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Bioconductor 3.5发布

2017年4月25日

Bioconductors:

我们很高兴宣布Bioconductor 3.5,包含1383个软件包,316包、实验数据和911注释包。

有88个新的软件包,许多更新和改进现有的包;Bioconductor 3.5兼容3.4 R,并支持Linux上,32位和64位Windows, Mac OS x这个版本将包括一个Bioconductor更新Amazon Machine Image和码头工人的容器。

访问//www.andersvercelli.com对细节和下载。

内容

开始使用Bioconductor 3.5
新的软件包
新闻从新的和现有的包
弃用和已经包

开始使用Bioconductor 3.5

更新或安装Bioconductor 3.5:

安装3.4 R。Bioconductor 3.5设计明确了这个版本的R。
按照说明在//www.andersvercelli.com/install/。

新的软件包

有88个新的Bioconductor软件包在此版本中。

AnnotationFilter这个包提供了类和其他基础设施实现过滤器操纵Bioconductor注释资源。过滤器将被用于ensembldb,有机体。dplyr和其他包。
ATACseqQCATAC-seq Transposase-Accessible染色质的鉴定使用排序,染色质易访问性是一个快速和敏感的方法分析。它被开发作为一种替代方法MNase-seq, FAIRE-seq DNAse-seq。其他方法比较,ATAC-seq需要较少数量的生物样品和时间来处理。在分析的过程中几个ATAC-seq数据集产生在我们的实验室中,我们学习了一些独特的方面为ATAC-seq数据质量评估。帮助用户快速评估他们是否ATAC-seq实验成功,我们开发了ATACseqQC包部分遵循指南2013年发表在《自然方法(et al。”),包括诊断的情节片段大小分布,线粒体读取比例、核小体定位模式,和CTCF或其他转录因子的足迹。
banoccBAnOCC包设计成分数据,每个样本数目。它可以近似无约束数据的协方差使用贝叶斯模型编码rstan。它提供了输出stanfit对象以及后中值和可信区间估计为每个相关元素。
basecallQCbasecallQC包提供了一些工具来处理Illumina公司bcl2Fastq(> = 2.1.7)软件版本。basecalling和多路分解使用bcl2Fastq软件之前,basecallQC功能允许用户更新Illumina公司样本表从版本< = 1.8.9 > = 2.1.7标准,清洁样本表常见问题,如无效样本名称和id,创建阅读和索引basemasks bcl2Fastq命令。代basecalled和去复用数据后,basecallQC包允许用户生成HTML表、阴谋和一个自包含的报告汇总指标从Illumina公司XML输出文件。
BiocFileCache这个包创建一个持久的磁盘缓存的文件,用户可以添加、更新和检索。是有用的管理资源(比如定制Txdb对象)昂贵的或难以创建、跨会话使用web资源和数据文件。
BioCor计算功能的相似性基础上描述的通路KEGG和REACTOME或基因集。这些相似之处可以计算路径或基因集,基因,或集群和结合其他相似之处。他们可以用来改善网络,基因选择、测试的关系…
BioMedRBioMedR包提供了一个R / Bioconductor包生成各种分子表示化学物质,蛋白质、dna / rna和他们的相互作用。
biotmle这个包促进了生物标志物的发现生物序列数据(例如,微阵列,RNA-seq)基于潜在生物标志物的联系与接触通过实现一个评估过程和结果变量相结合的泛化主持t统计量渐近线性统计参数估计通过有针对性的最低通过估计(TMLE)。
BLMA适合用于双层的荟萃分析的工具。包可以用于广泛的应用程序,包括通用假设试验,微分表达式分析、功能分析和路径分析。
BPRMethBPRMeth包使用二项式概率单位回归可能性模型甲基化的概要文件和提取高阶特性。这些特性精确量化的甲基化的概念。使用这些高阶特性promoter-proximal地区,我们构造一个预测基因表达的有力证据。同时,这些特性用于集群proximal-promoter地区使用EM算法。
分歧点概率预测分歧点intronic分歧点windows的网站。查询可以提供intronic地区;或评估突变的影响,单核苷酸多态性。
BUMHMM这是一个概率模型计算管道每-核苷酸后验概率的修改从收集到的数据在结构探测实验。支持多种实验模型复制和经验纠正报道,顺序相依的偏见。模型利用测量每个核苷酸的“下降率”,这是对比复制通过log-ratio(异地恋)。贷款存款比率之间控制复制定义一个空分布下降率的变化观察到机会,贷款存款比率之间的治疗和控制复制相比,这个分布。实证结果假定值(从零“画”的概率分布)作为观察的隐马尔可夫模型Beta-Uniform混合模型作为排放模型。由此产生的后验概率表示的概率被修改的核苷酸的结构探测实验。
催化剂质量血细胞计数(CyTOF)使用重金属同位素标签而不是像记者荧光标记抗体,从而大大减少光谱重叠和允许检查在单细胞水平50多个参数。而光谱重叠比流式细胞术在CyTOF大大减少明显,溢出由于检测灵敏度,同位素杂质,氧化物的形成可以阻碍数据可解释性。我们设计了催化剂(血细胞计数数据分析工具)提供管道血细胞计数数据的预处理,包括我)规范化使用珠标准,2)单细胞反褶积和iii) bead-based补偿。
cellbaseR这个R包使用的详尽的RESTful Web服务API Cellabase数据库实现。它使研究人员能够查询和获得丰富的生物信息从一个数据库节省很多时间。另一个好处是,研究人员可以很容易地对不同的生物主题进行查询和链接所有这些信息集成的所有信息。
cellscapeCellScape促进交互式浏览单细胞克隆进化的数据集。该工具需要两个主要输入:(i)每一个细胞的基因组内容形式的拷贝数段或有针对性的突变值,和(2)一个单细胞发展史。系统格式dendrogram-like不等的发展史与叶节点进化model-derived发展史与观察到的或潜在的内部节点。CellScape发展史是灵活输入源-目标边缘的表支持任意表示,其中每个节点可能有也可能没有相关的基因数据。CellScape的输出是一个交互式的界面显示单个细胞发展史和cell-by-locus基因组的热图代表每个位点的突变状态在每一个细胞。
chimeravizchimeraviz管理数据融合基因发现者和提供有用的可视化工具。
ChIPexoQual包的质量控制管道ChIP-exo /关系数据。
clusterSeq识别基于他们的集群中的基因表达在多个生物样品(复制)。
coseqCo-expression表达谱由高通量测序数据的分析。特性(例如,基因)资料集中使用适应转换和混合模型或k - means算法和模型选择标准(选择适当数量的集群)。
cydar识别不同样本和组之间丰富的人口质量血细胞计数数据。提供方法来计算细胞超球面,控制空间错误发现率和可视化的变化丰富的高维空间标志。
DaMiRseqDaMiRseq包提供了一个整洁的管道数据挖掘过程的识别转录生物标志物和利用他们分类的目的。包接受任何类型的数据作为原始计数表,并允许协变量包括发生与实验设置。一系列的功能让用户清理过滤基因组特征和样本数据,调整数据通过识别和消除不必要的变异来源(即批次和混杂因素)和选择最好的预测建模。最后,整体学习“叠加”技术应用于构建一个健壮的分类模型。每一步都包含一个检查点,用户可以利用评估数据管理的影响,通过观察诊断情节,如集群和热图、RLE箱线图,MDS或者相关情节。
DelayedArray包装类似数组的对象(通常是一个磁盘对象)在DelayedArray对象允许一个执行常见的数组操作没有在内存中加载对象。为了减少内存使用和优化性能,操作对象或延迟执行使用一块处理机制。注意,这也适用于内存中的数组类的物品,例如DataFrame对象(通常用Rle列),普通数组和矩阵对象和数据帧。
不和谐的不和谐的方法来确定微分相关的分子特性对从组学数据使用混合模型。算法在Siska等作进一步的解释。
DMRScan这个包检测显著差异甲基化区域(包括定性和定量特征),使用与潜在的泊松启发式扫描统计量。扫描统计量将取决于一系列窗口大小(#每个窗口内的论文认定)为每个窗口大小和一个阈值。这个阈值可以计算了三种不同的方式:1)分析使用Siegmund出版社(2012)解决方案(首选),2)一个重要抽样所显示张(2008),和3)获得完整模型建模的数据,选择不同的选项,每个CpG模型之间的依赖关系。
epiNEMepiNEM是最初的嵌套的延伸效应模型(NEM)。EpiNEM能够考虑淘汰赛和推断出更复杂的网络信号通路的两倍。
EventPointerEventPointer R包来确定可变剪接事件,涉及简单的(病例对照试验)或复杂的实验设计等课程的实验和研究包括成对样品。该算法可以用来分析数据从结阵列(Affymetrix数组)或(RNA-Seq)测序数据。检测到的软件返回data.frame可变剪接事件:基因名称、类型的事件(磁带,替代3 ',…,等等),基因位置,拼接百分比的统计意义和增量(δPSI)的所有事件。该算法可以生成一系列文件发现可变剪接事件IGV形象化。这简化了解释结果和标准PCR引物的设计验证。
flowTime这个包是用于分析开发动态和稳态实验研究基因调控网络的功能在酵母(应变W303)表达荧光记者蛋白质使用BD Accuri C6和SORP血细胞计数器。然而,大部分的功能一般可以用于分析其他有机体血细胞计数器使用其他流。函数在这个包中促进流式细胞术的注释数据与试验元数据,为传播和易用性是必要的。函数用于创建、保存和装载门集也包括在内。在过去,我们通常会生成的摘要统计信息为每个计算每个flowset然后注释和分析这些汇总统计。这种方法失去了大量的力量,来自于大量的单个细胞生成的数据在流式细胞术,从本质上崩溃后会进入一个批量测量这些数据构造子集。除了这些汇总功能,这个包还包含函数来促进稳态或延时数据利用的注释和分析所有的数据收集在每个样本从成千上万的单个细胞。
funtooNorm提供了一个功能正常化Illumina公司英人类甲基化450 BeadChip (Illumina公司450 k),纠正组织和/或细胞类型。
GA4GHclientGA4GHclient提供了一种简便的方法来访问公共数据服务器通过基因组学和全球联盟卫生(GA4GH)基因组的API。它提供了低级访问GA4GH API和响应数据转换为Bioconductor-based类对象。
gcapc呼吁ChIP-seq峰值数据考虑潜在的测序读GC的偏见。GC的偏见是第一次估计广义线性混合模型使用加权GC策略,然后应用到峰值估计意义。

- - - - - -geneClassifiers这个包的目的是便于访问的应用分类器已发表在文献使用ExpressionSet作为输入。

GenomicDataCommons以编程方式访问美国国立卫生研究院/ NCI基因组数据共享rest式服务。
GenomicScores提供基础设施来存储和访问全基因组在R和Bioconductor position-specific分数。
GISPAGISPA方法用于研究人员感兴趣的定义与类似的基因集,先天的指定分子概要文件。GISPA方法之前发表在核酸研究(Kowalski et al ., 2016;PMID: 26826710)。
goSTAG基因列表来自基因组分析的结果富含生物信息。例如,(度)的差异表达基因微阵列或RNA-Seq分析相关功能的响应治疗或条件。基因列表可以大小不同,几千个基因,根据扰动的鲁棒性和广泛的不同在生理上的条件。有一种关联生物之间的亲缘和成千上万的基因系统是不切实际的手动管理每个基因的注释和功能。代表比例分析(ORA)开发的基因识别生物主题。给定一个基因本体论(去)和注释的基因表明类别适合每一个,代表的意义本体论范畴内的基因是由确切概率法或根据超几何分布建模。比较丰富生物类别的少数几个样品是可控的使用维恩图或者其他手段来评估重叠。然而,成百上千的丰富类别和许多样品,比较费力。此外,如果有丰富的类别之间共享样本,试图代表着他们一个共同的主题是非常主观的。goSTAG使用去子树内标记和注释的基因集goSTAG可视化代表之间的相似度的聚类浓缩的假定值统计测试和标签与GO术语集群最根路径生成的子树内的所有术语集群中去。
GRridge这个包允许使用多个来源的co-data(例如外部假定值、基因列表、注释)来提高预测的二进制,连续和生存反应使用(物流、线性或Cox) group-regularized岭回归。它还促进了因果变量选择和交叉验证使用ROC曲线和AUC预测诊断。
的热图这个包提供函数来绘制的热图跨基因组的全基因组数据的间隔,如ChIP-seq信号的峰值和推动者。许多功能也提供调查序列特性。
hicrep高c是一个强大的技术为研究基因组染色质交互。然而,当前的方法来评估高c数据再现性产生误导的结果,因为他们可以忽略高c空间特性数据,如域结构和distance-dependence。我们提出一个新颖的再现性措施,系统地考虑这些特性。这种方法可以评估高c之间两两差异矩阵在各种设置,并且可以用来确定最佳的测序深度。与现有方法相比,它始终显示精度高分辨的细微差别再现性和描述细胞血统比现有方法的相互关系。这个R包hicrep实现了我们的方法。
理想的这个包提供了一个交互式函数微分表达式RNA-sequencing数据集的分析,快速和有效地提取信息下游微分表达式的一步。一个闪亮的应用程序封装整个包。
ima对可变剪接Multi-omics数据的综合分析。
ImpulseDE2ImpulseDE2是纵向的微分表达式的算法计算数据集这在测序实验中出现的如RNA-seq ChIP-seq, ATAC-seq DNaseI-seq。ImpulseDE2基于负二项噪声模型与分散趋势由DESeq2平滑,使用脉冲模型约束意味着每个基因的表达轨迹。脉冲模型实证发现适合全球表达变化在细胞环境和发展适当的刺激,因此在大多数细胞生物场景。意思上的约束表达式可以防止过度拟合轨迹波动小表达式。其次,ImpulseDE2统计测试功率高于广义线性模型微分表达式的算法,适合时间范围的变量如果超过6点采样,因为固定数量的参数。
感兴趣这个包对RNA-seq数据(执行Intron-Exon保留分析。bam文件)。
IWTomics实现Interval-Wise测试(IWT)的组学数据。这个推论过程测试两组之间的“组学”数据的差异基因区域(或一群基因组区域间和一个参考中心对称),并且不需要固定的位置和规模在一开始。
karyoploteRkaryoploteR创建核型块任意基因组和提供了一套完整的函数绘制任意数据。它模仿许多R基本图形函数耦合用坐标变化函数自动染色体和数据坐标映射到绘制坐标。除了提供的数据绘制功能,很容易添加新的。
Logolas生产标识块各种符号和名称由英文字母、数字和标点符号。可用于序列图案一代,一代突变模式,蛋白质氨基酸geenration表示在任何通用的上下文和象征力量。
mapscapeMapScape集克隆患病率、克隆等级,解剖和突变信息提供交互式的可视化空间克隆进化。有四个输入MapScape:(我)克隆发展史,(ii)克隆数据大相径庭,(iii)图片参考,这可能是医学图像或绘制,并为每个样本(iv)像素位置的参考图像。可选地,MapScape可以接受数据表每个克隆及其变异的突变等位基因频率在每个样本。MapScape的输出由裁剪解剖图像包围的两个代表每个肿瘤样本。第一,细胞聚集,直观地显示每个克隆的患病率。第二个显示克隆发展史的骨架,而只强调那些克隆出现在示例。在一起,这些表示使分析师在解剖空间可视化克隆的分布。
MaxContrastProjection记录三维荧光显微图像时的一个问题是如何正确地在2 d呈现这些结果。最大强度的预测是一个流行的方法来确定图像中每个像素的焦平面。然而,这种方法的问题是,失焦元素仍可见,使边缘和精细结构难以检测。这个包旨在解决这个问题通过使用给定的像素周围的对比来确定焦平面,允许更清洁的结构比将检测成为可能。为了方便起见,这个包还包含函数来执行各种其他类型的预测,包括最大强度投影。
MCbiclust寻找定制算法和相关的方法,观察和分析biclusters大型基因表达数据集。算法是基于一组提供基因的大小为n,寻找最大强度相关矩阵包含m样本数据集。
metavizr这个包提供了Websocket沟通metaviz web应用程序(http://metaviz.cbcb.umd.edu)的宏基因组数据的交互式可视化。R / bioc交互式会话中的对象可以显示在情节和数据可以探索使用facetzoom可视化。支持基本Bioconductor数据结构(例如,MRexperiment对象),同时提供一个简单的机制来支持其他数据结构。可视化(使用d3.js)可以很容易地添加到web应用程序。
methylInheritance排列分析、基于蒙特卡罗抽样测试的假设的数量守恒的差异甲基化元素,在几代人之间,相关联的效果继承自一个治疗和随机效应可以解雇。
MIGSA大规模和综合基因分析。MIGSA包允许执行一套大规模和综合基因分析几个同时表达和基因集。它提供了一个共同的基因表达分析框架,授予一个全面的和连贯的分析。只有最小的用户参数设置是需要执行两个单数和基因集富集分析以综合的方式通过最有效的方法,即dEnricher和mGSZrespectively。这个大的组学数据工具的最大的优点是几个功能的可用性探索,分析和可视化结果,以促进数据挖掘任务在巨大的信息源。MIGSA包还提供了几个函数,允许方便地从几个存储库加载最新基因集。
mimager容易想象并检查微空间构件。
motifcounter“motifcounter”提供与主题相关功能计算统计数据匹配和计数的主题匹配的DNA序列。作为输入,“motifcounter”需要一个主题的位置频率矩阵(PFM)。此外,需要一组DNA序列估计(BGM)高阶背景模型。包提供功能探讨per-position和每条对数似分数烤瓷和BGM跨一个给定的序列组序列。此外,包促进主题匹配基于自动导出分数阈值。为此分数的分布是有效地决定和分数阈值选择user-prescribed显著性水平。这允许控制的假阳性。此外,“motifcounter”实现了一个主题匹配浓缩测试基于两个主题匹配的数量预计在随机DNA序列。主题浓缩了一个复合泊松近似或图案的组合近似匹配项。两种模型高阶背景模型,图案的自相似性,点击DNA链。 The package is in particular useful for long motifs and/or relaxed choices of score thresholds, because the implemented algorithms efficiently bypass the need for enumerating a (potentially huge) set of DNA words that can give rise to a motif match.
msgbsR管道的分析MS-GBS实验。
multiOmicsViz计算源之间的斯皮尔曼相关组学数据和其他目标组学数据,识别重要的相关性和情节上的显著相关性热图x轴和y轴是由染色体命令的位置。
MWASToolsmwa执行metabolome-wide关联研究提供了一个完整的管道。包装的主要功能包括:质量控制分析metabonomic数据;mwa使用不同的关联模型(部分相关性;广义线性模型);使用非参数引导模型验证;的可视化mwa结果;使用STOCSY NMR代谢物鉴定。
NADfinder为两个样品峰:目标和控制。将计算读取瓷砖的基因组,然后把它转换成比例。比率将纠正和平滑。每个数的z分数计算窗口的背景。峰将检测到基于z得分。
netReg使用network-penalization netReg符合线性回归模型。图像先验知识,在生物网络的形式,被纳入线性模型的可能性。网络描述生物关系如co-regulation或依赖的转录因子/代谢物等。屈服系数稀疏的部分和光滑的部分解决方案概要文件。
Organism.dplyr这个包提供了一种替代方法接口Bioconductor“注释”资源,尤其是基因标识符映射“org”包的功能(例如,org.Hs.eg.db)和基因组的协调功能的TxDb包(例如,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)。
pathprint算法将一系列基因表达作为一个表达式表或地理提供参考途径指纹的,一个向量离散三元分数代表高(1)、低(1)或微不足道(0)表达一套通路。
pgca蛋白质组代码算法(PGCA)是一个计算便宜的算法合并蛋白质来自多个实验定量蛋白质组学数据的总结。该算法加入连接两个或两个以上的团体和重叠的数字。在某些情况下,两两组相互排斥但他们仍可能被连接到另一组(组)或一组重叠的加入数字。因此,组织由PGCA从多个实验(即运行。,全球组)被称为“连接”组。这些确定全球蛋白质组使量化数据可用于蛋白质组的分析而不是独特的蛋白质标识符。
phosphonormalizer它使用重叠丰富和non-enriched数据集来补偿偏差引入全球磷酸化后应用值正常化。
帖子执行高维度数据的一组正交投影,与统计建模与投影向量phenotye预测。
PPInfer蛋白质之间的相互作用发生在许多,如果不是大多数,生物过程。大多数蛋白质执行他们的功能在网络与其他蛋白质和其他生物分子。这一事实的动机发展的各种实验方法识别的蛋白质相互作用。这个品种有反过来urshered发展的众多不同的建模和计算方法预测蛋白质相互作用。有时一个实验的目的是确定一些有趣的蛋白密切相关的蛋白质。基于网络的统计学习方法是用来推断蛋白质的假定的功能从已知的周边功能蛋白质PPI网络。这个包识别此类蛋白质通常参与相同或相似的生物功能。
RaggedExperiment这个包提供了一个灵活的拷贝数,突变和其他数据,适合粗糙的数组模式基因组的位置数据。的基本表示这些数据提供了一个矩形平面表界面给用户范围信息的行和列样品/样本。
ramwasRaMWAS methylome-wide协会研究提供了一个完整的工具集(mwa)。它是专门为数据浓缩甲基化分析为基础,但也可以应用于其他数据。分析管道包括七个步骤:(1)扫描一致从BAM读取文件,(2)计算的质量控制措施,(3)建立甲基化分数(覆盖率)矩阵,(4)主成分分析用于捕获批处理效果和检测的异常值,(5)关联分析对表型的利益而纠正顶级pc和协变量,(6)注释的重大发现,和(7)multi-marker分析使用弹性网(甲基化风险评分)。此外,RaMWAS包括methlyation和基因型数据的联合分析的工具。
REMP机learing-based locus-specific重复元素的工具来预测DNA甲基化(重新)通过学习周围的遗传和表观遗传信息。这些工具提供了全基因组和单碱基的DNA甲基化预测再保险决议难以衡量使用基于数组或sequencing-based平台,使epigenome-wide协会研究(ewa)和差异甲基化区域(DMR)分析再保险。
日坛全面的基因集富集和提取工具multi-resource高信心子网。
河概率建模的实现框架,共同分析个人基因组和转录组数据的概率估计监管的影响,个人的一个变体。基于生成模型,假定基因组注释,如一个变种的位置对监管元素,确定先验概率的变体是功能性监管的一个变体,它是一个未被注意的变量。功能性监管变异状态影响邻近基因是否可能会显示异常的基因表达水平的人。有关更多信息,请参见河网站、文档和例子。
RJMCMCNucleosomes这个包是核小体定位使用信息Multinomial-Dirichlet之前与可逆跳转t-mixture估计全基因组分析的核小体的位置。
RnaSeqGeneEdgeRQL一个工作流包RNA-Seq实验
rqt尽管现代GWAS方法的最新进展,它仍然是一个重要的问题,解决计算整个基因的效应值和相应的假定值而不是单一的变体。R -包rqt提供能够GWAS荟萃分析。有关更多信息,请参见:“基因簇协会新一代测序数据的测试”李et al(2016),生物信息学,32 (17),i611-i619, < doi: 10.1093 /生物信息学/ btw429 >。
RTNdualsRTNduals是一个工具,搜索可能的调节子之间co-regulatory循环对生成的研制方案。比较共享目标为了推断出“双重调节子”,一个新概念,测试是否调节子对达成一致预测下游的影响。
samExploreR这个R包是专为二次抽样过程模拟与降低测序深度测序实验。这个包可以用来anlayze数据来自所有主要的测序平台如Illumina公司GA, HiSeq, MiSeq,罗氏GS-FLX, ABI固体和LifeTech离子的PGM质子测序。它支持多个操作系统incluidng Linux、Mac OS X、FreeBSD和Solaris。与使用Rsubread发达。
sampleClassifier包装设计是对基因表达谱进行分类。
scDD这个方案实现了一个方法来分析单细胞RNA - seq数据利用灵活的狄利克雷过程混合模型。分布差异表达基因分为几个有趣的模式两种情况之间的差异。包还包括函数模拟数据与这些模式从负二项分布。
司康饼烤饼是一个R方案比较和排名不同单细胞RNA-seq标准化方案的性能和其他高通量分析。
semisup这个R包远离测试交互方面,和转向测试单个SNP是否参与任何交互。这减少了多个测试每个SNP负担一个测试,并允许相互作用的因素。分析一个SNP,它把人分成两组,基于小等位基因的数量。如果指的是两组之间的定量特征不同,苏格兰民族党有主要影响。如果定量之间的分布特征不同有些人一组和其他个人,它可能有一个互动的效果。隐式,会员概率可能会建议潜在的相互作用的变量。
sparseDOSSA包是提供一个基于模型的贝叶斯方法描述和模拟微生物组数据。sparseDOSSA的边际分布的模型捕获每个微生物特性作为截断,zero-inflated对数正态分布分布,参数分布作为一个家长对数正态分布分布。模型可以有效地适合参考微生物数据以参数化和社区,或类似的人口结构来模拟合成数据集。最重要的是,它允许用户包括已知feature-feature和feature-metadata相关结构,从而提供了一个黄金标准,使基准宏基因组数据分析的统计方法。
飞溅飞溅的仿真包单细胞RNA序列计数数据。它提供了一个简单的接口来创建复杂的模拟,可再生的,证据确凿的。参数可以提供真实的数据和函数的估计比较真实和模拟数据集。
STROMA4这个包估计四TNBC患者基质性质确定每个病人的基因表达数据集。这些基质财产分配可以结合亚型患者。这四种基质性质被确定在三阴乳腺癌(TNBC)患者和代表的存在不同的细胞间质:T细胞(T), B细胞(B),间质浸润上皮细胞(E)和粘连形成(D)。另外这个包也可以用来估计生成属性莱曼亚型,另一种TNBC子类型化方案(PMID: 21633166)。
swfdr这个包允许用户估计science-wise错误发现率从贼鸥和韭菜,“实证估计大多数发表的医学研究是正确的,”2013年,生物统计学,使用一个EM方法由于舍入和审查。它还允许用户的比例估计真正的零假设的存在,使用回归框架,根据博卡和韭菜,“回归框架的比例真正的零假设,”2015年,bioRxiv预印本。
TCGAbiolinksGUI“TCGAbiolinksGUI:一个图形用户界面,分析癌症分子和临床资料。一个演示版本的GUI在https://tcgabiolinksgui.shinyapps.io/tcgabiolinks/”
TCseq定量和微分外遗传性和转录组时间序列数据的分析、聚类分析和可视化的数据时间的课程模式。
timescape科幻是导航的一个自动化工具——颞克隆进化数据。这个实现的关键属性包括克隆的枚举,随着时间的推移他们的进化关系和动态变化。科幻需要两个输入:——(i)克隆发展史和(2)克隆数据大相径庭。可选地,科幻接受有针对性的突变中观察到的数据表——每个克隆及其等位基因数据大相径庭。输出是科幻情节——显示垂直克隆患病率,时间水平,情节高度选择编码出能够提高肿瘤萎缩事件期间肿瘤体积。在每个采样时间点(用微弱的白线),每个克隆的高度准确地反映其适当的患病率。这些数据大相径庭形成视觉上的贝塞尔曲线锚点代表了动态时间点之间的转换。
treeio基类和函数的解析和出口的进化树。
TSRchitect近年来,大规模转录序列数据已经产生了相当大的见解在真核生物基因表达和调控的本质。技术,确定5 '末端mrna,尤其是笼,绘制了启动子景观的生物模型。由于TSS分布的可变性和转录噪声出现在数据集,精确识别基因的活性启动子(s)从这些数据集是不简单的。TSRchitect允许用户有效地识别假定的启动子(转录启动区域,或TSR)来自各种TSS分析的数据类型,包括单头(例如笼)以及paired-end(横冲直撞,泥炭)。的量确定临时避难所,TSRchitect也计算宽度,丰度和形状指数,并处理生物复制表达分析。最后,TSRchitect进口注释文件,允许用户将确定启动子与基因与其他基因的功能。三个详细的例子TSRchitect的效用提供了用户指南,包含在这个包中。
twoddpcrtwoddpcr包需要滴数字PCR (ddPCR)液滴从Bio-Rad QuantaSoft和振幅数据可以分类滴。的总结可以生成积极/消极的滴数,然后可以用来估计使用泊松分布的分子数。这是第一个开源计划,促进一般的自动分类两个通道ddPCR数据。以前的工作包括“definetherain”(琼斯et al ., 2014)和“ddpcRquant”(Trypsteen et al ., 2015)这两只处理一个通道ddPCR实验。ddpcr的包可以在凹口(Attali et al ., 2016)支持一个特定类的两个通道的自动浇注ddpcr实验。
wiggleplotr工具会想象阅读覆盖从测序实验一起基因组注释(基因、转录、峰值)。内含子的成绩单可以新固定长度为更好地可视化其实阅读报道。

