2013年4月4日

Bioconductors:

我们很高兴宣布Bioconductor 2.12,包含671个软件包和超过675的最新注解包。有65个新的软件包,许多更新和改进现有的包;Bioconductor 2.12兼容3.0 R,并支持Linux上,32位和64位Windows, Mac OS x这个版本包括一个Bioconductor更新Amazon Machine Image。访问//www.andersvercelli.com对细节和下载。

内容

• 开始使用Bioconductor 2.12
• 新的软件包
• 新闻从新的和现有的包
• 包被释放

开始使用Bioconductor 2.12

安装Bioconductor 2.12:

1. 安装3.0 R。Bioconductor 2.12设计明确了这个版本的R。

2. 按照说明在//www.andersvercelli.com/install/。

新的软件包

有65个新的Bioconductor包在这个版本。

• AnnotationHub:客户端检索数据从Bioconductor AnnotationHub在线服务。

• antiProfiles中描述:实现基因表达anti-profiles Corrada布拉沃et al ., 2012年BMC生物信息学,13:272 doi: 10.1186 / 1471-2105-13-272。

• ARRmNormalization:执行自适应鲁棒回归方法(ARRm)甲基化数据的规范化的Illumina公司英飞纳姆HumanMethylation 450 k化验。

• BaseSpaceR:富R界面Illumina公司的BaseSpace云计算环境中,使快速发展的数据分析和可视化工具。

• biomvRCNS:在这个包,一个隐藏的半马尔可夫模型和一个均匀细分模型设计和实现分割基因组数据,目的是协助记录检测使用高通量技术如RNA-seq或瓷砖数组,并使用aCGH或序列拷贝数分析。

• BiSeq:BiSeq包提供了有用的类和函数来处理和分析目标重亚硫酸盐测序(BS)数据,如减少酸性亚硫酸盐测序(rrb)——表示数据。特别是,它实现了一个算法来检测差异甲基化区域(dmr)。包已经对齐BS数据从一个或多个样本。

• bumphunter:在基因组数据工具寻找疙瘩

• 篮球选手:笼测序数据的预处理、识别和转录起始点的正常化和下游转录起始点的分析集群(发起人)。

• 卡斯珀:从paired-end推断可变剪接RNA-seq数据。跨外显子模型是基于计算路径,而不是成对外显子连接,并估计片段大小和分布的非参数化,提高了估计精度。

• 嵌合体:这个包促进融合产品的描述事件。它允许导入融合数据融合后的结果发现者:bellerophontes,化解,FusionFinder, FusionHunter, mapSplice, tophat-fusion FusionMap

• cisPath:cisPath R包识别和可视化功能蛋白质之间的路径最短的蛋白质相互作用网络。

• 限幅器:加密是一套方案拓扑基因分析。它实现了一个两步的实证方法的基础上,利用图分解成结树重建最相关的信号通路。在第一步加密选择重要途径根据统计检验的手段和浓度矩阵图来源于路径拓扑。然后,它“剪辑”整个通路识别信号路径有最大的协会与特定的表型。

• CNORfeeder:这个包literature-constrained集成和数据驱动的方法来推断从扰动信号网络实验。它允许扩展给定网络链接来源于数据通过各种推理方法,并使用信息的物理相互作用蛋白质指导和验证链接的集成。

• copynumber:惩罚最小二乘回归应用于合适的分段常数曲线定位基因组拷贝数数据区域不断的拷贝数。每个样本的程序可用于个人分割,联合分割几个样品和联合细分snp序列的两个数据跟踪。几个绘图函数可用于可视化和数据的分割结果。

• DASiR:R包编程从DAS服务器检索信息

• deltaGseg通过多尺度时间序列分析:确定不同的亚种群

• DESeq2:在统计估计variance-mean依赖高通量测序数据分析和测试基于模型的微分表达式使用负二项分布

• dexus:DEXUS RNA-Seq数据中识别差异表达基因在所有可能的研究设计,比如研究没有复制,没有样本组,和未知的条件。DEXUS作品也为已知条件,例如RNA-Seq数据与两个或多个条件。RNA-Seq读计数数据可以提供S4类计数数据集和阅读数矩阵。差异表达成绩单可以可视化的热图,未知的条件下,复制和样品组也表示。这个软件是快速自核心算法是非常大的数据集,用c语言编写的并行版本DEXUS在这个包中提供。DEXUS选择是一种统计模型,在贝叶斯框架由一个EM算法。DEXUS不需要复制检测差异表达成绩单、自复制(或条件)估计的EM方法为每一个记录。该方法提供了一个信息/欠值提取差异表达记录在一个预期的显著性水平或权力。

• DriverNet:DriverNet包来预测基因功能的重要驱动力在癌症通过整合基因组数据(突变和拷贝数变异数据)和转录组数据(基因表达数据)。不同种类的影响相结合的数据图,这是一种基因基因相互作用网络推断从路径数据。使用贪婪算法来找到可能的驱动基因,更多的患者可能突变,这些突变将推动基因的基因表达值连接一些极端值。

• DrugVsDisease:这个包生成排名列表疾病或药物基因差异表达的概要文件。输入数据可以从数组表达或地理,下载或从当地移动电话文件。排名列表相关的微分表达式和使用Limma假定值的计算。浓缩的分数(萨勃拉曼尼亚et al . 2005年PNAS)计算参考设置默认的药物或疾病的资料,或一组用户提供的自定义数据。网络可视化的重要分数Cytoscape格式的输出。

• eiR:加速的eiR包提供公用事业非常大的小分子的结构相似性搜索的数据集使用嵌入和索引方法。

• ensemblVEP:查询运用变异效应预测通过perl API

• epigenomix:一个方案的综合分析基于微阵列的基因表达和组蛋白修饰ChIP-seq获得的数据。包提供了数据预处理方法和匹配以及贝叶斯混合模型拟合的方法来检测基因与数据类型之间的差异。

• gCMAPWeb:gCMAPWeb R包gCMAP包提供了一个图形用户界面。gCMAPWeb使用车包,可以使用在本地机器上,利用R的内部web服务器或web服务器运行在一个专用的rApache安装。gCMAPWeb允许用户搜索自己的数据来源和说明来生成参考数据集从公共存储库中包含的包。包支持三种常见类型的分析,特别是与1查询。查询一个或两组基因标识符,其成员预计将显示基因表达的变化方向一致。例如,一组差异基因可能包含基因转录因子的激活,抑制geneset目标压抑同样的因素。2。一组查询基因标识符,其成员预计将显示不同的微分表达式(无方向性的查询)。例如,一个特定的信号通路,其中一些可能是——一些抑制在响应刺激。3所示。 a query with the complete results of a differential expression profiling experiment. For example, gene identifiers and z-scores from a previous perturbation experiment. gCMAPWeb accepts three types of identifiers: EntreIds, gene Symbols and microarray probe ids and can be configured to work with any species supported by Bioconductor. For each query submission, significantly similar reference datasets will be identified and reported in graphical and tabular form.

• GENE.E:在GENE-E交互式探索矩阵。

• geNetClassifier:全面包自动训练多类SVM分类器基于基因表达数据。提供透明的选择的基因标记,coexpression网络,查询分类器的接口。

• GraphPAC:确定突变的氨基酸在蛋白质利用蛋白质三级结构通过一个图形理论模型。

• HCsnip:鉴于层次聚类树分解为重叠集群在半监督方法通过使用可用的病人随访信息作为指导。集群包含碎片HC的功能树,各种质量评估标准,分配新病人的两个给定的HC树木,测试集群的重要性排列参数和集群可视化使用样本的分子熵。

• HTSFilter:这个方案实现了一个过滤程序复制转录组测序数据基于全球Jaccard相似性指数,以确定较低的基因,常数的表达水平在一个或多个实验条件。

• iBMQ:综合eQTL数据的贝叶斯建模

• illuminaio:工具解析Illumina公司微阵列的输出文件,包括IDAT。

• jmosaics:jmosaics ChIP-seq检测富集地区共同的数据集。

• KEGGREST:一个包,它提供了一个客户端接口KEGG其他服务器。根据j . Zhang KEGGSOAP r .绅士,和马克•卡尔森和KEGG (python包)Aurelien Mazurie。

• lpNet:lpNet扰动数据作为输入,并生成一个LP模型允许信号网络的推理。对参数识别分析交叉验证或分层可以使用n次交叉验证。

• metagenomeSeq:metagenomeSeq旨在确定功能(操作Taxanomic单元(OTU)、物种等)丰富的两个或两个以上的组之间不同的多个样本。metagenomeSeq旨在解决标准化和under-sampling微生物群落的影响对疾病协会检测和测试功能的相关性。

• MethylSeekR为的发现:这是一个包从Bis-seq数据监管区域

• MineICA:MineICA的目的是更容易的解释解释分解通过独立分量分析的转录组数据。它有助于组件通过研究它们的生物学解释与变量(e。g示例注释)和基因集,使组件的比较从不同的数据集使用correlation-based图。

• MMDiff:这个包检测显著统计学差异读浓缩概要文件在不同ChIP-Seq样本。利用形状差异它使用内核方法(最大的差异,多党民主运动)。

• 爸爸:途径活性分析——爸爸——R包预测代谢途径的活动完全基于代谢物的代谢组学数据集包含一个列表识别和各自的丰度在不同的生物样品。爸爸生成假设提高最终的生物学解释。看到Aggio R.B.M;鲁杰罗,k和博阿斯,信号发生器(2010)——途径活性分析(爸爸):从代谢途径活性代谢物轮廓。生物信息学。

• PathNet:PathNet使用拓扑信息出现在通路和微分的基因表达水平(从微阵列实验获得)来识别途径,1)大大丰富和2)相互关联的微分表达式。中描述的算法:PathNet:使用拓扑信息通路分析的工具。Dutta B, Wallqvist, Reifman j .源代码生物学和医学2012年9月24日,7 (1):10。

• pathview:Pathview通路基础数据集成和可视化的工具集。这地图和呈现各种各样的生物相关数据通路图。所有用户需要的是提供数据并指定目标的途径。Pathview自动下载路径图数据、解析数据文件,将用户数据映射到路径,并呈现与映射的数据通路图。此外,Pathview还无缝地集成了通路和基因分析工具集大规模和完全自动化分析。

• 钢琴:钢琴执行基因集使用各种统计分析方法,从不同的基因水平统计和广泛的基因片段的集合。此外,钢琴包包含函数结合基因集的多个运行分析的结果。

• 赢钱:本方案实现了一个灵活的框架建模DNA拷贝数和基因表达数据之间的关系用分段线性回归样条函数(赢)。

• prebs:prebs包旨在使RNA-sequencing (RNA-seq)数据更加接近微阵列数据。可比性是通过总结sequencing-based表达式的算法RMA的探测区域使用修改后的版本。管道需要映射读取BAM格式作为输入并产生基因表达式或原始微阵列探针组表达式作为输出。

• pRoloc:这个包实现了模式识别技术在quantitiative质谱数据来推断蛋白质亚细胞定位。

• proteinProfiles:重要性评估的时间距离的措施——蛋白质概要文件

• pvca:这个包包含评估批来源的函数拟合所有的“源”作为随机效应包括双向互动方面的混合模型(取决于lme4包)选定的主成分,获得原始数据相关矩阵。这个包伴随着这本书“批量效应和噪声在微阵列试验,第12章。

• QuasR:这个包提供了一个框架的量化和分析短的读取。它涵盖了一个完整的工作流从原始序列读取,校准和质量控制图的创建,量化的基因组区域。

• rBiopaxParser在R:解析BioPAX文件并代表他们,此刻BioPAX 2级和3级支持。

• Rbowtie:这个包提供了一个R包装流行领结短读准仪SpliceMap附近,一个新创拼接结发现和定位工具。使用的包是QuasR bioconductor包。我们建议使用而不是直接使用Rbowtie QuasR包。

• RIPSeeker:推断和歧视RIP高峰使用两国从RIP-seq比对嗯有负二项发射概率。虽然RIPSeeker是专门针对RIP-seq数据分析,它还提供了一套全面的生物信息学工具集成在这个独立的软件包解决问题从post-alignments处理可视化和注释。

• RNASeqPower:RNA-seq,样本容量

• ROntoTools:功能分析的工具套件

• RSVSim:RSVSim包模拟的删除、插入、倒置、串联重复和各种大小的易位在任何基因组作为FASTA-file或者BSgenome数据包可用。SV断点可以放置均匀横跨整个基因组,偏向于重复区域和地区高同源性(hg19)或用户提供的坐标。

• rTANDEM:这个包封装X !串联在R .最基本的功能,这个包允许调用从R串联(输入),正如串联。exe /道路/ /输入。xml是用于运行X !从命令行串联。类也提供了分类和参数对象和方法提供了xml文件转换为R对象,反之亦然。这个包是第一步,试图提供一个可靠的蛋白质组学分析worflow R。

• 圣诞老人:这个包提供了测量方法的力量之间的联系网络和表型。它通过衡量集群跨网络的表型。顶点也可以单独排名的强度和较高的权重的顶点。

• SeqArray:大数据管理的全基因组变异使用CoreArray库,基因型数据和注释存储在一个数组的方式,提供高效的访问使用R基因变异的语言。

• SeqGSEA:高通量的基因集富集分析RNA-Seq数据通过积分微分表达式和拼接。利用负二项分布模型读取计算数据,占测序偏见和生物变异。基于排列、意义分析也可以做关于每个基因的微分表达式和拼接,分别。

