中添加括号和在DESCRIPTION中添加R依赖

  0.99.0版本的更改(2020-05-04)

• 提交给Bioconductor

cageminer

在0.99.0版本的更改

新功能

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.

篮球选手

在2.0.0版的更改

向后不兼容的更改

• 的CAGEset类是移除。

• 访问器使用纯data.frame格式是移除。

• 修饰符函数返回对象，而不是在全局环境中默默地修改它。因此，您可以使用R管道(|>）.

• 删除导出功能，无条件写入文件到工作目录，如exportCTSStoBedGraph．作为替换，提供了一个新的转换器，exportToBrowserTrack,生产UCSCData对象，然后用户可以使用rtracklayer包中。

• 删除了extractExpressionClass函数，因为可以很容易地从CTSS或ConsensusClusters对象。

新功能

• CTSSnormalizedTpmGR而且CTSStagCountGR现在接受“所有”作为一个特殊的示例名，以返回它们都在GRangesList对象。

• 用ggplot2绘制分位数宽度和表达簇。

错误修复

• 修正了getExpressionProfiles函数接受CAGEexp对象。

• 更新了exampleCAGEexp对象来包含表达式类。

• 恢复对CAGEexp对象的paraclu支持。

• 修正了一个错误aggregateTagClusters导致标签簇的错误标签(PR#42)。

• 防止plotReverseCumulatives避免在值不在范围内时崩溃。(PR # 43)。

红衣主教

在2.11.3版的更改

错误修复

• 修复R >= 4.1.1中随机数生成的奇怪行为

  在2.11.2版的更改

错误修复

• 修正了分类和对齐方法的引用命名方案

  在2.11.1版的更改

错误修复

• 使用as(x， ' DFrame ')而不是as(x， ' DataFrame ')

• 修复“segmentationTest()”中的逻辑长度> 1错误

cbaf

1.16.0(21-10-14)版本更改

新功能

• 术语更新。

cBioPortalData

在2.6.0版的更改

新功能

• 一个研究的构建状态可以从getStudies()中获得，它已经取代了data(' studestable ')。
• 支持部分加载数据文件。当数据文件无法加载到cBioDataPack中时，会发出警告。
• cBioPortalData检查数据(studestable)，以验证研究数据集正在构建，否则在交互会话中提供消息。

celda

1.9.3版本更改(21-10-04)

• 修正了使用decontX检查背景矩阵的错误
• 切换到使用Github动作进行持续集成
• 修正了celda结果报告中的绘图错误

• 在创建最终的去污矩阵时，加快decontX的最后一步

  1.9.2版本更改(21-07-19)

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.
• 增加了pkgdown生成的新教程和文档。
• 删除plotRPC函数中的警告。
• 增加了“displayName”在几个函数中显示特性名称的用法。
• 修复了输入矩阵稀疏且包含非整数值时的小错误。
• 对绘图函数的几个改进。

Cepo

0.0.1版的更改

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.

CeTF

1.5.4版的更改

• 更新引用

  1.4.3版的更改

• 修复了与data.frame中的因子相关的netConditionsPlot函数错误

cfDNAPro

在0.99.1版本的更改

• 删除plotSingleGroup中的bug。R

• 文档的改进。

  在0.99.0版本的更改

• 现在cfDNAPro支持bam文件作为数据描述的输入。
• 编码风格的改进。
• 文档的改进。
• 提交Bioconductor。

ChIPpeakAnno

3.27.7版本的更改

• 修复seqlevelsStyle中没有处理“!anyNA(m32) is not TRUE”的错误。

  3.27.6版本的更改

• 修复了在richmentplot中未定义列“pvalue”的错误

  3.27.5版的更改

• 更新pipe .rmd的文档

  3.27.4版的更改

• 使用formatSeqnames函数来处理来自seqlevelsStyle的错误:"无法将某些GRCm38的seqlevels从NCBI样式切换到UCSC样式"

  3.27.3版本的更改

• 使用formatSeqnames函数处理来自seqlevelsStyle的错误:" !anyNA(m31) is not TRUE "

  3.27.2版本的更改

• 为genome iceementdistribution添加keepExonsInGenesOnly

• 在定义启动子和下游区域时，为assignchromosomregion函数添加上游和下游。

  3.27.1版本的更改

• 根据函数findOverlapsOfPeaks的覆盖百分比，添加查找重叠的可能性

ChIPseeker

1.29.2版本的更改

• 扩展函数绘制峰值剖面，以支持其他类型的生物区域(20121-10-15，星期五，@MingLi-292， #156， #160， #162， #163)

  1.29.1版的更改

• 添加seq2gene功能示例(21-05-21，星期五)

CIMICE

1.1.3版本的更改

概述:

• I / O的改进

新功能:

• 修正和改进了CAPRIpop数据集格式的输入

  1.1.1版的更改

概述:

• I / O的改进

新功能:

• 修正了读取CAPRI格式化数据集时与行行选项相关的错误

• 改进了VisNetwork的输出，包括关于节点内部样本的信息

ClassifyR

在2.14.0版本的更改

• 增加上采样和下采样以平衡班级规模。

cliProfiler

0.99.0版本的更改(21-01-22)

• 提交给Bioconductor

cliqueMS

1.7.0版的更改

• Bug修复:更改computeCliques函数的示例。

clonotypeR

1.32.0版的更改

弃用的通知

• 注意，clonotypeR是不推荐使用的。请采用它或使用不同的包装。

clusterProfiler

4.1.4版的更改

• 进口yulab。星期五跑龙套(2021-08-20)

  4.1.3版的更改

• 删除人类肠道微生物组数据集，功能在https://github.com/YuLab-SMU/MicrobiomeProfiler (2021-08-15, Sun)

  4.1.2版的更改

• 更新引文和描述(21008-15，孙)

• 更新kegg_species。rda和允许使用KEGG api在线下载(21-08-14,Sat)

  4.1.1版的更改

• 添加引用(新论文发表在《创新》上)(2021-07-04,Sun)

clustifyr

1.5.2版本更改(21-10-04)

• clustify_lists ()支持重叠基因输出(details_out = TRUE）

• 增加截断平均和三平均模式average_clusters ()

  1.5.1版本变更(21008-04)

• clustify_lists ()支持不均匀数量的标记

• 弃用SeuratV2支持

CNVfilteR

1.7.4版的更改

小

• 小修正:删除'从Vignette

  1.7.3版本的更改

用户可见的明显变化

• CNVfilteR特别支持由Torrent Variant Caller生成的vcf

  1.7.2版的更改

错误修复

• 修正:解析一些vcf产生了一个意外的错误

小

• 小错误修正:停止消息没有完全显示在loadSNPsFromVCF()上

  1.7.1版的更改

小

• 引用udpated

可乐

1.9.1版的更改

• 添加uniquely_high_in_one_group方法get_signatures ()．

• 添加compare_partitions ()．

• 并行计算采用foreach + dopar列实现

  1.9.0版的更改

• 中使用行/列*族函数adjust_matrix ()减少内存的使用以及提高速度。

ComplexHeatmap

2.9.4版本的更改

• 修正了垂直连接的热图缺少正确注释图例的错误。

• 传奇():支持边境被设置为网络多媒体．

• 栅格化:临时图像的默认最大尺寸设置为30000像素(宽度和高度都是)。

• 添加一个新参数旁边在anno_barplot ()来定位彼此旁边的栏。

• 添加图()方法的热图而且HeatmapList类。

• 添加anno_customize ()．

  2.9.3版本的更改

• pheatmap ()/热图()/heatmap.2 ():设置run_draw的默认值为FALSE。

• 当添加热图(列表)时，已经被draw()初始化时抛出错误。

• 集包= TRUE在grid.grabExpr ()当捕获传说对象时。

• make_comb_mat ():支持GRangesList对象作为输入。

• 图例:修正了网格高度计算不正确的错误。

• 离散注释:如果相邻网格具有相同的值，则将它们合并为单个网格。

• anno_barplot ():允许在条的顶部添加数字。

• 沮丧():基因组坐标自动形成轴标签。

• AnnotationFunction ():添加新参数cell_fun．

• 当树状图高度为零时，对应的视口具有比例(0,1)。

  在2.9.2版的更改

• 修正了bg_col对于转置矩阵沮丧()．

• 如果注释的名称与矩阵行/列名称的顺序不同，则打印警告。

  在2.9.1版的更改

• 修正了一个编辑gTree对象的错误，在最近的R版本中列表元素“just”被更改为“justification”。

conclus

1.1.002版本变更(2021-08-31)

进行了以下重大更改

• 增加了一个内部函数。retrieveclustersnumberk来建议在lusterCellsInternal()中使用的集群号。

• 在scRNAseq类中增加了advisstedclustersnumber插槽来检索这个建议的集群号。

• 增加了访问器getproposstedclustersnumber和setproposstedclustersnumber。

• 更新了示例和测试中使用的所有对象，使其具有此插槽。

CoreGx

1.5.7版本的更改

• 添加TreatmentResponseExperiment类，它是LongTable的一个简单包装器，使类语法更特定于域
• 添加CoreSet2结构，以支持使用bioc3.13中引入的修改类结构创建coreset

• CoreSets现在可以通过TreatmentResponseExperiment类进行治疗组合实验!

  1.5.6版本的更改

• 修复了LongTable ->数据中的错误。导致某些测试的行被删除的表强制方法(关闭问题#)

  1.5.5版的更改

• 修复了.distancePointLine函数在没有指定拦截时失败的错误(问题#120)
• 增加了在LongTable类对象中聚合分析的支持
• CoreSet构造函数的一些正在进行的更新将在秋季版本中完成
• 修正了在treatmentNames例子中的错误
• 修复了关于S4方法文档的roxygen2文档警告

• 大修了LongTable强制方法，使用LongTableDataMapper类而不是过时的LongTable。配置的属性

  1.5.4版的更改

• 修复$<-和[[<-方法返回值而不是更新对象的错误

• 修复长度> 1强制转换为逻辑向量导致的.sanitize输入的错误

  1.5.3版本的更改

• 修复长度> 1强制到逻辑向量导致的connectivityScore的错误;这应该修复RadioGx和PharmacoGx小vignettes的错误，这是由失败的R CMD构建造成的

  1.5.2版的更改

• 为CoreSet对象添加subsetbsample方法;这是模块化子集方法以便在依赖包中重用的第一步

• 为CoreSet对象添加了CoreSet-utils文档部分，用于文档子集、交叉、组合和其他集合操作。

  1.5.1版的更改

• 修复了LongTable小章节中的一些拼写错误和错误的代码块配置

• 修复了.rebuildProfiles中的错误，如果在@sensitivity中将replicate_id分配为LongTable中的rowID列，则函数会失败

  1.5.0版的更改

• 生物导体2021年春季发布
• 增加了DataMapper抽象类
• 添加了LongTableDataMapper具体类
• 添加了metaConstruct方法，用于从DataMapper的子类生成S4对象
• 更新的长表小插图与文档的DataMapper和LongTableDataMapper
• 重构了各种方法来使用@ sensitivity中的LongTable
• 重构各种方法，以与@molecularProfiles中的MultiAssayExperiment一起工作

csdR

在0.99.6版本的更改

• bug修正:由于缺少编译器标志，打开MP无法正常工作。因此，创建了Makevars文件。

• 列秩的计算现在使用matrixStats::colRanks而不是使用base::rank的apply语句。

  在0.99.0版本的更改

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package. This is the first public version of the package.

cTRAP

1.12.0版本的更改

Web服务器支持(优化为在ShinyProxy中运行)

• cTRAP():新的全局接口，在一个地方具有所有cTRAP功能
• 会话可以通过令牌或RDS文件创建和加载
• 会话数据自动保存在RDS文件中，保存到根据当前会话令牌命名的工作目录中的文件夹中
• 长时间运行的任务可以通过Flower的REST API在后台使用芹菜任务管理器执行，它们的输出会自动加载到相应的会话中
• 闪亮忙的时候在导航菜单加载图标
• 使用更快和有效的文件格式从R包qs代替RDS:
• 更快的下载和加载预处理远程文件(复合分子描述符和基因表达和药物敏感性关联)

Bug修复和小的改进

• 取代convertENSEMBLtoGeneSymbols convertGeneIdentifiers () ():
• 使用AnnotationHub转换为基因符号(而不是不稳定的bioart)
• loadENCODEsamples ():
• 选择下载数据的文件夹的新参数
• analyseDrugSetEnrichment ():
• 通过丢弃非字母数字字符和忽略大小写，在数据集之间交叉匹配更多的复合词
• 修复合并数据集时每个数据集使用的错误列
• 视觉界面:
• 修复了在绘制数据集比较时使用密度估计的值有太多零时的崩溃
• 为较慢的任务添加进度条
• 修复了使用闪亮的1.7.0时的崩溃(避免畸形的自定义UI元素)
• 药组富集分析界面:
• 显示所有药物集可用(下)负载
• 装药时显示装药指示器
• 默认隐藏结果的“前沿”列

cytoKernel

在0.99.0版本的更改

• 于2020年10月2日向Bioconductor提交marr 0.99.0。
• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.

cytomapper

1.5.4版本更改(21009-17)

• 它不再需要精确地指定正确的颜色

  1.5.3版本更改(21009-16)

• 增加了读取.h5文件的选项

  1.5.2版本更改(21009-15)

• 增加了关于如何使用对联/拼接处理图像的描述

  1.5.1版本变更(21-05-19)

• bug修正:当legend=NULL时，错误的尺寸设置

CytoML

3.11版的更改

API的变化

• 在open_flowjo_xml中将参数sampNLoc -> sample_names_from重命名
• 所有解析器(flowjo/cytobank/diva_to_gatingset)现在都基于cytoset返回GatingSet，而不是ncdfFlowSet
• 向cytobank_to_gatingset添加trans参数，允许覆盖来自gatingML文件的转换(#76)
• Gatingset_to_flowjo现在使用一个带有编译转换器的docker映像:hub.docker.com/r/wjiang2/gs-to-flowjo
• flowjo_to_gatingset搜索FCS文件的一些更新(#77)
• 向flowjo_to_gatingset添加include_empty_tree选项，以包含不带门的示例
• 允许gatingset_to_flowjo采用GatingSet存档目录的路径
• 添加gating_graphGML来替换门控。openCyto::门控泛型的graphGML方法
• 解析细胞库实验时按面板过滤样本，添加ce_get_samples, ce_get_panels

修复/内部变化

• FlowJo工作空间样本的自动时间缩放现在由flowjo_to_gatingset RGLab/cytolib#33处理
• 在R 4.0中处理默认stringsAsFactors=FALSE的更改
• 消除了工作空间解析期间临时目录中遗留的额外中间文件
• 将GatingSetList的使用方式切换到merge_gs_list
• 解决一些Windows构建问题
• 在c++ FlowJo解析器中从experimental::filesystem切换到boost::filesystem

• 添加巨细胞XSD到安装

  在3.10版的更改

API的变化

• 根据RGLab/cytolib#16更改四栅的处理

• 重命名的方法:

• openWorkspace -> open_diva_xml, open_flowjo_xml
• cytobankExperiment - > open_cytobank_experiment
• cytobank2GatingSet - > cytobank_to_gatingset
• parseWorkspace -> flowjo_to_gatingset, diva_to_gatingset
• getSampleGroups -> fj_ws_get_sample_groups, diva_get_sample_groups
• > fj_ws_get_samples, diva_get_samples
• getKeywords - > fj_ws_get_keywords
• getCompensationMatrices - > ce_get_compensations
• getTransformation - > ce_get_transformations

• 比较。项- > gs_compare_cytobank_counts

• 重命名的类:

• divaWorkspace - > diva_workspace

• flowJoWorkspace - > flowjo_workspace

• 添加CytoML.par。集，CytoML．par.get for setting parameters in CytoML namespace

修复/内部变化

• 使gatingset_to_cytobank导出带有属性名称空间的cytobank ML
• 允许diva_to_gatingset使用xml中的补偿矩阵
• 将参数从cytobank_to_gatingset适当地传递到FCS解析器
• 修复了从Diva工作区解析的栅格缩放的一些问题(#64)
• 防止在Diva解析期间向GatingSet添加不支持的转换
• 将diva_to_gatingset切换为使用flowjo_log_trans而不是logtGml2_trans
• 修复了移植的flowUtils::xmlTag以启用自关闭标记
• 使闸门。graphGML查找根据FCS名称和文件id定制的门
• 为gatingset_to_flowjo中使用的getSpilloverMat添加一些灵活性

DaMiRseq

在2.6.0版的更改

• 主要:我们修复了DaMiR.ModelSelect中的一个bug。正确选择了最优模型;

• 主要:现在用户可以在DaMiR中绘制特定的图形。Allplot，我们添加了新的情节;

• 次要:我们修改了corrplot的颜色比例

dasper

1.3.2版的更改

新功能

• 修复plot_生鱼片()中的错误，并启用原始连接计数的可视化。

dearseq

1.5.1版本更改(21009-01)

• 从CompQuadForm::davies()切换到survey::pchisqsum()的“鞍点”方法，用于计算二次型渐近p值

解耦

在2.0.0版的更改

变化

• 更改了一些方法的名称，使它们更容易识别:

• pscira现在被称为加权和(wsum)。
• 现在的平均数叫做加权平均数(wmean)。

• 现在称为单变量线性模型(ulm)。

• 输出tibbles中tf的列名已更改为source。

• 更新了所有方法的文档。

• 更新的插图和README。

• 解耦函数现在接受方法列表和方法参数列表之间的顺序不匹配。

• 将基准测试分支作为自己的包移动到单独的存储库:https://github.com/saezlab/decoupleRBench

新功能

• 新方法补充道:

• 快速基因集富集分析。
• AUCell。
• 单变量决策树(udt)。
• 多元决策树(mdt)。

• 多元线性模型。

• 新的解耦器手稿库:https://github.com/saezlab/decoupleR_manuscript

• 在与多个方法运行解耦时，添加了基于robustrangaggreg::aggregateRanks()的新的共识评分。

• wmean中增加了新的统计数据corr_wmean。

• 基于排列或统计检验的方法现在还返回所获得分数的p值(fgsea、mlm、ora、ulm、viper、wmean和wsum)。

• 复制网络边时添加了新错误。

• 当输入矩阵包含NAs或inf时，增加了新的错误。

  1.1.0版的更改

新功能

所有的新功能都允许整齐的选择。使计算同一方法的不同类型的数据更容易。例如，可以指定用作字符串、整数位置、符号或表达式的列。

方法

• 新的去耦()集成了去耦器统计信息的各种成员函数，用于集中计算。

• 共享文档的新家族解耦器统计器由:

• 新的run_gsa()为gsa:: gsa()合并了一个方便的包装器。
• New run_mean()根据经验分布计算非归一化监管活动和归一化监管活动(即z分数)。
• 新的run_ora() fisher精确测试用于计算监管活动。
• New run_pscira()使用与run_mean()等效的逻辑，不同的是它不接受可能性列。
• New run_scira()通过调整线性模型的系数$\beta_1$计算调控活度。
• 新的run_viper()为viper::viper()合并了一个方便的包装器。

转换器

• 新的函数族convert_to_变体，允许将数据转换为标准格式。
• 新的convert_to_()返回未修改的条目。
• 新的convert_to_gsa()返回适合gsa:: gsa()的规则列表。
• 新的convert_to_mean()返回一个有四列的tibble: tf, target, mor和likelihood。
• New convert_to_ora()返回规则的命名列表;Tf与相关的目标。
• 新的convert_to_pscira()返回一个有三列的tibble: tf, target和mor。
• 新的convert_to_scira()返回一个包含三列的tibble: tf, target和mor。
• 新的convert_to_viper()返回适合viper::viper()的规则列表。

deepSNV

1.99.3版本更改(2013-07-25)

更新

• 对shearwater vignette做了一些改动

• 重命名参数π。基因和π。backgr makePrior ()

修正

• 修正了bf2Vcf()在没有变量被调用时的错误

  1.99.2版本更改(2013-07-11)

更新

• 更新的引用

• 为bam2R添加verbose选项以抑制输出

• 将loadAllData()的值的mode()更改为" integer "

修正

• 修正了在bf2Vcf()中只调用一个变量的问题

  版本1.99.1 (2013-06-25)

更新

• 使用编织为更漂亮的小插图

• 包括海鸥装饰图案

修正

• 修复了bf2Vcf的删除问题

• makprior()为所有网站添加背景

  1.99.0版本的更改(2013-04-30)

更新

• 海鸥新算法

• 通过汇总包含VCF输出(deepSNV, value= " VCF ")

DegNorm

1.3.1版的更改

• Plot_coverage函数增加了一个选项“samples”，允许用户可视化样本的子集。

DelayedArray

在0.20.0版本中的更改

错误修复

• 修复dense2sparse()中长期存在的错误:
  • 输入中的NAs/ nan处理不当
  • 1D箱子不起作用

DelayedTensor

1.0.0版的更改

• 包发布

服饰

1.9.1版本更改(21-10-16)