新闻从新的和现有的包

ABAEnrichment

的变化版本1.5.10:

新功能

作为参考基因组的基因添加hg20坐标(用于genomic-regions-input和gene_len = TRUE)以前只有hg19是可用的,这仍然是默认的

用户级的变化

hgnc-symbols基因坐标取而代之的是符号的可用于更多的基因(在大多数情况下他们是相同的)

更改版本1.5.9之后:

新功能

新函数get_annotated_genes返回基因注释丰富或用户定义的大脑区域
新函数get_id返回一个大脑区域的ID给它的名字

用户级的变化

结果从aba_enrich排序times_FWER_under_0.05 min_FWER和mean_FWER紧随其后(最小和平均切换的顺序)
基因aba_enrich(…)[[2]]是按字母顺序排序
当基因组区域作为输入,提供候选区域也含蓄地背景的一部分randomsets single-genes-input(好像是)

的变化版本1.5.8:

改进

使用动态对弗兰克-威廉姆斯计算
增加了更多的测试和检查
改进检查时的参数作为输入提供了基因组区域

AMOUNTAIN

变化的1.1.1版:

新功能

C实现

版本1.0.1的变化:

用户级的变化

R减价装饰图案

anamiR

的变化版本1.2.0:

GSEA工作流:GSEA分析寻找相关的特定pathaways microrna现在是可用的。

AneuFinder

1.3.4版本的变化:

新功能

适当的印刷为AneuFinder对象()方法。
plotProfile (…normalize.counts = 2-somy)选项添加绘图的规范化。
heatmapGenomewideCluster()添加方便评估clusterByQuality()的结果。

错误修复

固定选项Aneufinder (DNAcopy…strandseq = TRUE)方法。
固定一个bug heatmapGenomewide南加州爱迪生公司策划的()。
适当的巨大的参考文件创建不同宽度的垃圾箱。
更好的一些细胞的热图维度。
错误修复clusterByQuality正价值的()。

用户级的重大变化

重命名plotPCA () plot_pca BiocGenerics()来避免命名空间冲突。

v1.3.3变化:

新功能

plotPCA()的新函数主成分分析。
介绍了参数的排除。地区”karyotypeMeasures (), plotHeterogeneity()和heatmapGenomewide ()。这应该促进排除工件区域集群和核型的措施。
参数的地区现在也可在plotHeterogeneity()(只在karyotypeMeasures()之前)。

用户级的重大变化

系统树图的方法来计算heatmapGenomewide()改为简单的层次聚类的拷贝数料位(之前segment-level)。

1.3.1版本的变化:

新功能

参数“normalChromosomeNumbers”karyotypeMeasures()现在可以处理混合样品。

AnnotationFilter

的变化版本0.99.5:

新功能

添加convertFilterExpressionQuoted函数。
添加字段的方法。

AnnotationForge

的变化版本1.18.0:

修改

RSQLite弃用dbGetPreparedQuery / dbSendPreparedQuery;更新dbGetQuery / dbSendQuery dbBind / dbFetch
更新为构建BioC 3.5

错误修复

解决tmp问题,改变outputDir NCBIFilesDir
固定一个bug makeOrgPackageFromNCBI当没有条件

AnnotationHub

的变化版本2.8.0:

新功能

添加.get1 RDSResource-method
添加RdsResource类
添加EnsDb调度类
暴露rdatapath在元数据

修改

修改记录作为元数据公开,公开记录添加< =快照日期——暴露一个OrgDb /生物/ BioC版本
编辑.get1, GenomicScores-method .get1, GenomicScoresResource-method
工作biocVersion snapshotDate关系:snapshotDate()必须< = biocVersion()发布日期——possibleDates()现在由snapshotDate过滤()
删除GenomicScoresResource;罗伯特Castelo将处理加载这些资源在他GenomicScores软件包
改变显示方法中心对象-删除sourcelastmodifieddate rdatadateadded补充道

错误修复

修复bug的排序输出.uid0 ()
在“snapshotDate < -”方法修复bug

AnnotationHubData

的变化版本1.6.0:

新功能

添加makeStandardTxDbsToSqlite()方法
添加“运用”和“MySQL”SourceType值
整洁和出口makeStandard * ToAHMs makeNCBIToOrgDbsToAHMs

修改

移动currentMetadata
整洁pushResources接口
修改解析的物种名称和基因组.ensemblMetadataFromUrl ()
修改标准OrgDb食谱
加强和干净的小插图
将“标签”检查从readCsvFromMetadata () makeAnnotationHubMetadata ()
删除依赖xml2,卷发,httr和其他可能轮改造,改变进口和建议
指定多个标签的冒号分隔字符串而不是逗号分隔;避免问题read.csv ()
选择数据搬到GenomeInfoDbData包
添加额外的文档说明核心成员AnnotationHub添加了数据
重命名文件;删除旧的JSON测试文件不再适用
“安装”论证了通过配方
通用代码整洁;删除未使用的功能和评论;明确检查

错误修复

readMetadataFromCsv()填写DataProvider Coordinate_1_based如果失踪
修复bug引入检查“释放”makeEnsemblTwoBit配方
现在makeAnnotationHubMetadata()处理所有本月/ extdata / *。csv文件
修复makeAnnotationHubMetadata子集和导入错误()
修复bug Rdatapath和sourceurl makeEnsemblFasta.R

annotationTools

版本变化1.49.1 (2017-03-15):

NCBI容易开采的新直接同源数据库(“从注释管道直接同源”,或“gene_group”数据库)getHOMOLOG使用函数。

annotatr

的变化版本1.2.0:

新功能

添加支持hg38 CpG注释、mm10和rn6通过UCSC goldenpath url。
添加一个函数来构建注释从AnnotationHub资源,build_ah_annots ()。
添加支持chromHMM跟踪从UCSC基因组浏览器(染色质状态)。
用户可能在多个细胞系注释染色质状态,如果需要的话。
使用rtracklayer:: liftOver提升hg19和mm9增强剂为hg38和mm10。

面向用户的变化

添加minoverlaps参数annotate_regions()传递GenomicRanges:: findOverlaps ()。
改变supported_annotations()和supported_genomes()到builtin_annotations()和builtin_genomes ()。这使得AnnotationHub注释所需更多的灵活性。
添加文档强迫的结果annotate_regions data.frame()和基于基因符号装饰图案构造子集。

修正

固定一个缺陷在胁迫的农庄data.frame row.names可以复制。感谢@kdkorthauer。
更改需要GenomeInfoDb > = 1.10.3因为NCBI服务器。
plot_categorical scale_fill_hue改变scale_fill_brewer()()(),使更多的类别和避免策划异常。
固定的错误,错误地显示一些支持注释。
固定一个bug lncRNA注释建筑造成的不完整的参考。

aroma.light

3.5.1版本的变化(2017-04-14):

重大的改变

robustSmoothSpline()使用调整权值re-iterative算法适合光滑样条的使用统计数据::smooth.spline(),计算出残差和用于容纳一个直到converence调整权值平滑样条等等。由于更新统计数据::smooth.spline (R)(> = 3.4.0)不再是可行的保持一个高度优化的版本的算法,因为它是基于内部统计数据::smooth.spline()的代码没有完全改变了。相反,re-iterative算法调用统计:smooth.spline(),这会减慢下来。更重要的是,它将给稍微不同的估计。

软件质量

除了连续集成(CI)测试和夜间Bioconductor测试包现在还测试了定期对所有反向包在凹口和Bioconductor depencies可用。

版本变化3.5.0 (2016-10-18):

版本号是撞Bioconductor猛击版本,目前BioC v3.5 R (> = 3.4.0)。

BgeeDB

version 2.2.0变化:

而不是返回topGO-compatible对象,topAnat。R从topAnatData类现在返回一个对象,从topGO包topGOdata类的扩展。
解决小问题与管理层由用户根据输入的数据类型(数据类型参数在创建新的Bgee类)
固定的错误在实验Id检查步骤。现在可放置SRA id。
固定的数据帧头的名字,包括双点。
删除依赖biomaRt装饰图案。代码还详细但不运行,而不是预先创建基因列表对象加载的数据/目录中。

BiocStyle

更改版本测试盒框:

新功能

装饰图案创作R减价小品文”
R为‘pdf_document2’和‘html_document2减价模板
标准方法指定作者的从属关系
支持短标题R减价PDF输出
参数的相对。路径”到“latex2 ()”(https://support.bioconductor.org/p/90352/)

用户可见的明显变化

增加列宽为了适应80个字符宽代码块
单独的标题标题与描述的换行符
使用规范的URL链接到凹口包(https://github.com/Bioconductor/BiocStyle/issues/24)
持续数方程在不同的输出格式在右手边
许多CSS调整

BUG修复和改进

支持pdf文档排版与9 pt和8 pt字体大小
的正确格式longtable字幕
修复\ texttt的保留空间
取代克拉”\ ^ {}”“\ textasciicircum”来解决不相容与乳胶‘灵魂’包用于内联代码高亮显示
补丁,以避免过多的页面包含一个后跟longtable浮动

biomaRt

的变化版本2.32.0:

错误修复

固定错误当列没有返回的顺序要求,导致错误的列名称添加到结果。

biosigner

1.3.6版的变化:

内部修改

小星系内部修改兼容模块

1.3.4版本的变化:

小的修改

次要的修改在装饰图案

1.3.2版本的变化:

小的修改

现在装饰图案以pdf格式

BLMA

版本1.0.0的变化:

最初版本的包BLMA包括

bilevelAnalysisGeneset:一个函数来执行一个双层的荟萃分析结合geneset浓缩方法(奥拉/ GSA / PADOG)集成多个基因表达数据集。
bilevelAnalysisPathway:一个函数来执行一个双层的荟萃分析结合影响分析集成多个基因表达数据集。
intraAnalysisClassic:一个函数来执行一个intra-experiment分析结合的经典假设检验方法,如学习、Wilcoxon测试等。
bilevelAnalysisClassic:一个函数来执行一个双层的荟萃分析结合的经典假设检验方法,如学习、Wilcoxon测试等。
intraAnalysisGene:一个函数来执行一个intra-experiment分析与主持界(limma包)为目的的微分表达式分析基因表达数据集
bilevelAnalysisGene:一个函数来执行一个双层的荟萃分析结合中学习任务(limma包)为目的的微分表达多个基因表达数据集的分析
loadKEGGPathways:这个函数加载KEGG路径和名称
addCLT:一个函数结合独立研究使用假定值的平均值
fisherMethod:使用负对数函数结合独立假定值的产品
stoufferMethod:一个函数结合独立研究使用假定值转化成标准正态变量的总和

BrowserViz

的变化版本1.9.8:

错误修复

重大(3 x)加速。5000个节点,6000 -边缘图像传输从R Cytoscape大约20秒。

版本1.8.0的变化:

新功能

setNodeOpacityRule,控制节点填充颜色、边框和/或标签;插入和查找模式都支持
getNodeSize
saveImage现在支持pdf png和svg格式
setDefaultEdgeFontSize
getAdjacentEdgeNames

用户可见的明显变化

改变方法名称:布局- > layoutNetwork版本- > pluginVersion,获得/ setPosition - > / setNodePosition
名称空间现在进口四个方法从图形包,有利于包开发者使用RCytoscape: edgemode, addNode, addEdge,要求由罗伯特·飞行。2021欧洲杯体育投注开户

错误修复

改变getNodePosition node.name.delimiter消除regex令牌,从“:。:““::”saveLayout现在有可选的第三个参数,“timestamp.in.filename”
固定在setNodeLabelDirect bug。现在多个节点,一个标签。
setCenter现在投x, y CyRPC数字之前发出

bsseq

1.11版本的变化:

bsseq现在使用DelayedMatrix DelayedArray包的所有矩阵像数据对象。这使得大数据存储在磁盘上,而不是在内存中。
序列化(保存)BSseq BSseqTstat, BSseqStat需要更新对象将通过调用x < - updateObject (x)。

BUMHMM

的变化版本0.99.6:

更新的版本信息。

的变化版本0.99.5:

更新的引用。

的变化版本0.99.3:

构建后解决笔记和警告。

的变化版本0.99.2:

实现更好的整合技术变化与现有Bioconductor类。

的变化版本0.99.1:

固定小构建错误,如订阅邮件列表。

的变化版本0.99.0:

提交Bioconductor。

篮球选手

的变化版本1.18.0:

添加查尔斯·普莱西共同维护者。
删除警告代替弃用ignoreSelf与drop.self () ()。

红衣主教

版本是1.7.2变化:

用户可见的明显变化

在“图像”方法中,“叠置= TRUE”现在支持多个lh参数的公式(例如,公式= a + b ~ x * y)»»»> e51eb75…v1.7.1更新兼容性问题

版本变化1.7.1上(2016-11-29):

新功能

现在支持PCA对larger-than-memory磁盘上的数据集
外部“物质”取代“Binmat”矩阵为磁盘上的支持
还说“image3D别名为所有结果集的子类

用户可见的明显变化

添加“物质”包取决于列表«««<头»»»> 41 b2923…v.1.7.2 bug修复和清理»»»> e51eb75…v1.7.1更新兼容性问题

CFAssay

版本:1.9.1类别:修正函数pes, sfpmean和阴谋。cellsurvLQfit:计算的平均值不同剂量曲线和点策划当PEmethod = "解决文本:

冠军

2.6.2版本的变化:

DMRcate pacakge得到更新,错误如“如果误差(nsig = = 0){:缺失值TRUE / FALSE需要“已经解决了。
在champ.load(),而不是取代所有0和-值为0.0001,我们现在relplace他们最小的积极。
固定的警告()GUI()函数。
在champ.runCombat()函数,删除像Sample_Group限制因素。同时,添加“变量”参数,这样用户可以指定其他变量然后“Sample_Group”。
ProbeLasso修改champ.DMR()函数,不需要输入myDMP了,ProbeLasso函数内将计算函数。

chipenrich

变化在2.0.0版本:

新功能

浓缩的新方法,polyenrich()是专为基因集富集实验存在的多个峰值的基因占模型中。该方法使用polyenrich()函数。
chipenrich带来的新特性。数据2.0.0:
在chipenrich新的基因组。数据: danRer10, dm6, hg38, rn5, and rn6.
Reactome chipenrich.data飞。
添加轨迹定义,基因集,Reactome斑马鱼的基因集。
所有基因组有以下轨迹定义:nearest_tss nearest_gene,外显子,内含子,1 kb, 5 kb, 10 kb, 1 kb_outside_upstream 5 kb_outside_upstream 10 kb_outside_upstream 1 kb_outside 5 kb_outside, 10 kb_outside。

改进

现在chipenrich方法更快。Chris Lee发现花键计算chipenrich不需要为每个基因集。现在花键计算峰值~ s (log10_length)和用于所有基因集。由此产生的假定值之间的相关性几乎总是1。不幸的是,这种方法不能用于broadenrich ()。
chipenrich(…方法= ' chipenrich ',…)函数自动使用这个更快的方法。
澄清文档supported_locusdefs()给解释每个轨迹定义是什么。
使用sys.call()报告选项用于chipenrich()的选择。选项卡的输出。我们之前用过as.list(环境()),也会输出整个data.frames data.frame如果高峰加载。
各种装饰图案的更新,以反映新的特性。

用户级的重大变化

由于chipenrich更新。数据,ENRICHMENT RESULTS MAY DIFFER between chipenrich 1.Y.Z and chipenrich 2.Y.Z. This is because revised versions of all genomes have been used to update LocusDefinitions, and GO and Reactome gene sets have been updated to more recent versions.
broadenrich方法是现在自己的函数,broadenrich(),而不是chipenrich(…方法= broadenrich,…)。
用户界面mappability流线型。“mappability”参数broadenrich (), chipenrich(),和polyenrich()函数代替之前使用的三个参数:‘use_mappability’,‘mappa_file’,‘read_length’。统一mappability的参数可以是“零”,文件路径,或字符串指示mappability读取长度,例如“24”。
以前隐藏的API为数据集随机评估错误利率现在暴露给用户。丰富的每个函数有一个参数“随机化”。有关详细信息,请参阅文档和装饰图案。
许多功能基因组的参数有一个默认的“hg19”,这是不理想。现在用户必须指定一个基因组,是针对supported_genomes检查()。
读取输入文件根据他们的文件扩展名。支持扩展是床,gff3,假发,bedGraph narrowPeak, broadPeak。也支持任意扩展,但不可能有头,和前三列必须是空空的,开始和结束的。

后端上的重大改变

协调所有代码触摸LocusDefinition chipenrich和tss对象,以反映变化。2.0.0的数据。
改变setup_ldef()函数来添加符号列。如果使用一个有效的基因组使用orgDb eg2symbol映射和为用户填写。用户可以给自己的列将覆盖使用orgDb象征。最后,如果没有列或有效使用基因组,象征符号将NA。
任何实例“geneid”或“名称”来指代Entrez基因IDs现在的gene_id一致性。
重构read_bed()函数作为rtracklayer:包装:进口()。
自动扩展处理BED3-6、gff3假发,或者bedGraph。
一些额外的代码,自动扩展处理narrowPeak和broadPeak。
向后兼容任意扩展:这还是假设前三列是空空的,开始,结束。
这个重构的目的是使更多的协变量的山峰在未来可能的使用方法。
重构load_peaks()使用GenomicRanges:: makeGRangesFromDataFrame ()。
筛选基因集现在基于轨迹的定义,并且可以完成从下面(分钟)或以上(max)。默认值分别是15和2000。
随机化都是LocusDefinition对象完成的。
添加大量的单元测试,增加测试覆盖率。
特拉维斯构建利用sartorlab / chipenrich。数据version of data package for faster testing.

