2016年10月18日

Bioconductors:

我们很高兴宣布Bioconductor 3.4,包含1296个软件包,309包,实验数据和933年最新的注释包。

有101个新的软件包,许多更新和改进现有的包;Bioconductor 3.4兼容3.3 R,并支持Linux上,32位和64位Windows, Mac OS x这个版本将包括一个Bioconductor更新Amazon Machine Image和码头工人的容器。

访问//www.andersvercelli.com对细节和下载。

内容

• 开始使用Bioconductor 3.4
• 新的软件包
• 新闻从新的和现有的包
• 弃用和已经包

开始使用Bioconductor 3.4

更新或安装Bioconductor 3.4:

1. 安装3.3 R(> = 3.3.1推荐)。Bioconductor 3.4设计明确了这个版本的R。

2. 按照说明在//www.andersvercelli.com/install/。

新的软件包

有101个新的Bioconductor软件包在此版本中。

• 高山片段序列偏差建模和修正RNA-seq转录丰度估计。

• AMOUNTAIN纯数据驱动基因网络,加权基因co-expression网络(WGCN)只能从构建表达谱。不同的层在这种网络可能代表不同的时间点,多个条件或不同的物种。在多层WGCN AMOUNTAIN旨在搜索活动模块使用一个连续的优化方法。

• anamiR这个包的目的是识别潜在的相互作用miRNA-target从microrna基因相互作用和mRNA表达数据。它包含函数的统计测试,数据库miRNA-target基因的交互和功能分析。

• Anaquin该项目旨在支持使用亮片(合成测序激增控制)拥有并提供Garvan医学研究学院。我们的目标是为定量分析提供一个标准的开源库,造型和激增的可视化控制。

• annotatr给定一组基因的网站/地区(例如ChIP-seq山峰、论文认定、差异甲基化论文认定或地区,单核苷酸多态性,等等)通常感兴趣的调查相交的基因组注释。这类注释涉及基因模型(促进剂,5 'utrs,外显子、内含子和3 'utrs),论文认定(CpG岛CpG海岸,CpG货架),或监管序列增强剂等。annotatr包提供了一种简便的方法总结和可视化的交集基因组网站/地区与基因组注释。

• 一只鉴于混个人bi-allelic SNP基因型和祖先对(其中每个祖先可以采取三种值)为多个SNP,执行一个EM算法来处理这一事实unphased对祖先对SNP基因型,为了估计ancestry-specific SNP等位基因频率。

• ASpli综合管道使用RNAseq analyisis可变剪接的。

• BaalChIP包提供函数来处理多个ChIP-seq BAM文件和检测allele-specific事件。在个人计算等位基因数变异(snp / SNVs),实现了广泛的质量控制步骤删除有问题的变异,并利用贝叶斯框架确定统计学意义等位基因——特定事件。BaalChIP能够占到两个等位基因拷贝数之间的差异,一个已知的癌症样本的表型特征。

• BayesKnockdown一个简单的、快速的贝叶斯方法计算后验概率之间的关系一个预测变量和多个潜在后果变量,将先验概率的关系。击倒的上下文中实验,预测变量是拆装的基因,而另一个基因的潜在目标。还可以用于微分表达式/双阶级数据。

• bigmelon方法使用Illumina公司使用gdsfmt数组。

• bioCancerbioCancer是一个闪亮的应用可视化和分析交互式Multi-Assays癌症基因组数据。

• BiocWorkflowTools提供函数来缓解Rmarkdown之间的过渡和乳胶文档当创作Bioconductor工作流。

• BPRMethBPRMeth包使用二项式概率单位回归可能性模型甲基化的概要文件和提取高阶特性。这些特性精确量化的甲基化的概念。使用这些高阶特性promoter-proximal地区,我们构造一个预测基因表达的有力证据。同时,这些特性用于集群proximal-promoter地区使用EM算法。

• CancerInSilicoCancerInSilico包提供了一个R progresson界面运行数学模型的肿瘤。这个包在c++中实现底层模型和实现的输出和分析功能。

• CancerSubtypesCancerSubtypes集成了目前常见的计算生物学方法对癌症亚型识别和提供了一个标准化的框架对癌症亚型分析基于基因组数据集。

• ccmap发现药物和药物组合预测逆转或模拟基因表达特征。这些药物可能会逆转疾病或模仿健康的生活方式。

• CCPROMISE执行两种形式之间的典型相关维振高遗传数据,并将每个第一组成形式的数据与特定的生物有趣的模式对多个端点。也是实现探测水平分析。

• CellMapper推断细胞特定类型表达式基于co-expression相似性与已知的细胞类型标记基因。可以使用公开的表达数据做出准确的预测,即使细胞类型没有被孤立。

• chromstaR这个方案实现了功能组合和ChIP-seq微分分析数据。它包括大学和多元peak-calling,出口到基因组浏览器可视文件,和功能富集分析。

• clusterExperiment这个包提供了运行功能,并比较不同集群的单细胞测序数据。

• covEB使用贝叶斯方法估计相关矩阵假设他们可以写,估计为块对角矩阵。这些块对角矩阵确定使用收缩参数值低于该参数为零。

• covRNA这个包提供了分析方法和RLQ fourthcorner分析大规模转录组数据。

• crisprseekplus生物信息学平台包含接口与offTargetAnalysis和compare2Sequences CRISPRseek包,和GUIDEseqAnalysis。

• crossmeta实现跨平台和跨物种的荟萃分析Affymentrix Illumina公司,和安捷伦微阵列数据。这个包自动化常见任务下载等规范,注释原始地理数据。用户界面可以方便地选择控制和治疗为每个样品对比和研究。这个输入用于随后的代理变量分析(模型失踪的变异来源)和微分表达式分析。最后一个荟萃分析的微分表达式值可以包括基因以只有一个子集的研究。

• ctsGE监督聚类的方法可能很多预测变量,如基因等,在时间序列数据集提供了功能,帮助用户分配基因组预定义的模型配置文件。

• CVE闪亮的应用互动不同优先级的精密癌症药物。CVE的输入文件的输出文件是最近发布的Oncotator变异注释工具总结variant-centric信息来自14个不同的公开资源相关的癌症研究。互动priortisation CVE是基于已知的生殖系和癌症变异,DNA修复基因和功能预测的分数。CVE的一个可选的特性是肿瘤特异途径的探索环境,促进从公开的转录组数据使用co-expression模块生成的。最后druggability优先变异评估使用药物基因交互数据库(DGIdb)。

• CytoML这个包被设计成使用GatingML2.0作为标准格式与其他软件平台交换的数据。

• 位深蓝通过R位深蓝表观遗传学数据服务器访问。

• DEsubsDEsubs是一个基于网络的系统生物学包,提取disease-perturbed subpathways通路网络内记录下RNA-seq实验。它包含一个广泛的和可定制的框架涵盖范围广泛的操作模式在所有阶段的subpathway分析,使一个特定的方法。操作模式参考路径网络建设和加工、subpathway提取、可视化和富集分析各种生物和药理特性。其功能使它tool-guide modeler和实验者更健壮的系统性识别的生物标志物对于复杂疾病。

• 导演导演是一个R包旨在简化分子影响的可视化监管瀑布。它利用R包htmltools和JavaScript库的修改桑基插件D3提供一个快速和容易,browser-enabled解决发现潜在有趣的下游影响的监管和/或中的分子。图是健壮的,互动,并包装成具有高度的可移植性的HTML文件,消除需要第三方软件来查看。这使得科学家们一个简单的方法来解释产生的数据,和生物信息学开发者一个可供选择的方法提供相关数据。2021欧洲杯体育投注开户

• dSimerdSimer 9 R包提供计算方法测量disease-disease相似,包括一个标准的余弦相似性度量和八个基于函数的方法。疾病相似矩阵获得这九个方法可以通过热图可视化和网络。生物数据广泛用于disease-disease关联研究也由dSimer提供。

• eegc这个包了评估细胞工程流程直接分化的干细胞或转换主要细胞转分化的体细胞基于高通量基因表达数据筛选通过DNA微阵列或RNA序列。包从三种类型的基因表达谱作为输入样本:(i)体细胞或干细胞分化(反式)(工程过程的输入),(2)诱导细胞评估(工程过程的输出)和(3)目标主要细胞(参考输出)。计划执行差异基因表达分析每两两样本比较识别和评估样本的转录差异3类型(输入、输出、引用)。理想的目标是诱导和主要参考细胞显示重叠的概要文件,既不同于原始细胞。

• esetVis效用函数的可视化expressionSet(或SummarizedExperiment) Bioconductor对象,包括光谱图、tsne和线性判别分析。静态图通过ggplot2包或互动通过ggvis rbokeh包是可用的。

• ExperimentHub这个包提供了一个客户Bioconductor ExperimentHub web资源。ExperimentHub策划提供了一个中央位置的数据实验,出版物或培训课程可以访问。每个资源都有关联的元数据,标记和修改日期。客户端创建并管理一个本地缓存的文件检索允许快速和可再生的访问。

• ExperimentHubData函数将元数据添加到AWS S3 bucket ExperimentHub db和资源文件。

• fCCAC应用程序的功能的典型相关分析来评估协方差等核酸测序数据集的染色质免疫沉淀反应深度测序(ChIP-seq)紧随其后。

• fgsea包的实现一个算法快速基因集富集分析。使用快速算法可以使更多的排列和得到更多的细粒度的假定值,它允许使用多个假设准确不论是标准方法校正。

• FitHiCFit-Hi-C信心是分配的工具统计估计intra-chromosomal联系地图由全基因组高c等基因组结构分析。

• flowPloidy通过流式细胞术直方图确定样品倍性分析。读取流式细胞术标准(FCS)文件通过flowCore bioconductor包,并提供功能确定样本的DNA倍性基于内部标准。

• FunChIP预处理和平滑ChIP-Seq高峰和k-mean对齐算法的高效实现分类。

• GAprediction[GAprediction]预测孕龄使用Illumina公司HumanMethylation450 CpG数据。

• gCrisprTools的工具集来评估集中大规模筛选实验中,通常采用CRISPR磁带/ Cas9或成分表达式。包含的方法询问图书馆和磁带的行为在一个实验中,确定不同的丰富的磁带,聚合信号识别候选目标的实证验证,假设检验和全面的报告。

• 宝石工具分析ewa、methQTL和GxE基因组广泛。

• geneAttribution识别的最可能的基因或基因变异在给定基因位点在人类基因组中行为。最基本的功能假设基因输入轨迹越近,越有可能是诱发的基因。此外,任何经验数据链接基因组区域的基因(如eQTL或基因组构造数据)可以使用如果UCSC的请全部文件格式提供。

• GeneGeneInteR这个包的目的是提出几种方法病例对照关联研究的基因基因交互测试。这种测试可以通过聚合SNP-SNP SNP级别的交互测试执行(SSI)或通过使用基因基因multidimensionnal方法(GGI)方法。包还提出了工具的图形显示结果。

• geneplastGeneplast是专为进化和塑性分析基于同源组分布在一个给定的物种树。它使用香农信息论和直接同源丰度估计进化的塑性指数。此外,它实现了桥算法来确定一个给定的基因的进化根源基于其直接同源分布。

• geneXtendeRgeneXtendeR旨在优化注释组蛋白修饰ChIP-seq峰值与功能重要的基因组特性输入文件(例如,基因与山峰)基于优化计算。geneXtendeR优化每一个基因在基因组的边界延伸一些基因距离(DNA碱基对)为目的的灵活结合基因元素(不尽,如增强剂和促进剂,以及下游的元素重要的功能基因相对于一个表观遗传组蛋白修饰ChIP-seq数据集。geneXtender计算最优基因扩展针对特定的宽泛,表观遗传标记(例如,H3K9me1 H3K27me3),由用户提供的输入文件ChIP-seq峰。因此,geneXtender最大化定位基因的信噪比接近和直属的山峰。通过执行这种性质的计算扩张,ChIP-seq读取最初不会严格地映射到一个特定的基因可以优化映射到监管区域的基因,从而暗示基因作为一个潜在的候选人,从而使ChIP-seq实验更成功。这种方法处理时尤为重要的表观遗传组蛋白修饰,内在的广泛的山峰。

• 还装有找到最基因本体术语组人类基因特征。这个包被创建为论文的一部分开发MI的赞助下^ 2组(http://mi2.mini.pw.edu.pl/, https://github.com/geneticsMiNIng)。

• GRmetrics函数计算和可视化增长率抑制(GR)指标。

• HelloRanges翻译bedtools命令行调用从Bioconductor * R代码调用函数范围基础设施。这是旨在培养新手Bioconductor用户和比较这两个框架的语法和语义。

• ImpulseDEImpulseDE适合捕获单一impulse-like模式在高吞吐量时间序列数据集。通过拟合每个基因代表脉冲模型,它报告是否在一个时间点的差异表达基因实验或两个时间从两个实验课程。为了优化运行时间,利用聚类步骤和多线程的代码。

• 首次公开募股XCMS数据处理的结果很大程度上取决于参数设置。IPO (Isotopologue参数优化)是一个参数优化工具,适用于不同类型的样本和液相色谱与高分辨率质谱装置,快速和无标签的步骤。IPO使用自然、稳定的13 c同位素峰值计算分数。保留时间校正优化通过最小化的相对保留时间差异特性和分组参数优化通过最大化功能显示一个峰的数量从每个注入的样品池。不同的参数设置是通过实验设计来实现。利用响应面模型所得的分数评价。

• KEGGlincs看看是怎么回事的引擎盖下面KEGG通路通过显式地重建信息从KGML获得文件的路径映射。

• 林肯这个包提供了一些方法来计算co-expression lincRNAs网络和蛋白质编码基因。生物方面相关的组蛋白编码基因预测的生物环境lincRNAs根据“有罪”的方法。

• LOBSTAHSLOBSTAHS多功能方案筛选,注释,大规模光谱特性和假定的识别大,HPLC-MS脂质数据集。在计算机数据广泛的脂质,可以生成氧化脂质,oxylipins从用户提供的结构标准数据库生成函数。LOBSTAHS然后应用这些数据库分配的复合身份特性在任何大质量准确性已经处理的数据集使用xcms和相机。用户可以应用一系列的正交筛选标准基于离子加合物的形成模式,色谱保留时间,和其他属性评估和信心分数分配给这个初步的任务列表。在筛选程序,LOBSTAHS拒绝作业,不符合指定的标准,识别潜在的同分异构体和等压线,分配不同的注释代码协助用户评估每个任务的准确性。

• M3Drop这个包适合Michaelis-Menten模型在单细胞RNASeq辍学的模式数据。这个模型作为零识别显著变量(即差异表达)基因用于下游分析,如聚类细胞。

• MADSEQMADSEQ包提供了一组分层Bayeisan模型检测的马赛克非整倍性,推理类型的非整倍体和非整倍体的量化分数的细胞样本。

• maftools于分析和可视化变异注释格式文件从大规模测序研究。这个包提供了各种功能执行最常用的分析癌症基因组学和创建功能丰富的可定制的visualzations以最小的努力。

• 桅杆方法和模型处理zero-inflated单细胞分析的数据。

• 事节约内存阅读,写作,和操纵结构化二进制数据在磁盘上的向量,矩阵和数组。这个包是设计用来作为基本的后端处理高分辨率质谱影像数据。

• 网格网格(医学主题词)是NLM受控词汇表用于手动为MEDLINE / PubMed指数的文章。网格计算被三个方法由Entrez基因相关ID, gendoo, gene2pubmed RBBH。这种联系是浓缩和语义分析的基础。网格支持富集分析(代表比例和基因集富集分析)的基因列表或完整的表达谱。语义网的比较方面提供定量计算基因和基因之间的相似性组的方法。Schlicker网格实现蕾斯尼克提出的五个方法,分别是江,林和王,支持超过70种。

• MetaboSignalMetaboSignal是一个R包,允许合并、分析和定制KEGG代谢和信号通路。它是一种基于网络的方法来探测基因之间的拓扑关系(信号——或者enzymatic-genes)和代谢物,代表了一个强大的工具来调查代谢表型的遗传景观和监管网络。

• MetCircMetCirc包含工作流交互式地探索代谢组学数据:创建MSP,本m / z值,计算相似性前体和想象之间的相似之处。

• methylKitmethylKit是DNA甲基化分析R包从亚硫酸氢高通量测序和注释。包被设计成处理测序数据从rrb及其变体,也是目标捕捉亚硫酸氢方法和全基因组测序。它也有函数来分析碱基对决议5 hmc oxBS-Seq和TAB-Seq等实验数据协议。Perl是只需要读取山姆文件。

• MGFR包装设计从RNA-seq数据检测标记基因。

• 这种款式MODA可以用来估计和构造co-expression condition-specific基因网络,并确定差异表达子网守恒或条件可能与特定的模块相关的生物过程。

• MoonlightR动机:癌症机制的理解需要识别的基因发挥作用在病理学的发展和作用的特征(特别是癌基因和肿瘤抑制)。结果:我们提供了一个R / bioconductor包叫做MoonlightR返回一个特定的癌症类型的候选人司机基因列表,TCGA表达数据的基础上。该方法首先推断基因调控网络,然后进行功能富集分析(FEA)(实现一个上游的监管机构分析,URA所言)分数的重要性众所周知的生物过程对研究癌症类型。最终,通过随机森林,MoonlightR预测两个特定角色的候选人司机基因:i)肿瘤抑制基因(次数)和ii)致癌基因(OCGs)。因此,这种方法不仅识别基因扮演双重角色(例如,在另一个癌症类型和OCG次数)也有助于阐明生物过程潜在的特定角色。特别是,MoonlightR可以用来发现OCGs和次数相同的癌症类型。这可能有助于回答这个问题之间是否有些基因改变作用早期阶段(I, II)和后期(III, IV)在乳腺癌。在未来,这种分析可能有助于确定不同的抵抗化疗治疗的原因。

• msPurity评估目标的贡献前体在碎片收购或预期的隔离windows使用一种称为“前体纯洁”的指标。还提供了简单的处理步骤(平均、过滤、空白减法等)DI-MS数据。适用于均质(/ MS)和DI-MS (/ MS)数据。

• MultiAssayExperiment开发一个综合环境中多个化验管理和基因组数据分析的预处理。

• MutationalPatterns一个广泛的描述和可视化工具集多种突变碱基替换数据内的模式。

• netprioR模型semi-supervised基因整合网络数据,区分优先级的表型和额外的先验知识对TP、TN基因标签从文学或专家。

• normr健壮的规范化和区别ChIP-seq调用程序和数据。读统计建模共同作为一个二项与指定数量的组件混合模型。合身的背景估计占浓缩在某些地区的影响,因此,代表了一个适当的零假设。这个健壮的背景是用来识别显著富集或贫化区。

• PathoStat这个包的目的是执行统计微生物宏基因组测序结果分析数据样本。特别是,它支持分析PathoScope生成报告文件。PathoStat提供各种功能包括相对丰度图、多样性和情节估计,微分丰富,测试时间序列可视化、和核心OTU分析。

• PharmacoGx包含一组函数进行大规模的药物基因组学数据的分析。

• philrPhILR是系统发育等距Log-Ratio变换。这个包提供了功能成分的分析数据(例如,数据代表的比例不同的变量/部分)。特别是这个包允许成分分析数据可以通过一个系统发育树相关的部分(如微生物群是常见的调查数据)并使之可用等距日志比例变换从系统发育树构建和利用加权参考措施。

• π开发优先级索引或πgenomic-led目标优先级系统,专注于利用人类遗传数据优先考虑潜在的药物靶点基因,通路和网络水平。长远的目标是使用这些信息来增强早期目标验证。基于证据的疾病协会从全基因组关联研究(GWAS),这个优先级系统能够生成证据支持识别的具体调制基因(种子基因)遗传协会负责信号利用连锁不平衡的知识(因此而遗传基因变异),距离相关的基因变异,和证据独立遗传与基因表达的关系在disease-relevant组织,细胞类型和状态。种子基因在一个综合的方法,量化的遗传影响。得分种子基因随后用作鱼饵排名种子基因加上附加(non-seed)基因;这是通过反复探索全球基因相互作用网络的连通性。基因与最高优先级进一步用于识别/优先路径明显富含高度优先的基因。优先考虑基因也被用来确定一个基因网络互连高度优先的基因和最小数量的少优先基因(作为链接器结合高度优先的基因)。

• PigengenePigengene包提供了一个有效的方式来推断生物签名从基因表达谱。签名是独立于底层平台,例如,可以微阵列或RNA Seq数据输入。它甚至可以推断出签名使用数据从一个平台,并评估他们。Pigengene识别模块(集群)的高度使用coexpression coexpressed基因网络分析,总结了每个模块的生物信息在一个eigengene,学习贝叶斯网络概率模型的模块之间的依赖关系,并构建了一个基于决策树eigengenes的表达。

• proFIA流动注射分析耦合的高分辨率质谱高通量代谢组学是一种很有前途的方法。然而,FIA -,8经数据不能与当前软件工具进行预处理,它依赖于液相色谱分离,或只处理低分辨率数据。我们现在proFIA包,它实现了一种新的预处理方法FIA-HRMS原始数据(netCDF, mzData、mzXML mzML)包括噪声建模和注入峰值重建,并生成峰值表。工作流包括噪声造型,带检测和过滤然后信号匹配和缺失值归责。峰值表可以导出为. tsv文件进行进一步分析。可视化效果评估的质量数据和信号的缓解。

• psichomics自动检索数据RNA-Seq来源如癌症基因组图谱或加载自己的文件和处理数据。这个工具允许您分析和想象可变剪接。

• qseaqsea(定量浓缩测序分析)是发达的继任者MEDIPS方案分析数据来源于甲基化DNA免疫沉淀反应(MeDIP)实验测序(MeDIP-seq)紧随其后。然而,qsea提供几个功能的其他类型的定量测序数据的分析(例如ChIP-seq、MBD-seq CMS-seq和其他人)包括计算之间的微分浓缩样品组。

• 美国广播公司rca动态基因组注释是一个自动化系统,它提供了自定义输入文件包含转录组的地区。转录组区域,例如,峰值区域检测到CLIP-Seq分析检测protein-RNA交互,RNA的修改(别名epitranscriptome), CAGE-tag地点,或任何其他的目标区域在转录组水平。rca设计为rna结合站点的功能分析的报表工具检测到高通量实验。需要床格式作为输入文件包含基因组RNA结合位点和GTF的坐标文件,其中包含通常提供的基因组注释功能如运用和UCSC的公开可用的数据库。rca执行重叠操作RNA基因组坐标之间的结合位点和基因注释特性和产生深入注释总结等结合位点的分布对基因功能(外显子、内含子5‘/ 3’UTR区域,exon-intron边界,启动子区域,和全记录)。此外,通过探测目标的收集记录,rca可以进行功能注释表丰富基因集(带注释的分子签名数据库)条款。作为一个最重要的问题,在protein-RNA交互分析期间出现;rca模块检测序列图案丰富的转录组的目标区域。完整的交互式报告可以生成HTML格式,其中包含交互数据和表,准备出版的目的。

• rDGIdbrDGIdb包提供了一个包装的药物基因相互作用数据库(DGIdb)。为简单起见,包装器查询功能和输出类似于用户界面和结果格式提供DGIdb网站上(http://dgidb.genome.wustl.edu/)。

• readat这个包包含功能导入、转换和注释数据从法律文件生成的SomaLogic SOMAscan平台。

• 重新计票探索和下载的数据重新计票的项目可以在https://jhubiostatistics.shinyapps.io/recount/。使用重新计票的包你可以下载RangedSummarizedExperiment对象在基因外显子或exon-exon连接水平,原始计数,表现型元数据使用,样例报道有重大影响的文件的url或平均覆盖率权贵文件为特定的研究。RangedSummarizedExperiment对象可以使用不同的包进行差异表达分析。使用//www.andersvercelli.com/packages/derfinder可以执行annotation-agnostic微分表达式分析与叙述的数据项目描述:http://biorxiv.org/content/early/2016/08/08/068478。

• regsplice统计方法检测微分RNA-seq使用外显子,外显子微阵列数据集,使用L1正规化(套索)来提高能力。

• 风景景观是一套标准化的方法,统计测试,为高通量筛选和诊断图形工具(高温超导)化验。高温超导化验使用microtitre板屏幕大库化合物的生物、化学或生化活动。

• 签名者突变的签名者的包提供了一种经验贝叶斯方法签名的发现。它旨在分析单核苷酸variaton (SNV)计数在癌症基因组,但也可以应用于其他特性。功能描述签名或基因组样本根据曝光模式也提供。

• SIMLR单细胞RNA-seq技术使高通量基因表达测定单个细胞,并允许细胞群内非均质性的发现。测量细胞间基因表达的相似性识别至关重要,可视化和分析细胞群。然而,单细胞基因表达数据引入挑战传统的措施相似,因为高水平的噪音,异常值和辍学。我们开发一种新型similarity-learning框架,SIMLR(单细胞通过Multi-kernel解释学习),学习一个适当的距离度量的数据降维,集群和可视化。SIMLR能够在单细胞分离更准确地知道亚种群比现有数据集降维方法。此外,SIMLR演示了灵敏度高、准确性高通量外周血单核细胞(PBMC)生成的数据集GemCode单细胞技术从10 x基因组学。

• SNPediaRSNPediaR提供了一些工具,用于从SNPedia网站下载和解析数据http://www.snpedia.com。实现的功能允许用户导入wiki文本中可用SNPedia页面和提取最相关的信息。如果在下载页面中一些信息不是自动处理库函数,用户可以轻松实现自己的解析器有效地访问它。

• 分裂分裂提供了工具来分析可变剪接网站,解释结果序列信息的基础上,选择并设计引物网站validiation,给下游事件的可视化表示指导实验。

• SRGnet我们开发了SRMnet分析协同监管机制在细胞转录组的概要文件,采取行动提高整体反应突变、药物或环境暴露。这个包可以用来识别管理模块协同响应基因的下游,优先考虑协同监管基因可能是潜在的干预目标,一些基因扰动实验。

• StarBioTrek这个工具StarBioTrek提出了一些方法来测量途径活性和相声通路整合网络数据的信息。

• statTarget一个易于使用的工具提供了一个图形用户界面基于质量控制信号调整转变,从multi-batch代谢组学数据的集成实验,综合统计分析在一道或有针对性的代谢组学。

• SVAPLSseq包包含用于识别的功能两组样本之间的差异表达基因RNAseq数据调整后各种隐藏的生物和技术因素的可变性。

• switchde推理和检测开关类微分表达式在单细胞RNA-seq轨迹。

• synergyfinder高效的实现所有流行的药物组合协同评分模型,包括保险公司、卢安克,幸福和ZIP和可视化协同得分的二维或三维交互表面剂量矩阵。

• TVTB包过滤提供了S4类和方法,总结和想象遗传变异VCF中存储的数据文件。特别是,包扩展了FilterRules类(S4Vectors包)来定义新闻类的过滤规则适用于各种插槽的VCF对象。功能集成,并演示了在一个闪亮的一点,闪亮的变体Explorer (tSVE)。

• 的作用这个包的目的是发现内在细胞从单细胞RNA-seq发展路径数据。它包含了数据预处理、初步PCA基因选择、初步的细胞排序,特征选择,精细胞排序,后分析解释和可视化。

• 山药工具来分析和可视化大规模代谢组学数据增大使用色谱-光谱法。这些工具进行预处理数据的方式使可靠和强大的差别分析。

• YAPSA这个包提供了函数和例程有用的分析体细胞签名(cf。l . Alexandrov et al ., 2013)。特别是函数进行特征分析与已知签名(LCD =线性组合分解)和签名分析分层突变目录(SMC =分层突变目录)。

• 纱加快大型RNA-Seq分析使用以前开发的组合工具。纱是为了方便用户在执行基本mis-annotation质量控制、过滤和condition-aware正常化。纱利用许多Bioconductor工具和统计技术占大型异构性和稀疏很大RNA-seq实验。

新闻从新的和现有的包

包维护人员可以添加新闻文件描述更改包自上次发布。以下包消息是可用的:

ABAEnrichment

1.3.7版本的变化:

新功能

• 添加图小插图描述“circ_chrom”选项的影响当使用基因组区域作为输入

1.3.6版的变化:

新功能

• 添加图描述的弗兰克-威廉姆斯计算超几何装饰图案测试。

1.3.5版本的变化:

新功能

• “gene_len”这个新选项创建随机设置的弗兰克-威廉姆斯超几何测试依赖于基因长度。

• 除了显式命名的候选基因,现在可以定义整个基因组区域作为候选人和背景区域。的名字“基因”表单的向量必须装备:起止的使用这个选项。

• 默认的背景区域是独立的。但使用选项circ_chrom = TRUE,背景区域使用了相同的染色体作为候选区域和随机候选区域允许多个背景区域重叠。

用户级的重大变化

• cutoff-quantiles现在计算使用所有蛋白质编码基因,不仅输入候选基因和背景。

1.3.4版本的变化:

新功能

• 函数get_name get_superstructures get_sampled_substructures现在也接受structure-IDs没有“艾伦:”前缀作为输入(如ABAData-package提供的数据)。

v1.3.3变化:

错误修复

• 固定误差get_expression(…,数据集= " 5 _stages”)——消息(“返回log2 (RPKM)”“返回RPKM”)。

affxparser

版本变化1.45.1 (2016-09-16):

• 清理:过时的src / R_affx_test。* cmdline下降。cpp文件。

• 清洁:使用c (x, y)而不是附加在内部(x, y)。

版本变化1.45.0 (2015-05-03):

• 版本号是撞Bioconductor猛击版本,目前BioC v3.4 R (> = 3.3.0)。

ALDEx2

1.5.2版本的变化:

• 增加了选择的能力的基础clr: iqlr,零个或用户定义的。有用的在处理非对称数据集(selex、宏基因组meta-RNA-seq)

• 更新后的小插图来展示影响分析的基础

• 使BiocParallel唯一并行多核处理方案

• zero-replacement先验概率而不是pseudocount

高山

的变化版本0.99.6:

• 改变estimateAbundance()和predictCoverage()接口,这样model.names提供而不是模型,使用一个简单的特征向量。基因表达的术语“+基因”是内部的照顾。

的变化版本0.99.5:

• 存储readlength、minsize fitpar最大容量,所以删除参数estimateAbundance()和predictCoverage ()

的变化版本0.99.4:

• estimateAbundance改名为神秘estimateTheta () ()

的变化版本0.99.3:

• 允许自定义为GC结和相对位置

的变化版本0.99.0:

• 匈牙利瑞士比分包提交!