• SNAGEE:信噪比应用于基因表达实验。信噪比可以作为代表基因表达研究和样品的质量。信噪比可以计算任何基因表达数据集,只要基因id可用,不需要访问原始数据文件。这允许国旗问题研究和样品在任何公共数据集。

• SomatiCA:SomatiCA是一种软件套件,它能够识别、描述和量化体细胞CNAs从癌症基因组测序。首先,它使用阅读深度和较小的等位基因频率(LAF)映射短序列读取片段基因组和识别候选区域。第二,SomatiCA估计的掺合料率相对人类基因组的tumor-normal对贝叶斯有限混合模型。第三,SomatiCA量化绝对体细胞人类基因组,并为每个基因组片段subclonality指导其特征。结果SomatiCA可以进一步结合单核苷酸变异(SNVs)更好地理解肿瘤的进化。

• SPEM:这个包可以优化参数s系统模型时间序列数据

• SplicingGraphs这个包:允许用户创建、操作和可视化拼接图及其泡沫基于基因模型对于一个给定的有机体。此外,它允许用户指定RNA - seq读取一组拼接图的边缘,并总结。

• 三层:这个包提供了识别和可视化功能潜在的分子内三层模式的DNA序列。的主要功能是检测子序列的位置可以折叠成一个分子内三层(H-DNA)更大的序列。潜在H-DNA(三)应该尽可能多的规范化核苷酸三联体。包包括可视化显示确切的碱基对1 d, 2 d或3 d。

• UniProt.ws:一个函数集合检索、处理和重新包装Uniprot web服务。

• 西瓜:15口味的贝塔和三个性能指标,与方法对象由methylumi, minfi和IMA包。

新闻从新的和现有的包

包维护人员可以添加新闻文件描述更改他们的包。以下包消息是可用的:

ADaCGH2

2.1.3版本的变化(2010-10-06):

• Rmpi在“提高”,而不是“建议”,允许R CMD Mac和Windows。

2.1.2版本的变化(2010-10-04):

• rsprng不再依赖;L 'Ecuyer作为默认的随机数字生成器。

• 使用R C例程的注册机制。

• 减少大小的例子来加快R CMD检查。

• 袜子是默认集群,Rmpi不加载。

更改版本2.1.1 (2010-09-30):

• 输出从limma和snapCGH CGHregions和输入。功能的变化,帮助,vignnette。

• 还可以使用rlecuyer。

• 与r - 2.11(适应不同的“继承”)。

版本2.1.0的变化(2010-09-23):

• 第一个完全BioC工作版本。版本变化!

版本变化1.9.0 (2013-03-23):

• 注释掉的代码给警告检查。

• 删除部分匹配(给音符)。

• 注:2.0版本几乎是准备好了,现在工作在当前版本是有限的。

affxparser

版本的变化应用于(2013-03-19):

• 例子(invertMap)快一点所以“R CMD检查”不会抱怨。

版本变化1.31.3 (2013-03-18):

• 清理:内部isPackageLoaded findFiles的()()不再使用已经manglePackageName()函数。

版本变化1.31.2 (2013-01-07):

• 在释放v1.30.2更新一样。

版本变化1.31.1 (2012-10-18):

• 现在compareCdfs()提供了更精确的“原因”属性存在差异时(定期或QC)单位。这将缩小第一单位和报告不同单元号。

版本变化1.31.0 (2012-10-01):

• 版本号是撞Bioconductor猛击版本。

版本变化1.30.2 (2013-01-07):

• 错误修复:writeCdf()没有编码解码的单元类型readCdf ()。单元类型“未知”是错误的编码,这样readCdf()将解码“copynumber”。同时,单元类型‘genotypingcontrol’和‘expressioncontrol’,不编码。

affyPara

在version 1.19.2变化:

• 一个干净的构建更多Sweave错误修复

的变化版本1.19.1:

• 一个干净的构建错误修复

annmap

变化的1.1.1版:

• 改善genomicPlot时通过了一项.genes data.frame用来调用geneDetails上确保正确格式的数据。这已被删除,您可以通过自定义的地区,让他们绘制的图。

AnnotationDbi

1.22版本的变化:

新功能

• 现在有一个方便的函数提取的数据。db包作为一个图形对象。函数被调用:makeGOGraph。

• 添加supportedSeqnameMappings()和findSequenceRenamingMaps()公用事业。

• 提高新用户的装饰图案

BUG修复和代码维护

• 修复一个缺陷在选择用户访问reactome.db

• 修复一个错误的选择通过PROBEID用户请求

• 修复一个缺陷在为用户选择使用老鼠芯片包

• 修复一个缺陷在mget Bimap对象(当ifnotfound = NA) * * * 1.20。x系列新闻* * *

aroma.light

版本变化1.29.0 (2012-10-01):

• 版本号是撞Bioconductor猛击版本。

ASEB

更改版本1.4.0:

• 文档的改进

1.3.2版本的变化:

• 文档的改进

1.3.1版本的变化:

• 添加版本注释和文档的改进

1.3.0版本版本的变化:

• 文档的改进

BaseSpaceR

版本1.0.0的变化:

包的特性

• BaseSpaceR是R SDK Illumina公司BaseSpace云计算环境中,使生产准备应用的快速构建原型和开发下一代测序数据。

包的特性

• 它提供了一组类和方法S4 BaseSpace数据模型的界面。

包的特性

• 它允许持久连接剩下BaseSpace服务器和提供支持REST API查询参数。

包的特性

• 它允许查询多个项目,样品,文件,AppResults,等等,使用矢量化操作符合R语义。

Biobase

2.19版本的变化:

用户可见的变化

• colnames rownames dimnames()()()和setter eSet-derived对象

BiocInstaller

的变化版本1.10.0:

新功能

• biocValid()检查安装包是一致的与那些可以通过biocLite ()。

• biocVersion()返回的版本Bioconductor预期与这个版本的BiocInstaller包。

用户可见的变化

• 目前biocLite()调用不带参数的更新最新版本的安装包。

biomvRCNS

的变化版本0.99.3:

新功能

• 测试和t添加到工作。类型和tmvtFit函数

错误修复

• 修复变换指数(1)pois nbinom配件

的变化版本0.99.2:

新功能

• 添加log-Vertibi c

• 添加正常化因素估计工作p和soj美元d

• 添加avgFunc用于平均计算,中位数和修剪的意思是,默认值

错误修复

• 修复变换指数(1)pois nbinom配件

的变化版本0.99.1:

新功能

• 在Bioc-devel

BitSeq

版本变化1.3.11 (2013-04-02):

新功能

• 处理文本信息的新功能

新功能

• getExpression回报也计数和记录信息

版本变化1.3.10 (2013-03-30):

新功能

• 妥善处理从Bowtie2比对

1.3.6版的变化(2013-03-19):

新功能

• 使prallelization getExpression通过OpenMP

• 从模型中提取基因名字Ensembl-like估算表达式时参考

• 添加种子选择estimateHyperPar estimateDE

• 改善输出getDE当使用超过2的条件

错误修复

• 问题在parseAlignment参考序列文件中

1.2.2版本的变化(2013-01-29):

• 偶尔使用非均匀阅读getExpression模型时崩溃

的变化版本1.2.1 (2012-11-06):

• 解析缺口对齐和half-alignments配对读取结束

BSgenome

的变化版本1.28.0:

新功能

• 添加seqnames () setter BSgenome对象,用户可以重命名这些对象的单一序列。这是一个受欢迎的用户请求。

用户可见的明显变化

• 添加检查为BSgenome对象“getSeq”方法,提高一个错误如果BSgenome和农庄提供对象是基于不相容的参考基因组。

杂项

• 开始的消息文件(这个文件)。

bsseq

0.7版本的变化:

• 删除read.bismark returnRaw参数(),因为它是不必要的(俾斯麦输出文件没有额外的信息除了M和浸和基因组的位置,不像BSmooth)。

• 将数据从数据到本月/ extdata俾斯麦例子。

• combineList()现在处理的BSseq对象列表的情况有不同的基因的位置。这个加速read.bismark ()。

• 暴露combineList()作为一个更快的选择减少(结合,列表)。

• 更新的绘图程序的代码(plotRegion)。这应该不会影响用户可见的代码。

• 添加read.bismark俾斯麦()函数来解析输出校准套装(感谢皮特Hickey)。

• Refactorized绘图代码。

CellNOptR

版本变化1.6.0 (2013-03-12):

• 错误修复

  • readMIDAS: DV、DA和TR现在可以在specy名称

  • makeCNOlist:臭虫固定当只有一个实验

  • plotModel:数据在B和W由于Rgraphviz包的问题

  • gaBinaryT家庭:(1)修复bug,当只有一个模型发现在公差内。(2)更快的哈希表中使用的最优化。

• 变化

  • writeSIF:可以用一个参数覆盖现有的文件

  • 删除cutAndPlotResultsT2:使用cutAndPlotResultsTN相反或cutAndPlot

  • plotOptimResultsPan: NA现在呈现在灰色和物种是椭圆的矩形代替。黑线连接测量印刷。y轴的ylim可以设置手动覆盖默认行为。

  • readSIF现在可以读“1 B C D E”关系在SIF格式除外。

  • makeCNOlist / CNOlist:方差可用的结构

• 新功能

  • 从www.cellnopt.org CNOdata:一个函数来获取数据

  • plotModel

  • 详尽的功能:一个简单的函数来执行优化小模型

  • cutCNOlist:削减cnolist给定物种的列表

  • CNOlist: 3新方法:长度、随机和接受一个或2 CNOlist参数。

  • randomizeCNOlist:函数来执行不同的数据的随机化

  • model2igraph函数

  • compatCNOlist CNOlist转换回旧风格;使用CNORode

CGEN

2.0版本的变化:

用户可见的变化

• 功能添加剂。测试已被添加

错误修复

• snp的函数。logisitic检查snp变量是用于主要。var或int.vars

计划

• 下一个版本将snp的新特性。物流和snp。匹配,以及一些新的功能。

ChemmineR

的变化版本2.12.0:

新功能

• 加速相似性搜索大量小分子通过新的eiR附加组件包的数据集

新功能

• Jarvis-Patrick集群大量小分子数据集

新功能

• SQLite支持小分子管理

cisPath

版本1.0.0的变化:

• 文档的改进

的变化版本0.99.10:

• 文档的改进

的变化版本0.99.9:

• 文档的改进

的变化版本0.99.8:

• 添加easyEditor方法

的变化版本0.99.7:

• unordered_map - > unordered_map (gcc > 4.6.0)或hash_map

的变化版本0.99.6:

• 已经完成了一些改进。

的变化版本0.99.5:

• 已经完成了一些改进。

的变化版本0.99.4:

• 添加了一个按钮可以用来冻结图形。

的变化版本0.99.3:

• hash_map - > unordered_map。

的变化版本0.99.2:

• 输出的大小减少到约30%。

的变化版本0.99.1:

• 添加了一个新方法叫做networkView这个新方案。

的变化版本0.99.0:

• 包发布

clusterProfiler

1.7.1上版本的变化:

• 支持去富集分析生物体celegans < 2013-01-22,星期五>

• 添加压缩参数在buildGOmap < 2013-01-16,结婚>

• 从ggplot2进口ggtitle < 2012-09-07,星期五>

• 更新代码的情节功能形成ggplot2(版本0.9.2)< 2012-09-06,清华>

• 臭虫固定buildGOmap由于空查询注释从biomaRt < 2012-07-18,结婚>

cqn

1.5版本的变化:

• 从cqn输出对象()现在有一个额外的组件:全球语言监测机构。偏移是一个偏移矩阵可以直接用于GLM类型模型(特别是轧边机)。装饰图案的用法解释secion导入磨边机。以前的小插图推荐使用抵消组件cqn输出,这是错误的,由于可伸缩性问题。cqn的抵消部分不变。这个bug被发现迈克爱<电子邮件:love@molgen.mpg.de > CQN 1.5.1和固定。

ddgraph

1.3.1版本的变化:

• 删除依赖破碎infotheo包

1.3.0版本版本的变化:

• Bioconductor 2.11发布版本

DEGseq

的变化版本1.14.0:

• 文档的改进

的变化版本1.13.3:

• 添加版本注释和文档的改进

的变化版本1.13.2:

• 文档的改进

的变化版本1.13.1:

• 文档的改进

的变化版本1.13.0:

• 文档的改进

DESeq2

版本1.0.0的变化:

• 基类:SummarizedExperiment作为超类来存储数据。

• 工作流程:包装器函数DESeq微分表达式()执行所有步骤分析。各个步骤仍可访问。

• 统计:整合先验分布的估计分散体和褶皱的变化(empirical-Bayes收缩)。瓦尔德测试提供了意义作为默认推理方法,与以前版本的似然比检验。

• 标准化:可以提供一个矩阵的样本和gene-specific归一化因子

DEXSeq

2013-02-27版本的变化:

• python脚本添加了一个参数- r,允许用户要么忽略其实箱子分别属于多个基因和治疗基因,或合并成一个总基因的基因。相当于R python脚本的实现终于补充道。

2012-11-28版本的变化:

• 泰爱泰党方法实现,对于大数量的样品没有完成或速度问题

DiffBind

的变化版本1.6.0:

• 新:低内存使用Rsamtools计数的bam文件和summarizeOverlaps (dba.count bLowMem)

• 新:阅读能力在外部派生项(如从htSeq) (dba.count)

• 改善:特性来处理过滤间隔基于阅读分数(dba.count)