弃用,已经

与chipenrich调用broadenrich方法(…方法= broadenrich,…)不再有效。相反,使用broadenrich ()。
不同的效用函数,用于最初的发展已被移除。用户从未见过或使用它们。

错误修复

固定在随机错误长度artifactually垃圾箱,随机化会基因I型错误率Entrez ID引入问题。
固定一臭虫,其因变量用于浓缩模型被用来命名行富集的结果。这可能为用户困惑。现在,rownames仅仅是整数。
固定一个bug,预期的结果read_bed()的列表IRanges从最初的发展。大减速带。

1.12.1版本的变化:

错误修复

固定的错误检查适当的生物+ geneset组合。阻止组合实际上是有效的运行。

ChIPpeakAnno

的变化版本3.9.19:

添加常见问题

的变化版本3.9.18:

进口rowRanges()从DelayedArray代替SummarizedExperiment通用

的变化版本3.9.17:

改善的功能featureAlignedExtendSignal

的变化版本3.9.16:

修复bug,无法找到一种遗传方法函数的reverseComplement oligoSummary签名的“型”的功能。

的变化版本3.9.14:

重新订货cumulativePercentage的信号。

的变化版本3.9.13:

cumulativePercentage添加新的功能。

的变化版本3.9.12:

在oligoSummary删除未使用的代码。

的变化版本3.9.11:

更新featureAlignedSignal文件。

的变化版本3.9.10:

修复bug的featureAlignedSignal当seqnames cvglists特点但不是。

的变化版本3.9.9:

getEnrichedGO添加两个参数

的变化版本3.9.8:

更新colnames toGRanges

的变化版本3.9.7:

修复bug的findOverlapsOfPeaks高峰时是完全一样的

的变化版本3.9.6:

修复bug的findOverlapsOfPeaks peaklist当没有峰名称

3.9.5版本的变化:

更新findOverlapsOfPeaks文件

的变化版本3.9.4:

更新getEnrichedGO文件
为findOverlapsOfPeaks添加更多的输出。

3.9.3版本的变化:

使用toGRanges时修剪seqnames

3.9.2版本的变化:

为featureAlignedExtendSignal添加adjustFragmentLength。

3.9.1版本的变化:

为一对端读取featureAlignedExtendSignal修复bug。

ChIPseeker

的变化版本1.11.4:

错误的固定内含子等级< 2017-04-19,结婚> + https://github.com/GuangchuangYu/ChIPseeker/issues/54

1.11.3版本的变化:

错误的固定dropAnno < 2017-04-10,我的>
错误产生的峰宽固定洗牌< 2017-03-31,星期五> +https://github.com/GuangchuangYu/ChIPseeker/issues/51

的变化版本1.11.2:

优化getGeneAnno < 2016-12-21,结婚>
改变plotAnnoBar plotDistToTSS根据叠加酒吧ggplot2顺序变化(v2.2.0) < 2016-12-16,星期五> + https://github.com/GuangchuangYu/ChIPseeker/issues/47 https://blog.rstudio.org/2016/11/14/ggplot2-2-2-0/

1.11.1版本的变化:

更新启动消息< 2016-11-09,结婚>

chromstaR

更改版本1.1.4:

错误修复

固定一个错误从版本1.1.2微分的计算分数

1.1.2版本的变化:

新功能

对所有对象的print()方法。

错误修复

固定一臭虫,其染色体一本制作问题。

变化的1.1.1版:

新功能

选择山峰可以用“changeFDR”。
峰电话可在每个chromstaR-object列表条目“美元高峰”。

用户级的重大变化

“plotFoldEnrichment”更名为“plotEnrichment”。
“exportBinnedData”、“exportUnivariates’,‘exportMultivariates’,‘exportCombinedMultivariates取而代之的是‘exportCounts’,‘exportPeaks’,‘exportCombinations’。

错误修复

正确计算折叠充实,< 1指示枯竭和> 1表明浓缩。

弃用,已经

“changePostCutoff”。
“plotFoldEnrichment”。
“exportBinnedData”、“exportUnivariates’,‘exportMultivariates’,‘exportCombinedMultivariates’。

ClassifyR

的变化版本1.10.0:

errorMap samplesMetricMap所取代。情节现在可以显示错误率或准确性。

切肉刀

版本变化1.13.2 (2017-02-14):

使用expect_equal而不是expect_identical避免失败的.revsequence单元测试在“toluca2”(Mac OS X小牛(10.9.5)/ x86_64)。
添加“importFrom(统计,setNames)”名称空间。

版本变化1.13.1 (2017-01-04):

将GPL头从*。R文件。
删除无用的回复电话。

clusterExperiment

更改版本1.1.2 (2017-04-04):

变化

RSEC现在有选择rerunClusterMany,如果错误将不会重新运行clusterMany一步如果RSEC呼吁现有clusterExperiment对象(当然,假设clusterMany已经运行的对象)
setBreaks现在有选择makeSymmetric迫使对称使用分位数选项时发生在零附近。
setBreaks现在有一个默认的优惠(例如最小使用,用户不必给的参数,只是数据)在这种情况下setBreaks会自动找到等距的断裂长度52填充数据的范围与aheatmap兼容。参数的顺序数据和休息时间已经换了,不过,为了更好的适应这种用法。
plotClusters现在可以处理NA colData中的值
plotClusters为clusterExperiment对象现在允许设置sampleData = TRUE表明策划所有sampleData colData槽。
nPCADims现在允许0,1之间的值,以便保持比例方差解释道。
addClusters现在支持论点clusterLabel分配clusterLabel当添加集群是一个向量(如果矩阵,然后clusterLabel只是矩阵的列名称的集群作业)

错误修复

固定错误clusterExperiment正确处理orderSamples构造子集。
固定错误mergeClusters无法情节太大的边长(plotDendrogram一样)
在构造子集固定错误,无法由字符样本子集
固定错误removeClusters以便正确更新dendro_index集群和primary_index槽后删除。

1.1.1版的变化(2016-10-14):

变化

倒one-versus-all现在对比的定义是X-ave(除了X);这意味着logFC积极- >集群X大于平均的休息

错误修复

添加检查在clusterMany零维度
改变“警告”,“注意”combineMany当没有指定集群。
固定错误plotDendrogram无法情节当makeDendrogram使用dimReduce =“疯狂”
固定的缺陷在clusterManyβ将NA如果clusteringFunction类型k .添加检查β不能NA。
添加检查α和β在(0,1)

clusterProfiler

3.3.6版本的变化:

更新kegg_species信息< 2017-03-26,太阳>
臭虫固定的bitr_kegg转换ID kegg < 2017-03-01,结婚> + https://support.bioconductor.org/p/93170/ 93174
更好地支持plotGOgraph gseGO,提炼核心基因信息< 2017-02-27,我的>

3.3.5版本的变化:

解决# 81 < 2017-02-12,太阳>
bitr_kegg支持转换路径/模块geneID反之亦然< 2017-01-03,星期二>

3.3.4版本的变化:

臭虫固定download_KEGG支持不同的keyType < 2017-01-02,我的>
分手3去sub-ontologies enrichGO < 2016-12-12,我的>
dotplot compareClusterResult支持3去sub-ontologies < 2016-12-8,清华>
臭虫固定的确定安大略省的从expand.dots< 2016-12-06,星期一> +见https://github.com/GuangchuangYu/clusterProfiler/issues/72

3.3.3版本的变化:

开关从BiocStyle prettydoc < 2016-11-30,结婚>
更改摘要as.data.frame内部调用,以防止警告消息< 2016-11-14,我的>

3.3.2版本的变化:

简化定义泛型,因为它被撤IRanges < 2016-11-11,星期五>

3.3.1版本的变化:

更新启动消息< 2016-11-09,结婚>
臭虫固定在enrichDAVID < 2016-11-06,太阳> + https://guangchuangyu.github.io/2015/10/use-simplify-to-remove-redundancy-of-enriched-go-terms/评论- 2987574851
臭虫固定在头部,尾巴和昏暗的< 2016-10-18,星期二> compareCluster对象

ClusterSignificance

1.3.2版本的变化:

添加通过conf.int函数假定值估计的置信区间
一些装饰图案更新包括添加“常见问题”部分。

1.3.1版本的变化:

添加策划个人比较分类和排列的情节。
增加了df的论点(自由度,传递给smooth.spline)投影和交换功能。这允许某种程度的控制线性或弯曲的主曲线。注意:您必须(!)给相同的df值的投影和交换功能的结果是有效的,目前,没有自动检查,这是如此。
分类步骤现在使用一个新方法分离得分和修复之前的错误可能发生在群体大小并不相等。这一变化反映在装饰图案。
固定的错误连接c(),当一些迭代失败为一个特定的比较从而导致错误当连接交换的结果。

cn

3.5版本的变化:

新功能

添加函数orgKEGGIds2EntrezIDs获取KEGG id和Entrez IDs之间的映射
添加函数makeAxtTracks
添加函数addAncestorGO

3.4版本的变化:

新功能

更新CNE类来存储管道运行的所有信息。
添加read.rmMask。农庄阅读RepeatMasker .out文件。
添加阅读。rmskFasta阅读软重复蒙面fasta文件。
添加的分布阴谋axt对齐匹配。
添加CNE长度的分布。
添加syntenicDotplot axt对齐和GRangePairs。
当readAxt readBed, seqinfo保存时可用。
新的fixCoordinates函数使得Axt的坐标对齐总是相对于积极的链。
添加平行subAxt Axt对齐。
添加基因分布CNE的情节。
将功能添加到铺床和研究有重大影响的文件。

错误修复

而不是一个错误,则返回一个空GRangePairs当没有研究确定。

3.3版本的变化:

错误修复

修复一个缺陷引起的“格式”咩咩的一步。

新功能

添加成对全基因组对齐管道
添加一个新类“GRangePairs”
现在类是基于“Axt GRangePairs”类。
readAncora阅读又CNE文件格式。

ComplexHeatmap

的变化版本1.13.2:

添加packLegend ()
传奇()支持添加三种网格上的标签

的变化版本1.13.1:

热图():添加km_title设置行标题的格式公里设置
anno_link ():添加扩展扩展标签的区域
anno_boxplot ():对于行注释,在轴异常值是正确的。感谢@gtg602c修复
HeatmapAnnotation ():空白都包含在注释的大小
anno_link ():图形参数正确地重新排序
densityHeatmap ():创建窗口剪辑= TRUE
decorate_ * ():添加envir选择控制变量内代码
传奇():标题支持表达式
anno_ * ():如果输入一个数据帧,警告说,用户可以将它转换成矩阵

CrispRVariants

1.3.7版本的变化:

更新装饰图案
修复缺陷消除在variantCounts变异的名字
固定参数legend.symbol。大小被忽略在plotAlignmenta DNAString-method。

1.3.6版的变化:

解决在新功能mergeChimeras当没有嵌合体

1.3.5版本的变化:

新选项“minoverlap”readsToTarget允许读取不跨越目标区域被认为是
plotAlignments现在与性格以及DNAString对象
合并的差距映射现在嵌合体

1.3.4版本的变化:

新功能refFromAlns推断的参考序列对齐的读取
固定的错误导致空阴谋策划一个对齐时删除
改变annotateGenePlot从面板。边缘面板。依照最近间距ggplot2版本
添加“创建。阴谋”参数为签名CrisprSet plotAlignments简化情节定制。
固定错误论点的名字当所有比对嵌合
现在CrisprRun名称默认为坐标时没有提供名称

v1.3.3变化:

固定的错误导致不正确的轴位置在plotAlignments链不明

csaw

的变化版本1.10.0:

添加计算主导方向combineTests ()。固定out-of-array索引c++代码中的缺陷。
支持因素输入id参数combineTests (), getBestTest ()。
添加了empiricalFDR (), empiricalOverlaps控制经验罗斯福()函数。
添加了mixedClusters (), mixedOverlaps()函数对测试混合集群。
确保window-level罗斯福阈值选择controlClusterFDR()不是集群级别以上罗斯福。
小修理scaledAverage(),以避免略不准确的结果。同时,零个或消极规模因素现在返回负无穷,NA,分别。
切换到新scaleOffset()函数中添加补偿asDGEList ()。添加选项指定要使用的测定。
添加在detailRanges multi-TSS支持()。
修改在windowCounts paired-end机械(),getPESizes()更愿意通融的超支。
忽略次要和辅助校准功能。
添加选项来指定试验在filterWindows SE对象()。
取代了权重归一化选项profileSites ()。
更新的用户指南。

customProDB

1.15.2版本的变化:

更新的功能

更新函数SharedJunc.R

的变化版本1.14.1:

更新的功能

更新鼠标dbsnp PrepareAnnotationEnsembl.R版本的函数
OutputVarproseq更新功能。R, JunctionType。R和calculateRPKM.R

新功能

OutputNovelJun更新功能。R _jun_anno拯救”。RData”、“_coding。RData’和‘_junpep。RData’,它可以作为输入proBAMr包

cytofkit

1.6.6版本的变化(2017-04-11):

新功能

GUI添加fixedLogicle转换选项,弹出窗口允许specifing w t m, logicle转换参数。
添加openShinyAPP cytofkit主要功能(布尔参数)选项,它可以打开shinyAPP一旦做了分析并自动加载到shinyAPP勘探结果对象。
添加cytofkitShinyAPP2函数可以cytofkit analysis_results(文件名R的对象)作为输入,并自动加载shinyAPP一旦启动。

的变化版本1.6.5 (2017-03-27):

修改

调试,FlowSOM_k cytofkit主要功能不起作用

的变化版本1.6.4,(2017-03-17):

修改

闪亮的服务器代码改变函数调用的c。调用基础:c

更改版本1.6.3 (2017-03-16):

修改

调试FSC SSC通道处理错误

1.6.2版本的变化(2017-03-08):

新功能

添加默认线性变换到FSC和SSC通道
添加支持PDF shinyAPP图下载,更新依赖于选项卡的侧板
添加新的颜色的调色板的热图(greenred和光谱)和水平情节(光谱)
添加集群过滤器在shinyAPP集群的阴谋
允许多个注释为同一集群shinyAPP(指定cluster_annotation名称)
允许颜色选择shinyAPP每个集群
允许修改shinyAPP上标记的名字

1.6.1版本的变化(2016-10-27):

修改

更新cytof_colorPlot colorPalette选项功能,也闪亮的应用,增加了光谱。
调试rowname conflication shinyAPP重组样品时,现在只有使用全局ID,丢弃局部电池标识,避免dumplicate rownames conflication但在保存新FCS文件导致失败。

deepSNV

版本变化1.99.3 (2013-07-25):

更新

一些变化海鸥装饰图案
重命名参数π。基因和π。backgr makePrior ()

修正

固定错误bf2Vcf()当没有变异

版本变化1.99.2 (2013-07-11):

更新

更新的引用
添加详细的选项bam2R抑制输出
改变模式()“整数”loadAllData值()

修正

固定的错误当只有一个变体叫做bf2Vcf ()

版本变化1.99.1 (2013-06-25):

更新

使用knitr漂亮的小插曲
包括海鸥装饰图案

修正

删除固定问题bf2Vcf ()
makePrior()添加背景在所有网站

版本变化1.99.0 (2013-04-30):

更新

海鸥新算法
通过总结包括VCF输出(deepSNV、价值=“VCF”)

DEGreport

版本:1.11.7文本:2017-04-08曾淡水沼泽lorena.pantano@gmail.com解决办法:添加新的贡献

版本:1.11.6文本:2017-04-07曾淡水沼泽lorena.pantano@gmail.com功能:添加函数绘制基因在多种格式

版本:1.11.4文本:02-17-2017曾淡水沼泽lorena.pantano@gmail.com特点:重组装饰图案。特点:忽略警告当策划特点:改善火山阴谋

版本:1.11.3文本:01-03-2017曾淡水沼泽lorena.pantano@gmail.com修复:修复集群数据的顺序不正确的地方在某些情况下有许多团体。

版本:1.11.2文本:12-09-2016曾淡水沼泽lorena.pantano@gmail.com特点:degCheckFactors功能添加到情节sizefactors用于正常计数数据。

版本:1.11.1文本:10-18-2016曾淡水沼泽lorena.pantano@gmail.com修复:clusterProfiler打印输出。

derfinder

的变化版本1.9.6:

错误修复

固定define_cluster()来匹配BiocParallel最近发生的变化和固定在regionMatrix if子句()在某些情况下,可能导致警告。

1.9.3版本的变化:

用户可见的明显变化

regionMatrix()现在有明确的参数“totalMapped”和“targetSize”,这样用户会使用此函数时,几乎总是由图书馆规范化大小(如果他们看到帮助页面)或在之前的步骤使用regionMatrix ()。

1.9.2版本的变化:

错误修复

澄清了mc的文档。核心”和“mc.cores。负载”fullCoverage从艾米莉·伯克https://github.com/emilyburke()感谢反馈。

DESeq2

的变化版本1.16.0:

DESeq()和nbinomWaldTest()默认设置将betaPrior = FALSE,和推荐的管道将使用lfcShrink()生产萎缩的利物浦。
增加了一个新的不混合()函数,因为分离样品根据纯粹的线性组合的组件,例如“组织反褶积”。
增加了一个新的估计量大小的因素,“poscounts”,这是从用例的保罗McMurdie phyloseq包。
能够指定observation-specific权重,使用化验(dds)[[“权重”]]。这些权重是由色散和NB GLM拟合函数。

的变化版本1.15.40:

添加一个新的不混合()函数,因为分离样品根据纯粹的组件,例如“组织反褶积”。纯组件被添加在基因表达规模(规范化计数或系统及),和损失计算方差稳定空间。

的变化版本1.15.39:

增加了一个新的估计量大小的因素,“poscounts”,这是从用例的保罗McMurdie phyloseq包。

的变化版本1.15.36:

能够指定observation-specific权重,使用化验(dds)[[“权重”]]。这些权重是由色散和NB GLM拟合函数。

的变化版本1.15.28:

删除一些代码,“零”利物浦时,两组对比有0计数。这导致不一致当类似的对比进行了重构。

的变化版本1.15.12:

DESeq()和nbinomWaldTest()默认设置将betaPrior = FALSE,和推荐的管道将使用lfcShrink()生产萎缩log2褶皱变化可视化和排名。在装饰图案部分解释的变化提出了:“方法改变自2014年DESeq2纸”

的变化版本1.15.9:

添加函数原型lfcShrink ()。
装饰图案转换Rmarkdown / HTML。

的变化版本1.15.3:

删除nbinomLRT betaPrior选择,为了清理和减少旧的未使用的功能。

diffHic

版本1.8.0的变化:

Streamlined filterDirect (), filterTrended(),并添加测试。还允许规范的分析使用的数据和参考对象。
enrichedPairs()和neighborCounts()现在返回计数附近地区,不仅浓缩值。
filterPeaks()将计算(和可选地返回)浓缩值附近。
normalizeCNV()和correctedContact()允许规范分析矩阵使用SE的对象。
重构的改进的清晰的c++代码。
检修处理DNase高c数据,所以pseudo-fragments不再是必要的。现在大多数函数自动识别DNase-C数据从一个空的农庄在参数$碎片。弃用segmentGenome()和prepPseudoPairs(),添加了emptyGenome()函数。
更新的用户指南。

剂量

3.1.3版本的变化:

预期输出样本基因ID时输入ID类型不匹配< 2017-03-27,我的>
为gseaResult dotplot < 2016-11-23,星期五> + https://github.com/GuangchuangYu/DOSE/issues/20

3.1.2版本的变化:

在gseaplot,调用网格。newpage只有dev.interactive() < 2016-11-16,结婚>
改变minGSSize < geneSet_size & geneSet_size < maxGSSize minGSSize < = geneSet_size & geneSet_size < = maxGSSize < 2016-11-16,结婚>
固定显示方法不明的政务setType clusterProfiler:: GSEA输出< 2016-11-15,星期二>
抛出更友好错误味精如果未能确定setType自动setReadable函数< 2016-11-15,星期二> + https://support.bioconductor.org/p/89445/ 89479
应用minGSSize和maxGSSize fgsea < 2016-11-14,我的>
更改摘要as.data.frame内部调用,以防止警告消息< 2016-11-14,我的>

3.1.1版本的变化:

更新启动消息< 2016-11-09,结婚>
平行固定在Windows(不支持)< 2016-10-24,星期一> + https://github.com/GuangchuangYu/DOSE/issues/16
选项(DOSE_workers = x)来设置使用x核心GSEA分析。< 2016-10-24,星期一>而不是让MulticoreParam()来决定多少核心(可以设置选项(mc。核= x))。

dupRadar

1.5.3:更正版本的变化

添加支持皮卡德> 1.92版本,旧版本不再支持。

1.5.2版本的变化:

引用文件是补充道。

EBImage

的变化版本4.18.0:

新功能

新参数的显示()使控制网格的布局和外观形象在“光栅”模式:“nx”(连续的帧数),“drawGrid”(帧之间画线),“间距”(帧间的分离)和“保证金”(外边界的图像)
“clahe()的新函数的改善当地的对比图像进行对比度自适应直方图均衡化有限
一样的输出。起源的观点“旋转()”

