DESeq2

DOI:10.18129 / B9.bioc.DESeq2

基于负二项分布的差异基因表达分析

Bioconductor版本:发布(3.12)

估计来自高通量测序分析计数数据的方差-均值依赖性和基于使用负二项分布的模型的差异表达测试。

作者:Michael Love [aut, cre]， Constantin Ahlmann-Eltze [ctb]， Kwame Forbes [ctb]， Simon Anders [aut, ctb]， Wolfgang Huber [aut, ctb]

维护人员:Michael Love < michaelaiahlove在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本为“4.0”)并输入:

如果(!require ("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DESeq2")

对于旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的这个包的版本文档，启动R并输入:

browseVignettes(“DESeq2”)

超文本标记语言	R脚本	使用DESeq2分析RNA-seq数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本	1.30.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (R-3.0)(8年)
许可证	LGPL (> = 3)
取决于	S4Vectors(> = 0.23.18),IRanges,GenomicRanges,SummarizedExperiment(> = 1.1.6)
进口	BiocGenerics(> = 0.7.5),Biobase,BiocParallel,genefilter、方法、stats4locfit,geneplotter,ggplot2,Rcpp(> = 0.11.0)它
链接	Rcpp,RcppArmadillo
建议	testthat,knitr,rmarkdown,vsn,pheatmap,RColorBrewer,apeglm,ashr,tximport,tximeta,tximportData,readr,pbapply,气道,pasilla(> = 0.2.10),glmGamPoi,BiocManager
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/mikelove/DESeq2
取决于我	DEWSeq,DEXSeq,FourCSeq,metaseqR2,rgsepd,rnaseqDTU,rnaseqGene,移行细胞癌,XBSeq
进口我	Anaquin,微生物,anota2seq,BloodCancerMultiOmics2017,BRGenomics,CeTF,circRNAprofiler,consensusDE,coseq,countsimQC,DaMiRseq,debrowser,DEComplexDisease,反编排,DEGreport,deltaCaptureC,DEsubs,DiffBind,EBSEA,eegc,ERSSA,exomePeak2,FieldEffectCrc,GDCRNATools,GeneTonic,GenoGAM,Glimma,HTSFilter,icetea,理想的,IHWpaper,ImpulseDE2,检查,感兴趣,isomiRs,JunctionSeq,kissDE,microbiomeExplorer,MLSeq,马斯喀特,NBAMSeq,ORFik,先驱者,PathoStat,pcaExplorer,phantasus,高伦雅芙,recountWorkflow,RegEnrich,regionReport,ReportingTools,Rmmquant,RNASeqR,scBFA,singleCellTK,SNPhood,spatialHeatmap,srnadiff,systemPipeR,TBSignatureProfiler,TimeSeriesExperiment,UMI4Cats,vidger
建议我	aggregateBioVar,apeglm,bambu,biobroom,BiocGenerics,BioCor,BiocSet,篮球选手,CAGEWorkflow,compcodeR,curatedAdipoChIP,curatedAdipoRNA,dearseq,derfinder,diffloop,dittoSeq,EDASeq,EnhancedVolcano,EnrichmentBrowser,鱼池,fluentGenomics,计,GenomicAlignments,GenomicRanges,glmGamPoi,IHW,JctSeqData,miRmine,OPWeight,phyloseq,后代,重新计票,RegParallel,RUVSeq,食物,Single.mTEC.Transcriptomes,subSeq,SummarizedBenchmark,TFEA。芯片,tidybulk,ToPASeq,topconfects,tximeta,tximport,variancePartition,扳手,zinbwave
我的链接
构建报告

包档案

遵循安装在你的R会话中使用这个包的说明。

源包	DESeq2_1.30.0.tar.gz
Windows二进制	DESeq2_1.30.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	DESeq2_1.30.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DESeq2
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DESeq2
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DESeq2/
包下载报告	下载数据