  • 改变参数名称:maxFilter - >过滤器

  • 允许一个数值向量检索maxFilter过滤速率

  • 添加参数:filterFun控制过滤方法

• 新:支持SummarizedExperiment对象(dba和dba.report)

  • dba()将dba bSummarizedExperiment选项添加到对象

  • 添加数据类型= DBA_DATA_SUMMARIZED_REPORT选项dba.report()返回SummarizedExperiment

• 文档:添加部分小插图显示如何获得完整的三苯氧胺耐药性数据集

  • 添加部分小插图显示如何获得完整的它莫西芬的数据集

  • 添加脚本(tamoxifen_GEO.R)和纸样(tamoxifen_GEO.csv)为完整的它莫西芬额外的数据集

  • 添加示例为dba手册页。计数显示过滤

  • 添加示例为dba和dba手册页。报告显示SummarizedExperiment对象的检索

  • 更新和清理vignette和手册页

• 各种修正和改进的警告

剂量

1.5.1版本的变化:

• 固定在enrich.internal bug,现在返回NA而不是抛出错误,如果基因没有本体论注释< 2013-01-22,星期五>

DSS

的变化版本1.2.0-1:

• 固定一个错误计算当地的罗斯福。

• 基因改变处理方式与所有0计数。现在这些基因的罗斯福是指定为0。

easyRNASeq

1.5.1版本的变化:

• 依赖版本适应匹配Bioconductor发布2.11版本的BUG修复

• 纠正一个innapropriate函数调用内部函数(如稳定版本1.4.2)

版本1.5.0的变化:

• 没有变化,Bioconductor开发2.12版本

1.4.2版本的变化:

错误修复

• 纠正一个innapropriate函数调用内部函数

1.4.1版本的变化:

• 依赖版本适应匹配Bioconductor发布2.11版本

EBImage

的变化版本4.2.0:

新功能

• “localCurvature”函数计算局部曲率沿一条直线(j . Barry)

用户可见的明显变化

• 像素坐标的范围在JavaScript查看器显示现在(1,1):(w h),而不是(0,0):(w1、h)和匹配相应的图像数组的索引

错误修复

• “侵蚀”/“扩张”:修正了以前版本中引入的bug (4.0.0)

• “调整”:新的图像宽度计算错误时只提供了高度(b·菲舍尔报道)

• “medianFilter”:不正确(0:1)< - >整数范围内转换(由于k·约翰逊)

刨边机

的变化版本3.2.0:

• 用户指南之间有一个新的部分,在主题设计和一个新案例研究RNA-seq分析无关的尼日利亚人。2.9节(项目2)现在给的代码例子如何pre-specify色散值。

• 新功能estimateDisp()和WLEB()来自动化常见,估计趋势和tagwise分散体系。函数estimateDisp()提供了一个简单的替代管道和原则上取代所有其他分散估计函数,的漠视和对经典的磨边机。之前它还可以把自动估计的自由度,并以一个健壮的方式可以做到这一点。

• glmLRT()现在允许对比参数与多个列矩阵,使治疗这种观点的相似系数参数。

• 现在有一个新的野生选项glmLRT ()。这个选项考虑色散估计的不确定性,比默认卡方检验比较保守。

• glmQLFTest()有许多重要的改进。现在有一个更简单的选择调用序列:它可以把一个拟合模型对象,或者它可以DGEList对象和设计矩阵和模型适合本身。如果提供一个模型对象,现在检查是否分散是一个合适的类型(常见或趋势)。现在可以生成一个原始的情节和残余萎缩意味着太多而AveLogCPM。现在的选择是robustifying经验贝叶斯的一步。现在有一个更小心计算的残余df专门账户的情况下,在一群复制都等于零。

• 基因集测试函数烤(),mroast相机()和()现在有方法为DGEList定义数据对象。这有助于基因集磨边机内测试和通路的表达谱分析。

• 默认的方法plotMDS DGEList对象()已经改变了。新的默认形式log-counts-per-million和计算欧氏距离。基于BCV-distances旧的方法可以通过设置方法=“BCV”。情节轴的注释方法已得到改进,这样距离是明显的阴谋。

• prior.count的论证。全部用于缩小log-fold-changes之前已经更改。数在各种功能在整个包,现在指的是平均之前。计算每观察记录而不是之前的总数。之前的治疗。计数也改变了略微cpm()当日志= TRUE。

• aveLogCPM()的新函数来计算平均每个日志计数每百万记录所有库。这是现在使用的所有功能在包设置AveLogCPM,目前丰富的标准衡量。AveLogCPM现在只计算一次,的值,而不是更新当分散估计时,或者当一个线性模型拟合。glmFit()现在保存AveLogCPM向量中发现DGEList对象而不是验算。使用旧的丰度测量被淘汰。

• 全球语言监测机构分散估计函数现在快得多。

• rpkm()的新函数计算每千碱基读取每百万(rpkm)。

• 新选项方法= "没有" calcNormFactors ()。

• 所使用的默认跨度dispBinTrend()已经减少。

• 各种改进内部c++代码。

• 函数binCMLDispersion()和bin.dispersion()已被移除过时了。

• 错误修正为DGEGLM对象构造子集。

• plotMDS Bug修复。使用norm.factors DGEList做出一致的。

eiR

版本1.0.0的变化:

新功能

• eiR包介绍有效的方法加速非常大的化合物的结构相似性搜索和聚类数据集。加速度是通过应用嵌入和索引技术来表示高维欧氏空间中的化合物,并采用超高速的复合数据集使用LSH-assisted最近邻搜索嵌入空间中。这种方法可以大大减少大型数据库的搜索时间,40 - 200倍倍当搜索100查询最近的化合物。

ExiMiR

2.0.1版本的变化:

• R / createAB。R:添加支持非imagene数据类型由limma读取

• R / NormiR。R:修复/中值的意思是规范化的问题

exomeCopy

版本变化1.6.0 (2013-03-05):

• 从Xβexp (Xβ)建模的预期深度阅读

fmcsR

更改版本1.1.3:

• 装饰图案的更新

1.1.2版本的变化:

• 帮助更新

变化的1.1.1版:

• 装饰图案的更新

计

2.9.4版本的变化:

• 添加二级装饰图案,“基因”设置和数据准备,数据准备。

2.9.2版本的变化:

• 建议和连接到pathview包结果可视化。

2.9.1版本的变化:

• 删除依赖乘计划假定值罗斯福调整,使用p。统计方案的调整功能。

• “取决于”更改为“进口”图形包,我们只需要导入graphNEL类和connComp方法。

• kegg.gs子集。从现在开始,kegg。gs只包括标准信号和代谢途径的子集KEGG数据库路径,和kegg.gs。dise疾病途径的子集。并建议KEGG KEGG途径分析。gs或kegg.gs。dise是分开的(而不是完全结合)定义为更好的结果。注意,kegg。gs和子集被定义在gageData包略有不同。

• 在计装饰图案,添加引用部分,包括所有基因的一个例子(而不是那些选择使用essGene函数)在基因使用geneData设置结果检查功能。

GeneAnswers

变化在2.0.0版本:

新功能

• 基于当地reactome.db Reactome途径分析。之前的xml查询已被禁用。

错误修复

• igraph完全支持。igraph0不支持,这意味着节点索引从1开始,不是0 igraph0或小于0.6。igraph x版本。

• 走了。CC。曼氏金融级别指定的测试已经固定。

geNetClassifier

1.0版本的变化:

新功能

• 包发布

genomeIntervals

的变化版本1.15.3:

• 现在基因组间隔顺序consisten假设(开始= = (start - 1和停止)= =别)

1.15.2版本的变化:

• 取决于间隔> = 0.14.0修复R的分裂行为的改变

• 那种没有别名论证了新特性

• 秩序、排序,排名和xtfrm持续实施。

1.15.1版本的变化:

• 创建新闻文件替换更改文件,符合R标准组件架构新特性

• 介绍了data.frame胁迫

• 介绍了一个writeGff3函数

• 恢复默认排序行为R行为和添加了一个方法参数。设置别名导致更多生物相关对象的排序。

GenomicFeatures

1.12版本的变化:

新功能

• 支持新UCSC的物种

错误修复

• 更好地支持GTF和人造石铺地面处理成TranscriptDb对象

新功能

• 方法制作TranscriptDb对象一般来源已经更有用

错误修复

• 更新允许继续访问像UCSC的不断变化的服务

新功能

• 修正seqnameStyle方法

错误修复

• 在10倍的性能收益GTF和人造石铺地面文件的处理

GenomicRanges

的变化版本1.12.0:

新功能

• 实现“seqnameStyle Seqinfo对象的替代方法。“seqnameStyle (x) < -风格的作品在任何对象“seqinfo”替代方法。

• 添加修剪,GenomicRanges-method削减约束范围。

• 添加促进剂,GenomicRanges和推动者,GRangesList方法。

• 添加“overlapsAny”方法代替弃用“% %”方法。

• 添加的忽视。参数匹配,GenomicRanges-method链”。

• 添加的。映射的参数为GenomicRanges对象“减少”的方法。

• 添加“unname”方法来删除从SummarizedExperiment dimnames。

• 添加“cbind”和“rbind”SummarizedExperiment的方法。

• 添加“seqselect”、“seqselect < -”和“分裂”SummarizedExperiment的方法。

• 添加GAlignmentsList类。

• 添加readGAlignmentsList通用和方法。

用户级的重大变化

• 调整,GenomicRanges方法不再检查“修复”与“x”当length-compatible“x”长度为零。这允许调整(x, w,修复= "结束")而不用担心“x”零长度。

• 改变“距离”的行为。以前附近范围的距离1和重叠的距离为0。现在两个相邻和重叠的距离为0。

• 转变,GenomicRanges-method不再修剪的范围。

• “distanceToNearest”不再下降范围没有达到,但返回“NA”“subjectHits”和“距离”。

• “基因组”不再是一个无效的colname GenomicRanges对象的元数据。

• 4 x-8x加速进行报道()在一个农庄或者与许多seqlevels GRangesList。

• 删除“> =”、“<”和“>”GenomicRanges对象的方法。

• 加速“seqinfo setter GenomicRanges和GappedAlignments通过避免没有必要时验证。

• readGappedAlignments现在可以通过BamFile readBamGappedAlignments。

• 删除不需要的“独特”和“排序”GenomicRanges对象的方法。

• 改变行为的“匹配”和“% %”GenomicRanges对象上使用平等而不是重叠比较元素GenomicRanges对象之间的“x”和“表”。

• 匹配,GenomicRanges-method得到相同的“方法”argumnet“复制”这些对象的方法。

• 删除不需要的“countOverlaps”方法。

• “classNameForDisplay”缩短数据类型的名称显示。

• 添加全局选项“showHeadLines”和“showTailLines”控制头/尾线的数量显示在显示,农庄和显示,GappedAlignments方法。

• ”distanceToNearest“现在返回一个对象,而不是DataFrame。

弃用,已经

• 删除已经countGenomicOverlaps (), grg(),和globalToQuery ()

• 之前已经弃用”。ignoreElementMetadata argmuent的c, GenomicRanges-method。

• 反对一切“匹配”和“% %”方法在包与GenomicRanges除外,GenomicRanges签名。

• 反对“resolveHits”方法。

错误修复

• 几个bug修复“最近”。

• 现在的输出“findSpliceOverlaps”显示“NA”范围没有击中。

GGtools

4.7版本的变化:

• snplocsDefault()函数添加到简化SNPlocs.Hsapiens.dbSNP的合适选择。*对所有使用一个共同的价值

• 现在sensanal()函数作用于sensiCisInput实例提供一个概览的灵敏度分析cis-eQTL搜索

gmapR

的变化版本1.2.0:

新功能

• 新方法getSeq GmapGenome从GmapGenome索引检索序列。这也支持强制DNAStringSet从而容易通过rtracklayer FASTA的出口。

• bam_tally收获一个ignore_duplicates理由忽视BAM记录标记为PCR /光学复制。

• 现在读位置均值和方差bam_tally输出。

用户可见的变化

• GMAP已经更新7月的12版本(是的,这是旧的)。

• GSTRUCT 3/22/13 (bamtally)更新到主干。

错误修复

• asBam, GsnapOutput现在实际工作。

GOSemSim

的变化版本1.17.1:

• 更新IC数据对下一次发布< 2013-03-08,星期五>

• 删除NA相似矩阵的行/坳后,如果只剩下一行/坳,R将它是一个向量,combineScore函数将无法正常工作。这个错误是固定< 2013-01-11,星期五>

• infoContentMethod bug修复,现在返回NA当ID是不属于本体< 2012-10-11,清华>

GraphPAC

版本1.0.0的变化:

• 第一个版本的GraphPAC包。

• 两种绘图类型可用。

• 插入方法允许是便宜的,最近的,最远的和随机的。

GSEABase

1.21版本的变化:

用户可见的明显变化

• GeneSetCollection,,GOCollection-method方面evidenceCode和本体

Gviz

更改版本1.4.0:

新功能

• BiomartGeneRegionTracks现在将利用可用的cd在运用信息。

• AnnotationTrack的构造函数、GeneRegionTrack DataTrack和SequenceTrack类现在接受一个角色标量指向一个文件的文件系统。几个默认的解析器函数实现了读取标准的文件类型。另外,可以提供一个用户定义的导入功能。这个功能还支持流媒体从索引文件类型如BAM或有重大影响的人,在这种情况下,数据是动态获取每个绘图操作。