用户可见的明显变化

对象返回的面具bwlabel (),传播(),分水岭()打()的结果,以及现在的存储模式整数而不是双
二进制内核由makeBrush()的储存模式整数(之前的两倍)
“rmObjects()”和“reenumerate()“现在需要输入整数的存储模式
如果()沉湎和形态学操作保存数据存储模式
修改“踹谷()”的边界行为减少工件在图像边界和匹配相应的输出调用“filter2 ()”
添加不同的边界值不同的帧的能力“filter2()的线性模式(https://github.com/aoles/EBImage/pull/11)
删除已经…灰度的家庭形态函数

性能改进

显著提高性能的“转置()”,“getFrame()”和“getFrames()”通过使用C语言实现
许多小的改进执行时间和内存消耗在整个包,主要是通过避免储存模式转换和对象重复C

错误修复

适当的起源处理在“调整()”
导入的方法::槽修复(https://github.com/rstudio/blogdown/issues/17)
固定一个bug的filter2 ()”(https://github.com/aoles/EBImage/issues/8)
适当的过滤器尺寸检查在踹谷()和纠正行为过滤维度等于形象维度
正确计算selfComplementaryTopHat ()”
地址保护错误报告的托马斯Kalibera maacheck的工具(https://stat.ethz.ch/pipermail/bioc-devel/2017-April/010771.html)
固定类保留“colorLabels ()’,‘colormap ()”,“rgbImage ()”,“stackObjects()”,“瓦(),如果()沉湎

刨边机

的变化版本3.18.0:

mroast.DGEList roast.DGEList (), (), fry.DGEList()和camera.DGEList()现在有明确的参数,而不是与…默认方法传递参数。
scaleOffset()的新函数,确保补偿符合图书馆的规模大小。
添加decideTests DGEExact和DGELRT对象(S3)方法。现在适合野生与多个对比。
报告log-fold变化在野生与多个冗余的对比对比。
修改plotMD DGELRT和DGEExact对象(S3)方法。现在自动使用decideTests()和凸显了德基因医学博士的阴谋。
新参数“阴谋”plotMDS.DGEList ()。
删除S3长度数据对象的方法。
基尼()现在支持NA价值观和避免整数溢出。

EGSEA

1.3.2版本的变化(2017-03-16):

补充说:允许分区的特性集合进入域

1.3.1版本的变化(2017-01-28):

固定:错误行limmaTopTable的名字。由于阿里Jalali从安德森的报道。
固定:bug plotSummaryHeatmap当只有一个单一的对比。
补充道:“avg.logFC。Dir”EGSEA分数
改善:plotSummaryHeatmap得分函数与方向
修改:EGSEA分数所有小写字母和更新egsea.sort ()
补充道:中值结合假定值
补充:plotBars函数
固定:bug buildMSigDBIdx当没有基因映射到c5
改善:包装成为标准I / O接口
改善:GSVA通过并行计算的实现基因集和计算使用整个表达式设置分数矩阵
改善:几个包装器的并行化
补充说:接受能力设计矩阵与一个拦截和对比系数向量索引。
补充道:一个函数优化内核的数量用于EGSEA运行。它有助于避免CPU过载。
补充道:一个信息的runnign时间分析。
补充说:报告生成的新方式,完全取决于EGSEAResults对象。这允许用户重新生成报告时使用不同的参数值,例如,显示。,排序。通过,sum.plot.axis, sum.plot.cutoff.
补充:总结报告的热图和酒吧的阴谋。
改善:摘要的热图的色彩方案和酒吧的情节。
固定:bug在可视化log10 (x) =正无穷
补充道:罗斯福。截止得分和监管方向计算的意义。
改善:总结的热图的色彩。
修改:buildMSigDBIdx与C5 5.2版本的集合

EnrichedHeatmap

1.5.1版本的变化:

anno_enriched():腹可以想象积极的信号和消极的信号
添加rbind。normalizedMatrix函数

EnrichmentBrowser

2.4.1版本的变化:

添加一个min.cpm de.ana RNA-seq数据的过滤

ensembldb

的变化版本1.99.13:

用户可见的变化

现在大多数过滤器类进口AnnotationFilter包。
参数“过滤器”现在支持筛选器表达式。
可以结合&和多个过滤器。
buildQuery不再是出口。

的变化版本1.99.11:

错误修复

ensDbFromGtf未能获取序列长度ensemblgenomes版本。

新功能

从运用数据库和检索也分类ID存储这些信息到元数据表中。

的变化版本1.99.10:

错误修复

解决问题在Windows系统上未能从运用服务器下载文件。

的变化版本1.99.6:

错误修复

MySQL数据库名称useMySQL并不像预期的那样创建基于GTF /人造石铺地面EnsDbs。

的变化版本1.99.5:

新功能

OnlyCodingTxFilter现在出口。这个过滤器允许查询蛋白质编码的基因。

的变化版本1.99.3:

错误修复

添加两个额外的uniprot表列内部变量和修复失败的单元测试。
添加两个额外的uniprot表列内部变量和修复失败的单元测试。

新功能

UniprotdbFilter UniprotmappingtypeFilter。

用户可见的变化

抓取Uniprot Uniprot IDs数据库的类型映射方法运用蛋白质id:数据库列uniprot_db uniprot_mapping_type。

的变化版本1.99.2:

错误修复

Perl脚本不再失败如果没有染色体信息是可用的。

的变化版本1.99.1:

错误修复

没有蛋白质表指数的概念是为了当插入一个EnsDb MySQL的蛋白质数据。

的变化版本1.99.0:

新功能

perl脚本创建EnsDb数据库获取蛋白质注释。
添加功能来从数据库中提取蛋白质注释(如果可用)确保向后兼容性。
添加蛋白质装饰图案。

用户可见的变化

改善功能获取序列长度的染色体运用或ensemblgenomes。

ensemblVEP

注:88年运用释放从variant_effect_predictor脚本的名称被改变。pl vep。

新功能

o添加支持运用释放85 - 88

修改

o文档parseCSQToGRanges()行为时没有发现“CSQ”数据o parseCSQToGRanges()返回的名字mcols CSQ当CSQ存在但空perl DBI模块添加到SystemRequirements阿

epivizr

2.5版本的变化:

添加“revisualize”方法来添加一个新的可视化使用相同的测量作为一个现有的可视化
可以节省一个“EpivizApp”作为“rda”文件到磁盘并重启它使用“restartEpiviz”功能吗
可以使用测量从一个远程epiviz UI服务器会话从R,创建可视化远程epiviz UI会话现在完全通过R编写脚本。

epivizrData

999.999版本的变化:

这个消息文件只是一个占位符。版本999.999是不存在的。请阅读新闻在Github: < URL: https://github.com/epiviz/epivizrData >

epivizrServer

999.999版本的变化:

这个消息文件只是一个占位符。版本999.999是不存在的。请阅读新闻在Github: < URL: https://github.com/epiviz/epivizrServer >

epivizrStandalone

999.999版本的变化:

这个消息文件只是一个占位符。版本999.999是不存在的。请阅读新闻在Github: < URL: https://github.com/epiviz/epivizrStandalone >

esetVis

1.1.2版本的变化:

stat_bin_hex ggplot 2.2.0修复:计数,中心称号
axis.text修复使用。y两次

变化的1.1.1版:

添加Rbuildignore
测试rbokeh 0.5.0
正确的文档,以避免警告R CMD检查

FamAgg

v1.3.3变化:

新功能

参数id添加到findFounders方法,它允许找到创始人两个人指定的血统。

1.3.2版本的变化:

错误修复

FAData和血统< -确保现在id为个人独特,甚至整个家庭。

1.3.1版本的变化:

新功能

removeSingletons FAData对象的方法。

用户可见的明显变化

额外的论点在buildPed家庭。

fgsea

1.1.2版本的变化:

固定的建设问题

变化的1.1.1版:

固定的错误:不使用多核在Windows

flowPloidy

版本变化1.1.9 (2017-04-19):

用户可见的变化

用户现在可以指定一个或多个内部标准大小的函数FlowHist()和batchFlowHist(),通过论证“标准”。这些值将向用户提供browseFlowHist()查看器,由用户设定后,值将被用来计算GC大小tabulateFlowHist pg的函数。
用户现在可以选择在直方图峰值将作为内部标准GC在计算值。
新小插曲补充道:“开始”,“直方图之旅”。
古老的小插图“概述”删除。
大大扩展了内部帮助页面,包括许多内部函数。看到了什么? flowPloidy概述
许多小bug修复和GUI调整(browseFlowHist)。

的变化版本1.1.3 (2016-11-25):

用户可见的变化

在browseFlowHist闸门完全实现!主要的重组browseFlowHist布局。

更改版本1.1.2 (2016-11-22):

用户可见的变化

增加了对处理文件有两个标准的支持。一个新的参数是用于函数加载FCS文件(batchFlowHist, FlowHist等等):样品。默认设置为2,考虑到一个未知的和一个co-chopped标准。如果您使用的是两个co-chopped标准(或真的只要你有三个不同的样品一起切碎),= 3组样品。这也可以改变browseFlowHist GUI交互。
browseFlowHist GUI的布局已经重新去容纳上面提到的新特性。
线性标志没有G2高峰时重写。没有G2高峰,线性不能妥善配合。这导致线性渐变,因为线性参数s阶段中使用的组件。

1.1.1版的变化(2016-10-26):

内部变化

提高峰值查找算法
减少区域搜索的起始本模型拟合。最初是20,现在设置为10。需要更多的数据来建立最好的方法。

FlowSOM

版本是1.7.2变化:

新功能

更新包括种子参数在装饰图案

1.7.1上版本的变化:

新功能

更新,以确保github和bioconductor包含相同的功能

gCMAP

的变化版本1.19.4:

变化:作为Windows bigmemory包不可用,只有unix_type操作系统支持。

的变化版本1.19.1:

错误修复:名称空间文件符合R CMD检查更新。
错误修复:reactome2cmap函数可用。
新:添加引用信息。

gdsfmt

的变化版本1.12.0:

公用事业公司

更新liblzma v5.2.3
更新lz4 v1.7.5
一个新的引用

1.10.1版本的变化:

新功能

新数据类型(变长编码的签署和无符号整数)

genbankr

1.3.2版本的变化:

修正

循环(从轨迹头信息)现在应用于所有源文件。
改善断言相关id排序在makeTxDbFromGenBank传入之前R版本,但在最近的失败

geneClassifiers

版本1.0.0的变化:

的第一个公开版本geneClassifiers包。这包目前包含许多基因分类器在多发性骨髓瘤相关生存。

GeneNetworkBuilder

的变化版本1.17.5:

在browseNetworkOutput修复一个缺陷

的变化版本1.17.4:

添加cytoscape-exportbox

的变化版本1.17.3:

使javascript库的本地副本

的变化版本1.17.2:

exportNetwork添加功能。
添加cytoscape-searchbox
更新文档。

的变化版本1.17.1:

browseNetwork添加功能。

《创世纪》

的变化版本2.6.0:

主要故障修复:assocTestSeq不再滴一些变异从聚合测试的情况下相同的变异都包含在多个聚合单元。
分析外加剂添加函数映射数据。

genomation

1.7.3版本的变化:

改进和错误修正

添加操作系统检查测试涉及有重大影响的文件。他们不能读在windows操作系统。

版本是1.7.2变化:

改进和错误修正

现在我们依靠Rsamtools idxStatsBam函数计算rpm,以前这是一个cpp alexg9010写的函数。

1.7.1上版本的变化:

新功能和特性

scoreMatrixBin()计算覆盖窗口不仅是农庄,而且GRangesList。是有用的计算记录一组外显子的报道。
ScoreMatrix-like函数处理有重大影响的文件和提供重量。上校和is.noCovNA = TRUE

改进和错误修正

添加警告rpm = TRUE和类型=“大佬”
默认类型= '汽车'在ScoreMatrix-like功能
narrowPeak()和broadPeak()在默认情况下都是基于固定(# 144)
固定误差与数字阅读文件时readGeneric染色体固定(# 133)
显示警告如果窗户掉下来的目标
如果窗口宽度1显示错误

GenomeInfoDb

的变化版本1.12.0:

新功能

添加函数standardChromosomes ()
Seqlevels () setter现在支持“好”和“整洁”模式GRangesList和GAlignmentsList对象
添加assembly_accessions数据集

修改

之间的映射表更新UCSC的构建和运用,包括最近
使用https而不是http从NCBI取回东西
“力= TRUE”替换为“修剪。模式=“粗”seqlevels () setter
添加的修剪。keepSeqlevels模式”参数(),dropSeqlevels(),和keepStandardChromosomes()函数。重要提示:像seqlevels () setter,默认修剪模式是“错误”,这意味着现在这些函数失败当一些seqlevels从“x”使用。旧的行为是默默地删除“x”(做“粗”修剪)
更新数据目录中的文件
更新内部函数.lookup_refseq_assembly_accession()和fetch_assembly_report()在速度和效率
把一些文件从GenomeInfoDb /数据/ GenomeInfoDbData注释包

错误修复

fetch_assembly_summary()更新与assembly_summary_genbank最近修改格式的文件。txt和assembly_summary_refseq.txt

genomeIntervals

的变化版本1.31.1:

排名的签名()现在…和关系中的“最后”选项。方法(仅供兼容性-不支持)

GenomicFeatures

1.28版本的变化:

新功能

makeTxDbFromUCSC()支持新的hg38复合“NCBI RefSeq”跟踪。
添加元数据的参数makeTxDbFromGFF ()。
添加exonicParts()代替disjointExons ():——exonicParts linked.to.single.gene ()”。默认的论点(假),类似于“aggregateGenes disjointExons的论点()但相反的意义。更准确地说“exonicParts (txdb linked.to.single.gene.only = TRUE)返回相同的其实部分“disjointExons (txdb aggregateGenes = FALSE)。——与“disjointExons (txdb aggregateGenes = TRUE)”,“exonicParts (txdb linked.to.single.gene.only = FALSE),不丢弃外显子部分不与基因有关。- exonicParts()几乎是两倍更有效比disjointExons ()。
添加intronicParts():类似于exonicParts()但返回intronic部分。

用户可见的明显变化

一些工作距离,GenomicRanges TxDb方法:通过忽略。链距离范围()和(),返回NA“id”不能倒塌成一个单一的范围或当“id”没有找到“y”

弃用,已经

论点的力量seqlevels () setter弃用的新的和更灵活的修剪。模式”的论点。
删除“val”论点的“成绩单”,“外显子”、“cd”,“基因”方法TxDb对象(已经在BioC 3.4)。

错误修复

修复bug在seqlevels () setter TxDb对象报道:https://support.bioconductor.org/p/90226/

GenomicRanges

的变化版本1.28.0:

新功能

从普通列表GRangesList添加胁迫。现在还GRangesList()构造函数接受一个农庄组织列表作为输入(刚从列表调用新的强制GRangesList内部)。
seqlevels () setter现在支持“好”和“整洁”修剪模式GRangesList对象上(除了“粗”模式,这是默认的)。
现在有一个与“范围”方法。revmap的参数(如“减少”和“分离”的方法)。
添加一个群range-oriented GenomicRangesList对象的方法。

用户级的重大变化

一些变化/改进“之前”和“关注”方法GenomicRanges对象出于讨论支持网站:https://support.bioconductor.org/p/90664/
一些变化/改进GenomicRanges对象的“等级”的方法:
- 现在支持相同的关系方法基础:等级()(只支持关系方法“第一”和“最小值”直到现在)——现在默认的联系方法是“平均”,像基地::等级()——现在支持额外的参数“ignore.strand”。

弃用,已经

论点的力量seqinfo()和seqlevels () setter弃用的新的和更灵活的修剪。模式”的论点。

错误修复

解决严重的性能回归Bioconductor 3.3中引入“相交”和“setdiff”GRangesList对象的方法。由于延斯•里德reeder.jens@gene.com捕和报告。

GenomicScores

的变化版本0.99.0:

用户可见的变化

提交的第一个版本Bioconductor项目。(开始日期:2017年3月17日)

GenVisR

1.4.8版本的变化:

固定bug引入lolliplot运用服务器更改

1.4.7版本的变化:

补丁修复可能rmvSilent = T之间的冲突和文件类型=“定制”参数在瀑布()

1.4.6版本的变化:

固定的错误cnFreq新特性

1.4.5版本的变化:

固定问题,情节不会呈现/以时间为函数需要一个基因组和使用hg38
极大地提高了性能cnFreq ()
cnFreq()不再需要相同的基因组片段在样本
cnFreq()现在可以有选择地情节染色体
cnFreq()现在可以绘制频率/比例无论数据输入类型

1.4.4版本的变化:

修复错误的电池标签中显示与适当的时候删除沉默突变

3版本的变化:

固定错误在cnFreq cnFreq将产生一个错误(不当)当寻找一致的窗户

1.4.2版本的变化:

固定的错误更新gridExtra当使用genCov所致

1.4.1版本的变化:

由于ggplot2更新补丁修复校准

ggtree

的变化版本1.7.11:

删除布局。方法参数< 2017-04-20,清华> + https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/118 issuecomment - 295130818
- https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/125

的变化版本1.7.10:

为子视图添加消息,插图,phylopic theme_transparent和theme_inset < 2017-03-23,清华> +将已经在版本> = 1.9.0 +用户应该使用ggimage包注释树图形对象或图像文件
更新子视图支持mainview由ggplot() +层< 2017-03-13,我的>

的变化版本1.7.9:

固定geom_range支持height_0.95_HPD < 2017-03-03,星期五>
固定geom_tiplab(几何学= '标签')< 2017-03-02,清华> + https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/115

的变化版本1.7.8:

get_taxa_name现在按类群,也支持整个树< 2017-03-01,结婚>
拔起布局支持分支。长度= "没有",固定# 114 < 2017-03-01,结婚>
删除apeBootstrap和raxml对象支持他们远离treeio < 2017-02-28,星期二>

1.7.7版本的变化:

在geom_cladelabel支持parse = " emoji”, geom_text2, geom_label2, geom_tiplab, geom_tiplab2 < 2017-02-16,清华>
aes(子集)现在支持逻辑向量包含NA < 2017-02-16,清华>
添加传奇透明度theme_transparent < 2017-02-13,星期一> +https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/pull/112
更新引用信息< 2017-01-20,星期五>

的变化版本1.7.6:

插图支持反向规模< 2017-01-05,清华> + https://groups.google.com/forum/?utm_medium=email&utm_source=footer !味精/ bioc-ggtree / _JPfm71Z8nM / 6 gl93oxhfqaj

1.7.5版本的变化:

禁用标签崩溃节点https://groups.google.com/forum/提示< 2017-01-03,星期二> + # ! / bioc-ggtree / nReqJatMvJQ话题
巩固。通过转换phylo4d phylo4d treedata对象< 2016-12-28,结婚>
改善viewClade功能,使用coord_cartesian代替xlim < 2016-12-28,结婚>
删除代码移动treeio现在ggtree取决于treeio < 2016-12-20,星期二>

1.7.4版本的变化:

是多少。ggtree函数测试对象是否由ggtree < 2016-12-06,星期二>
现在分支。长度可以设置特性可用phylo4d@data和支持yscale phylo4d对象< 2016-12-06,星期二>
rm.singleton的bug修复。newick、删除单父而不是单例< 2016-12-01,清华>
重新排序phylo前后缀次序ladderrize < 2016-11-28,我的>
允许yscale使用数据存储在< 2016-11-24,清华> + https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/98 phylo4d对象
groupOTU方法现在接受'重叠= c(“覆盖”,“起源”,“放弃”)的参数< 2016-11-16,结婚> + https://groups.google.com/forum/ # ! / bioc-ggtree / Q4LnwoTf1DM话题

1.7.3版本的变化:

下降。提示NHX对象方法< 2016-11-11,星期五>
更新启动消息< 2016-11-09,结婚>
反向时间轴< 2016-11-07,星期一> + https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/87

版本是1.7.2变化:

让缺少颜色gheatmap无形的(以前用“白色”)< 2016-11-03,清华>
xlim_expand设置x轴的极限特定小组< 2016-11-01,星期二> + xlim_tree现在是特定情况下的xlim_expand (xlim面板= '树')
臭虫固定在野兽解析树的文本文件< 2016-10-31,星期一> + https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/84

1.7.1上版本的变化:

xlim_tree层和测试< 2016-10-31,星期一> +限定x轴为facet_plot树面板
更新阅读。nhx < 2016-10-30,太阳> +添加提示数字@nhx_tags和添加测试+ https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/pull/83 +美元nhx_tags节点存储为数字值< 2016-10-31,我的>
facet_plot支持ggbio: geom_alignment < 2016-10-26,结婚> + https://github.com/tengfei/ggbio/issues/83
让树统计中可用facet_plot < 2016-10-24,我的>

GISPA

的变化版本0.99.0:

第一次提交Bioconductor巴克提已经和珍妮Kowalski Winship癌症研究所,埃默里大学的https://bbisr.winship.emory.edu/

Glimma

1.3.0版本版本的变化:

添加高亮显示在MDS图酒吧。
添加与表当点击点MD阴谋。
表达式来改变默认的转换。
改变默认的颜色。
改变风格的表。
改变大小的突出点。

GOexpress

1.9.2版本的变化:

错误修复

删除函数overlap_GO因为文氏图包有问题与条件测试向量长度大于1

1.9.1版本的变化:

错误修复

删除重复的情节。标题论点ggplot电话。

一般更新

小代码清理。

GOSemSim

2.1.3版本的变化:

友好的错误消息使用集成电路IC计算方法没有< 2017-02-17,星期五> + https://github.com/GuangchuangYu/GOSemSim/issues/11
固定https://github.com/GuangchuangYu/GOSemSim/issues/9 < 2016-12-20,星期二>

2.1.2版本的变化:

使用prettydoc插曲< 2016-11-30,结婚>
删除使用BiocStyle < 2016-11-23,结婚>

2.1.1版本的变化:

更新启动消息< 2016-11-09,结婚>

gQTLstats

版本:1.8类别:新功能文本:AllAssoc()现在报告HWE z分数

版本:1.8类别:新功能文本:tqbrowser()促进互动观看反式

版本:1.8类别:关联文本:

版本:1.8类别:用户可见的明显变化:依赖GGtools已经消除

GRridge

版本变化0.99.8 (2016-10-19):

添加功能
添加帮助页面
添加装饰图案

Gviz

的变化版本1.20.0:

错误修复

BiomartGeneRegionTracks现在可以处理featureMap为不同Biomarts提供替代条件映射列表。

GWASTools

1.21.1版本的变化:

取代ZIP_RA LZMA_RA GDS压缩。
默认是没有压缩的基因型。

HIBAG

1.11.1版本的变化:

“hg20”改为“hg38”UCSC基因组浏览器数据和文档
添加“DRB3”和“DRB4”HLA基因列表

hicrep

版本:0.99.1文本:1。2添加单元测试。3调整空间的源代码。添加了一些缺失的文档

版本:0.99.0类别:最初版本的文本:

hpar

的变化版本1.17.2:

16.1版本更新HPA(2017.01.31) < 2017-02-14 >星期二

的变化版本1.17.1:

使用特拉维斯和codecov < 2016-12-22 >星期四
装饰图案迁移到BiocStyle html2的< 2016-12-22 >星期四

的变化版本1.17.0:

Bioconductor猛击3.5

HTSeqGenie

4.5.1版本的变化:

改变变量调用测试按照在gmapR bam_tally所做的更改

HTSFilter

的变化版本1.14.1:

——固定错误缺失与HTSFilter CountDataSet时使用平行的选项

理想的

的变化版本0.99.0:

新功能

准备Bioc提交
完成了新闻

的变化版本0.9.1:

新功能

添加指令完全从版本的装饰图案呈现在运行时可用
添加支持下载所有情节和表

的变化版本0.9.0:

新功能

互动旅游现在覆盖所有选项卡,为用户广泛的预演
添加了所有截图装饰图案

的变化版本0.6.2:

新功能

互动旅游现在可用,在外部文件编码
现在支持Travis-CI

的变化版本0.6.0:

新功能

添加马情节与额外的自定义列表,避免手动选择许多基因
现在马情节功能自动支持额外的基因子集绘制
添加文档roxygen所有功能
热图功能基因注释任期去签名
模板的报告也提供了
可用的装饰图案现在完整的草案,朝着bioc提交
添加文本帮助所有部分,可折叠的元素
补充证据的原则基于rintrojs互动之旅

的变化版本0.4.0:

新功能

基于rentrez基因盒信息补充道
新寻找马火山情节和情节

的变化版本0.3.0:

新功能

重组的文件夹,可以正确安装包,装载名称空间,建立描述

的变化版本0.2.0:

新功能

正确的结构方案

的变化版本0.1.0:

新功能

包了!

