SGSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.SGSeq

从RNA-seq数据拼接事件预测和量化

Bioconductor版本:版本(3.16)

SGSeq是从RNA-seq软件包分析剪接事件数据。RNA-seq读取输入数据映射到参考基因组BAM格式。基因被表示为一个拼接图,可以从现有的注释或映射序列的预测。剪接事件图的识别并量化本地使用结构兼容读取每个拼接变体的开始或结束。软件包括拼接事件预测功能、量化、可视化和解释。

作者:莱纳德·戈尔茨坦(cre, aut)

维修工:伦纳德·戈尔茨坦< ldgoldstein gmail.com >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SGSeq”)

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HTML	R脚本	SGSeq
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文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing,ImmunoOncology,RNASeq,软件,转录
版本	1.32.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(8年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.0),IRanges(> = 2.13.15),GenomicRanges(> = 1.31.10),Rsamtools(> = 1.31.2),SummarizedExperiment、方法
进口	AnnotationDbi,BiocGenerics(> = 0.31.5),Biostrings(> = 2.47.6),GenomicAlignments(> = 1.15.7),GenomicFeatures(> = 1.31.5),GenomeInfoDb,RUnit,S4Vectors(> = 0.23.19)grDevices、图形igraph平行,rtracklayer(> = 1.39.7),统计数据
链接
建议	BiocStyle,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	EventPointer
进口我	Rhisat2
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	SGSeq_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	SGSeq_1.32.0.zip
macOS二进制(x86_64)	SGSeq_1.32.0.tgz
macOS二进制(arm64)	SGSeq_1.32.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SGSeq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SGSeq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SGSeq/
包下载报告	下载数据