• 现在集市对象在BiomartGeneRegionTrack对象缓存来加快后续查询相同的集市。

• 当策划DataTracks“梯度”或“热图”型,颜色范围是绘制在常规轴显示的数值映射错误的颜色范围。感谢马克鹭贡献他的代码。

• heatmap-type图所示样品名称现在可以通过设置“showSampleNames”显示参数。

用户可见的明显变化

• 完整的自动重构字体大小调整提供更合理的默认值。

• 蜱虫基因组轴上的标签现在显示在刻度线之间,当放大单核苷酸水平。

错误修复

• 固定一个bug IdeogramTracks所有乐队在圆帽表意文字的边缘人失踪。

• 基因组范围的绘制方式现在根据Herve乐高块模型显示。这只是有关当放大单核苷酸水平。

• 蜱虫基因组轴上的标签现在只显示有效数字。

• 样品订购的热图情节现在是正确的。

• 众多小的修正。

GWASTools

更改版本1.5.9之后:

• assocTestRegression计算等位基因数分别为每个模型。

• 从SnpAnnotationDataFrame convertNcdfGds使用信息存储在GDS等位基因和染色体编码文件。

的变化版本1.5.8:

• 添加缺失值支持GdsReader。

• 固定错误GdsReader getAttribute方法。

• 为兼容更新GdsReader gdsfmt 0.9.11(不再兼容旧版本)。

1.5.7版本的变化:

• 固定错误genotypeToCharacter导致调用getGenotype单个SNP (char = TRUE)返回NA。

• 重命名minorAlleleSensitivitySpecificity minorAlleleDetectionAccuracy和添加额外的输出。

1.5.6版本的变化:

• minorAlleleSensitivitySpecificity添加功能。

1.5.5版本的变化:

• 弃用pedigreeClean pedigreeFindDuplicates。pedigreeCheck现在包含所有血统检查,应该使用。

• 添加pedigreeMaxUnrelated找到最大组的成员的血统无关。

• 添加额外的输出列“加”矩阵由alleleFrequency返回。

1.5.4版本的变化:

• 删除硬编码的常染色体一22;现在可以设置一个向量的整数编码对应的常染色体与“autosomeCode”参数与“autosomeCode”对象创建和检索方法。这种变化使得GWASTools兼容非人类生物。

• 添加选项duplicateDiscordanceAcrossDatasets数缺失的数据不一致。

• 添加选项的genoClusterPlot轴0开始。

1.5.3:更正版本的变化

• “alleleA删除。坳”和“alleleB。从叮铃声坳”选项功能,为“alleleA”和“alleleB“现在标准名称。

• 添加“getAlleleA”和“getAlleleB”GdsGenotypeReader的方法。

• 增加NcdfReader“getDimension”方法。

1.5.2版本的变化:

• 添加“getAlleleA”和“getAlleleB”SnpAnnotation *和GenotypeData对象的方法。

• 添加genotypeToCharacter函数将从数A / B等位基因的基因型格式。

• 对GenotypeData getGenotype选项char = TRUE返回字符基因型A / B格式。

1.5.1版本的变化:

• 添加选项duplicateDiscordanceAcrossDatasets计算小等位基因不整合。

hapFabia

的变化版本1.2.0:

• 错误修复vcftoFABIA

的变化版本1.0.5:

• 单体型vcf文件现在是可能的

1.0.4版本的变化:

• 重命名的程序和手册“单体型集群”“IBD段”

1.0.3版本的变化:

• 小的改进

更改版本1.0.2中:

新功能

• 新的参数:SNVs计算本之间的距离大小

新功能

• 新的参数:本大小SNVs直接

新功能

• 现在默认的基因型数据

版本1.0.1的变化:

新功能

• 染色体数目自动从注释中提取

新功能

• 现在注释文件选项卡或空白分隔(自动检查)

HiTC

v1.3.3变化:

新功能

• 高c交互地图上添加PCA函数如排成et al . 2009

错误修复

• HTCexp。误差在构造函数的交互地图有一个暗淡的= 1

• mapC。错误的固定在两个交互的可视化地图大小不同。规模更新,而注释追踪总是从大地图。

1.3.2版本的变化:

新功能

• 新的可视化HTClist对象

• HTClist对象的新方法

• 新的HTClist类来管理HTCexp列表对象(基本上高c数据)

用户可见的明显变化

• 更新的手册页

• Nora_5C数据的更新。E14灯头和MEF现在HTClist对象

• 更新importC / exportC函数。现在是依赖于标准的格式。这似乎是最常用的格式。

• 所有mapC方法的更新。视图参数被删除。HTCexp对象现在显示在三角形的观点,而HTClist热图视图中显示

1.3.1版本的变化:

新功能

• 主要版本:替换所有GenomeIntervals对象农庄的为了提高与其他HT的兼容性BioC包

用户可见的明显变化

• ExtractRegion方法有了一个新的参数。的想法都是一样的不是任何应用功能。如果保证金= 1(分别地。2,分别地。c(1、2)),该地区从“x”中提取(分别地。“y”,分别地。)间隔

• 图的功能。当两个HTCexp对象是一起情节,只有十字路口的“x”和“y”间隔。

• “范围”的方法返回一个农庄组织对象

• 数据窗口的变化极端的垃圾箱

• mapC只需要HTCexp对象。从矩阵类的对象不再是允许的

弃用,已经

• seq_name现在已经弃用

• 出口和normPerZscore现在已经不复存在

错误修复

• exportC。臭虫固定在本坐标

• CQC。错误与NA固定值

• mapC。臭虫固定在注释的可视化功能。选择注释在相同的染色体空间策划。

• mapC。Bug修复染色体间数据的可视化的统计值

hpar

1.1.2版本的变化:

• 装饰图案更新knitr 1.0兼容性,谢谢丹!< 2013-01-15 >星期二

变化的1.1.1版:

• 固定装饰图案< 2012-10-02 >星期二

1.1.0版本的变化:

• 凹凸版新猛击< 2012-10-01我>

HTSeqGenie

的变化版本3.9.25:

• analyzeVariants VariantTools”。indels”是好的

的变化版本3.9.24:

• aloow新质量分数范围从1-50“GATK-rescaled”(33 - 83 ASCII)

的变化版本3.9.23:

• 添加配置参数“analyzeVariants.indels”

的变化版本3.9.22:

• 删除依赖向“日志”包

的变化版本3.9.21:

• 通过GATK变量调用

的变化版本3.9.20:

• 准备BioC提交

• 现在使用detectRRNA。做的事:在default-config.txt假吗

的变化版本3.9.19:

• 删除从mergeBAMsAcrossDirs mc.preschedule = FALSE

• 配置参数的analyzeVariants补充道。方法”(GATK检查尚未完成)

的变化版本3.9.18:

• 现在取决于VariantTools 1.1.13 mclapply修复的bug (mc.preschedule = FALSE)

的变化版本3.9.17:

• 配置参数的alignReads补充道。analyzedBam”控制分析。bam是建立

• 删除前的alignReads配置参数。analyzed_bamregexp”,无法在单一工作结束

的变化版本3.9.16:

• sessionInfo()不再叫了writePreprocessAlignReport()在生成报告,防止崩溃时管道运行时包已经更新

• sclapply()现在使用一个最后的清理过程杀死所有线程的创建

• 添加了一些单元测试,检查后没有残留的线程sclapply()在不同的场景中

的变化版本3.9.15:

• 使用低杠杆变体从VariantTools调用接口。这允许访问raw_variants以及过滤的/

• 变体调用现在包含在mergeLanes ()

的变化版本3.9.14:

• 添加了“alignReads配置参数。use_gmapR_gsnap”来控制是否应该从gsnap gmapR或路径

• “alignReads默认配置参数。use_gmapR_gsnap”现在是正确的

• 删除重复的默认配置参数:路径。picard_tools, markDuplicates.do

• 添加了一个检查checkConfig()停止是否重复一些配置的目的

的变化版本3.9.13:

• 添加变量调用使用VariantTools(没有并行)

的变化版本3.9.12:

• 包括markDuplicates成runPipeline(),由markDuplicates控制。做配置

的变化版本3.9.11:

• 重构setupTestFramework()允许注入TP53基因模板

的变化版本3.9.10:

• 添加函数通过皮卡德马克复制工具

的变化版本3.9.9:

• 固定detectRRNA代码,包括在wrapGsnap bug

• 添加测试detectRRNA tp53基因

的变化版本3.9.8:

• 系统命令“samtools”没有在代码中使用了

• 删除未使用的功能:indexBAMFiles、filterBam getReadLengthFromBam getBamIndexStats

• (filterBam将在异种移植模块)

的变化版本3.9.7:

• 适用于Biobase 2.18.0 (Bioconductor版本2.11)

• 固定的“路径”x不存在虚假的信息

• 老gmapR东西现在消失了:parallelized_gsnap consolidateSAM, consolidateGsnapOutput consolidateBAm

• 现在使用wrapGsnap,促进过渡到提供的gsnap gmapR

• 现在取决于gmapR(加载TP53Genome ())

的变化版本3.9.6:

• 使剩余与TP53基因测试运行

• 移动detectRRNA HTSeqGenie测试。取决于IGIS斯通

3.9.5版本的变化:

• 根据IGIS删除runPipeline测试。而不是使用简单的基于TP53基因的集成测试。这requried已有房内:R / runPipeline。R R / TP53GenomicFeatures。R抄袭和依赖gmapR TP53Genome bioc分支

的变化版本3.9.4:

• 收敛与BioC版本:添加@internal关键字

• 配置参数

3.9.3版本的变化:

• 小评论(收敛BioC版本…)

• 检查好模块应用程序/ ngs_pipeline / dev

3.9.2版本的变化:

• 删除所有有关calculateJunctionReads junctionReads(由于使用一种过时的newCompressedList BioC)

• 检查应用程序/ ngs_pipeline / dev

3.9.1版本的变化:

• 删除所有有关SNVsOmuc, analyzeVariants variantConcordance(由于gmapR冲突)

• 重命名会变成新闻

的变化版本3.9.0:

• 从3.8.0严格复制

htSeqTools

1.5.1版本的变化:

• 固定错误enrichedRegions RangedDataList对象的方法

iPAC

1.1.2版本的变化:

• 包括get.Remapped.Order()函数显示重组扑杀后氨基酸。

• 设置“AtomCount”列标签来显示”。“当计数。位置函数是一致的。AlignedPositions函数。

• 包括一个“Plot.Protein。线性”功能,帮助可视化蛋白质重组。

• 现在,您可以指定您选择“Plot.Protein的称号。线性”功能。

IRanges

的变化版本1.18.0:

新功能

• 添加全局选项“showHeadLines”和“showTailLines”控制头/尾线的数量显示为范围,“秀”方法DataTable,打击的对象。

• “子集”方法为矢量对象现在认为元数据列。

• 添加classNameForDisplay()一般用在所有IRanges和GenomicRanges定义“秀”方法。

• 为(x, DataFrame)现在在工作任何R对象。

• 添加findMatches(),(),它返回所有匹配的改进版本之间的匹配“x”和“表”。点击返回的对象。也添加countMatches()计算匹配的数量为每个元素在“表”在“x”。

• 添加overlapsAny()代替% %(现在弃用基于范围对象),并在% % %和%作为overlapsAny方便包装()。% % % %的替代。

• 添加的。映射的参数为IRanges“减少”方法,范围,观点,RangesList,和CompressedIRangesList对象。

• 添加“秩序”Rle方法对象。

• 添加subsetByRanges()的通用方法,NULL,向量,IRanges。这是半成品,更多的方法很快就会被添加。长期的计划是让这个替代seqselect(),但是更快和更清洁的实现。

• 添加促进剂()泛型方法的范围,RangesList,视图和CompressedIRangesList对象。

• elementLengths()现在XVectorList对象(因此工作DNAStringSet Biostrings包)中定义的对象和家庭。注意,这是第一步已经重新刊登()工作XVector对象(例如DNAString对象)虽然还没有准备好。

• 为DataFrame对象添加“mstack”方法。

• 添加的名字。var“堆栈”方法的参数列表对象命名可选列元素本身有命名元素时形成的。

用户可见的明显变化

• 现在“distanceToNearest”方法返回一个点击,而不是DataFrame对象。

• 距离()的行为已经发生了改变。相邻的和重叠的范围现在返回一个0 l的距离。看到了什么?距离手册页获得详细信息。暂时将发出警告的距离()直到Bioconductor 2.13的发布。

• 改变参数列表的扩展()通用:函数(x,…),而不是函数(x, colnames keepEmptyRows)。

• 戏剧性的复制的独特()和()加速CompressedAtomicList对象。

• 重大endoapply()加速XVectorList对象(这好处DNAStringSet Biostrings包)中定义的对象和家庭。

• 2 x加速CompressedList对象的“c”方法。

• classNameForDisplay()条“简单”或“压缩”,影响所有的“秀”方法基于它。现在:> IntegerList (1:4, 2: 3) IntegerList长度为2的[[1]]1 2 3 4[[2]]2 1 0 1 2 3而不是:> IntegerList (1:4, 2: 3) CompressedIntegerList长度为2的[[1]]1 2 3 4 [[2]]2 1 0 1 2 3