• depechecfunction更新以删除旧dAllocate功能的痕迹

DExMA

1.1.2版的更改

• 添加到斯托弗方法的权重

DIAlignR

在2.1.4版的更改

• 利用非线性拟合约束相似矩阵。

• 重新计算给定峰值的强度。

• 添加了对根目录的直接对齐。

• 增加了获取距离矩阵和树聚集的多种策略。

• 如果没有对齐，移除峰值。

  在2.1.0版的更改

• 增加了基于IPF的翻译后修改对齐支持。

• 为无参考方法增加了基于最小生成树的对齐。

• 重新整合低置信度峰值下的区域。

• 在计算面积时支持Savitzky-Golay平滑。

• 增加了选择要对齐的肽的输入。

• 通过在列表而不是数据帧中存储新特征来提高渐进式对齐的速度。

DiffBind

3.3.4版的更改

• 修复bFlip问题

• 修复模式没有传递给summarizeOverlaps的错误

• 增加美元的国际米兰。功能配置参数

  3.3.2版的更改

• 当指定除0以外的折叠变化时，重新计算FDR

• 为了提高性能，删除大部分gc()调用

• 轧辊在修正

恐龙

在0.99.5版本的更改

• 数据格式修改

  在0.99.4版本的更改

• 修改了Bioconductor提交的格式。

• 错误修复

  在0.99.3版本的更改

• 减少教程数据的大小

  在0.99.1版本的更改

• 更新了Bioconductor提交的格式。
• 减少了样本数据集的大小

• 更新默认核数为2

  在0.99.0版本的更改

• 格式化后提交给Bioconductor。
• 添加SingleCellExperiment功能。
• 更新小插图与singlecel实验的例子。

截然不同的

1.4.1版的更改

• 修复了log2_FC.R中的bug;

• 添加rmarkdown作为建议在描述。

dittoSeq

1.6版的更改

• 小插图更新:增加了“快速参考:Seurat<=>dittoSeq”部分。
• 构建和测试基础设施更新:通过从小插图中删除Seurat代码，从所有构建和测试材料中删除Seurat依赖，并使所有Seurat交互的单元测试都以Seurat的存在和成功的SCE到Seurat cnversion为条件。

• 缺陷修正:

  1. 固定dittoFreqPlot计算机制，以适当的目标所有细胞类型，但只有必要的组为每个样本。删除“retain.factor。因为正确的计算将“var”数据视为因素，而将数据分组为非因素。
  2. 允许dittoHeatmap()正确地“drop_levels”注释，确保“annotation_colors”没有填充将被删除的空级别的颜色。3 -”做。对NAs健壮的散点图的标记机制。

剂量

3.19.4版的更改

• 更新clusterProfiler引用(21009-30,Thu)

• 更新enricher_internal错误信息(21-9-3，星期五)

  3.19.3版本的更改

• 更新DisGeNET和NCG数据(21-8-16，周一)

  3.19.2版本的更改

• 错误修正，将' is.na(path2name) '更改为' all(is.na(path2name)) ' (21-06-21, Mon)

  3.19.1版本的更改

• 添加dr插槽compareClusterResult, 76restul和gseaResult(21-5-21，星期五)

dStruct

0.99.3版本更改(21005-23)

• 确保所有全局变量在命名空间中都得到了良好的定义。

  0.99.2版本更改(2021-05-22)

• 修订以回应Bioconductor审稿人的意见。

• dStruct现在使用来自Bioconductor的IRanges对象。

• 所有函数名都遵循驼峰格式。

• 函数的更多描述。

• 增加了在proximity_assisted模式下运行dStruct时检查代码有效性的测试。

  0.99.1版本的更改(21004-11)

• 修复了生物问题机器人检查的错误和警告。

  0.99.0版本的更改(21-04-07)

• 提交给Bioconductor

更容易

在0.9.0版本的更改

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.

eisaR

1.5.2版的更改

• 添加按基因折叠内含子的选项，并将内含子限制为getfeateranges中的特征范围。

EnhancedVolcano

1.12版的更改

• 马克斯。overlaps and min.segment.length to provide further control over connectors. max.overlaps replaces maxoverlapsConnectors, but both can still be used for legacy purposes

enrichplot

1.13.2版本的更改

• Mv ep_str_wrap到yulab。跑龙套:str_wrap(2021-10-13,结婚)
• 调整dotplot, emapplot, cnetplot和treeplot的图例顺序(21-10-8，星期五)
• 更新树状图:为树状图添加“dotplot”和“heatmap”面板
• 更新dotplot:启用大小参数适用于compareClusterResult的其他列(21-9-17，星期五)
• 启用热图的label_format参数(21-09-01,Wed)
• 添加get_ggrepel_segsize函数来设置段。ggrepel的size值(21008-29,Sun)
• 更新ep_str_wrap (21-08-28, Sat)

• cnetplot现在使用命名列表(21008-23,Mon;clusterProfiler # 362)

  在1.13.1版的更改

• 使用aplot::plot_list代替cowplot::plot_grid
• 为cnetplot添加color_category和color_gene参数(21-6-11，星期五)
• 启用showCategory参数支持dotplot.compareClusterResult(21-6-10, Thu)中的字符输入

ensembldb

在2.17.4版本的更改

• 修复了对没有utr的抄本提取5 '或3 ' utr的问题。

  在2.17.3版本中的更改

• 使参数港口可选，用于创建EnsDb数据库。

  在2.17.2版本中的更改

• 在小插图中禁用表意文字绘图。

  在2.17.1版本中的更改

• 修复了导入未压缩的GTF文件时的错误。

epialleleR

1.1.9版本更改(21009-19)

• 使用HTSlib非常快速的内存高效的BAM加载
  • 目前只读取成对端BAM

• 最小化baseq，以减少测序误差的影响

• HTSlib的Fisher精确速度非常快

• 旧代码删除

  1.1.0版本更改(21-05-21)

• 发布在bioconductor

epigraHMM

1.0.8版本的更改

• 修复了maxStepProb文档中的小错误

  1.0.7版本的更改

• 导出maxStepProb，它计算k状态HMM的初始和跃迁概率的MLE，以及simulateMarkovChain，它在给定跃迁概率矩阵的情况下模拟长度为“n”的马尔可夫链

  1.0.6版的更改

• 修复了controllem文档中的小错误

  1.0.5版的更改

• 修复了callPatterns和info函数中的小错误(显式导入S4Vectors::mcols和utils::tail)。

• 导出expStep函数，实现了一个k状态HMM的EM算法(前向后&维特比算法)的E-step。

  1.0.4版的更改

• 添加函数callPatterns来exp[ort]与一组给定的基因组区域相关的组合模式(或后验概率)。

• 添加函数信息从epgrahmm输出打印汇总统计信息。该函数将打印模型的BIC、对数似然和与混合模型组件相关的组合模式。

• 使用来自广泛表观基因组标记H3K27me3、H3K36me3和EZH2的ENCODE ChIP-seq数据添加新的示例数据集helas3。

• 添加选项来修剪与稀有状态相关的组合模式。详情见小插图。

• 在微分峰值调用中，epgramhmm现在输出组合模式表。详情见小插图。

• 改进小插图，以澄清epigraHMM的使用黑名单区域和间隙轨道。

  1.0.3版的更改

• NEWS文件和README页面中的小更新。

  1.0.2版的更改

• epigramhmm现在导出一个名为segmentGenome的函数，该函数将给定的基因组(例如“mm10”)分割成不重叠的基因组窗口，同时考虑间隙轨迹和黑名单区域。

  1.0.1版的更改

• 对包的DESCRIPTION文件和版本号进行了次要修复

逃避

1.3.1版的更改

• 将版本调整到当前的生物导体版本

• 在小插图中增加了DietSeurat()调用，以防止问题

esetVis

1.19.1版本的更改

• typePlot的默认值:将问题长度> 1强制转换为逻辑

• 修复了ggplot2 >= 3.3.4:将引导(fill = FALSE)替换为引导(fill = ' none ')

• 修正少数笔记检查summarizeexperiment + ggvis

ExperimentHub

在2.1.0版的更改

主要更新

• (2.1.1)根据已弃用的缓存位置，从warning/deprecated升级为error/defunct，为下一个版本的移除依赖做准备

FamAgg

1.21.2版本的更改

• 允许在不安装HaploPainter的情况下写入HaploPainter输入文件。

  1.21.1版本的更改

• 在亲缘总和测试结果中添加基于亲缘关系的相关信息。

• 保持内存消耗不变。这允许任意长时间的模拟运行而不会耗尽内存。# 22修复问题。由于该问题的解决，模拟函数报告的直方图和密度可能与相同数据上的可比前运行略有偏差。

famat

1.3.1版本更改(21-10-13)

• 解决测试

  1.3.0版本更改(2020-11-27)

• 对纸上图形的修饰

fCCAC

在1.19.7版本的更改

• 添加html装饰图案。

fgsea

1.19.4版本的更改

• plotGseaTable现在接受单位矢量列宽度

  1.19.2版本的更改

• 固定fora()不能在单一路径上运行

• 固定大k随机基因集生成的问题(issue #94)

• 更改默认eps为1e-50

FindIT2

0.99.13(21008-11)版本更改

• 在plot_annoDistance函数中将geom_density转换为geom_hist

  版本0.99.11 (21-07-16)

• 添加findIT_enrichWilcox函数
• 删除findIT_enrichInShuffle函数

• 将findIT_enrichInAll重命名为findit_enrichment fisher

  0.99.10版本的更改(21007-15)

• 将FindIT2中的所有闪亮功能移动到InteractiveFindIT2中

  0.99.0版本更改(21006-27)

• 提交给Bioconductor

鱼池

在2.0.0版的更改

• 新的loadFry()函数，由何东泽编写，由Steve Lianoglou和Wes Wilson贡献。loadFry()帮助用户导入和处理alvin -fry量化结果。可灵活地分别处理拼接、不拼接和模糊计数。具有特定的输出格式，设计用于下游使用的scVelo或速度分析。参见?loadFry了解更多细节。

• 添加相关性检验:数值协变量与对数计数或对数折数变化的Spearman或Pearson相关性。在原始的SAMseq方法中，已经实现了计数的Spearman相关性检验，即响应类型=“Quantitative”。有关新功能，请参阅?swish手册页中的' cor '参数。

• 添加importAllelicCounts()以方便导入三文鱼量化数据对照二倍体转录组。可以导入“宽”格式或“分析”格式。利用tximeta()。对于基因级别的汇总，importAllelicCounts()可以创建一个适当的tx2gene表，其中包含必要的a1和a2，它将自动设置txOut=FALSE，参见?importAllelicCounts了解更多细节。

• 添加了一个' q '参数plotInfReps来改变点和线的间隔。

• 切换plotInfReps的图例，现在参考级别将在底部，而非参考(如治疗)在顶部。

  在1.99.18版本的更改

• 为importAllelicCounts添加了辅助功能，因此它将创建一个适当的tx2gene表，其中包含必要的a1和a2，并自动设置txOut=FALSE。

• 添加了一个' q '参数plotInfReps来改变点和线的间隔。

• 切换plotInfReps的图例，现在参考级别将在底部，而非参考(如治疗)在顶部。

• 增加loadFry()处理alvin -fry量化结果。可灵活地分别处理拼接、不拼接和模糊计数。

  1.99.15版本的更改

• 添加相关性检验:数值协变量与对数计数或对数折数变化的Spearman或Pearson相关性。在原始的SAMseq方法中，已经实现了计数的Spearman相关性检验，即响应类型=“Quantitative”。有关新功能，请参阅?swish手册页中的' cor '参数。

• 添加importAllelicCounts()以方便导入三文鱼量化数据对照二倍体转录组。可以导入“宽”格式或“分析”格式。利用tximeta()。

  1.9.6版的更改

• 指定的关系。方法matrixStats::rowRanks.

  1.9.1版的更改

• 增加了importAllelicCounts()选项，用于在二倍体转录组上导入Salmon量化。

火焰

0.99.0版本的更改(21-04-15)

• 提交给Bioconductor

FlowSOM

2.1.24版本的更改

• 增加了updatemetacluster函数，删除了relabelmetacluster, reassignmetacluster和reordermetacluster函数。

• 更新后的备忘单

• 从metaclustersMFIs的UpdateDerivedValues中添加代码到UpdateFlowSOM

  2.1.23版本的更改

• 在metaclustermfi中增加了checkNames = FALSE

  2.1.22版本的更改

• UpdateDerivedValues, relabelmetacluster, reordermetacluster和reassignmetacluster中的重排序代码。

  2.1.21版本的更改

• 增加了reordermetacluster，用于重新排序元集群级别。

  2.1.20版本的更改

• 更新了PlotManualBars, Plot2DScatters和FlowSOMmary，以便它与重新标记的元集群一起工作。

  2.1.19版本的更改

• AggregateFlowFrames接受通道和标记

• AggregateFlowFrames现在在文件不包含相同数量的通道时给出警告

• 当文件不包含相同的标记时，AggregateFlowFrames现在给出警告

• 错误修正在AggregateFlowFrames现在工作时，一个通道是给定的

• 错误修正在PlotFileScatters现在工作时，一个通道被给予

• 在PlotFileScatters中增加了silent参数来停止消息

• PlotFileScatters现在支持通道和标记

• 为FlowSOM对象添加信息:FlowSOM对象创建的日期，FlowSOM版本和给FlowSOM调用的参数

• 修复了PlotManualBars中的错误

• 在NewData中增加了silent参数。GetFeatures的silent参数现在也抑制来自NewData的消息(更具体:ReadInput)

  在2.1.17版本中的更改

• 增加了重新分配元集群，重命名或分裂元集群

• 修正了在FlowSOMmary中打印大量警告的问题

• PlotFilescatters现在使文件名唯一，如果它们不是，该函数现在与AggregateFlowFrames的输出一起工作

  2.1.16版本的更改

• PlotManualBars允许NewData函数的输入

  2.1.15版本的更改

• 修正了FlowSOMmary中ggtexttable的警告

  2.1.13版本的更改

• 添加RelabelMetaclusters

• PlotFileScatters现在有一个参数来将y轴标签更改为标记和/或通道(yLabel)

• 现在TRUE/FALSE向量被接受为getmarks /GetChannels的输入

  2.1.11版本的更改

• 为AddAnnotation添加了示例

• 增加示例到NClusters, nmetclusters

• 更改了使用fsom到flowSOM.res的示例

• 为AddLabels和PlotNumbers、PlotLabels添加了textColor和textSize

• PlotNumbers可以用参数“level”来绘制集群和元集群

• 在GetFeatures中，填充参数被更改为level

• 增加了GetCounts和getpercentage，分别获取每个集群或元集群的计数或百分比

• FlowSOMmary不再崩溃与热图中具有相同值的列

• 包含了FlowSOM类的打印函数

• 修复了PlotManualBars中的错误

• PlotMarker现在也接受多个标记

  在2.1.8版本的更改

• 解决了将无列矩阵赋给SOM函数的问题

  2.1.5版的更改

• FlowSOM函数中的Scale参数默认为FALSE。

• FlowSOM包装器函数现在返回FlowSOM对象，而不是包含FlowSOM对象和元集群的列表

• 元集群现在作为flowSOM对象中的一个元素被发现。此外，元集群的数量和MFI值被存储，并可由nmetacluster()和GetMetaclusterMFIs()函数访问。

• 如果您想重用以前版本生成的FlowSOM对象，可以使用UpdateFlowSOM函数。

• FlowSOM现在默认使用nClus = 10而不是maxMeta = 10

• FlowSOM现在使用ggplot2进行绘图。PlotFlowSOM提供了主要结构，并具有适应nodeSize、视图(网格、MST或一些自己的布局矩阵)的参数，……PlotStars等通过向ggplot对象添加额外的层来构建。这也允许在所有布局工具中轻松地合并多个情节，如ggarrange, cowplot, patchwork，…

• GetChannels/ getmarker现在也可以接受FlowSOM对象作为输入，而不是flowFrame。新功能:

• 为了使用多个图轻松生成模型的清晰摘要，您现在可以使用FlowSOMmary函数，该函数创建一个pdf文件。

• GetFeatures允许映射新文件(在内部使用NewData函数)，并可以返回每个样本的集群计数、百分比和MFI值。

• 在运行FlowSOM算法之前，PlotFileScatters对于获得潜在批处理效果的概述非常有用

fobitools

1.1.9版本的更改

• 包小插图标题的微小更改。
• parse_fobi()函数的微小更改。
• 更新所有数据文件到FOBI 1.5版本。

fobitools 1.0.0

• 在Bioconductor 3.13版本发布。

gCrisprTools

在2.0.0版的更改

主要更新添加以下功能:

• 格式、库和测试改进

  o使用1:many reagent:target赋值来处理库

  o标准化和澄清注释对象和符号/标识符的关系

  o为时间程屏幕实现因子分位数归一化

  o介绍simpleResult格式和与相关函数的集成

  o用于量化和可视化对比信号一致性的条件测试框架

• 通过Sparrow过渡到基因集富集测试

  o实现包装器，并提供在池屏幕中基因集富集测试的建议

  o为具有异构靶标的文库实现GREAT-style路径映射:基因映射

  o用于跨屏幕比较丰富信号的汇总工具

• 新的可视化和解释工具

  o信号汇总条形图(单一或多重对比)

  o瀑布试剂/靶标/通路可视化(单次对比)

  o对比对比图:

  • 顶层和谐(CAT)

  • 概率空间散点图

  • 用条件重叠框架打乱图

《创世纪》

在2.23.9版本的更改

• 抽样时，将协方差矩阵子集到指定样本。id参数在使用AnnotatedDataFrame调用时传递给fitNullModel

  在2.23.8版本的更改

• 为assocTestSingle增加了隐性和显性编码选项。

  在2.23.7版本的更改

• 通过写一个临时的GDS文件来实现对pcair的MatrixGenotypeReader方法。

  2.23.5版的更改

• assocTestSingle, assocTestAggregate, admixMap和pcrelate使用BiocParallel包对变量块进行并行执行。

  在2.23.4版的更改

• 对于assocTestAggregate，单个迭代器元素(NxM，其中N=样本数，M=变量数)中的基因型总数可能为>2^31。

GeneTonic

1.6.0版的更改

新功能

• GeneTonic现在可以接受clusterProfiler的基因集富集分析函数(gseGO和GSEA)的输入，正如在shake_gsenrichResult()函数中实现的那样
• 在每个图形和交互小部件下面，我们提供了一个按钮，用于打开一个模式窗口，在该窗口中以代码片段的形式显示再现该输出所需的代码。这些可以很容易地复制到扩展报告中，或用于记录探索过程。

其他的笔记

• 关于GeneTonic的手稿现在可以在bioRxiv上https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.05.19.444862v1获得-引用项已相应更新
• GeneTonic的Shiny应用现在使用的是bs4Dash的最新版本，该版本引入了一些突破性的变化。大多数元素现在应该像在原始实现中一样可用

GenomeInfoDb

1.30.0版本的更改

新功能

• 注册NCBI组件:
  • mRatBN7.2
  • UMICH_Zoey_3.1
  • Callithrix_jacchus_cj1700_1.1
  • MU-UCD_Fhet_4.1 (GCA_011125445.2)
• 注册UCSC基因组:
  • rn7
  • canFam5
  • calJac4

用户可见的明显变化

• UCSC的hg38基因组现在基于GRCh38。而不是GRCh38.p12

• UCSC的mm10基因组现在基于GRCm38。而不是GRCm38

• seqlevelsStyle() setter现在会在某些seqlevel无法切换时发出警告。

GenomicAlignments

1.30.0版本的更改

• 这个版本没有变化

GenomicFeatures

1.46.0版本的更改

用户可见的明显变化

• makeTxDbFromGFF()/makeTxDbFromGRanges()的小更新:makeTxDbFromGFF()和makeTxDbFromGRanges()现在识别并导入protein_coding_gene类型(或protein_coding_gene术语的任何后代类型)的特征作为基因。这是通过将protein_coding_gene及其后代添加到genome features:::. gene_types中来实现的。

GenomicRanges

1.46.0版本的更改

• 这个版本没有变化

GenomicSuperSignature

1.2.0版的更改

• (错误修正)
  • n的观点annotatePC是硬编码的。现在它可以返回不同数量的富集路径。
  • 腹肌的观点annotatePC是固定的。
  • 修复内部错误分配的变量plotAnnotatedPCA函数。
• (主要)
  • drawWordcloud有了新的论点droplist．
  • 参数名称plotAnnotatedPCA改变从个人电脑来PCnum．
  • 新论点studyTitle为findStudiesInCluster函数。
• (小)
  • 更新包描述信息。
  • 如果为任何函数提供了不存在的索引，它将返回错误消息。

GeoDiff

在0.99.5版本的更改

修正

• 修复平台构建/检查错误

  在0.99.4版本的更改

修正

• 地址评论家的评论

  在0.99.3版本的更改

修正

• 删除种子

  在0.99.2版本的更改

修正

• 减少NBthDEmod2的文件大小。rda和kidney.rda
• 更新单元测试

• 改变维护者

  在0.99.1版本的更改

修正

• 修改小插图的生物提交

  在0.99.0版本的更改

新功能

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package
• 包模板创建

GeomxTools

• 与1.1.4相比没有变化

ggmsa

更改版本21009-22

• 0.99.1更新描述和新闻文件(21-09-28，周二)
• 0.99.2在extdata/inst中添加行数据文档并清理代码(20121-09-29,Wed)
• 0.99.3从master中删除一些小插图(构建在gh-pages分支上)(2021年10月1日星期五)
• 0.99.4从“Imports”中删除“stringr”包(21-10-11,Mon)

• 0.99.5使consensus_views兼容ggtreeExtra并添加包描述。(2021-10-21,清华)