InPAS

1.7.5版本的变化:

添加朱莉共同维护者。

1.7.4版本的变化:

错误修复

修复bug近端网站如果有NA值调整。

1.7.3版本的变化:

错误修复

从轰删除代码修改。和直接使用diffSplice。

版本是1.7.2变化:

错误修复

解决内存陷阱CPsites打电话时如果数据集是巨大的。

1.7.1上版本的变化:

错误修复

为空bedgraph修复bug。

检查

1.5.5版本的变化:

结果在模拟数据更新装饰图案

1.5.4版本的变化:

修改了参数strandSpecific makeRPKMs函数,所以现在这个可能的用户可以执行strand-specific读计数模式:0 = > unstranded 1 = >滞留2 = >相对地陷入了困境

1.5.3:更正版本的变化

修改内部函数inferKBetaFromIntegral、inferKBetaFromIntegralWithPre inferKGammaFromIntegral为了减少缺失值的数量(NA)的输出

1.5.2版本的变化:

更新的文档

1.5.1版本的变化:

固定一个故障,致使mis-choiche乙状结肠或脉冲函数在建模

InteractionSet

更改版本1.4.0:

弃用锚< -支持anchorIds < -,为了避免混淆关于“价值”类型。
添加第一(),第二为了方便()函数。
更新文档,测试。

首次公开募股

1.1.2版本的变化:

装饰图案更新
情节利润率省略

变化的1.1.1版:

使用包BiocParallel(通过参数BPPARAM)而不是nSlaves来控制xcms并行化
取决于xcms > = 1.50.0
格式化writeRScript输出更漂亮

1.1.0版本的变化:

Github代码合并Bioconductor 1.0.0版本代码。

IRanges

的变化版本2.10.0:

新功能

现在有一个与“范围”方法。revmap的参数(如“减少”和“分离”的方法)。
从类似对象添加强制IRangesList对象。
为SimpleAtomicList对象添加“表”的方法。
CompressedIRangesList对象的“空白”的方法现在使用一块处理策略如果输入对象有1000万多个列表元素。希望是减少内存使用量非常大的输入对象。

错误修复

解决“setdiff”方法为CompressedIRangesList当所有范围都是空的。
解决长期错误强迫从范围到PartitioningByEnd当反对强迫的名字。

弃用,已经

删除RangedDataList和RDApplyParams类,rdapply(),和“分裂”和“减少”RangedData对象的方法。所有这些事都已经在BioC 3.4。
删除“ignoreSelf”和“ignoreRedundant”参数(取而代之的下降。从findOverlaps自我”和“drop.redundant”),矢量,失踪的方法(已经在BioC 3.4)。
删除GappedRanges类(已经在BioC 3.4)。

isomiRs

1.3.5版本的变化:

特性

添加isomiRs命名文档
向对象添加设计得到更好的可用性
默认删除non-template除了与C / G核苷酸(canonicalAdd)
删除序列突变和不止一个microrna的打击

1.3.4版本的变化:

修复

从原始文件修复删除错误的突变。改变的核苷酸序列在特定的位置。

特性

提高代码删除错误测序原始数据
提高代码与isoSelect显示原始数据

v1.3.3变化:

修复

修复数据用正确的标题名称

1.3.2版本的变化:

其他人

准备迁移到新的isomiRs命名使用mirTOP命名系统

1.3.1版本的变化:

其他人

添加选项IsomirDataSeqFromFiles决定何时认为突变是实数

iva

的变化版本1.95.6:

取代foreach BiocParallel bplapply函数的函数

的变化版本1.95.5:

调试和修改sQTLsFinder

的变化版本1.9.0:

修改RatioFromFPKM Splicingfinder, sQTLsFinder
修改手册和教程

版本1.8.0的变化:

已经MsqtlFinder、calSignificant sqtlfinder。
调整GTF和SNP位点数据之间的对应名称。
改变测试UTR区域。
sqtl仪改革
创建新功能(RatioFromFPKM、Splicingfinder sQTLsFinder)
创建ASclass对象

ldblock

1.5版本的变化:

新功能

s3_1kg()生成TabixFile引用1000基因组VCF AWS S3 bucket
使用snpStats ld ldByGene()获得联系信息()和erma genemodel()来检索从VCF重点信息

limma

的变化版本3.32.0:

新功能cameraPR(),它实现了一个pre-ranked版本的相机()。
新功能alias2SymbolUsingNCBI(),它将基因别名或同义词转换成官方基因符号使用NCBI gene-info文件。
wsva()的新函数加权代理变量分析。
新功能coolmap ()。这本质上是一个包装器heatmap.2 ggplots包()函数,但对基因组数据日志表达式合理的默认设置。
S3 decideTests()现在是一个泛型函数使用一个默认的方法为MArrayLM对象和方法。decideTests()现在选择所有的零假设拒绝如果p.value = 1。
长度()方法删除了所有limma数据对象(对象类EList、EListRaw RGList, MAList或MArrayLM)。长度(x)现在将返回的列表组件对象而不是表达矩阵中元素的数量。
新参数“风格”volcanoplot ()。现在默认是使用log10(假定值)轴而不是B-statistic。
新观点的xlab barcodeplot ()。
新参数“上校”plotSA ()。plotSA()现在不再情节洛斯曲线趋势,但如果适当的高和低的离群值方差都强调在一个不同的颜色。
参数的替换。权重的远离voomWithQualityWeights ()。现在总是产生EList功能,类似于轰()。函数的默认行为是不变。
barcodeplot()现在排名统计数据从低到高,从高到低,而是在R轴的一般风格的情节。这意味着现在左右互换。
plotSA()现在情节quarter-root方差代替log2(方差)。
默认为“传奇”的观点plotWithHighlights()从“topleft”改为“topright”。
fitFDist()现在估计的规模意味着(x)当df2估计是正无穷。这将使ebay的结果()比以前少保守当df.prior =正无穷。
现在plotSA()表示,通过一个开放的策划的象征,任何健壮的df较低的分。之前的值。
从fitFDistRobustly清晰错误消息()当一些方差为零。
C函数使用R_registerRoutines现在注册。
contrastAsCoef Bug修复()当有多个对比。前面的系数转化设计矩阵是正确的只有第一对比。
kegga Bug修复()当宇宙是显式地指定。
fitFDistRobustly Bug修复()有一个极端的例外。以前浮点下溢的离群值假定值可能会导致一个错误。
错误修复mroast(),忽略“geneid”的论点。
错误修复打印头()与1列数组。

LymphoSeq

1.3.0版本版本的变化:

添加函数alignSeq
添加函数phyloSeq
添加函数exportFasta
添加函数differentialAbundance
添加函数clonalRelatedness
添加函数commonSeqsBar

M3D

的变化版本1.9.2-3:

删除并行函数由于Windows不相容。我调查一个跨平台的解决方案。由于速度ups,顺序lite的函数应该足够快的实际需要。

1.9.1版本的变化:

readBedFiles Bug修复。由于弗朗西斯卡Cairoli的里雅斯特大学的反馈。

maftools

的变化版本1.2.0:

新功能

mafSurvival——进行生存分析。
tcgaCompare——比较突变负载加器对所有33 TCGA军团。
pancanComparision -执行PacCancer分析/比较
prepareMutSig -准备乘加文件修复descrepencies MutSig分析的基因符号。

显著地提高用户级

plotmafSummary titvRaw论点。你可以设置它为FALSE情节TiTV分数而不是原始计数。

无显著变化

Bug修复和改进。

事

更改版本1.1.3:

新功能

添加类的drle delta-run-length编码向量
添加“+”、“-”、“*”、“/”,“^”,‘实验’,‘日志’,‘log2’,‘log10尽可能延迟磁盘上的原子操作

用户可见的明显变化

现在“原子”类的插槽使用delta-run-length编码
元数据大小减少了变化的“原子”类使用组而不是依靠“原子”的“列表”
“规模”的方法,“matter_mat”现在“scale.default”匹配更正确地“中心= FALSE”和“规模= TRUE”

1.1.2版本的变化:

新功能

添加支持char、uchar ushort,使用uint, ulong datamodes
添加对原始(Rbyte)物质对象的支持

用户可见的明显变化

S4 matrix-specific汇总统计方法目前只定义在matter_mat及其子类

错误修复

显著提高速度矩阵乘法

1.1.1版的变化(2016-11-29):

新功能

添加“crossprod”(t (x) %% y)和“tcrossprod”(x %% t (y))的方法
还说“atomdata访问器方法,“adata”现在是一个别名

错误修复

添加S3版本的一些S4方法修复范围的问题
删除基本方案建议,以避免循环依赖
在bigglm-matter方法减少内存消耗

metabomxtr

1.9.1版本的变化:

*修改方案,归一化函数不输出数据时,任何模型参数估计是不可能的。*添加函数metabPlot前期策划与后期正常化代谢物丰度。*更新mixnorm装饰图案

MetaboSignal

1.5.2版本的变化:

MetaboSignal包括一个新功能:“MS_interactionType ()”。这个函数允许信号节点之间的交互亚型。这个函数生成的输出矩阵可用于“MetaboSignal_NetworkCytoscape()”和“MS_GetShortestpaths ()”。
“MS_GetShortestpaths()“现在已修改,输出最短路径(s)可以表示成network-table(即第二列矩阵)。

metagenomeFeatures

版本变化1.6.0 (2017-04-14):

Bioc释放清理文档类定义和调试MgDb树槽

1.5.1版本的变化(2017-03-20):

编辑文档

metavizr

的变化版本1.3.20:

独立模式,介绍了一种与减少功能epiviz现在包括epivizr的一部分。epiviz web应用程序运行在本地使用httpuv的http服务器
添加和删除seqinfo(例如,染色体信息)任何epiviz会话

1.3.11版本的变化:

添加消息文件
更新文档“幻灯片”功能

1.3.10版本的变化:

改变默认的“幻灯片”显示所有范围

更改版本就开始:

还说“heatmapChart便利功能

的变化版本1.3.8:

固定错误“startEpiviz”无法正确发送“seqName”参数

1.3.7版本的变化:

固定错误“EpivizBpData”,“元数据”信息发送错误的格式

1.3.6版的变化:

改变槽使用列表“EpivizDeviceMgr”环境中,以避免崩溃RStudio由于经理检查对象

1.3.5版本的变化:

在Windows上失败优雅daemonization请求
不赞成“代理”的论点“startEpiviz”

1.3.4版本的变化:

升级到Epiviz v2 webapp

MetCirc

1.1.5版本的变化:

扩展单元测试shinyApp, plottingFunctions convert2MSP (2017-04-03 Mon)

更改版本1.1.4:

改变MSP类,创建槽mz, rt、名称、类、信息和加合物(2017-01-28坐)
添加tabPanels shinyCircos(主、外观)(2017-01-28坐)
重新排列位置的传说,实现选项显示/不显示l egend(2017-01-28坐)
重新调节情节当改变窗口大小,允许进一步扩展/除锈的情节(2017-01-28坐)
调整convertMSP2MSP MSP的新类,创建单元测试(2017-01-29太阳)
包括msp2msp矩阵,测试数据集convertMSP2MSP【2017-01-29。孙】
设置方法名称、类加合物和信息【2017-01-29。孙】
改变互动shinyCircos这样MSP的用户可以更新注释数据对象(名称、类信息和加合物离子信息)【2017-01-29。孙】

更改版本1.1.3:

使用新的电子邮件地址(2016-12-05 Mon)
使用选项来计算直接从msp-file MSP-object (2016-12-05 Mon)

1.1.2版本的变化:

使用绝对质量在计算相似之处createSimilarityMatrix (bug修复)[2016-11-17]星期四
添加选项链接在突出,即链接应该策划吗?(2016-11-17清华)

变化的1.1.1版:

改变滑块的输入,这样一是可以选择较低的下限,而不是只有一个下界(2016-11-04星期五)

MethylAid

1.9版本的变化:

适应变化minfi如read.meth.array
现在完全支持史诗数组

methylKit

的变化版本1.1.8:

改进和错误修正

修复methSeg错误只有一段fastseg归来时,为methSeg2bed添加案件处理
检查用户中断methCall使停止执行
改变选择()函数:检查球出界线指数,以防止下游错误

1.1.7版的变化:

改进和错误修正

修复methCall segementation错,从俾斯麦添加测试和测试文件
固定失踪的p。价值强迫methylBase农庄
池()函数的变化:保存。db = TRUE的methylBaseDB默认情况下,不同长度的样品。ids和独特的治疗导致错误,添加测试
修复osx相关阅读与methRead gzip文件时错误
在测试文件更改弃用函数名
固定错误dataSim()函数更新手册
修复methSeg错误只有一段fastseg归来时,为methSeg2bed添加案件处理
检查用户中断methCall使停止执行
改变选择()函数:检查球出界线指数,以防止下游错误

1.1.6版本的变化:

改进和错误修正

固定一臭虫,其tileMethylCounts()函数没有使用小染色体/支架与几个基地覆盖。

1.1.5版本的变化:

改进和错误修正

在methRead修复丢失的错误消息:https://github.com/al2na/methylKit/pull/57

更改版本1.1.4:

改进和错误修正

合并tabix文件是固定的:https://github.com/al2na/methylKit/pull/56

更改版本1.1.3:

改进和错误修正

输入错误的装饰图案是固定的,由于各库辛斯基

1.1.2版本的变化:

改进和错误修正

山姆文件阅读过程中错误修复。如果有一个以上的标题行有问题在阅读。这是固定的。https://github.com/al2na/methylKit/pull/51

变化的1.1.1版:

改进和错误修正

现在确切概率法是手册中描述。自动应用在calculateDiffMeth()当只有两组各有一个复制。
在逻辑回归建模过程中,样品没有计数从模型中删除,但同样的过滤不申请data.frame反是,如果min.per可能导致错误。组参数使用。这是固定的:https://github.com/al2na/methylKit/issues/50

minfi

1.21版本的变化:

移动RGChannelSet MethylSet和RatioSet eSet的基础上(从Biobase) SummarizedExperiment(从SummarizedExperiment)。最重要的变化是,现在使用构造函数参数colData pData相反;他们中的一些人有更多的参数。updateObject方法一直延伸到后端更新到新类。虽然pData, sampleNames featureNames方法仍然工作,我们建议(至少对于包作家)colData, colnames rownames。
恢复的错误修复preprocessQuantile提到对1.19版本下消息。我们的修复是错误的;原始代码没有错误。由于用户报告的问题(弗雷德里克·福尼尔和大卫·马蒂诺)的函数。
错误修复为getSnpBeta子集(组合)RGChannelSets由沃伦•张(报告和诊断)。
访问清单或注释现在失败的“未知”数组。
我们现在支持gzip IDAT文件。
固定一个bug read.metharray()导致一个错误在某些情况下运行时函数与参数力= TRUE来读取IDAT文件不同的长度。据玛丽亚Calleja塞万提斯mcalleja@idibell.cat。

这种款式

1.1.2版本的变化:

新功能

多个模块识别方法,避免大的模块

用户级的变化

方法名称变更:WeightedModulePartitionHierarchical

版本1.0.1的变化:

用户级的变化

R减价装饰图案

错误修复

PartitionModularity

单片眼镜

更改版本测试盒框:

现在默认expressionFamily negbinomial。大小,而不是托比特书。如果您使用的是TPM或FPKM数据,我们敦促你将它与relative2abs相对记录数量和使用CellDataSet对象的负二项分布。
修改基于t-SNE和densityPeak clusterCells功能
新程序选择订购基因称为“dpFeature”。有关详细信息,请参阅装饰图案。

motifStack

的变化版本1.19.4:

新功能

更新提示功能browseMotifs的css文件。

的变化版本1.19.3:

新功能

browseMotifs添加提示功能。

在version 1.19.2变化:

新功能

添加radialPhylog browseMotifs布局功能。

的变化版本1.19.1:

新功能

browseMotifs添加新的功能。

msa

版本是1.7.2变化:

修复新叮当声4编译器在Mac OS

1.7.1上版本的变化:

额外的转换实现msaConvert()函数
添加了一个新方法msaConsensusSequence Biostring所提供()扩展功能的consensusString()方法
增加了一个新的方法msaConservationScore ()
print()方法扩展,现在还允许定制的共识序列(通过新的msaConsensusSequence()方法)
包现在取决于Biostrings版本> = 2.40.0为了确保consensusMatrix()也为蒙面比对工作正常
相应的文档和装饰图案的变化

的变化版本1.7.0:

新分支Bioconductor 3.5重击

MSnbase

的变化版本2.1.18:

建议reshape2,用于装饰图案的< 2017-04-18 >星期二

的变化版本2.1.17:

更新新闻文件< 2017-04-11 >星期二

的变化版本2.1.16:

删除计时测试不能偶尔Bioconductor服务器上的太阳< 2017-04-09 >

的变化版本2.1.15:

删除reshape2依赖;看到# 201 < 2017-04-06 >星期四

的变化版本2.1.14:

topN内部重写和加速;避免多个应用调用,getTopIdx和subsetById取而代之的是.topIdx。有关详细信息,请参阅公关# 199。< 2017-03-20 >星期一
修复mz计算终端修改和z > 1calculateFragments;关闭# 200 < 2017-03-22 >结婚
修复错误和笔记< 2017-03-30 >星期四

的变化版本2.1.13:

太阳内部重写和加速plotNA < 2017-02-26 >

的变化版本2.1.12:

从统计进口经销< 2017-02-25 >坐
解决文件示例< 2017-02-25 >坐

2.1.11版本的变化:

解决了计算装箱单一(关闭# 191)和多个(关闭# 190)光谱。针对单一光谱(# 191)的修复可能导致不同的优惠的上端m / z值。< 2017-02-10 >星期五
新aggvar函数,来评估聚合可变性< 2017-02-11 >坐

2.1.10版本的变化:

新diff.median正常化的MSnSet年代。< 2017-01-26 >星期四
修复combineFeatures消息< 2017-02-01 >结婚

2.1.9版本的变化:

当完全修剪,(空)光谱peaksCount 0 l -见https://github.com/lgatto/MSnbase/issues/184 < 2017-01-20 >星期五
添加filterEmptySpectra MSnExp方法(见问题# 181)< 2017-01-20 >星期五
添加一个部分明显的磁盘和内存中的差异(问题# 165)< 2017-01-20 >星期五

的变化版本2.1.8:

完全删除订单选择< 2017-01-19 >星期四(superseeds设置默认排序R < 3.3上使用“自动”和“基数”否则< 2017-01-03 >星期二)

2.1.7版本的变化:

设置默认排序R < 3.3上使用“自动”和“基数”否则< 2017-01-03 >星期二
filterMz返回一个空的频谱在mz范围内没有数据时(见问题# 181)< 2017-01-16我>
性能改进:一个新的私人.firstMsLevel将有效地返回第一个女士MSnExp和OnDiskMSnExp水平。有关详细信息,请参阅问题# 183 /背景< 2017-01-18 >结婚

2.1.6版本的变化:

迁移io和dev小品文BiocStyle html_document2风格< 2016-12-23 >星期五
更新显示方法显示类。
迁移到新闻。md < 2016-12-23 >星期五
更新描述(自述),以反映更广泛的使用MSnbase(取代MS-based蛋白质组学质谱和蛋白质组学)< 2016-12-23 >星期五

2.1.5版本的变化:

修复(unexported) navMS示例代码< 2016-12-14 >结婚

2.1.4版本的变化:

乔说netCDF支持< 2016-11-30 >结婚

2.1.3版本的变化:

FeaturesOfInterest集合现在可以指定名称,地址问题# 172 < 2016-11-25 >星期五

2.1.2版本的变化:

更新readMSnSet2保存文件名< 2016-11-09 >结婚
确保读了如果光谱数据头信息加载onDiskMSnExp对象(见问题# 170)< 2016-11-24 >星期四

2.1.1版本的变化:

修复错误归咎于手册页< 2016-10-19 >结婚
引用2016年Lazar装饰图案归罪节< 2016-10-28 >星期五

版本2.1.0的变化:

新版本Bioconductor重击
新版本Bioconductor发布3.4版本

mzR

的变化版本2.9.11:

在windows上恢复-fpermissive国旗

的变化版本2.9.10:

删除注册关键字导致警告。

的变化版本2.9.9:

删除c++引用cout cerr /中止pwiz代码(见问题# 89)