AMOUNTAIN

的变化版本0.99.1:

新功能

• 初始版本

用户级的变化

• 更全面的帮助页面

• BiocStyle装饰图案

anamiR

版本1.0.0的变化:

• 最初版本

Anaquin

0.1版本的变化:

• 创建装饰图案

• 初始提交Bioconductor

AneuFinder

版本:1.1.6类别:添加新功能文本:DNAcopy算法Strand-seq模式。

版本:1.1.6类别:重要的用户级更改文本:重命名参数“most.frequent.state.bivariate”- >“most.frequent.state.strandseq”。

版本:1.1.6类别:重要的用户级更改文本:重命名参数“most.frequent.state.univariate”- >“most.frequent.state”。

版本:1.1.6类别:重要的用户级文本变化:新参数“strandseq”。

版本:1.1.6类别:BUG修复文本:系统树图和热图现在正确对齐在heatmapGenomewide ()。

版本:1.1.5类别:新功能文本:Aneufinder DNAcopy运行算法除了隐马尔可夫模型。

版本:1.1.5类别:新功能文本:新功能“getQC”data.frame与质量指标。

版本:1.1.5类别:重要的用户级更改文本:改变文件夹结构包括DNAcopy方法。

版本:1.1.5类别:重要的用户级更改文本:重命名方法从c(“一元”,“二元”),c(‘嗯’,‘biHMM’)

版本:1.1.4类别:新功能文本:karyotypeMeasures()新选项区域。

版本:1.1.4类别:新功能文本:plotHeterogeneity(),以方便策划核型措施。

版本:1.1.4类别:新功能文本:BiocStyle装饰图案。

版本:1.1.4类别:新功能文本:新选项使用。bamsignals = FALSE /真实可用的装箱步骤。

版本:1.1.4类别:新功能文本:getQC()处理空条目如NA,因而更健壮。

版本:1.1.4类别:新功能文本:复杂性估计通过Michaelis-Menten携带。

版本:1.1.4类别:重要的用户级更改文本:配色方案拷贝数州> = 5-somy已经改进了状态。

版本:1.1.4类别:重要的用户级更改文本:选项格式被移除所有功能。现在文件格式自动确定。

版本:1.1.4类别:重要的用户级更改文本:clusterByQuality()集群现在默认在复杂性。

版本:1.1.4类别:弃用和已经文本:

版本:1.1.4类别:BUG修复文本:纠正错误的顺序seqlevels后(…,“农庄”)。

版本:1.1.4类别:BUG修复文本:纠正错误在热点(),导致检测low-abundance热点。

AnnotationDbi

的变化版本1.36.0:

错误修复

• 修复bug在dbschema DBIConnection对象的方法

• 键()不再失败时,全局变量“y”的存在

AnnotationForge

的变化版本1.16.0:

新功能

• 添加检查所需db0包是安装在makeDBPackage ()

• 添加脚本创建viableIDs数据文件

修改

• 删除过时的单元测试和轻视MAPCOUNTS ChipDb包模板

• 更新ChipDb包模板加载DBI的单元测试

• 允许构建没有-keep-empty-dirs国旗

• misc代码清理-没有重复的依赖关系描述符号名称解析空间——可重用单元测试(新的临时文件而不是重用)——避免unnecesary粘贴(),e。g、消息(粘贴())——使用loadNamespace()而不是需要()——避免1:n迭代格式,如SQL和如果其他(){}{}

• 删除未使用的测试/ runalltests.Rout。保存文件在AnnDbPkg-templates

• 使用https:而不是http: NCBI访问

• 重命名R代码和手册页文件符合高水平的功能

• 撞OrgDb版本为3.4版本

• 添加显式AnnotationDbi::: NCBIORG_DB_SeedGenerator ()

错误修复

• getFastaSpeciesDirs()修剪在Windows \ r

AnnotationHub

的变化版本2.6.0:

新功能

• 添加装饰图案部分共享资源在集群

• 添加“preparerclass”指数。rda允许搜索ExperimentHub对象的包名

• 添加为罗伯特Castelo GenomicScoresResource类

修改

• 返回“标签”元数据列表而不是逗号分隔的特征向量

• 移动AnnotationHubRecipes AnnotationHubData装饰图案

• 移动listResources()和loadResources ExperimentHub ()

• 暴露在.DB_RESOURCE_FIELDS附加字段()

• 修改缓存路径,以避免创建一个“~”目录在Mac

• 在文档使用https: NCBI荷重软化

• 修改.get1 EpiExpressionTextResource-method使用“gene_id”列和行名称

AnnotationHubData

更改版本1.4.0:

新功能

• 添加脚本生成用户资源

• makeEnsemblGtfToGRanges()不再在S3中存储数据,但下载和转换农庄

• 添加EnsemblFastaTwoBitToAHM单元测试

• 为makeEnsemblTwoBitToAHM和ensemblFastaToTwoBitFile添加手册页

• 添加makeAnnotationHubMetadata()辅助

修改

• 移动ExperimentHub GSE62944-related代码

• 旧片段转移到本月/脚本;添加“AnnotationHubData概论”装饰图案

• 删除fasta和towbit文件

• 添加“uploadToS3”参数pushResources()和runRecipes ()

• 从ExperimentHubData AnnotationHubData移动readMetadataFromCsv ()

• “文件名”参数添加到readMetadataFromCsv ();时不要警告“标签”

• 指定长度在readMetadataFromCsv args ()

• makeAnnotationHubMetadata()填充PreparerClass包名称

• 添加“文件名”arg makeAnnotationHubMetadata ()

annotatr

的变化版本0.99.13:

包裹的特性

• annotatr包快速和灵活的基因组注释的注释基因组区域。

• 基因组注释包括CpG特性(岛,海岸,架子,和大海),基因的功能(TSS的上游1-5kb推动者5 'utrs,外显子,内含子,cd、3 'utrs,内含子/外显子边界,边界和外显子/内含子),以及从FANTOM5财团hg19和mm9增强剂。

• 使用TxDb注释是在运行时构建。*、AnnotationHub rtracklayer包。用户可以选择注释按菜单点菜,或通过快捷键,比如hg19_basicgenes。

• 注释目前可供hg19、mm9 mm10, dm3,德国马克,rn4 rn5, rn6。通过自定义注解支持任何物种。

• 基因组区域读取使用rtracklayer::进口()函数,extraCols参数允许用户包括任意数量的分类与基因组区域或数值数据。

• 注释是决定通过GenomicRanges: findOverlaps(),并返回所有注释,而不是强加一个优先级。

• annotatr提供了一些有用的总结(使用dplyr)和情节功能(使用ggplot2)调查数据趋势与基因组注释区域。

aroma.light

版本:3.3.2日期:2016-09-16文本:BUG修复:robustSmoothSpline()给出了一个错误,因为R-devel (> = 3.4.0 r70682)(问题# 9)

版本:3.3.2日期:2016-09-16文本:使用NA_real_(不仅仅是NA)到处都适用。

版本:3.3.1日期:2016-08-10类别:清洁:使用seq_len()和seq_along()无处不在(问题# 8文本:

版本:3.3.0日期:2016-05-03文本:版本号撞了Bioconductor猛击版本,目前BioC v3.4 R (> = 3.3.0)。

ASpli

版本:0.98类别:新特性:使用带注释的连接多个箱子重新分类

吸引

版本:1.25.2日期:2016-10-13

• 数据集更新吸引接受MsigDB .gmt和.gmx文件格式。之前只是.gmt文件。如果定制基因集不匹配则抛出一个错误在.gmt或.gmx格式。也更新吸引来纠正错误当你使用reactome数据库和微阵列数据

版本:1.25.1日期:2016-05-23

• 纠正错误发现当使用MsigDB代替KEGG和reactome数据集。还添加了expressionSetGeneFormat findAttractors和calcFuncSynexprs功能。装饰图案也改变了更新,以反映

BaalChIP

的变化版本0.99.0:

新功能

• 第一次提交Bioc-devel

BgeeDB

变化在2.0.0版本中(2016-10-10):

• 实现的可能性来处理不同Bgee版本。

• 提高存储和缓存文件的版本控制。

• 实现使用API键查询我们的服务器,以防止过载和垃圾邮件。

• 改善管理下载错误。

• 统一使用Bgee类对象的所有功能包。例如,loadTopAnatData()现在需要一个输入Bgee类对象指定物种,数据类型和pathToData参数。

• 添加输入Bgee类对象输出的loadtopAnatData()函数。

• 创造了新的getAnnotation (), getData()和formatData()独立函数取代Bgee类方法get_annotation (), get_data()和format_data ()。

• 在formatData()函数,使用affymetrix数据时,“统计”参数自动设置为“强度”。

• 添加可能重现分析离线如果所有文件以前下载的数据缓存。

• 固定的数据帧头包括空格代替空间更方便头点。

• 统一使用camelCase函数参数。

• 添加参数允许在makeTable结果表()函数。

• 实现管理系统及表达单位在未来Bgee版本。

• 更新后的装饰图案。

1.0.3版本的变化(2016-08-31):

• 更新format_data()函数来输出表达式设置对象。

• 固定makeTable“罗斯福”列是一个因素,而不是一个数字。

• 固定get_data()和format_data()函数,它没有工作当多个芯片类型可用于一个实验。

Biobase

2.33版本的变化:

错误修复

• exprs < -执行值与正确的昏暗,dimnames。

bioCancer

的变化版本1.0.03:

• 更新pivotr从radiant.data

的变化版本1.0.02:

• 由rownames_t_column取代add_rownames () ()

的变化版本1.0.01:

• 从navbarMenu rm " id = "——闪亮的更新

版本1.0.0的变化:

• 建立与knitr装饰图案

• 修改whichGeneList (GeneListLabel)解决bioCancer服务器和包的第一个版本之间的区别

• 包发布

• 省略R /代码菜单:请求shinyAce(> = 0.2.1)——省略help_and_report函数

• 各种问题请求DT(> = 0.1.39) -省略显示主工具条菜单情节不能下载/存储正确过滤表在处理/视图视角

• 版本3.4 R进口(闪亮的,除了= c (“dataTableOutput”、“renderDataTable”))

• 使用DisGeNet服务器尽管/ extdata DisGeNet文件(不工作)

• 格林尼治时间clusterProfiler文件:http://www.r-bloggers.com/go-analysis-using-clusterprofiler/

• 基因分类使用rpart、ggplot2 ggtree: http://guangchuangyu.github.io/2016/01/annotate-a-phylogenetic-tree-with-insets/

• 圆环图中指定突变频率的范围(最小,最大)

BiocInstaller

的变化版本1.24.0:

新功能

• biocLite()使用lib.loc =找到devtools,报道更多内容详细devtools加载失败的原因

• biocLite()只提供更新non-masked包

• biocLite()报告包在unwriteable目录是过时的,但不试一试(但未成功)更新它们。

• isDevel()返回TRUE,如果BiocInstaller对应的版本Bioconductor的开发版本。

BiocStyle

version 2.2.0变化:

新功能

• 新Bioconductor HTML风格。有关详细欧洲杯2021体育彩票信息,请参阅包小插曲。

BUG修复和改进Bioconductor乳胶风格2

• 使用\路径文件名允许长换行符

• 负载的nowidow乳胶包裹以防止寡妇和孤儿

• 补丁漏洞在“titlesec”2.10.1 (http://tex.stackexchange.com/q/299969/102422)

• 通过选择多个“footmisc”连续更好处理脚注

• 负载的marginfix乳胶包裹以防止边注满溢的底部边缘

• 解决颜色问题都会被保证金笔记(https://github.com/Bioconductor/BiocStyle/issues/5)

• 使用fig.asp覆盖图高度(https://github.com/Bioconductor/BiocStyle/issues/4)

• 解决兼容“浮动”包,尤其是[H]位置指示语

• 负载的marginfix乳胶包裹以防止边注满溢的底部边缘

• 附上宽漂浮在\ blockmargin和\ unblockmargin防止脚注进入他们

• 移动里面的脚注标记边缘笔记

• 之后添加垂直跳距宽漂浮的幻影更好的对齐距与段落文本笔记

• 固定连接的包括发表在https://github.com/Bioconductor/BiocStyle/issues/8

• 分层parnote马克的定义取决于包版本(https://github.com/Bioconductor/BiocStyle/issues/7)

• 利用默认打开单词\评论,\警告和\ fixme,更别提在装饰图案可选参数

biomaRt

的变化版本2.30.0:

用户级的重大变化

• 更新描述使用BiocStyle和执行,大多数代码块。

biosigner

的变化版本1.1.14:

内部修改

• Biobase进口限制ExpressionSet、exprs pData函数/方法来避免警告(冲突与randomForest“结合”)

1.1.12版本的变化:

内部修改

• 在单元测试中次要的修改

的变化版本1.1.10:

新功能

• biosign现在可以被应用到一个ExpressionSet对象

• 装饰图案在html格式

内部修改

• 文档生成与rmarkdown roxygen2和装饰图案

的变化版本1.1.8:

内部修改

• 错误消息固定当缺失值的准确性向量通过引导步骤

1.1.6版本的变化:

内部修改

• 版本更新

• 单元测试沉默在windows平台上,因为错误moscato2 bioc平台运行在windows 8

更改版本1.1.4:

内部修改

• 臭虫固定(仅当tierMN包含0)

• “显示”方法:更好地处理消息时没有找到签名

1.1.2版本的变化:

内部修改

• 单元测试:test_biosign_diaplasma和test_biosign_sacurine补充道

• 内部变量重命名(表明其类型)和功能(促进他们的理解)

• PLS-DA:为了避免错误在一代的模型,预测组件的数量至少是1

1.1.0版本的变化:

方案修改

• 威康biosigner包的组学数据集的特征选择

• 包实现了一种新的包装方法检测对PLS-DA很重要的功能,随机森林,或SVM二元分类

• 包包含“diaplasma”质代谢组学的数据集(从1和2型糖尿病患者血浆样品)

• 请查看细节的装饰图案和包使用的方法

• 相应的出版目前正在审查。

BrowserViz

的变化版本1.9.8:

错误修复

• 重大(3 x)加速。5000个节点,6000 -边缘图像传输从R Cytoscape大约20秒。

版本1.8.0的变化:

新功能

• setNodeOpacityRule,控制节点填充颜色、边框和/或标签;插入和查找模式都支持

• getNodeSize

• saveImage现在支持pdf png和svg格式

• setDefaultEdgeFontSize

• getAdjacentEdgeNames

用户可见的明显变化

• 改变方法名称:布局- > layoutNetwork版本- > pluginVersion,获得/ setPosition - > / setNodePosition

• 名称空间现在进口四个方法从图形包,有利于包开发者使用RCytoscape: edgemode, addNode, addEdge,要求由罗伯特·飞行。2021欧洲杯体育投注开户

错误修复

• 改变getNodePosition node.name.delimiter消除regex令牌,从“:。:““::”saveLayout现在有可选的第三个参数,“timestamp.in.filename”

• 固定在setNodeLabelDirect bug。现在多个节点,一个标签。

• setCenter现在投x, y CyRPC数字之前发出

相机

的变化版本1.29.2:

错误修复

• 修复构建问题和装饰图案编码(再一次)

• 解决构建问题和装饰图案编码

的变化版本1.29.1:

新功能

• 添加函数findIsotopesWithValidation

癌症

版本:1.5.2

• 解决问题1“tl没有找到
• R / getGeneticProfiles.R删除文件
• 为全局变量解决“不可见的绑定
• 添加R / aaa.R

红衣主教

1.5.2版本的变化:

用户可见的明显变化

• “batchProcess”支持reduceDimension和peakAlign更新

• 现在“peakAlign”看起来featureData现有“的意思是”列

• 添加“物质”支持readAnalyze(以前只有readImzML)

错误修复

• 固定的错误当索引数据立方体使用“imageData”方法

1.5.1版本的变化:

错误修复

• 纠正作者和维护者的联系信息

版本1.5.0的变化:

新功能

• 添加实验支持“物质”磁盘矩阵,从包‘问题’,托管在https://github.com/kuwisdelu/matter,作为替代Binmat矩阵

错误修复

• 固定构造子集SImageData对象变量

冠军

2.0.1版本的变化:

• ChAMP2更新。

芝加哥

版本:1.1.5

• 我们固定一个bug .addTLB()(称为estimateTechnicalNoise())使用trans-count垃圾箱的数量减少,尽管这些箱子的阅读数量仍在计算正确。自修复这个bug trans-count垃圾箱的数量增加,我们相应地调整两个设置的默认值

• tlb。minProxOEPerBin: 1000更改为50000

• tlb。minProxB2BPerBin: 100更改为2500

• 这些值被选择来确保结果应该改变从芝加哥1.1.4尽可能少。除非你是使用自定义的值,你不应该注意任何定性差异

• 如果你需要重新运行chicagoPipeline()(或只是estimateTechnicalNoise())在chicagoData对象创建使用版本1.1.4或更早,请手动更新他们的新设置的参数

• cd < - modifySettings (cd,设置= (tlb列表。minProxOEPerBin = 50000, tlb.minProxB2BPerBin = 2500)

• 许多感谢托马斯·塞克斯顿把错误对我们的关注和帮助我们修复它

chipenrich

的变化版本1.11.4:

包裹的特性

• 后端代码的重构。

• 打破在主函数。R为R文件收集类似的功能。

• 文档转换到roxygen2块。

• 改善chipenrich的评论()函数。

• 分配高峰使用GenomicRanges对象而不是比IRanges列表。

• 重写包装饰图案与knitr Rmarkdown和呈现。

• 改善supported_ *()函数来报告和检查的组合基因组,生物体,genesets, locusdef, mappability读长度。

• 清理描述和命名空间,以避免加载整个包。

• 遵循数据()最佳实践。

ChIPpeakAnno

的变化版本3.7.9:

• 解决这个问题在测试时的名字为目标而不是电流。

3.7.8版本的变化:

• 删除MMDiffBamSubset依赖的文档因为现在不是可行的。

的变化版本3.7.7:

• 修复bug toGRanges进口MACS2广泛的电话。

的变化版本第3.7.6:

• 添加新功能tileGRanges tileCount

3.7.5版本的变化:

• annoPeaks添加参数选择

3.7.3版的变化:

• 添加新函数featureAlignedExtendSignal、estLibSize estFragmentLength

3.7.2章版本的变化:

• 正确输入错误文档z分数。

• 提高findOverlapsOfPeaks的效率。

ChIPQC

1.9.2版本的变化:

• 从属清理;更新处理控制样品的补充道

ChIPseeker

的变化版本1.9.8:

• plotAvgProf / plotAvgProf2面板的名字的顺序输入tagMatrix列表< 2016-09-25,太阳>

• 测试运用ID使用“^存在”,而不是“^ ENSG”< 2016-09-20,星期二> + https://github.com/GuangchuangYu/ChIPseeker/issues/41

的变化版本1.9.7:

• 单元测试< 2016-08-16,星期二>

的变化版本1.9.6:

• 更新装饰图案< 2016-08-16,星期二>

的变化版本1.9.5:

• 当TxDb没有gene_id信息,转换基因ID(运用/ entrez和符号)就会被忽略掉,而不是抛出错误。< 2016-08-02,星期二> + https://www.biostars.org/p/204142

• bug修正如果测试targetPeak农庄组织对象的列表在enrichPeakOverlap函数< 2016-07-20,结婚> + https://github.com/GuangchuangYu/ChIPseeker/issues/37 https://github.com/GuangchuangYu/ChIPseeker/issues/36

• 确定基因的固定错误ID类型< 2016-06-21,星期二> + https://github.com/GuangchuangYu/ChIPseeker/issues/28 issuecomment - 227212519

• 移动upsetplot仿制药剂量和进口的剂量,以防止函数名冲突< 2016-06-14,星期二>

的变化版本1.9.4:

• 臭虫固定< 2016-06-08,结婚> + https://github.com/GuangchuangYu/ChIPseeker/issues/17 issuecomment - 224407402
  • https://github.com/GuangchuangYu/ChIPseeker/pull/24/files

1.9.3版本的变化:

• 使用字节编译器< 2016-05-18,结婚>

• https://github.com/Bioconductor-mirror/ChIPseeker/commit/f1ada57b9c66a1a44355bbbbdaf5b0a88e10cf7d

1.9.2版本的变化:

• 名字tagMatrix plotAvgProf自动如果失踪< 2016-05-12,清华>

• https://github.com/Bioconductor-mirror/ChIPseeker/commit/d5f16b2bc01725e30282c3acb33007ef521a514c

1.9.1版本的变化:

• 臭虫固定在getNearestFeatureIndicesAndDistances < 2016-05-11,结婚>假NA +正确的元数据特性

ClassifyR

版本1.8.0的变化:

• 普通k-fold交叉验证选择补充道。

• 组中位数的绝对差异特征选择功能补充道。

clonotypeR

的变化版本1.12.0:

其他的变化

• 使用Roxygen生成文档。

clustComp

的变化版本1.2.0:

• 添加新的参数“表达”,“布局”和“斜坡”flatVShier(),提供更大的灵活性,情节布局。新功能:

• 的扩展版本flatVShier()函数允许添加数据的热图,根据产生的分层树下令。

clusterExperiment

版本变化0.99.3 (2016-07-26):

变化

• 情节从clusterLegend mergeClusters现在使用集群的名称和颜色

• plotDendrogram现在调用plot.phylo

• 添加“clusterLabel”参数clusterSingle

• 添加选项“疯狂”和“简历”降维。还可以选择只使用集群样本特性减少(如相关函数。makeDendrogram)。

• clusterSingle现在总是返回D矩阵槽coClustering(以前只有这样做如果D从二次抽样)。

• 所以clusterSingle需要不同变换矩阵,现在clusterMany预先计算的异同(而不是每次重新计算)

• 添加包装导致RSEC RSEC函数算法。

• 添加测试为clusterMany确保复制过去的结果(不运行单元测试,因为太长时间,所以不是R构建的一部分)

错误修复

• 修复bug在.TypeIntoIndices处理clusterType和clusterLabels whichClusters

• 固定的错误plotCoClustering所以处理clusterSamplesData

• D clusterD现在距离,不相似,值为0 - 1,这意味着更大的值是不相似的。

• 修复bug在plotClusters给clusterLegend条目,向量,矩阵。

版本变化0.99.1 (2016-05-24):

变化

• 通过开发版本变化bioConductor检查。

版本变化0.99.0 (2016-05-24):

变化

• 改变数字表明bioconductor提交

版本变化0.2.0 (2016-05-10):

变化

• 允许“whichCluster”/“whichClusters”clusterLabels参数匹配,不仅clusterTypes

• 添加槽“dendro_index”

• 添加“whichCluster”参数makeDendrogram

• 还说“hierarchicalK集群

• 添加默认为0 - 1聚类距离

• 添加定义距离聚类的能力

• 添加“setToCurrent”和“setToFinal”选项来更新一个集群的状态。

• 添加单元测试工作流功能(test_constructor)

• 内部的getBestFeatures现在称之为“clusterContrasts”

• 输出“clusterContrasts”改变

• 删除“指数”为getBestFeatures输出

• 改变测试getBestFeatures标准对象上运行(这意味着现在有2值测试)

• 用户现在可以给clusterLabel combineMany集群和mergeClusters

版本变化0.1.0 (2016-05-04):

变化

• 转换为bioConductor提交S4语言

• 以前所有功能调整,重命名等。

的变化版本0.0.0.9006:

变化

• 固定mergeClusters, clusterHclust, getBestFeatures将适当转换如果输入聚类向量是一个因素,而不是数字(警告)。

• 固定mergeClusters选项表明输入矩阵是计算矩阵(在这种情况下,将创建系统树图和日志(计数+ 1)和将getBestFeatures轰校正)

• 增加tutoral-oriented装饰图案(旧的装饰图案现在文档装饰图案与更详细的内部工作包)。目前只是模拟数据,但将被更新为真正的单细胞测序数据集。

的变化版本0.0.0.9005:

变化

• 改变模拟数据加载所有数据(simData)而不是单独的呼吁simData和simCount。还添加了“trueCluster”向量给真正的集群作业模拟数据

• 添加dendro getBestFeatures的例子

• 添加示例clusterHclust

• 添加单一函数转换成phylobase树(内部使用的包)

• 添加功能寻找合并的比例显著的零假设集群(mergeClusters)

的变化版本0.0.0.9004:

变化

• clusterMany改变。R只设置k < na如果顺序= FALSE(以前所有findBestK = TRUE)

• 添加到装饰图案

• 固定错误plotClusters正确绘制“1”

clusterProfiler

3.1.9版本的变化:

• bug修正的简化方法compareCluster对象< 2016-08-17,星期一> +使用semData参数根据GOSemSim的变化

更改版本3.1.8中:

• as.data.frame方法compareClusterResult < 2016-09-29,清华>

• geneID和geneInCategory方法< 2016-09-19,我的>

3.1.7版本的变化:

• [[[,头,尾,昏暗的方法compareClusterResult < 2016-08-28,太阳>

• 固定R-devel检查< 2016-08-16,星期二>

3.1.6版本的变化:

• 更新装饰图案< 2016-08-16,星期二>

• browseKEGG < 2016-08-15,我的>

• 单元测试< 2016-08-15,我的>

3.1.5版本的变化:

• 移动enrichMeSH & gseMeSH网格< 2016-08-11,清华>

3.1.4版本的变化:

• 网词浓缩分析(enrichMeSH和gseMeSH) < 2016-07-28,清华>

3.1.3版本的变化:

• 出口download_KEGG < 2016-07-25,我的>

• 根据GOSemSim的变化和剂量< 2016-07-05,星期二>

3.1.2版本的变化:

• “通过”参数GSEA分析< 2016-07-04,我的>

• 复制KEGG路径id KEGG orthology,只使用ko < 2016-06-28,星期二> +如map00010和ko00010 + http://www.kegg.jp/dbget-bin/www_bget?ko + ko00010 + http://www.kegg.jp/dbget-bin/www_bget?ko + map00010

3.1.1版本的变化:

• getGOLevel和dropGO支持使用一个矢量的水平< 2016-05-20,星期五> + https://groups.google.com/forum/?utm_medium=email&utm_source=footer !味精u4xrkfnaqaj / clusterprofiler / zNYHLI6RpJI / 1

• 使用字节编译器< 2016-05-18,结婚>

• https://github.com/Bioconductor-mirror/clusterProfiler/commit/2949fe8db5464c419c9d1665cb24f43c49ac54ec

ClusterSignificance

的变化版本1.2.0:

新功能

• 添加一个槽组颜色卡式肺囊虫肺炎的类,延时,ClassifiedPoints PermutationResults

cn

3.4版本的变化:

新功能

• 更新CNE类来存储管道运行的所有信息。

• 添加read.rmMask。农庄阅读RepeatMasker .out文件。

• 添加阅读。rmskFasta阅读软重复蒙面fasta文件。

• 添加的分布阴谋axt对齐匹配。

• 添加CNE长度的分布。

• 添加syntenicDotplot axt对齐和GRangePairs。

• 当readAxt readBed, seqinfo保存时可用。

• 新的fixCoordinates函数使得Axt的坐标对齐总是相对于积极的链。

• 添加平行subAxt Axt对齐。

• 添加基因分布CNE的情节。

• 将功能添加到铺床和研究有重大影响的文件。

错误修复

• 而不是一个错误,则返回一个空GRangePairs当没有研究确定。

3.3版本的变化:

错误修复

• 修复一个缺陷引起的“格式”咩咩的一步。

新功能

• 添加成对全基因组对齐管道

• 添加一个新类“GRangePairs”

• 现在类是基于“Axt GRangePairs”类。

• readAncora阅读又CNE文件格式。

彗星

1.5.5版本的变化(2016-06-12):

• 彗星网站更新脚本

• 删除大文件

• 添加示例数据没有上传正确的第一次

1.5.3:更正版本的变化

• 改改函数的名字:xenorefGenesUCSC xenorefGenes_UCSC transcriptENSEMBL成transcript_ENSEMBL structureBiomart成structureBiomart_ENSEMBL snpLocationsUCSC成snpLocations_UCSC snpBiomart成snpBiomart_ENSEMBL RepeatMaskerTrack成repeatMasker_UCSC regulationBiomart成regulationBiomart_ENSEMBL knownGenesUCSC成knownGenes_UCSC ISCATrack成ISCA_UCSC HistoneOne成HistoneOne_UCSC HistoneAll, HistoneAll_UCSC GWASTrack, GWAScatalog_UCSC genesNameENSEMBL, genesName_ENSEMBL genesENSEMBL, genes_ENSEMBL GeneReviewsTrack, GeneReviews_UCSC gcContent, gcContent_UCSC GADTrack, GAD_UCSC DNAseUCSC, DNAse_UCSC COSMICTrack, COSMIC_UCSC cpgIslandsUCSC, cpgIslands_UCSC CoreillCNVTrack, CoreillCNV_UCSC chromatinHMMAll, chromatinHMMAll_UCSC chromatinHMMOne, chromatinHMMOne_UCSC ClinVarCnvTrack, ClinVarCnv_UCSC ClinVarMainTrack ClinVarMain_UCSC

3版本的变化(2016-04-29):

• 更新多个次要的信息数据的管理

• 添加更新的重击版本没有更新的新版本原因x

compEpiTools

1.7.4版本的变化:

• 以下函数+ GRcoverageInbins:更新一个小虫子GRcoverageInbins方法是固定的:问题导致不正确的报道(NA)报道的最后一本(s)很短的时间内,这些箱子的数量的类似于他们的宽度。

1.7.3版本的变化:

• 更新以下函数+ topGOres:更新返回的错误在topGOres假定值为字符而不是数值很低。

ComplexHeatmap

的变化版本1.11.8:

• anno_barplot ():接受一个矩阵作为情节堆叠barplots输入

的变化版本1.11.7:

• SingleAnnotation:如果上校是一个向量,没有名字,它将被指定为级别(值)或独特的(值)

• HeatmapAnnotation:给警告如果颜色的定义虽然没有注释

• HeatmapAnnotation:检查上校,如果它是无效的,给予警告

• 在进行注释图像时捕获错误

的变化版本1.11.6:

• 只是撞款号

• 差距在热图()现在可以是一个向量

1.11.5版本的变化:

• 差距在HeatmapAnnotation已经被调整

• 注释支持图的名字

• densityHeatmap ():分位数也重新排序

• 出口anno_oncoprint_barplot

• 热图():如果上校是一个不愿透露姓名的向量和颜色的数量是一样独特的项目垫的名字,上校向量是设置为“独特(垫))

• 调整后的注释的传说

• discreat传说:如果不是在数据而定义的上校,它将被删除。

的变化版本1.11.2:

• grid.dendrogram ():不要画系统树图,如果高度为零

• densityHeatmap ():支持集群列和更多的控制列设置

1.11.1版本的变化:

• 画,HeatmapList-method可以控制行顺序和集群的主要的热图吗

CountClust

更改版本1.1.3:

• 释放我们添加了一个新的函数ExtractHighCorFeatures.R追踪最相关的特征与每个主题表达数据。我们添加了一个选项让StructureGGplot没有表型信息。FitGoM函数符合会员等级模型,增加了最大迭代数的输入,将10000年作为违约但灵活的用户改变。

crisprseekplus

版本:0.99.0文本:

CrispRVariants

1.1.6版本的变化:

• plotAlignments现在可以马克密码子如果指定密码子帧边界。

• 添加引用

1.1.5版本的变化:

• 更灵活的链与新规范readsToTarget参数“取向”

• 固定的警告引起的隐式S4对象的嵌入

• 添加测试“plotAlignments”和“annotateGenePlot”

• 轻微的加速和内部重组“annotateGenePlot”

• 添加CRISPR biocView

• 改变了新闻采访的格式

更改版本1.1.4:

• 固定一个缺陷预防SNV设置在某些情况下使用

1.1.2版本的变化:

• 新功能consensusSeqs返回的共识序列变异的等位基因

csaw

1.7.4版本的变化:

• 添加保护在filterWindows NA值()。

• 弃用参数列表的使用在任何参数=参数。

• 收紧容许ext =参数值在不同的功能。

• readParam类中添加了BPPARAM槽来存储BiocParallelParam的对象。

• 添加支持并行windowCounts (), regionCounts()和其他人。

• 更新后的文档,用户指南。

customProDB

的变化版本1.13.2:

更新的功能

• PrepareAnnotationEnsembl更新功能。R和PrepareAnnotationRefseq。由于不同的更新包

的变化版本1.13.1:

错误修复

• 修复一个小虫子JunctionType.R函数

新功能

• OutputVarproseq更新功能。R输出数据帧“snvproseq”

• 添加一个函数OutputVarprocodingseq。R输出数据帧“snvprocoding”

cytofkit

版本变化1.5.10 (2016-10-05):

修改

• 纠正引用标题

• 添加集群过滤器在ShinyAPP rateChange线情节

• 调试错误装货出口RData文件

• 更新保存按钮,使它更加健壮。如果找不到FCS路径,然后不保存新的FCS文件

• 添加在shinyAPP发展指标

版本变化1.5.9之后(2016-10-03):

修改

• 调试当w -在autoLgcl转换,转换为logicle转换在这种情况下

• 修改cytof_writeResults函数,使之更健壮。

• autoLgcl设置为默认的转换方法。

• 添加cytofkit plos计算生物学论文引用

版本变化1.5.8 (2016-08-19):

修改

• 添加没有选择转换方法来支持FCS文件数据已经改变了

• 大更新shinyAPP的布局、功能分为四个面板(“集群”、“标记”,“样本”,“发展”)

• 侧板上添加“样品分离的阴谋”,删除选项”标签样品形状”

• 使样品过滤子集发展工作小组,支持情节labeld网格图

• 添加“组样本”功能,重新贴标签于和组样品在样品面板

• 要改变情节在样本面板添加子集

• 添加检查autoLgcl南(w)的函数

版本变化1.5.7 (2016-07-13):

修改

• 智能处理non-transformation标记(FSC, SSC),和排除的渠道(如事件、时间)当标记中指定= = NULL cytof_exprsExtract函数

新功能

• 重新设计了shinyAPP选项卡面板:集群阴谋,阴谋,标志发展子集

• 添加集群过滤和集群表shinyAPP diffusionmap设置页面

• 添加标记表达式的组合视图彭定康在散点图和标记表达发展趋势子集

• 堆密度图添加标记

• 集群添加注释标签(集群)的标志

的变化版本1.5.6 (2016-07-08):

修改

• 调整了windown getParameters_GUI的宽度和高度()适合长名字的FCM数据

• 调试、设置在getParameters_GUI full.names = TRUE()当fcsFile = = NULL

1.5.5版本的变化(2016-07-04):

修改

• 简洁autoLgcl函数

1.5.4版本的变化(2016-06-14):

修改

• 简洁的装饰图案的标题,小修改

• 添加错过光环ClusterX变量

• 变换= FALSE添加调用读。FCS函数来避免意想不到的流式细胞仪数据的转换。

• 改变铸从reshap dcast cytof_writeResults reshap2的函数

• 添加projectName、rawFCSdir resultDir条目analysis_results对象

• cytof_writeResults修改参数,只需要analysis_results对象

• 参数在cytofkit uniformClusterSize clusterSampleSize所取代

新功能

• 重新设计的应用,大更新子集进程选项卡,支持FlowSOM和扩散图运行。保存buttion补充道。

• cytof_progression重写的大部分代码功能

• 添加diffusionmap cytof_progression,更新GUI

• 添加reverseOrder选项cytof_progressionPlot函数

• 添加clusterLabelSize选项cytof_progressionPlot函数

• 添加segmentSize选项cytof_progressionPlot函数

• 添加集群filetering cytof_progressionPlot addClusterLabel选项

• 添加函数cytof_clusterPlot fixCoord选项

• 添加distMethod选项cytof_progression函数

• 添加cytof_dimReduction距离计算选项

• 添加在cytof_dimReduction tsneSeed重现t-SNE结果

• 添加cytof_clusterStat cytof_postProcess cytof_colorPlot函数

• GUI上添加了一个按钮打开resultDir一旦cytof_writeResults是跨平台的。

CytoML

版本:1.0.0类别:第一个提交文本:

DChIPRep

v1.3.3变化:

• 更新引用文件指发表的论文

1.3.2版本的变化:

• Bioc 3.4猛击版本

debrowser

1.1.11版本的变化:

• 错误修复

的变化版本1.1.10:

• 归一化法选择添加到主图和表

• 批处理效应校正

1.1.9版本的变化:

• 磨边机和d3heatmap从属修复

• 无证功能修复

的变化版本1.1.8:

• 各种错误修复

• 前置数据可以来自世界各地

1.1.7版的变化:

• Limma,磨边机和DESeq2支持

• 交互式的热图

• 互动的主成分分析

• 差和密度图

位深蓝

版本:0.99.0文本:

deepSNV

版本变化1.99.3 (2013-07-25):

更新

• 一些变化海鸥装饰图案

• 重命名参数π。基因和π。backgr makePrior ()

修正

• 固定错误bf2Vcf()当没有变异

版本变化1.99.2 (2013-07-11):

更新

• 更新的引用

• 添加详细的选项bam2R抑制输出

• 改变模式()“整数”loadAllData值()

修正

• 固定的错误当只有一个变体叫做bf2Vcf ()

版本变化1.99.1 (2013-06-25):

更新

• 使用knitr漂亮的小插曲

• 包括海鸥装饰图案

修正

• 删除固定问题bf2Vcf ()

• makePrior()添加背景在所有网站

版本变化1.99.0 (2013-04-30):

更新

• 海鸥新算法

• 通过总结包括VCF输出(deepSNV、价值=“VCF”)

DEGreport

版本:1.9.9文本:10-14-2016曾淡水沼泽lorena.pantano@gmail.com修复:修复集群的reduccion直接使用相关值。

版本:1.9.9文本:10-06-2016曾淡水沼泽lorena.pantano@gmail.com修复:浓缩功能。输入基因是错误的。

版本:1.9.7文本:07-29-2015曾淡水沼泽lorena.pantano@gmail.com功能:添加函数来返回DESeq2减价报告对象,时间进程数据和集群功能。修复:小虫子Nan值或小多样性值有关的质量控制图。

derfinder

的变化版本1.7.16:

用户可见的明显变化

• 帮助页面文档现在先进的参数。

• 弃用advancedArg ()。

的变化版本1.7.14:

新功能

• 添加了getTotalMapped()函数计算总数BAM的映射读取文件或曲线下的面积(AUC)有重大影响的文件。这些信息可以被用于fullCoverage (), filterData()和其他功能。注意,如果您“totalMapped”fullCoverage()不应该使用“totalMapped”再次filterData ()。

的变化版本1.7.12:

错误修复

• 更新BrainSpan的链接。问题报告的史蒂夫Semick https://github.com/SteveSemick。

版本是1.7.2变化:

错误修复

• 现在derfinder使用DataFrame (check.names = FALSE),以避免命名问题。

1.7.1上版本的变化:

用户可见的明显变化

• 已经下降功能。

derfinderPlot

的变化版本1.7.10:

用户可见的明显变化

• 帮助页面文档现在先进的参数。

的变化版本1.7.8:

错误修复

• 更新BrainSpan的链接。问题报告的史蒂夫Semick https://github.com/SteveSemick。

1.7.1上版本的变化:

用户可见的明显变化

• 已经下降功能。

DESeq2

的变化版本1.13.8:

• 用线性模型来估计预期的分散估计在estDispGeneEst()如果团体的数量模型矩阵的列数等于矩阵模型。应该提供一个加速的分散估计模型与许多样本矩阵。

的变化版本1.13.3:

• 固定的错误:fpm()和fpkm tximport ()。

• 固定的错误:标准化因素和威仕特。

• 添加一个错误如果tximport长度有0。

• 添加一个错误如果用户矩阵满秩。

• 更有用的错误设计的常数因子。

DiffBind

version 2.2.0变化:

• 功能:控制主成分在dba.plotPCA绘制使用组件参数

• 功能:控制轴在dba.plotMA使用xrange和yrange参数范围

• 特点:过滤per-contrast dba.analyze使用过滤和filterFun参数)

• 特点:翻转相比哪一组显示增益/损失(褶皱变化的迹象)使用bFlip dba.report参数

• 特点:翻转相比哪一组显示增益/损失(褶皱变化的迹象)使用bFlip dba.plotMA参数

diffHic

1.5.6版本的变化:

• 放松检查preparePairs (), prepPseudoPairs()当染色体提供超过需要。

• 放松检查connectCounts()当额外染色体在输入范围。

• 固定的问题preparePairs()当太多的文件句柄是开放的。

• 固定BiocGenerics和矩阵之间的冲突()。

• 修改domainDirections()返回一个RangedSummarizedExperiment。

• 删除已经DIList类和方法。

• 从seqlevels () seqlevelsInUse(片段)间隔。

• 更新用户指南文档。

导演

的变化版本0.99.6:

• 固定函数initSankey的例子。

的变化版本0.99.5:

• 修复编译通过BiocCheck。

的变化版本0.99.4:

• 改变了R包依赖htmltools,导致修改initSankey (), drawSankey(),和writeSankey()函数。

的变化版本0.99.3:

• 修改颜色分配规则更直观地缩放。

• 添加其他makeSankey参数与定义阈值允许路径着色/截止。

• 更新的例子使用包数据。

的变化版本0.99.2:

• 添加“ovca”数据集

的变化版本0.99.1:

• 删除一个包的依赖

的变化版本0.99.0:

• 第一次提交Bioc-devel

剂量

的变化版本2.11.12:

• 反对总结方法和使用as.data.frame < 2016-09-29,清华>

的变化版本2.11.11:

• 出口geneID和geneInCategory < 2016-09-19,我的>

的变化版本2.11.10:

• geneID和geneInCategory访问器功能< 2016-09-19,我的>

的变化版本2.11.9:

• enrichMap处理结果只包含一项< 2016-08-15,结婚>
  • https://github.com/GuangchuangYu/DOSE/issues/15
• build_Anno现在与宠物猫< 2016-08-18,星期二>

的变化版本2.11.8:

• 添加单元测试< 2016-08-15,我的>

的变化版本2.11.7:

• 改变网格包< 2016-08-11,清华>

的变化版本2.11.6:

• 用户可以使用选项(DOSE_workers = x)来设置使用x核心GSEA分析< 2016-08-02,星期二>

• 支持DisGeNET富集分析< 2016-08-01,星期一> + enrichDGN enrichDGNv gseDGN

• 更新小插曲< 2016-07-29,星期五>

的变化版本2.11.5:

• 现在enrichMap输出igraph对象,可以使用其他软件如networkD3 < 2016-07-25,我的>

• 昏暗的方法enrichResult和gseaResult < 2016-07-22,星期五>

• 美元enrichResult方法和gseaResult < 2016-07-20,结婚>

• 从平行BiocParallel < 2017-07-07,清华>

• (,头和尾巴enrichResult方法和gseaResult < 2016-07-06,结婚>

• 改变根据GOSemSim < 2016-07-05,星期二>

的变化版本2.11.4:

• “标题”参数gseaplot < 2016-07-04,星期一> +由https://github.com/pedrostrusso https://github.com/GuangchuangYu/DOSE/pull/13

• GSEA_internal“通过”参数,默认情况下通过= ' fgsea ' < 2016-07-04,星期一> + =“fgsea”,使用GSEA算法实现fgsea + =“剂量”,在剂量使用GSEA算法实现

• 前沿分析GSEA < 2016-07-04,我的>

的变化版本14:

• 输出igraph对象cnetplot < 2016-06-21,星期二>

• upsetplot泛型< 2016-06-14,星期二>

• [[enrichResult和gseaResult访问基因的方法设置< 2016-06-14,星期二>

2.11.2版本的变化:

• 使用字节编译器< 2016-05-18,结婚>

• https://github.com/Bioconductor-mirror/DOSE/commit/6c508c6a6816f465bb372f30f4ab99c839d81767

2.11.1版本的变化:

• https://github.com/Bioconductor-mirror/DOSE/commit/7e87d01e671ce1b5fbe974c06b796b1a2970f11c

EBImage

的变化版本4.16.0:

用户可见的明显变化

• 已弃用”…灰度的家庭形态功能;使用常见的函数“扩张”,“侵蚀”,“开放”、“关闭”,“whiteTopHat”、“blackTopHat”和“selfComplementaryTopHat”过滤二进制和灰度图像

• 删除已经“getNumberOfFrames”功能

性能改进

• “readImage”:使用“vapp”而不是“abind”,以减少内存占用

刨边机

的变化版本3.16.0:

• estimateDisp()现在在计算方面权重杀伤人员地雷。

• 增加了设计矩阵的输出estimateDisp ()。

• glmFit()构造设计矩阵,如果设计=零,从y样本组美元。

• 新参数“零”glmTreat(),和改变默认假定值是如何计算的。

• 修改默认的“主要”plotMD ()。

• 创建了一个新的S3类、compressedMatrix存储有效地补偿和权重。

• 添加了makeCompressedMatrix compressedMatrix对象()函数。

• 存储DGEGLM补偿的对象转向使用compressedMatrix类。

• 添加了addPriorCount()函数之前添加。

• 计算平均log-CPM修改spliceVariants ()。

• 一些内部计算和检查迁移到c++获得更高的效率。

EGSEA

的变化版本1.1.10:

• 说:两个插槽GSCollectionIndex:版本和日期

• 补充说:基本方法的引用的文档egsea.base ()

• 删除:rdata。因饥渴buildIdx功能

• 补充道:基因集合版本GSCollectionIndex类/更新日期

• 补充道:一个论点egsea()和egsea.cnt()返回limma的分析结果,这是keep.imma

• 补充道:一个论点egsea()和egsea.cnt ssgsea()返回一组分数,keep.set.scores

• EGSEAResults补充道:一个槽,这是limmaResults

• EGSEAResults补充道:一个槽,baseInfo

• 补充道:limmaTopTable, getlimmaResults EGSEAResults和getSetScores类

• 补充道:plotSummaryHeatmap EGSEAResults的类

• 改善:文档跨多个功能。

版本变化1.1.9 (2016-08-19):

• 固定:一个错误在buildIdx小鼠H基因集

版本变化1.1.8 (2016-07-12):

• 删除:EGSEAResults EGSEAdata使用IL13 EGSEA和移动它

• 更新:EGSEAdata idxAnno对象名称

1.1.7版的变化(2016-06-30):

• 改善:文档在装饰图案的方法

• 改进:在装饰图案的解释结果

• 改善:排名时发生的关系

• 补充道:useDingbats = FALSE pdf()在生成摘要的情节

• 补充:S4名为GSCollectionIndex存储索引的类基因集合

• 补充:showSetByName()和showSetByID EGSEAResults和GSCollectionIndex ()

• 补充:plotGOGraph EGSEAResults ()

• 更新:比较分析的图形页面

• 说:去图GeneSetDB的去收集

• 固定:小错误

1.1.6版本的变化(2016-05-31):

• 修正:一个小错误的计算假定值进行比较分析。

1.1.5版本的变化(2016-05-27):

• 修正:一个小虫子在EGSEAResults symbolsMap =零

• 补充道:NA基因符号替换symbolsMap特性id

• 补充道:炒egsea.base ()

• 补充说:几个健康检查输入参数

改变版本1.1.4 (2016-05-23):

• 改善:奥拉适应截止阈值logFC = 0如果没有德基因被发现在logFC = 1。在这两种情况下,截止阀值的调整假定值= 0.05。

• 改善:包的鲁棒性,并允许单一使用EGSEA GSE分析来进行。

• 补充道:合奏模式禁用如果GSE方法是提供一个基地。

• 补充:S4类egsea()输出,EGSEAResults命名。

• 补充:通用方法:显示(),(),总结plotHeatmap (), plotPathway (), plotMDS(),和plotSummary ()。

1.1.1版的变化(2016-05-10):

• 改善:topSets(…)和“报告”的功能参数的egsea(…)功能。

• 改善:冗长和“打印。基地”可用性在egsea ()。现在可以导出单个方法的统计数据的输出egsea当打印。基础= TRUE。

• 补充道:弗莱(…)基因从limma设置测试包。

• 补充:多种方法结合多种方法的假定值。看到egsea.combine ()。

• 固定:各种小虫子。

ENmix

的变化版本1.9.4:

• 错误修复

1.9.3版本的变化:

• 添加函数遗迹

1.9.2版本的变化:

• 添加函数ctrlsva

1.9.1版本的变化:

• 添加函数oxBS.MLE

EnrichedHeatmap

1.3.5版本的变化:

• anno_enriched():添加abs_mean和abs_sum为价值论点

1.3.4版本的变化:

• 添加一个新的部分的装饰图案(“使用自己的矩阵”)

• 标准误差的标准差用于注释chagnes版本1.3.2

• makeMatrix():考虑当没有目标是重叠的任何信号。

EnrichmentBrowser

2.3.2版本的变化:

• 额外sbea方法:gsa, mgsa、padog globaltest,烤,相机,gsva

• 额外nbea方法:netgsa、degraph topologygsa, ganpa, cepa

ensembldb

的变化版本1.5.14:

新功能

• listEnsDbs函数列表EnsDb数据库MySQL服务器。

• EnsDb构造函数允许直接连接EnsDb数据库MySQL服务器。

• useMySQL比较数据库之间创建日期和SQLite版本如果不同,提出更新数据库。

的变化版本1.5.13:

新功能

• useMySQL方法将数据插入到一个MySQL数据库和开关后端从SQLite MySQL。

的变化版本1.5.12:

用户可见的变化

• 添加额外的指标在新创建的数据库,大大提高了性能。

错误修复

• 解决问题# 11:性能问题与RSQLite 1.0.9011。cdsBy订购,transcriptsBy, utr R和执行的SQL。

• 修复顺序错误:结果是按列按字母顺序排序(例如,如果订单。=“seq_name gene_seq_start”提供了他们被seq_name按gene_seq_start然后排序

的变化版本1.5.11:

错误修复

• makeEnsemblSQLiteFromTables和ensDbFromGRanges对输入执行健康检查表。

的变化版本1.5.10:

用户可见的变化

• 使用html_document2样式的装饰图案。

更改版本1.5.9之后:

新功能

• 新的SymbolFilter。

• returnFilterColumns方法启用/禁用过滤列也返回的方法(这是默认的)。

• 选择方法支持符号键列和过滤器。

• 选择方法并确保结果排序匹配输入键只要一个过滤器或键。

的变化版本1.5.8:

错误修复

• 解决问题在ensDbFromGRanges空白分隔物种的名字。

1.5.7版本的变化:

其他的变化

• 固定输入错误的文档

1.5.6版本的变化:

错误修复

• fo验证数字BasicFilter修复警告。

1.5.5版本的变化:

错误修复

• exonsBy:总是返回tx_id,即使没有出现在列的论点。

1.5.4版本的变化:

错误修复

• 列tx_id总是从exonsBy结果即使在列的论点。

• exon_idx是从GTF类型字符如果数据库生成的文件。

1.5.2版本的变化:

新功能

• 添加支持列tx_name所有方法和键并选择方法。在返回的值对应于tx_id tx_name列。

• 更新文档。

1.5.1版本的变化:

错误修复

• 从元数据列在txBy tx_id摘除。

• 固定一个故障,致使exon_idx列从GTF字符如果创建的数据库。

ensemblVEP

的变化版本1.14.0:

新功能

• 添加支持运用85年和86年发布

epivizrData

999.999版本的变化:

• 这个消息文件只是一个占位符。版本999.999是不存在的。请阅读新闻在Github: < URL: https://github.com/epiviz/epivizrData >

epivizrServer

999.999版本的变化:

• 这个消息文件只是一个占位符。版本999.999是不存在的。请阅读新闻在Github: < URL: https://github.com/epiviz/epivizrServer >

epivizrStandalone

999.999版本的变化:

• 这个消息文件只是一个占位符。版本999.999是不存在的。请阅读新闻在Github: < URL: https://github.com/epiviz/epivizrStandalone >

erccdashboard

版本是1.7.2变化:

用户可见的明显变化

BUG修复和小改进

• 固定小Rd语法问题文件

• 增加了更多的importFrom调用文件名称空间

1.7.1上版本的变化:

用户可见的明显变化

BUG修复和小改进

• 固定的条件语句在testDEArray规范化的微阵列数据。

• 添加dev.off关闭最后一个情节,以防止Rplots。当在命令行上运行通过Rscripts pdf。

esetVis

的变化版本0.99.9:

• 更新文档

的变化版本0.99.8:

• 解决问题ggplot2情节当变量名包含空间

的变化版本0.99.7:

• 解决问题:没有注释样本/基因和returnAnalysis设置为TRUE

的变化版本0.99.6:

• 解决问题当returnAnalysis和没有顶级元素

的变化版本0.99.5:

• 带注释的一个基因/样本当topGenes / topSamples设置为1

的变化版本0.99.4:

• 升级包版本

的变化版本0.99.3:

• 支持对象的类“SummarizedExperiment”

的变化版本0.99.2:

• 增加版本号后订阅bioc-devel列表

的变化版本0.99.1:

• 添加额外的进口(包基地R) +装饰图案与清洁= FALSE

的变化版本0.99.0:

• 第一个版本的方案提交给Bioconductor

ExperimentHub

版本:1.0.0类别:包添加到版本3.4 BioC文本:

ExperimentHubData

版本:1.0.0类别:包添加到版本3.4 BioC文本:

fgsea

的变化版本0.99.8:

• 结果现在重现set.seed ()

的变化版本0.99.7:

• 性能改进:略好采样和更好的线段树

的变化版本0.99.6:

• 固定的错误与失败时零路径进行了分析

的变化版本0.99.5:

• 使用BiocParallel包代替平行

• 实现前沿分析(叶片列fgsea结果)

FindMyFriends

v1.3.3变化:

• 使用基于本土Rcpp图类和小团体提取算法

FitHiC

版本:0.99.0文本:

版本:0.99.1文本:在FitHiC.R语法

版本:0.99.2文本:benjamini_hochberg_correction R

版本:0.99.3文本:

版本:0.99.4文本:

版本:0.99.5文本:小插曲

flowCL

版本:1.11.1文本:

版本:1.11.2文本:

flowDensity

版本:1.7.1上文字:

flowPloidy

版本变化0.99.3 (2016-10-17):

内部变化

• 更新描述包括URL和BugReports字段,主要作为练习测试SVN访问和同步SVN < - > git

版本变化0.99.2 (2016-10-12):

内部变化

• 增加了一个新的ModelComponents槽,paramLimits,它允许上下限制为每个模型参数设置。(纠正错误,线性游荡小于1,无意义的结果)。

• 合理的范围符合NLS过程的数据。模型拟合和RCS计算,现在所有与本由fhStart标识。这选择最高强度(峰值)前20零频道,并忽略所有频道下面这一点。在此之前,相关的观察和自由度计算以一种特别的方式,使RCS值(更)难以解释;此外,单一和多值从一个频道,但RCS计算开始在另一个频道,这没有意义。

版本变化0.99.1 (2016-10-11):

用户可见的变化

• 装饰图案为BioConductor更新,包括安装说明

内部变化

• 添加访问ModelComponent和FlowHist类的函数,所以直接访问槽通过@运营商之外不再使用初始化功能。

• 一些与矢量化计算循环所取代

• 代替打电话eval与普通的函数调用nlsLM在flowAnalyze.R。

• 格式化的消息文件

版本变化0.99.0 (2016-08-25):

• 有什么新鲜事吗?到目前为止一切!

flowQB

2.1.1版本的变化:

用户可见的明显变化

• 所有新代码和新功能,妥善记录,由单元测试。

的变化版本1.21.0:

用户可见的明显变化

• 示例文件和数据被移到flowQBData包。

新功能

• 工作进展的功能,允许用户计算Q和B的乐器。

的变化版本1.20.1:

用户可见的明显变化

• 这是主要的重构的开始。现有的功能已被移除和功能要素。当前版本不是有用的任何用户,对不起。

新功能

• 现在没有,所有旧功能删除。

FunChIP

版本:0.99.0文本:

版本:0.99.3文本:

版本:0.99.4文本:

gCMAP

的变化版本1.17.3:

• 错误修复:Simpified mergeCMAPs函数。

• 错误修复:添加额外的进口名称空间,作为推荐的R CMD检查。

的变化版本1.17.2:

• 错误修复:名称空间文件添加矩阵的导入包。

的变化版本1.17.0:

• 错误修复:相机的新引进inter.gene补充道。软木camera_score-methods参数。

gCMAPWeb

的变化版本1.13.3:

• BUGFIXUpdated R CMD检查建议的名称空间通过增加进口。

的变化版本1.13.1:

• 与RStudio UPDATEAdded注意不相容。

gCrisprTools

版本:0.99.0类别:初始bioconductor提交。文本:

gdsfmt

的变化版本1.10.0:

• 版本号是Bioconductor撞发布3.4版本

的变化版本1.8.0-1.8.3:

• 版本号是Bioconductor撞发布3.3版本

• 定义C宏CoreDEF.h‘COREARRAY_ATTR_PACKED’和‘COREARRAY_SIMD_ATTR_ALIGN’

• SIMD优化比特和2比特数组编码/解码(例如,解码,原始输出:+ 20% 2比特,+ 50%比特)

geecc

版本变化1.7.7 (2016-09-19):

• 主要修订init和runConCub导致显著减少内存分配和运行时

• 加速的集合操作

• 纠正拼写错误在某些消息

宝石

版本变化0.99.3 (2016-05-24):

修改

• 添加savePlot GEM_GxEmodel GEM_Emodel

• 修改描述情节,编码的数据

版本变化0.99.2 (2016-05-21):

修改

• 改变F为FALSE, T真正的代码

• 本月添加单元测试

• 修改为SlicedData-class手册页

• 新闻修改为正确的格式

版本变化0.99.1 (2016-05-16):

修改

• 修改文件通过R CMD检查

genbankr

1.1.5版本的变化:

微小的变化

• 装饰图案改为使用系统文件检索示例文件,以应对ROpenSci评论家评论。

• 改变装饰图案从knitr builder rmarkdown回应ROpenSci评论家评论。

更改版本1.1.4:

修正

• 修复bug时存在和不annototated基因mRNA特性。地址https://github.com/gmbecker/genbankr/issues/1 1.0.4将补丁的一半

• 修复bug时加入包括不完整的范围(<和>)。地址https://github.com/gmbecker/genbankr/issues/1下半年将补丁1.0.4

更改版本1.1.3:

修正

• 修复bug在.seqTypeFromLOCUS当加入非字母数字字符(将补丁1.0.3版本。

GeneNetworkBuilder

1.15.2版本的变化:

• 修复bug filterNetwork错过miRNAlist时错误消息。

geneplast

版本1.0.0的变化:

• 1日Bioconductor释放geneplast [2015 - ? ?]。

GeneticsPed

2007-09-12版本的变化:

• 添加修剪修剪函数/削减谱系。它没有血统,但假设data.frame定义的结构。适应需要。

• 我们依赖遗传包自gpLong2Wide和hwp假设基因型类的输入。

• 添加了两个实用函数(gpLong2Wide和hwp)工作与谷歌价格指数()。还有一个单独的帮助页面。

• 内部修复gpi -不再需要为Fortran语言调用转置输入——检查没有在gp和hwp NA值

2007-04-25版本的变化:

• 版本撞遵循BioC版本。# 0.1.4

2007-04-19版本的变化:

• 添加内部. get *函数检索位置值和使用它。

2007-04-18版本的变化:

• CMD检查现在应该失败当R错误(通常叫停止())发生在单元测试。

• 添加单元测试,例子帮助页面和澄清帮助页面。

2007-04-06版本的变化:

• 新Falconer5.1小数据集。

• 添加(),性< - (),ascendantSex()和ascendantSex < -()函数。

• 添加了一些更多的测试relationshipAdditive, inverseAdditive和近亲繁殖。# 0.1.2

2007-04-01版本的变化:

• 现在我们更严格的ascendantSex参数值的血统()。它必须协议性列中的值,如果那是当然了。

• 添加到质量取决于由于使用documnetation分数()在许多地方。

• 添加装饰图案定量基因(动物)模型和model.matrix.Pedigree()函数用于教育目的。

• 创建数据目录和添加血统Mrode2.1和Mrode3.1示例。

• 为遗传关系矩阵添加单元测试应该测试所有相关的功能,主要是针对Mrode的书——runit.genRelMatrix.R例子。

• 参数类型和名称添加到inverseAdditive (), relationshipAdditive()和近亲繁殖()。

• 改写为relationshipAdditive核心()成矢量化的形式。

• 添加geneFlowT (), geneFlowTinv (), geneFlowM()和mendelianSamplingD()函数。

更改版本2007 - 04:

• 实现按血统信息排序。# 0.1.3

2007-03-02版本的变化:

• 注册的本地例程- src / register.cc。

• 添加谷歌价格指数()函数。# 0.1.1

• 暂时删除未知函数,由于计划搬到BioC S4和改变。

• 完全取决于现在gdata - >删除ggmisc。

2006-03-29版本的变化:

• codeUnit获得主题和祖先的内部代码如果使用因素。

• nlevels处理未使用的水平。血统和总结。血统现在产生一个简单的总结

• 开始实施检查。血统和朋友

• 适当的因素处理

2006-03-16版本的变化:

• 和NA /未知的代表——很可能我搞砸了一些因素- >主题的变化。# 0.1版本

• 初始版本#新闻到此结束

genomation

1.5.6版本的变化:

新功能和特性

• annotateWithFeatures()函数添加一个注释基因区间重叠操作基地的多样性。

• heatTargetAnnotation()返回一个热图与注释功能基因组的百分比区间重叠。这些函数比旧的更一般的注释功能,可用于各种各样的设置。

• plotGeneAnnotation depracated(),使用heatTargetAnnotation ()。它做同样的工作,有更多的功能。

1.5.5版本的变化:

改进和错误修正

• 固定警告相关ScoreMatrix和ScoreMatrixList“[”功能

• 固定的问题“scoreMatrixList滴名字后构造子集# 141”

• 固定问题”heatMeta返回一列不是矩阵# 142”

• 固定装饰图案的问题,现在事情不取决于knitrBootstrap # 143

1.5.4版本的变化:

改进和错误修正

• 如果链。知道= TRUE和农庄对象提供给ScoreMatrix / ScoreMatrixBin windows没有按坐标排序,然后结果是扭曲的。

1.5.3:更正版本的变化

改进和错误修正

• 数在cpp bam更快。快速检索的图书馆规模在c++中使用Samtools idxstats-like由alexg9010实现代码。

1.5.2版本的变化:

改进和错误修正

• 合并更新BioC SVN储存库:elementLengths改名为中- > elementNROWS S4Vectors(新名称反映了真实的)——使用新invertStrand()而不是GenomicAlignments::: invertRleStrand()——撞创建3.3之前版本分支,凹凸版使用knitr小品文的所有包,和凹凸版触发重建既然流苏包()的荷兰国际集团(ing)的问题。

GenomeInfoDb

的变化版本1.10.0:

新功能

• 添加mapGenomeBuilds()函数之间的映射UCSC的构建和运用。

• 添加genomeBuilds()函数,列出所有可用的UCSC或运用构建对于一个给定的有机体[s],可用于mapGenomeBuilds ()

• 添加listOrganism(),列出所有当前可用生物[s]包括用于genomeBuilds ()

弃用,已经

• 被弃用后,GenomeDescription对象的物种()方法早已作古

修改

• 斑胸草雀是删除选择fetchExtendedChromInfoFromUCSC(),因为它还没有支持

• keepStandardChromosomes()选择第一个风格当多个匹配

错误修复

• 修复警告发生在确定风格keepStandardChromosomes ()

GenomicAlignments

的变化版本1.10.0:

新功能

• GAlignmentPairs容器现在支持与不和谐的双链和/或seqnames。“农庄”和“范围”on.discordant GAlignmentPairs对象的方法得到新的论点”。seqnames让用户控制如何处理与不整合seqnames配对。看到了什么? GAlignmentPairs以获取更多信息。

• 为GAlignmentPairs对象添加“invertStrand”方法。

• use.names的参数添加到“范围”、“农庄”,“grglist”和“rglist”GAlignments和GAlignmentsList对象的方法。

• 添加“农庄”和“use.names”参数为GAlignmentPairs对象“grglist”方法。

• 为GAlignmentPairs对象添加“范围”的方法。

用户级的重大变化

• ”的论点pileLettersAt()现在将gpo对象(农庄组织仍然接受)。

• 50 x加速GAlignmentPairs农庄组织()器的对象。改进是基于阿恩·穆勒的建议。

弃用,已经

• 删除左右()和()泛型和方法(已经在BioC 3.3)。

• 删除的转化。链的“第一”和“最后”方法论证GAlignmentPairs对象(已经在BioC 3.3)。

• 删除链()setter GAlignmentPairs对象(已经在BioC 3.3)。

• 删除“order.as.in。查询的参数GAlignmentPairs对象“grglist”方法和“grglist”和“rglist”方法GAlignmentsList对象(已经在BioC 3.3)。

错误修复

• 解决“use.names = FALSE”“grglist”和“rglist”GAlignmentsList对象的方法。

GenomicFeatures

版本:1.26类别:新功能文本:makeTxDbFromGRanges()现在lnc_RNA类型的识别特征,antisense_lncRNA, transcript_region pseudogenic_tRNA,成绩单。

版本:1.26类别:新功能文本:添加“intronJunctions”参数mapToTranscripts ()。

版本:1.26类别:用户可见的重大变化:

版本:1.26类别:弃用和已经文本:“val”论点的“成绩单”,“外显子”、“cd”,“基因”方法TxDb对象现在已经(在BioC弃用3.3)。

版本:1.26类别:弃用和已经文本:TxDb对象的“物种”的方法现在已经(在BioC弃用3.3)。

版本:1.26类别:BUG修复文本:

GenomicRanges

版本:1.26.0类别:新功能文本:添加的。revmap GRangesList对象的“减少”方法的参数。

版本:1.26.0类别:新功能文本:添加的。revmap各种“分离”方法的参数。

版本:1.26.0类别:新功能文本:makeGRangesFromDataFrame()现在试图打开“开始”和“结束”列的数据帧输入数值向量如果不已经。

版本:1.26.0类别:新功能文本:添加makeGRangesListFromDataFrame()函数。

版本:1.26.0类别:新功能文本:添加GenomicRanges对象的“总结”的方法。

版本:1.26.0类别:新功能文本:添加“use.names”参数农庄(),grglist(),和rglist()泛型和方法,以及一群“范围”方法(农庄、gpo GNCList, GRangesList,和DelegatingGenomicRanges)。默认是正确的保护现有的行为。

版本:1.26.0类别:新功能:添加使用。mcols gpo的“范围”方法的参数对象。

版本:1.26.0类别:重要的用户级更改文本:

版本:1.26.0类别:弃用和已经文本:

版本:1.26.0类别:BUG修复文本:修复BUG distanceToNearest()相关的范围从0开始。

版本:1.26.0类别:BUG修复文本:修复农庄(Seqinfo ())。

GenRank

版本:1.0.3类别:轻微的修改装饰图案和添加一些数据。改变了RankProduct方法处理丢失的证据在证据层文本:

GenVisR

1.1.5版本的变化:

• 使用添加澄清cnFreq (cnFreq需要一致的窗户样品!)

• 小文件的变化

• 错误修正为lohView VAF值不再假定为从0 - 100和可能的范围从0 - 1

ggtree

的变化版本1.5.17:

• 阅读。nhx支持newick文件< 2016-10-17,星期一> + https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/79

的变化版本1.5.16:

• 阅读。phyloT解析newick phyloT的格式输出< 2016-10-11,星期二> + https://www.biostars.org/p/210401/ 216128

• 固定aes映射geom_strip < 2016-10-11,星期二>

• 检查固定的R < 2016-10-10,星期一> +检查。aes参数还没有发布版本中可用的ggplot2

的变化版本1.5.15:

• 检查。中定义的层aes ggtree < 2016-10-07,星期五>

• 重新计算“角”崩溃,扩大和旋转进化枝< 2016-10-06,清华> + https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/78

的变化版本1.5.14:

• 提示在子集geom_tiplab2 < 2016-10-05,结婚>

• 添加compute_group根据ggplot (v2.1.0) < 2016-09-29,清华> + https://github.com/hadley/ggplot2/issues/1797

• 单元测试groupOTU和groupClade < 2016-09-22,清华>

• groupOTU标签组,输入组名(当输入一个命名列表)< 2016-09-22,清华>

• 更新角度计算geom_tiplab < 2016-09-13,清华>

• 作为。多分枝崩溃二叉树多分枝,应用“有趣”选择“功能”(如引导价值不到70)。< 2016-09-13,星期二> +目前只支持phylo对象。+为as.polytomy添加测试

的变化版本1.5.13:

• facet_plot绘图数据与树< 2016-09-06,星期二>

• 多个参数的列名gheatmap < 2016-09-06,星期二> + colnames_angle + colnames_offset_x + colnames_offset_y + hjust

• 偏移量参数geom_tiplab和geom_tiplab2 < 2016-09-05,我的>

的变化版本1.5.12:

• 使用数据在所有层的子视图的基本层协调计算< 2016-09-01,清华>

• 臭虫固定在子视图,宽度和高度应宽/ 2 &高/ 2 < 2016-09-01,清华>

的变化版本1.5.11:

• gheatmap与矩阵< 2016-08-28,太阳> + https://groups.google.com/forum/?utm_medium=email&utm_source=footer !味精/ bioc-ggtree / 2 ylvxhmjj6u / c4zS7yfGCAAJ

• 支持解析表达式geom_strip < 2016-08-18,清华>

• 臭虫固定在geom_tiplab < 2016-08-17,结婚> + https://groups.google.com/forum/?utm_medium=email&utm_source=footer !味精/ bioc-ggtree Tm9ULK7hd9E / HviXEh3CBwAJ

• 更新引用信息,添加doi。< 2016-08-16,星期二>

的变化版本1.5.10:

• 固定的问题# 72的标签geom_treescale不会显示< 2016-08-16,星期二> + https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/72

更改版本1.5.9之后:

• 更新引用信息< 2016-08-12,星期五>

的变化版本1.5.8:

• 在geom_cladelabel添加颜色参数,长度为1或2的颜色应该是< 2016-08-11,清华>

• geom_cladelabel支持解析表达式< 2016-08-11,清华>

1.5.7版本的变化:

• geom_strip可以接受分类单元的名称作为输入标签条却不支持。支持标签,用户需要输入节点id < 2016-07-27,结婚>

• nodeid函数转换节点标签(s)节点id (s) < 2016-07-27,结婚>

1.5.6版本的变化:

• 消除依赖Biostring安装ggtree < 2016-07-21,清华> +仍然需要为建筑装饰图案和FASTA文件处理

• 删除依赖的建造和安装ggtree EBImage < 2016-07-21,清华> +包仍然需要如果用户想注释与图像文件树

• % < + %现在使用tbl_df < 2016-07-21,清华> + https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/66

• 识别方法ggtree < 2016-06-28,星期二> +见https://guangchuangyu.github.io/2016/06/identify-method-for-ggtree

• geom_balance由贾斯汀·西尔弗曼< 2016-06-22,结婚> +见https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/pull/64

1.5.5版本的变化:

• 更新geom_tiplab2根据角变化引入的open_tree < 2016-06-20,我的>

• 臭虫固定在崩溃,现在与崩溃的进化枝包含subclade已经倒塌的< 2016 - 06 - 02年清华>

• 如果时间尺度树扩展到公元前bug修复。< 2016-06-02,清华>

  • 作为。日期不会为公元前工作时间。+。默认日期= FALSE在增强方法中,就利用这段时间在十进制格式(实数,而不是约会对象)。

1.5.4版本的变化:

• reroot raxml对象方法< 2016-05-22,太阳>

• 固定在scaleClade bug,现在y位置(希望)总是正确的。< 2016-05-20,星期五>

• 臭虫固定在崩溃< 2016-05-20,星期五> +如果用户节点崩溃倒塌的后代节点,直接打印警告味精和返回树

• 使用字节编译器< 2016-05-18,结婚>

• 改变任何(is.na ()) anyNA()这是更有效的< 2016-05-18,结婚>

• https://github.com/Bioconductor-mirror/ggtree/commit/559548c66b51253e8ccb983d353385838a81f106

1.5.3:更正版本的变化

• 添加示例小插曲< 2016-05-13,星期五> +添加风扇布局的例子treeVisualization装饰图案+添加open_tree和rotate_tree例子treeManipulation装饰图案

• 添加角ggtree函数,风扇布局支持< 2016-05-12,清华>

• rotate_tree open_tree功能< 2016-05-12,清华>

• 支持阅读野兽MCC树(多个树在一个文件)通过阅读。野兽函数< 2016-05-12,清华>

• https://github.com/Bioconductor-mirror/ggtree/commit/51eec4721595c274c24dc4df2f1fdf40700cb1a5

1.5.2版本的变化:

• 添加的多图ggtreeUtilities装饰图案> < 2016-05-12,清华

• 添加集成用户的数据的示例使用phylo4d treeAnnotation插曲< 2016-05-11,结婚>

• 添加扩展,extendto参数geom_hilight < 2016-05-10,星期二>

• geom_hilight现在支持hilight提示< 2016-05-10,星期二> + https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/53

• 更准确的ylim &角圆形布局< 2016-05-10,星期二> + https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/40

• 支持https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/47 < 2016-05-10,星期二> + phylo4d对象

1.5.1版本的变化:

• 更新小插曲< 2016-05-10,星期二> +添加geom_range例子在treeImport +添加geom_strip geom_taxalink例子在treeAnnotation +添加ggtreeUtilities装饰图案

• gheatmap目前仅有的一列与data.frame < 2016-05-09,星期一> +由贾斯汀•西尔弗曼jsilve24@gmail.com+ https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/pull/57

• geom_strip相关类群的< 2016-05-09,星期一> + https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/52

Glimma

的变化版本1.2.0:

• 添加选项关闭内部cpm变换(变换= FALSE) MD阴谋。

• 增加网格线MD阴谋。

• 添加输入表搜索框搜索MD情节。

• 添加示例。上校s argument to MD Plot.

• 添加data.frame处理MDS组参数的阴谋。

• 添加选项不使用计数参数。

• 添加选项不使用伊斯兰教纪元的论点。

• 添加glXYPloy更一般的策划。

• 添加选项使用数值“团体”MD阴谋。

• 固定在相同的目录中覆盖多个情节彼此的数据。

• 在注释打破固定的逻辑值图。

• 固定的数值不工作的颜色。

1.1.0版本的变化:

• 添加表MD阴谋。

globalSeq

改变版本1.1.0 (2016-10-18):

• 小的改进

GOexpress

1.7.1上版本的变化:

一般更新

• 更新电子邮件地址。

还装有

版本:0.99.2文本:

GOSemSim

的变化版本1.99.4:

• 固定在R检查< 2016-08-12,星期五>

• 添加单元测试使用testthat < 2016-08-11,清华>

的变化版本1.99.3:

• 改变以满足meshsim包< 2016-08-05,星期五>

的变化版本1.99.2:

• 固定Rcpp问题< 2016-07-19,星期二> + https://github.com/GuangchuangYu/GOSemSim/issues/6

的变化版本1.99.1:

• 更新装饰图案> < 2016-07-14,清华

的变化版本1.99.0:

• 支持所有的生物体都有OrgDb对象< 2016-07-05,星期二>

• 王优化方法< 2016-07-04,我的>

的变化版本1.31.2:

• 使用字节编译器< 2016-05-18,结婚>

• https://github.com/Bioconductor-mirror/GOSemSim/commit/71c29280c560e0293569121aeeecb0ed7b37055a

的变化版本1.31.1:

• https://github.com/Bioconductor-mirror/GOSemSim/commit/a829a50a017b90f08c41b5955df176dfad333d06

gprege

版本变化1.17.1 (2016-10-07):

• 下载网址下载DellaGattaData所取代。RData而建筑装饰图案。

GSALightning

版本:1.1.1类别:编码文本:

版本:1.1.1类别:添加“maxmean”统计文本:

版本:1.1.1类别:添加“wilcoxTest Mann-Whitney-U测试单基因分析文本:

版本:1.1.1类别:默认为GSALight()现在与restandardization maxmean文本:

版本:1.1.1类别:修复一些问题让GSALight()相当于埃夫隆的GSA和Tibshirani文本:

版本:1.1.1类别:目标基因列表现在是一个列表,而不是数据表:

版本:1.1.1类别:现在的小插图包含一个全面的用户指南文本:

版本:1.1.1类别:所有文件都更新相应的文本:

版本:1.1.2类别:添加“importFrom(“统计”、“p。调整”、“rbinom”、“var”、“wilcox.test“)”名称空间文本:

版本:1.1.2类别:进口“统计数据”描述文本:

版本:1.1.2类别:添加手册”wilcoxTest文本:

版本:1.1.3类别:Bioconductor版本更新文本:

版本:1.1.5类别:更新引用和手动和装饰图案文字:

版本:1.1.5类别:添加Github URL文本:

版本:1.1.6类别:固定的permTestLight默认设置()通过添加匹配。参数和设置nperm = NULL文本:

GSAR

版本1.8.0的变化:

• 新功能介绍了联合化疗。它实现了非参数多变量测试意味着基于样本排名在MST类似功能键糟,但检验统计量之间的平均偏差CDFs的两个条件。

• 新功能RMDtest介绍。它实现了一个非参数多变量测试基于样本的方差在MST排名RKStest相似函数,但检验统计量之间的平均偏差CDFs的两个条件。

• 新功能AggrFtest介绍。它实现了非参数检验方差通过聚合获得的单变量假定值野生使用费舍尔的概率相结合的方法。测试假设所有基因的基因集显示无显著差异在两个条件之间的差异对备择假设,至少一个基因的基因集显示显著差异在两个条件之间的方差。

• findMST2新功能。PPI的介绍。它找到的第一和第二mst findMST2相似的功能,但它接受一个对象类igraph作为输入,而基因表达数据的一个矩阵。输入igraph对象代表一个(PPI)蛋白质间交互作用网络可以二进制或加权,直接的或间接的。

• 新的包装器函数TestGeneSets介绍。它执行一个特定的统计方法从可用的包GSAR多个基因集。基因集作为特征向量,其中每个条目的列表提供的特性(基因)标识符在一个单一的基因集。

• pvalue新观点。只添加到包中所有可用的统计方法。当pvalue。只= TRUE(默认),每只统计方法返回假定值。当pvalue。只有= FALSE,每个统计方法返回一个列表的长度3组成的观察统计,向量排列统计,假定值。

• 新的参数的腿。x,腿。y, group1.name group2.name,标签。颜色,标签。dist,顶点。大小,vertex.label。字体和边缘。宽度plotMST2添加到函数。路径生成块允许更大的灵活性。这些参数的值传递给函数plot.igraph。

GSEABase

1.35版本的变化:

错误修复

• 有多行警告和错误会失败而不报告错误消息。

• getGmt(),去GeneSetCollection方法快得多。

吉他

的变化版本1.11.9:

• 添加“combinedGuitarPlot”功能,支持的比较不同物种在一个图中。

• 允许重新调节

GWASTools

的变化版本1.19.1:

• 加快corr.by。在duplicateDiscordance snp。

哈曼

的变化版本1.2.0:

• 动态调整大小传说pcaPlot根据批次的数量

• 一个自定义prcomp函数来得到相应的分数。标准的R prcomp功能不工作在实例样本的数量(矩阵列)大于化验(矩阵的行)的数量,所以需要一个特例不如样本化验。我们需要使用u ',而不是v的圣言。目前,这是在发展,所以如果行<关口则抛出一个错误。

• 缩放prcompPlot现在有一个参数,默认值为FALSE。以前,扩展总是正确的。这种新的默认让prcompPlots情节同意的“原始”阴谋策划harmanresults对象。

• 广泛的装饰图案的更新与新的比较从上海广电战斗。

更改版本1.0.2中:

• 第一次公开Bioconductor版本。

HDTD

版本变化1.7.1上(2016-09-15):

• 引用文件更新。

hiAnnotator

1.7.1上版本的变化:

• 代码编辑间距和名称空间冲突解决

HIBAG

的变化版本1.10.0:

• 版本号是Bioconductor撞发布3.4版本

的变化版本1.9.0-1.9.3:

• 开发版

的变化版本1.8.0-1.8.3:

• 版本号是Bioconductor撞发布3.3版本

• 新参数的pos。开始”和“pos。结束的hlaFlankingSNP ()

hiReadsProcessor

1.9.3版本的变化:

• 名称空间修复基地R包缓解构建错误

• 更新findOverlap调用使用新的下降。自我&下降。冗余参数

1.9.1版本的变化:

• 使用readxl进口sampleInfo excel文件

• 小代码改进合并内部对象和清理数据

• 删除参数交互式阅读。SeqFolder赞成基地::互动()

• 使用ignoreRedundant & ignoreSelf findOverlap调用更新

• splitSeqsToFiles接收outDir参数

HiTC

的变化版本1.17.1:

新功能

• 新的getPearsonMap函数。将产生相关地图使用的pca分析

• 主成分分析。嗝函数现在能够检测并分配A / B室如果提供了基因注释

用户可见的明显变化

• 减少对HTClist方法对象的更新

• 更新getExpectedCounts函数的两种方法;黄土和意思。均值方法允许使用的均值估计预期的计数对角矩阵。高分辨率的地图的方法建议,以防当黄土平滑可以花时间,可能不给好的结果

• 默认情况下,观察/实验地图现在集中在计算皮尔逊相关地图。这让小值的相关性的价值相关性大的值

• 从importC asRangedData现在已经弃用由于rtracklayer变化

• normPerExpected函数现在报告0而不是NA避免误差相关性计算

错误修复

• 在directionalityIndex修复bug。输入数矩阵转换为密度矩阵计算

hpar

的变化版本1.15.3:

• HPA 15版本更新,新数据集的< 2016-09-14 >结婚

1.15.2版本的变化:

• 版本撞击触发重建既然流苏包()的荷兰国际集团(ing)问题被正确识别。knitr不会创建潺潺流水()' ed (Stangle当量)如果r文件R_CHECK_TIMINGS设置,构建系统的设置。现在不是,现在这些r文件创建。见https://github.com/yihui/knitr/issues/1212。r117512 | d。特南鲍姆| 2016-05-15 21:14:22 + 0100(太阳,2016年5月15日)| 6行

1.15.1版本的变化:

• 凹凸版使用knitr小品文的所有包。这是由于一个问题(现在固定)knitr未能创建流苏装饰图案来源()的ed R文件,包括他们在包。这个版本撞击会导致这些包传播与R文件包括在内。r117081 | d。特南鲍姆| 2016-05-03 22:30:44 + 0100(2016年5月03日星期二)| 2行

的变化版本1.15.0:

• Bioc 3.3版本

HTSFilter

的变化版本1.13.1:

• ——装饰图案的固定病菌导致的错误消息在dev(新的estimateDisp函数有关的磨边机包)-现在所有的文档自动通过Roxygen DESeq管道(CountDataSet对象)现在弃用功能——通过BiocParallel添加对并行计算的可能性——Recorrect多个测试假定值的校正DESeq2框架(只有正确假定值基因通过过滤器)使用pAdjustMethod HTSFilter和HTSBasicFilter函数参数——开始添加单元测试框架

illuminaio

版本变化0.15.1 (2016-08-27):

• 现在包时卸载DLL包卸载。

版本变化0.15.0 (2015-05-03):

• 版本号是撞Bioconductor猛击版本,目前BioC v3.4 R (> = 3.3.0)。

InPAS

1.5.7版本的变化:

新功能

• 减少内存InPAS运行。

1.5.6版本的变化:

新功能

• 添加一个参数来控制搜索近端站点从两个方向。

1.5.5版本的变化:

新功能

• 从两个方向搜索近端网站。

1.5.4版本的变化:

新功能

• 分类小说远端事件为“小说远”和“截断远”

错误修复

• 在proximalAdjByCleanUpdTSeq修复bug。

1.5.1版本的变化:

新功能

• 新功能coverageRate质量控制。

错误修复

• 修复错误时并不是所有的seqnames bedgraphs CPsites。

InteractionSet

1.1.6版本的变化:

• 允许规范的空行/列参数膨胀()。

• 修复测试和代码更新BiocGenerics, S4Vectors。

• 引用添加到F1000Res文章。

首次公开募股

1.7.5版本的变化:

• unix系统上添加使用聚类方法叉(由于巴勃罗Moreno)

• 固定在并行bug,以防止冲突包“雪”

1.7.4版本的变化:

• 之前parallel-functions与并行::使用正确的包

• 固定错误函数writeRScript使用“黄土”保留时间软木。

• 减少运行时R CMD检查IPO

1.7.3版本的变化:

• 添加了可运行的例子

• 减少图片的大小片段/ rsmDirectory

• 减少了运行时的单元测试

• 取代扩张。与expand.grid网格。在utils.R子集()

版本是1.7.2变化:

• 错误修复:试图阻止calcPPS误差可能引起的NAs

• 更换猫()和print()调用和消息()

1.7.1上版本的变化:

• 检查与窦峰形曲线的相关性(π-π/ 2 * 1.5),正态分布或checkBorderIntensity

• findIsotopes。首次公开募股renamed parameter checkBorderIntensity to checkPeakShape

• 性能改进calcPPS checkPeakShape = FALSE

• 计算xcmsSet-object和各自的PPS为每个DoE。(PPS估计不再是rsm)

• 另外转发nSlaves xcmsSet-function(也看到getDefaultXcmsSetStartingParams ())

的变化版本1.7.0:

• 添加支持XCMS-method retcor.loess

• 帮助文件更新

• getRGTVValues改变返回值

• 采用单元测试

• 可以设置参数scanrange XCMS-methods findPeaks但不优化

1.6.2版本的变化:

• 更新了getNormalizedResponse()函数来防止NAs

1.6.1版本的变化:

• 添加安装脚本和安装在装饰图案描述

1.6版本的变化:

• 添加支持相机同位素识别(findIsotopes.CAMERA)

• findIsotopes的选择性。首次公开募股may be increased if checkBorderIntensity is set to TRUE: ‘maxo’ of each peak of an isotopologue must be three times higher than the intensities at ‘rtmin’ and ‘rtmax’

• 简化的返回值calcPPS()向量和有意义的名称

• 改变getDefaultXcmsSetStartingParams () min_peakdwidth = c对ppm(28)和c(17日32)

的变化版本1.5.7.1:

• 使用预测()来确定最佳水平和扩大。网格生成testdata模型

1.5.7版本的变化:

• 支持单一参数优化。只有基本版本冗余水平连续

• 删除integer-rounding最大集中所有findPeaks参数除了预滤器(I)和步骤

• 更新文档与代码

• 删除使用getwd()防止绝对子目录路径

1.5.6版本的变化:

• 更新后的装饰图案

• 通常使用中心合成设计而不是Box-Behnken设计

• 固定的错误在定义子目录功能optimizeXcmsSet和optimizeRetGroup =零

• 修改处理版本> 1.5.6单元测试

• 添加函数writeRScript名称空间的出口

• 男人optimizeXcmsSet和optimizeRetGroup更新

1.5.5版本的变化:

• 增加可靠的山峰在calcPPS的回忆。改变了PPS计算指数从1.5到2

的变化版本1.5.4.8:

• 删除文件查找optimizeXcmsSet,离开那个xcmsSet ()

的变化版本1.5.4.7:

• 影响使用串行评估如果nSlaves = 1,帮助调试

的变化版本1.5.4.6:

• 删除依赖Rmpi

的变化版本1.5.4.5:

• 添加来自msdata例子

• 解决取决于进口和图书馆()和要求()调用

的变化版本1.5.4.4:

用户可见的变化

• 打包脚本

• 改变了方法名attachparams attachList

• 改变了方法名calculateRGTV getRGTVValues

• 改变了方法名getDefaultStartingXcmsParams getDefaultXcmsSetStartingParams

• 改变了方法名typeCastFactor typeCastParams

• 改变了方法名writeRSkript writeRScript

• 改变了参数名n_slaves nSlaves

• resultIncreased:如果最后优化分数是0,没有发现因此同位素数据集不是optimizable IPO。

• 添加attachList人文件、calcPPS combineParams, createModel,解码,decodeAll,编码,getBbdParameter, getCcdParameter, getDefaultRetCorCenterSample, getDefaultRetGroupStartingParams, getDefaultXcmsSetStartingParams, getNormalizedResponse, getRGTVValues, IPO-package, optimizeRetGroup, optimizeXcmsSet, startSlaves, toMatrix typeCastParams

• 删除xcmsSetsettingsAsString.R

• getResponses:现在能够处理NULL值为片参数

• calcPPS:山峰同位素标识之前删除了NA值

• 如果子目录为空,没有rsm保存

• optimizeXcmsSet: lowere最小值min_peakwith从5到3 # IPO_V1.5.4.3: *唇计算calcPPS固定# IPO_V1.5.4.2: *添加初始参数检查# *重命名所有factor-variables params optimizeXcmsSet # *: -也寻找mzML-files #检查如果发现文件# * bug matchedFilter固定的优化;σ和mzdiff #研究后(combineFactors())当σ和步骤以及步骤已知# IPO_V1.5.4.1: calcPPS变化:# rt_window < - rt * 0.005 # rt_lower < - part_peaks (,“rt) - rt_window # rt_upper <——part_peaks [“rt”) + rt_window # IPO_V1.5.4:如果bad_group = = 0;bad_group = 1 & & good_group + = 1 # IPO_V1.5.3:没有同位素检测的参数。# c13_peak (,“mz”)必须在(mzmin + isotope_mass)和(mzmax + isotope_mass) # c13_peak (,“rt”)必须在(rtmin + isotope_mass)和(rtmax + isotope_mass) # IPO_V1.5。:在RCSandGSIncreased:还用good_groups ^ 2 # IPO_V1.4。:矢量化同位素标识;#没有窗口,强度最大的碳强度和1 # IPO_V1.3之间。:good_groups ^ 2增加召回

IRanges

的变化版本2.8.0:

新功能

• 现在支持”和“分离”的方法。revmap”的论点。

• 添加“反转”参数subsetByOverlaps(),像grep()的转化。

• 为RleList对象添加“unstrsplit”方法。

• findOverlapPairs()允许将“主题”失踪自我配对。

• 添加“联盟”,“相交”和“setdiff”方法对。

• 添加距离、对缺失的方法。

• 添加ManyToManyGrouping FactorList和DataFrame强制目标。

• 添加点击- >列表和点击- > (ManyToMany)分组胁迫。

• 添加”。垫rix” method for AtomicList objects.

• 添加“selfmatch”、“复制”、“秩序”,“等级”,“中等”CompressedAtomicList对象的方法。

• 添加“anyNA”方法确保CompressedAtomicList对象递归= FALSE。

• 为CompressedRleList对象添加“的意思是”方法。

• 支持“全球”的观点”。分钟”和“哪个。马克斯为CompressedAtomicList对象”方法。

用户可见的明显变化

• 使mstack、向量法更符合堆栈,列表的方法。

• 优化和文档强制AtomicList RleViews对象。

弃用,已经

• 现在已经(在BioC弃用3.3):——RangedDataList对象。——RDApplyParams对象和rdapply ()。——“分裂”和“减少”RangedData对象的方法。——“ignoreSelf”和/或“ignoreRedundant”参数findOverlaps,向量,失踪的方法(也称为“自我findOverlaps”方法)。- grouplength () - GappedRanges对象。

错误修复

• 解决特殊意义的findOverlaps maxgap当类型=“内”的论点。

• isDisjoint (IRangesList())现在返回逻辑(0),而不是NULL。

• 修复重组()和组织建设。

• 固定排名,CompressedAtomicList方法。

• 重复修复fromLast = TRUE, CompressedAtomicList方法。

等压线

的变化版本1.19.1:

• 修复错误subsetIBSpectra和排除进口和名称空间(Laurent与< 2016-10-07 >星期五)

isomiRs

1.1.5版本的变化:

其他人

• 抑制信息readr时阅读

• 加法指令如何创建DESeq2对象id。

更改版本1.1.4:

其他人

• 添加mRNA-miRNA集成

1.1.2版本的变化:

其他人

• 更新版本dependecy包

iva

1.5.1版本的变化:

• MsqtlFinder调试错误的结果是零。

• 调整GTF和SNP位点数据之间的对应名称。

• 改变测试UTR区域。

• 调试错误的箱线图,calSignificant sqtlfinder。

JunctionSeq

1.3.4版本的变化:

一些小错误修正

• 手动更新,以反映变化的最新版本QoRTs:现在mergeNovelSplices函数自动计算规模因素,如果大小因素不明确。

• 固定手动输入错误。

• 错误修复:基本功能现在没有人造石铺地面工作文件被指定(按规范)

• 迭代版本号Bioconductor版本相匹配。

• 添加能够抑制DESeq2计数容器对象的创建(高级用户)。

烤肉串

1.7.3版本的变化:

• 引文信息文件的修复

• 修复本月/新闻

版本是1.7.2变化:

• 版本号撞Bioconductor构建服务器相关技术原因

1.7.1上版本的变化:

• 版本号撞Bioconductor构建服务器相关技术原因

的变化版本1.7.0:

• 新分支Bioconductor 3.4重击

kimod

版本:1.1.1文本:

LedPred

版本:1.7.4文本:处理错误时,至少有一个特性的一些培训褶皱ModelPerformance简历算法都值0 - >删除它

版本:1.7.3文本:固定相反的特性在某些情况下weigths的迹象

版本:1.7.3文本:LedPred函数返回对象的更多信息

版本:1.7.1上类别:热修复补丁:固定预测文本的迹象:

limma

的变化版本3.30.0:

• 新功能cumOverlap()来分析两个有序列表之间的重叠。

• detectionPValues()的新函数来计算从负控制探针检测假定值。

• fitmixture()的新函数来估计genewise褶皱变化和表达式值混合实验。以前这个函数只能作为illumina公司包的一部分,可以从http://bioinf.wehi.edu.au/illumina

• logcosh()的新函数来计算日志(cosh (x))准确没有浮动下溢或溢出。

• 默认设置为“inter.gene。天哪’和‘use.neg。软木的相机参数()已经改变了。相机()现在使用默认的预设值inter-gene相关性。这效果,它往往排名高粘住,biologically-interpretable比以前更高。

• 新灵活性烤()和mroast()函数,类似于以前为弗莱()实现。每个基因的索引向量组现在可以data.frame,允许每个基因将有自己的一套基因权重。指数现在可以选择基因的名字,而不是一个向量的向量的指数。烤()和mroast()现在支持的经验贝叶斯选择squeezeVar ()。烤()和mroast()现在可以接受,通过“…”,任何争论通常会传递给lmFit()或ebay ()。

• 标准化= "后细微的变化。sd”弗莱()方法。

• goana (), alias2Symbol()和alias2SymbolTable()现在对任何物种基于Entrez基因生物包存在。

• “物种”的观点kegga()现在可以接受任何Bioconductor物种缩写。

• topGO()现在优惠的基因数量关系的术语和术语的名称如果假定值是相等的。(这是topKEGG一样的行为)。

• 新参数“阴谋”plotMDS(),可以允许一个MDS对象返回没有情节。

• 新参数“注释”和“详细”read.idat ()。第一个允许用户读取所需的列的清单文件。

• 新参数的pch。y’和‘pch。为plotRLDF z”。

• 不必要的争论‘设计’从fitted.MArrayLM删除。

• 现在normalizeBetweenArrays()检查是否输入“对象”是data.frame,并转化成一个矩阵,如果可能的话。

• duplicateCorrelation()现在扩大使用expandAsWeights权重(),使它符合lmFit ()。

• 洛斯行由plotSA()现在更健壮的NA方差。

• 更多的信息错误消息轰()当只有一个行数据。

• 更多的信息错误消息getEAWP()和lmFit()当“对象”是一个非规范化数据对象必须执行哪些操作。

• 更新Phipson et al(2016)参考健壮的经验贝叶斯。

• 错误修复fitFDistRobustly(),在某些情况下试图节省额外的(非法)的结果并没有计算。

• Bug修复与健壮的弗莱()= TRUE或者当“指数”零的名字。

• 错误修复propTrueNull()方法时=“嘘”和所有的假定值都小于1 / nbins。

• Bug修复alias2Symbol expand.symbol = TRUE ()。

林肯

1.1.6版本的变化:

新功能

• 现在有一个链接到一个GitHub库包含在包小插图示例数据“justlinc”可以从这个网站下载。

用户级的重大变化

• 中的基因可以作为基因符号或其他keytypes使用函数返回“getcoexpr”。

错误修复

• 标准参数值“singlelinc”现在一致的定义泛型函数和方法。

LOBSTAHS

2016-04-21版本的变化:

• 初始释放Bioconductor

M3D

版本:1.7.4文本:

版本:1.7.5文本:

版本:1.7.11文本:

版本:1.7.12文本:

maftools

的变化版本0.99.50:

无显著变化

• 合杀威杀虫剂在annovartomaf修复。

• 降雨量图改进,更好地处理空重叠群。

• 更好的解析HGVSp注释。

• 使用默认值的读。我们从假的变成真的。

• 国旗的笔记

• 添加引用文件。

的变化版本0.99.45:

无显著变化

• 合杀威杀虫剂修复在oncoplot rowbar。

• 合杀威杀虫剂在subsetMaf修复。

• 在read.maf更好的错误消息。

的变化版本0.99.40:

无显著变化

• 合杀威杀虫剂在plotMAFsummary修复。

• 支持ComplexHeatmap的新版本。

的变化版本0.99.34:

用户级的重大变化

• 降雨情节可以检测katageis detectChangePoints时是正确的。

无显著变化

• 合杀威杀虫剂修复。

的变化版本0.99.33:

新功能

• icgcSimpleMutationToMAF——转换ICGC Simpale体细胞突变格式

用户级的重大变化

• 现在读。加验证加重复变量映射到多个相同基因的转录。

无显著变化

• 固定的小插图目录

的变化版本0.99.32:

无显著变化

• 固定为bioc-check警告。

的变化版本0.99.31:

新功能

• 两个并排oncoplots CoOncoplot——阴谋

• rainfallPlot

• oncoplot现在支持拷贝数数据

• 新功能从GISTIC readGistic阅读总结输出文件。

• 仪表板样式mafsummary情节

• 绘图函数GISTIC结果:plotGisticResults gisticPlot

• geneCloud绘制wordcloud经常变异基因拷贝数alteartions。

用户级的重大变化

• 更多的绘图参数plotCBSsegments。

错误修复

• 错误修复在执行fisher精确军团之间的差异。

弃用,已经

• 删除AddReadcounts函数,它依靠extrenal patform特定parogram bam-readcount

的变化版本0.99.30:

新功能

• 策划和映射在拷贝数变异数据(需要cbs段)

• 我们比较两个文件不同的突变基因

• Forestplots

• 更好地与copynumber聚类和孤立点检测的异质性。

的变化版本0.99.25:

新功能

• inferHeterogeneity:集群使用非参数狄利克雷过程;更多的绘图选项。

• 新加subsetMaf功能子集

用户级的重大变化

• 固定一个警告oncodrive函数

• 快到5倍oncomatrix创建和使用data.table排序

• 例子不会花> 5秒

• 更新后的装饰图案

的变化版本0.99.20:

变化

• 重新提交使用r-devel bioconductor 3.3

的变化版本0.99.15:

变化

• 重新提交使用r-devel bioconductor 3.4

• 添加extractSignatures plotBestFitRes参数

• 增加了DriverMutation biocviews

的变化版本0.99.1:

变化

• 修改小插曲修复构建小品文错误

庄园

2014-10-01版本的变化:

• 删除未使用的C函数的I / O‘lib_io’。

• 小C代码更改,以避免警告在R CMD检查。

• 改变“par”设置在装饰图案以避免图利润太大的错误。

的变化版本2013-07-03 (2013-07-03):

• 取代电话‘退出’,‘流’,现在增加一个警告在检查。

• 迭代索引不再印刷“nem”(提高了编译时的错误小插图)。

的变化版本2011-03-18 (2011-03-18):

• 更新调用的高兴:::daglad装饰图案来修复一个错误引起的违约率的变化“daglad”。

的变化版本2010-10-01 (2010-10-01):

• 清洗的数据/旗帜。RData”包含的对象从一个老“globalenv”。

• 更新维护人员的电子邮件地址。

的变化版本2010-01-24 (2010-01-24):

• 还说(后)强度。旗帜”到“数据/旗帜。RData”(v 1.12.0以来一直被一个未知的原因)。

的变化版本2009-01-15 (2009-01-15):

• 错误的人/ spatial.Rd对齐选项卡。

的变化版本2009-01-13 (2009-01-13):

• 更新在.Rd文件的引用。

• 固定警告由于不正确使用.Rd \项目的文件。

的变化版本2009-01-06 (2009-01-06):

• “规范”和“排序”现在S3的方法

的变化版本2009-01-04 (2009-01-04):

• (几乎)R /文件/函数之一

• 删除空的部分人/ qscore.Rd \细节

• 添加一个名称空间

• 删除本月/ doc / Makefile(不再需要了,因为不需要html输出)

的变化版本2009-01-02 (2009-01-02):

• 删除另一个非标准的关键字

的变化版本2009-01-01 (2009-01-01):

• 每个\关键词入口只有一个字…

的变化版本2008-12-31 (2008-12-31):

• 现在使用标准的“关键词”

• 改变\链接代码{东西}}{\ \代码{\链接{东西}}

的变化版本2008-11-26 (2008-11-26):

• “关键字”部分填写.Rd文件。

• 删除空的部分从.Rd文件“例子”。

• 初始化一些变量在声明在R C代码,防止警告CMD检查。

的变化版本2008-09-23 (2008-09-23):

• de la函数修改简历倒retourner NA当所有向量杜拉的值是< e0 > NA

• 修改函数de la getChromosomeArm倒,cytoband不所以positionn < e9 > e < e0 > NULL

的变化版本2008-09-04 (2008-09-04):

• 添加了一个更新日志

• 在.bib文件更新过时的引用

• 改变了国旗”的定义代表。国旗”以避免造成的错误现在sd (NA na.rm = TRUE)

事

版本变化0.99.11 (2016-10-11):

错误修复

• 更新文档的细节。

版本变化0.99.10 (2016-10-11):

用户可见的明显变化

• 与安装说明更新的小插曲,更快的构建时间

• 添加“adata”方法来访问“物质”类@ data插槽

的变化版本0.99.9:

新功能

• 添加延迟缩放和定心通过“规模”的方法

• 添加“prcomp”方法进行主成分分析

用户可见的明显变化

• 更名为“colSd”- >“colSds”,“colVar”- >“colVars”,等等。

• 更名为“filepaths”- >“路径”和“file_id”- >“source_id”

• 移动的irlba建议进口支持新的“prcomp”方法

• 更新描述使用新的“prcomp”方法,在主成分分析的例子

错误修复

• 固定的错误当“物质”对象结合多个数据源

的变化版本0.99.8:

用户可见的明显变化

• S4班上“原子”,槽的file_id现在类型“整数”来节省空间

• S4班上“原子”,槽的datamode现在类型“整数”来节省空间

• 更全面的错误消息在S4类的构造函数

的变化版本0.99.7:

错误修复

• 尝试修复名称空间std::在Windows isnan范围问题

的变化版本0.99.6:

错误修复

• 固定处理NA,南,正,负在C类型强制

• 改善处理NA,南正无穷,无穷汇总统计

• 固定的NAs处理整数矩阵乘法

的变化版本0.99.5:

错误修复

• 固定打电话给本机c++的日常登记方法

• 添加“C_”前缀为c++方法通过打电话给

的变化版本0.99.4:

用户可见的明显变化

• 还说打电话给本机c++的日常登记方法

的变化版本0.99.3:

错误修复

• 从S4Vectors进口仿制药为‘colMeans’,‘colSums’,‘rowMeans’,‘rowSums’

• 清理方法签名和类工会

的变化版本0.99.2:

错误修复

• 在c++代码清理双重任务

的变化版本0.99.1:

错误修复

• 版本撞Bioconductor构建系统

的变化版本0.99.0:

错误修复

• 更新PCA在装饰图案(irlba现在需要non-missing“相乘”参数为非执行)

• 添加irlba单元测试

0.6版本的变化:

用户可见的明显变化

• 更新维护人员和作者的电子邮件地址

错误修复

• 固定的错误rowVar matter_matc

0.5版本的变化:

用户可见的明显变化

• 更新文档与示例并添加单元测试

错误修复

• 固定矩阵乘法混合数据类型(int x双)

0.4版本的变化:

用户可见的明显变化

• 添加支持class-preserving矩阵构造子集的“物质”与“降= NA '理由红衣主教兼容性。

• 添加新的“展示”“物质”向量和矩阵方法显示出它们的大小在内存和磁盘上的大小。

0.3版本的变化:

新功能

• 还说c++类MatterAccessor的遍历。的缓冲版本“物质”向量或矩阵

• 添加摘要统计信息包括“和”、“说”、“var”,“sd”、‘colSums’,‘colMeans’,‘colVar’,‘colSd’,‘rowSums’,‘rowMeans’,‘rowVar’,‘rowSd’。

• 增加了对“应用”的支持问题的矩阵的方法

• 添加支持bigglm线性回归。

• 添加“物质”的基本矩阵乘法矩阵与一个内存中的R矩阵或向量。

0.2版本的变化:

用户可见的明显变化

• 检修后端使用c++类“物质”和“原子”,最大化利用顺序读取和随机读取。

0.1版本的变化:

用户可见的明显变化

• 初步实现的物质包括类“原子”和“物质”,和子类‘matter_vec’,‘matter_matc’,‘matter_matr’, C端。

网格

的变化版本0.99.7:

• 取决于剂量< 2016-09-29,清华>

的变化版本0.99.6:

• 更新文档< 2016-09-19,我的>

的变化版本0.99.3:

• 删除片段/网格中的非ascii字符。围嘴< 2016-08-16,星期二>

的变化版本0.99.2:

• 所需的所有导出函数运行的例子BiocCheck < 2016-08-16,星期二>

的变化版本0.99.1:

• R检查通过了< 2016-08-16,星期二>

的变化版本0.99.0:

• 添加装饰图案> < 2016-08-11,清华

• enrichMeSH和gseMeSH < 2016-08-11,清华> +从clusterProfiler

版本0.0.1的变化:

• geneSim < 2016-08-10,结婚>

• meshSim < 2016-08-05,星期五>

MeSHSim

版本:2015-01-12文本:

版本:2015-01-12文本:

版本:2015-01-12文本:

版本:2015-01-12文本:

版本:2015-01-12文本:

版本:2015-01-11文本:

版本:2015-01-08文本:

版本:2014-12-14文本:

版本:2014-11-16文本:

metabomxtr

1.7.1上版本的变化:

• *修改包函数来处理代谢物是完全缺失的情况下为特定级别的混合物的分类预测模型。

MetaboSignal

版本1.0.0的变化:

用户可见的明显变化

• 包了。

新功能

• 包了。

metagenomeFeatures

的变化版本1.1.3 (2016-10-01):

• 与模拟社会取代msd16S数据集的例子

• 改变树mgFeatures并从类phylo phyloOrNULL MgDb槽

更改版本1.1.2 (2016-03-26):

• 添加mgFeatures类——这类替换metagenomeAnnotation 16 s工作流,并包含数据库信息为用户提供数据库序列id列表。新metagenomeAnnotation-class将被添加到包当一个合适的R原生16 s分类classificaiton方法是可用的。

• 新aggregate_taxa功能聚合MRexperiment对象的用户定义的分类水平,aggretation计数数据由dafault使用金额执行,用户可以通过任何列明智的矩阵运算。

metagenomeSeq

1.15版本的变化:

• 添加“mergeMRexperiment”功能

• 添加“normFactors”和“libSize”泛型

• 添加“fitMultipleTimeSeries”功能

• RUnit换成testthat库单元测试

• 添加多个升级和变化

• 弃用load_ *功能和创建负载*函数。

MetCirc

的变化版本0.99.6:

• 改善分配点击功能shinyCircos (2016-10-10 Mon)

• 谱线宽度和颜色变化plotCircos (2016-10-10 Mon)

的变化版本0.99.5:

• 添加参数函数的颜色和透明度plotCircos并突出显示(2016-09-15清华)

的变化版本0.99.4:

• 添加参数splitIndMZ和splitIndRT函数convert2MSP并修复bug (colnames类而不是类)convert2MSP(2016-08-17结婚)

• 更新装饰图案,单元测试和手册(2016-08-17结婚)

的变化版本0.99.3:

• 删除逐字Textouput(帮助)shinyApp (2016-08-01 Mon)

• createSimilarityMatrix函数,以便它不改变命令行名称(2016-08-01 Mon)

• 更新单元测试和手册(2016-08-01 Mon)

的变化版本0.99.2:

• 没有再一次重新排序在createOrderedSimMat函数(2016-07-26星期二)

• 改变allocatePrecursor2mz等功能,是兼容所有sd01和sd02对象(2016-07-26星期二)

的变化版本0.99.1:

• 重写函数,它们不需要争论dfNameGroup (data.frame包含集团和惟一标识符)不再(2016-06-14星期二)

• 函数装箱现在使用函数将创建箱装箱有两个方法实现从这些垃圾箱(2016-06-10星期五)计算值和平均片段m / m / z值z值(2016-06-10星期五)

• 文档对数据集扩展(2016-06-10星期五)

• 包括描述文件的建议:BiocGenerics[2016-06-10]星期五

的变化版本0.99.0:

• 提交包Bioconductor文件追踪(2016-05-14坐)

的变化版本0.98.0:

• 添加信息中徘徊的物体shinyCircos[2016-04-16]星期二

• 允许构造子集MSP对象(2016-04-12星期二)

• 添加单元测试导出功能(2016-04-12星期二)

methylKit

版本:0.99.4类别:改进和错误修正文本:所有注释功能现在删除,可通过genomation包。看到示例的装饰图案。genomation最函数也有类似的名称和功能。用户需要使用作为methylKit对象转换为农庄(methylKit.obj,“农庄”)才能使用genomation函数。

版本:0.99.3类别:改进和错误修正文本:固定一个BUG processBismark () c++函数应视为基于BAM文件。这是固定的。

版本:0.99.3类别:改进和错误修正文本:BUG calculateDiffMethDSS是固定的(https://github.com/al2na/methylKit/issues/49)

版本:0.99.2类别:改进和错误修正文本:固定一个BUG methRead()后引入的mincov论点。错误发生的只有阅读文件遗留文本文件,论文认定覆盖率低于10

版本:0.99.2类别:改进和错误修正文本:改变为更好地描述测试的小插图。

版本:0.99.2类别:改进和错误修正文本:编译器错误发生在老通过这个公关https://github.com/al2na/methylKit/pull/43编译器是固定的

版本:0.99.1类别:改进和错误修正文本:主要变化以满足BioCcheck()要求和reccomendations

版本:0.99.1类别:改进和错误修正文本:c++代码编译在windows上现在,正则表达式要求不再存在。

版本:0.9.6类别:改进和错误修正文本:更改以下函数名:阅读()methRead()阅读。俾斯麦processBismarkAln () adjust.methylC () adjustMethylC () get.methylDiff () getMethylDiff () annotate.WithFeature () annotateWithFeature () annotate.WithFeature.Flank () annotateWithFeatureFlank () annotate.WithGenicParts () annotateWithGenicParts () read.bed () readBed () read.feature.flank () readFeatureFlank () read.transcript.features readTranscriptFeatures () ()

版本:0.9.6类别:改进和错误修正文本:改进文档methRead()(老读())

版本:0.9.6类别:改进和错误修正文本:现在,俾斯麦胞嘧啶报告和覆盖率文件可以使用methRead读()管道参数。看到了什么? methRead

版本:0.9.6类别:改进和错误修正文本:移植甲基化基地的Perl脚本调用通过Rcpp C / c++。由亚历山大Gosdschan。

版本:0.9.6类别:改进和错误修正文本:methRead()使用data.table::从文件中读()来读取文件更快。

版本:0.9.6类别:改进和错误修正文本:methRead mincov()有一个新的参数,设置读取的最小数量,需要盖一个基地。覆盖率低于这个数字的位置被丢弃。

版本:0.9.6类别:新功能和特性的文本:新功能methSeg()可以部分甲基化(methylRaw对象)和微分甲基化(methylDiff对象)段。相关methSeg2bed()函数创建床文件片段。看到了什么? methSeg。一个测试被添加到检查在R CMD检查。由阿瑟Wabo,亚历山大Gosdschan。

版本:0.9.6类别:新功能和特性的文本:新的tabix类methylRawDB methylRawListDB methylBaseDB methylDiffDB和各自的方法实现的。测试是检查适当的函数R CMD检查更新。由亚历山大Gosdschan。