  版本0.0.10的更改

• 更新SeqDiff图下部的默认配色方案(21-08-20，星期五)

  0.0.9版本的更改

• 导入R4RNA修复R检查(21-08-03，周二)

  0.0.8版本的更改

• 错误修复:修复color_scheme中的变量名称错误。(2021-07-29,清华)

• 从seqcombo包中迁移序列重组功能。(星期二,2021-07-20)

  0.0.7版本的更改

• 增加了gghelix()和geom_helix()。(2021-04-1,清华)
• 增加了显示填充图例的选项。(星期二,2021-03-23)
• 增加了一条错误信息，提醒“序列必须有唯一的名称”。(2021-03-18,清华)

• 添加ggSeqBundle()为基于ggolot2的msa绘制序列束

  在0.0.6版本中的更改

• 支持链接ggtreeExtra。(2021-01-21,清华)
• 错误修正:在'树+ geom_facet(字体)'中的反转序列。(2021-01-21,清华)
• 错误修正:当序列起始点大于1时分区错误。(2021-01-21,清华)
• bug修正:为每个面板生成连续的x轴标签。(2021-01-21,清华)

• 支持自定义颜色custom_color。(我2020-12-28)

  0.0.5版的更改

• 添加了一个名为by_conservation的新视图。(星期二,2020-12-22)
• 增加了新的配色方案疏水性和新的参数边界。(我2020-12-21)
• 重写函数facet_msa()。(2020-12-03,清华)
• Debug: tree + geom_facet(geom_msa())不起作用。(2020-12-03,清华)
• 增加了一个新的函数geom_msaBar()。(2020-12-03,清华)
• 增加了一个用于共识视图的新参数ignore_spaces。星期五(2020-10-09)
• (2010-10-05，周一)
• (2020-9-30，周三)

• 增加了新的颜色LETTER和CN6，由shixiangwang提供

  0.0.4版本的更改

• 修正了msa_data中的警告消息。R(2020-4-26,阳光)
• 为geom_*()添加了ggplot_add方法(2010-4-24，星期五)
• 在ggmsa()中增加了一个参数seq_name (2020-4-23, Thu)
• 增加了一个新的函数facet_msa() - >分解MSA(2020年4月17日星期五)
• 在ggmsa()中增加了一个参数poshighlit(2020-4-17，星期五)
• 创建了一个新的层geom_asterisk()来优化geom_seed() (2020-4-11, Sta)
• 增加了新的函数available_colors()， available_fonts()和available_msa() (20-3-30, Thu)
• 增加了一个新的函数geom_seed() - >强调miRNA序列中的种子区域(2020年3月27日，星期五)
• 增加了一个新的函数ggmotif() - >独立地绘制序列motif(2020-3-23, Tue)

• 增加了等间距字体DroidSansMono (2020-3-23, Mon)

  0.0.3版的更改

• 释放v=0.0.3 (2020-03-16, Mon)
• 在MSA中增加了一个新的函数geom_GC() - >绘制GC内容(20-02-28，星期五)
• 在MSA中增加了一个新的函数geom_seqlogo() - > plot plot sequence motif(20-02-14，星期五)

• 使用比例缩放算法(2017-01-08,Wed)

  在0.0.2版本中的更改

• 支持剧情序列logo(2019-12-25，周三)
• 增加了三种字体:helvetical, times_new_roman, mono (2019-12-21, Sta)
• 增加了三种字体:serif_font, Montserrat_font, roboto_font (2019-12-17, Tue)
• 添加内部轮廓多边形(2019-12-15,Sun)
• 修正了tidy_msa的错误
• 导入seqmagick用于解析fasta

• tidy_msa用于将msa文件/对象转换为整齐的数据帧(19-12-09,Mon)

  0.0.1版的更改

• CRAN首次发布(2019-10-17，星期四)
• 已于2021年8月17日从CRAN删除

ggspavis

0.99.0版本更改(21008-08)

• 版本提交给Bioconductor

ggtree

3.1.6版的更改

• geom_cladelab现在支持扩展参数，如在geom_cladelabel (21-10-14, Thu， @xiangpin， #446)
• geom_hilight支持填充线性渐变颜色和圆形矩形背景(21-10-11,Mon;@xiangpin, # 449, # 444)

• 使用负边长度(hclust可能产生负树高)(20121-09-29,Wed;@xiangpin, # 441, # 445)

  3.1.5版的更改

• ggdensitree对齐。tips=TRUE设置最大x为0(2021-09-26，太阳;@brj1, # 437, # 439)
• gheatmap自定义列标题(20121-09-15,Wed， @mat -sd-watson， #434)

• 修复了geom_segment2中nudge_x参数的错误(20121-09-03，星期五;@xiangpin # 433)

  3.1.4版的更改

• 在geom_hilight中引入对齐参数(21-08-30,Mon;@xiangpin # 431)
• 在geom_facet中的数据参数现在接受函数作为输入(21-08-22,Sun;@xiangpin # 430)
• 进口ggfun和yulab。星期五跑龙套(2021-08-20)

• 允许使用选项(layout.radial.linetype)设置径向布局的直线类型(可以是'直'或'弯曲')(21-08-13，星期五;@xiangpin # 427)

  3.1.3版的更改

• geom_tiplab中的数据参数和geom_tree中的位置参数(21-08-10,Tue;# 426, @xiangpin)
• geom_hilight和geom_cladelab支持函数作为输入数据(2010-07-28，周三;# 421, @xiangpin)
• Td_mutate用于突变树数据

• geom_tiplab支持字体美学(21-07-06,Tue;@xiangpin)

  3.1.2版的更改

• 计算无根布局树的分支中点(21-06-11，星期五)
• 分支。y和branch.x

• geom_range支持aes映射(21-06-04，星期五)

  3.1.1版的更改

• 修复了geom_range (21-06-01, Tue)的错误
• https://github.com/YuLab-SMU/ggtree/pull/410
• 现在，geom_nodelab有一个node= " internal "参数。(我2021-05-31)
• 如果node = " external "，它等价于' geom_tiplab
• 如果node = " all "，它等价于list(geom_tiplab()， geom_nodelab())

ggtreeExtra

1.3.6版的更改

• 修复了删除一些数据时网格线的问题。(2021-08-25,结婚)

  1.3.5版的更改

• 更新引用ggtreeExtra (21-08-25, Wed)。

  1.3.4版的更改

• 修复compute_aes以更好地兼容ggplot2 (>=3.3.4) (21-08-09, Mon)

• ggplot2(>=3.3.4)引入了computed_mapping。

  1.3.3版的更改

• 更新参考。(星期二,2021-06-08)
• 修正向量逻辑检查。星期五(201-06-11)

• c(TRUE, TRUE) && c(TRUE, TRUE)在生物导体的开发环境中是不允许的

  1.3.1版的更改

• geom_fruit的数据参数支持函数输入。(2021-05-20,清华)
• 轴的参数。参数和网格。参数可以由中间变量赋值。(2021-05-26,结婚)

• https://github.com/YuLab-SMU/ggtreeExtra/issues/9

  1.3.0版的更改

• 新版本发布，以及bump新devel版本(1.3.0)。(2021-05-20,清华)

glmGamPoi

1.5版本的更改

• 选择更合理的尺度进行全局过分散估计

• 使代码更健壮意外内部NA

• 增加回退机制，以防Fisher评分不能收敛。不要返回NA，而是再次尝试使用BFGS算法。

• 更好的错误消息，如果设计包含NA

GOfuncR

在1.13.1版的更改

用户级的变化

• 更新GO-graph(版本01- 2021年5月)

GOSemSim

在2.19.1版本中的更改

• TCSS方法(@qibaiqi， #35;2021-08-02,我的)

• GOSemSim 2.18.0

• Bioconductor 3.13版本

gscreend

1.8.0版本的更改

• 改进的并行化实现，以更快的分析性能。

• 解决针织错误2021年6月

GSEABase

1.56版的更改

用户可见的明显变化

• goSlim()不会截断Terms (https://github.com/Bioconductor/GSEABase/issues/5)

GSVA

1.50版本的更改

错误修复

• 修正了https://github.com/rcastelo/GSVA/issues/54的错误，使过滤基因的常量表达式行为相同，而不管数据容器的延迟或非延迟性质。

HDF5Array

1.22.0版的更改

• 这个版本没有变化

HDTD

1.27.1版本更改(21007-28)

• 引用文件更新。

• 添加rmarkdown建议。

HGC

1.1.3版本更改(21-07-06)

• 修改绘图函数。

  1.1.2版本更改(21006-14)

• 增加Seurat管道和igraph管道的api。

  1.1.1版本变更(21-05-27)

• 修改包手册。

  1.1.0版本更改(21-05-20)

• 开发版本1.1.0在Bioconductor中可用。

hiAnnotator

在1.27.1版本的更改

• 建议在DESCRIPTION中使用“markdown”包，并在适用的地方使用hg19作为默认冻结。

HIBAG

1.30.0版本的更改

• 增加对Intel AVX-512VPOPCNTDQ intrinsic的支持(比AVX512BW更快)

希尔达

1.7.6版本更改(20-10-13)

• 触发bioc构建

  1.7.5版本更改(20-10-08)

• 将R版本依赖关系从3.6升级到4.1

  1.7.4版本更改(20-10-08)

• 修复一个问题

• 添加引用文件

  1.7.3版本更改(20-10-07)

• 准备释放

  1.7.2版本更改(20-10-07)

• 修复单元测试中的警告

  1.7.1版本更改(20-10-07)

• 更新man文件

hiReadsProcessor

1.29.1版的更改

• 建议在描述中使用“降价”包

hpar

1.35版的更改

1.35.1版的更改

• 建议rmarkdown

1.35.0版本的更改

• 新的生物开发版本

HPAStainR

1.2.1版的更改

• 捕获了一个没有的错误没有检测到列中断函数

• 包括“rmarkdown”包在建议

HPiP

0.99.17(21009-16)版本更改

• 更新小插图示例

• 修改了get_positivePPI()函数

  0.99.16(21009-15)版本更改

• 更新小插图人物
• 修改了pred_ensemble()函数

超

1.9.1版的更改

• Msigdb_download()通过基因集中不同的基因符号进行过滤(与msigdb >=7.4.1相关)

  1.9.0版的更改

• 生物导体的版本凹凸

理想的

1.18.0版本的更改

错误修复

• 修正了用colData元素装饰签名热图时的意外行为

其他的笔记

• 理想()应用程序中UI元素的一些对齐，以协调页面的内容
• 更新了用户界面中的图标，以匹配fontaweesome名称的最近更改

IgGeneUsage

1.7.24(21-10-14)版本更改

• 小型模型更新:alpha γ par的顶级超先验意味着不再需要了。比较本月/ extdata / zibb。斯坦和本月/ extdata / zibb_original.stan

imcRtools

0.99.9(2021-10-22)版本更改

• 删除了64位窗口的某些单元测试

  0.99.8(21-10-11)版本的更改

• 增加补丁检测方法

  0.99.7(2021-10)版本的更改

• 添加了所有单元测试

• 固定read_steinbock x/y轴默认值

  0.99.0版本更改(21009-14)

• Bioconductor提交

  0.3.12版本更改(2021-09-01)

• 为Bioconductor提交整理

  0.3.11版本更改(21008-19)

• 为plotSpatial函数增加了flip_x, flip_y参数

• readscefrommtx不再需要点名

• KNN图结构可以根据距离进行修剪

• 添加

  0.3.10版本变更(21008-18)

• 添加countInteractions函数

• 添加testInteractions函数

  0.3.9版本更改(21-07-29)

• 添加buildSpatialGraph函数

• 添加plotSpatial函数

• 添加aggregateNeighbors函数

  0.3.8版本更改(21006-30)

• 调整read_steinbock函数的默认参数

• 增加了更新的测试数据

  0.3.7版本更改(21006-14)

• 增加了read_cpout函数，文档和测试

  0.3.6版本更改(21006-04)

• 增加了read_steinbock函数，文档和测试

  0.3.5版本更改(21-05-20)

• filterPixels的单元测试和文档

  0.3.4版本更改(21-05-18)

• 增加了readImagefromTXT功能和测试

  0.3.3版本更改(21-05-17)

• bincrossspixels的单元测试

  0.3.2版本更改(21-05-16)

• 调整了plotSpotHeatmap功能和单元测试

  0.3.1版本更改(21-05-15)

• readscefromtx接受列表和路径

  0.3.0版本更改(21-05-07)

• 增加了溢出校正的辅助功能

• 删除冗余功能

  0.2.0版本更改(2019-11-28)

• 新增功能calculatsummarmary、plotCellCounts和plotDist

  0.1.0版本更改(2019-09-17)

• 最初的承诺

immunoClust

1.25.2版本的更改

• 变化

  • 修复了来自单个免疫集群对象的immunoMeta构造函数的错误

    1.25.1版本的更改

• 变化
  • 错误修复im subset.immunoMeta-object

immunotation

1.1.1版本变更(21008-09)

• 解决了MHC参考列表读取时的错误。

infercnv

1.8.1版本更改(20-08-16)

• 修复第15步的名称生成错误。

• 将注释名称处理为字符串，即使它们看起来像数字。

InteractiveComplexHeatmap

1.1.4版的更改

• 对于热图小部件的三个div块，现在显示:表格单元这样在更改浏览器窗口的大小时div的位置就不会改变。

• 添加一个新的小插图“分享交互式热图给合作者”。

  1.1.3版本的更改

• fontawe是直接从fontawe包装上取的。

• 还要从完整的热图继承row_names_gp和column_names_gp

• 具体热图的js和CSS内容直接添加到HTML中，而不是以文件的形式包含

  1.1.2版的更改

• 添加保存论点htShiny ()．

  1.1.1版的更改

• 添加新的参数sub_heatmap_cell_fun而且sub_heatmap_layer_fun为子热图只设置cell_fun或layer_fun。

InterCellar

2.0.0版本更改(2021-10-20)

• 增加上传多达6个数据集，可以并行分析
• 增加了支持的工具CellChat和ICELLNET
• 在数据驱动分析中增加了多条件比较
• 在多个条件中增加了重要的功能术语
• 在自动生成的文件夹中增加了输出文件夹和文件下载
• 为交互增加了权重
• 在基因宇宙中增加了网络
• 关于页面更新

iPath

在0.99版的更改

新功能

• 初步审查。

  在0.99.0版本的更改

• 修改所需的文件并格式化代码样式。

IRanges

在2.28.0版本的更改

用户可见的明显变化

• 将DataFrameList对象的dim()、nrow()和ncol()方法替换为dim()、nrows()和ncols()方法。

弃用,已经

• 弃用DataFrameList对象的dim()、nrow()和ncol()方法，以支持新的dim()、nrows()和ncols()方法。

ISAnalytics

1.3.9版本更改(21-10-25)

修复

• 修复了使用BiocParallel的函数在Windows平台上有时会失败的问题

  1.3.7版本更改(21-10-20)

新

• 增加了新特性iss_source()

修复

• 修复了数据文件refGenes_mm9和函数compute_near_integration()中的小问题

  1.3.6版本更改(21-10-05)

新

• 增加了新的特性purity_filter()

修复

• 修正了报告中打印信息的小问题

  1.3.5版本更改(21009-21)

重大变化

• 重做了is_sharing()函数，详细用法(" sharing_analyses "， package = " ISAnalytics ")

新

• cumulative_is()的新函数

• 绘制共享图的新函数sharing_venn()

  1.3.4版的更改

修复/小更新

• 修正了测试中导致破坏构建的问题

• 稍作修改包括数据集更好的例子

  1.3.3版本更改(21-07-30)

重大变化

• 完全重做的交互式HTML报表系统，详细信息请查看新的小插图(" report_system "， package = " ISAnalytics ")
• 老ISAnalytics。widgets选项已被ISAnalytics.reports替换
• 在remove_collisions()中，删除了参数seq_count_col, max_rows_reports和save_widget_path，添加了参数quant_cols和report_path(详细信息请参见文档)

微小的变化

• import_single_Vispa2Matrix()现在允许保留额外的非标准列
• compute_near_integration()现在在更大的数据集上更快
• 更改了compute_丰度()中参数列和键的默认值
• Compute_near_integrations()现在只生成*中的重新校准映射。tsv格式
• CIS_grubbs()现在支持对参数by中指定的每个组进行计算
• 在sample_statistics()中，现在可以选择为每个组包括不同的集成站点的计算(如果存在强制变量)

新功能

• 增加了新的绘图函数circos_基因组ic_density()

修复

• 修正了冲积图NA值的小问题

的用法

• 正式弃用了import_parallel_Vispa2Matrices_interactive()和import_parallel_Vispa2Matrices_auto()，取而代之的是import_parallel_Vispa2Matrices()

其他

• 这个包现在为可执行示例提供了一个更完整和功能更强大的示例数据集

• 修改了文档

  1.3.2版本更改(21006-28)

修复

• 修正了手册页中的问题

  1.3.1版本更改(21006-24)

新功能

• is_sharing计算组间的IS共享
• Sharing_heatmap允许通过热图可视化共享数据
• Integration_alluvial_plot允许可视化集成站点随时间的分组分布。
• top_abundance _tablegrob可以与前面的函数结合使用，也可以单独使用，以R graphic (tableGrob)对象的形式获得顶部丰富集成的摘要，该对象可以与图组合。

小更新

• 为default_stats添加了更多的默认统计函数
• 添加可选的自动转换时间点在月和年导入关联文件
• 修复了generate_Vispa2_launch_AF

iSEE

在2.5.3版的更改

• 用fontaweesome 5版本替换图标

  在2.5.2版的更改

• 修正了将有太多级别的分类列转换为数字列的错误

• 修复了热图崩溃的错误，如果列是按一个没有显示的选择排序

  在2.5.1版的更改

• 修复了被移除的面板在可选择的面板中显示的问题。

iSEEu

1.5.2版的更改

• 修复了在传输列选择时导致AggregatedDotPlot崩溃的错误。

• 修复了检索特性集的错误

  1.5.1版的更改

• 修复手册页中的拼写错误。

IsoformSwitchAnalyzeR

1.15.02(21009-14)版本更改

• 更新类型:小。

• 各种错误消息更新

  1.15.01版本更改(2021-09-01)

• 更新类型:小。

• 由于生物导体版本的碰撞。

• preFilter()现在将基因表达截断应用于这两种情况，而不是整体平均值。

• 对analyzePFAM()进行了更新，以反映tidyverse read_fwf函数的最新更新。此外，它还能更好地区分丝锥分离和与文件固定。

isomiRs

1.21.1版本的更改

修复

• rmarkdown dependcies

• 修复了与旧版本不同的bug (#19)

烤肉串

1.27.2版本的更改

• 修复evaluatePrediction()(避免长度为>1的逻辑条件)

  在1.27.1版本的更改

• 修复了避免编译代码产生警告的问题

• 修复kebabsDemo()以避免构建警告;现在执行这个函数不再有任何副作用(以前，数据对象被加载到全局工作区中)

  1.27.0版本的更改

• Bioconductor 3.14 devel的新分支

limma

3.50.0版本的更改

• 改进fry()和barcodeploy()的帮助页面。

• 修改《用户指南》第18.1.10节，使X和Y基因在图间的颜色一致。

• 修复plotMDS()(在上一个版本中引入)的MDS类方法在new时的错误dim.plot值集。

• 修复read.idat() when中的错误注释包含NA值。

LOBSTAHS

1.19.2版本的更改

• 消除了由于“trimmed_databases”目录遗留的一些重复

  1.18.1版本的更改

• 更新了作者和维护者

• 正式支持新的脂类，包括胆盐、蜡酯、醌类等。

LoomExperiment

1.10.1版本的更改

新功能

• (v 1.10.1)在元数据中添加' /attrs '，如果存在的话

错误修复

• (v 1.10.1)当ReducedDims不存在时，不要删除所有元数据

LRBaseDbi

在2.4.0版的更改

• 已弃用生物的lrbase . xxx . g.db-type注释包。

• 每个SQLite文件的分布已经更改为annotationhub样式。

• 通过使用LRBaseDbi，我们可以将AnnotationHub的查询函数获取的SQLite文件转换为LRBase对象，然后可以像以前一样使用LRBase. xxx . example .db进行分析。

• makeLRBasePackage函数已弃用。

• .loadLRBaseDbiPkg被弃用。

m6Aboost

0.99.0版本更改(2021-05-27)

• 提交给Bioconductor

Maaslin2

1.7.1版的更改

• 更新教程数据文件

• 更新生物导体测试的knitr依赖项

maftools

在3.14版的更改

新功能

• sampleSwaps给出一个BAM文件列表，功能基因型已知snp，并识别潜在相关的样本。

错误修复

• 返回作为矩阵的mutCountMatrix输出

增强

• 为oncoplot添加了showPct参数。问题:问题:771
• 静默地从oncoplot和cooncoplot问题:771返回样品订单

马尔

在3.13版的更改

• 2021年5月10日添加了功能标签输出

  在3.12版的更改

• 2021年4月27日增加了功能标签输出

• 2021年3月6日增加截止值

MatrixGenerics

1.5.4版的更改

• 与matrixStats v0.60.1同步API。

  1.5.2版的更改

• 与matrixStats v0.60.0同步API。

  1.5.1版的更改

• 修复回退机制的功能环境(和)的问题。确保包可以使用带有::符号的MatrixGenerics来调用sparseMatrixStats和DelayedMatrixStats中的函数。