的变化版本2.9.8:

解决阅读光谱极性从mzML使用pwiz端,关闭# 81

2.9.7版本的变化:

解决编译在macOS

2.9.6版本的变化:

硬编码在macOS编译,但是hdf5路径

2.9.5版本的变化:

添加缺失的提高/ config /平台/ macos。hpp < 2017-01-25 >结婚

2.9.4版本的变化:

新的色谱访问器(仅供pwiz端)——看到问题# 73 < 2017-01-23 >星期一

的变化版本2.9.3:

撞到新的Rcpp 0.12.8版本< 2017-01-05 >星期四

2.9.2版本的变化:

清理CFLAGS libnetcdf填词
添加文件丢失的瓦哈卡(苹果叮当声3.5 svn / 600.0.57)

2.9.1版本的变化:

删除RAMPAdapter指针在pwiz后端(jotsetung) < 2016-11-20太阳>
使用光谱除了山峰(参见问题# 15)< 2016-12-09 >星期五
新pwiz(提交946 d23d75dc70a7a4913d8e05e3d59b9255f278e)

的变化版本2.9.0:

Bioc猛击3.5

NanoStringQCPro

版本变化1.7.1上(2017-04-10):

文档的改进来解决在用户所报告的问题。

netReg

版本1.0.0的变化:

第一个bioc版本

的变化版本0.99.0:

猛击0.99.0版本
edgenet使用CCD处罚
实现使用Dlib模型选择

OncoScore

v1.3.3变化(2017-03-27):

更多的bug修复PubMed的查询。
实现一个函数相结合的基因。
支持HTTPS。

OncoSimulR

的变化版本2.6.0:

许多增加装饰图案和文档。
LOD和POM(行下降,最大的道路,理智Szendro et al。)。
样本基因型的多样性。
可以添加在samplePop基因分型错误。
固定的基因型/基因停止机制。
减法和μrfitness:转移的正态分布。
减少simOGraph:使用正确的传递。
simOGraph rT数据帧也可以输出。
现在访问基因型在c++中完成。
在genotFitness处理琐碎的情况下。
澄清麦克法兰参数化。
更好的和更好的解释为McFL模拟误差的估计。
和detectedSizeP lastMaxDr。
sampledGenotypes用户代码。
clonePhylog et al:处理没有任何后代。
samplePop可以处理失败的模拟优雅。
总结。oncosimulpop可以处理失败的模拟优雅。
引用了生物信息学。

版本变化2.5.14 (2017-04-07):

固定在新闻BioC 3.5重复条目。

版本变化2.5.13 (2017-04-07):

对BioC 3.5更新消息。

2.5.12版本的变化(2017-02-18):

rfitness:允许简单的强迫wt为1时,将通过减法,并指定μ的正态分布。
simOGraph:适当trm比较。
引用现在显示生物信息学参考。

版本变化2.5.11 (2017-01-27):

减少传递:必须调用传递。先关闭。

2.5.10发行版本的变化(2017-01-27):

传递:减少调用nem simOGraph

版本变化2.5.9 (2017-01-09):

添加代码覆盖注释来装饰图案。

版本变化2.5.8 (2016-12-17):

在genotFitness处理琐碎的情况。

2.5.7版本的变化(2016-12-15):

澄清麦克法兰参数化。

2.5.6版本的变化(2016-12-14):

固定的几个拼写错误帮助文件。

2.5.5版本的变化(2016-12-14):

装饰图案:miscell变化(拼写错误等)

2.5.4版本的变化(2016-12-12):

装饰图案:miscell变化(订单例子、拼写错误等)

2.5.3版本的变化(2016-12-12):

装饰图案使用迎合表。
拼写错误固定在装饰图案和其他改进。

2.5.2版本的变化(2016-12-10):

很多很多的小插图包括基准。
样本基因型的多样性。
可以添加在samplePop基因分型错误。
LOD和POM(行下降,最大的道路,理智Szendro et al。)。
simOGraph rT数据帧也可以。
更好的和更好的解释为McFL模拟误差的估计。

2.5.1版本的变化(2016-11-12):

和detectedSizeP lastMaxDr。
固定作为停止机制。
sampledGenotypes用户代码。
clonePhylog et al:处理没有任何后代。
samplePop可以处理失败的模拟优雅。
总结。oncosimulpop可以处理失败的模拟优雅。
现在访问基因型在c++中完成。
OcurringDrivers不应该是一个因素。
samplePop总是返回基因的名字。
to_Magellan与rfitness对象要快得多。
几个改善装饰图案(英语和额外的解释)。

Organism.dplyr

版本1.0.0的变化:

新功能

这个包提供了一个接口的总和Bioconductororg。*(identifier) and TxDb.* (genomic coordinate) annotation resources. The interface is implemented at several levels, including low-level ‘dplyr’, org-like select(), and TxDb-like genes(), etc.

用户可见的明显变化

过滤器使用严格CamelCase公约。

错误修复

* IdFilter和* RankFilter是数字(整数),而不是个性。

OrganismDbi

的变化版本1.18.0:

错误修复

避免重复因子水平为cdsBy和朋友在元数据压缩;之前介绍了错误的空元数据

Pbase

的变化版本0.15.3:

工作新的API(参见问题# 41)< 2017-04-09太阳>
暂时删除一些小品文,直到API已经企稳。太阳< 2017-04-09 >

的变化版本0.15.2:

新的蛋白质类的实现——看到问题# 38。< 2016-12-10 >坐
从当前重写< 2017-04-08 >坐在固定的许多错误

的变化版本0.15.1:

蛋白质,EnsDb方法允许获取一个对象从一个EnsDb蛋白质数据库。
mapToGenome方法修复:作品也为负链编码的蛋白质(问题# 29)。——支持任意mcols GRangesList对象。更快的实现(问题# 30)。
mapToGenome,蛋白质,EnsDb pmapToGenome,蛋白质,EnsDb肽功能映射到基因组的方法使用注释从EnsDb获取。
蛋白质的seqnames对象用作生成的名字从mapToGenome GRangesList对象和pmapToGenome方法(问题# 34)。
独特的下降seqnames要求;看到# 28日# 32
创建的名字作为同义词seqnames;关闭# 32

pbcmc

1.3.2版本的变化:

代码

*test_subjectReportsubjectReport修改后更新。

依赖关系

* R(> = 3.4)更新。

1.3.1版本的变化:

代码

*subjectReport在axis.text错误删除。x复制参数。

1.3.0版本版本的变化:

版本

撞版本在创建3.5猛击分支

pcaExplorer

version 2.2.0变化:

新功能

通过演示按钮添加演示数据,可加载的

错误修复

块工作现在不剪点当放大

其他的笔记

保存活性值现在出口到奉献环境(而不是分配全球)

philr

1.1.0版本的变化:

用户可见的变化

逆劳工关系ilrpInv现在实现以及clrp逆变换(clrpInv)和逆(shiftpInv)函数。
为了untransformed更一般的转换PhILR数据(例如,分支长度重量),创建philrInv功能,这可能是最友好的方式转化任何转换数据。
更新的文档
各种各样的修正
添加更新包的引用信息

π

v1.3.3变化:

新功能

添加一个新的功能(xPierROCR)评估dTarget性能通过ROC和Precision-Recall (PR)分析

1.3.2版本的变化:

新功能

定义S3类(‘pNode’,‘eTarget’,‘dTarget’,‘sTarget’,‘cTarget’,等)

钢琴

的变化版本1.14.5:

错误修复

networkPlot后重置情节布局。
问题警告,而不是错误在writeFilesForKiwi能够统计并不假定值。这意味着gl文件不会生成,但GSS和GSC文件。

的变化版本1.14.3:

错误修复

从雪包所需的功能,所使用的降雪,现在正确加载。

Pigengene

版本变化1.1.10 (2017-03-30):

现有功能的变化

检查module.heatmap的pigengene输入()。
问题资产()函数(而不是出口)标签是一个因素在哪里解决。同样,如果所有sampls有相同的大小,过采样会自动关闭。
如果标签是一个因素,现在转换成一个特征向量。pigengene.input ()。

1.1.6版本的变化(2017-03-27):

现有功能的变化

module.heatmap()函数现在doAddEigengene和scalePngs参数。
现在compute.pigengene()函数报告也pigengene_pvalue模块的大小。csv输出文件。

聚酯

现在版本:1.99.3文本:NB函数导出

版本:1.99.3文本:注意版本1.99.3在GitHub Bioconductor 1.1.0版本。

版本:1.99.2文本:bug修复片段生成(最后2基地的成绩单没有测序)

版本:1.99.1文本:

pqsfinder

1.3版本的变化:

新功能

添加预计完成时间(ETTC)的进展。
新的评分结果参数的默认值从G4-seq实验数据训练和co-testing一组已知的四倍的文学。
新的pq元数据报告:四联球菌,凸起,不匹配和循环长度。得到这个数据,使用elementMetadata访问器函数。
新算法选择:所有重叠pq的报告。
分数分布报道。为每个序列位置得到最大的pq发现重叠的位置。详情,请参阅scoreDistribution函数。
小说评分参数:循环长度的指数意味着得分方程表达非线性依赖的pq倾向循环长度。

错误修复

最小的循环长度是默认设置回0,但只能填报一个长度为零的循环的评分系统。
固定无意的循环长度意味着因素和循环标准偏差因素从浮到整数。

pRoloc

的变化版本1.15.9:

更新biomart属性名称relect变化< 2017-04-20 >星期四

的变化版本1.15.8:

新的mrkConsProfiles函数来计算平均/共识标志概要文件< 2017-04-11 >星期二

的变化版本1.15.7:

修复警告和笔记< 2017-02-25 >坐
添加部分教程的维数方法减少和t-SNE < 2017-03-07 >星期二
修复错误由于新uniprot属性名称< 2017-04-06 >星期四

的变化版本1.15.6:

修复(unexported)重新映射函数——看问题# 92 < 2016-12-15 >星期四
plot2Ds现在只会增加部分当featureNames是相同的< 2017-01-11 >结婚
进口(而不是建议)hexbin < 2017-01-18 >结婚
增加保证金QSep策划(由s·吉布)< 2017-02-07 >星期二

的变化版本1.15.5:

更新plotDist使用sampleNames()将x轴扁虱和getUnknowncol()为默认pcol(见问题# 91)< 2016-11-08 >星期二
xlab和ylab args plotDist太阳< 2016-12-04 >

的变化版本1.15.4:

更新人类标记——看到pRolocdata问题21 https://github.com/lgatto/pRolocdata/issues/21 < 2016-11-08 >星期二

的变化版本1.15.3:

修复bug在plot2D忽略fcol当使用hexbin方法< 2016-11-04 >星期五

1.15.2版本的变化:

修复biomaRt拟南芥参数问题:“TAIR轨迹ID”现在是“稳定的基因身份证”。在几个手册文件和dunkley2006params改变。< 2016-11-02 >结婚

1.15.1版本的变化:

新的plot3D函数< 2016-10-27 >星期四
更新引用< 2016-10-27 >星期四
使用预测:::预测。查询词,因为它不再出口了< 2016-11-01 >星期二

pRolocGUI

的变化版本1.9.4:

固定重新映射= FALSE错误比较应用< 2017-01-12 >星期四
添加mirrorX和mirrorY比较应用< 2017-01-12 >星期四

1.9.3版本的变化:

最新更新装饰图案使用BiocStyle:: html_document2()与浮动table-f内容< 2016-12-30 >星期五
变化的消息。md < 2016-12-30 >星期五
mirrorX pRolocVis mirrorY现在忽略了——看到问题# 84 < 2017-01-11 >结婚

1.9.2版本的变化:

消除意外合并剩饭< 2016-12-13 >星期二

1.9.1版本的变化:

消除意外调用浏览器

的变化版本1.9.0:

Bioc猛击3.5

Prostar

的变化版本1.7.21:

新功能

预发布版本

的变化版本1.7.19:

新功能

代码重构

的变化版本1.7.17:

新功能

交互式volcanoplot

的变化版本1.7.13:

新功能

归一化函数已被修改考虑分位数正常化。仅适用于> = 1.7.13 DAPAR版本。后面的选择与先前的版本

的变化版本1.7.11:

新功能

Desctiptive统计面板,NA表中的值的量化数据

的变化版本1.7.9:

新功能

在Desctiptive统计面板中,方差分布阴谋取代了简历

1.7.7版本的变化:

新功能

缺失值的归责工具,实现了两个功能:一个联赛imp4p选项的方法——一个帮助文本描述与用户选择的方法

1.7.5版本的变化:

错误修复

箱线图的轴的传说已经修改。有很多样品,有问题的利润太大显示的情节。现在,传说出现在同一行,而不是一行每类型的信息

1.7.3版本的变化:

新功能

现在agregation工具处理缺失值的数据集

psichomics

的变化版本1.1.10:

基因、蛋白质和记录信息:
修复工具提示文本显示在成绩单阴谋
修复JavaScript问题当缩放成绩单的阴谋
修复错误当策划事件与多种基因有关
修复错误当策划single-exon记录
蛋白质名称、长度和功能现在可用时提出
改进的一般表示的信息
微分剪接分析:
单击并拖动放大的阴谋,随后过滤事件表所示
一步降低滑块
改善界面预览的生存曲线
当点击表链接导航到微分剪接分析单个事件,适当的分析将会自动呈现各自的选项,如预期
设置(重命名为“帮助”):
添加链接教程和用户反馈
添加应用程序信息和确认
删除未使用的选项选择核心(所有执行的操作仍然是单核,鉴于闪亮的难以处理的多进程)
提高对话框对缺失的数据和其他一些小的界面元素
更新文档与火山阴谋

1.1.9版本的变化:

微分剪接分析:
通过选择添加火山图来表示事件属性,如假定值和描述性统计(如中值和方差)感兴趣的团体之间
变换值X和Y轴的阴谋使用对数转换,例如,倒和绝对值
突出事件的情节基于值X和Y轴
微分分析表/可变剪接事件过滤根据突出显示和选择事件的阴谋
基因、蛋白质和记录信息:
记录情节现在互动和缩放
蛋白质现在单独呈现的基础上选定的记录
更快的解析Uniprot web API的反应
提高信息条显示的数据丢失
主成分分析:
改善报告可用的选项
当点击预览微分拼接和生存分析,适当的分析将会自动呈现各自的选择
bug修复浏览器历史当用户定向到一个不同的选项卡
一直使用Firebrowse和消防带包
更新文档

的变化版本1.0.8:

支持GTEx数据加载和分析
解决临床数据依赖性:修复错误当试图加载一个文件包含可变剪接量化不先加载结的临床数据,修复错误样本量化被匹配的临床信息,即使临床数据没有加载,通知用户当临床数据不加载在试图绘制生存曲线
提高数据分组:创建样本组患者团体和执行组操作任何创建组之间-使用病人和样本标识符创建组检查的患者数量和样本时每组-重命名选定的组提醒用户组无法创建缺失的数据
微分剪接分析:分析所有样本作为一组
生存分析:选择任何临床属性/跟进开始和结束时间
创建表包含TCGA示例加载元数据在计算或可变剪接量化
小UI的改进

的变化版本1.0.7:

生存分析:修复错误引起的一些非匹配患者患者样本中没有匹配矩阵

的变化版本1.0.6:

更新教程更相关和复杂的例子
更新所需的最低版本highcharter(0.5.0)和闪亮的(1.0.0):-根据新版本的修正函数使用highcharter——更多的选择当出口情节(JPEG, PNG SVG、XLS和CSV)
更快的可变剪接量化
微分剪接分析:——修复主要缺陷样本可以放置在错误的群体——缩短速度计算的最优PSI截止小事化了的生存差异——修复不执行统计测试两个选定的样本类型而与三个或三个以上样品分析单一事件类型——解决微分分析剪接事件不工作时使用diffAnalyses ()函数——解决微分分析不是个别事件的显示在导航到页面,所有事件的执行分析——改善可读性和信息统计测试单一事件
主成分分析:计算主成分和缩短时间呈现载荷图,解决当呈现一些主成分载荷图错误
生存分析:解决生存组患者的数量不正确的上下文信息选择截止(滑块下面)——提高可变剪接如何量化分配给病人基于他们的样本
蛋白质注释:提醒用户在尝试使蛋白质没有域

的变化版本1.0.5:

使用浏览器浏览历史前进”和“后退”按钮
修复延迟当显示大量数据通过删除列包含缺失值
主成分分析:提高速度在计算总贡献每个变量的主成分
生存分析:缩短计算最优PSI,最小的最优生存的区别——改善视觉线索PSI截止和现在假定值的选定PSI截止-修复模糊错误消息修复错误的Cox模型公式计算的结果——修复空Cox模型程序崩溃
微分剪接分析:-选择样本类型微分剪接分析解决统计测试后不显示单个事件的不同使用其他统计检验分析所有事件

1.0.4版本的变化:

正确地加载文件和量化为马可变剪接,OV和PAAD肿瘤类型的癌症基因组图谱(TCGA)
修复会话断开当出口阴谋在Firefox
提高文本字段选择数据集和行为和事件
修复作者名字和添加贡献者

1.0.3版本的变化:

Bug修复相关基因注释:解决残疾人基因选择当选择一个剪接事件与单个基因在选择一个事件相关的多个基因——修复显示PubMed文章之前选定相关基因在选择single-gene-associated事件后选择一个事件相关的多个基因
关于组:Bug修复,修复组织行不工作,解决群体选择不工作当只存在一个群体——提高getGroupsFrom参数名称()
其他一些小的改进

更改版本1.0.2中:

修复utf - 8编码在作者列表中

版本1.0.1的变化:

提高元数据(标题、描述、作者和小插图标题)

PureCN

的变化版本1.6.0:

很多改进命令行脚本
改进体细胞与生殖系状态调用
更好的映射偏差估计和校正
更好的融入现有的拷贝数管道
支持细胞系
新的小GC-normalization基因面板
添加sub-clonal SNV状态(SOMATIC.M0)
的情节,添加新的GC-normalization和火山的阴谋
更好的拷贝数规范化使用多个最佳法线
删除自动管理,自runAbsoluteCN调谐可能性模型是很难被击败
更多的控制纯合子缺失(很大一部分错误的最大似然解有很多纯合子缺失)
更快的帖子。优化= TRUE不优化适合或不可能的解决方案
50个基点间隔自动填充
调整segmentationPSCBS
赛格。文件可以包含多个样本
污染率估计(实验)
代码清理(从inlinedocs roxygen,从消息/警告futile.logger) API的变化
runAbsoluteCN输出PureCN与PureCN 1.6和1.2无法分析需要重新运行。在未来我们希望避免这种情况。
重命名功能:readCoverageGatk readCoverageFile因为未来版本可能会支持更多的第三方工具。
弃用功能:createSNPBlacklist getDiploid autoCurateResults
已经功能:createExonWeightFile
改变默认值:
在setMappingBiasVcf min.normals 4 (10)
max。在runAbsoluteCN段300 (200)
min.targeted。在filterTargets基地5 (4)
max.homozygous。损失现在双(2)向量,与第一个元素指定的最大一部分基因删除(默认5%)和第二个值的最大大小(默认10 mb)纯合子的损失。
前体细胞变异的dbSNP和宇宙从0.01和0.5要求3支安打并要求4支安打。
其他一些小的变化:
重命名一些predictSomatic列名()输出
删除“测试版。模型”从“SNV。后“现在槽由于模型是一种选择
remove.off.target移动。snvs, filterVcfBasic
从filterTargets搬normalDB runAbsoluteCN,因为现在用于多目标过滤
扔床上文件支持calculateGCContentByInterval相反为农庄组织提供支持
poolCoverage: w的论点现在用作提供,没有规范化,因此w1是1
从runAbsoluteCN搬走了…
现在min.coverage从分段函数,因为这是由filterTargets完成
着丝粒分割功能添加
污染所取代。截止与污染。范围在filterVcfBasic
删除冗长的大部分功能,因为现在与futile.logger控制消息
平滑的log-ratios分割现在选择由runAbsoluteCN之前,不分段函数
现在setMappingBiasVcf返回一列元素偏见(旧的返回值)和彩球。数,点击彩球计划功能的1.8
更好的样品汇总统计,如突变负担,染色体不稳定
更好的性能在低纯度样品
更好的性能在高纯度样品与显著的异质性
LOH数据库
切换到S4数据结构(可能)
整个数据集可视化(可能)
更好的支持,小缺失和放大(例如EGFRvIII, MYC)
支持GATK4
通过早期忽视可能的解决方案更好的运行时性能

pwOmics

1.7.1上版本的变化:

包括轴信号识别功能
包括磷酸化信息前置过滤在交叉分析
包括监管前置过滤方向交叉分析
包括可视化phosphosite表达数据之间的时间相关性和转录组数据

QDNAseq

的变化版本1.12.0:

释放

Bioconductor 3.5

改进

VCF和赛格文件出口已经实现,允许使用下游分析工具,如Cartegenia(门店)的长椅上。
binReadCounts()现在支持并行计算
calculateBlackListByRegions本重叠计算()已经实现了方便的地区。

qpgraph

2.10版本的变化:

错误修复

错误修复的假定值的计算qpPCC()观察出现在输入数据时失踪。

R3CPET

版本:1.8.0文本:更新:*固定一些进口问题*固定一个bug visualizeCircos函数*更新文档

ramwas

版本1.0.0的变化:

新功能

添加联合methylation-genotype分析

错误修复

包在积极开发

RCyjs

的变化版本1.9.8:

错误修复

重大(3 x)加速。5000个节点,6000 -边缘图像传输从R Cytoscape大约20秒。

版本1.8.0的变化:

新功能

setNodeOpacityRule,控制节点填充颜色、边框和/或标签;插入和查找模式都支持
getNodeSize
saveImage现在支持pdf png和svg格式
setDefaultEdgeFontSize
getAdjacentEdgeNames

用户可见的明显变化

改变方法名称:布局- > layoutNetwork版本- > pluginVersion,获得/ setPosition - > / setNodePosition
名称空间现在进口四个方法从图形包,有利于包开发者使用RCytoscape: edgemode, addNode, addEdge,要求由罗伯特·飞行。2021欧洲杯体育投注开户

错误修复

改变getNodePosition node.name.delimiter消除regex令牌,从“:。:““::”saveLayout现在有可选的第三个参数,“timestamp.in.filename”
固定在setNodeLabelDirect bug。现在多个节点,一个标签。
setCenter现在投x, y CyRPC数字之前发出

重新计票

的变化版本1.1.27:

新功能

添加add_predictions()函数附加预期表型证交所对象下载重新计票。香农埃利斯等表型预测,2017年(引文很快到来!)。

的变化版本1.1.26:

用户可见的明显变化

改变了引文现在recount2论文已经发表在http://www.nature.com/nbt/journal/v35/n4/full/nbt.3838.html。

的变化版本1.1.25:

新功能

添加了getRPKM()函数,可以使用RangedSummarizedExperiment对象重新计票和来自其他来源。

的变化版本1.1.24:

用户可见的明显变化

recount_url现在包括GTEx权贵文件的url。

的变化版本1.1.19:

用户可见的明显变化

现在coverage_matrix()返回一个RangedSummarizedExperiment对象。这个比赛的行为recount.bwtool: coverage_matrix_bwtool()和更符合交易所对象重新计票的使用。

的变化版本1.1.18:

错误修复

coverage_matrix()的助手.read_pheno()函数是一些项目失败。

1.1.16版本的变化:

错误修复

固定一个错误在coverage_matrix计数()。他们被错误地乘以100。

的变化版本1.1.14:

用户可见的明显变化

完成了改变为外显子和基因数量Gencode 25节注释。

1.1.13版本的变化:

用户可见的明显变化

我们TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38下降。knownGene完全从重新计票,转而将使用Gencode 25节。

1.1.12版本的变化:

错误修复

更新snaptron_query Snaptron()符合最近的变化。

的变化版本1.1.8:

用户可见的明显变化

TCGA更新包,所以你现在可以访问数据。现在有超过8 tb的数据重新计票的项目!

