催化剂

DOI:10.18129 / B9.bioc.CATALYST

血细胞计数数据分析工具

Bioconductor版本:版本(3.17)

质量血细胞计数(CyTOF)使用重金属同位素标签而不是像记者荧光标记抗体,从而大大减少光谱重叠和允许检查在单细胞水平50多个参数。而光谱重叠比流式细胞术在CyTOF大大减少明显,溢出由于检测灵敏度,同位素杂质,氧化物的形成可以阻碍数据可解释性。我们设计了催化剂(血细胞计数数据分析工具)提供管道血细胞计数数据的预处理,包括我)规范化使用珠标准,2)单细胞反褶积和iii) bead-based补偿。

作者:海伦娜·l·Crowell (aut (cre),维托R.T. Zanotelli (aut),史蒂芬西威尔(aut (dtc),马克·d·罗宾逊(aut,曾经),贝恩德•Bodenmiller(曾经)

维护人员:海伦娜·l·Crowell <海伦娜。在uzh.ch crowell >

安装

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HTML	R脚本	1。预处理
HTML	R脚本	2。微分的发现
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文本		新闻

细节

biocViews	聚类,DataImport,DifferentialExpression,ExperimentalDesign,FlowCytometry,ImmunoOncology,MassSpectrometry,归一化,预处理,SingleCell,软件,StatisticalMethod,可视化
版本	1.24.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(6年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 4.2),SingleCellExperiment
进口	circlize,ComplexHeatmap,ConsensusClusterPlus、cowplot数据。表、dplyr刚果民主共和国,flowCore,FlowSOM,ggrepel ggplot2 ggridges、图形grDevices,网格,gridExtra, magrittr,矩阵,matrixStats,方法,nnls, purrr, RColorBrewer, reshape2, Rtsne,SummarizedExperiment,S4Vectors尺度,嘘,统计数据
链接
建议	BiocStyle,diffcyt,flowWorkspace,ggcytoknitr,openCyto,testthat rmarkdown uwot
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/HelenaLC/CATALYST
BugReports	https://github.com/HelenaLC/CATALYST/issues
取决于我	cytofWorkflow
进口我	cytofQC
建议我	diffcyt,imcRtools,treekoR
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	CATALYST_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	CATALYST_1.24.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	CATALYST_1.24.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CATALYST
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/催化剂
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/CATALYST/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CATALYST/
包下载报告	下载数据