MatrixQCvis

1.1.2版本更改(21009-06)

• 从colnames(se)中获取shinyQC的示例id

• 从行名中获取shinyQC的特性id

• 修复报告中的错误。Rmd (change input for create_boxplot to se)

  1.1.1版本变更(21008-27)

• 修复了biocrates和maxQuant函数的错误

事

1.19.1(21-10-20)版本更改

错误修复

• 修复两个' matter_vec '对象的' cbind() '错误

megadepth

1.3.3版的更改

用户可见的明显变化

• 使install_megadepth对用户更加透明。交互式会话现在会提示用户同意在打印位置安装Megadepth。

模因

1.1.3版本的更改

• 修正了runTomTom在数据导入时设置norc = TRUE失败的错误

  1.1.1版的更改

• runFimo现在返回NULL并在text = FALSE时打印消息，而FIMO没有检测到匹配，而不是抛出神秘的错误消息

MeSHDbi

1.30.0版本的更改

• 已弃用与mesh相关的包(MeSH.XXX.eg.db、MeSH.db、mesh . aoror .db和mesh . crc .db)。

• 每个SQLite文件的分布已经更改为annotationhub样式。

• 通过使用MeSHDbi，我们可以将AnnotationHub的查询函数获取的SQLite文件转换为MeSH对象，然后可以像以前一样使用与MeSH相关的包进行分析。

• makeGeneMeSHPackage被弃用。

• .loadMeSHDbiPkg被弃用。

网格

1.19.3版本的更改

• 缓存数据库和表(21-09-01,Wed)

  1.19.2版本的更改

• 进口yulab。跑龙套(2021-8-19,清华)

  1.19.1版本的更改

• 删除MeSH.db包，使用AnnotationHub获取MeSHDb数据库

meshr

在2.0.0版的更改

• 规范更改为“annotationhub样式”

• 删除对MeSH.db、mesh . aora .db、mesh . crc .db、MeSH.Hsa.eg.db、MeSH.Aca.eg.db、MeSH.Bsu.168.eg.db、MeSH.Syn.eg.db的依赖关系

• Vignette更改了规格更改

• 所有数据删除

metabCombiner

1.3.2版的更改

改变labelRows

• 新增resolveConflicts + rtOrder参数，用于自动解决在combinedTable中冲突的特征对对齐fows，并嵌入C函数(resolveRows.c)

• new参数rtOrder与resolveConflicts配对确定在解决对齐冲突时是否期望RT顺序一致性

• 删除{labels, subgroup, alt}的重复列名，不再允许在合并表中出现

改变metabCombiner

• metabCombiner对象输入的新检查:在将metabCombiner对象与新的数据集对齐之前，必须调用labelRows

• resolveConflicts方法应用于metabCombiner对象，以消除冲突对齐/实现所有特征的1-1匹配

• 新的rtOrder参数控制resolveConflicts类似于上面

  1.3.1版的更改

更改为fit_gam()/ fit_黄土

• 消息从使用cat()改为使用message()

对metabCombiner()和combinedTable / featdata槽的更改

• rowID列现在是两个表中的第一列，而不是将此信息作为行名

更改calcScores() / evaluateParams() / labelRows

• 更新以反映上述变化，以保持组合表和特征数据之间的rowID相同

改变write2file

• 当使用metabCombiner对象作为输入时，由rowID列合并的combinedTable和featdata

MetaboCoreUtils

1.1版的更改

MetaboCoreUtils 1.1.1

• 添加correctRindex函数。
• 在质谱中增加组同位素功能。

metaseqR2

1.5.1版本更改(21006-14)

新功能

• 一个也没有。

错误修复

• 修复了注释的向后兼容性。

• 修复bigGenePred基因注释轨迹生成。

methylclock

在0.99.27版本的更改

• Bioconductor 3.14版本中的新包

MetNet

1.11.5版本更改(21-10-12)

• 在结构中添加基于由结构中的var参数定义的转换列的分析，类型的邻接矩阵将存储在转换列中定义的AdjacencyMatrix对象中

• 实现结构，使其还可以计算无向网络的质量差为0

  1.11.4版本更改(21009-09)

• 在mz_summary中as.data.frame(am)的移位计算

• 修复了注释和小插图中的几个错别字

• 修复rtCorrection函数

  1.11.3版本变更(21-08-30)

• 更改质量差的计算，使用(M_2+ppm)-(M_1-ppm)和(M_2-ppm)-(M_1+ppm)之间的差，而不是(M_1-ppm)-(M_1)和(M_2+ppm)-(M_1)之间的差来查询转换列表

  1.11.2版本更改(21-08-30)

• 更改test_combine中的错误消息

米娅

1.1版本更改(21006-04)

• 将transformCounts拆分为transformSamples和transformFeatures

• 增加了多样性索引log_modullo_skewness

• 增加了汇总优势类群信息的功能

• 为colData添加了主要分类信息的包装器

• 增加了专门的子设置功能，按流行率进行子设置(subsetByPrevalentTaxa/subsetByRareTaxa)

• 添加mapTaxonomy

• 添加estimateDivergence

• 修正:makephyloseqfromtreesummarizeexperiment现在检查rowTree是否兼容

• bug修正:meltAssay支持矩阵类型

• bug修正:当有重复的行名时，meltAssay也能够包含rowData

• 添加subsampleCounts用于子采样/稀疏数据

miaSim

0.99.0版本更改(21009-29)

• 增加了三个仿真模型和三个功能

• 提交给Bioconductor

miaViz

1.1版的更改

• 添加plotAbundanceDensity (2021-06-23)

微生物组

2.1.2版本更改(2020-07-01)

• 改进了堆芯热图标记

• aggregate_top_taxa弃用

• 双模态和电位分析功能固定

  2.1.1版本更改(2020-04-06)

• 添加重叠函数

  1.14.1版本更改(21009-29)

• 从关联函数中删除分类方法

microbiomeMarker

0.99.0版本更改(2021-09-01)

• 提交给Bioconductor

MicrobiomeProfiler

在0.99.0版本的更改

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.

MicrobiotaProcess

1.5.9版的更改

• 添加包括。行名来控制是否将OTU作为diff_analysis和get_alltaxadf中的分类特征表或as.treedata中的提示标签。(星期二,2021-10-19)
• 修复重命名错误，重命名分类法名称现在可以工作。(星期二,2021-10-12)
• 在mp_rrarefy中引入trimSample检查是否删除丰度不足的样本。(我2021-10-11)
• 更新MPSE以允许分析支持data.frame或DFrame类。星期五(2021-10-08)

• 更新mp_plot_ord以抑制第三个依赖包的消息。星期五(2021-10-08)

  1.5.8版本的更改

• 修复了tidyr在unnest中AsIs列表类的bug(>= 1.1.4)。星期五(2021-10-01)

• 添加mp_aggregate函数。(2021-09-26,阳光)

  1.5.7版本的更改

• 修复了mp_plot_upset的错误。星期五(2021-09-10)

• 更新mp_plot_ord。(我2021-09-13)

  1.5.6版本的更改

• 将试验的第一个元素的类型转换为矩阵，以兼容DESeq2的DESeqDataSet, tidybulk的test_differential_abundance。(2021-09-09,清华)
• 更新显示和打印MPSE类的格式输出。(2021-09-08,结婚)
• 使用新的tidytree更新mp_cal_丰度。(星期二,2021-09-07)

• 包括介绍。mp_filter_taxa中的最低参数。(星期二,2021-09-07)

  1.5.5版的更改

• 更新mp_plot_ord以显示cca、rda和envfit结果的生物图。(我2021-09-06)
• 更新MicrobiotaProcess的小插图。(坐2021-09-04)
• 返回mp_diff_analysis操作完成后更新的MPSE对象action= " add "。星期五(2021-08-31)
• 然后使用mp_extract_tree提取不同分析结果的taxtree和otutree。
• 修复了MPSE一行打印的问题，并更新mp_plot_ord以显示侧箱图。(星期二,2021-08-31)
• 在mp_cal_pca, mp_cal_pcoa, mp_cal_rda, mp_cal_nmds, mp_cal_rda, mp_cal_cca, mp_cal_dca或mp_envfit其中一个运行后，添加MPSE或tbl_mpse对象的mp_plot_ord。(我2021-08-30)
• 使用action= " add "执行mp_cal_dist后，为MPSE或tbl_mpse对象添加mp_plot_dist。(坐2021-08-28)
• 为MPSE添加mp_plot_丰度，mp_plot_alpha, mp_plot_rarecurve, mp_plot_venn, mp_plot_upset，在相应的mp_cal_丰度，mp_cal_alpha, mp_cal_rarecurve, mp_cal_venn, mp_cal_upset执行action= " add "之后。星期五(2021-08-27)

• 修复了当as.MPSE中summarizeexperiment的行名或colnames为NULL的问题。(2021-08-26,清华)

  1.5.4版的更改

• 在summarizeexperiment(1.23.3)中修改assays的行名和colData的colname为相同。(2021-08-26,清华)
• 为MPSE对象添加mp_extract_refseq。(2021-08-25,结婚)
• 更新。MPSE为summarizeexperiment对象。(星期二,2021-08-24)
• 添加mp_filter_taxa删除低丰度和低出现的分类。(星期二,2021-08-24)
• 为MPSE添加colData<-和left_join。(我2021-08-23)
• 修复MPSE对象的突变。
• 不要从phyloseq导入parse_taxonomy_greengenes和parse_taxonomy_qiime。(星期二,2021-08-17)
• 添加。MPSE为树总结实验类。(星期二,2021-08-17)
• 添加mp_import_metaphlan来解析MetaPhlAn的输出。(2021-08-12,清华)
• 添加treefile参数导入MetaPhlAn3的树(mpa_v30_CHOCOPhlAn_201901_species_tree.nwk)(2013-08-13，星期五)
• 通过柱包更新MPSE对象的打印。星期五(2021-08-06)
• 通过引入.group参数来更新mp_extract_dist，以返回一个tbl_df进行可视化。(2021-08-04,结婚)
• 为MPSE添加taxatree, taxatree<-， otutree, otutree<-， refseq, refseq<-。(2021-08-04,结婚)
• 添加mp_extract_rarecurve从MPSE或tbl_mpse对象中提取mp_cal_rarecurve的结果。(2021-08-04,结婚)

• 添加mp_stat_taxa来计算每个样本在不同分类级别(王国、门、纲、目、科、属、种、OTU)上的分类数量和总数量。(星期二,2021-08-03)

  1.5.3版本的更改

• 将MPSE中的mp_extract_abundance重命名为mp_extract_assays或tbl_mpse。(坐2021-07-31)
• 通过引入action参数，更新保存mp_cal_clust结果的方法。(2021-07-29,清华)。
• 更新。phyloseq用于MPSE或tbl_mpse对象。(2021-07-28,结婚)
• 为MPSE或tbl_mpse对象添加mp_diff_analysis。(星期二,2021-07-27)
• 添加dr_extract以可视化排序结果。(我2021-07-26)
• 注释掉phyloseq函数，并添加MPSE或tbl_mpse函数的rd。(坐2021-07-24)
• 更新函数解析rda, cca, envfit的结果。星期五(2021-07-23)
• 添加tidydr将降维结果转换为tbl_df
• 如pca, pcoa, nmds, rda, cca。(2021-07-22,清华)

• 优化MPSE打印。(2021-07-22,清华)

  1.5.2版的更改

• 为MPSE或tbl_mpse对象添加mp_mantel和mp_mrpp。(我2021-07-19)

• 添加mp_envfit并更新mp_cal_dist以支持连续环境因子的距离计算，并将mp_cal_adonis重命名为mp_adonis, mp_cal_anosim重命名为mp_anosim。(坐2021-07-17)

• 为MPSE或tbl_mpse对象添加mp_cal_rda, mp_cal_cca, mp_cal_adonis和mp_cal_anosim。星期五(2021-07-16)

• 添加mp_cal_dca、mp_cal_nmds和mp_extract_internal_attr。(2021-07-15,清华)

• 添加mp_cal_pca、mp_cal_pcoa和mp_extract_丰度。(2021-07-14,结婚)

• 添加mp_cal_clust对样本进行分层聚类分析，添加mp_extract_dist从MPSE对象或tbl_mpse对象中提取dist对象。(2021-07-13,清华)

• 添加mp_cal_dist来计算MPSE或tbl_mpse对象之间的距离。(我2021-07-12)

• 添加mp_extract_sample, mp_extract_taxonomy, mp_extract_feature来提取样本，分类和特征(OTU)信息，并返回tbl_df或data.frame。星期五(2021-07-09)

• 添加mp_cal_venn为venn图构建输入(21-07-09，星期五)

• mp_cal_rarecurve add action参数用于控制是否将结果添加到MPSE和tbl_mpse或直接返回。(2021-07-08,清华)

• 添加mp_cal_upset来获取ggupset的输入。(2021-07-08,清华)

• 添加mp_extract_tree从MPSE或tbl_mpse对象中提取otutree或taxtree。(2021-07-07,结婚)

• 添加拉和切片来支持MPSE对象。(星期二,2021-07-06)

• 添加mp_cal_rarecurve，计算每个MPSE或tbl_mpse样本的rarecurve。(星期二,2021-07-06)

• 添加mp_cal_abundance，用MPSE或tbl_mpse计算每个分类类的相对丰度。(我2021-07-05)

• add mp_decostand为MPSE、tbl_mpse和grouped_df_mpse提供了几种标准化方法。(2021-07-04,阳光)

• 添加mp_import_qiime解析qiime旧版本的输出。(坐2021-07-03)

• 在MPSE中添加taxatree插槽。(2021-06-30,结婚)

• 为MPSE或MPSE对象添加mp_cal_alpha函数。(2021-07-01,清华)

• 添加rownames<-以支持特性名称的重命名。(2021-07-01,清华)

• 添加mp_import_qiime2和mp_import_dada2来解析dada2或qiime2的输出并返回MPSE对象。星期五(2021-07-02)

• 更新MPSE, tbl_mpse和grouped_df_mpse的打印信息。(星期二,2021-06-29)

• 添加[到MPSE的访问器。(星期二,2021-06-29)

• 使用MPSE对象。(我2021-06-28)

• 添加。将phyloseq或tbl_mpse转换为MPSE类。

• 格式化输出。

• MPSE对象的整洁框架。
• as_tibble转换MPSE和phyloseq到tbl_mpse。(我2021-06-28)
• 筛选器将数据帧从tbl_mpse中子集化。(我2021-06-28)
• Group_by对tbl_mpse的组执行一些数据操作。(我2021-06-28)
• 为tbl_mpse安排数据帧的行顺序。(我2021-06-28)
• 为tbl_mpse添加新变量并保留现有的变量。(我2021-06-28)
• 选择以选择tbl_mpse中的变量。(我2021-06-28)
• Distinct表示只在tbl_mpse中选择惟一的/不同的行。(我2021-06-28)
• Rename用于重命名tbl_mpse中的变量名。(我2021-06-28)
• Nest来创建tbl_mpse的列表列，它将把tbl_mpse转换为tbl_mpse_nest。(我2021-06-28)
• Unnest将tbl_mpse_nest转换为tbl_mpse。(我2021-06-28)
• 作为。将tbl_mpse转换为Treedata，然后我们可以使用Treedata来研究数据。
• 添加tiplevel参数控制是否使用OTU作为tip标签，默认为OTU。(我2021-06-28)
• 根据左tbl_mpse结构改变连接。(我2021-06-28)
• 将clustplotClass更改为treedata。(星期二,2021-06-28)
• 增加mp_rrarefy方法对物种丰富度进行细化。(星期二,2021-06-29)
• 它通过包装vegan::rrarefy来支持MPSE、tbl_mpse、grouped_df_mpse对象。

• 更新。MPSE和作为。grouped_df_mpse对象的树数据。(星期二,2021-06-29)-该特征有助于探索分类树中的微生物组数据。这个功能已经被taxatree插槽所取代

  1.5.1版的更改

• 在ggordpoint中添加ellipse_linewd和ellipse_lty来控制椭圆线的宽度和线型。(我2021-05-24)
• 修正了内部函数打印diff_analysis结果的正则表达式匹配问题。(2021-06-06,阳光)
• 增加filter函数对diff_analysis的结果进行过滤。(我2021-06-07)
• diff_analysis结果的更多访问函数。(我2021-06-07)
• 头
• 尾巴
• ［
• [[]]
• ＄
• 昏暗的
• 添加get_NRI_NTI来计算NRI和NTI。(星期二,2021-06-08)

midasHLA

1.1.0版的更改

• Bioconductor释放!

  1.0.13版本的更改

• 增加新的HLA-KIR相互作用A03_A11_KIR3DL2定义为(A03 | A11) & KIR3DL2。

  在1.0.12版本的更改

• 修复了导致MiDAS子集破坏综合测试的错误。

  在1.0.11版本的更改

• runMiDAS inheritance_model参数在默认情况下不再是' additive '。现在需要指定所需的继承模型(如果适用的话)。

  1.0.10版本的更改

• 修复了在hla_NK_lingads实验中Bw6组被计算两次的错误。

  1.0.9版的更改

• 修复了统计模型评估时出现runMiDAS错误的错误。

  1.0.8版本的更改

• 修复了导致filterByVariables和filterByFrequency从目标实验中剥离综合组的错误。

  1.0.7版本的更改

• 修正了导致HWETest过滤从目标实验中剥离综合组的错误

  1.0.6版的更改

• 删除不使用的表达式字典

  1.0.4版的更改

• 在频率计算中，“NA”被计算为非载流子，这已经改变，因此“NA”样本现在被省略。

  1.0.3版的更改

• 在模型评估中出现的警告和错误现在被总结为更可读的形式

  1.0.2版的更改

• 修正了小灯饰索引条目值的问题，防止小灯饰被构建

  1.0.1版的更改

• 修复了在summariseAAPos中指定AA位置的参数不考虑AA位置编号从负数开始的错误
• getfrequency输出中的频率不再被格式化为百分比
• kableResults滚动框的高度现在可以调整
• 综合结果列:dof，残留物被重命名为df，残留物
• 缺失的Bw6引用被添加到allele_HLA_Bw字典中
• 增加了新的继承模型

miloR

1.1.0版本更改(21-10-12)

• 修复了在testnhood中使用特定用户的降维的错误
• 小插图现在包括集合rownames()以避免混淆
• 大量文档字符串打印错误修复

minfi

1.39版的更改

• v1.39.1对过敏和哮喘数组的初始支持。

• v1.39.2对过敏和哮喘数组的更多支持。

• v1.39.3修复了阻止R CMD构建工作的错误。

miQC

1.1.5版本变更(21-08-24)

• 更新的引用

  1.1.3版本更改(21-05-27)

• 增加了model_type、one_dimensional的新选项

• 增加了新的过滤参数，keep_all_below_boundary和enforce_left_cutoff

• 增加了新模型和参数的演示插图

mirTarRnaSeq

1.1.3版本变更(2021-08-22)

• 在小插图中所做的更改

  1.1.2版本变更(2021-08-22)

• 在小插图中链接zenodo的示例数据

  1.1.1版本更改(21006-03)

• 新增米兰达文件

mistyR

1.2.0版的更改

• Bioconductor 3.14版本。参见1.1.x的更改。

  1.1版的更改

• 增加了视图操作的功能，包括视图过滤和标记选择。
• 增加了从结果中提取性能、贡献和重要性签名的功能。
• 对具有不相同目标的样本，通过对交集的处理，推广了集合和签名的生成。
• 可以绕过内视图的建模。
• 增加了距离族来计算paraview。
• Paraview可以排除每个空间单元周围一个已定义的无差异区域内的测量。
• 改进的策划控制。
• 完整的测试覆盖率。

重要:R2现在报告百分比内，多和增益。从运行mistyR < 1.1.11收集结果将导致错误计算gain.R2。通过将列中的值相乘，更新performance.txt文件。R2和多。100年R2。

1.0.3版的更改

• 修复了视图生成过程中消息和进度的显示问题。
• 改进的绘图控制和显示。
• 修正了NaN在结果中的处理。

• 由于BiocStyle问题，pdf的Vignette输出从BiocStyle切换到rmarkdown。

  1.0.2版的更改

• 错误修正:用不同参数构建的模型从相同的缓存文件中存储和检索。

• 避免在测试中调用os相关的file.info。

  1.0.1版的更改

• bug修正:传递参数给ranger。
• 关于清除不存在的缓存文件夹的警告和性能测试。
• 增加测试覆盖率。

mixOmics

6.18.0版本的更改

新特性/增强/变化

• 新的功能plotmarker可以可视化块分析中所选的特征(见#134)
• 傲罗的标题现在固定(#135)
• cimDiablo使用trim参数来定制离群值过滤(#136)
• plotIndiv。Pca默认形状设置为16
• circosPlot和network现在支持具有相似特性名称的块
• circosPlot现在有块的方法。:对象
• circosPlot现在接受新的正式和高级参数进行自定义。看到了什么? circosPlot。

错误修复

• plotVar图例颜色不匹配的bug修复
• plotDiablo错误未定义变量(Y)固定
• nipals初始化错误与高方差高na率列固定
• cim错误，使用列均值的imputation固定了高NA率数据