1.1.6版本的变化:

用户可见的明显变化

TCGA GTEx snaptron_query()现在可以访问和数据。

1.1.5版本的变化:

用户可见的明显变化

Snaptron改变从stingray.cs.jhu.edu: 8090 snaptron.cs.jhu.edu snaptron_query()相应的改变了。

1.1.2版本的变化:

用户可见的明显变化

函数reproduce_ranges()现在有“分贝”的论点。默认设置为TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38。knownGene复制使用的实际信息重新计票。但是它也可以用于EnsDb.Hsapiens。国使用运用注释。然后coverage_matrix()你可以得到一个重要TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38更新。knownGene或EnsDb.Hsapiens。国的外显子和/或基因水平的小插图所示。

变化的1.1.1版:

用户可见的明显变化

现在的小插图描述如何下载所有数据,如何检查exon-exon连接类,以及如何使用SciServer计算访问所有的重新计票数据通过http://www.sciserver.org/(超过6 TB)

regionReport

1.9.1版本的变化:

用户可见的明显变化

改变默认风格BiocStyle:: html_document2。

ReportingTools

2015-3-27版本的变化:

杰西卡·l·拉尔森的更新邮件

2013-4-1版本的变化:

小bug修复和css在名称空间和描述
增强的片段包括信息在我们的网站和出版物
增强的小插曲澄清使用.modifyDF ()
所代表的HTML报告现在HTMLReportRef referenceClass
通过.toHTML HTML输出现在完全可定制的,.toDF和.modifyDF参数公布(见小插图)
通过ReportHandlers出版机制抽象和可定制的类
ReportingTools knitr内输出可以使用文档和闪亮的Web应用程序(参见片段knitr。限制型心肌病和shiny.Rnw)
的持久表示HTML报告创建存储和访问HTMLReportRef .reportDOM字段的对象
[[和[[< -方法为HTMLReportRef创建对象,允许选择、更换和对象直接插入报告
发布通用现在接受一个“名字”的论点。
现有的报告可以通过readReport读取,修改(通过发布,[[< -,或直接操纵.reportDOM),和重写文件
路径一般现在返回列表/矢量的位置插槽的附加ReportHandlers值对象(s)。这些路径,连接,或其他报告目标的迹象。
链接提供的泛型函数构建表/集的HTML链接
添加支持出版ggbio和recordedplot对象
CSS改变了Twitter的引导
修正时如何处理NAs过滤和排序的列
新方法来处理输出运行在刨边机或nbinomTest DESeq glmLRT考验
弃用:HTMLReport类由HTMLReportRef取代
弃用:出版HTMLReportRefs直接报告(为了使一个索引页)不再支持。使用链接功能。
弃用:HTMLReportRef对象的页面一般不是有意义的(并不是所有的系统都有一个相应的连接),弃用。使用路径。

rGREAT

1.7.1上版本的变化:

由pintersect submitGreatJob():删除列()

rgsepd

1.7.1上版本的变化:

错误修复

sampleMeta可能负载因素,并使用字符串。以防止可能的sample-swapping,需要让所有输入作为字符串/ notfactors。我们可以内部力量。

rhdf5

的变化版本2.20.0:

新功能

索引到空间超过.Machine美元整数。马克斯元素支持使用数字(而非整数)索引;这提供了确切的索引的空间有51位精度。
现在支持长度为零的索引(返回零长度板)。

错误修复

使用bit64conversion =“替身”总是警告丧失精度,但现在只有警告当精度丢失。

RiboProfiling

1.5.3:更正版本的变化

纠正一个错误在跑龙套。R, readStartCov1Aln函数。normRange (listReadStartCov fixedInterval),以防ixReverse null

1.5.2版本的变化:

Down-sampled ctrlGAlignments。rda对象从数据文件夹
改变冲突sweave-knitr装饰图案

1.5.1版本的变化:

装饰图案的例子down-sampled和bam文件添加到extdata文件夹
改变了相应的装饰图案

RnBeads

1.7.5版本的变化:

几个小的修正和性能改进
与RnBSet对象添加了一个装饰图案部分工作

1.7.4版本的变化:

几个小的修正和性能改进
装饰图案安装说明更新
减少R CMD检查的警告

1.7.3版本的变化:

年龄预测(MethylAger)更新和文档
支持外部工具bedToBigBed bedGraphToBigWig
一些小错误修正

版本是1.7.2变化:

添加遗传纯度估计qc.snp基于SNP探针(选项。纯洁,微阵列)

1.7.1上版本的变化:

支持ENmix补充道。oob背景减法的方法
几个年龄预测模块的改进
增加RnBeadRawSet转换从minfi原始数据集
几个小错误修复

的方式

版本2.3.4的变化:

Ammend失败本体单元测试(2.3.3版本中更改相关:名字又回到基因Ontolgy) < 2017-01-11 >结婚

2.3.3版本的变化:

加施Authors@R < 2016-12-28 >结婚
使用消息。md < 2016-12-28 >结婚
Ammend本体单元测试失败< 2017-01-02我>

2.3.2版本的变化:

更新测试反映的新标题< 2016-12-21 >结婚

2.3.1版本的变化:

修复失败的单元测试< 2016-11-22 >星期二

tripwire版本的变化:

Bioconductor猛击3.5

rpx

的变化版本1.11.2:

更新单元测试,以反映上游变化< 2017-01-25 >结婚

1.11.1版本的变化:

装饰图案迁移到BiocStyle: html_document2 < 2016-12-22 >星期四
使用消息。md < 2016-12-28 >结婚

的变化版本1.11.0:

Bioconductor猛击3.5

Rsamtools

1.27版本的变化:

错误修复

qnameSuffixStart <——qnamePrefixEnd <()——()接受“NA”(彼得·希错误报告)。
混合scanBam()接受一个标签“Z”和“a”格式。参见https://support.bioconductor.org/p/94553/

Rsubread

的变化版本1.26.0:

新功能

基因注释可以提供一致()和subjunc()来提高外显子结检测。
提高完整性检查输入和输出数据对齐(),subjunc()和featureCounts ()。
解决之间的矛盾运行对齐()和subjunc()当多个CPU线程使用。

RTCA

2009-07-13版本的变化:

combineRTCA(列表):附加列重命名成板。列表项的评估vlues名字。名单上没有名字时,使用一个整数索引从1开始。特别关注部分与名单中指出文档。
parseRTCA(文件,12月= "。”,phenoData skipWell…):示例添加文档中如何导入预配置的phenoData。细节部分重写文档来描述这个过程的解析。
RTCA-class: ID添加到RTCA类实验
Makefile:添加Makefile来简化常见任务检查和安装
plotGridEffect:以“列”而不是“上校”为模式参数,和呈现方式的标题传奇。文档更新。
plotRTCA:从包中移除和替换的情节功能。

研制

的变化版本1.14.0:

结论VSE / EVSE管道,包括例子。
改进的计算性能和研制工作流。
为了提高稳定性和可移植性,所有依赖项都进行了广泛的修订,并可用时,取而代之的是更稳定的选择。
为了简化文档和可用性,一些管道已经修订,应该分配分开包,或“随需应变”,关注的主要工作流程,例如新RTNduals包。

RTNduals

版本1.0.0的变化:

1日Bioconductor释放RTNduals [2017-03-01]。

S4Vectors

的变化版本0.14.0:

新功能

添加Linteger向量:类似于普通整数向量在C级别(int值),但商店“大整数”即长长的C级别的int值。这是英特尔平台上的64位和32位的int值。看到了什么? Linteger以获取更多信息。这是为了支持长向量衍生品(计划在BioC 3.6)。
矢量对象的默认“等级”的方法现在支持相同的关系方法为基础::等级()(只支持关系方法“第一”和“最小值”直到现在)。
支持x [[i, j]] DataFrame对象。
为数据表添加“变换”方法和矢量对象。

用户可见的明显变化

重命名联盟类characterORNULL vectorORfactor、DataTableORNULL expressionORfunction - > character_OR_NULL, vector_OR_factor, DataTable_OR_NULL和expression_OR_function分别。
删除默认为矢量对象“xtfrm”方法。时不需要,介绍了无限递归调用顺序(),排序()或()排名矢量对象,没有特定的顺序/排序/等级的方法。

弃用,已经

删除比较()(已经在BioC 3.4)。
删除elementLengths()(已经在BioC 3.4)。

错误修复

使showAsCell()的嵌套列表。
修复bug,构造子集由类似下标列表对象“x”并不总是传播的mcols (x)”。

嘘

的变化版本1.3.49:

plotRLE()函数,以相对日志表达情节来评估和比较的标准化
重构newSCESet()定义层次结构的数据类型
read10XResults()来读取结果10 x铬CellRanger输出
完善质量控制指标
Bug修复、效率改进和更多的测试

司康饼

版本1.0.0的变化:

快与rARPACK圣言。
司康饼的新零模式选项。
新导出的功能。
更新烤饼尺度函数缺省值。
错误处理和文档更新。
Bug修复样本过滤功能。

版本变化0.99.0 (2016-11-14):

主要版本:由于移植到S4许多变化。
广泛的更新文档,包括例子。
兼容Bioconductor格式,包括biocViews。
更新细胞循环基因。
默认BPPARAM值,现在作为参数传递给烤饼。
删除zinb函数。
测试不同的平行的后端。
基于SummarizedExperiment SconeExperiment添加类。
添加构造函数创建sconeExperiment sconeExperiment对象。
添加了许多辅助槽的方法来检索内容。
包装get_normalized()从司康饼中提取/计算单一标准化对象。
包装get_design()提取设计矩阵与一个给定的正常化。
select_methods()方法得到一个较小的SconeExperiment对象只包含所请求的标准化方案。
biplot_interactive()现在SconeExperiment对象。
把日期从描述,更好的做法是向消息添加日期文件。
增加了对食物的包装标准化,把哲学基本问题。

版本变化0.0.8 (2016-09-26):

添加sconeReport闪亮的烤饼结果的浏览器()函数。
现在烤饼()输出排序根据的意思排名的分数而不是平均分数。尽管这是一个相对测量它占指标的不同变化。
现在RLE_IQR量化的可变性差RLE穿过样品,而不是意思。
错误修复:以前归责的可以应用到错误的子集参数行当用户参数参数传递。现在归责函数索引的名字以避免这个错误。
错误修复:负无穷预期可能是暂时允许在ziber循环。
“ezbake”脚本和scone_easybake()函数添加管线式烤饼命令。
修改后的文档和删除旧脚本。
其他各种错误修复。

版本变化0.0.6 (2016-07-22):

添加选项恢复零扩展后一步。
新的参数格式通过impute_args非难。
简化ziber fnr估计函数,需要控制基因。
固定的错误当使用情节的功能过滤功能。
“有条件的”帕姆替换为“分层”帕姆,集群每个单独bio-cross-batch条件,而不是简单的每个生物条件。
简单的过滤FNR现在基于中位数的自然对数表达式“表达”细胞/健壮的收敛性问题。
删除了所有足够的阈值度量样本过滤器。
添加选项写规范化矩阵HDF5文件。
增加了包装器函数get_normalized()来检索规范化数据。
新的biplot_interactive函数探索结果。

的变化版本0.0.5:

修改biplot处理一般着色方案。
限制数量的西弗吉尼亚州和紫外线因素在计算WV eval_pcs和紫外线的分数。
更新的依赖关系。
添加错误处理样品过滤器。
删除var保存测量由于运行时间的长度。

的变化版本0.0.4:

固定的几个bug和文档不匹配。
删除稳定性评价与sil宽度和缓慢(冗余)。
删除clusterExperiment依赖。
RUV关联删除政府得分。紫外线相关ruv控制基因,现在政府违约。
添加RLE烤饼评估的措施。
添加FQT_FN FQ实现小心关系处理。
更好的情节处理样品过滤功能。
平均评分而不是平均等级评估的标准化。
默认值为归责。
小的优化评价功能。

的变化版本0.0.3:

固定的各种错误。
添加“紧凑”措施稳定评价。
RUV因素计算政府只在需要的时候。
固定Github问题# 11 # 12 # 13 # 14 # 21 # 28。
zinb现在整整非整数数字工作。
更新测试。
添加文档数据集。
添加biplot_colored函数。

食物

更改版本1.4.0:

切换默认BPPARAM SerialParam()函数。
添加selectorPlot运行参数()。错误修复,避免添加一个空列表。
添加exploreData scRNA-seq的可视化数据()函数。
小错误修正DM()当推断是必需的。
添加检查trendVar集中规模因素(),decomposeVar()方法。重构trendVar()包括自动开始点估计,重新调节和df2估计位置。
移动激增规范拟声唱法包。
弃用isSpike < -为了避免混淆在输入/输出类型。
广义沙袋(),飓风()工作其他分类问题。
添加测试= " f "选项testVar()占额外的散射。
每补充道。基因在correlatePairs = FALSE选项(),扩大接受subset.row值类型。固定一个整数溢出correlatePairs ()。还增加了信息排列假定值是否达到下界。
添加了combineVar()函数将结果单独decomposeVar()调用。
添加保护零行technicalCV2 ()。
添加了improvedCV2()函数作为一个更稳定的替代technicalCV2 ()。
添加了denoisePCA()函数删除技术噪声通过早期主要组件的选择。
删除警告要求至少两次computeSumFactors马克斯大小的()。阐述了围绕消极大小因素的情况。默认窗口大小的数量增加了。重构c++代码以提高速度。
允许quickCluster()返回一个矩阵用于其他聚类方法。添加方法= " igraph”选项来执行基于集群大量细胞。
添加了findMarkers()函数来自动识别潜在的标记细胞集群。
添加了overlapExprs()函数来计算重叠表达分布在两组之间。
添加了buildSNNGraph()函数来构建SNN图细胞表达谱。
添加了correctMNN()函数来执行批处理校正建立在相互最近的邻居。
流线型的例子当模拟数据集。

SeqArray

的变化版本1.16.0:

一个新的“相交”的论点seqSetFilter ()和seqSetFilterChrom ()
一个新的函数seqSetFilterCond ()
seqVCF2GDS ()允许任意数量的不同等位基因如果REF和ALT VCF失踪
优化内部索引格式注释 避免重载GDS的索引文件
一个新的引用文件
“LZMA_RA”是默认的压缩方法seqBED2GDS ()和seqSNP2GDS ()
seqVCF_Header ()正确计算倍性缺失的基因型

的变化版本1.15.0-1.15.6:

版本号是Bioconductor撞开发3.4版本

的变化版本1.14.1:

默认的压缩设置seqVCF2GDS ()和seqMerge ()从“ZIP_RA”改为“LZMA_RA”
seqVCF2GDS ():变长编码方法用于存储整数格式字段的VCF文件减少文件大小和压缩时间

seqTools

1.9.1版本的变化:

新功能

(没有)

用户可见的明显变化

(没有)

错误修复

添加条目名称空间

签名者

1.1.7版的变化:

重新排序方法被命名为Reorder_signatures。
新方法Reorder_samples Reorder_mutations是补充道。

1.1.2版本的变化:

在对象构造计算阴谋后面数据

SNPRelate

的变化版本1.10.0:

新功能snpgdsAdmixPlot ()和snpgdsAdmixTable ()
snpgdsPCASNPLoading ()和snpgdsPCASampLoading ()支持特征的结果snpgdsEIGMIX ()允许现有的协调预测新样本
snpgdsFst ()浮置板轨道一起提供W&C84意味着加权置
一个新的论点“outgds”snpgdsPCACorr ()允许出口的相关性gds文件
一个友好开放SeqArray文件时给出警告snpgdsOpen ()
一个新的选项“相关系数”snpgdsGRM ()对了克

specL

版本变化1.9.15 (2017-04-21):

添加prozor(> = 0.2.2)建议列表。
添加更具体的R包描述文件的版本号。
在阴谋。specLSet (normalized RT versus RT) use pch=16 and color with parameter alpha=0.1.
固定的问题# 22 ionlibrary包括红外热成像的;自由< - genSwathIonLib (data = peptideStd data.fit = peptideStd.redundant);LIB@input.parameter iRTpeptides美元。
固定的问题# 19。
删除par specLset情节功能的命令。
添加小插曲/报告。限制型心肌病文件,参见< URL: //www.andersvercelli.com/packages/devel/bioc/vignettes/specL/inst/doc/report.html >。

飞溅

版本变化0.99.16 (2017-04-23):

飞溅的包简单的单细胞RNA-seq仿真数据,包括:
多个仿真模型
参数估计的数据
函数比较模拟和真实的数据集
模拟复杂的组织和分化的路径

版本变化0.99.0 (2016-12-05):

包准备Bioconductor提交。

spliceSites

的变化版本1.23.5:

纠正两个错误(addMaxEnt功能和addGenomeData功能)使用旧版本中的错误计算mxe_ps3, mxe_ms5和mxe_ms3已经发生。还错误的计算过的值。错误修复
(没有)

statTarget

版本:1.5.7类别:褶皱变化的结果将在文本根据原始数据计算:

版本:1.5.6类别:新功能文本:transX和码添加到生成statTarget从质谱数据输入软件,像XCMS。

SummarizedExperiment

的变化版本1.6.0:

新功能

添加saveHDF5SummarizedExperiment()和loadHDF5SummarizedExperiment()保存/加载HDF5-based SummarizedExperiment对象/从磁盘。

弃用,已经

删除SummarizedExperiment0类(被介绍给缓解从旧SummarizedExperiment类定义在GenomicRanges过渡到新的RangedSummarizedExperiment类中定义SummarizedExperiment包)。

SWATH2stats

的变化版本1.5.8:

新功能

filter_on_max_peptides:添加removeDecoyProteins unifyProteinGroupLabels函数
filter_on_min_peptides:添加removeDecoyProteins unifyProteinGroupLabels函数

错误修复

filter_on_max_peptides:独特的选肽,防止重复的行

1.5.7版本的变化:

新功能

featurealigner2msstats_withRT。py:读取现在csv和以制表符定界的文件并检查正确的数据结构

1.5.6版本的变化:

新功能

情节。fdr_cube:添加选项选择情节罗斯福估计mscore水平。
assess_fdr_byrun:添加选项选择情节罗斯福估计mscore水平。

1.5.5版本的变化:

新功能

sample_annotation:“固定”选项添加到grep函数来提高速度。

错误修复

convert4mapDIA:诊断输出中有几个值不显示正确的行。

1.5.4版本的变化:

错误修复

removeDecoyProteins unifyProteinGroupLabels:固定错误影响蛋白质组10 - 19蛋白质。

1.5.3:更正版本的变化

新功能

plot_variation:函数工作也比较是否包含超过3元素
plot_variation_vs_total:函数工作也比较是否包含超过3元素
sample_annotation:介绍自动防故障装置是否在数据输入数据。表的格式。

1.5.2版本的变化:

新功能

ProteinGroupLabels unifyProteinGroupLabels:结合不同
removeDecoyProteins rmDecoyProt:删除诱饵蛋白标签从蛋白质组标签

1.5.1版本的变化:

新功能

SWATH2stats BioC 3.5开发版本

1.4.1版本的变化:

新功能

SWATH2stats BioC 3.4版本

swfdr

的变化版本0.99.0:

的第一个版本提交给Bioconductor swfdr包

synapter

版本:1.99.2文本:更新显示,MasterPeptides之前检查有fragmentlibrary槽试图访问它< 2017-04-19 >结婚

版本:1.99.1文本:更新新闻文件< 2017-04-11 >星期二

版本:1.99.0类别:新功能文本:

版本:1.99.0类别:离子迁移/网格搜索文本:取代2 d网格搜索(保留时间,m / zsynapter1)的3 d网格搜索(保留时间,m / z、离子迁移);设置参数imdiff =正让最初的2 d网格搜索;关闭# 33。

版本:1.99.0类别:离子流动/网格搜索文本:添加{集,得到}ImDiff方法。

版本:1.99.0类别:离子流动/网格搜索文本:getGrid返回一个数组而不是一个矩阵(因为新的3 d网格搜索)[2014-05-16]星期五。

版本:1.99.0类别:离子流动/网格搜索文本:plotFeatures (…,=“所有”)获得一个新的论点:“ionmobilty”情节m / zvs ionmobility。[2014-05-16]星期五

版本:1.99.0类别:离子流动/网格搜索文本:plotGrid得到一个新论点“maindim”来决定应该使用的三个维度。[2014-05-16]星期五

版本:1.99.0类别:离子流动/网格搜索文本:添加filterNonUniqueIdentMatches删除匹配多个识别数据的一个定量入口(有关详细信息,请参阅# 111)(2016-02-22 Mon)。

版本:1.99.0类别:片段匹配文本:负载识别片段(final_fragments.csv)和定量光谱(Spectrum.xml)通过Synapter构造函数。

版本:1.99.0类别:片段匹配文本:新功能:fragmentMatchingPerformance,filterUniqueMatches,filterNonUniqueMatches,filterFragments,plotCumulativeNumberOfFragments,plotFragmentMatchingPerformance,getIdentificationFragments和getQuantitationSpectra。