• 优化“(<——“Rle方法对象当没有选择指数(就返回自我)。

• 现在“堆栈”方法列表对象创建一个可选名称变量因素。

• 现在评估FilterRules单独子集,每个过滤器,而不是由所有最后构造子集。

• 优化()在CompressedLogicalList对象。

• 所有二进制比较操作(= =,< =,等等…)范围对象现在使用比较()背后的场景。这使得它们更快也更高效记忆。

弃用,已经

• % %现在已经弃用在基于范围的对象。请使用% %。更准确地说:“匹配”和“% %”方法,操作视图,ViewsList, RangesList或RangedData对象(20方法总共)现在已经弃用。-匹配的行为()和% %范围对象的改变(并将发出警告)使用范围对象之间的平等,而不是重叠比较元素的“x”和“表”。旧的行为仍然可以通过新的“match.if匹配()。重叠的参数,默认是假的(参数将被弃用BioC 2.13和删除BioC 2.14)。

• tofactor()早已作古。

• ”。ignoreElementMetadata IRanges对象的“c”方法的争论早已作古。

错误修复

• 小修复“unlist”方法CompressedList对象当“use.names”是真的,“x”是一个长度为零的命名列表(在这种情况下没有返回的长度为零的向量命名,现在是)。

• “调整”方法范围对象现在允许长度为零的“修复”当“x”是零长度。

• 现在构造子集视图对象元数据列的子集。

• 名称的列向量DataFrame对象现在保存当调用DataFrame(),或强迫DataFrame时,或者当DataFrame对象结合rbind ()。

• 现在重新刊登()传播的名字在返回SimpleList时“骨架”。

• 更好的参数检查breakInChunks ()。

• 修复破碎的任何“showAsCell”方法。现在试图向量而不是强迫的义务虽对象data.frame(从未工作过,由于一个错误)。

• 在“侧面”方法解决长期错误范围对象:它不再返回无效对象当NAs经过“宽度”参数。现在是一个错误尝试这么做。

• 解决问题的”。env”方法无法找到调用者的环境。

• 在“showAsCell”方法修复bug AtomicList对象:现在返回字符(0)而不是NULL对象的长度为0。

• sort()现在滴NA NA的时候”。最后= NA ' Rle对象(符合基地:排序)。

• 表()现在需要适当处理NA Rle对象。

• 表()现在返回所有factor-Rle对象上的水平。

• 修复取代rl当使用范围的指数。

• 修复bug (< - DataFrame对象的方法。修复纠正一个新列的方式创建的任务都是一个子集。以前,如果第一行是集,说,' 1 ',所有列中的值被设置为“1”时,需要将钠与data.frame(一致性)。

• 修复bug的比较()(不返回0当比较0-width范围本身)。

• 修复的命名列时通过一个网络矩阵DataFrame()——没有更多的方式来后缀。

• 解决“rbind”方法DataFrame对象当一些列矩阵对象。

等压线

1.5.2版本的变化:

• 添加MSGF + tsv进口(one-line-per-psm格式)

• 重构代码的各个部分(proteinRatios、report-utils isobar-import)

• 天车XLS报告:报告意义蛋白质比例,和肽比例

1.5.1版本的变化:

• 添加分子量校正emPAI dNSAF

• “ratiodistr.class添加属性。唱片公司:生物差异可以计算报告中与其他标签

• 改进的PDF分析报告:每个部分的蛋白质补充道

• 添加位置规模家庭T分布(分配类)和fitTlsd生物差异分布。

• 更好的蛋白质PDF分析报告布局。

1.5版本的变化:

• 增加了对天车的模块验证和量化

• 验证

• 荧光粉XML导入,作家和生产的读者

• DeltaScore计算提供数据

• 量化

• 现在可以做量化在蛋白质水平,肽水平,或修改肽水平。对修改后的肽水平,提供一个矩阵与一个“肽”和“modif”列到适当的功能。

• 修正与蛋白质肽比例比例是可能的。方差也可以调整(假设没有或完全相关)

• 报告生成

• 进口PhosphoSitePlus或neXtProt修改网站上的信息

KEGGREST

版本1.0.0的变化:

用户可见的明显变化

• 包了。

新功能

• 包了。

limma

的变化版本3.16.0:

• 新部分用户指南课程实验和许多时间点。用户指南的RNA-seq案例研究也被修改。

• 对各种帮助页面包括read.maimages的改进。理查德·道金斯,squeezeVar。理查德·道金斯,fitFDist。理查德·道金斯,trigammaInverse。理查德·道金斯,normalizeRobustSpline。理查德·道金斯,看着。Rd和roast.Rd。以前的意思=“安捷伦”在read.maimages.Rd mis-stated来源。

• 新前健壮的经验贝叶斯估计的方法,称为通过指定的强劲= TRUE调用ebay ()。当这是真的df的输出。在现在是一个向量,而不是一个标量。

• fitFDistRobustly()的新函数估计的参数扩展f分布使用Winsorized值。离群值观察接收df的较小值。比non-outliers之前。这允许squeezeVar健壮的方法(),ebay()和ebay(),所有这些wins.tail现在有一个新的论点。p为Winsorizing指定尾比例。

• fitFDist()现在允许无限的协变量的值。它还优雅地处理协变量的情况下只需要少量的不同值。同样对ebay()和squeezeVar()调用fitFDist ()。

• 执行组基因测试的所有功能已被修改,使输入和输出格式更加一致。

  烤(),mroast相机()和()现在S3通用函数,EList和MAList对象与方法。

  参数的顺序已经改变了烤(),mroast相机()和()现在,第一个参数是y。

  现在所有的函数执行基因集使用参数“指数”来指定哪些基因是包含在测试集。以前这一观点被称为“iset”烤()和罗默()和“指数”相机()。

  相机()和mroast()现在产生data.frames。而不是单独的上下假定值列,现在有一个双面的假定值和列指示的方向变化。有新列给罗斯福的价值观,在每组的基因数量。有一个新的论点“排序”显示输出结果是否应该按假定值排序。

  mroast()有一个新的论点“权重”观察权重,将其与烤(),

• 文氏图()现在可以情节五集(以前限于三个)。

• 看着()现在选择了一块椭圆形的用于表示技术和生物相关的组件。它现在也有能力自动选择探针用于相关分析,和一个新的参数控制方法用于此选择。

• 新选项的方法参数propTrueNull ()。

• 新功能vooma()和voomaByGroup()计算精度权重基于均值-方差的趋势。vooma()类似于轰(),但代替RNA-Seq微阵列数据。voomaByGroup()允许系统不同的团体有不同的差异。

• predFCm()的新函数来计算预测(缩小)日志褶皱的变化。

• fitGammaIntercept()的新函数估计的拦截伽马glm抵消。看着用()。

• zscoreHyper()的新函数计算z分数的偏离了超几何分布。

• qqf()的新函数qq-plots相对于一个f分布。

• normalizeWithinArrays()与方法= " robustspline“现在不再需要设置布局参数。布局理由normalizeRobustSpline()现在默认为单个print-tip组。

• fitFDist()现在强制自由度df1低于1 e15汽油为零。

• 由于R的变化,loessFit()不再使得外语直接调用代码统计包中,而不是调用R功能。不幸的是,这使得loessFit()约25 - 30%比以前使用重量时慢。

• 错误修复read.maimages(),不接受源=“agilent.mean”。

• contrasts.fit Bug修复()的协方差矩阵系数(cov.coefficients)拟合模型中没有找到对象。这种情况下不使用任何标准的limma分析管道出现。

• 错误修复lmscFit()时,残余df = 1。

• Bug修复readTargets(),以避免警告消息当目标标签是用于设置美元行名字但目标$标签包含重复的条目。

庄园

的变化版本2011-03-18 (2011-03-18):

• 更新调用的高兴:::daglad装饰图案来修复一个错误引起的违约率的变化“daglad”。

的变化版本2010-10-01 (2010-10-01):

• 清洗的数据/旗帜。RData”包含的对象从一个老“globalenv”。

• 更新维护人员的电子邮件地址。

的变化版本2010-01-24 (2010-01-24):

• 还说(后)强度。旗帜”到“数据/旗帜。RData”(v 1.12.0以来一直被一个未知的原因)。

的变化版本2009-01-15 (2009-01-15):

• 错误的人/ spatial.Rd对齐选项卡。

的变化版本2009-01-13 (2009-01-13):

• 更新在.Rd文件的引用。

• 固定警告由于不正确使用.Rd \项目的文件。

的变化版本2009-01-06 (2009-01-06):

• “规范”和“排序”现在S3的方法

的变化版本2009-01-04 (2009-01-04):

• (几乎)R /文件/函数之一

• 删除空的部分人/ qscore.Rd \细节

• 添加一个名称空间

• 删除本月/ doc / Makefile(不再需要了,因为不需要html输出)

的变化版本2009-01-02 (2009-01-02):

• 删除另一个非标准的关键字

的变化版本2009-01-01 (2009-01-01):

• 每个\关键词入口只有一个字…

的变化版本2008-12-31 (2008-12-31):

• 现在使用标准的“关键词”

• 改变\链接代码{东西}}{\ \代码{\链接{东西}}

的变化版本2008-11-26 (2008-11-26):

• “关键字”部分填写.Rd文件。

• 删除空的部分从.Rd文件“例子”。

• 初始化一些变量在声明在R C代码,防止警告CMD检查。

的变化版本2008-09-23 (2008-09-23):

• de la函数修改简历倒retourner NA当所有向量杜拉的值是< e0 > NA

• 修改函数de la getChromosomeArm倒,cytoband不所以positionn < e9 > e < e0 > NULL

的变化版本2008-09-04 (2008-09-04):

• 添加了一个更新日志

• 在.bib文件更新过时的引用

• 改变了国旗”的定义代表。国旗”以避免造成的错误现在sd (NA na.rm = TRUE)

metagenomeSeq

更改版本1.0.0 (2013-03-29):

• ——释放!

minfi

1.5版本的变化:

• 添加单元测试的预处理算法。

• 提高大型数据集的天鹅的速度。

• 添加新类“GenomicRatioSet”。这是类似于“GenomicMethylSet”,而是含有冰毒和Unmeth它包含M和/或β和拷贝数。

• 我们现在依靠illuminaio代替crlmm为了得到readIDAT。

• unsrturl补充道。为运行Sweave bst依赖性降到最低。

MLInterfaces

的变化版本1.39.5:

• 现在/ trainScores rownames ksvmI测试。在predScores导致错误。< 2013-03-12 >星期二

的变化版本1.39.4:

• plsda预测收益概率矩阵而不是数组[1],dim (lgatto) < 2013-03-09 >坐

的变化版本1.39.3:

• 固定predScores (lgatto) < 2013-03-01 >星期五

的变化版本1.39.2:

• macroF1修复与na.rm答

的变化版本1.39.1:

• 不扩展kmeans partPlot的分区(lgatto) < 2012-11-10 >坐

MotifDb

更改版本1.1.3:

新功能

• 683个新图案源自DGF(数字基因组足迹)stamlab (http://www.stamlab.org/)补充道。每一个被确定为“knownMotif”或“novelMotif”

motifStack

的变化版本1.2.12:

新功能

• 新方法添加到pcm和烤瓷类。

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

的变化版本1.2.10:

新功能

• 新功能motifStack

• motifCloud函数分为两个功能:motifSignature motifCloud

• 新类pcm和motifSig

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

的变化版本1.2.9:

新功能

• 新的布局函数motifCloud云画的主题

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

1.2.8版本的变化:

新功能

• 新功能motifCloud云画的主题

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

1.2.7:编写版本的变化

新功能

• 缩短执行时间

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

版本:相对于1.2.6的变化

新功能

• 任何更改分类为“新特性”(包在积极开发)

错误修复

• 修复bug对象“rayonWidth”未找到烤瓷时不给plotMotifStackWithRadialPhylog ()

1.2.5版本的变化:

新功能

• 添加一组颜色prameter控制plotMotifStackWithRadialPhylog的行为()

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

版本4:变化

新功能

• 附加一个prameter顺时针,init。角和角来控制plotMotifStackWithRadialPhylog的行为()

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

更改版本1.2.3:

新功能

• 任何更改分类为“新特性”(包在积极开发)

错误修复

• 修复bug,情节反复轴plotMotifLogo ()。

1.2.2版本的变化:

新功能

• 附加一个prameter revcomp表明DNAmotifAlignment是否应该使用reverse-complement图案对齐。

错误修复

• 附加一个prameter rcpostfix, defaut“(RC)”,这个名字烤瓷当DNAmotifAlignment使用reverse-complement图案的位置对齐。

的变化版本1.2.0:

新功能

• 画图案对齐标志栈与种系发生树在径向的风格

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

MSnbase

的变化版本1.7.25:

• 更新itraqdata解决问题在装饰图案结合(exp1 exp2)和不同MIAPE版本< 2013-03-22 >星期五

的变化版本1.7.24:

• 提到规模小插图< 2013-03-02 >坐

• exprsToRatio矩阵法< 2013-03-20 >结婚

的变化版本1.7.23:

• 新的私人nolog函数< 2013-02-21 >星期四

• 添加功能的总数plotNA < 2013-02-22 >星期五

• msnbase更新。r < 2013-02-26 >星期二

的变化版本1.7.22:

• msnbase。r na。rm arg < 2013-02-20 >结婚

的变化版本1.7.21:

• 添加转嫁方法< 2013-02-19 >星期二

的变化版本1.7.20:

• Explicitating正常化和规范化是相同的方法的人。< 2013-02-13 >结婚

的变化版本1.7.19:

• 添加MIAPE和pSet访问器:analyserDetails、analyzerDetails ionSourceDetails, instrumentModel, instrumentManufacturer, instrumentCustomisations < 2013-02-12 >星期二

• 切换回analyserDetails槽< 2013-02-12 >星期二

的变化版本1.7.18:

• readMgfData现在支持评论和PEPMASS前体mz和强度,要求托马斯τ< 2013-02-11我>

• 改进和运行读/ writeMgfData示例< 2013-02-11我>

• 新的scanIndex访问器方法< 2013-02-11我>

的变化版本1.7.17:

• 添加了一个分析器访问器/槽容纳新的mzTab文件与更多的元数据< 2013-01-30 >结婚

的变化版本1.7.16:

• 修复knitr 1.0兼容性< 2013-01-15 >星期二

的变化版本1.7.15:

• 新的规模方法< 2013-01-11 >星期五

• 重命名。意思是和规模。中值正常化中心的方法。均值和中心。值< 2013-01-11 >星期五

的变化版本1.7.14:

• 新unexported readIspy15NData < 2013-01-09 >结婚

• min.int readIspy [Silac

  15 n]数据参数< 2013-01-11 >星期五

的变化版本1.7.13:

• msnbase。与- h r v0.1.1 arg(帮助)< 2013-01-08 >星期二

• msnbase。r强迫- b参数数字< 2013-01-08 >星期二

• 测试如果任何特性留在readIspyData < 2013-01-08 >星期二

的变化版本1.7.12:

• 从csv文件更新makeImpuritiesMatrix创建矩阵修正因素< 2012-12-23太阳>

• makeImpuritiesMatrix测试太阳< 2012-12-23 >

• readIspyData:消息而不是警告如果NA featureData < 2012-12-24我>

• msnbase补充道。r脚本< 2012-12-24我>

的变化版本1.7.11:

• 新模式的参数filterNA < 2012-12-15 >坐

• 装饰图案和人更新< 2012-12-15 >坐

• filterNA(模式),测试< 2012-12-15 >坐

的变化版本1.7.10:

• 新的droplevels。MSnSet S3方法< 2012-12-14 >星期五

• 固定装饰图案中的错误和udpates < 2012-12-14 >星期五

• 装饰图案构建< 2012-12-14 >星期五停在出错的情况下

的变化版本1.7.9:

• 更新处理数据readIspyData < 2012-12-05 >结婚

• filterNA有droplevels arg < 2012-12-05 >结婚

• featureCV的默认简历。规范现在'和' < 2012-12-11 >星期二

• 固定featureCV 1示例< 2012-12-11 >星期二

的变化版本1.7.8:

• 新的featureCV函数< 2012-12-04 >星期二

• 更多MSnSet combineFeatures测试< 2012-12-04 >星期二

• 新的TMT6杂质矩阵和固定purityCorrect < 2012-12-05 >结婚

• CVs combineFeatures现在自动计算功能(使用featureCV)并整理这featureData < 2012-12-05 >结婚

• 新exprsToRatios方法(从pRoloc) < 2012-12-05 >结婚

• 最初的实现杂质校正用克莱姆法则(见MSnbase::: cramer4) < 2012-12-05 >结婚

1.7.7版本的变化:

• 增加规模。意思是和规模。中位数MSnSet正常化方法< 2012-11-30 >星期五

• 改进readMSData < 2012-11-30 >星期五

• 小更新缓存代码,马克斯2级< 2012-11-30 >星期五

• readMSdata测试< 2012-12-01 >坐

的变化版本1.7.6:

• 固定在readIspyData bug,克莱尔报道《< 2012-11-27 >星期二

1.7.5版本的变化:

• 下降水平readIspySilacData < 2012-11-06 >星期二

• 固定plotNA < 2012-11-09 >星期五

1.7.4版本的变化:

• 导出日志方法< 2012-11-02 >星期五

• 私人readIspySilacData函数< 2012-11-05我>

• 更新“[”-MSnSet日志开始/最后的< 2012-11-05 >星期一dim

1.7.3版本的变化:

• 更新readMzTabData正确捕获实验描述< 2012-10-12 >星期五

版本是1.7.2变化:

• 固定readMSData MS1 < 2012-10-08我>

1.7.1上版本的变化:

• 固定的小插曲< 2012-10-02 >星期二

的变化版本1.7.0:

• 撞下重击版本发布< 2012-10-01我>

mzR

更改版本1.5.9之后:

• 版本撞Rcpp 0.10.3

的变化版本1.5.8:

• 版本Rcpp 0.10.2撞

1.5.7版本的变化:

• 只加载Rcpp模块后检查Rcpp版本冲突(DT)

1.5.6版本的变化:

• 影响叫跑龙套::packageVersion(),以避免警告(SN) < 2012-12-15 >坐

1.5.5版本的变化:

• - - - - - - - - - - o添加utils取决于(SN) < 2012-12-14 >星期五

1.5.4版本的变化:

• 要求Rcpp (> = 0.10.1) LG < 2012-12-05 >结婚

• 捕捉Rcpp构建时版本(感谢丹帮助!)LG < 2012-12-05 >结婚

• 检查Rcpp vs建筑安装版本和警告如果这些是不同的。LG < 2012-12-05 >结婚

1.5.3:更正版本的变化

• 撞版力量重建由于Rcpp变化LG < 2012-12-05 >结婚

• 添加新闻文件< 2012-12-05 >结婚

NarrowPeaks

1.3.2版本的变化:

• NarrowPeaks的功能已经扩展到多个ChIP-seq使用FPCA样本比较,通过实施“narrowpeaksDiff.R”功能。

• 装饰图案。2添加到包中。

• 从“功能包标题修改主成分分析来缩小转录因子结合位点的候选人”,“ChIP-seq使用功能的变化分析PCA统计”

ncdfFlow

1.5.32:1。添加“文件”参数允许用户指定文件路径2。添加“rbind”方法相结合,允许两ncdfFlowSets多一次,

NOISeq

1.1.5版本的变化(2013-01-28):

• 一些图形化的改进

改变版本1.1.4 (2013-01-21):

• 固定的小问题

的变化版本1.1.3 (2013-01-18):

• 固定readData功能它可以读取染色体信息如果染色体不以数字格式。

• NOISeq输出包括现在生物型信息,如果提供给readData函数。

• 新的探索性情节微分表达式结果添加到DE.plot函数,其中差异表达的分布特性在染色体或生物型。

更改版本1.1.2 (2012-11-30):

• 固定一些正常化的问题

变化的1.1.1版:

• 固定的一些问题的图形

• 更新了装饰图案

益生元

1.24版本的变化:

错误修复

• 删除依赖RConverters.h

pathview

版本1.0.0的变化:

• 最初版本与Bioconductor

• 主要功能:pathview

• 四个功能模块:下载:download.kegg;解析器:node.info combineKEGGnodes reaction2edge;映射器:节点。地图,eg2id、id2eg cpdkegg2name、cpdname2kegg cpd2kegg, cpdidmap kegg.species。代码、mol.sum sim.mol.data;观众:keggview。本机,keggview。图,节点。颜色、col.key strfit自动换行

钢琴

变化在0.99版本1:

• 添加引用DOI装饰图案。

• 固定的错误在geneSetSummary没有方向。

• 手册页获得consensusScores更新,添加正确的输出描述。

• 固定一个bug diffExp()对于结果表,当基因名称(注释)不可用

• 固定一个bug diffExp()这样的热图显示基因名称如果可用,否则probeset id

• 更新文件中的描述字段描述。

• 删除手册页获得内部函数。

• 删除从runGSA和geneSetSummary contrastName作为输出,包括手册页。

• 改变手册页获得consensusHeatmap澄清截止论点是共识的分数(没有排名)

• 更新的手册页获得loadGSC,明确输入。

• 修改了装饰图案以适应Bioconductor、删除部分R介绍。

• 改变文件夹的名字从exampleData extdata,例如数据和更新手册页和装饰图案。

• 改变能够总数统计数据打印在运行,而不是独特的基因总数。

• 删除的典型用法loadMAdata因为这部分手册页的地方都是在装饰图案。

• 删除参数“恩”,“热图”和“polarPlot”diffExp,取而代之的是一个新的观点:“阴谋”。

• 更新的例子diffExp、networkPlot consensusHeatmap和consensusScores显示如何处理返回的对象。

• 现在consensusScores函数不返回其结果不可见。

• 添加引用文件。

• 添加新闻文件。

变化在0.99版本中0:

• 增加了更多的类似的包在runGSA帮助页面的链接。

• 更新的安装说明适合Bioconductor装饰图案。

• 更新loadMAdata函数使用钳子justPlier函数包,而不是修改版本。

• 删除justPlierSpec内部函数。

plgem

的变化版本1.31.2:

• 新功能:员工一个参数前缀的函数plgem。符合“这多个PLGEM拟合评价情节可以保存在不同的名字。员工一个文件存在测试函数plgem。适合的避免覆盖PLGEM拟合评价图文件。——添加新的参数gPar”功能plgem。适合的PLGEM定义绘图边界拟合评价阴谋。——添加新功能setGpar促进通过图形参数的plgem.fit”。

的变化版本1.31.1:

• 固定的错误:—调用png”功能plgem。为了避免部分参数匹配的文件”文件名”。

• 微小的变化:改善可读性的进展报告输出plgem。resampledStn当verbose = TRUE”。改变电话packageStartupMessage”从一个.onLoad”一个.onAttach钩。——移动源装饰图案的新文件夹小插曲”。

pRoloc

的变化版本0.99.17:

• 说明类。权重的装饰图案太阳< 2013-03-24 >

的变化版本0.99.16:

• 新的addMarkers函数< 2013-03-22 >星期五

的变化版本0.99.15:

• 解决问题的小插图< 2013-03-22 >星期五

的变化版本0.99.14:

• 添加规模教程< 2013-03-02 >坐

• 实现维信< 2013-03-09 >坐

• 新装饰图案部分phenoDisco跟进分类< 2013-03-19 >星期二

• 使用knitr引擎< 2013-03-19 >星期二

的变化版本0.99.13:

• 根据MSnbase > = 1.7.23 makeNaData需要MSnbase::: nolog < 2013-02-27 >结婚

• phenoDisco参数更新,添加错误消息,当一个足够数量的标记每个类和/或数量的类是使用和更新phenoDisco帮助文件< 2012-02-28 >星期四

• 添加第一个信念diffscores函数< 2013-03-01 >星期五

的变化版本0.99.12:

• plot2D了阴谋论证< 2013-02-19 >星期二

• 新的f1Count方法< 2013-02-20 >结婚

• 新的makeNaData函数< 2013-02-20 >结婚

• 新的makeNaData2函数< 2013-02-21 >星期四

• 新whichNAfunction < 2013-02-20 >结婚

• 更新教程插曲< 2013-02-20 >结婚

• 现在通过…预测函数xxxClassification (Marianne Sandin报道)< 2013-02-26 >星期二

的变化版本0.99.11:

• setUnknowncol(零)和朋友重置为默认值< 2013-02-19 >星期二

的变化版本0.99.10:

• 新的默认坳/ pch setter < 2013-02-16 >坐

的变化版本0.99.9:

• 更新phenoDisco:详细参数,修正错误的例子,将参数添加到processingInfo < 2013-02-11 >星期一

• Unexported getOtherParams方法< 2013-02-12 >星期二

• 增加出口参数文档< 2013-02-12 >星期二

的变化版本0.99.8:

• 整合perTurbo算法,由托马斯汉堡和撒母耳Wieczorek < 2013-01-18 >星期五

• summariseMatList现在na。rm = TRUE默认情况下< 2013-01-19 >坐

• PerTurbo现在发票/注册其他hyperparams < 2013-02-11我>

的变化版本0.99.7:

• knitr 1.0兼容性< 2013-01-15 >星期二

• 更新phenoDisco文档和README < 2013-01-10 >星期四

的变化版本0.99.6:

• 删除updateClass人< 2013-01-03 >星期四

• 删除旧的Rd文件< 2013-01-03 >星期四

• 不以为然的* Regularisation和*预报函数< 2013-01-03 >星期四

• 更新test_ml的新名称。R < 2013-01-04 >星期五

的变化版本0.99.5:

• 更多的注册数据到GenRegRes对象——cmMatrices(资讯)< 2012-11-15 >星期四(其他)< 2012-11-30 >星期五- testPartitions(资讯)< 2012-11-17坐>(其他)< 2012-11-30 >星期五

• 新的minMarkers函数< 2012-11-16 >星期五

• 重命名updateClass minClassScore < 2012-11-16 >星期五

• 重命名xxxRegularisation xxxOptimisation < 2012-11-30 >星期五

• 重命名xxxPrediction xxxClassification < 2012-11-30 >星期五

• 重命名getRegularisedParams getParams < 2012-11-30 >星期五

• exprsToRatios搬到MSnbase < 2012-12-05 >结婚

• 更新phenoDisco帮助文件< 2012-12-07 >星期五

• 更新phenoDisco代码来处理相同的蛋白质概要文件< 2012-12-07 >星期五

的变化版本0.99.4:

• 添加描述Rd README文件生成和显示roxygen2 < 2012-11-14 >结婚

• 添加scol = NULL完全忽略< 2012-11-14 >结婚

的变化版本0.99.3:

• pdr extdata -更新装饰图案< 2012-11-14 >结婚

• udpated pd的GS /次违约< 2012-11-14 >结婚

的变化版本0.99.2:

• 固定MLearn(“公式”、“MSnSet”、“clusteringSchema”、“失踪”),接口是错误的< 2012-11-10 >坐

• 装饰图案更新< 2012-11-10坐> < 2012-11-11太阳>

• 更好的资讯得分名称时分数= "所有" < 2012-11-11太阳>

的变化版本0.99.1:

