三层

DOI:10.18129 / B9.bioc.triplex

搜索和可视化的分子内三聚体形成序列在DNA

Bioconductor版本:发行版(3.13)

该软件包提供了DNA序列中潜在的分子内三层模式的识别和可视化功能。其主要功能是检测能够折叠成更大序列的分子内三联体(H-DNA)的子序列的位置。潜在的H-DNA(三联体)应该由尽可能多的正常核苷酸三联体组成。该软件包包括显示精确的1D, 2D或3D基础配对的可视化。

作者:Jiri Hon, Matej Lexa, Tomas Martinek和Kamil Rajdl, Daniel Kopecek贡献

维护者:Jiri Hon < Jiri。亲爱的在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("triplex")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(三层)

PDF	R脚本	Triplex用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.32.0
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(8年)
许可证	BSD_2_clause +文件许可证
取决于	R (>= 2.15.0)，S4Vectors(> = 0.5.14),IRanges(> = 2.5.27),XVector(> = 0.11.6),Biostrings(> = 2.39.10)
进口	方法、网格GenomicRanges
链接	S4Vectors，IRanges，XVector，Biostrings
建议	rgl(> = 0.93.932),BSgenome.Celegans.UCSC.ce10，rtracklayer
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.fi.muni.cz/~lexa/triplex/
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	triplex_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	triplex_1.32.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	triplex_1.32.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/triplex
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/triplex
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/triplex/
软件包下载报告	下载数据