版本:1.99.0类别:片段匹配文本:将片段库集成到主对象;关闭# 63和# 74。

版本:1.99.0类别:MISC文本:允许使用RDS代替fasta文件“独特的肽数据库”,补充道createUniquePeptideDbRds;关闭# 55(2014-04-29星期二)。

版本:1.99.0类别:MISC文本:介绍IisL参数dbUniquePeptideSet同样对待我/ L为胺基酸如果IisL = = TRUE(默认值:IisL = FALSE);关闭# 60(2014-04-30结婚)。

版本:1.99.0类别:MISC文本:添加rescueEMRTs函数;取代了论点mergedEMRTs在findEMRTs;关闭# 93(2015-07-26太阳)。

版本:1.99.0类别:MISC文本:添加synergise2相结合的集成新的3 d网格搜索片段匹配;并使用默认参数比略有不同synergise1;关闭# 119 (2016-10-25 Di)。

版本:1.99.0类别:MISC文本:还从Pep3D加载同位素分布数据和导出MSnSet,允许探测器饱和的校正;关闭# 39(2015-03-29太阳)。

版本:1.99.0类别:MISC文本:添加synapterPlgsAgreement找到协议synapter和身为;关闭# 73。

版本:1.99.0类别:MISC文本:介绍modelIntensity纠正系统的强度(类似于变化modelRt);关闭# 116。

版本:1.99.0类别:改进文本:提取离子被用于识别(isFid = = 1)从Pep3D文件而不是第一个实例(2014-05-13星期二)。

版本:1.99.0类别:改进文本:添加updateObject和validObject阳光(2014-11-16)的方法。

版本:1.99.0类别:改进文本:重命名美元QuantPep3DData函数列成QuantPep3DData matchedEMRTs美元;关闭# 67(2015-07-26太阳)。

版本:1.99.0类别:改进文本:使用独特的肽在主数据的创建(见# 107)[2016-01-23坐在]。

新版本:1.99.0类别:改进文本:rmarkdown报告为基础synergise1(同义词把),synergise2。

版本:1.99.0类别:修正文本:使用主数据的创建新黄土模型(基于m-estimator代替最小二乘现在,相同保留时间在古典把工作流模型;有关详细信息,请参阅# 107)[2016-01-23坐在]

版本:1.99.0类别:修正文本:保留时间模型计算的修正plotFeatures (…,=“一些”)(2014-04-28 Mon)。

版本:1.99.0类别:内部更改文本:添加testthat建议(2014-04-25星期五)。

版本:1.99.0类别:内部更改文本:添加推荐biocView(2014-06-05清华)。

版本:1.99.0类别:内部变化的文本:替换任何(is.na (…)通过anyNA (…);synapter取决于R > = 3.1.0现在(2014-11-01坐着)。

版本:1.99.0类别:内部更改文本:添加ClassVersion字段Synapter类(2014-11-21星期五)。

版本:1.99.0类别:内部更改文本:添加版本化类的父类MasterPeptides和MasterFdrResults(2014-11-22坐着)。

版本:1.99.0类别:内部变化的文本:适应把新的网格搜索(关闭# 81)[2016-10-16]。

版本:1.99.0类别:内部变化的文本:替换hwriter通过rmarkdown报告中把;关闭# 120。(2016-10-17 Mon)

版本:1.99.0类别:功能/参数文本删除:删除synapterGUI。

版本:1.99.0类别:删除功能/参数文本:删除未使用的内部功能:filterCommonSeq,filterKeepUniqueSeq,filterKeepUniqueProt(2014-11-27清华)。

版本:1.99.0类别:删除功能/参数文本:删除“mergedEMRTs”论证findEMRTs。现在rescueEMRTs也被称为手动的加工;关闭# 93(2015-07-26太阳)

版本:1.99.0类别:删除功能/参数文本:删除“轻”的版本writeMergedPeptides和writeMachtedPeptides(现在总是满的data.frame保存;见# 95)【2016-10-16。孙】

版本:1.99.0类别:删除功能/参数文本:更新synapterTiny和synapterTinyData[2016-10-16]

TarSeqQC

1.5.1版本的变化:

代码

修复错误plotRegion复制参数的函数
改变TargetExperiment contstructor避免错误相关对齐BAM未映射读取的文件
checkBedFasta函数添加到执行控制床和Fasta文件的一致性
plotRegion方法允许过滤噪音单核苷酸多态性的变化
改变plotGeneAttrPerFeat方法将重叠扩增子的探索

装饰图案

排除解释排除未映射的方式读取旧TarSeqQC版本

TCGAbiolinksGUI

版本:0.99.0文本:第一个版本。演示:https://tcgabiolinksgui.shinyapps.io/TCGAbiolinksGUI/

TFBSTools

3.5版本的变化:

新功能

添加函数解析MEME输出。

3.4版本的变化:

错误修复

在PFMSimilarity修复一个缺陷。
修复一个错误为主题matrx当有多个类。

新功能

readJASPARMatrix函数添加JASPAR格式文件。

3.3版本的变化:

错误修复

适应runMEME使用meme 4.10。x版本。
修复run_MEME科学记数法
MEME wrappe更好的错误处理

tigre

的变化版本1.30.0:

错误修复

RSQLite 1.1兼容性更新

tofsims

版本:1.3.1类别:用户可见的明显变化:进口Ulvac-Phi原始数据从WinCadence V1.18.0.22现在支持

版本:1.3.1类别:内部文本:

版本:1.3.1类别:修正文本:

版本:099.1类别:用户可见的明显变化:变化函数在整个包从call-by-ref behvaiour顺道访问值。调整相应的例子和装饰图案。

版本:099.1类别:内部文本:现在取决于ProtGenerics,它使用“mz”

版本:099.1类别:内部文本:交换各种打印消息()与()

版本:099.1类别:修正文本:

泛太平洋伙伴关系

3.2.2版本的变化:

错误修复TPP-TR分析:现在可以离开“otherRequirements”槽空对象包含规范化标准。

的变化版本3.2.0:

Excel的输出变化TPP-TR实验:情节路径在Excel中输出存储在单独的列样条和融化曲线符合——报告假定值基于Tm分析现在增加价值后删除错误的计算。申请的阈值确定相应的重大打击已经被更新。
改进2 d-tpp分析:分裂行与多个标识符(例如,由“|”分隔)到单独的行(已经出现在TR - CCR分析),排序结果表行温度对每个ID

3.1.3版本的变化:

错误修复:确保正确处理进口的药物浓度时科学记数法(xx.xxE-x)
反对功能和参数,主要是那些用于TPP-2D分析工作流的第一个版本。
Bug修复:- x和y值排序之前博士曲线拟合,因为初始参数估计的函数依赖于正确的订购,抑制无用的VD日志在创建维恩图

trackViewer

的变化版本1.11.8:

支持viewTracks断轴。

的变化版本1.11.7:

提高ideogramPlot函数。

的变化版本1.11.6:

提高ideogramPlot函数。

1.11.5版本的变化:

添加ideogramPlot函数。

的变化版本1.11.4:

删除空白为lolliplot底部空间。

1.11.3版本的变化:

修复一个错误当跟踪多个马克斯值。

的变化版本1.11.2:

只有lolliplot添加抖动标签。

1.11.1版本的变化:

调整x lolliplot的位置。

treeio

的变化版本0.99.11:

错误在得到固定。字段的方法paml_rst < 2017-03-20,我的>
固定的阅读使用treedata raxml2nwk作为输出。raxml < 2017-03-17,星期五>
taxa_rename函数< 2017-03-15,结婚>
phyPML方法从ggtree < 2017-03-06,我的>

的变化版本0.99.10:

删除raxml类,现在阅读。raxml输出treedata对象< 2017-02-28,星期二>
臭虫固定的阅读。野兽< 2017-02-27,我的>

的变化版本0.99.9:

阅读。newick解析节点。标签作为支持值< 2017-01-03,星期二>
阅读。野兽支持MrBayes输出< 2016-12-30,星期五>
出口as.phylo。ggtree<2016-12-30, Fri>

的变化版本0.99.8:

as.treedata。ggtree<2016-12-30, Fri>
as.treedata。phylo4 & as.treedata。phylo4d < 2016-12-28,结婚>

的变化版本0.99.7:

从ggtree groupOTU、groupClade gzoom方法< 2016-12-21,结婚>

的变化版本0.99.6:

添加单元测试NHX(从ggtree) < 2016-12-14,结婚>

的变化版本0.99.3:

固定BiocCheck通过添加示例< 2016-12-07,结婚>

的变化版本0.99.1:

固定链接描述< 2016-12-06,星期二>

的变化版本0.99.0:

添加装饰图案< 2016-12-06,星期二>
将解析器函数从ggtree < 2016-12-06,星期二>

版本0.0.1的变化:

阅读。从ggtree nhx < 2016-12-06,星期二>
as.phylo。treedata从treedata对象访问phylo < 2016-12-06,星期二>
as.treedata。phylo phylo转换为树数据对象< 2016-12-06,星期二>
treedata类定义< 2016-12-06,星期二>

TRONCO

2.7.7版本的变化:

RNA Seq验证
随机重启希尔攀登卡布里添加算法
轻微的修复算法和误差模型

2.7.3版本的变化:

任务.GlobalEnv删除

2.6.1的变化:

最后稳定releade错误修复

TVTB

的变化版本1.1.12 (2017-04-10):

重大变化

更新后GRangesFilter更新条件参数的类型。

版本变化1.1.11 (2017-04-08):

重大变化

更新名称空间移动后进口GRangesFilter和GenenameFilter AnnotationFilter ensembldb。

版本变化1.1.10 (2016-11-18):

错误修复

消除了歧义的变量指标,是用于两个不同的东西在相同的方法和产生错误的在plotInfo DataTrack的名字。

重大变化

装饰图案使用备用等位基因频率来演示pairsInfo和plotInfo方法。

版本变化1.1.9 (2016-11-18):

重大变化

新的参数为零。rm方法plotInfo隐藏数据点的值的零在Y轴上。旨在减少变异的overplotting缺席表型水平,而不是强调低频率的变异。

版本变化1.1.8 (2016-11-14):

新功能

新方法pairsInfo想象一个矩阵成对的情节显示一个度量计算在给定水平的表型,并存储在列的信息槽VCF对象。
ggpairs方法从GGally包进口。

错误修复

更新模式用于检测信息列对于一个给定的指标,更具体。

重大变化

内部方法.findInfoMetricColumns搬到跑龙套。R,像现在这样用在两个不同的用户可见的方法。
更新介绍小插图更好addFrequencies方法的使用,更好的礼物VCF过滤规则,并介绍新方法pairsInfo。

1.1.7版的变化(2016-11-11):

重大变化

策划型(s)出租车plotInfo DataTrack的选择。

微小的变化

更新README。
AppVeyor缓存R图书馆。

1.1.6版本的变化(2016-11-10):

新功能

plotInfo想象一个度量方法计算在给定水平的表型,并存储在列的信息。
方法从Gviz进口包。
更多的方法从ensembldb进口包。

重大变化

添加新的VCF文件和相关预处理脚本为基因ADH1B extdata /。
介绍小插图更新改变激活过滤规则。
介绍小插图介绍plotInfo更新方法。

微小的变化

移动内容表的动机来实现VCF过滤规则在misc /一个CSV文件。
床上文件,为基因ADH1B VCF文件。
Shell脚本进行预处理的VCF文件更新VEP脚本。
忽略. svn /。

1.1.5版本的变化(2016-11-08):

错误修复

重命名对象引用更新闪亮的应用程序。
当没有提供表型,phenoData槽与rownames DataFrame将colnames (vcf)和0列,而不是默认的行为VariantAnnotation包的装满seq_along创建一个名为样本的列。
新闻文件关闭括号。

重大变化

autodetectGTimport tSVE中可用的设置方法。
新复选框闪亮的应用程序更新导入后选定的基因型变异和基因型出现在autodetection数据。

微小的变化

不要忽视*。Rproj文件。
删除注释行AppVeyorYAML文件。
misc /删除文件。
显示的错误消息列表的一个新的会话面板闪亮的应用程序。

改变版本1.1.4 (2016-11-04):

错误修复

撞了版本号,试图更新Bioconductor GitHub镜像0.1.7显示最新的代码,而不是版本。

微小的变化

TVTB补充道。Rproj跟踪文件。
弃用,在本月/ misc文件删除。
删除评论台词AppVeyor设置。

的变化版本1.1.3 (2016-11-03):

新功能

autodetectGenotypes方法创建或更新基因型TVTBparam,存储在元数据中定义的槽VCF对象。
的论点autodetectGT readVcf方法可用于调用新的autodetectGenotypes方法后立即从解析VCF VCF对象初始化文件。

重大变化

vepInPhenoLevel返回一个农庄组织而不是data.frame;的关键优势是范围可能有非唯一的名称。
基因型的初始化的对象现在可以不指定参考,het, alt基因型向量(警告)。创建一个默认的基因型对象与裁判het, alt槽NA_character_。新的autodetectGenotypes方法可用于填充这些插槽变异后(见进口新功能部分)。
TVTBparam初始化的对象现在可以不提供基因型对象(警告)。创建一个默认的基因型对象(见上图)。
构造函数的类基因型和TVTBparam现在高级方法不S4方法方法了。
默认设置的闪亮的应用程序被存储为一个环境,可以重载tSVE参数的方法。
闪亮的应用程序商店在reactiveValues多个对象。
闪亮的应用程序商店更多的错误消息reactiveValues更好地处理可选输入和帮助用户更好地解答错误的来源。

微小的变化

显示方法抛出警告消息TVTBparam和基因型的对象并没有完全定义的基因型。
更好的布局在README徽章。
无电抗的设置闪亮的应用程序存储在隐藏的对象。
助手方法getEdb、tryParsePheno tryParseBed、tryParseVcfHeader tryParseMultipleVcf, tryParseSingleVcf移除和集成的服务器端闪亮的应用程序。
在全球大规模清洗的消息。的R文件闪亮的应用程序。
农庄、基因型和表型面板从会话的面板闪亮的应用程序。
表报告BiocParallel配置的状态闪亮的应用程序在各种系统存储为一个RDS文件。
闪亮的应用程序显示一个警告在屏幕的顶部如果基因型不完全定义。
标签的宽度闪亮的文件设置为2。
特拉维斯CI追踪的分支。
添加了两个文件在本月/ badexamples文件夹。
添加YAML文件AppVeyor。
老鸨添加显示部分的描述,呈现小插图表。

更改版本1.1.2 (2016-10-21):

微小的变化

自述BioC-release表明身份,BioC-devel,特拉维斯CI。

1.1.1版的变化(2016-10-21):

微小的变化

更新自述:树立自信、安装、单元测试。
特拉维斯CI追踪的分支。
报道:排除AllClasses。R, tSVE.R。
在描述Four-space缩进。

tximport

的变化版本1.3.8:

支持推论复制Rob Patro写的!适用于大马哈鱼、旗鱼和kallisto。看到细节? tximport。

1.3.6版的变化:

现在,‘countsFromAbundance txOut = TRUE时不能忽视。

1.3.4版本的变化:

支持kallisto HDF5文件由于安德鲁·帕克摩根和瑞恩·C·汤普森
删除“读者”的论点,只留下“进口国”的论点。此外,read_tsv将使用默认情况下如果readr包安装。
消息从进口屏幕捕获功能,以避免混乱。

variancePartition

1.5.7版本的变化:

在foreach .packages包含样条函数

1.5.6版本的变化:

兼容tximport v1.3.5

1.5.5版本的变化:

减少计算时间有效样本量ESS()的额外~ 10 x稀疏解算器
修复利润率plotPercentBars ()
getVarianceComponents修复bug()相关的连续变量是包括在内
兼容ggplot2 2.2.0
中心图标题
修复的酒吧plotPercentBars ()
传说背景透明
将文本设置为黑色
包括在foreach .packages lme4
改变残差颜色不透明
添加引用的信息
plotCorrMatrix现在显示默认系统树图
估计运行时间fitExtractVarPartModel () / fitVarPartModel ()
改善plotPercentBar警告()
改善plotCorrStructure警告()
定义ylab plotVarPart()——添加as.matrix.varPartResults()(隐藏)——定义isVaryingCoefficientModel()(隐藏)

VariantAnnotation

的变化版本1.22.0:

新功能

VCF文件添加进口()包装
添加支持数量= ' R ' vcf解析
添加indexVcf()和字符的方法,VcfFile VcfFileList

修改

把消息()()而不是警告当non-nucleotide变化将NA
“力= TRUE”替换为“修剪。模式=“粗”seqlevels () setter
添加的修剪。模式”参数keepSeqlevels()手册页的例子
幂等VcfFile ()
添加“idType”arg IntergenicVariants()构造函数
修改locateVariants手册页的例子来解决问题,距离,农庄,TxDb不支持在多个染色体基因范围
修改VcfFile()构造函数来检测如果未指定索引文件
从介绍先进的订单小插曲;使用BiocStyle:: latex2 ()
删除未使用的SNPlocs.Hsapiens.dbSNP。20110815的显示字段
遵循重命名改变S4Vectors vector_OR_factor vector_OR_factor
通过classDef .RsamtoolsFileList;VariantAnnotation可能不是在搜索路径

错误修复

修复扩张的一个字段有多个列

VariantFiltering

1.12版本的变化:

用户可见的变化

VariantFilteringParam构造函数被限制为一个(multisample) VCF文件。
现在mafByOverlaps()返回一个农庄与小等位基因频率值对象元数据列。

vsn

的变化版本3.43.10:

装饰图案是在HTML中,使用BiocStyle:: html_document2

西瓜

版本:1.19.1文本:和方法将返回“MethylSet”而不是β矩阵。

wiggleplotr

版本1.0.0的变化:

第一次提交Bioconductor。

xcms

的变化版本1.51.11:

新功能

参数“填充”featureValues(问题# 157)。
参数“rt”和“mz”chromPeaks方法允许提取指定范围的色谱峰(问题# 156)。

错误修复

固定在obiwarp可能的内存问题(问题# 159)。
更新getPeaks使用non-deprecated API(问题# 163)。

的变化版本1.51.10:

新功能

filterRt色谱类(问题# 142)。
adjustRtimePeakGroups函数(# 147)问题。
adjustRtime、XCMSnExp PeakGroupsParam和do_adjustRtime_peakGroups支持使用预定义的矩阵来执行对齐(问题# 153)。
plotAdjustedRtime可视化对齐结果(问题# 141)。

用户可见的变化

featureDefinitions featureValues返回DataFrame和矩阵rownames对应于任意特性id(问题# 148)。
新的PeakGroupsParam peakGroupsMatrix槽类(问题# 153)。

错误修复

问题# 146:确保调整保留时间peakGroups返回的方法比原始的保留时间相同的顺序。

的变化版本1.51.9:

新功能

fillChromPeaks, dropFilledChromPeaks方法和FillChromPeaksParam类。
featureValues方法。

用户可见的变化

扩展new_functionality装饰图案。
改变默认端阅读mzML pwiz文件。

错误修复

问题# 135:修复centWave峰值信号集成。
问题# 139:问题扩大。mz和扩大。在fillPeaks.chrom rt。
问题# 137:如果没有发现山峰findChromPeaks误差。

的变化版本1.51.8:

新功能

添加色谱类和extractChromatograms方法。

错误修复

问题# 118:Windows构建机器上失败的单元测试。
问题# 133:误差与c()和xcmsSet没有山峰。
问题# 134:xcmsSet构造函数无穷无尽的循环。

的变化版本1.51.7:

用户可见的变化

方法和类的主要重命名遵循命名约定:
色谱峰(chromPeak):在rt维度确定的山峰。
特点:mz-rt特性,色谱峰内和跨样本分组。

错误修复

问题# 127:Windows构建机器上失败的单元测试。

的变化版本1.51.6:

新功能

groupFeatures和adjustRtime XCMSnExp对象的方法。
新的参数类groupFeatures和adjustRtime分析方法:FeatureDensityParam, MzClustParam, NearestFeaturesParam, FeatureGroupsParam ObiwarpParam。

错误修复

问题# 124 (filterRt XCMSnExp返回空对象)。

的变化版本1.51.5:

新功能

MsFeatureData和XCMSnExp对象。
功能,功能< -,adjustedRtime adjustedRtime <, featureGroups, featureGroups <, hasAlignedFeatures, hasAdjustedRtime和hasDetectedFeatures方法。
dropFeatures dropFeatureGroups和dropAdjustedRtime方法。
filterMz、filterRt filterFile等实现的。
mz,强度和rtime XCMSnExp允许的方法返回值按样本分组。

错误修复

保留时间范围之外的问题# 99 (rtrange getEIC, xcmsSet)。
问题# 101 (xcmsRaw函数返回NULL如果指定mslevel = 1)。
问题# 102 (centWave返回空矩阵如果天平不可以)。感谢j . Stanstrup。
问题# 91(警告,而不是错误如果没有山峰ROI)。感谢j . Stanstrup。

的变化版本1.51.4:

错误修复

添加deepCopy避免损坏原来的对象,由于j . Stanstrup关闭# 93

的变化版本1.51.3:

新功能

binYonX装箱功能。
imputeLinInterpol提供缺失值的线性插值函数。
breaks_on_binSize和breaks_on_nBins函数计算减免定义垃圾箱。
“new_functionality新的一幕。限制型心肌病”xcms描述新的和修改的功能。
添加do_detectFeatures_matchedFilter函数。
添加do_detectFeatures_centWave函数。
添加do_detectFeatures_centWaveWithPredIsoROIs函数和单元测试。
实现一个新的数据导入功能。
添加do_detectFeatures_MSW函数和单元测试。
论点stopOnError xcmsSet功能,允许对所有文件进行特征检测没有停止错误。
方法showError xcmsSet对象列表所有错误在特征检测(如果stopOnError xcmsSet函数= FALSE)。
(子集xcmsRaw对象的扫描方法。
profMat矩阵方法来提取/创建配置文件从/ xcmsRaw。
添加新MSnExp detectFeatures方法和从MSnbase OnDiskMSnExp对象包中。
添加新CentWaveParam, MatchedFilterParam、MassifquantParam MSWParam和CentWavePredIsoParam参数类detectFeatures执行方法调度的方法。
retcor。obiwarp使用新的装箱资料矩阵生成的方法。
scanrange xcmsRaw报告总是scanrange 1和长度(object@scantime)。
scanrange xcmsSet报告xcmsSet scanrange最终用户指定的函数。
固定错误rawMat(问题# 58)。
解决问题# 60:findPeaks。massifquant总是返回一个xcmsPeaks对象。