• 更新exprsToRatio当ncol(对象)是2 < 2012-11-05我>

• 拼写错误在装饰图案< 2012-11-09星期五> < 2012-11-10 >坐

• 新MLearn方法签名c(“公式”、“MSnSet”、“clusteringSchema”、“失踪”)< 2012-11-09 >星期五

• 几个小插图udpates < 2012-11-10 >坐

的变化版本0.99.0:

• 提交Bioc太阳< 2012-11-04 >

PWMEnrich

变化在2.0.0版本:

• 一般清理代码的各种小的优化

• FASTA文件名现在也采取作为输入motifEnrichment ()

• motifEnrichment的输出()现在包裹到一个类MotifEnrichmentResults提供许多便利方法等常见任务排名和绘制图案

• 函数makeBackground()和getBackgroundFrequencies()现在可以将BSgenome对象作为输入。感谢迭戈Diez表明这并提供代码。

• motifScores()的另一个版本已经实现,需要大量的内存,但至少是2倍老motifScores()实现。使用一个新的选项useBigMemoryPWMEnrich()来切换到该实现。

• seq PFMtoPWM现在接受一个新的参数。数这MotifDb图案表示为概率而不是频率很容易使用。

1.3.0版本版本的变化:

• Bioconductor 2.11发布版本

qpgraph

1.16版本的变化:

新功能

• 新的程序来模拟均匀混合图形马尔科夫模型与线性累加效应所需的混合线性关联。

• 新的对象类“UGgmm”,“HMgmm”和方法”rUGgmm ()”,“rHMgmm()”,“情节”等创建和模拟无向高斯分布和均匀混合图形马尔可夫模型和数据。

• 新的对象类eQTLcross和方法”reQTLcross()”,创建和模拟等表达数量性状基因座(eQTL)模型在实验十字架和数据从他们结合qtl的包。

• ' qpNrr()“现在还需要一个qtl /交叉对象作为输入。

用户可见的变化

• ' qpRndHMGM()”和“qpSampleFromHMGM()”被弃用的新S4模拟类和方法。

• 新装饰图案模拟分子调控网络使用qpgraph说明了S4的新的集合对象的类和方法来模拟数据图形马尔科夫模型和定量表达位点(eQTL)模型在实验十字架。

错误修复

• SSD的正确计算矩阵和有条件的独立测试多个离散变量时参与测试含有缺失值的使用完整的观察。

QuasR

版本1.0.0的变化:

最初版本

• ChIP-seq支持单头,paired-end和特定等位基因样本

最初版本

• RNA-seq支持拼接对齐,单头,paired-end和特定等位基因样本

最初版本

• Bis-seq支持单头,paired-end和特定等位基因样本

r3Cseq

版本变化1.5.0 (2012-10-25):

• 添加了新的标准化方法3 c-seq分析

• 添加的新统计分析3 c-seq互动区域的识别

• 添加分析限制片段和一个用户定义的重叠窗口

• 增加了分析3 c-seq数据复制

• 添加新的可视化“domainograms”

• 更新现有的情节

• 更新导出的方法

• 添加的选项数读取/地区

• 固定的错误计数读取/地区

• 更新了装饰图案

R453Plus1Toolbox

1.9.2版本的变化:

• 添加函数writeSFF创建一个从SFFContainer .sff文件对象。

• 添加函数qualityReportSFF设定触发器文件创建一个pdf质量报告。

• 固定函数SFFContainers子集中的缺陷。

rBiopaxParser

的变化版本0.99.10:

• 改变函数getInstanceProperty,现在返回所有名称Biopaxl三级实例:名字,displayName还有standardName默认情况下。使用参数来关闭这个behaivior。

• getXrefAnnotations现在正确地遵循memberEntityReferences memberPhysicalEntitys physicalEntity实例的获取更多的注释。

• 固定的问题太小缓冲区生成BioPAX internal_propertyListToDF中的数据。

的变化版本0.99.9:

• removenode添加功能。这个优雅的删除节点从监管图:翻边连接父母和孩子。

• combineNodes添加功能。这优雅的从监管结合节点图。这基本上是一个包装图::combineNodes(节点,图,新名称,collapseFunction = max)。

的变化版本0.99.8:

• 加快美丽的许多函数编程但是越来越慢当使用整个Reactome数据库。

• 固定一个讨厌的虫子,一个复杂的没有任何pyhsical实体可能导致许多功能失败。

• 固定引用文件。

的变化版本0.99.7:

• 固定getXrefAnnotations。这个函数与Biopax级别3和现在可以检索所有Xref注释任何给定的向量实例id。

• 添加引用文件!rBiopaxParser是《生物信息学!

• rBiopaxParser - R包解析、修改和可视化BioPAX数据。克莱姆克雷默F, Bayerlova M, F, Bleckmann, Beissbarth t生物信息学(2013)29 (4):520 - 522。

• rBiopaxParser Bioconductor已被接受!//www.andersvercelli.com/packages/devel/bioc/html/rBiopaxParser.html

• 自述文件。md相应更新了直接从Bioconductor步骤来安装。

• 函数selectInstances正确返回所有引用实例参数“includeReferencedInstances = TRUE”。

的变化版本0.99.6:

• 固定的通路布局。它打破了simarily: http://permalink.gmane.org/gmane.science.biology.informatics.conductor/44745

• 现在createBiopax函数可以创建Biopax三级模型!

• 函数listInstances非常缓慢。现在很多快像Reactome与巨大的数据库。

• 函数pathway2Geneset、pathway2RegulatoryGraph pathway2AdjacencyMatrix现在完全支持嵌套Subpathways和PathwayOrder / PathwaySteps Biopax 2级和3级。

• 开始整合RUnit测试我的一些功能。更多的来。

的变化版本0.99.5:

• 提交一些补丁。colorGraphNodes终于工作使用图和Rgraphviz包(再一次)。

的变化版本0.99.3:

• 现在我们终于支持BioPAX三级!所有功能(getXrefAnnotations除外)已经更新,正确处理BioPAX 2级和3级对象。

的变化版本0.99.0:

• 将版本号根据Bioconductor 0.99.0清单

0.23版本的变化:

• 修复文档。所有功能文档现在展示的例子。

0.21版本的变化:

• 注意:在这个版本主要功能重命名和重组!这不幸的会导致不兼容以前的版本由于重命名。

• 变量“instancetype”和“instanceid”已更名为“类”和“id”。这使大家代码较短和匹配通用本体语法。

• 函数名越来越多的便利功能混乱和难以理解。我有花时间重构和整合功能增加可用性和给函数的集合(名字)一个常见的结构。这也将作为垫脚石,让biopax三级集成。

• 函数名称从“获得”曾被用于所有的选择/访问的数据。这些功能现在被分成有效函数名称“选择”和“列表”。

• 功能与前缀”选择“返回TRUE / FALSE整个biopax内部data.frame索引向量。这允许简单的select语句的组合通过逻辑&,|。

• 函数前缀“列表”返回一个特定的id列表或物品根据函数定义。

• 函数与前缀“获得”返回新创建的对象或信息关于biopax data.frame (s)或实例。

0.15版本的变化:

• 添加函数createBiopax从头创建一个新的Biopax模型。

• 添加一些参数检查。

• 添加冗长以来writeBiopax NCI通路相互作用数据库,再花了近15分钟。

• 更新了装饰图案。漂亮的图片,文本和更多!

0.14版本的变化:

• 更多的健康检查添加到解决草率BioPAX模型

• 添加函数getBiopaxIDsByName,顾名思义,getXrefAnnotations,返回所有Xref annontations给定Biopax的id。

• 函数pathway2RegulatoryGraph useIDasNodenames现在可选的参数,这使得监管创建图表使用的IDs Biopax而不是实例名。

• 函数可以通过逻辑论证layoutGraph plotRegulatoryGraph,它可以用来阻止功能布局图,以防你修改它。

• 添加了一个检查BioPAX水平不同级别2,开始建立一个基金会来支持。

• 解downloadBiopaxData只使用Linux的功能。增加了对Windows用户的检查和指导。

0.13版本的变化:

• 添加函数removeInstance、removeProperties addPhysicalEntity、addPhysicalEntityParticipant addBiochemicalReaction addControl。

• 看到修改的新例子biopax模型与R的小故事!

0.12版本的变化:

• 固定的一些文档和装饰图案的pdf文件。

0.11版本的变化:

• 设置包RCurl和Rgraphviz从进口到显示。这意味着你不会有这些安装运行的大多数命令。然而布局图需要需要RCurl Rgraphviz和下载数据。

0.10版本的变化:

• 详细的安装说明现在是可用的。rBiopaxParser取决于一些可能是一个麻烦安装的包。查看README或github首页说明!

• 提供更多的文档。

• 固定downloadBiopaxData非常令人尴尬的错误。

0.09版本的变化:

• 提供更多的文档。

• getNeighborhood:一个函数来构建一个neigborhood分子图

0.08版本的变化:

• 第一个版本在GitHub !代码仍然需要一些清理但一切正常,更长时间的例子,请等待下一个!

0.06版本的变化:

• 可视化和布局。查看新功能

• layoutRegulatoryBiopaxGraph, plotRegulatoryBiopaxGraph

• intersectGraphs、uniteGraphs diffGraphs

0.04版本的变化:

• 现在建筑监管从biopax模型图工作!

• pathway2adjacancyMatrix pathway2RegulatoryGraph,

0.01版本的变化:

• 解析作品!很多事情改变很快现在,仍然bug修复。

Rbowtie

版本1.0.0的变化:

最初版本

• 领结0.12.8版本

• 3.3.5.2 SpliceMap版本修改

错误修复

• 几个bug修复和修改的源代码SpliceMap Rbowtie / QuasR集成。

RCytoscape

的变化版本1.9.8:

错误修复

• 重大(3 x)加速。5000个节点,6000 -边缘图像传输从R Cytoscape大约20秒。

ReactomePA

1.3.1版本的变化:

• ALLEXTID的bug修复。< 2013-03-1,星期五>

ReportingTools

2013-4-1版本的变化:

• 所代表的HTML报告现在HTMLReportRef referenceClass

• 通过.toHTML HTML输出现在完全可定制的,.toDF和.modifyDF参数公布(见小插图)

• 通过ReportHandlers出版机制抽象和可定制的类

• ReportingTools knitr内输出可以使用文档和闪亮的Web应用程序(参见片段knitr。限制型心肌病和shiny.Rnw)

• 的持久表示HTML报告创建存储和访问HTMLReportRef .reportDOM字段的对象

• [[和[[< -方法为HTMLReportRef创建对象,允许选择、更换和对象直接插入报告

• 发布通用现在接受一个“名字”的论点。

• 现有的报告可以通过readReport读取,修改(通过发布,[[< -,或直接操纵.reportDOM),和重写文件

• 路径一般现在返回列表/矢量的位置插槽的附加ReportHandlers值对象(s)。这些路径,连接,或其他报告目标的迹象。

• 链接提供的泛型函数构建表/集的HTML链接

• 添加支持出版ggbio和recordedplot对象

• CSS改变了Twitter的引导

• 修正时如何处理NAs过滤和排序的列

• 新方法来处理输出运行在刨边机或nbinomTest DESeq glmLRT考验

• 弃用:HTMLReport类由HTMLReportRef取代

• 弃用:出版HTMLReportRefs直接报告(为了使一个索引页)不再支持。使用链接功能。

• 弃用:HTMLReportRef对象的页面一般不是有意义的(并不是所有的系统都有一个相应的连接),弃用。使用路径。

ReQON

版本1.5.0的变化:

错误修复

• 一些用户接受错误hist.default(),这取决于指定的训练区域。这是固定的。

Rgraphviz

2.3版本的变化:

• 关于要求修复bug在Graphviz OpenBSD(由于Rainer投掷)。

• 现在使用的道路。修复tilde-expansion扩张。

• 我们不再包括< R_ext / RConverters.h >;这似乎是不必要的(由于布莱恩·d·里普利)。

• 修复处理节点和边的字形大小鲜明(似乎被打破至少自2006年以来)。

rhdf5

更改版本测试盒框:

新功能

• 支持阅读64位整数补充道

• 支持可变长度的字符串添加阅读

• 支持阅读标量对象补充道

用户可见的变化

• 新闻。理查德·道金斯说

• chunksize的显示。pdf是一个装饰图案避免

Risa

1.1.0:1。ISAtab-class被扩展到包括assay.names的定义、因素、治疗和团体。2。前面的分成processAssayXcmsSet processAssayXcmsSet方法。1因子和processAssayXcmsSet只考虑的第一个因素(就像在前面的定义)或所有的因素,分别。3所示。添加了更多的方法来处理质谱分析:——getMSAssayFilenames检索方法与质谱测定文件名列表——getRawDataFiles方法检索列表列出的所有文件列下的原始光谱数据文件在质谱分析。——方法。女士从ISAtab-class接收一个对象和一个化验文件名作为参数,并检索真实如果化验文件名是质谱分析,否则将返回FALSE。4所示。 A method called suggestBiocPackage was added, which retrieves a list of packages in Bioconductor that might be relevant to the ISAtab dataset, according to its assays’ mesaurement and technology types. This method relies on the BiocViews annotations for each of the packages available in Bioconductor in a specific version. 5. Added AssayTab-class and subclasses for MS, Microarray, Seq and NMR. 6. Defined method getAssayRawDataFilenames and getRawDataFilenames 7. Defined method getExpressionSet for microarray assays relying on affy package.