版本:0.9.6类别:新功能和特性的文本:calculateDiffMeth()现在支持基本overdispersion校正和多个pvalue校正的方法。功能现在还处理协变量如年龄、性别等测试被添加到检查在R CMD检查。Adrian Bierling贡献。

版本:0.9.6类别:新功能和特性的文本:新功能calculateDiffMethDSS()使用beta-binomial模型从DSS包计算微分甲基化。的修改由Dhruva Chandramohan Altuna Akalin。这是一个修改版本的函数从DSS与methylKit对象包,以便它可以工作。

版本:0.9.6类别:新功能和特性的文本:dataSim与模拟甲基化数据创建一个methylBase对象。一个测试被添加到检查在R CMD检查。Adrian Bierling贡献。

版本:0.9.5类别:改进和错误修正文本:特拉维斯CI构建盾补充道

版本:0.9.4类别:改进和错误修正文本:tileMethylCounts现在methylBase对象,受到BioC 3.0升级。一个测试被添加到检查在R CMD检查。

版本:0.9.3类别:改进和错误修正文本:兼容BioC 3.0。多个BioC函数在BioC搬到其他包,打破了一些代码和安装问题造成的。这是固定的。

版本:0.9.3类别:改进和错误修正文本:数据。表:当所有= TRUE:合并现在稳定。删除我的(altuna)版本的数据。表::合并代码库。

版本:0.9.2.5类别:改进和错误修正文本:calculateDiffMeth苗条= FALSE参数正常工作时每组有多个样本。

版本:0.9.2.4类别:改进和错误修正文本:install_github()现在正确地工作。删除空白行描述文件的末尾。

版本:0.9.2.4类别:改进和错误修正文本:calculateDiffMeth tileMethylCounts现在工作正常,与0.9.2.2代码输入错误了。现在这些都是固定的

版本:0.9.2.3类别:改进和错误修正文本:regionCounts()错误发生时,第一个参数是一类methylBase是固定的。bug引入一个额外的列结果methylBase对象。https://groups.google.com/forum/ # ! / methylkit_discussion / p19K-pgavAI话题

版本:0.9.2.2类别:改进和错误修正文本:团结起来当destrand = FALSE()问题解决。这个问题出现时由于数值与整数的冲突合并使用所对应的数据集,开始和结束的位置。

版本:0.9.2.2类别:改进和错误修正文本:错字calculateDiffMeth()加权参数”。的意思是“是固定的。

版本:0.9.2.2类别:改进和错误修正文本:统一()快destrand = TRUE时,由于内部函数的改进.CpG.dinuc.unify ()

版本:0.9.2.2类别:改进和错误修正文本:regionCounts()链。注意论点现在正确地工作。这个bug tileMethylCounts没有影响。使用默认参数,链知道设置不生效,所以每个地区视为strandless。

版本:0.9.2.2类别:改进和错误修正文本:转换农庄对象现在删除seqlevels(染色体名称)不使用。不删除这些可能导致问题regionCounts()函数和功能取决于regionCounts ()。

版本:0.9.2.2类别:改进和错误修正文本:阅读()函数在某些情况下是治疗链列平面CpG文件的逻辑如果链F或R字母和大部分的第一根论文认定在F(转发链)。这是固定的。

版本:0.9.2.1类别:改进和错误修正文本:修复一个缺陷在getMethylationStats()函数生成错误的标签号码当用户覆盖默认的减免直方图。由邦尼Barrilleaux。

版本:0.9.2类别:改进和错误修正文本:BUG引入0.9.1是固定的。错误发生时统一()函数

版本:0.9.2类别:使用destrand = TRUE参数。它返回少数量的论文认定那是文本:

版本:0.9.2类别:应该,尽管返回论文认定正确的甲基化和覆盖率值文本:

版本:0.9.1类别:新功能和特性的文本:对象需要更少的内存和重组。updateMethObject()从以前版本最新版本更新对象。

版本:0.9.1类别:新功能和特性的文本:批效应实现控制功能。你可以控制如果某些主成分与批处理相关的影响和删除这些组件从您的数据。看到assocComp amd ? removeComp。此外,如果您通过其他方法修正了批处理效果,可以重建一个纠正methylBase对象(看?重建)。检查“批量效应”部分的装饰图案。

版本:0.9.1类别:改进和错误修正文本:统一()函数花费更少的时间由于使用data.table::合并

版本:0.9.1类别:改进和错误修正文本:修复一个错误出现3.02 R,外显子和内含子坐标从BED12文件产生一个错误。

版本:0.9.1类别:改进和错误修正文本:测试3.2 R和匹配bioconductor包

版本:0.9.1类别:改进和错误修正文本:数据(methylKit)新对象

版本:0.5.7类别:改进和错误修正文本:测试3.0 R和匹配bioconductor包

版本:0.5.7类别:改进和错误修正文本:弃用matchMatrix从IRanges进口导致的问题包安装。v0.5.7修复这个问题。

版本:0.5.7类别:改进和错误修正文本:现在不需要“空空”字符串在床上文件当阅读这些注释文件。一些组件没有“空空”“染色体的名字的字符串。

版本:0.5.6类别:新功能和特性:新理由clusterSamples()和PCASamples()函数。新选项”sd.filter”、“sd。阈值”、“filterByQuantile”补充道。这些选项帮助整合多低变异基地/地区被丢弃之前聚类和主成分分析。详情见PCASamples和? clusterSamples()在新选项

版本:0.5.6类别:新功能和特性的文本:FAQ部分添加到装饰图案

版本:0.5.6类别:添加新功能和特性的文本:显示方法,为每个类。现在,输入包含对象的变量名称将显示简洁的内容对象的信息。

版本:0.5.6类别:新功能和特性:通过“[”符号构造子集对象现在启用。你可以行子集的对象,它将返回一个新的对象而不是一个数据帧。

版本:0.5.6类别:改进和错误修正文本:tileMethylCounts()错误是固定的。错误发生在耕作稀疏覆盖小染色体chrM人类rrb数据。

版本:0.5.6类别:改进和错误修正文本:read.bismark()可以处理与Bowtie2俾斯麦输出。Bowtie2可以把缺口对齐,现在read.bismark()可以处理这些差距当山姆解析文件。

版本:0.5.6类别:改进和错误修正文本:覆盖列是强迫整数阅读时通用的甲基化/基础文件。BSMAP脚本可以产生一个甲基化率文件,保险(或“有效的CT数”作为他们被称为)并不总是整数,导致下游的问题分析。现在,这些非整数列四舍五入到最近的整数,而阅读。见http://zvfak.blogspot.com/2012/10/how-to-read-bsmap-methylation-ratio.html例如使用此功能。

版本:0.5.5类别:改进和错误修正文本:微分甲基化比例计算错误修复。当“min.per错误发生。集团”参数用于统一()函数,当“加权。意味着= TRUE”calculateDiffMeth()函数。

版本:0.5.5类别:改进和错误修正文本:plotTargetAnnotation错误是固定的。错误发生时“优先级”参数设置为FALSE。

版本:0.5.4类别:改进和错误修正文本:例子添加到帮助页面

版本:0.5.4类别:改进和错误修正文本:遵守bioconductor指南修改描述

版本:0.5.4类别:改进和错误修正文本:未使用的“心脏”选项从PCASamples()函数

版本:0.5.4类别:改进和错误修正文本:一些无关紧要的功能并不是(我出口。e不公开)了。

版本:0.5.4类别:改进和错误修正文本:getContext()现在寻找正确的槽的名字了

版本:0.5.3类别:新功能和特性的文本:新功能adjust.methylC()可以用来调整测量5 mc的水平测量5 hmc的水平

版本:0.5.3类别:改进和错误修正文本:池()函数错误固定在一个组织有一个样本函数没有返回正确的值

版本:0.5.3类别:改进和错误修正文本:calculateMethDiff()函数选项“苗条”现在工作。如果设置为真苗条将使用核反应能量的计算方法。如果错误,p。调整方法=“黑洞”选项将用于假定值修正。

版本:0.5.3类别:改进和错误修正文本:read.bismark()函数现在在Windows下正确的工作。

版本:0.5.3类别:改进和错误修正文本:read.bismark()错误发生时读取现在配对和重叠是固定的。

版本:0.5.3类别:改进和错误修正文本:read.bismark()错误发生调整完成后无方向性的方式现在是固定的。然而,illumina公司测序协议是方向,你不太可能遇到这个错误如果你对齐序列以定向方式。

版本:0.5.3类别:改进和错误修正文本:getCorrelation()函数有一个新选项称为“方法”可以“枪兵”的价值,“人”或“假象”

版本:0.5.2类别:新功能和特性的文本:新功能池()总结报道,numCs和numTs值在每个组一个代表性样本为每个组将在创建一个新的methylBase对象。

版本:0.5.2类别:新功能和特性的文本:新功能normalizeCoverage()规范化报道和相关数量的Cs和数量的样本使用比例因子之间Ts值来源于覆盖分布均值或中位数之间的比率样本。

版本:0.5.1类别:改进和错误修正文本:calculateDiffMeth()现在可以处理差异甲基化计算组中有多个样本,但另一个只有一个。

版本:0.5类别:新功能和特性的文本:新功能重组()可用于重组methylRawList和methylBase对象创建新对象的样本子集或可以用来改变向量样本的顺序和治疗。

版本:0.5类别:新功能和特性的文本:新功能bedgraph()可以输出UCSC methylRaw bedgraph文件和methylDiff对象

版本:0.5类别:新功能和特性的文本:新功能percMethylation()提取甲基化百分比值从methylBase对象并返回一个矩阵

版本:0.5类别:新功能和特性的文本:统一()现在可以合并基地/区域不受样品通过设置”min.per。组”选项

版本:0.5类别:新功能和特性的文本:PCASamples()新选项“转置”和“sd.threshold”。现在,一个人可以做转置% PCA分析甲基化值。“sd。阈值”删除行的小PCA分析前变异花瓶? PCASamples详情

版本:0.5类别:改进和错误修正文本:regionCounts()错误出现的数据。表1.8.0是固定的

版本:0.5类别:改进和错误修正文本:统一()错误出现2.15 R是固定的

版本:0.5类别:改进和错误修正文本:calculateDiffMeth()可以处理介绍通过设置“min.per NA值。复制”选项的团结()函数

版本:0.5类别:改进和错误修正文本:PCASamples()现在使用PCA分析“prcomp”功能

版本:0.5类别:改进和错误修正文本:外部数据(cpgi.hg18.bed注释。txt和refseq.hg18.bed.txt)的包现在只有完整数据集的一个子集。不使用他们自己的分析,下载完整的在床上注释UCSC的或其他来源的数据格式。

版本:0.4.1类别:新功能和特性的文本:新功能选择()可以用来methylRaw子集,methylBase methylDiff对象创建新的对象和甲基化数据的子集有用如果你想使用只有一个特定的部分基因组甲基化事件。

版本:0.4.1类别:改进和错误修正文本:阅读。俾斯麦bug修复,现在应该能够保存甲基化调用文件没有问题

版本:0.4类别:新功能和特性的文本:新read.bismark()函数可以直接从山姆排序文件读取输出俾斯麦对准器,该函数可以将甲基化调用保存为文本文件或阅读methylRaw对象用于分析

版本:0.4类别:新功能和特性的文本:calculateDiffMeth()可以做所有使用“num多个核心如果差异甲基化计算。核心”设置为一个整数表示应该使用多少核心。

版本:0.4类别:新功能和特性的文本:getCoverageStats () & getMethylationStats()有一个新的选项称为“标签”,如果设置为FALSE,没有标签将直方图的酒吧。

版本:0.4类别:改进和错误修正文本:浸。基地选择tileMethylCounts()现在

版本:0.4类别:改进和错误修正文本:methylRaw, methylBase和methylDiff对象有一个新的槽“决议”,它指定是否碱基对决议或区域甲基化信息。允许的值“基地”或“区域”

版本:0.4类别:改进和错误修正文本:getCoverageStats () & getMethylationStats()现在打印样本id和甲基化上下文时自动在标题策划

版本:0.4类别:改进和错误修正文本:getCoverageStats () & getMethylationStats()需要额外选项传递给嘘()函数

版本:0.4类别:改进和错误修正文本:destrand选择团结()函数将重写methylRawList统一包含区域而不是基地

版本:0.4类别:改进和错误修正文本:统一()函数检查是否提供methylRawList对象的元素有相同的背景下,组装和决议之前统一数据集。

版本:0.4类别:改进和错误修正文本:有效性函数检查数据的格式methylRaw对象实现

版本:0.4类别:改进和错误修正文本:clusterSamples()和PCASamples()甲基化自动上下文信息,并使用它在图标题

版本:0.3.1类别:改进和错误修正文本:语法错误当费舍尔。测试应用于calculateMethDiff()是固定的。

MGFR

的变化版本0.99.2:

• 第一次提交BioConductor

minfi

1.19版本的变化:

• preprocessNoob得到dyeMethod论点目前允许真正的单一样本处理。

• combineArrayTypes添加;目的是能够把450 k和史诗在RGChannelSet数组数据的水平。

• 支持早期史诗数组访问IDAT文件形式。

• 消息()现在代替猫()。

• 一些功能已经从弃用。

• 解决一个错误在preprocessQuantile导致降低了I型探测器的性能运行时使用默认的目的(分层= TRUE)。用户强烈建议更新到最新版本(1.19.7或更高)和重新运行功能。

• 扩展combineArrayTypes处理控制探针具有相同地址,但不同的特征(颜色、类型、ExtendedType)。与Illumina公司支持的讨论表明,控制探针,相同的地址是相同的探针。

• 扩展combineArrayTypes支持(基因组)(甲基

  比)。

• 固定一个bug, detectionP失败的错误如果仅用于1样本。

• 固定一个错误阅读。metharray我们假定某从不同的样本IDAT文件中的顺序是一致的。这不再是假设,但由于这个函数有点慢。乔凡尼Calice Bug(间接地)观察giovcalice@gmail.com。

• 改变内部MethylSet()遵循最近的变化在Biobase assayDataElement < - 2.33.1。

• 改变内部MethylSet()(再一次)遵循最近的变化在Biobase assayDataElement < - 2.33.2。

• 解决问题相结合()在各种类pData列没有同一个类。这就意味着为combineArrays和estimateCellType修复。

• estimateCellCounts得到一系列referencePlatform违约(450 k),现在静静地将输入数据转换成使用convertArray所需的平台。

• 注释的主要重构方案,以减少内存消耗。

miRcomp

v1.3.3变化:

• 添加miRcomp闪亮的应用。

• 添加劳伦Kemperman作为一个作家。

• 添加引用文件。

• 添加新闻。Rd文件。

mirIntegrator

版本:1.3.1类别:固定警告消息:“删除3含有缺失值的行(geom_path)。“文本:

版本:1.3.1类别:microRNAadded < - microRNAadded[完成。案例(microRNAadded文本:

版本:1.3.1类别:情节是改进了这个版本的文本:

miRNAmeConverter

1.1.6版本的变化:

新功能

• 添加新属性“序列”,在结果数据帧translateMiRNAName函数。

用户级的重大变化

• 删除参数“正确”从“checkMiRNAName”功能。

• 更新的引用

• 更新后的装饰图案

错误修复

• 固定的错误被忽视的“让”microrna关于过滤器,如“hsa-let-7a”。

miRNAtap

版本是1.7.2变化:

• 增加5数据源——miRDB更新TargetScan和戴安娜来源

missMethyl

1.7.3版本的变化:

• 修改基因组gometh测试函数和gsameth适应史诗数组

中长期规划

1.21.1版本的变化:

• mlpBarplot:添加ylab cex,使用标题,而不是多行文字设置标题

• plotGOgraph:添加nCutDescPath、替换\ \ n \ n”,添加错误没有边缘图

这种款式

的变化版本0.99.4:

新功能

• 初始版本

用户级的变化

• 更全面的帮助页面

• BiocStyle装饰图案

错误修复

• 使用seq_len (numP)而不是1:numP为了避免意外,当numP = = 0

单片眼镜

版本:2.0.0文本:

版本:2.1.1类别:修正文本:固定一个问题reduceDimension将返回不同的结果在重复运行相同的输入。这个问题实际上是在两个地方:DDRTree kmeans irlba。我们现在称之为irlba与确定性初始化特征向量和kmeans确定性选择的行输入。

版本:2.1.1类别:修正文本:固定问题classifyCells加入相关因素和水平。这将产生恼人的警告。

版本:2.1.1类别:修正文本:固定检查有效sizeFactors differentialGeneTest之前。没有这张支票,differentialGeneTest报告将在所有基因的因素时没有足够的水平。

版本2.1.0的类别:功能文本:单片眼镜的算法相对表达式值(例如系统及)转换成绝对的记录数,称为“普查”已被重新设计。新版本更加准确。人口普查可以通过relative2abs()函数。该函数改变了接口,输出值将完全不同于旧版本。1.99.0报道的主要变化是版本cDNA计数,估计在每一个细胞的cDNA图书馆。现在,relative2abs报告估计溶解产物的mRNA计数。这些更容易与实验,估计通过使用信使rna数量激增的控制。

版本2.1.0的类别:文本特征:新的热图函数plot_pseudotime_heatmap()替换旧plot_genes_heatmap ()。

版本2.1.0的类别:文本特征:大量新文档。更多在以后的版本中。

版本:2.1.0的类别:修正文本:订购细胞DDRTree不再压缩技巧的轨迹。

版本2.1.0的类别:修正文本:伪计数现在无论如何正确使用的潜在分布应用于模型表达式。

版本:2.1.0的类别:修正文本:方差稳定化应用正确当CellDataSet对象的expressionFamily negbinomial.size ()。

版本:2.1.0的类别:修正文本:从calculateMarkerSpecificity gene_id字段的结果是现在一个字符,而不是一个因素。这是导致索引错误和荒谬的semi-supervised聚类和排序结果。

版本:2.1.0的类别:修正文本:梁()和plot_branched_heatmap()现在使用cBind cBind,而是解决问题的稀疏矩阵。

版本:1.99.0文本:单片眼镜2系列的第一次公开发布。新特性和变动汇总表,请参见:http://cole-trapnell-lab.github.io/monocle-release/features/

msa

1.5.5版本的变化:

• 修复在源代码ClustalOmega确保Windows兼容GCC6兼容性修复

1.5.4版本的变化:

• 错误修复在msaClustalW():不支持的参数无效的“树”

• 修复在源代码ClustalOmega确保GCC6兼容性

• 修复在msaConvert()函数来改善安全状况的建议方案“phangorn”

1.5.3:更正版本的变化

• 额外的转换实现msaConvert()函数

• 相应的文档的变化

1.5.1版本的变化:

• 版本号疙瘩因为技术原因相关Bioconductor构建服务器

版本1.5.0的变化:

• 新分支Bioconductor 3.4重击

MSnbase

的变化版本1.99.6:

• 恢复到旧的初始化,谱(见问题# 163)< 2016-10-07 >星期五

• 设置光谱类以外的原型版本(见问题# 163)。为此,现在有一个向量.MSnbaseEnv类版本的< 2016-10-10我>

的变化版本1.99.5:

• 添加removeReporters OnDiskMSnExp(有关详细信息,请参阅问题# 161)< 2016-10-07 >星期五

的变化版本1.99.4:

• 修复bug在readMzTabData_v0.9 < 2016-10-07 >星期五

的变化版本1.99.3:

• 注射时间现在添加到标题阅读时使用readMSData2 mzML文件(见问题# 159)< 2016-10-04 >星期二

的变化版本1.99.2:

• 添加isolationWindow MSnExp方法< 2016-09-23 >星期五

• 更新readMSData Spectrum2类来支持水平2 > < 2016-09-30 >星期五女士

的变化版本1.99.1:

• 修复女士水平测试的量化,OnDiskMSnExp支持一份+水平定量< 2016-09-14 >结婚

的变化版本1.99.0:

• 添加规范化方法OnDiskMSnExp < 2016-06-07 >星期二。

• 修复bug在readMSData < 2016-06-07 >星期二。

• 添加文档和单元测试trimMz < 2016-06-01 >结婚。

• 添加< 2016-05-31 >星期二OnDiskMSnExp trimMz方法对象。

• (内部)方法添加spectrapply应用函数的所有光谱OnDiskMSnExp对象;数据导入,构造子集,懒惰的处理步骤的应用等。< 2016-05-27 >星期五。

• 一段添加到< 2016-05-27 >星期五MSnbase-development一幕。

• 完成所有pSet继承方法和文档< 2016-05-26 >星期四。

• 添加rtlim参数光谱方法OnDiskMSnExp < 2016-05-26 >星期四。

• 方法rtime、抽搐、ionCount、极性和acquisitionNum实施< 2016-05-25 >结婚。

• 文档添加对大多数方法< 2016-05-25 >结婚。

• 方法peaksCount和光谱OnDiskMSnExp对象实施< 2016-05-24 >星期二。

• 的性能测试和验证Spectrum1 C-constructor < 2016-05-23 >星期一。

• Spectrum1构造函数中实现C(目前没有出口)< 2016-05-20 >

• 长度、scanIndex acquisitionNum和质心实施< 2016-05-20 >

• 实现fromFile和msLevel OnDiskMSnExp < 2016-05-19 >星期四

• 实现了一个动态数据导入OnDiskMSnExp类< 2016-05-19 >星期四

• 固定pSet的验证方法,才能很好地处理OnDiskMSnExp对象< 2016-05-19 >星期四

• 添加槽onDisk pSet对象(对OnDiskMSnExp对象,否则假)。getter方法isOnDisk检查槽的存在在对象(向后兼容性)< 2016-05-19 >星期四

• 实现一个ProcessingStep类,有助于跟踪(光谱)数据应该如何处理动态< 2016-05-18 >结婚

• 在OnDiskMSnExp有效性,检查assaydata是空的< 2016-06-28 >星期二

• 在情节,通过neutralLoss光谱,谱法.calculateFragments;修复# 146 < 2016-08-12 >星期五

• 允许用户指定cex,lwd,pch高峰和片段的情节,光谱,谱法;关闭# 148 < 2016-08-12 >星期五

• 更新质心na。失败的论点(有关详细信息,请参阅问题# 150)< 2016-08-12 >星期五

• 修复readMgfData警告如果标题包含多个“= " < 2016-08-24 >结婚

的变化版本1.21.8:

• 更新MSnSet有效性方法警卫队霍霍空字符串功能名称< 2016-06-20我>

• 简化显示,MSnExp方法适合各种水平情况下女士和OnDiskMSnExp——解决问题# 98 < 2016-06-28 >星期二

• removeMultipleAssignment也删除功能,没有分配(即,fcol (nprots) NA) < 2016-07-02 >坐

• 新的平滑槽/访问器/替换方法< 2016-07-08 >星期五

• 更新记者质量和添加TMT10要领/ HCD < 2016-07-20 >结婚

• 返回空频谱当fliterMz空范围——看到问题# 134 < 2016-07-22 >星期五

• (mz强度)值是基于顺序重新排序(mz)——看到问题# 135 < 2016-07-26 >星期二

• 在本修复bug,光谱,看到问题# 137 < 2016-08-05 >星期五

的变化版本1.21.7:

• 更新iPQF参考< 2016-06-01 >结婚

• 修复一个缺陷在规范化方法MSnExp对象:分配直接归一化光谱assayData是不可能的,因为环境是锁着的。看到公关# 91。

• readMSData:如果没有提供phenodata它创建一个空有rownames对应文件名。看到公关# 91。

• 锁itraqdata assaydata绑定的< 2016-06-08 >结婚

的变化版本1.21.6:

• MSmap单元测试< 2016-05-23我>

• 修复错误的(MSmap data.frame) < 2016-05-23我>

的变化版本1.21.5:

• 约翰内斯作为贡献者< 2016-05-12 >星期四

• 反对MzTab v0.9 < 2016-05-19 >星期四

• 修复旧googlecode url MzTab < 2016-05-19 >星期四

的变化版本1.21.4:

• 单元测试更MzTab Spectrum1太阳< 2016-05-08 >

• 加快readMSData(由jotsetung公关# 86)< 2016-05-12 >星期四

• 示例文件替换URL使用github而不是googlecode < 2016-05-12 >星期四

的变化版本1.21.3:

• 没有文件名替换方法< 2016-05-07 >坐

• 文件名单元测试< 2016-05-07 >坐

• 将文件名添加到类文件名访问器(MSmap MzTab) < 2016-05-07 >坐

的变化版本1.21.2:

• 检查rownames /帧readMSnSet2和单元测试< 2016-05-05 >星期四

1.21.1版本的变化:

• 修复错误的索引在readMSdata msLevel = = 1(由jotsetung公关# 85)< 2016-05-04 >结婚

• grep / getEcols ' n '参数指定哪些线grep / < 2016-05-04 >结婚

的变化版本1.21.0:

• 凹凸版新Bioc重击

MSnID

1.7.3版本的变化:

• 逻辑错误修复在PSM罗斯福计算。之前它忽略了冗余肽蛋白映射。现在加入蛋白质丢弃和独特的行被认为是在compuring罗斯福。

• 添加单元测试覆盖新PSM罗斯福计算。

版本是1.7.2变化:

• 添加高性能解析器基于mzR:: openIDFile

1.7.1上版本的变化:

• 添加infer_parsimonious_accessions方法

• 从1.3.1版本与Bioconductor 1.7.1上迎头赶上

• 固定reshape2和data.table之间的冲突

msPurity

的变化版本0.99.10:

• 故障排除windows构建失败

的变化版本0.99.9:

• 抵消错误固定(以前只使用从mzML文件中提取低偏移)

• 更新处理RT纠正xcmsSet frag4feature函数对象

• 额外的列添加跟踪ms / ms谱

的变化版本0.99.8:

• 用户选择更改mzR后端库

的变化版本0.99.4:

• 故障排除mac构建失败

的变化版本0.99.3:

• 多个peaklist分组到一个宽dataframe * * Peaklists现在可以平均在每个类使用函数groupPeaks()为类purityD * * dataframes列表也可以组合一起使用函数groupPeakEx ()

的变化版本0.99.2:

• 更新类名purityPD purityD

• 更新类名purityLC purityX

• 装饰图案进行更新,以反映不同的术语

• 添加正常化抽搐选择purityD msPurity v0.99.0(发布日期:2016-04-08)最初版本!

MSstats

版本:3.5.5日期:2016-09-30文本:BUG修复,dataProcess分馏样本时填写不完整的行。尤其是不平衡分馏重型和轻型,(在一个分馏沉重,没有沉重的其他分离)——groupComparison功能:解决这个问题从不同的总结方法不同的列。——MaxQtoMSstats功能:选择removeMpeptides = FALSE现在可用。(谢谢,丹尼尔)的多个注射/样本(从分馏或多个注射不同范围的m / x),分别执行规范化和多个注射合并在每个样本。新功能——添加“originalRUN”列在xx美元后ProcessedData dataProcess函数。——情节概要文件从dataProcessPlot区分审查缺失的数据用不同的符号。重大的改变方法,应用该算法决定审查的门槛。——LOB / LOD的计算方法是改变。定量限不再计算。详情请查看帮助文件。 - summaryMethod=’logOfSum’ option in dataProcess is retired. - modelBasedQCPlots work with output from groupComparison in order to check the normality assumption of linear mixed effect model for whole plot level inference.