蒙娜丽莎

在0.99.5版本的更改

• R / monaLisa-package更新。R文件

  在0.99.4版本的更改

• 抑制来自匹配pwm的警告(由于Ns的存在)在回归小插图

  在0.99.3版本的更改

• 更新的自述。md文件

  在0.99.2版本的更改

• 增加了对回归小插图的修复

• 解决了calcBinnedKmerEnr中的失败测试

  在0.99.1版本的更改

• 添加了导出函数缺失的示例
• 协调的函数命名(anno_seqlogo -> annoSeqlogo, sample_random_regions -> sampleRandomRegions)
• 明确了皮尔逊残差计算的细节
• 为BiocParallel的新版本改编的文档
• 协调的plot函数返回值

• 为plotSelectionProb()添加图例位置和大小参数

  在0.99.0版本的更改

• 准备Bioconductor提交

  0.2.0版的更改

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.

mosbi

1.0.0版的更改

重大变化

• mosbi的第一个公开版本。未来的变化将在这里报告。

motifStack

1.37.5版本的更改

• 改变motifPile的样式。

• 修复ylab网格的bug。

  1.37.4版本的更改

• 修复了没有检查行名是否对齐的错误。

  1.37.3版本的更改

• 修复了忽略matAlign方法参数的错误。

  1.37.2版本的更改

• 改进importMatrix以从文件中读取标签。

  1.37.1版本的更改

• 处理“加载开罗DLL失败”的错误

MQmetrics

1.1.8版的更改

• 修正了导致1.1.6版本读取文件方式更新的错误测试。

  1.1.7版的更改

• 删除了新闻中引起Bioconductor问题的括号。

  1.1.6版的更改

• 错误修正:如果表丢失，则不生成报告。

  1.1.5版的更改

• 由PlotPTM()生成的图现在将指示(在图例标题中)翻译后修改是否作为参数aggregate_PTMs的结果被聚合。

• 函数PlotPeptidesIdentified()和PlotProteinsIdentified()现在返回一个包含缺失值的图形，运行之间匹配识别的频率和MS/MS识别的频率。这样，函数PlotIdentificationType()就过时了。

• 函数PlotProteinCoverage()现在可以以矢量格式接受多个UniprotID作为输入。

• 函数PlotPTMAcrossSamples()现在可以以向量格式接受多个PTM_of_Interest作为输入。

• 更改函数make_MQCombined()，以更快地读取表并减少生成报告所需的总时间。

  1.1.4版的更改

• 函数PlotProteinCoverage()现在报告每个图中单独的覆盖率，而不是蛋白质的总覆盖率。

• MQmetrics现在适用于MaxQuant v.2。因为列名与MaxQuant v.1.x中的不同。MQmetrics将检测使用的MaxQuant版本，并相应地读取列。

• 当发现irt肽时，增强了PlotiRT()和PlotiRTScore()中的错误消息。当没有找到UniprotID时，增强了PlotProteinCoverage()的错误消息。

  1.1.3版本的更改

• 添加了新的函数PlotPTMAcrossSamples()，它将一个感兴趣的PTM作为输入，并在整个样本中显示其强度。这个函数类似于PlotPTM()，但更详细。

• 在函数PlotPTM()中添加了一个参数combine_same_residue_ptms。它结合了发生在同一残渣中的多个PTMs，如:二甲基(KR)，三甲基(KR)。

  1.1.2版的更改

• 修正了当实验持续时间超过一天时MaxQuantAnalysisInfo()的时间单位。
• 为MaxQuantAnalyssInfo()添加了新行，显示实验何时结束。

• 改进了PlotCombinedDynamicRange()和PlotAllDynamicRange()的图形美学。

  1.1.1版的更改

• 增加了PlotiRT()和PlotiRTScore()的分页。
• 更新小插图的风格为生物导体的。
• 改进了PlotProteinOverlap()和PlotPCA()的美学。

msa

1.25.3版本的更改

• 消除编译器警告的进一步更改

  1.25.2版本的更改

• 从回购中删除构建/目录，以避免安装问题

  1.25.1版本的更改

• gc的更新

• 为消除编译器警告所做的微小更改

  1.25.0版本的更改

• Bioconductor 3.14 devel的新分支

MsBackendMassbank

1.1版的更改

1.1.4的变化

• 修正错误的数据库列名称的碰撞能量。

1.1.3变化

• 更改SQL查询以提高性能。

1.1.2的变化

• 修复show,MsBackendMassbankSql中的错误。

1.1.1变化

• 缓存前驱m/z允许更快的频谱匹配查询。

MsBackendMgf

1.1版的更改

1.1.3变化

• 修复MGF文件缺乏峰值数据的问题。

1.1.2的变化

• 按预期格式输出前体费用(第16期)。

1.1.1变化

• 在小插图中添加一个例子，描述如何只导出选定的光谱变量到MGF文件。

MsBackendRawFileReader

1.0.0版的更改

• MsBackendRawFileReader包的第一个生物导体版本。

msImpute

1.3.0版的更改

• 用户现在可以通过msImpute指定要拟合的模型的等级

• 添加了mspip，用于使用Maxquant结果在运行之间传输标识(仅Beta阶段)

• 增加了从MaxQuant证据表中创建limma兼容对象的evidenceToMatrix

MSnbase

在2.19版的更改

2.19.2变化

• 用type = " XIC "修复plot，为没有数据点的样本创建空plot (issue #549)。

2.19.1变化

• 添加compareChromatograms方法。

msPurity

1.19.2版本的更改

• XCMS 3兼容性更新(M-R-JONES) https://github.com/computational-metabolomics/msPurity/pull/91

  1.19.1版本的更改

• 修复了flagRemove的错误(没有按预期计算全宽度)

msqrob2

1.1.1版的更改

• 修复vignette:中的过滤步骤，现在使用QFeatures::filterFeatures()

MSstatsConvert

1.2.1版的更改

• 修正了一个与SRM输入相关的错误。

MSstatsTMT

2.2.3版本更改(21010-06)

• 小改动:修正df。之前是无限的

  2.2.2版本更改(21009-21)

• 主要更改:扩展groupComparisonTMT()函数以覆盖重复度量设计

• 在dataProcessPlotsTMT中允许灵活的条件顺序。

• 修复了dataProcessPlotsTMT中条件标签的错误。

• 通过直接读取lmerTest输出来改进MSstatsTestSingleProteinTMT()。这可能会使统计数据略有不同，因为数字精度不同

• 修复了条件名称包含“group”的错误

• 改变剖面图中的x轴顺序

  2.0.1版本更改(21006-14)

• 更新PD转换器功能的注释

• 修复了当MBimpute = F时proteinsummary()函数的错误

MultiAssayExperiment

1.20.0版本的更改

Bug修复和小的改进

• 避免删除重复调用subsetByColData的实验，并删除协调(@cvanderaa， #302)
• 默认情况下，getWithColData抑制来自自然子设置操作的消息，verbose = FALSE (@bhagwataditya， #301)
• getWithColData使用旧的默认值(drop = TRUE)，当实验为空时导致错误(@danielinteractive， #300)。
• 当相同的实验colname出现时，减少对内部.harmonize操作的调用以提高内存效率(@LTLA， #299)。
• subsetByColData现在错误下标向量超过colData的nrow(以前是一个警告)。
• colData<-包含对相同行名的检查。如果是这样，则直接替换colData而不进行协调。
• 当在构造函数中提供一个空的sampleMap时，增加了一个警告，这可能会导致意外的行为。文档被更新以包含关于sampleMap输入的更多详细信息。

multiHiCcompare

2.0.0版本更改(2020-11-23)

• 更新“topDirs”函数中重要结果的选择。主要变化，结果将比2.0.0之前的版本更严格

• 删除' BLMA '和' metap '依赖，添加'聚合'依赖

• 默认情况下使用' max '聚合p值。即，对于一个区域与多个区域的差分相互作用，将选择一个最大的p值。Fisher, Lancaster和Sidak方法也可用

• 使用' p '协调重要区域的计数。Adj_cutoff ' only (' alpha '截止删除)

• “manhattan”功能与“topDirs”功能相协调

• ' perm_test '函数与' topDirs '函数协调

• 更新小插图以匹配函数

MungeSumstats

1.1.27版本的更改

错误修复

• validate_parameters现在可以处理ref_genome=NULL
• .tsv.gz不再被分配后缀。tsv。
• 使代码宽度小于80个字符。
• 将to_GRanges/to_GRanges函数更改为全小写函数(与其他函数一致)。
• 在data中设置nThread=1。表测试函数。

新功能

• 增加了get_genome_builds的测试
• 添加了早期检查，以确保实际创建了save_path目录(而不是在管道的最末端查找)。
• 表索引现在可用于表输出数据。

• Read_header和read_sumstats现在都可以使用.bgz文件。

  1.1.26版本的更改

新功能

• FRQ列的额外映射，详见data(" sumstatsColHeaders ")

  1.1.23版本的更改

新功能

• format_sumstats(FRQ_filter)现在可以通过等位基因频率过滤snp
• 映射文件现在有映射等位基因频率(AF)到FRQ
• VCF文件与AF在INFO列，例如' AF=…'现在转换为AF列

• 添加了format_sumstats(frq_is_maf)检查，以推断FRQ列值是否为次要/有效等位基因频率。frq_is_maf允许用户将FRQ列重命名为MAJOR_ALLELE_FRQ，如果某些值似乎是主要的等位基因频率

  1.1.19版本的更改

新功能

• 现在可以调用Get_genome_builds()来快速获得基因组构建，而无需运行整个重新格式化。
• Format_sumstats (compute_n)现在有更多的方法来计算有效样本大小，如" ldsc "， " sum "， " giant "或" metal "。

• 现在实现了format_sumstats(convert_ref_genome)，它可以执行从GRCh37到GRCh38的提升，反之亦然，从而在不同研究的汇总统计之间实现更好的内聚。

  1.1.11版本的更改

错误修复

• check_no_rs_snp现在可以处理RS ID后的额外信息。如果你有rs1234:A:G，它将被分成两列。
• check_two_step_col和check_four_step_col这两个检查多列是否为一列的检查已经更新，所以如果不是所有snp都有多列，或者有些snp的列数超过预期，现在可以处理这个问题。
• 对FRQ列的额外映射已添加到映射文件中

新功能

• Check_multi_rs_snp现在可以处理所有带/不带空格的标点符号。因此，如果一行包含rs1234、rs5678或rs1234、rs5678或其他标点字符，则可以处理它们。
• Format_sumstats (path)现在可以直接传递汇总统计信息的数据帧/数据表以及它们保存位置的路径。

• A0/A1对应于ref/alt的输入汇总统计信息现在可以由mappign文件处理，以及A1/A2对应于ref/alt。

  1.1.2版的更改

新功能

• import_sumstats直接从Open GWAS读取GWAS和统计信息。现在并行化并报告每个数据集总共需要多长时间来导入/格式化。
• find_sumstats搜索Open GWAS中的数据集。
• compute_z从P计算z分数。
• compute_n从用户定义的smap大小为所有snp计算N。
• format_sumstats(ldsc_format=TRUE)确保总和统计信息可以直接提供给LDSC，而不需要任何额外的修改。
• Read_sumstats, write_sumstats和download_vcf函数现在导出。
• format_sumstats(sort_coordinates=TRUE)根据基因组坐标对结果进行排序。
• format_sumstats(return_data=TRUE)直接将数据返回给用户。可以在任意数据中返回。表(默认)，GRanges或VRanges格式使用format_sumstats(return_format= " GRanges ")。
• format_sumstats(N_dropNA=TRUE)(默认)删除缺少N的行。
• format_sumstats(snp_ids_are_rs_ids=TRUE)(默认)输入的SNP ID是否被推断为RS ID或一些任意ID。
• format_sumstats(write_vcf=TRUE)写一个表索引的VCF文件，而不是表格式的。
• Format_sumstats (save_path=…)允许用户决定将结果保存在哪里以及如何命名。
• 当save_path指示它在tempdir()中时，消息警告用户这些文件将在R会话结束时被删除。
• 数据的摘要通过report_summary()在format_sumstats的开头和结尾给出。
• preview_sumstats()消息的可读性得到了改进。
• 新的检查标准错误(SE)必须>0,BETA(和其他效果列)不能等于0:format_sumstats(pos_se=TRUE,effect_columns_nonzero=TRUE)
• 包含所有已删除snp的日志目录现在可用，可以通过设置将其更改到不同的目录:format_sumstats(log_folder_ind=TRUE,log_folder=tempdir())
• 现在可以使用以下方法将所有计算的数据与输出中的列进行标识:format_sumstats(imputation_ind=TRUE)
• 用户现在可以输入自己的映射文件来代替数据进行列标头映射(sumstatsColHeaders)。参见format_sumstats(mapping_file = mapping_file)。

错误修复

• CHR列现在标准化了(X和Y大写，没有“CHR”前缀)。
• 在每个snp的基础上进行等位基因翻转(而不是整个列)。
• 等位基因翻转现在包括FRQ列和效果列。
• 效应等位基因现在被解释为A2等位基因与IEU GWAS VCF方法一致。A1总是参照等位基因。
• read_vcf升级为更多的VCF格式。

• check_n_num现在用于N是字符向量并转换为数字的情况。

  1.1.1版的更改

错误修复

• 增加了预印本出版物引用。

马斯喀特

1.7.2版的更改

• 修复了prepSim()中的错误:删除NA系数和输入SCE的子集之前是不同步的

musicatk

1.3.1版本更改(21-10-10)

• 更新版本号以匹配Bioconductor

  1.2.1版本变更(21008-08)

• 修正了一些图形字体的错误
• 增加了pkgdown生成的文档站点
• 增加了用于交互分析突变签名的闪亮UI

mzR

在2.27.1版本中的更改

• 添加缺少的atomic_count_sync.hpp BH文件(参见pr# 248 by vjcitn)

  在2.27.0版本的更改

• 新的生物开发版本

NanoMethViz

在2.0.0版的更改

• 对plot_agg_regions()的主要更改。
• plot_agg_regions()和plot_agg_regions_sample_groups()的特性合并到一个接口中。
• 现在使用单个表指定区域。
• 更改plot_regions()默认窗口比例为0。
• 将默认主题从theme_bw()更改为theme_tufte()。
• 在“导入数据”小插图中增加了巨齿鲨数据导入说明。
• 为热图添加了scico面板默认值。这些是对色盲友好的。
• 增加了对长度为0的查询的检查，这将导致程序无限期挂起。
• 增加了NanoMethResult属性的设置方法，样本和外显子。
• 增加MDS和PCA图。
• 增加了使用外部注释和降维的小插图。
• 增加了plot_gene()， plot_region()和plot_agg_regions()的二进制阈值。
• 为bsseq_to_edger()添加了区域参数，以计算特性的总计数，而不是每个站点。

NanoStringNCTools

1.1.2版本更改(20-09-28)

• 更新许可证

  1.1.1版本变更(20-08-13)

• 文档更新

• 从ggiraph更新中处理新参数

  1.1.0版本更改(2020-05-19)

• 最初的Bioconductor devel 3.14版本

纳米管

在0.99.0版本的更改

• 预发布版本

nearBynding

1.3.3版的更改

变化

• 更新描述以适应knitr/rmarkdown包的变化

• 更新虚拟数据文件到新的格式，以便vignette可以运行

  1.3.1版的更改

变化

• 包括迭代获取和可视化Bkg标准误差的能力

• 选择是否计算Bkg std错误的新参数

• 适应StereoGene 2.22版本，特别是分析的播种

• 更好地在本地目录外运行跟踪文件分析

netDx

1.5.3版本的更改

• 将RCy3、scater、clusterExperiment和netSmooth移动到“suggest”，以减少依赖负担

• 通过限制所有的二进制分类和限制层数来加速小插图

• 从小插图中移除TL和DR，因为有用性有问题，但保持高。2021欧洲杯体育投注开户开发人员指出:

• 为自动测试添加了Dockerfile和Github动作

• GHA使用netDx自动生成Docker映像，该映像被推送到shraddhapai/netdx_devenv

  1.5.2版的更改

• 增加了包装器功能，便于使用。包括:

• getResults()绘制运行预测器的结果

• getPSN()用于创建和可视化集成PSN

• confusionMatrix()可视化混淆矩阵

• tSNEPlotter()可视化集成PSN的tSNE(不需要Cytoscape)

• netDx方法和软件论文中添加了引文文件

  1.5.1版的更改

• 增加对Java 16的支持。

• 禁用基于cnv的小插图，以允许其他三个小插图运行，而不会导致devel系统上的构建超时

netresponse

版本1.53.2的更改(21-07-28)

• rmarkdown作为修复Bioc构建的依赖项添加

ngsReports

1.9.3版的更改

• 修复了导入macs2日志的错误

  1.9.2版的更改

• 修复了ggplot2后续版本的错误

  1.8.1版的更改

• 修正了.makeSidebar中的错误

normr

1.18.2版本的更改

• 将R/methods中已废弃的' GenomeInfoDb::fetchExtendedChromInfoFromUCSC '更改为' GenomeInfoDb::getChromInfoFromUCSC '。R

  1.18.1版本的更改

• 修复了tests/testthat/utils中R 4.1.0 _R_CHECK_LENGTH_1_LOGIC2错误。R：applyMap by using inherits() instead of class() to account for hadleyverse

nullranges

1.0.0版的更改

• 在Bioconductor上发布了nullranges !该软件包提供了零基因组特征集的创建，可以通过从池中采样以匹配与特定焦点集的协变量，也可以通过选择性地针对基因组分割的特征块自举。关键的是，nullranges被设计成一个模块化包，仅用于生成空特征集，并与另一个包一起用于计算重叠，如genome icranges或plyranges。请在Bioconductor支持网站或通过GitHub Issues让我们知道您的评论、建议或反馈。

NxtIRFcore

0.99.12(2021-10-26)版本更改

• 修正了MakeSE()和CoordToGR()的错误

  0.99.10(21-10-20)版本的更改

• 说明当NxtIRFdata无法从ExperimentHub获取数据时

  0.99.9(2021-10-20)版本更改

• 添加GetCoverageBins ()

• 如果坐标排序BAM文件运行时间过长，在IRFinder中添加警告。

• 固定丢失的覆盖数据在情节轨道两端。

  0.99.8(21-10-13)版本更改

• 修正了写COV文件时的内存泄漏

  0.99.6(21-10-12)版本的更改

• 添加了GetCoverageRegions()，它计算给定GRanges对象中每个区域的平均覆盖率

• 增加了BAM2COV()，它从BAM文件计算并创建COV文件

  0.99.2(21-10-07)版本的更改

• 修正了Find_FASTQ的错误

  0.99.0版本更改(21009-29)

• Bioconductor释放

奥得河

在0.99.0版本的更改

新功能

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.