RNASeqPower

变化在0.99版本2:

• 添加测试目录

• 修复一个错误,显示在测试,发现以前,但不是传播之间的两个拷贝的代码在不同的机器上。

• 添加这个消息文件。

的方式

1.1.6版本的变化:

• 使用knitr VignetteEngine和视觉调整太阳< 2013-02-17 >

1.1.5版本的变化:

• 更新装饰图案knitr 1.0兼容性,基于丹在稳定版本的更新< 2013-01-15 >星期二

更改版本1.1.4:

• 改变查询避免失败(见问题# 6)< 2012-12-26 >结婚

• 添加缺失的空间3次后空查询结果< 2012-12-26 >结婚

更改版本1.1.3:

• 更新olsQuery示例< 2012-12-25 >星期二

1.1.2版本的变化:

• .rolsEnv现在emptyenv()作为父< 2012-10-31 >结婚

变化的1.1.1版:

• 固定装饰图案< 2012-10-02 >星期二

• 新iface < 2012-10-02 >星期二

1.1.0版本的变化:

• 版本撞下重击< 2012-10-01我>

战

版本变化1.15.34 (2013-03-07):

• 战。在线添加和基准测试

• 装饰图案内容搬到网上wiki

rqubic

的变化版本1.8.1 (2011-08-02):

• 修复错误的文件

版本变化1.8.0 (2011-07-11):

• 提交Bioconductor

Rsamtools

的变化版本1.12.0:

新功能

• BamSampler画了一个随机样本从BAM文件记录,遵守任何限制ScanBamParam ()。

• 添加参数的obeyQname BamFile。只使用qname-sorted Bam文件。

• readBamGAlignmentsList函数读取qname-sorted Bam文件添加到一个GAlignmentsList对象。

用户可见的变化

• bamPath和bamIndicies BamViews返回指定向量。

• “yieldSize”论点在BamFile代表独特的qname的数量“obeyQname = TRUE”。

错误修复

• 完全免费razip bgzip文件完成后。

• 对non-BAM输入sortBam, indexBam失败优雅。

• headerTabix开放TabixFile不再读取第一条记录

• scanBcfHeader时提供信息错误消息标题行(“#铬POS…”)是失踪

Rsubread

的变化版本1.10.0:

新功能

• Rsubread包现在可以运行在Mac OS X操作系统。

新功能

• 主要更新函数“featureCounts”,一个通用的阅读总结的功能。

RTCA

2009-07-13版本的变化:

• combineRTCA(列表):附加列重命名成板。列表项的评估vlues名字。名单上没有名字时,使用一个整数索引从1开始。特别关注部分与名单中指出文档。

• parseRTCA(文件,12月= "。”,phenoData skipWell…):示例添加文档中如何导入预配置的phenoData。细节部分重写文档来描述这个过程的解析。

• RTCA-class: ID添加到RTCA类实验

• Makefile:添加Makefile来简化常见任务检查和安装

• plotGridEffect:以“列”而不是“上校”为模式参数,和呈现方式的标题传奇。文档更新。

• plotRTCA:从包中移除和替换的情节功能。

rtracklayer

1.20版本的变化:

新功能

• 表查询接口支持多个查询范围。

• 文件(RTLFile对象)可以直接上传到UCSC,通过跟踪< -。

用户可见的明显变化

• 所有方法与现在asRangedData参数缺省为FALSE,而不是真实的。发出一个警告,如果参数是失踪。最终,我们将放弃所有支持RangedData进口(出口仍将工作通过自动强制农庄组织)。

错误修复

• 染色体基因组列表是现在从表下载浏览器,而不是基因组浏览器页面。这与1000多个重叠群支持基因组。

• BEDX + Y格式现在工作当一个航迹线,和extraCols参数用于列名。

• path.expand()现在被称为路径传递到肯特库。

• 元数据的顺序列在人造石铺地面进口不再取决于LC_COLLATE。

SeqArray

的变化版本0.99.1:

• 第一次提交

ShortRead

1.17版本的变化:

用户可见的明显变化

• FastqSampler可以返回记录的顺序采样文件中遇到的。

• 的数量增加到10000读检查确定Fastq质量类型

• (FastqQuality, "数字")返回一个向量的质量分数连接端到端(以前周期循环),没有填充有效宽度相等

错误修复

• trimTails, succesive = TRUE将返回不一致的结果

• FastqStreamer FastqSampler解析fastq文件创建‘\ r’

SSPA

的变化版本1.99.0:

新功能

• 增添了新的估算方法的密度效应大小和比例的非差异表达基因

• 权力和样本量分析现在也可以进行实验设计,导致F和\ x ^ 2统计如RNAseq数据

错误修复

• suppressWarings dt或pt ncp时大

synapter

1.1.5版本的变化:

• 更新引用< 2013-03-22 >星期五

更改版本1.1.4:

• 添加引用< 2013-03-21 >星期四

• 装饰图案使用knitr引擎和scrartcl类< 2013-03-21 >星期四

更改版本1.1.3:

• knitr 1.0兼容性,基于丹的更新< 2013-01-15 >星期二

1.1.2版本的变化:

• 添加注意tcl BWidget包synapterGUI人< 2012-10-04 >星期四

变化的1.1.1版:

• 固定装饰图案< 2012-10-02 >星期二

1.1.0版本的变化:

• 新的重击版本撞< 2012-10-01我>

TargetSearch

的变化版本1.16.0:

用户可见的明显变化

• 函数的fixRIcorrection(以前是弃用)等。使用“fixRI”。

错误修复

• 删除对弃用R函数的引用。

• ImportLibrary固定错误”。msp的,如果只有一个代谢物发生。

TEQC

2.7.2版本的变化:

• 错误修复的报道。目标”(染色体没有读但是BAM文件头中出现的问题)

TransView

1.2.11版本的变化:

错误修复

• 解决编译问题与新Rsamtools在windows版本。

的变化版本1.2.9:

错误修复

• 更新后的装饰图案

1.2.8版本的变化:

新功能

• meltPeaks()可实现读取每百万映射读取后根据filtered_reads质量过滤槽。

新功能

• parseReads()现在也返回全部和局部碱基对可以访问的插槽gsize()和lsize分别为()。

1.2.7:编写版本的变化

新功能

• 新的便利函数meltPeaks(),它返回一个数据帧与归一化峰密度与ggplot2适合策划。

错误修复

• 小帮助文件修正。

版本:相对于1.2.6的变化

错误修复

• macs2gr()支持相对距离而不是绝对距离的mac版本的报告。

1.2.5版本的变化:

错误修复

• annotatePeaks()并没有准确地解决歧义在某些情况下。

版本4:变化

错误修复

• gtf2gr()现在可以处理与空白基因和记录id。

更改版本1.2.3:

新功能

• 所有切片方法可以返回封存密度预定义的宽度。

新功能

• 本方法的数据可以通过一个新选项指定plotTV和切片方法称为bin_method。箱子的数量可以指定返回nbins。

新功能

• 默认方法绘制密度plotTV现在使用大约意思而不是线性插值。中位数或max是更多的可能性。

1.2.2版本的变化:

错误修复

• 在plotTV小bug修复

这次1.2.1版本的变化:

错误修复

• 在plotTVData小bug修复

的变化版本1.2.0:

新功能

• 一个新类TVResults由plotTV返回包含所有重要的集群和策划的结果。

• TVResults对象可以访问他们的插槽和plotTVData。plotTVData返回一个数据帧和总结的结果。

• 添加选项showPlot plotTV()来抑制绘制可选。这是有用的,如果只需要聚类结果。

• 添加一个选项name_width plotTV()来启用自定义宽度的行标签。

错误修复

• 改善kmeans集群

TurboNorm

版本是1.7.2变化:

错误修复

• normalize.AffyBatch。pspline现在正确处理权重

1.7.1上版本的变化:

新功能

• 快turbotrend由于c实现的总和,保罗Eilers来运行

• 使用同样的方法添加robustifying迭代通过保罗Eilers洛斯代码

错误修复

• 打印数组当数组正常化造成一个错误数量

VariantAnnotation

的变化版本1.6.0:

新功能

• VCF现在虚拟。具体子类CollapsedVCF ExpandedVCF。

• 添加filterVcf()性格和TabixFile通用和方法。这个方法创建一个已从另一个文件,使用FilterRules。

• 增强显示,VCF方法头信息。

• 斯蒂芬妮Gogarten添加genotypeToSnpMatrix()通用和CollapsedVCF和矩阵方法。

• 克里斯·华莱士说snpSummary通用和CollapsedVCF方法()。

• 添加cbind和rbind VCF对象。

修改

• writeVcf,连接方法允许写入控制台和附加。

• writeVcf,连接方法接受连接张开=“a”,只添加一个标题如果文件不存在。

• predictCoding和genotypeToSnpMatrix现在可以处理像CharacterList ALT。结构变量设置为空字符(" ")。

• 当没有信息数据存在vcf文件,INFO()现在空DataFrame槽。以前命名的“信息”是返回一个空的列。

• 空现在空VCFHeader VCF类

• 扩大,CollapsedVCF-method扩展与数字=基因族群的数据。

• VCF类访问器“固定”、“信息”现在返回DataFrame而不是农庄。构成了rowData”“返回固定mcols提起。

• 更新的装饰图案。

弃用,已经

• 反对dbSNPFilter()和regionFilter ()。

• 反对MatrixToSnpMatrix ()。

错误修复

• 多个bug固定在“locateVariants”。

• 多个bug固定在“writeVcf”。

• Bug VCF对象固定在构造子集。

• 臭虫固定在“predictCoding”相关QUERYID列不映射回原指数(行)。

VariantTools

的变化版本1.2.0:

新功能

• 理货,叫和出口indels SNVs(使用相同的算法)。

• 添加终滤器,丢弃变异染色体上成群在一起(可能映射错误)。

• 添加过滤屏蔽地区喜欢简单重复/低复杂性。

• 添加一个过滤器执行学习任务的alt和ref阅读位置。

• 添加callWidtype()函数来确定位置是否变体,野生型或uncallable,假设调用过滤器内置的变体。这是基于功率计算,考虑了报道。

• 添加了一些函数估算样本之间的一致性;这些都是应该考虑为样品开发ID验证和实验。

• matchVariants()实用程序匹配的变体的pos和alt。

用户可见的变化

• VCF输出现在一直在扩展形式(每行一个alt)。广告(等位基因深度)基因族群标记包含裁判和ALT计数,而美联社(等位基因)表示裁判和/或ALT等位基因的存在。除了DP标签,其他所有标签被移除。这些变化带来VariantTools更多符合GATK。

• 控制alt和总数量从callSampleSpecificVariants回来。

错误修复

• 电源切断sample-specific算法没有考虑到最低alt读计数过滤。

西瓜

0.99.16:海鸟()不再需要一个向量的停止争论

0.99.15:暂时移除依赖ROCR(因此gdata)

0.99.14:归一化强度以及贝塔as.methylumi固定一个bug

0.99.13:

0.99.12:Sentrix id应该工作(由于Elodie Portales-Casamar错误报告)。

0.99.11:

0.99.10:

0.9.8:新MethyLumiSet方法pfilter RGtoy2移除数据(minfitoy)。这是因为minfi目前预计清单是一个包。天鹅功能补丁,以便它可以处理数组的子集数据(由Jovana Maksimovic)。现在与甜瓜的数据集。methylumi泛型函数。从包:fData IlluminaHumanMethylation450k。db。MethyLumiSet方法是有用的,以确保methylumi对象包含这些数据。安德鲁Teschendorff BMIQ函数和MethyLumiSet方法添加minfi 1.4.0结构改变明显导致SNP MethylSet探针被排除。这个优惠都()minfi对象和minfitoy数据()设置。

xcms

的变化版本1.35.7:

错误修复

• 固定组索引错误。最近的,在某些情况下导致第一个样本中所有的山峰被忽略由托尼•拉森(报道)

的变化版本1.35.6:

错误修复

• Obiwarp保留时间对齐error-ed如果scanrange用作参数设置在xcmsSet /峰值检测的方法现在试图自动找到一组scanrange对齐,并使用这个范围。

的变化版本1.35.4:

新功能

• 引入并行fillPeaks

用户可见的变化

• 用最小R版本2.14.0代替雪的要求

的变化版本1.35.3:

错误修复

• 如果group.density使用minfrac设置很低(< 0.5)它没有返回所有功能组,但只有那些包括特征在一组至少有50%的样本。这种限制被移除。

的变化版本1.35.2:

更新的功能

• 幕后xcms现在使用xcmsSource类来读取原始数据。这允许如编写一个类,将原始数据从数据库如

错误修复

• massifquant:跟踪器的简化逻辑结构::claimDataIdx解决新测试用例失败。

• massifquant:报告特性数据结构兼容多个样本比较XCMS之内。

的变化版本1.35.1:

更新的功能

• mzData出口现在更快,使用更少的内存

xps

2.16版本的变化:

版本xps-1.19.10

• 更新XPSSchemes。cxx纠正可能的内存错误在测试器数组的名字(我)

版本xps-1.19.9

• 更新的自述

版本xps-1.19.8

• 与path.package取代.path.package () ()

版本xps-1.19.7

• 更新XPSSchemes。cxx取代错误警告失踪注释头“% genome-species”

版本xps-1.19.2 - 6

• 更新配置。赢得和Makefile。胜利与MinGW根编译;xps的作品现在在Windows 7

版本xps-1.19.1

• 更新进口. . XPSchemes注释()方法。cxx防止标签在Affymetrix注释文件

• 更新script4schemes。R与注释na33包括方案

包被释放

以下包不再发布:cosmo, cosmoGUI gene2pathway