版本:3.5.1文本:修复bug: summaryMethod = logOfSum,设计结果表。

multiClust

6-19-16版本的变化:

• 包推向1.0.3版本更新包的标题和摘要,以反映发表在癌症信息学DOI: 10.4137 / CIN.S38000。

3-2-16版本的变化:

• 包版本推到0.99.6员工Biobase, GEOquery, preprocessCore包在包小插图显示轻微修订

2-13-16版本的变化:

• 包版本改为0.99.5员工选项来指定罗斯福截止在使用自适应GMM方法number_probes函数。更新文档的装饰图案

2-11-16版本的变化:

• 包装改为0.99.4版本修订装饰图案中的代码使用RNA-seq数据的员工解释与包在装饰图案修改代码文档probe_ranking函数

MultiDataSet

版本:1.2.0类别:o为两个函数添加包装将使数据:mcia(从omicade4包)和iClusterPlus文本:

版本:1.2.0类别:o添加高级构造子集通过表型和功能文本:

版本:1.2.0类别:BUG修复文本:

版本:1.2.0类别:o解决构造子集问题当sampleNames不同于ID列。文本:

mzR

的变化版本2.7.13:

• 修复华林OSX上(见问题# 60)

的变化版本2.7.12:

• 去年警告MacOS修复

的变化版本2.7.11:

• 修复失败的例子和测试更新msdata:: protemics数据

的变化版本2.7.10:

• 编译和加载在Windows(希望)

2.7.9版本的变化:

• 更新Makevars.win

的变化版本2.7.8:

• 编译pwiz当安装在Windows < 2016-09-26我>

2.7.7版本的变化:

• 添加netcdf静态自由;潜在的不相容< 2016-09-22 >星期四

改变2.7.6版:

• 新isolationWindow访问器< 2016-09-23 >星期五

2.7.5版本的变化:

• 运用马丁的自由/删除补丁——参见https://github.com/sneumann/mzR/issues/52 < 2016-09-22 >星期四

第2.7.4版本的变化:

• 升级pwiz

• 确保文件连接pwiz清理和关闭。

2.7.1版的变化:

• 回复添加编译器开关,和固定增加代码而不是摆脱警告

netprioR

的变化版本0.99.1:

• 添加示例和装饰图案

• 听,S4

normr

的变化版本0.99.6:

特性

• summary () NormRFit实例显示了现在的垃圾箱在每个显著性水平

• getEnrichment计算非标准化浓缩()需要理由

性能

• SIMD优化OpenMP > = ver4

的变化版本0.99.5:

特性

• summary () NormRFit类型的实例“diffR”和“政权”现在显示离散测试结果

修正

• 删除MAKEFLAG“-D_GLIBCXX_PARALLEL”,因为它是实验性的

的变化版本0.99.4:

修正

• 删除从src / Makevars PKG_CPPFLAGS和PKG_LIBS变量

的变化版本0.99.3:

修正

• 修复进口roxygen2

的变化版本0.99.2:

特性

• 装饰图案完成

• 文档NormRFit-class & NormRCountConfig-class更新

修正

• 部署。日志删除

的变化版本0.99.1:

特性

• 添加示例normr-methods BamCountConfig-class & NormRFit-class

• 所有文档移动到一个从(normr.Rd)

• 装饰图案:knitr-based normr完成的装饰图案

• exportR():出口NormRFit对象上床,bedGraph和权贵

• 图():产生一个小的诊断NormRFit对象的阴谋

• diffR():交叉切换标签增加特异性的结果

修正

• 删除deploy.log

• 固定构建错误和警告

• 固定失败的测试

的变化版本0.99.0:

特性

• 巨大的加速性能数据压缩tupels独特

• 卡亨日志后求和求和,以减少数值误差

• 标准化的浓缩在c++计算。这种浓缩可以对比各种ChIP-seq实验

• exportR()函数提供了方法导出结果符合作为一个地区的床上文件或权贵的标准化的浓缩

OncoScore

更改版本1.1.2 (2016-09-28):

• 各种查询PubMed bug修复。

OncoSimulR

更改版本测试盒框:

• 突变表型和gene-specific突变率。

• 模拟随机大小的函数。

• 指定健身给基因型- >健身映射。

• 随机健身景观的一代。

• 块健身景观。

• 装饰图案:使用限制型心肌病。

• 几个改善帮助和装饰图案。

• 提高测试覆盖率。

• samplePop:样品在任意大小。

• evalAllGenotypes:默认订单= FALSE。

版本变化2.3.17 (2017-09-22):

• random2 rfitness。

• 装饰图案:降低规模和运行时间。

版本变化2.3.16 (2017-09-19):

• 帮助一些probSize args是不准确的

版本变化2.3.15 (2017-09-14):

• 错误的名称(progresion)

更改版本2.3.14 (2017-08-26):

• 文档的改进。

版本变化2.3.13 (2017-08-19):

• bioRxiv引用。

• 使用限制型心肌病装饰图案。

• 改善装饰图案。

版本变化2.3.12 (2017-08-10):

• 在一些测试增加N。

版本变化2.3.11 (2017-08-10):

• evalAllGenotypes:默认订单= FALSE。

• plotFitnessEffects和plotFitnessLandscape澄清差异。

版本变化2.3.10 (2017-07-14):

• 窗户与mc.cores检查失败。

版本变化2.3.9 (2017-07-09):

• 基因型在rfitness和plotFitnessLandscape访问

版本变化2.3.8 (2017-07-08):

• PDBasline违约现在是1.2。

2.3.7版本的变化(2016-07-05):

• 未使用的c++代码reorganiz。

• 添加测试

• 装饰图案和文档的改进。

• 模拟随机大小的函数。

2.3.6版本的变化(2016-06-25):

• 提高测试覆盖率

2.3.5版本的变化(2016-06-25):

• to_Magellan。

版本2.3.4的变化(2016-06-24):

• 失败的一些测试赢得32位

2.3.3版本的变化(2016-06-23):

• 装饰图案的改进和错误修正。

• rfitness:生成健身景观。

• 情节的健身景观。

• 指定健身给基因型- >健身映射。

• 中相同基因测试显示epist. DAG /订单。

• 阐明内部c++独特的基因型/排序。

• 检查initMutant正确和错误initMutant可变pos。

• samplePop:样品在任意大小。

• 情节。oncosimulpop使用汽车的颜色。

• 突变表型和gene-specific突变率。

• Bug修复:to_update设定在2当变异存在。

• 很多很多的新测试。

oppar

的变化版本1.2.0:

错误修复

• 加强opa()函数:提高速度和简单的代码,提高分组正常/癌症样本。以前一个因素向量组参数传递将未能正确识别正常/癌症样本。

OrganismDbi

的变化版本1.16.0:

新功能

• 添加检查失踪.taxIdToOrgDb OrgDb包中()

• 添加makeOrganismDbFromBiomart orgdb的参数()

修改

• 修改错误信息在.taxIdToOrgDb ()

PAA

版本变化1.7.1上(2016-05-13):

一般

• 用最新的R版本(R-3.2.4修订)。

• 建立使用最新版Rtools (Rtools 3.3)。

• 更新的PAA引用:PAA应用注意,Turewicz et al .,生物信息学,2016年,PMID: 26803161,添加到引用文件。

• 更新DESCTIPTION文件的URL。

• 修正一些错误的文档。

• 更新的小插图来展示的新特性。

新功能

• 新功能:batchFilter.anova multi-batch场景()。

• 新功能:plotFeaturesHeatmap.2()代替plotFeaturesHeatmap ()。

• 新参数loadGPR():“描述”、“描述。特性”和“描述。抛弃“探地雷达时数据导入文件不提供列“描述”。此外,新的虚拟数据已经添加到包为了证明这个新特性。

• 现在定制的对象类EListRaw EList包含新组件”的数组。类型”添加数据时loadGPR进口。

改进

• 更多和更多的信息添加错误消息。

• 函数plotArray()更灵活。现在,不仅ProtoArrays可以绘制。此外,现在的情节也可以保存为png文件。

修改

• loadGPR()和plotArray protoarray()的观点”。聚合”更名为“聚合”和默认值更改为“没有”。

• loadGPR()参数”数组。“现在是强制性的。

错误修复

• 情节中创建那么使用rlm正常化normalizeArrays()在包厢规模和log2规模。这是固定的。

• 在normalizeArrays校正的正则表达式,那么使用rlm正常化()和数据导入的loadGPR ()。

PanVizGenerator

更改版本1.1.3:

• 更新PanViz 0.3.1

PathoStat

版本1.0.0的变化:

• 相对丰富的情节(堆叠柱形图,热图)

• 多样性的阴谋(α和β多样性,探索树、BiPlot同现)

• 微分表达式(表达式情节,Limma)

• 置信区域块

• PCA的情节

• PCoA情节

• 冲积纵向数据的情节

• 核心OTU分析

pathVar

版本:1.3.1日期:2016-10-13类别:更新pathVar Bioconductor释放文本删除任何警告:

Pbase

的变化版本0.13.3:

• 更新映射小插图索引条目,迈克爱< 2016-09-13 >星期二提出的

的变化版本0.13.0:

• Bioc重击

pbcmc

变化的1.1.1版:

代码

• PAM50Filtrate现在支持单个样本即。= FALSE下降(感谢匿名审稿人)。

• PAM50Classify现在力滤液如果不是已经执行。此外,对于std =“中值”检查适当的注释。EntrezGene。ID-Symbol EntrezGene相同的元组。ID具有相同的符号(感谢匿名审稿人)。

• PAM50Permutate现在检查先前的调用分类(感谢匿名审稿人)。

文档

• 装饰图案被更新以包含两个额外的例子(单个主题和自定义数据)和计算需求(如记忆、时间)(感谢匿名审稿人)。

1.1.0版本的变化:

版本

• 撞版本在创建3.4猛击分支

pcaExplorer

的变化版本1.99.0:

其他的笔记

• 反映了主要特点补充说,将触发一个主要版本号肿块。欢迎很快,pcaExplorer 2.0.0 !

1.1.5版本的变化:

新功能

• 自动报告生成应用程序选项卡-模板可用+编辑为推进用户定制

• 在全局环境中支持国家储蓄,以及二进制数据

• 所有的情节可以现在出口专用按钮生成的

• 增加信心椭圆PCA阴谋

• 添加3 d pca阴谋

• 添加功能来自动获取注释的格式可以使用应用程序

• 添加配置文件浏览器功能,绘制行为在所有样本的基因子集

• 添加分配土地

• 添加两两相关情节

• 添加表来提高可读性的基因仪情节,也通过注释示例名称

错误修复

• 小错误标签的固定

• 添加选项row.names read.delim允许行名字当上传数据

其他的笔记

• 对部分添加额外的信息

• 指令和装饰图案重写,以反映新设计的应用程序

更改版本1.1.3:

错误修复

• 删除y轴限制基因箱线图

• 固定:正确的标签和颜色assignements genespca

PGA

的变化版本1.3.15:

• 修复一些错误

1.3.10版本的变化:

• 引用文件的修复bug

• 更新站点的使用useMart时运用

1.3.6版的变化:

• 添加引用的信息

1.3.5版本的变化:

• 修正一些错误

• 添加构建三位一体的脂肪酸的蛋白质数据库

• 和“addGeneName4Ensembl”功能

philr

的变化版本0.99.0:

用户可见的变化

• 弃用功能(为了移除。神经网络和t.to.nn)

• phylo2sbp删除选项,并行处理,这个函数的算法加速并行处理是多余的,而不是使用(甚至45000 >树树叶)。

• 更新介绍philr-intro装饰图案。

• 添加(从源)readme安装指令

• 添加引用信息readme(纸不是bioRxiv) http://biorxiv.org/content/early/2016/08/31/072413 Silverman JS沃什伯恩,慕克吉年代,大卫·拉。2016年。系统转换提高微生物群组成数据的分析。bioRxiv doi: 10.1101/072413

• 新闻文件现在解析新闻()函数。

的变化版本0.3.0:

内部变化

• 固定混淆gp的区别。rowMeans和g。上校Means (now gp.rowMeans -> g.rowMeans)

• 其他各种错误修复

的变化版本0.1.4:

用户可见的变化

• 介绍了新的装饰图案(philr-intro)从phyloseq基于全球模式的数据集

• name.to。神经网络(以及nn.to.name)现在出口!

• 内部绘制函数替换annotate_balance和新geom_balance包ggtree中实现。

• 解决anorm与enorm bug(以前anorm计算欧几里得范数是由于构造子集行为成分包)。,也删除依赖philr成分包和重新实现关闭。

内部

• 全科医生。rowMeans和g。上校Means now handle calculation of geometric means for rows and columns respectively. Note ‘gp’ because rowMeans for rows needs to be calculated with weights. (See reference in the documentation for that function).

的变化版本0.1.3:

用户可见的变化

• 现在加权/结果劳工关系函数导出(shiftp、clrp ilrp, buildilrBasep)

• 重命名功能blw.mean.descendants mean_dist_to_tips

• t.to。神经网络和令。神经网络被name.to所取代。神经网络(以及nn.to.name)现在矢量化。

的变化版本0.1.0:

用户可见的变化

• 论文的基本功能

• 的名字。平衡现在可以显示投票结果

• Philr函数现在警告说如果0

• 添加convert_to_long函数

π

的变化版本0.99.5:

新功能

• genomic-led目标优先级系统

• 利用基因数据优先目标基因,通路和网络水平

钢琴

1.14版本的变化:

新功能

• 添加新的GSA方法fgsea(快速GSEA) fgsea包。

• 添加consensusScores马克斯方法作为一个选项()。

改进(Alexey Sergushichev学分

• 更新的假定值计算(在使用基因排列):sum(> =背景值)/(背景)长度:(sum(> =背景值)+ 1)/(长度(背景)+ 1)bakground是一个向量的交换基因片段的统计和价值是实际的基因片段的统计计算。这种变化可以避免返回假定值= 0,而不是理论上的最小的假定值的数量将取决于使用的排列。例如nPerm = 10000,最小的假定值将e-05 1/10001 = 9.999。

• 改进的速度checkLoadArg ()。

• 提高速度的基因片段统计计算在calcGeneSetStat GSEA ()。

• 罗斯福计算速度的提高在fdrGSEA GSEA ()。

错误修复

• 更新名称空间加载依赖关系在一个更好的方法。

• 更新用文件的解析loadGSC ()。

• 更新networkPlot()符合igraph包的变化。

Pigengene

版本变化0.99.25 (2016-10-02):

现有功能的变化

• 现在compute.pigengene()函数使用welch.pvalue()而不是pvalues.manov ()。

版本变化0.99.8 (2016-05-18):

一般

• 由Bioconductor进行审查。

• 创建。

podkat

1.5.4版本的变化:

• 修复在装饰图案的代码成为必要,因为改变hg38记录注释

1.5.3:更正版本的变化

• readRegionsFromBedFile()现在允许包括元数据列

• 相应的文档的变化

• 调用方法的修复rowRanges()到建议包中

• 引文信息文件的修复

• 修复本月/新闻

1.5.2版本的变化:

• 版本号撞Bioconductor构建服务器相关技术原因

1.5.1版本的变化:

• 版本号撞Bioconductor构建服务器相关技术原因

版本1.5.0的变化:

• 新分支Bioconductor 3.4重击

聚酯

现在版本:1.99.3文本:NB函数导出

版本:1.99.3文本:注意版本1.99.3在GitHub Bioconductor 1.1.0版本。

版本:1.99.2文本:bug修复片段生成(最后2基地的成绩单没有测序)

版本:1.99.1文本:

procoil

2.1.3版本的变化:

• 引文信息文件的修复

• 修复本月/新闻

2.1.2版本的变化:

• 版本号撞Bioconductor构建服务器相关技术原因

2.1.1版本的变化:

• 版本号撞Bioconductor构建服务器相关技术原因

版本2.1.0的变化:

• 新分支Bioconductor 3.4重击

pRoloc

的变化版本1.13.16:

• 除去visualTest建议,策划测试目前禁用(有关详细信息,请参阅https://github.com/MangoTheCat/visualTest/issues/19) < 2016-10-07 >星期五

的变化版本1.13.15:

• 修复bug的情节,与NAs QSep < 2016-09-09 >星期五

• tl装饰图案适应新hpar < 2016-09-15 >星期四

的变化版本1.13.14:

• 通过在levelPlot…, QSep < 2016-09-06 >星期二

• 各种改进本教程插曲< 2016-09-07 >结婚

• 修复bug在QSep荣誉fcol < 2016-09-09 >星期五

的变化版本1.13.13:

• 添加plot3D,相当于plot2D,但在三维使用rgl < 2016-09-03 >坐

• Parametrise登录knntlOptimisation减少对象大小< 2016-09-06 >星期二

• 新的mrkHClust函数绘制的系统树图亚细胞标记< 2016-09-06 >星期二

的变化版本1.13.12:

• 把详细的参数从getMarkerClasses函数< 2016-08-23 >星期二

• plot2D有新的addLegend论证< 2016-08-23 >星期二

• addLegend默认立场现在bottomleft (Lisa)要求的< 2016-08-23 >星期二

• 新hexbin plot2D方法< 2016-08-28太阳>

的变化版本1.13.11:

• 添加一个规范agument QSep可视化的绘图功能正常化和生距离< 2016-08-22我>

• 新的zeroInBinMSnSet函数想象rowSums < 2016-08-23 >星期二

的变化版本1.13.10:

• 发送在getGOFromFeatues biomart查询块(有关详细信息,请参阅问题# 85 < 2016-08-20 >坐

的变化版本1.13.9:

• 新的QSep基础设施评估空间分辨率< 2016-08-17 >结婚

• 使用%的总方差plot2D崩落的情节< 2016-08-17 >结婚

• 固定错误combineThetaRegRes < 2016-08-19 >星期五

的变化版本1.13.8:

• fDataToUnknown接受从= NA < 2016-08-10 >结婚

的变化版本1.13.7:

• 增加了lda方法plot2D < 2016-08-08 >星期一

的变化版本1.13.6:

• 固定错误addGoAnnotations < 2016-07-29 >星期五

的变化版本1.13.5:

• 固定错误显示方法ThetaRegRes < 2016-06-08 >结婚

• 异形knntl代码现在快得多。增加了更多的单元测试knntl < 2016-06-10 >星期五

• 固定错误plotDist轴标签< 2016-06-14 >星期二

的变化版本1.13.4:

• 更新鼠标pRolocmarkers < 2016-06-02 >星期四

的变化版本1.13.3:

• 修复bug mirrorX / Y highlightOnPlot -见问题1的问题# 79 < 2016-05-31 >星期二

的变化版本1.13.2:

• 版本撞击触发重建既然流苏包()的荷兰国际集团(ing)问题被正确识别。knitr不会创建潺潺流水()' ed (Stangle当量)如果r文件R_CHECK_TIMINGS设置,构建系统的设置。现在不是,现在这些r文件创建。见https://github.com/yihui/knitr/issues/1212。d.tenenbaum

的变化版本1.13.1:

• 添加goTermToId keepNA参数如果术语变得过时,你不能换成ID的名称,您可以选择要么换成NA(之前和现在的默认选项)或现在keepNA = FALSE术语名称将替换ID名称< 2016-05-25 >结婚

• 凹凸版使用knitr小品文的所有包。这是由于一个问题(现在固定)knitr未能创建流苏装饰图案来源()的ed R文件,包括他们在包。这个版本撞击会导致这些包传播与R文件包括在内。d.tenenbaum

的变化版本1.13.0:

• 凹凸版新Bioc重击

pRolocGUI

1.7.5版本的变化:

• 各种各样的bug修复< 2016-10-07 >星期五

1.7.4版本的变化:

• 添加DT版本依赖(见问题# 71)< 2016-08-09 >星期二

1.7.3版本的变化:

• 固定的错误与矩阵fcol的标记。现在,如果一个数据列的特性是一个矩阵,它是使用mrkMatToVec转换为一个向量。这有助于清晰,减少浪费的1和0的表空间。< 2016-07-29 >星期五

• 在应用程序pRolocVis_compare修复bug。和上面同样的问题与传递矩阵与缩放fcol它表现为一个额外的问题。现在修好了。< 2016-07-29 >星期五

Prostar

版本:1.5.13类别:新功能文本:在这个版本中,缺失值的方法从包imp4p impuation被禁用,因为他们仍在发展中。他们会晚些时候推出。

版本:1.5.11类别:新功能:当用户想将文本文件转换成一个MSnset数据集,可用的选项只有当一个文件被加载。

版本:1.5.9之后类别:新功能文本:这个版本是符合DAPAR 1.5.9之后的版本

版本:1.5.7类别:新功能文本:R命令的所有可用的操作由prostar logSession选项卡。这允许用户创建一个脚本来自动化分析的数据集。

版本:1.5.5类别:新功能文本:Prostar集成imp4p包为缺失值的归责,w.r。t MNAR / MCAR

版本:1.5.5类别:新功能:导出工具,用户可以选择他想要保持的列元数据

版本:1.5.3类别更正:新功能文本:Prostar处理格式xlsx Excel文件

版本:1.5.1类别:新功能文本:添加模块

版本:1.5.1类别:BUG修复文本:

ProteomicsAnnotationHubData

v1.3.3变化:

• 固定格式的小插图太阳< 2016-06-26 >

proteoQC

的变化版本1.9.4:

• 更新参数ggplot2的新版本

ProtGenerics

1.5.1版本的变化:

• 添加isCentroided通用的< 2016-07-23 >坐

版本1.5.0的变化:

• 版本撞Bioc重击

PureCN

的变化版本1.2.0:

关注PureCN 1.2大幅提高用户友好性

• GATK需求下降:PureCN现在附带功能生成覆盖率数据当GATK是不可用的。

• 实验支持已由其他调用者MuTect 1.1.7

• 实验结果的自动管理。

• 输出块抛光。

• 两个数值(NCBI-style)和非数值(UCSC-style)染色体的名字(1比chr1)支持。

• 更好的融入现有的拷贝数管道。

• 自动宇宙注释。

• 彻底检查输入数据,导致更少的崩溃与无益的错误消息。

• 文档的改进。

其他主要的增强

• 更彻底的初始网格搜索应该减少情况下,纯度/倍性是错误的,因为没有考虑解决方案。

• 更健壮的和准确的可能性模型提供可靠估计小段复制数字和更准确的LOH。

• 支持SNVs目标区间文件外(remove.off.target.snvs = FALSE)。

• 改进的分割和log-ratio正常化。

• 支持非人类的样本。

• 支持100%的纯样品(仅匹配正常模式)。

• 快SNV配件。

• 实验支持纠正非引用映射的偏见。

API的变化

• 新功能:autoCurateResults bootstrapResults、calculateBamCoverageByInterval calculateGCContentByInterval, calculateLogRatio, calculatePowerDetectSomatic, callAlterations, callAlterationsFromSegmentation, callLOH, filterTargets, getDiploid, getSexFromVcf setMappingBiasVcf

• 弃用功能:segmentationPSCBS

• 重命名功能:createExonWeightFile createTargetWeights

• 重命名函数参数:exon.weight。target.weight文件。文件gatk.normal。normal.coverage文件。文件gatk.tumor。tumor.coverage文件。文件覆盖。截止到min.coverage

• 改变默认值:findFocal:违约不严格,现在3 mb(而不是2 mb)和最小的拷贝数5 (callAlterations仍然使用6为默认)。runAbsoluteCN(基因组):没有默认了(而不是“hg19”)

其他新功能

• 函数来计算功率检测:和sub-clonal体细胞突变(卡特et al .,自然生物技术,2012)被添加。

计划为PURECN 1.4 (BIOCONDUCTOR 3.5特性

• 支持indels。

• 通过早期忽视可能的解决方案更好的运行时性能。

• 更好的支持,小缺失和放大(例如EGFRvIII, MYC)

• 更好地支持法线。

• 切换到S4数据结构(可能)。

• 整个数据集可视化(可能)。

pwOmics

3.1.1版本的变化:

• 包括静态共识概要文件的功能

• 包括激活/抑制边缘在动态共识网

qcmetrics

1.11.3版本的变化:

• Ammend biocViews < 2016-09-23 >星期五

qpgraph

2.80版本的变化:

用户可见的变化

• 更新文档关于qpPathWeight ()。

2.60版本的变化:

用户可见的变化

• 添加了一个函数的第一个版本qpPathWeight()实现路径的权值计算中描述Roverato Castelo, j . r . Soc。爵士。c:。统计,接受。

2.40版本的变化:

错误修复

• 错误修复qpPrecisionRecall()当参数refGraph是graphBAM对象。

2.20版本的变化:

用户可见的变化

• 更新“使用qpgraph估计eQTL网络”的一幕。它包括更详细的模拟说明所涉及的步骤与qpgraph eQTL网络的估计。

错误修复

• 错误修复与蜂巢情节eQTL网络的显示

qsea

的变化版本0.99.6:

修正

• addCNV:检查样本表格现在CNV检查指定的文件

的变化版本0.99.5:

新功能

• 现在有样品id检查用户级函数

• 更详细的教程,包括案例研究

修正

• makeTable:固定groupMeans没有个人样本

的变化版本0.99.4:

新功能

• 多核支持bam文件处理

• 内存和运行时优化

修正

• 错误在考虑接合性染色体

的变化版本0.99.3:

修正

• 更新导入命名空间

的变化版本0.99.2:

新功能

• 选项设置ploidity染色体,即为性染色体

修正

• 固定的错误导致NA在分位数计算β值估计

• 只是小修小补

文档

• 改变小插图builder knitr / BiocStyle / html

的变化版本0.99.1:

修正

• 固定崩溃plotCoverage与一个样本

• qseaPCA-show

• 错误的错误消息getOffset (rpw)

• 名称空间解决问题

的变化版本0.99.0:

• 提交Bioconductor

QUBIC

1.0.3版本的变化:

• OpenMP是启用

rBiopaxParser

2.12版本的变化:

• 富于创新的集成功能Nirupama贝尼省(nirupama.benis@wur.nl)。添加函数pathway2Graph创建一个图形对象中包含的所有交互途径。这与pathway2RegulatoryGraph只有荣誉监管控制激活和压抑。

• 错误修复:固定Reactome智人数据的下载链接

• 错误修复:固定描述文件。GitHub回购的网址是:https://github.com/frankkramer-lab/rBiopaxParser

RCyjs

的变化版本1.9.8:

错误修复

• 重大(3 x)加速。5000个节点,6000 -边缘图像传输从R Cytoscape大约20秒。

版本1.8.0的变化:

新功能

• setNodeOpacityRule,控制节点填充颜色、边框和/或标签;插入和查找模式都支持

• getNodeSize

• saveImage现在支持pdf png和svg格式

• setDefaultEdgeFontSize

• getAdjacentEdgeNames

用户可见的明显变化

• 改变方法名称:布局- > layoutNetwork版本- > pluginVersion,获得/ setPosition - > / setNodePosition

• 名称空间现在进口四个方法从图形包,有利于包开发者使用RCytoscape: edgemode, addNode, addEdge,要求由罗伯特·飞行。2021欧洲杯体育投注开户

错误修复

• 改变getNodePosition node.name.delimiter消除regex令牌,从“:。:““::”saveLayout现在有可选的第三个参数,“timestamp.in.filename”

• 固定在setNodeLabelDirect bug。现在多个节点,一个标签。

• setCenter现在投x, y CyRPC数字之前发出

ReactomePA

的变化版本1.17.4:

• 单元测试< 2016-08-15,我的>

的变化版本1.17.3:

• 把getDb从GOSemSim(不再需要这个函数)ReactomePA和删除依赖的GOSemSim < 2016-07-06,结婚>

• “通过”参数GSEA分析< 2016-07-04,我的>

的变化版本1.17.2:

• 使用字节编译器< 2016-05-18,结婚>

• https://github.com/Bioconductor-mirror/ReactomePA/commit/6ce32c8e03e1b252662a07901cce022fab038086

的变化版本1.17.1:

• https://github.com/Bioconductor-mirror/ReactomePA/commit/5d150f5fe545cfa3983872bf5485af1b9ba3129d

readat

版本:0.99.0文本:

重新计票

的变化版本0.99.30:

新功能

• 添加函数snaptron_query()查询通过Snaptron Intropolis发现如果一个exon-exon结存在于数据。

的变化版本0.99.29:

但修复

• 固定装饰图案中的一个错误。感谢迈克尔爱注意到它!