OmnipathR

3.2.0版的更改

• 新资源:PrePPI
• 配置选项完全禁用记录到文件
• 新的小插曲:路径重建，Bioconductor 2021 Workshop
• 许多小错误修复和改进

OncoSimulR

3.1.2版本更改(21-10-06)

• 偏序集变换的更好检验

  3.1.1版本更改(21-10-06)

• XOR, AND, OR依赖关系:dag的图尊重所有可能的值。

• 很少细胞错误的微小变化。

openCyto

3.11版的更改

增强

• 允许控制GatingTemplate #298的每个步骤的最小事件数量

错误修复

• 在。improvedmindensity中处理更多的边缘情况

• 增加了一个修正gate_tautstring使用的密度估计

  在3.10版的更改

API的变化

简单的重命名

• gate_flowClust_1d - > gate_flowClust_1d
• gate_flowClust_2d - > gate_flowClust_2d
• tautStringGate - > gate_tautstring
• templateGen - > gh_generate_template
• add_pop_init - > gs_add_gating_method_init
• add_pop - > gs_add_gating_method
• remove_pop - > gs_remove_gating_method
• 得到的。helperGates - > gs_get_helpergates
• 切换。helperGates - > gt_toggle_helpergates
• 删除。helperGates - > gs_delete_helpergates
• getNodes - > gt_get_nodes
• getParent - > gt_get_parent
• 调用getChildren - > gt_get_children
• getGate - > gt_get_gate
• 门- > gt_gating

• registerPlugins - > register_plugins

  不再导出类和方法

• registerGatingFunction
• gtMethod
• gtPopulation
• polyFunctions
• ppMethod

错误修复

• gt_toggle_helpergates的一些小修正
• 修正gate_mindensity的" positive "参数以匹配doc

oposSOM

在2.11.1版的更改

• 多个错误修复，例如由tsne包引起的

ORFik

在1.13.7版本的更改

用户可见的明显变化

• coveragePerTiling速度的巨大改进

• 改进的p移分析(还添加了详细输出)

• 为注释添加了可能的优化

• 重写小插曲

orthogene

在0.99.9版本的更改

新功能

• 将R-CMD GHA替换为生物检查GHA。
• 增加了新的徽章。

修复

• 调整小块yamls，使结果html更小。

  在0.99.8版本的更改

新功能

• orthogene现在支持DelayedArray对象作为gene_df输入。

• 当所有3个物种相同时，Create_background现在使用all_genes。

  在0.99.7版本的更改

新功能

• 增加了新的函数create_background。
• 增加了新的函数infer_species。
• Report_orthologs和convert_orthologs现在可以处理input_species与output_species相同的情况。
• 添加内部函数get_all_orgs，方便地列出来自不同包的所有生物体。
• 增加了all_genes方法“babelgene”。

修复

• Report_orthologs不再因为没有找到tar_genes而抛出错误。

  在0.99.6版本的更改

修复

• 允许在report_orthologs中抑制所有消息。

  在0.99.3版本的更改

新功能

• License切换到GPL-3(兼容Bioc)。

• convert_orthologs中增加了新方法“babelgene”。

  在0.99.2版本的更改

• License切换到GPL3(>=3)。

修复

• GenomeInfoDbData现在必需的。

  0.1.0版的更改

新功能

• orthogene被释放到Bioconductor。

莲花

1.3版本更改(21-10-14)

• 对data.frame列表和ExperimentList的matrix的小错误更改

pairkat

0.99.0版本更改(21009-21)

• 提交给Bioconductor

pcaExplorer

在2.20.0版本的更改

其他的笔记

• 只有通过PCA2GO函数(脱机)计算PCA2GO选项卡面板中的表，才可以压缩它们——在运行时，使用limmaquickpca2go，不需要压缩
• 如果为注释提供了列gene_id，那么这些值实际上会覆盖行名(使对象相对于其来源更加健壮)。

PCAtools

在2.6.0版的更改

• 马克斯。overlaps and min.segment.length to provide further control over connectors. max.overlaps replaces maxoverlapsConnectors, but both can still be used for legacy purposes

peakPantheR

1.7.1版本更改(21006-21)

• 由于ggplot2直方图中默认轴标签的行为改变而产生的错误

• GGplot2“指南”贬值警告

pengls

0.1.0版的更改

PharmacoGx

在2.5.3版的更改

• 添加PharmacoSet2构造函数，允许创建pset，更新了bioc3.13中引入的类定义
• 敏感度槽现在被要求为一个TreatmentResponseExperiment
• 分子剖面槽现在需要是一个多重分析实验

• 原始的构造函数和所有访问器保留在包中以实现完全的向后兼容

  在2.5.2版的更改

• 修正:从geneDrugSensitivity返回向量中移除' fdr '项

  在2.5.1版的更改

• 解决办法:恢复GDSCsmall。rda和CCLEsmall。Rda为原始数据格式;他们不小心被@molecularProfiles中的multiassayexperiment推了

  2.5.0版的更改

• 春天Bioconductor释放!

philr

1.19.1版本的更改

用户可见的变化

• 增加了对treesummarizeexperiment类的支持

• 增加了对phyloseq类的支持

• 更新后的装饰图案

• 将主参数名称从df改为x

内部

• 实现了philr作为S3方法

PhIPData

1.1.1版本变更(21008-05)

• 增加了propReads()函数来计算每个肽拉动的样本读取的比例。
• 添加强制功能将PhIPData对象转换为DataFrame(因此也data.frames和tibbles)。
• 更改了别名、库和仅珠指示符的存储，以打包环境变量而不是全局变量。

PhosR

1.2.1版的更改

• 包括细胞报告引用
• 彩虹调色板用于plotQC功能

PhyloProfile

1.7.8版的更改

• 配置文件中只需要mainInput

  1.7.7版本的更改

• 使用配置文件输入文件，refspec选择和其他设置

  1.6.6版的更改

• 关闭大量类群或基因的自动分级(>= 10.000)

  1.6.5版的更改

• 固定过滤器“物种关系”

• 添加中点的颜色

  1.6.2版本的更改

• 增加配置文件和域图的默认字体大小

• 链接到数据库:ncbi分类学，ncbi蛋白，uniprot, pfam, smart

  1.6.1版本的更改

• 修改的分类法等级(ropensci#875)

• 改进的排名索引函数(ropensci#874)

• 改进的x轴标签(#116)

Pigengene

1.19.50版本更改(21-10-14)

新功能

• Neda添加了identify.modules()、make.filter()和apply.filter()函数，但还没有导出它们。

  1.19.30版本更改(21009-08)

错误修复

• 在bnlearn版本>=4.7中，average .network()函数没有nodes参数，因此该参数被删除。

  1.19.24版本变更(21008-06)

新功能

• 添加了get. enrichment .pw()函数。

错误修复

• 修复了gene.mapping()函数中过去在我们有多个输出数据库时出现的错误。

  1.19.10版本更改(21006-25)

现有功能的更改

• if()函数现在可以将消息写入文本文件。

  1.19.8版本更改(21-05-25)

错误修复

• 当标签数量为2时，C50图函数似乎有不同的行为。Habil反转颜色以修复产生的错误。

plgem

1.65.1版的更改

• 新特性:-allow参数前缀的运行。要传下去的人plgem。适合的时候writefile = TRUE”

• Bug修正:-only check exists offittingEvalFileName当两fittingEval”和情节。文件`为TRUEplgem.fit”

• 新特性:-added参数前缀的运行。要传下去的人plgem.write。总结的时候writefile = TRUE”

• Bug修复:-修复运行时发生的错误运行。plgem”plotFile = TRUE”

plotgardener

在0.99.11版本的更改

错误修复

o：添加回readHic forstrawr地区的解析。oplotHicSquare非对角线区域的细分固定。

新功能

o所有Hi-C功能现在都允许远程输入Hi-C文件。

在0.99.9版本的更改

这个包以前被称为BentoBox。

在0.99.0版本的更改

新功能

o Bioconductor软件包提交的版本提高到0.99.0。匈牙利瑞士比分obb_mapColors函数用于用户将向量映射到颜色调色板。olinecolor参数bb_plotPairs，bb_plotPairsArches,bb_plotRanges现在只接受一个值，一个颜色向量acolorby对象，或值" fill "。

版本0.0.0.14的更改

错误修复

o R版本要求更改为(R >= 4.1.0)，以便正确放置地块。

新功能

ocolorby对象现在具有scalePerRegion参数缩放数值colorby数据到基因组区域的数据范围。

版本0.0.0.13的更改

用户可见的明显变化

obb_plotManhattan填满参数现在接受单个值、颜色向量或colorby对象。

版本0.0.0.12的更改

用户可见的明显变化

ocolorby构造函数现在包含可选的面板规范。obb_plotPairs，bb_plotPairsArches,bb_plotRanges填满参数现在接受单个值、颜色向量或colorby对象。

错误修复

oGInteractions数据帧转换前移动程序集匹配检查。

版本0.0.0.11的更改

用户可见的明显变化

o数据移动到plotgardenerData包中。o默认基因组组装更新为“hg38”。

错误修复

o简化参数解析和数据读取逻辑。

版本0.0.0.10的更改

新功能

添加了单元测试testthat．obb_annoDomains函数之外。obb_plotSignal垂直方向。

版本0.0.0.9的更改

新功能

添加了一个阿新闻文件来跟踪对包的更改。

错误修复

o更新了包的视口解析网格4.1.0版本。

PoDCall

1.1.1版本更改(21006-09)

• 控制通道采用参考井

podkat

1.25.1版本的更改

• 调整命名空间，以考虑BiocGenerics包的变化

  1.25.0版本的更改

• Bioconductor 3.14 devel的新分支

聚酯

1.99.3版本的更改

• NB函数现在导出

• 注意GitHub上的1.99.3版本是Bioconductor上的1.1.0版本。

  1.99.2版本的更改

• 修复了片段生成的错误(最后两个碱基的转录本从未测序)

preciseTAD

1.3.3版本更改(2021-09-28)

• MinPts DBSCAN参数的默认值已更改为100

  1.3.2版本更改(21009-21)

• 装饰图案编辑

  1.3.1版本更改(21007-19)

• 更改x.y.z版本号的y以符合版本

• 添加MD作为维护者

高伦雅芙

1.3.3版的更改

• plotPromoters是弃用

• 实现了三个新功能

  • plotPCA:主成分分析
  • plotHeatmap:热图可视化
  • integrateProactiv:集成不同的proActiv运行

procoil

2.21.1版的更改

• 固定在plot()方法中

后代

版本2020-10-14(2020-10-14)更改

• 模型矩阵不能在局部环境中访问，也不能在全局环境中访问

  版本2020-09-01(2020-09-01)变更

• 修正了使用带有排列的子代函数时行名称的问题

  版本2020-06-09(2020-06-09)更改

• 网站:谷歌分析

  版本2020-04-27(2020-04-27)更改

• 后代网站开发

主要更新包括以下要点:

• 增加了包含14条路径的小鼠模型矩阵

• 人体模型矩阵扩展到14条路径

• 增加了以下函数:progenyPerm, progenyScatter, progenySavePlots, getModel

• 添加了测试和测试数据

• 增加了在单细胞RNA-seq数据上使用PROGENy的小插图

• 增加了使用Seurat对象的功能

pRoloc

1.33版的更改

ProteoDisco

1.0版本的更改

• ProteoDisco的初始版本(v1.0.0)。

ProtGenerics

1.25.1版本的更改

• 添加bin，比较色谱图和比较光谱

  1.25.0版本的更改

• Bioc devel(3.14)版本碰撞

psichomics

1.20.0版本的更改

• 可选的拼接事件注释:
• 支持从VAST-TOOLS的多个物种的新注释，包括老鼠，斑马鱼，果蝇，鸡，青蛙，秀丽隐杆线虫和a.t aliana
• 第一次下载拼接注释时自动创建缓存目录
• 基因、转录本和蛋白质注释(视觉界面):
• 根据所选注释自动设置物种/基因组

• 改进物种和基因组选择

  1.18.6版本的更改

ShinyProxy支持

• Psichomics():添加参数shinyproxy;当设置为TRUE时，更改选项集以在ShinyProxy中可行运行
• 避免自动关闭应用程序
• 用shiny的版本替换自定义文件浏览器
• 修复进度条的问题
• 包含ShinyBS JavaScript库
• 使用默认的文件浏览器输入上传文件，并允许上传ZIP文件夹而不是文件夹

错误修复

• 修复闪亮1.7.0的问题:
• 根据最新版本的font-awesome的要求更改图标名称
• 避免使用通用位置修改闪亮标签
• 载入计数数据(可视化界面):
• 提高项目选择的响应能力
• 拼接注释(可视化界面):
• 只在打开拼接量化选项卡时加载注释
• 如果使用GTEx v8数据，自动选择hg38
• PCA图(可视化界面):
• 计算PCA分数后自动绘制PCA
• 编辑文本
• 修复与PCA分析仅一组相关的特定错误
• 可选拼接事件图:
• 修复了用于AFE和A5SS事件的参考外显子的错误颜色
• 记录情节:

• 橙色区域(参考外显子)现在在蓝色区域的顶部

  1.18.5版本的更改

• 可选拼接事件图:
• 修复了用于AFE和A5SS事件的参考外显子的错误颜色
• 记录情节:
• 避免替代区域重叠

• 修复了在选择新事件时加载两次的问题(可视界面)

  1.18.4版本的更改

• Psichomics():修复未启动的可视界面
• gettexreleases()无法正确检索未来的GTEx版本(9或更高版本)是否可用

• 删除MD5检查失败时TCGA数据相关的警告

  1.18.3版本的更改

• plotSplicingEvent():避免在非交互式上下文中打开浏览器窗口

• 修复在Windows上创建小插图时生物导体生成报告超时的问题

  1.18.2版本的更改

• 修复了Bioconductor中单元测试的问题

  1.18.1版本的更改

• 修复了Bioconductor中单元测试的问题
• 提高码头工人的图片:
• 简化Dockerfile
• 在GitHub容器注册表中存储Docker映像
• 根据最新发布版本自动构建最新Docker映像
• 通过GitHub和Docker的安装说明改进README
• 小型复制编辑用户提供的数据教程
• 修复小的拼写问题

ptairMS

1.1.4版本更改(21009-23)

• 删除加载的prtset数据以避免任何本地路径问题

  1.1.1版本更改(21009-13)

• 添加图形界面

PureCN

在2.0.0版的更改

新功能

• 报告runAbsoluteCN中肿瘤与正常log2比值的中位数绝对配对差异(MAPD)

• 改进的映射偏差估计:对位置特定的拟合(默认3-6杂合变体)信息不足的变体聚类并分配到最相似的拟合

• 让宇宙。CNT INFO字段名可自定义

用户可见的明显变化

• 清理命令行参数的命名(将抛出大量已弃用的警告，但早就该这么做了)

• 与正常的log2比值相比，靶上和靶外肿瘤的对齐更加稳健。比率被移动，使得相邻的on/off-target对的中值差为0。这将修复高质量样本中仅由靶上或靶外区域组成的伪片段，这些小偏差有时会超过噪声。

• 为runAbsoluteCN添加了min. variables参数

• 添加PureCN版本到runAbsoluteCN结果对象(ret$version)

• 在非常干净的数据中处理观察到的过度分割:
  • 当脱靶噪声仍然很小时(runAbsoluteCN中的min.log .sdev < 0.15)，不要尝试在PSCBS中进行两步分割。
  • 增加自动确定撤消。当噪声非常小时，所有分割函数的SD (< min.log .sdev)
  • 现在可以在PureCN中访问min.log .sdev。R通过-min-logr-sdev

• 为normalDB输出对象添加了成对的样本距离，有助于在正常数据库中查找有噪声的样本或批次

• 在重新生成CSV文件时，如果CSV文件丢失且目录不可写，不要错误输出readCurationFile (#196)

• 添加分割参数作为分割数据帧的属性

• 为calculateMappingBias*添加了min. betaft .rho和max. betaft .rho

• 在PureCN中创建-normal_panel。R已经

• 为间隔文件增加了带有序列长度的GATK/Picard头，增加了readIntervalFile函数来解析它

修正

• 修复NormalDB中-normal_panel时崩溃的问题。R不包含变体(#180)。

• 修复了当rtracklayer在FilterCallableLoci中解析-infile失败时的崩溃。R (# 182)

• 缺少GT字段的VCF更健壮的解析(#184)

• 修复了映射偏差RDS文件包含多个alt等位基因变体时的错误和崩溃(#184)

• 添加了缺失的依赖项“markdown”

• 修复了只有少量脱靶间隔通过过滤器时崩溃的问题(#190)

• 修复了当PSCBS分段被选中时没有VCF文件的崩溃(#190)

• 修复了当Hclust分割被选中时没有分割文件的崩溃(#190)

• 修复了当没有很多变量通过过滤器时崩溃的问题(#192，#195)

• 修复了当提供的分段没有与VCF共有的染色体(#192)或没有提供覆盖文件中所有的染色体时崩溃的问题(#192)

qcmetrics

1.31版的更改

qcmetrics 1.31.1

• 建议rmarkdown修复构建错误

QDNAseq

1.29.6(2021-10-23)版本更改

错误修复

• segmentBins ()报告如果样本名称包含连字符或其他符号自动替换为data.frame(…，check.names = TRUE)，则在输出消息中将样本名称设置为" NA "。这是一个无害的bug。

  1.29.5版本更改(21-10-20)

性能

• 所有基于行和列的内部matrixStats调用现在都避免了处理行和列名的开销。

杂项

• 将“未来”从导入移动到建议。

  1.29.4(21-10-16)版本更改

文档

• Vignette现在用“多会话”的未来策略来演示并行化，而不是过时的“多进程”策略。

弃用,已经

• segmentBins()的参数seeds已失效。自QDNAseq 1.21.3(2019年9月)以来，它一直被弃用和忽略。

  1.29.3版本更改(21-10-04)

新功能

• 现在，如果' type ' = " calls "，则exportBins()的参数' logTransform '将被忽略。

• 现在exportBins()将路径名返回到写入的文件。

软件质量

• 测试代码覆盖率从42%增加到52%。

• 为exportBins()添加包测试。

错误修复

• exportBins(fit, format = " seg "，…)和format = " vcf "将合并具有相同复制数调用的段，如果它们与复制无关的段交织在一起。

• exportBins(fit, format = " seg "，…)和format = " vcf "产生一个模糊的错误消息"错误在dimnames(x) <- dn:长度的' dimnames '2对于没有拷贝号畸变的样本，不等于数组范围”。

• exportBins(fit, format = " seg "， file =…)和format = " vcf "不尊重参数' file '，而是将自己的文件名写入当前工作目录。

• exportBins()会损坏选项“scipen”。现在却没有改变。

已知的问题

• callBins()生成关于“在向量数组算术中回收长度为1的数组已被弃用”的警告。使用c()或as.vector()代替。(>= 3.4.0)。这是包“CGHcall”依赖中的一个问题，需要在那里进行修复。欲了解更多详情，请访问https://github.com/tgac-vumc/CGHcall/issues/2。

  1.29.2版本更改(21009-22)

软件质量

• 测试代码覆盖率从32%增加到39%。

• 增加了binReadCounts()的包测试。

错误修复

• 当指定参数' chunkSize '时，binReadCounts()将失败。修正是要求“未来的”包版本1.22.1或更新。

  1.29.1版本变更(21008-26)

软件质量

• 为binReadCounts()添加包测试。

QFeatures

1.3.0版的更改

QFeatures 1.3.6

• 新的feat3示例数据演示和测试更复杂的AssayLinks结构。
• 改进了plot,QFeautres函数，以避免节点的杂乱。
• 使用feat3调整了可视化小插图。

QFeatures 1.3.5

• 添加情节，QFeatures和可视化小插图。

QFeatures 1.3.4

• 修正了使用filterNA时产生无效AssayLinks的错误。

QFeatures 1.3.3

• 改进了AssayLinks的有效性检查
• 固定AssayLinks的子集设置，以确保一致的数据

QFeatures 1.3.2

• 在包装中添加logo
• 修复类强制错误(见#b9ce7f1e9)

QFeatures 1.3.1

• 增加了rbindRowData:一个在rowData中选择变量并将其绑定到单个数据帧的函数
• 添加了rowData<-:这个新方法取代了replaceRowDataCols，以提供更标准化的功能。
• 在QFeatures小插图中添加了一个新部分，以扩展如何在QFeatures对象中操作元数据

1.3.0 QFeatures版本

• 新的devel版本(Bioc 3.14)

qsmooth

1.9.2版本更改(21009-01)

• 将Hmisc添加到导入

  1.9.1版本更改(21006-24)

• 增加qsmoothGC功能(由Koen Van den Berge贡献)

QuasR

1.34.0版本的更改

用户可见的变化

• 删除自动下载和安装BSgenome引用

• 增加了并行qExportWig的选项

RaggedExperiment

1.18.0版本的更改

新功能

• 当行名可强制为grange时，dgCMatrix类型的稀疏矩阵现在可以强制为raggeexperiment

Bug修复和小的改进

• ' counts '设置为dgCMatrix强制后mcols中的值的默认名称

ramr

1.1.2版本更改(21-05-28)

• 审稿人的建议得到了落实，文档得到了更新，错别字得到了修正

• AMR和测试数据集模拟的新方法

• NULL作为数据的默认值。样本(全部使用)

• doRNG用于确保并行计算过程中的可再现性

• 为便于使用，以前需要的参数有两个新的默认值

  1.1.0版本更改(21-05-21)

• 发布在bioconductor

rawrr

1.1版本更改(21-05-31)

• 改进了。rawrrsystem2source中system2调用的错误处理，通过记录stdout和stderr并使它们从R控制台可用。

• 增加了助手函数。checkreaderfunctions。

• 使用管

  >在装饰图案。

RCy3

在2.14.0版本的更改

• 清理依赖项，大幅减少RCy3包的安装时间

• 新功能:
  • 添加和更新注释
  • 添加到edgeNameToEdgeSUID和nodeNameToNodeSUID的unique elist参数，#139
• 缺陷修正:
  • loadTableData现在与tibbles一起工作，#143
  • sandboxSendTo现在工作与cys和png， #138
  • .verifySupportedVersions修正比较，#152

ReactomeGSA

1.7.5版本更改(21009-28)

• 修复了“plot_heatmap”的文档

  1.7.4版本更改(21009-24)

• 新增绘图功能" plot_heatmap "

  1.7.3版本更改(21009-14)

• 更新了介绍" open_reactome "命令的小插图

  1.7.2版本更改(21009-09)

• 修复了perform_reactome_analysis大请求时的超时问题

  1.7.1版本更改(21006-09)

• 修正了scRNA-seq小插图中的错误。

重新计票

1.19.2版本的更改

错误修复

• 修复了在Windows上读取文件时geo_info()的错误，其中所有变量都添加了一个尾随\r。
• 避免隐式嵌入S4对象的列表已被弃用，这是在https://github.com/leekgroup/recount/runs/3286046827?check_suite_focus=true#step:20:1417上注意到的警告。

recount3

1.3.9版的更改

错误修复

• 解决了https://github.com/LieberInstitute/recount3/issues/7。

  1.3.7版的更改

新功能

• 增加了create_hub()函数，用于创建UCSC跟踪集线器配置文件，以便使用UCSC基因组浏览器来探索count3 BigWig碱基对覆盖文件。

  1.3.2版的更改

用户可见的明显变化

• rowRanges(rse_gene)$score现在是rowRanges(rse_gene)$bp_length，以便更容易地对count3对象使用reload::getTPM()和reload::getRPKM()。解决了https://github.com/LieberInstitute/recount3/issues/4。

错误修复

• 基于https://github.com/LieberInstitute/recount3/issues/5更新了read_metadata()。在这种情况下，空元数据将被删除并发出警告。

RegEnrich

1.3.1版的更改

• 将邮箱从w.tao-2@umcturecht.nl修改为weiyangtao1513@gmail.com

rfaRm

1.5.3版本更改(21-08-04)

