epivizr

DOI:10.18129 / B9.bioc.epivizr

R接口到epiviz web应用程序

Bioconductor版本:Release (3.16)

这个包提供了到epiviz web应用程序(http://epiviz.cbcb.umd.edu)的连接，用于基因组数据的交互式可视化。R/bioc交互会话中的对象可以显示在基因组浏览器轨道或通过基因组区域导航探索的绘图中。支持基本的Bioconductor数据结构(例如，GenomicRanges和rangedsummarizedexexperiment对象)，同时提供一个简单的机制来支持其他数据结构(通过包epivizrData)。可视化(使用d3.js)也可以很容易地添加到web应用程序中。

作者:Hector Corrada Bravo, Florin Chelaru, Llewellyn Smith, Naomi Goldstein, Jayaram Kancherla, Morgan Walter, Brian Gottfried

维护者:Hector Corrada Bravo

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("epivizr")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“epivizr”)

超文本标记语言	R脚本	epivizr简介
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文本		新闻
视频		Epiviz快速游览

细节

biocViews	GUI，基础设施，软件，可视化
版本	2.28.0
在Bioconductor中	BioC 2.13 (R-3.0)(9.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.5.0)，方法
进口	epivizrServer(> = 1.1.1),epivizrData(> = 1.3.4),GenomicRanges，S4Vectors，IRanges，bumphunter，GenomeInfoDb
链接
建议	testthat，roxygen2，knitr，Biobase，SummarizedExperiment，antiProfilesData，hgu133plus2.db，Mus.musculus，BiocStyle，minfi，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我	epivizrStandalone，scTreeViz
进口我	metavizr
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	epivizr_2.28.0.tar.gz
Windows二进制	epivizr_2.28.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	epivizr_2.28.0.tgz
macOS二进制(arm64)	epivizr_2.28.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/epivizr
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/epivizr
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/epivizr/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/epivizr/
软件包下载报告	下载数据