的变化版本0.99.0:

新功能

• 创建包的骨架重新计票

• 添加了reproduce_ranges()函数重建基因或外显子信息用于叙述项目水平。

• 添加了abstract_search()函数识别SRA项目通过搜索感兴趣的摘要。

• 添加了browse_study()函数打开一个浏览器选项卡为进一步探索项目。

• 添加函数download_study()下载的数据重新计票的项目。

• 添加了scale_counts()函数执行前正确比例计算微分表达式分析RangedSummarizedExperiment对象驻留在重新计票的项目。

• 添加了expressed_regions()函数定义给定SRA表示地区一个染色体研究。

• 添加了coverage_matrix()函数计算覆盖矩阵基于给定SRA研究感兴趣的区域。

• 添加了geo_info()函数获取样本来自地理信息。

• 添加了find_geo()函数寻找地理加入id加入SRA运行(id)。这个函数对于SRA将有用的项目没有地理当时重新计票的数据创建的条目。

• 添加了geo_characteristics()函数来构建一个从geo_info data.frame特点()的结果。

• 添加函数all_metadata()下载所有表型数据的项目。这个函数可以用于确定项目利益和/或样品。

regionReport

的变化版本1.7.10:

用户可见的明显变化

• 帮助页面文档现在先进的参数。

版本是1.7.2变化:

用户可见的明显变化

• 已经下降功能。

regsplice

版本1.0.0文本:

ReportingTools

2015-3-27版本的变化:

• 杰西卡·l·拉尔森的更新邮件

2013-4-1版本的变化:

• 小bug修复和css在名称空间和描述

• 增强的片段包括信息在我们的网站和出版物

• 增强的小插曲澄清使用.modifyDF ()

• 所代表的HTML报告现在HTMLReportRef referenceClass

• 通过.toHTML HTML输出现在完全可定制的,.toDF和.modifyDF参数公布(见小插图)

• 通过ReportHandlers出版机制抽象和可定制的类

• ReportingTools knitr内输出可以使用文档和闪亮的Web应用程序(参见片段knitr。限制型心肌病和shiny.Rnw)

• 的持久表示HTML报告创建存储和访问HTMLReportRef .reportDOM字段的对象

• [[和[[< -方法为HTMLReportRef创建对象,允许选择、更换和对象直接插入报告

• 发布通用现在接受一个“名字”的论点。

• 现有的报告可以通过readReport读取,修改(通过发布,[[< -,或直接操纵.reportDOM),和重写文件

• 路径一般现在返回列表/矢量的位置插槽的附加ReportHandlers值对象(s)。这些路径,连接,或其他报告目标的迹象。

• 链接提供的泛型函数构建表/集的HTML链接

• 添加支持出版ggbio和recordedplot对象

• CSS改变了Twitter的引导

• 修正时如何处理NAs过滤和排序的列

• 新方法来处理输出运行在刨边机或nbinomTest DESeq glmLRT考验

• 弃用:HTMLReport类由HTMLReportRef取代

• 弃用:出版HTMLReportRefs直接报告(为了使一个索引页)不再支持。使用链接功能。

• 弃用:HTMLReportRef对象的页面一般不是有意义的(并不是所有的系统都有一个相应的连接),弃用。使用路径。

RGraph2js

版本1.0.1的变化:

改进

• 删除()函数从Javascript代码的版本

rGREAT

1.5.3:更正版本的变化

• 如果提供了背景,输入区域automaticially调整以确保所有输入区域背景的子集。

rhdf5

的变化版本2.18.0:

新功能

• 底层函数H5Pset_libver_bounds和H5Pget_libver_bounds实现。创建文件,只能读库版本1.8或更高版本允许使用大属性并提高了性能。

用户可见的变化

• 默认所有HDF5文件将被创建以1.8版本为下界。这意味着创建的文件只能读HDF5库版本> = 1.8。这个变化允许使用大的属性和性能改进。如果想创建一个可读的文件HDF5最早的版本,一个叫H5Fcreate足联= h5default (“H5P”)。

• 警告消息包的C代码现在可以抑制由前庭功能suppressWarnings ()。

RnBeads

1.5.1版本的变化:

• Reference-based细胞类型作文估计现在使用默认50000年大多数变量网站。

• 小bug修复

咆哮

1.9.1版本的变化:

• 更新一些细节的装饰图案重叠基因特性

的方式

2.1.3版本的变化:

• 修复失败测试< 2016-09-16 >星期五

ropls

的变化版本1.5.22:

内部修改

• 小代码格式化

的变化版本1.5.20:

错误修正

• PCA:校正计算的方差和R2X(计算),并确定最优数量的组件

的变化版本1.5.18:

内部修改

• 在装饰图案校正(PCA)确定最优数量的组件

的变化版本1.5.16:

内部修改

• 小装饰图案格式

的变化版本1.5.14:

新功能

• “fromW4M”功能和“toW4M”方法生成的预处理表在线Workflow4metabolomics基础设施导入一个ExpressionSet bioconductor对象(反之亦然)

的变化版本1.5.12:

内部修改

• 小装饰图案格式

的变化版本1.5.10:

内部修改

• 检查自动文档“roxygen2”方案;rmarkdown和knitr自动化的一幕

的变化版本1.5.8:

内部修改

• 从svn库删除丢失的文件

1.5.6版本的变化:

新功能

• opls现在可以应用于ExpressionSet实例

• 装饰图案是现在在html格式

• 自动文档“roxygen2”方案;rmarkdown和knitr自动化的一幕

1.5.4版本的变化:

新功能

• 现在包文档可用? ropls,帮助(“ropls”),或者帮助(“ropls-package”)

1.5.2版本的变化:

错误修复

• 停止消息时生成与预测或第一次正交组件

版本1.5.0的变化:

新功能

• “opls”现在是一个S4类:请使用访问器如“getScoreMN (oplsModel)”,而不是“oplsModel scoreMN美元”,或“getScoreMN (oplsModel orthoL = TRUE)”而不是“oplsModel orthoScoreMN美元”

• 访问器的完整列表:getLoadingMN getScoreMN, getVipVn, getWeightMN与orthoL参数(所有),除了getSummaryDF, getPcaVarVn getSubsetVi

• 请参见装饰图案和文档的例子

rpx

的变化版本1.9.4:

• 更新单元测试< 2016-10-04 >星期二

1.9.3版本的变化:

• 更新装饰图案使用readMzTabData v0.9太阳< 2016-07-24 >

Rsamtools

1.25版本的变化:

新功能

• idxstatsBam()快速总结映射的数量和地图上未标明的BAM文件中读取每个序列。

错误修复

• *文件构造函数现在检查文件参数是1,长度和长度指数参数是0或1。

rSFFreader

版本:0.99.0类别:西雅图时间文本:

版本:0.99.0类别:马克将联系你偏远的后续文本:

版本:0.99.0类别:女士:如果版本设置为0.5,包还发布分支,或呆在重击文本:

版本:0.99.0类别:如果它去释放,我明白了,它还在建设中,但功能文本:

Rsubread

版本:1.24.0类别:新功能文本:

版本:1.24.0类别:o featureCounts新参数()函数:fracOverlap”和tmpDir文本:

版本:1.24.0类别:o FeatureCounts现在可以perfrom分数计数multi-mapping读取和multi-overlapping读取通过其“分数”参数文本:

版本:1.24.0类别:o贬值PE_orientation的参数在featureCounts文本:

版本:1.24.0类别:o内置注释hg38 (GRCh38)添加到包的文本:

版本:1.24.0类别:o改善报告映射质量分数(mq)对齐()和subjunc()函数的文本:

版本:1.24.0类别:o提高效率的exactSNP()函数在调用单核苷酸多态性与很高的测序深度数据文本:

版本:1.24.0类别:o改进文档和屏幕输出文本:

RTCA

2009-07-13版本的变化:

• combineRTCA(列表):附加列重命名成板。列表项的评估vlues名字。名单上没有名字时,使用一个整数索引从1开始。特别关注部分与名单中指出文档。

• parseRTCA(文件,12月= "。”,phenoData skipWell…):示例添加文档中如何导入预配置的phenoData。细节部分重写文档来描述这个过程的解析。

• RTCA-class: ID添加到RTCA类实验

• Makefile:添加Makefile来简化常见任务检查和安装

• plotGridEffect:以“列”而不是“上校”为模式参数,和呈现方式的标题传奇。文档更新。

• plotRTCA:从包中移除和替换的情节功能。

RUVSeq

1.7版本的变化:

• 固定一个错误NA和.isWholeNumber

S4Vectors

的变化版本0.12.0:

新功能

• 添加n - ary矢量对象的“合并”的方法。

• “extractROWS”原子向量方法和DataFrame对象现在支持NAs下标。因此一个DataFrame现在可以行用一个包含NAs下标的子集。但是只会成功如果中的所有列DataFrame也可以用下标子集包含NAs(如目前会失败如果一些列Rle但我们计划这个工作在未来)。

• 添加“联盟”、“相交”、“setdiff”,“setequal”矢量对象的方法。

• 从数据添加胁迫。DataFrame表。

• 添加为支安打,HitsList t (S3)方法。

• 为对对象添加“c”方法。

• 为列表,添加rbind / cbind方法返回一个列表的矩阵。

• 总()现在支持命名聚合器表达式‘有趣’时失踪。

用户可见的明显变化

• “c”Rle方法对象处理因素数据更优雅。

• “eval方法现在FilterRules对象不包括NA的结果,像子集(),而不是在NAs失败。

• “随着下降。env”方法列表对象,以便as.env()的行为更像as.data.frame()在这些对象上。

• 加快“replaceROWS”方法为矢量对象当“x”的名字。

• 优化selfmatch因素。

文档的改进

• 添加S4QuickOverview装饰图案。

弃用,已经

• elementLengths()和()现在已经比较(在BioC弃用3.3)。

• 删除“ifelse”Rle方法对象(已经在BioC 3.3),

错误修复

• 修复bug在showAsCell (x)当“x”是一个网络对象。

• DataFrame()避免零当没有列名称。

• 与零DataFrame colnames现在被认为是无效的。

SC3

1.1.7版的变化:

• 添加与拟声唱法的集成方案

• 完整的交互支持04/08/2016补充道

1.1.6版本的变化:

• 使用Rccp优化计算距离和共识

• 优化其他一些零碎

• SC3现在快2倍数据集28/06/2016 1000细胞

1.1.5版本的变化:

• svm.train补充道。在ds parameter - it allows a user to train SVM on a selected subset of cells 15/04/2016 The latest version 0.99.37 contains the following updates

• tSNE面板添加到交互式会话

• 附加的表被添加到输出中,它包含了原始的顺序和新细胞标签对应的细胞输入矩阵表达式

• 三个函数对应于生物解释现在出口,可以用手动:get_de_genes, get_marker_genes get_outl_cells。看到他们的文档以了解更多的细节

• 固定了一些bug 01/03/2016最新版本0.99.23包含以下主要更新

• 主要的设计

• 添加描述面板

• 与RSelenium固定一个bug

• 添加一个合适的Excel导出使用WriteXLS库10/12/2015 0.99.0第一个版本提交给Bioconductor

嘘

的变化版本1.1.26:

• 关键代码移植到c++更大的计算和记忆效率

• 添加支持/集成为单细胞集群SC3包

• writeSCESet()函数添加到磁盘上写SCESets HDF5格式

• mergeSCESet()函数来合并两个SCESet对象共享功能

• plotPlatePosition()函数来想象细胞基因表达和细胞元数据在一个盘子上的立场

• 添加plotExprsVsTxLength()情节表达对记录长度

• 添加安装线和一些调整plotExprsFreqVsMean ()。

• 添加支持缩放TPM计数功能总结表达时的水平。

• 添加零set_exprs方法()。添加测试。

• 添加导入有效的特征长度与readKallistoResults ()

• runSalmon()函数用于运行鲑鱼在R,从抢劫Patro以下建议。

• 添加cellname < -赋值函数

• 添加额外的质量控制指标

• 许多其他bug修复和小改进

食物

的变化版本1.1.10:

• 改变了相关性的度量距离quickCluster ()。

• 删除正常化()支持拟声唱法的正常化()。

• 切换isSpike() < -接受一个特征向量而不是一个逻辑向量,执行命名的激增集。指定的激增时还警告代码集重叠。

• 允许计算*因素()函数直接返回大小的因素。

• 添加selectorPlot交互式绘图()函数。

• 切换到一个组的加权关联的单向布局correlatePairs()和correlateNull(),和残差的相关性更复杂的设计矩阵。

• 添加阶段作业气旋()的输出。

• 实现在technicalCV2 Brennecke et al .的方法()函数。

• 更新convertTo()来存储spike-in-specific大小因素作为补偿。

• 移动代码和构造子集到c++,提高记忆效率。

• 转向loess-based趋势拟合为默认trendVar(),与semi-loess多项式拟合所取代。

• 添加意义统计输出decomposeVar(),只有spike-ins的假定值取代了NAs。

• 更新文档和测试。

SeqArray

的变化版本1.14.0:

• 版本号是Bioconductor撞发布3.4版本

的变化版本1.12.0-1.12.9:

• 版本号是Bioconductor撞发布3.3版本

• seqVCF_SampID (),seqVCF_Header ()和seqVCF2GDS ()允许一个连接对象,而不是一个文件名

• “num_allele美元”是允许的seqGetData ()和seqApply ()(不同的等位基因的数量)

• 有一个新选项”。进步的seqAlleleFreq (),seqMissing ()和seqAlleleCount ()

• ”。“可以吗gdsn.class对象seqApply ()

• v1.12.7:新参数“并行”seqApply ()BiocParallel集成在seqParallel ()和一个新的函数seqBlockApply ()

• v1.12.8:一个新的函数seqGetParallel ()

SeqVarTools

1.11.3版本的变化:

• 添加hethom方法计算杂合性/非引用纯合性的一步

• 添加countSingletons方法

1.11.1版本的变化:

• 添加variantData槽SeqVarData类

SGSeq

版本1.8.0的变化:

• Bug修复和其他改进

签名者

版本1.0.0的变化:

• 第一个Bioconductor释放。

的变化版本0.99.17:

• 减少内存的使用。

sincell

1.5.3:更正版本的变化

• 添加额外的信息和示例如何使用集群

SNPhood

1.3.4版本的变化:

错误修复

• 更新程序来解析BAM头。修复错误时执行的一致性检查染色体从BAM文件大小。如果修复了错误:错误(as.numeric (chrSizes[名称(chrSizes)[我]])! = chrSizes.df $ [chrSizes大小。df空空的美元= =:参数的长度为零

SNPRelate

版本1.8.0的变化:

• 添加一个新的功能snpgdsIndivBeta ()

的变化版本1.6.0-1.6.6:

• 版本号是Bioconductor撞发布3.3版本

• 新的线程池实现

• 位intrinsic (SSE2 / AVX2)加速snpgdsIBSNum (),snpgdsIBS (),snpgdsIBDMoM (),snpgdsIBDKing ()(+ 50% + 300%)

• 在v1.6.3 v1.6.4: bug修复(等位基因数错误与SSE2落实)

• v1.6.5:snpgdsGRM (),重命名选项“维斯”“GCTA”,新选项“剂量”snpgdsPairScore (),新功能plot.snpgdsPCAClass ()

specL

1.7.4版本的变化(2016-05-19):

• 用户可见的变化

  • 添加到specLSet总结”性病肽(红外热成像)发现在原始文件”

  • 一块原始文件specLSet对象的绘制方法

版本变化1.7.1上(2016-05-13):

• 用户可见的变化

  • 新闻,新闻所取代。Rd文件

  • 修改specL对象/更换诱饵通过评分属性# 1,# 4

  • specL BioC 3.3

SummarizedExperiment

文本版本1.4.0类别:新功能:添加makeSummarizedExperimentFromDataFrame()函数。

文本版本1.4.0类别:新功能:添加“acbind”和“arbind”矩阵方法对象。

版本1.4.0类别:用户可见的明显变化:加快“cbind”方法SummarizedExperiment对象基于彼得•希基的建议。

版本1.4.0类别:弃用和已经文本:删除exptData () getter和setter(已经在BioC 3.3)。

版本1.4.0类别:BUG修复文本:

SWATH2stats

1.3.10版本的变化:

错误修复

• sample_annotation:添加停止如果列的文件不存在,而不是印刷一个警告

• convert4aLFQ:提高警告消息

• 测试:添加测试

更改版本就开始:

新功能

• sample_annotation:强化功能的体系结构

• 测试:添加测试

• MSstats_data:添加MSstats格式的数据用于测试

• assess_decoy_rate:添加停止而不是警告如果没有诱饵列

• mscore4pepfdr mscore4assayfdr:添加默认值在函数描述

的变化版本1.3.8:

错误修复

• 描述:移动MSstats建议增强

1.3.7版本的变化:

错误修复

• 为count_analytes test_filtering:测试

1.3.6版的变化:

新功能

• filter_all_peptides:改善显示蛋白质名称使用崩溃

文档

• 装饰图案:使MSstats aLFQ eval = FALSE,以防止错误当这些不正确构建

1.3.5版本的变化:

新功能

• filter_mscore_fdr:添加自动防故障装置,以防罗斯福不能达成目标蛋白质。

• plot_variation、plot_variation_vs_total plot_correlation_between_samples count_analytes:添加测试

1.3.4版本的变化:

新功能

• convert4mapDIA:改善错误消息在多个值存在的条件

• plot_correlation_between_samples:添加选项不写任何标签

错误修复

• plot_variation:强化函数来处理数据,没有相同尺寸的不同条件

文档

• 描述:更新包导入

• convert4MSstats:更新的警告消息

v1.3.3变化:

错误修复

• 添加故障保险功能为非唯一的文件名sample_annotation函数。

1.3.0版本版本的变化:

新功能

• SWATH2stats BioC 3.4的开发版本

更改版本1.2.3:

错误修复

• 添加故障保险功能为非唯一的文件名sample_annotation函数。

TarSeqQC

1.3.13版本的变化:

代码

• 修改在readFrequencies方法修复countOverlaps错误

• 修改图方法利用轴名称和标题

的变化版本1.3.12:

代码

• 修改readFrequencies方法为了数只有读取脱落特性和非重叠。

• 修改plotRegion方法correclty情节重叠功能

1.3.1版本的变化:

代码

• 添加一个新类称为TargetExperimentList允许几个TargetExperiment对象的comparisson获得文件使用相同的床上

TCGAbiolinks

version 2.2.0变化:

新功能

• 添加在summarizedExperiment GISTIC2信息和突变信息,准备环球数码创意数据

用户级的重大变化

• 加快GDCquery

TEQC

的变化版本3.13.2:

• 自“降低”“RangedData”对象是弃用的方法,复制其内容在包功能。从“RangedData”过渡到“农庄”对象的包应该追求…

的变化版本3.13.1:

• 还说国旗isSecondaryAlignment = FALSE”阅读bam文件”。读”,这样只有独特的(主要)比对考虑TEQC分析

TFBSTools

3.4版本的变化:

错误修复

• 在PFMSimilarity修复一个缺陷。

• 修复一个错误为主题matrx当有多个类。

新功能

• readJASPARMatrix函数添加JASPAR格式文件。

3.3版本的变化:

错误修复

• 适应runMEME使用meme 4.10。x版本。

• 修复run_MEME科学记数法

• MEME wrappe更好的错误处理

tofsims

版本:099.1类别:用户可见的明显变化:变化函数在整个包从call-by-ref behvaiour顺道访问值。调整相应的例子和装饰图案。

版本:099.1类别:内部文本:现在取决于ProtGenerics,它使用“mz”

版本:099.1类别:内部文本:交换各种打印消息()与()

版本:099.1类别:修正文本:

泛太平洋伙伴关系

版本:2.3.1类别:更新后的版本号新Bioconductor推出3.3版本文本:

版本:2.3.1类别://www.andersvercelli.com/packages/release/bioc/html/TPP.html文本:

版本:2.3.1类别:版本号保持依照猛击版本在新版本的文本:

2.3.2版本:类别:删除单元测试导致R CMD检查崩溃以来的最新更新包的testthat文本:

版本:2.3.3文本:修正函数负责过滤通过指定的QC列(例如“qssm”)用于创建规范化设置。现在可以离开otherRequirements的规范化标准空槽。

版本:2.3.3文本:固定函数文档中输入错误的“analyzeTPPTR ()”

版本:2.3.3文本:固定错误plotColors时没有指定的比较

版本:2.3.4文本:改进文档non-exported函数通过确保至少有一行注释说明功能。

版本:2.99.0文本:重大更新:扩展包分析2 d-tpp实验

版本:2.99.0文本:重大更新:扩展包分析TPP-TR的实验“响应曲线的非参数分析”(NPARC),一个non-parametrc spline-based试验治疗效果。

版本:2.99.0文本:错误修复“tpptrCurveFit”:文件名限制在255个字符在创建融化曲线情节为了防止文件系统崩溃。

版本:2.99.0文本:新包依赖关系:dplyr margrittr

版本:2.99.0文本:CCR工作流错误修复:避免除0时改变foldchanges前剂量反应曲线拟合。

版本:2.99.1文本:从数据文件夹中删除的复杂数据对象的引用。将重新引入了几年在精简格式。

版本:2.99.2文本:减少“xz”的数据压缩

版本:2.99.3-5文本:适应符号函数的名称和输入参数的一致性与1 d (TPP-TR和TPP-CCR)部分。

trackViewer

的变化版本1.9.14:

• 添加控件lolliplot桠溪。

的变化版本1.9.13:

• 特性可以单元对象的高度。

的变化版本1.9.12:

• 更新装饰图案。

• 修复ylab的位置。

的变化版本1.9.11:

• 加入卡特彼勒lolliplot布局。

的变化版本1.9.10:

• 修复bug,如果是lolliplot农庄组织以外的特性。

的变化版本1.9.9:

• 修复bug,没有xscale画时没有积极价值跟踪1。

的变化版本1.9.8:

• 一层lolliplot可以接受多个特性。

的变化版本1.9.7:

• lolliplot可以接受多种类型为多个层。

的变化版本1.9.6:

• 修复的bug lolliplot当最后一个snp需要抖动。

的变化版本1.9.5:

• 修复错误的文档。

的变化版本1.9.4:

• 添加派。堆栈lolliplot布局。

1.9.3版本的变化:

• 为lolliplot标签添加控件。

1.9.2版本的变化:

• 包括如何设置ylim更新文档。

TRONCO

2.4.3版本的变化:

• 新算法:拘谨的,Chow-Liu拘谨和埃德蒙兹。

• 新的评分:PMI, CPMI MI

• 更好的引导实现

2.4.2版本的变化:

• 最大生成树算法的实现。

• 实现噪声模型的累积现象。

2.4.1版本的变化:

• remove.cycles的更好实现。

TVTB

版本变化0.99.8 (2016-10-12):

微小的变化

• 装饰图案的输出格式设置为BiocStyle:: html_document2。

版本变化0.99.7 (2016-10-12):

微小的变化

• 修正了closign托架在消息文件中。

版本变化0.99.6 (2016-10-12):

实验的变化

• 取代BiocStyle: pdf_document2 BiocStyle ():: pdf_document ();前者失败pandoc一步的装饰图案生产,后者没有。

版本变化0.99.5 (2016-10-12):

错误修复

• 固定的核对:字段的描述文件。

版本变化0.99.4 (2016-10-12):

实验的变化

• 恢复0.99.3变化应用于版本。BiocParallel似乎并没有造成Windows服务器上构建错误。

版本变化0.99.3 (2016-10-12):

实验的变化

• 禁用BiocParallel代码,看看它解决构建错误BioconductorWindows服务器。注意,文档还没有更新,以反映这一实验改变;这是旨在促进代码归复与第二提交或者文档的变化。

版本变化0.99.2 (2016-10-11):

错误修复

• 在添加*频率方法使用后缀访问器。

版本变化0.99.1 (2016-10-10):

重大变化

• 新的专用存储纯合子基因型类参考,杂合子和纯合子替代基因编码,以及,后缀定义信息键用于存储各自的VCF对象中的数据。

• 删除的方法汇总*和密度*家庭名称空间。也许在将来会被重提的特性。相关的代码和文档保存在本月/沙箱子文件夹备查。

• 新槽高级TVTBparam类来存储ScanVcfParam对象。新的相关的访问器方法。此外,TVTBparam ScanVcfParam可能强迫。

• 新的方法签名readVcf支持参数= TVTBparam,和可选的表型。方法存储的元数据槽TVTBparam VCF对象,使用colData访问器和表型。

• TVTBparam不再是下游的一个论点的方法;相反,他们必须存储在元数据(vcf) [[“TVTBparam”]]

微小的变化

• 分别hRef和停止refand alt读写方法重命名。

• 后缀访问器返回命名字符类基因型和TVTBparam向量。

• 只删除功能相关闪亮的应用程序的名称空间(getEdb、EnsDbFilter chr2file)。

• VcfFilterRules还可以存储父FilterRules类的实例。

• 定义默认的访问器vep和返回值类型,以避免不必要的switch语句。

• 继承的方法的简化代码后更新到相关的包(如。S4Vectors)。

• 更好的编码标准方面:删除多余的使用显式参数命名,删除多余的初始化方法。

• 手册页,小品文,单元测试和闪亮的应用程序更新,以反映更改方案。

版本变化0.99.0 (2015-09-15):

新功能

• 第一个版本提交给Bioconductor审查过程有关详细信息,请参阅描述文件。

Uniquorn

版本变化1.0.8 (2016-06-17):

优化信心得分

• 固定的安装包

版本变化1.0.7 (2016-06-13):

优化信心得分

• 优化信心得分的计算方式提高该方法的敏感性和特异性

版本变化1.0.6 (2016-06-05):

优化默认信心得分

• 调整默认信心得分最佳阈值

的变化版本1.0.5 (2016-05-30):

一些小错误修正

• 固定的错误连接添加CLs

1.0.4版本的变化(2016-05-27):

介绍的信心得分

• 信心得分现在中央阈值

• 默认是3.0

• 比分是核反应能量e的负对数

1.0.3版本的变化(2016-05-18):

改变阈值计算

• 固定阈值计算误差

版本1.0.1的变化(2016-05-09):

小床上文件的更新

• 延长床的长度文件所示突变进口

的作用

版本变化0.99.4 (2016-10-12):

修改

• 在monocle_wrapper评论一些示例代码,由于一些未知错误。

版本变化0.99.2 (2016-09-13):

修改

• 更新版本0.99.1根据bioCheck结果。

的变化版本0.99.1:

修改

• 根据第一bioCheck结果更新。

版本变化0.99.0 (2016-08-22):

修改

• 添加主函数文件uSORT_main.R uSORT命名的作用

• 添加函数uSORT_sorting_wrapper

• 添加GUI功能uSORT_GUI

• 结构化uSORT_preProcess.R所有编码预处理文件

• uSORT_postProcess.R结构化后处理的所有代码文件

• 结构化uSORT_GeneSelection.R所有编码基因选择文件

• 添加文件导出功能

• 为包添加了一个小插曲

• pacakge添加测试代码

• declarition添加名称空间和依赖关系

variancePartition

1.3.11版本的变化:

• 在canCorPairs()和其他功能,转换公式与as.formula ()

• 改善canCorPairs错误消息()

1.3.10版本的变化:

• 添加plotStratify ()

• 更新文档

的变化版本1.3.8:

• 添加额外的例子来装饰图案

• 显示fitVarPartModel预计内存使用量()

1.3.7版本的变化:

• fitVarPartModel警告说如果exprObj名称和数据不相同

• 残差()和其他功能正常处理缺失值

1.3.6版的变化:

• 小装饰图案的变化

1.3.5版本的变化:

• 修复Bioconductor错误

1.3.4版本的变化:

• 修复拼写错误

v1.3.3变化:

• 提高文档

VariantAnnotation

的变化版本1.20.0:

新功能

• VCF文件添加进口()包装

修改

• 使用现在公共R_GetConnection

• 删除已经readVcfLongForm()一般

• 删除“基因组”readVcf论证()

• 改进的VCF VRanges胁迫

• 支持Varscan2广告/ RD约定当强迫VCF VRanges

• 使用[[“英尺”]]来避免捡那些字段

• summarizeVariants()识别”。“失踪GT

• 文档scanVcfheader()行为重复行名称

错误修复

• 确保只有一个匹配中心资源中选择filterVcf装饰图案

• 修复检查FILT = =“通过”

• 正确的列对齐makeVRangesFromGRanges ()

• 解决一致性检查广告

VariantFiltering

1.10版本的变化:

用户可见的变化

• 更新mafById()函数来加快rs标识符查找。

• 更新的评分权重矩阵,使使用任何类型的权重矩阵,矩阵不仅拼接网站。

wavClusteR

的变化版本2.7.0:

• 删除使用贴标机在annotateClusters (ggplot2)

xcms

的变化版本1.49.7:

错误修复

• 修复文档警告

的变化版本1.49.6:

用户可见的变化

• 选择函数峰值findPeaks.centWaveWithPredictedIsotopeROIs()和findPeaks.addPredictedIsotopeFeatures(),允许更敏感的检测同位素特征。

的变化版本1.49.5:

用户可见的变化

• 一些文档更新。

• 准备一个新的装箱功能

的变化版本1.49.4:

错误修复

• 修复getXcmsRaw禁止保留时间校正应用(亚历山大报告的问题# 44)。

的变化版本1.49.3:

新功能

• xcmsSet updateObject方法。

用户可见的变化

• xcms使用现在BiocParallel并行处理。所有其他并行处理功能已被弃用。

错误修复

• 添加丢失的包进口。

• 修复bug在fillPeaksChromPar引用不存在的变量和对象。

• 在组织修复bug。最近的:变量scoreList拼写错误(coreList)。

• 删除所有DUP = FALSE从c调用将被忽略。

其他的变化

• 重组的类、函数和方法在R-files定义。

• 使用roxygen2管理描述的整理。

的变化版本1.49.2:

新功能

• 最初支持exporint mzTab格式。因为变化仍预期,xcms::: writeMzTab()还没有出口。

的变化版本1.49.1:

新功能

• 生CDF / mzXML / mzData / mzML假定按m / z扫描。而不是抛出“m / z假设违反了!”错误,数据是重读和按需按m / z。

xps

3.2版本的变化:

版本xps-1.29.1

• 更新自述文件

YAPSA

的变化版本0.99.0:

• 第一个版本提交给Bioconductor

弃用和已经包

1软件包(betr)被标记为过时,在下一个版本中被删除。

16日之前弃用软件包被释放。