• 更新了一致二级结构查询的格式，以匹配Rfam所做的更改

RGMQL

1.12.2版的更改

新功能

• 没有一个

用户可见的明显变化

• 没有一个

弃用,已经

• 没有一个

错误修复

• 更改实现show_all_metadata()以获得更好的性能

  1.12.1版的更改

新功能

• 增加了新的函数show_all_metadata()

用户可见的明显变化

• 整个数据集必须有正确的文件夹结构，以便正确工作 - >

• 交换collect()函数的参数' dir_out '和' name '的顺序，现在后者出现在前者之前。

弃用,已经

• 没有一个

错误修复

• 固定远程处理

rhdf5

在2.38.0版本的更改

新功能

• 增加了对读取数据类型为64位或32位无符号整数的属性的支持。

• 添加了许多处理文件创建属性列表的函数。(感谢@ilia-kats的贡献，https://github.com/grimbough/rhdf5/pull/95)

• 增加了对可变长度和UTF-8编码字符串数据集的支持。(感谢Aaron Lun @LTLA的贡献，https://github.com/grimbough/rhdf5/pull/88)

变化

• 文档切换到roxygen2

错误修复

• h5createdatset()现在打印一个警告，如果一个块维度超过了该维度的最大大小，并自动设置相应的块维度为最大值。(感谢Eric Kernfeld @ekernf01的报道，https://github.com/grimbough/rhdf5/issues/97)

Rhdf5lib

1.16版本的更改

错误修复

• 用于编译R的AR和RANLIB程序现在也用于编译HDF5库。当系统上发现的默认版本与用于构建r的选项不兼容时，这解决了问题(感谢@miesav, https://github.com/grimbough/Rhdf5lib/pull/41)

• 修正了在Windows安装中由rwinlibs分发的libcurl的上游更改带来的问题。(https://github.com/grimbough/Rhdf5lib/pull/42)

RLSeq

在0.99.11版本的更改

包

• 基类
• RLRanges存储R-loop数据和RLSeq结果。
• 工作流——包装器函数RLSeq()执行所有分析步骤。但是，单个函数也可以访问。
• 模型
• 将样本质量标签预测模型更新到最新版本，在训练中加入231个样本。该模型在115个样本的测试集上显示出较高的精度(.9304)。

状态

预发布。该版本先于第一个正式发布版本(v1.0.0)，预计2021年10月发布。

rmspc

在0.99.0版本的更改

• 提交给Bioconductor

RNAmodR

1.7.1版本更改(21-07-27)

• 内部错误修复

的方式

在2.21版的更改

2.21.1版的更改

• 修复失败的单元测试

在2.21.0版本的更改

• bioc3.14的新开发版本

ROSeq

1.99.01版本的更改

• 没有bug，但是从man文件夹中删除了额外的文件

战

1.49.1版本更改(21007-28)

• Rmarkdown添加到依赖修复生物构建

rpx

2.1版的更改

rpx 2.1.12

• 注释额外的实验作为返回错误(参见完整列表的问题)< 21010-07 Thu>

rpx 2.1.11

• 注释PXD012095返回一个错误(参见#12)< 21010-04 Mon>

rpx 2.1.10

• 缓存所有PXD项目的PRIDE站点地图。
• 新的pxininstruments ()， pxptms()和pxprotocols()访问器。

rpx 2.1.9

• 内部功能记录本地项目与完整PX的对比。

rpx 2.1.8

• 新的PXDataset2类，具有更丰富的接口和更稳定的数据下载功能。PXDataset和PXDataset2工作透明，PXDataset2现在是默认的。

• 在PXDataset()构造函数中添加弃用通知。

rpx 2.1.7

• 改进对象创建打印输出。
• 改善pxCachedProjects()的输出。

rpx 2.1.6

• 更新README.md中的安装说明。
• 缓存位置现在也存储在PXDataset对象中。
• 新的pxCacheInfo()函数，并使用它在show,PXDataset中显示缓存信息。

rpx 2.1.5

• 提高文档。

• 检查缓存的PXDataset对象有效性。

rpx 2.1.4

• 修复PXDdataset内部数据存储的错误。

• 新的pxCachedProjects()函数，它返回缓存的项目。

• 文档中的修复和改进。

rpx 2.1.3

• pxdataset在创建时也被缓存，并在下次生成时从缓存中检索。

• 缓存现在由rpxCache()返回。

rpx 2.1.2

• 新功能:PXDataset对象现在在生成时查询和存储数据(ref, tax, files, url)，而不是每次都动态地获取这些数据。添加这个新特性是为了避免数据访问问题(参见#5)。

rpx 2.1.1

• pxannounce()暂停了(参见#7)。

rrvgo

1.5.4版的更改

• 散点图()不再警告我们正在使用已弃用的parm来删除指南

  1.5.1版的更改

• calculateSimMatrix ()现在允许使用Orgdb包中的任意键。来源:illumination-k。谢谢!

Rsamtools

在2.10版的更改

弃用,已经

• 弃用applyPileups()而使用pileup()。

RTCGAToolbox

在2.24.0版本中的更改

Bug修复和小的改进

• 已弃用的功能小插图移动到小插图/分析/文件夹

rWikiPathways

1.14.0版本的更改

• 没有一个

S4Vectors

版本0.32.0中的更改

用户可见的明显变化

• 按行名划分DataFrame对象不再使用部分匹配。

scanMiR

0.99.25(21006-25)版本更改

• 修正了一个最近的错误，阻止识别许多切片网站

嘘

1.22.0版的更改

• 将plotHeatmap中的color_columns_by重命名为color_columns_by以匹配其他参数。

• 向plotHeatmap添加color_rows_by和row_annotation_colors参数，类似于类似的列参数。

• 修改plotReducedDim中的text_by注释，从ggrepel中使用geom_text_击退。

scDblFinder

1.7.3版本更改(21-07-26)

• scDblFinder现在包括基于集群和随机模式的人工双偶子生成

• 阈值设定已经简化

• 默认参数已经使用基准数据集进行了优化

• 添加了directDblClassification方法

司康饼

1.17.1版本更改(21007-21)

• 改善PsiNorm装饰图案。

• 修复了无法导出PSINORM_FN()的错误。

范围

1.5.2版的更改

• 删除加载的警告

  1.5.1版的更改

• 更新装饰图案

scp

1.3.3版的更改

• 文档:在小插图中包含QFeatures情节

• 文档:创建了一个关于SCP高级用法的小插图

  1.3.2版的更改

• feat: computeSCR现在允许用户提供的函数，将总结来自多个样本和多个载波的值。
• 文档:在SCP vignette中使用了更多的标准变量名。

• 文档:创建了一个QFeatures概述小插图

  1.3.1版的更改

• 重构:弃用rowDataToDF。这个函数现在被QFeatures::rbindRowData所取代。

  1.3版本更改1.3.0版本更改

• 新开发(Bioc 3.14)

scPCA

1.7.3版本更改(21-10-07)

• 删除更多的测试，以验证并行输出是否与串行输出完全匹配。

  1.7.2版本更改(21009-15)

• 删除测试，检查在使用BiocParallel的SerialParam()时，对scPCA()的顺序调用和并行调用是否产生相同的输出。这是由于在BiocParallel版本1.28中新增了随机数生成的处理。

scReClassify

在0.99.8版本的更改

• 包括对包装的引用

  在0.99.7版本的更改

• 移除multiadasample中的全局赋值。

  在0.99.6版本的更改

• 进一步修订以处理意见/反馈

  在0.99.5版本的更改

• 修正了新闻匹配版本碰撞

  在0.99.4版本的更改

• 对matPC函数中的示例进行了微小的更改

  在0.99.3版本的更改

• 纠正所有文档中的任何拼写错误
• 修改软件包以解决来自Bioconductor评审的意见

• 清理了singlecellexperexperiment对象的GSE87795子集数据

  在0.99.2版本的更改

• 版本碰撞提交给Bioconductor

  在0.99.1版本的更改

• 清理存储库以通过BiocCheck

  在0.99.0版本的更改

• Bioconductor的初步提交

• 代码格式/文档已经过修订，以满足Bioconductor的要求

  在0.1.1版本中的更改

• 文档的重要更新和补充
• 代码编写风格的重大改变，以符合BioC
• 更新示例数据

scShapes

0.1.0版的更改

• 新的包scShapes，用于识别和建模单细胞RNA测序数据的分布形状。

scTensor

在2.4.0版的更改

• 在cellCellDecomp() (" ntd "， " ntd2 ")中增加了正则化参数(L2_A/L1_A)。

• 在cellCellDecomp() (" CX ")中添加了多线性CX分解。

• convertNCBIGeneID被移除。

• 小插图被修改了。

• 完全不支持lrbase . xxx . xxx .db类型的包

裂殖体

在0.99.00版本的更改

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.

selectKSigs

1.5.1版的更改

• 准备释放

  1.4.1版的更改

• 准备释放

seqcombo

1.15.1版本的更改

• 进口yulab。星期五跑龙套(2021-08-20)
• Mv seqdiff和simplot到ggmsa包

sigFeature

1.11.2版的更改

新功能

• 1.11.2版本更改(21-09-14)更新DESCRIPTION文件、vignettes文件和NEWS文件。

signatureSearch

1.7.3版本变更(21-08-24)

• 改进了get_targets函数，支持不同的输出格式。

  1.7.2版本更改(21006-14)

• 支持自动下载ExperimentHub缓存文件。

签名者

1.19.1版本的更改

• 迁移到PMCMRplus包

singleCellTK

2.3.2版本更改(21010-24)

• 在cellQC报告中增加了汇总表
• 改进了QC报告的格式
• 增加了函数getDEGTopTable()和plotBatchCorrCompare()

• 其他重构和bug修复

  2.3.1版本更改(21-10-15)

• 几个bug修复

  2.2.2版本更改(2021-10)

• 对UI进行了一些增强、重构和错误修复
• 重构文档和pkgdown站点
• 增加了R控制台分析教程
• 更新SCTK-QC管道中的UMAP生成
• 增加VAM到路径预测选项卡
• 修复了线粒体基因功能的Bug

sitePath

1.9.4版的更改

• 修复:特殊情况下，当树根有多个沿袭路径

  1.9.3版的更改

• 修正:在发散节点无效的并行突变。

• 更新描述，自述和小插图。

  1.9.2版的更改

• 允许部分绘制“lineagePath”。

• 改进了' lineagePath '的' plotMutSites '函数。

  1.9.1版的更改

• 将' useSites '参数添加到' setSiteNumbering '函数。

• 第一个“稳定”路径为默认的“lineagePath”。

• 为' parallelSites '启用plot函数。

一口

1.4.0版本更改(21009-09)

• 根据Rtsne::Rtsne添加pca, partial_pca, pca_center, pca_scale, pca_dim参数

麻雀

1.0版本的更改

增强

• 发布Bioconductor
• 增加了对使用BiocSet的支持，通过这种方式，用户可以将他们的基因集带到或从麻雀那里取走。
• 改进了由Arkadiusz Gladki (@gladki)贡献的corplot()功能。用户可以指定在配对图的下半部分报告的文本的大小，在一个完全有效的调用之后产生的虚假/恼人的警告将不再产生。

对预发布版本的破坏更改

• ora()函数中的前两个参数已经交换，因此第一个参数(x)是要对其运行过度表示分析的对象(data.frame)，第二个参数是GeneSetDb。
• scoresinglessamples不再删除y中没有在用于评分的GeneSetDb中找到的特性。修改后，gsa和ssGSEA分数与正常gsa:: gsa调用产生的分数相匹配。你可以设定投放时间。unconformformed = TRUE保留旧的行为。

SpatialDecon

1.3.0版本更改(21009-28)

• 为Seurat和GeoMxSet对象添加了S4包装器

• 增加了自定义配置文件矩阵生成从单单元数据

• 增加了~75个配置文件矩阵可供人类和鼠标下载

SpatialExperiment

1.3.2版本更改(21-07-27)

• spatialData从colData移动到int_colData

• 重组vignette和增加imgData部分

spatialHeatmap

1.99.0(21-10-14)版本更改

• 实现了叠加功能:用SHMs叠加栅格格式的模板图像，其中提供了炭和透明度选项。

• 实现空间单细胞功能:通过将单细胞嵌入图(PCA, tSNE, UMAP)和SHMs并排放置，共同可视化单细胞和大块组织，细胞集群分配在应用程序中定义或由用户提供，在维度图的形状不限制为6等。

• 空间富集同步到R命令行。

• 实现了基因id的单和多搜索模式。

spatzie

在0.99.7版本的更改

• 增加了对基因组交互对象的直接支持

• 改进的小插曲

• 删除biomaRt请求

• 增加了对r4.1的支持

• 添加了“转录”生物导体视图注释

  在0.99.0版本的更改

• 初始预发布

光谱

1.3版本的更改

1.3.11变化

• 修复setBackend中的错误消息(issue #217)。

1.3.10变化

• 修复在plotSpectra和plotSpectraMirror中，如果光谱中的峰数为1且提供了标签会导致错误的问题。

就开始变化

• 新特性:joinSpectraData()现在检查重复键在x(抛出一个错误)和y(如何警告)。

1.3.8变化

• 新功能:plotMzDelta()函数到M/Z增量QC(从MSnbase移植)。

1.3.7变化

• 添加修正从MSnbase (issue #170)到光谱:在macOS上，需要在读取峰值数据之前读取光谱头。

1.3.6变化

• 对combineSpectra和combinePeaks的文档更新。

1.3.5变化

• filterMzValues还支持删除匹配指定m/z值的峰值(issue #209)。

1.3.4的变化

• 为小插图添加额外的R包和存储库，提供MsBackend后端。

1.3.3变化

• 移动bin和compareSpectra的泛型到ProtGenerics。

1.3.2变化

• 添加参数f到filterPrecursorScan以修复问题#194。

1.3.1变化

• 添加estimatePrecursorIntensity函数(issue #202)。

有尖刺的

0.1.0版的更改

• 最初添加函数和测试

飞溅

1.18.0版本更改(21-10-27)

• splatPop模拟的更新(来自Christina Azodi)

•增加了直接从经验值进行模拟的功能

•eqtl补充道。splatPop的coreg参数

•修正了splatPop中多个批次模拟过多细胞的错误

修复了splatpopsimulation中重复的单元名

• 改进了组检查。概率在SplatParams

• 自动重新调节。如果总和不为1，可能在设置过程中

SplicingFactory

1.0.3版的更改

• 修复了示例数据的错误。

• 其他一些小的变化。

  1.0.2版的更改

• 修复了单样本分析的错误。

  1.0.1版的更改

• 更新网址，电子邮件和引文。

statTarget

2.0版本的更改

新功能

• 新的GUI鼠标悬停以获取帮助信息。log文件

• 代谢组学和蛋白质组学数据的信号校正和QC-RFSC方法

• 随机森林的新特征选择和基于排列的变量重要度度量为随机森林的新MDSplot和基于p值的重要度plot

• 新的数据预处理方法PQN/SUM/无归一化/无缩放方法

结构体

1.5.3版本的更改

• 修复variable_meta赋值

  1.5.2版的更改

• 使用本体插槽而不是STATO

structToolbox

1.5.7版本的更改

• 改进折叠变化计算中的NA处理

  1.5.5版的更改

• 将t-test输出更改为data.frame

• 修复了NA在feature_boxplot图表中的bug

• 使用新的本体系统代替stato

  1.5.2版的更改

• 向自动生成的文档添加输出

• 修复使用中位数的折叠变化阈值(#56)

• 使用方法添加折叠变化(#57)

• HSD参数“不平衡”不再被忽略

  1.5.1版的更改

• 固定损坏的配对测试

  1.4.2版的更改

• 修复使用中位数的折叠变化阈值(#56)

• HSD参数“不平衡”不再被忽略

  1.4.1版的更改

• 固定损坏的配对测试

SummarizedExperiment

1.24.0版本的更改

新功能

• 在summarizeexperiment()构造函数中添加' checkDimnames '参数

• 为summarizeexperiment对象添加showAsCell()方法。

用户可见的明显变化

• 在summarizeexperiment构建时检查化验名称:如果所提供的化验中的一个具有行名和/或colname与要构建的summarizeexperiment对象的行名和/或colname不匹配，summarizeexperiment()构造函数现在会抛出错误。

surfaltr

0.99.6(2021-10-25)版本更改

• 修正了包名称一致性的文本

  0.99.5(2021-10-21)版本更改

• 修正了包名称一致性的文本

  0.99.3(2021-10-11)版本更改

• 修复.gitignore文件修复构建错误

  0.99.2版本更改(21009-14)

• 修复了脚本中的错误

  0.99.0版本更改(21008-24)

• 提交给Bioconductor

svaNUMT

0.99.0版本的更改(21004-28)

• 提交给BioConductor

svaRetro

0.99.0版本的更改(21004-28)

• 提交给BioConductor

突触

版本21007-02(21007-02)变更

变化:

• 添加了这个新闻文件

synapter

在2.17版本的更改

在2.17.3版本中的更改

• 将注释代码块放回

在2.17.2版本中的更改

• 修复小插图中的错误

在2.17.1版本中的更改

• 更新Laurent的电子邮件地址

SynExtend

1.5.4版的更改

• 添加了SubSetPairs函数，允许基于冲突的预测和/或预测统计数据轻松地调整预测对。

• 增加了EstimageGenomeRearrangements功能，使用双切和连接模型生成大规模基因组事件的重排场景。

  1.5.3版本的更改

• 在DisjointSet中增加了sequencesimarity函数，并对运行时进行了改进。

  1.4.1版的更改

• 修正了一个在pairsummary中共识分数的小错误，其中面向不同链的特征的分数计算不正确。

systemPipeShiny

1.3.15版本的更改

新功能

• 在工作流模块中，工作流设计器(步骤3)，在创建新步骤时添加了两个新参数，mandatory和place of execution。这些是systemPipeR 1.27.27中添加的新特性。

轻微的变化

• spsComps, systemPipeR, systemPipeRdata的Bump版本要求

• 在全球。R，now use spsOption with the .list argument to set up options instead of the base options function.

• 用markdown(readLines())替换includeMardown()，这样我们就不需要额外的{markdown}包作为依赖项。

错误修复

• 修复链接和图片url不工作或更改。

  1.3.10版本的更改

新功能

• 在大多数情节中添加代码显示按钮，显示代码以再现情节。

• 向dynamicFile添加两个参数buttonType和占位符，现在用户可以指定按钮的引导颜色，并使用占位符指定上传栏上的初始文本。

• 增强了原来闪亮的fileInput，现在用户还可以在dynamicFile中为“服务器”模式指定图标和按钮引导颜色。

主要变化

• 工作流模块中几个步骤的重新设计。{systemPipeR}的新版本从根本上改变了工作流的运行方式。要同步到这个新版本，必须重新设计WF模块。主要变化发生在工作流步骤选择上。这需要用户安装systemPipeR > 1.27.10

• 启动WF项目的新方法

• 新的工作流图

• 新的步长选择机制

• 新的步骤编辑功能

轻微的变化

• 对于RNAseq模块，树状图图库从{ggtree}包更改为{ape}。{ggtree}在当前版本下与Shiny不太兼容。情节不能创建，总是错误，但没有错误外闪亮。一个问题已经提交给了Github上的Shiny。当这个问题解决后，我们可能会切换回ggtree。
• RNAseq模块的小UI优化。
• 修正了不同标签中的一些拼写错误。

错误修复

• 修复了dynamicFile图标不工作的问题

• 还要添加一些图标验证代码

• 修复了管理服务器选项卡加载两次的问题。添加了一个标志来防止这种情况发生。

  1.3.0版的更改

• 根据Bioconductor的规定，将版本号更新到1.3.0。

tanggle

在0.99版的更改

新功能

• 最初的版本。主要的函数是ggsplitnet和ggevonet，用于可视化带有网格的分割(或隐式)网络(无根、无向)和显式网络(有根、有向)。

TAPseq

1.5.1版本变更(21008-27)

• 修复了createPrimerTrack()中的一个bug

• 添加引用

TargetSearch

1.50.0版本的更改

新功能

• FindAllPeaks:允许非对称RT偏差。以前，窗口搜索参数是+ o -一个公差;现在它可以在期望RT的任意一边不同。

• ncdf4_convert_from_path:递归转换CDF文件的新标志。

• checkRimLim:同时显示多个样本，而不是在以前的版本中显示单个样本。

错误修复

• 确保检查NULL或NA的断言操作在标量中。对于向量使用另一种断言。

• 代码清理。删除不需要的文件。

TBSignatureProfiler

1.5.0版的更改

• 目前有68个签名

错误修复

• 修正了Tbcommon和common_sigAnnotData对象中签名的错误名称

重大变化

• 新增Zimmer_RES_3、Gong_OD_4、Bloom_RES_268、Bloom_RES_558
• 增加Sivakumaran_11和Mendelsoh_RISK_11签名
• 在包中增加了Estevez_133、Estevez_259、LauxdaCosta_OD_3和Maertzdorf_15签名
• 新增Chen_HIV_4、Gliddon_HIV_3、gliddon_od_4、Kulkarni_HIV_2、Heycken_FAIL_22签名
• 在软件包中添加了一个COVID-19签名对象，可用于分析COVID-19基因转录本签名，感谢合作者Dylan Sheerin (WEHI)
• 增加了使用Johnson实验室成员Xutao Wang提供的原始模型评估一些签名的功能

微小的变化

• 在主插图和网站中增加了新冠病毒签名对象的提及
• 网站上包含OG模型教程(王旭涛)
• 添加了addTBsignature()以更方便地更新包中的签名
• 增加pROC选项，以获取AUC值的置信区间作为\code{tableAUC()}的一部分
• 增加了新发表论文的引文

TCGAbiolinks

2.21.1版的更改

• 修复GDCPrepare for TARGET-ALL-P3

• 函数getMC3MAF固定

TCGAutils

1.14.0版本的更改

较小的更改和bug修复

• 当输入多个UUID时，带有from_type = " file_id "参数的UUIDtoBarcode现在以正确的顺序返回id。
• 用API的新名称更新makeGRangesListFromCopyNumber示例，例如' associated_entities.entity_submitter_id '

烤面包

1.6.1版本的更改

• 纠正引用错误。

topdownr

1.15版的更改

• Bioc 3.15的新版本(devel)

1.15.1版本的更改

• 添加rmarkdown到建议:;详见https://github.com/yihui/knitr/issues/1864[2021-07-27]。

ToxicoGx

1.3.4版的更改

• 修复了在Windows上运行测试时，由于bplapply调用中testthat::context和testthat::expect_equal的未继承命名空间导入而导致的错误

  1.3.3版的更改

• 调试由CoreGx更新引起的bios构建错误

  1.3.2版的更改

• 修复了computeLimmaDiffExpr中的一个错误，其中对ToxicoSet的子集不会对summarizeexperiment的protocolData进行子集，从而导致强制到函数内部的ExpressionSet失败

• 目前只是从summarizeexperiment的元数据中删除protocolData，但最终需要在ORCESTRA中上游进行修复

  1.3.1版的更改

• 分子剖面数据现在是测试的子集，以保持包的尺寸小

  1.3.0版的更改

• 2021年春季生物导体发布!

trackViewer

在1.29.8版本的更改

• 修复了读取hic数据时的错别字。

  在1.29.7版本的更改

• 修复错误“中断”并不是唯一的

  在1.29.6版本的更改

• 添加平滑曲线的轨道。

  1.29.5版的更改

• 改进基因轨迹图。

  1.29.4版的更改

• 修复了在有连续外显子时强调外显子区域的自动缩放lolliplot的问题。

  在1.29.3版本的更改

• 增加lolliplot的可能性，以强调外显子或内含子区域。

  1.29.2版本的更改

• 修复用户提供的yaxis大于max scores时的yaxis。

  1.29.1版的更改

• 更新缩放参数的文档lolliplot。

transformGamPoi

0.1版的更改

• 为residual_transform()添加剪辑功能
• 在transformGamPoi()中增加对residual_type参数的检查
• 修复了acosh_transform()中与稀疏输入和on_disk = FALSE相关的错误

• 如果acosh_transform()和shifted_log_transform()的overdispersion = TRUE，则将overdispersion的默认值更改为TRUE

  0.1.0版的更改

• transformGamPoi在GitHub https://github.com/const-ae/transformGamPoi上的初始版本

transomics2cytoscape

1.2.2版的更改

错误修复

• 改进的制表符分隔符处理，RCy3::getEdgeInfo()的参数处理

  1.2.1版的更改

用户可见的明显变化

• 在Bioconductor的1.2.0版本更新中有一个bug。这在1.2.1中得到了修复。

TreeAndLeaf

1.5.1版的更改

• 对象转换函数浓缩为treeAndLeaf功能，自动制作[2020-08-24]。

• TreeAndLeaf功能变得更加自动化。

• 通过使用RedeR函数，对igraph对象操作进行了升级。

treeio

1.17.2版本的更改

• 允许附加参数传递到drop。tips methods (21-06-23, Wed， @xiangpin， #62)
• 作为。phylo和作为。data.frame (2021-06-12, Sat)
• 作为。超测法强制树木超测(21-06-09，周三)

• 介绍的力量。read.mcmctree中的超测参数

  1.17.1版本的更改

• 阅读。mcmctree结果(21-06-04，星期五)

一绺头发

0.1.0版本的更改(21-07-03)

• 提交给Bioconductor

tripr

0.99.0版本更改(21008-15)

• 提交给Bioconductor
• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.

TVTB

1.19.1版本变更(21008-30)

错误修复

• 替代

  通过

  ．

txcutr

在0.99.0版本的更改

新功能

• Bioconductor提交阶段。

用户可见的明显变化

• 一个也没有。

错误修复

• 一个也没有。

  在0.3.2版本中的更改

新功能

• 改进的装饰图案

用户可见的明显变化

• 一个也没有。

错误修复

• 一个也没有。

  0.3.1版的更改

新功能

• 压缩输出。
• 测试是否正确处理传递合并。合并A -> B和B -> C，但不合并A -> C的重叠将输出A -> C和B -> C。也就是说，应用了传递性，最终输出总是使用链中最末端的转录本作为最终输出。

用户可见的明显变化

• 所有export*()方法现在都包括自动检测.gz文件名，这将切换使用压缩(gzip)导出。

错误修复

• 一个也没有。

  在0.3.0版本的更改

新功能

• 合并表生成和导出。

用户可见的明显变化

• 添加generateMergeTable()和exportMergeTable()，用于为没有被阈值距离分隔的转录本创建合并表。文本量化工具可以使用这些文件来指定应该合并哪些文本。

错误修复

• 一个也没有。

  在0.2.2版本中的更改

新功能

• 一个也没有。

用户可见的明显变化

• 一个也没有。

错误修复

• 没有将BPPARAM传递给内部bplapply调用。

  在0.2.1版本中的更改

新功能

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.
• 提供对并行执行的更多控制。

用户可见的明显变化

• truncateTxome()方法包括一个可选的BPPARAM，用户可以使用它传递特定的BiocParallelParam。如果没有提供，它将尊重BiocParallel::bpparam()的结果，这可以使用BiocParallel::register()全局设置。

错误修复

• 一个也没有。

  0.2.0版的更改

新功能

• 增加了重复数据删除的行为。注意，重复数据删除并不排除来自不同基因的转录本。

用户可见的明显变化

• 截断后，truncateTxome()方法现在对跨越相同范围的文本进行重复数据删除。

错误修复

• 一个也没有。

universalmotif

1.12.0版本的更改

新功能

• 新函数sequence_complexity():使用Wootton-Federhen、Trifonov或DUST算法，计算滑动窗口中的序列复杂度。还提供了一个用于小型任意字符串的版本:calc_complexity()。

• 新函数mask_ranges():类似于mask_seqs()，通过用特定的填充字符替换字母来屏蔽XStringSet对象中的特定位置。

• 新函数motif_range():获取motif可能的logodds分数的最小/最大范围。

• 新函数calc_windows():计算滑动窗口坐标的实用函数。

• 新函数window_string():在字符串中检索滑动窗口的实用函数。

• 新函数slide_fun():将window_string()和vapply()包装在一起的实用函数。

• motif_pvalue(method): p值和分数现在可以动态计算，而不是完全计算，大大提高了更大作业的速度和准确性。然而，前面的穷举方法仍然可以使用，因为动态方法不允许非有限值，因此必须是伪计数调整。

• scan_sequences(钙。pvals、calc.qvals motif_pvalue。方法，calc.qvals.method): The calc.pvals argument defaults to TRUE. The P-value calculation method now defaults to dynamic P-values (the previous method was an exhaustive calculation), though this can be changed via motif_pvalue.method. Additionally, adjusted P-values can be calculated as either BH, FDR or a Bonferroni-adjusted P-value. More details can be found in the Sequence Searches vignette.

• write_homer(threshold, threshold.type):使用scan_sequences()的参数解析风格，现在可以更好地控制已写motif包含的最终motif logodds阈值。之前的logodds_threshold参数现在被弃用并设置为NULL，但如果设置了(例如，一个旧的脚本正在重新运行)，那么将使用write_homer()的旧行为。

微小的变化

• 新的全局选项，options(pseudocount.warning):禁用当主题是伪计数调整时打印的消息。

• get_bkg()窗口代码的性能略有提高。

• motif_pvalue():说明在从分数输入计算p值时，确实考虑了背景概率。背景调整在初始转换到PWM期间进行。

• 当bkg motif_pvalue():。提供的问题，使用那些时转换到PWM。

• scan_sequences():默认阈值现在是0.0001(使用threshold。type = " pvalue”)。

• view_motifs()中的轴文本现在是黑色而不是灰色。

• create_motif():当提供命名的背景向量时，将根据字母字符对其进行排序。

• scan_sequences():检查序列是否比motif短。

• 打印。universalmotif_df:当细分到一个不完整的universalmotif_df对象时，更改了警告消息。还增加了通过布尔universalmotif_df关闭信息消息/警告的方法。警告全球选项。

• 杂项修改和添加的小插图和各种功能手册页。

  1.10.2版本的更改

错误修复

• read_homer()现在纠正解析浓缩p值和logodds得分。

  1.10.1版本的更改

错误修复

• 在MotifComparisonAndPvalues中恢复暂时禁用的ggtree(layout= " daylight ")示例。Rmd小插图，作为tidytree现在是补丁。

• 修正了view_motifs()面板间距和标题对齐的一些尴尬。

VAExprs

0.99.0版本更改(21006-07)

• 提交Bioconductor

伶盗龙

1.3.1版的更改

• 添加typing_extensions到环境中

veloviz

版本0.0.0.9000的更改

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.

ViSEAGO

1.7版的更改

• Ensembl2GO () biomart更新

vissE

1.2.0版的更改

• 增加了文本挖掘分析的权重。词云现在可以包含统计数据。
• 现在使用ggraph执行网络绘图。
• 删除执行文本挖掘时产生的过多警告。
• 增加了集群的PPI探测

weitrix

1.5.1版的更改

• Weitrix_sd_confects现在可以选择放弃正态分布加权残差的假设。

wppi

1.1.3版本更改(21-10-05)

• 该工作流计算蛋白质-蛋白质相互作用的权重和得分基因
• 数据库知识自动从OmniPath、基因本体和人类表型本体中获取
• 提交给Bioconductor

xcms

3.15.5版的更改

• 禁用windows i386上的测试，提供一些加速

• 禁用Windows上的并行处理，导致在测试中出现bios构建检查中的问题

  3.15.4版的更改

• 解决在情节与type = " XIC "如果没有数据，绘制空图。

• 如果没有必要，跳过重新索引峰值到特征。这将导致仅MS1数据的性能改进。

  3.15.3版本的更改

• 添加manualFeatures对象中手动定义和添加功能XCMSnExp对象。

• 添加plotChromatogramsOverlay函数支持将来自相同样本的多个eic绘制到相同的图中(最终堆叠)。

• 按EIC相似度添加特征分组:EicSimilarityParam．

• 进口compareChromatograms从MSnbase．

• 根据相似的保留时间添加特征分组:' SimilarRtimeParams。

• 根据样本间特征丰度的相似度添加特征分组:AbundanceSimilarityParam．

• 增加了基于特征分组的方法MsFeatures．

  3.15.2版本的更改

• 修复质/女士装饰图案。

  3.15.1版的更改

• R >= 4.1中nls()的兼容性修正，由Rick Helmus贡献。

zellkonverter

1.4.0版的更改

• 在AnnData2SCE()和SCE2AnnData()中添加参数来控制槽位的转换方式。每个插槽现在可以完全转换，完全跳过或只选择的项目转换。

• 在AnnData2SCE()中添加对将原始槽位转换为altExp的支持

• 在AnnData2SCE()中添加列表的递归转换

• 向各种功能添加进度消息。这些可以通过函数参数或全局变量来控制。

• 为各种公共数据集添加长测试。这应该有助于使软件包更加健壮

• 修复了转换dgRMatrix稀疏矩阵的错误

• 正确处理存储在data.obsm中的DataFrame对象

新闻从新的和现有的数据实验包

benchmarkfdrData2019

1.7.1版本更改(21006-18)

• 添加rmarkdown建议在描述中解决knitr

BioImageDbs

1.0.2版的更改

新功能

• 更新了小插曲。

  1.0.1版的更改

新功能

• 将文件格式由Rda修改为rds。

bodymapRat

1.9.1版本更改(21006-18)

• 添加rmarkdown建议在描述中解决knitr

curatedMetagenomicData

3.2.0版的更改

• curatedMetagenomicData()函数现在有一个rownames参数:

• " long "，从MetaPhlAn3派生的默认字符串

• “short”，NCBI分类学来自CHOCOPhlAn数据库的物种名称

• “短”行名使用taxize根据NCBI分类法进行验证

• " NCBI "，来自CHOCOPhlAn数据库的NCBI分类法ID

• 使用taxize根据NCBI分类法验证“NCBI”行名

• rowData变成NCBI分类法ID号，而不是分类名

• 稀疏矩阵数据结构由dgTMatrix转换为dgCMatrix

• 由于与MetaPhlAn3相关的一个小错误，一些研究被重新处理

• 包内部的更改是为了解决用户发现的错误

• combined_metadata对象已被删除

curatedTBData

0.99.4(21-10-18)版本的更改

• 更新装饰图案输出

• 编辑描述文件

  0.99.3(21-10-07)版本的更改

• 从主分支中删除分析/图形功能

• 接受Bioconductor

  0.99.2版本更改(2021-09-24)

• 从git历史中删除缓存文件

• 根据审稿人的意见修改包

  0.99.0版本更改(21009-16)

• 策划的tbdata包收集了49项转录组学研究

• 包小块被更新为Rmd语法并使用BiocStyle

• 在R (v4.1)中重新处理所有数据

• 移动所有数据到ExperimentHub

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package

• 提交给Bioconductor

depmap

1.7.1版的更改

• 21Q3数据增加了crispr, copyNumber, TPM, mutationCalls和元数据集。其他数据集的更新版本没有发布。

• CERES CRISPR数据已被弃用，在21Q3和所有未来版本中已被Chronos CRISPR依赖性所取代。更多信息，请访问:https://cancerdatascience.org/blog/posts/ceres-chronos/

多萝西娅

1.5.2版本更改(21-10-13)

• 丹尼尔·迪米特洛夫被指派为新的维护者

  1.4.2版本更改(21-10-08)

• 修正了延迟数据警告

• 提高测试覆盖率

  1.4.1版本变更(21-05-25)

• 重建所有调节子

• 固定模糊模式的调节在鼠标规则

easierData

在0.99.0版本的更改

• Bioconductor提交的一切都准备好了!

  在0.9.0版本的更改

• 准备提交给生物导体公司

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package.

imcdatasets

1.1.1版本变更(21-05-25)

• 新增文档(数据集列表在README，打印出的例子在帮助页面)

LRcellTypeMarkers

在3.13版的更改

• 添加MSigDB数据集

• 在小插图中添加注释

microbiomeDataSets

1.1.5版本更改(21009-08)

• GrieneisenTS数据添加

• HintikkaXO数据添加

• 只是小修小补

msigdb

1.2.0版的更改

• 添加MSigDB v7.4

• 从所有集合的“存档”类别中删除基因集

• 删除了直接的对象引用函数(例如msigdb.v7.2.hs.SYM())。应该只使用getMsigdb()函数或通过查询ExperimentHub来检索对象

• 新增IMEx PPI数据

mtbls2

1.23.4版本的更改

• 暂时禁用所有小插曲，直到摄像头问题解决

  1.23.2版本的更改

• 切换到ISA-Tab元数据中的mzML文件

• 临时禁用旧XCMS接口的小插图，这会导致构建失败

  1.23.1版的更改

• 添加由OpenMS FileConverter转换的mzData文件的mzML版本

NxtIRFdata

0.99.3版本更改(2021-09-27)

• 现在使用BiocFileCache来存储ExperimentHub资源的副本。允许更快的后续召回

  0.99.0版本更改(2021-09-17)

• 提交给Bioconductor

ptairData

1.1.1版本更改(21003-05)

• 模拟文件添加

RforProteomics

1.31.1版的更改

• 修复mztab文件名(新rpx需要)

  1.31.0版的更改

• Bioc 3.14的新版本(devel)

RLHub

在0.99.6版本的更改

• RLHub提供了对RLBase中处理过的数据集的方便访问。一个完整的复制RLHub的一步一步的协议可以在这里找到https://github.com/Bishop-Laboratory/RLBase-data

RnBeads.mm10

2.1.1版的更改

• 临时将Ensemble版本调回75，以消除大量的非编码文本

• 甲基化阵列信息基于最新的清单文件

  在2.1.0版的更改

• 2021年5月发布

• 增加了老鼠甲基化珠片的注释(感谢Maxi Schoenung的伟大贡献!)

• 更新SNP信息到GRCm38。p4是通过NCBI提供的最后一个版本。

scATAC。资源管理器

在0.99.3版本的更改

• 在错误处理函数中删除了paste()函数的使用

  在0.99.2版本的更改

• 添加新闻。md文件来track changes to the package.

• 格式化函数缩短行

• 在测试用例中删除了T/F的使用

• 删除了“粘贴”在条件信号中的使用

  在0.99.1版本的更改

• 增加了queryATAC函数的测试

• 为queryATAC和fetchATAC函数添加了新的错误检查

scpdata

1.1.1版的更改

• 增加了school2021数据集< 21010-06 >

SingleCellMultiModal

1.6.0版的更改

新功能

• scMultiome版本1.0.1为RNAseq数据提供了10X格式。

Bug修复和小的改进

• 更新了seqFISH小插图和文档。

• 更新到summarizeexperiment中检查assayDimnames的更改。

• scNMT默认使用版本1.0.0的QC过滤单元格。关于未过滤的单元格，请参见?scNMT中的版本部分。

spatialDmelxsim

在0.99.9版本的更改

• 作为一个ExperimentHub数据包提交给Bioconductor。

TabulaMurisSenisData

在0.99.1版本的更改

• 添加infoOnly参数以获取下载大小的详细信息

  在0.99.0版本的更改

• 添加文档

• 准备Bioconductor提交

  0.1.0版的更改

• 添加一个消息。md文件来track changes to the package.

TMExplorer

1.2.1版的更改

• 在元数据表和singlecellexperexperiment元数据中增加摘要列

肺结核

1.0.0版的更改

• 现在在Bioconductor 3.14版本中可以使用结核病

来自新的和现有工作流的新闻

GeoMxWorkflows

在0.99.4版本的更改

• 更新工作流程图片

  在0.99.3版本的更改

• 从示例数据集中删除空的DCC文件

• 调整QC绘图直方图功能，以删除用户定义的限制

  在0.99.2版本的更改

• 生物导体构建评审的版本更新

  在0.99.1版本的更改

新功能

• 添加了一个新闻。md文件来track changes to the package
• 删除描述和命名空间冲突
• 更新了vignette (GeomxTools_RNA-NGS_Analysis.Rmd)的样式以适应BioC

新闻来自新书和现有的书

没有新消息要报道

已弃用和失效的包

47个软件包从这个版本中被移除(在bio3.13中被弃用后):AffyExpress、affyQCReport、AnnotationFuncs、ArrayTools、bigmemoryExtras、biacastuddies、CancerMutationAnalysis、ChIPSeqSpike、CompGO、CoRegFlux、CrossICC、cytofast、DBChIP、dexus、EasyqpcR、EDDA、eisa、ELBOW、ExpressionView、FlowRepositoryR、基因集、HCABrowser、HCAExplorer、HCAMatrixBrowser、Imetagene、mdgsa、metagenomeFeatures、methanalysis、MSEADbi、OutlierD、pcot2、PCpheno、Polyfit、POST、RchyOptimyx、RDAVIDWebService、RNAither、RNAprobR、rnaSeqMap、SAGx、samExploreR、seqplots、simulatorZ, spa, ToPASeq, XBSeq, yaqcaffy

请注意:CexoR和IntramiRExploreR，之前在3.13中被宣布弃用，修复了它们的包，并保留在Bioconductor中。

23个软件包在本次发布中已弃用，并将在bio3.15中删除:affyPara, ALPS, alsace, BrainStars, destiny, dualKS, ENCODExplorer, ENVISIONQuery, FindMyFriends, GeneAnswers, gramm4R, KEGGprofile, MouseFM, MSGFgui, MSGFplus, MSstatsTMTPTM, PanVizGenerator, predictionet, RGalaxy, scClassifR, slinky, SRGnet, SwimR

11个实验数据包在此版本中被删除(在BioC 3.13中已弃用):ceu1kg, ceu1kgv, ceuhm3, cgdv17, dsQTL, facsDorit, gskb, hmyriB36, JctSeqData, MAQCsubsetAFX, yri1kgv

五个实验数据包在此版本中已弃用，并将在bioc3.15中删除:ABAData、brainImageRdata、PCHiCdata、RITANdata、tcgaWGBSData.hg19

90个注释包从这个版本中删除(在bio3.13中已弃用):12个lrbase . xxx . g. .db包(替换为AHLRBaseDbs)， MafDb.gnomAD.r3.0。GRCh38 MafH5.gnomAD.r3.0。GRCh38、73个MeSH.XXX.eg.db包(替换为ahmeshdb)、greengenes13.5MgDb、ribosomaldatabaseproject11.5MgDb、silva128.1MgDb

有一个注释包在此版本中已弃用，将在Bioc 3.15中删除:org.Pf.plasmo.db

这个版本中删除了一个工作流包(在bio3.13中已弃用):eQTL

在这个版本中没有弃用工作流包。