SEQARRAY.

DOI：10.18129 / b9.bioc.seqarray

大规模全基因组序列变体调用的数据管理

Bioconductor版本：释放（3.13）

Data management of large-scale whole-genome sequencing variant calls with thousands of individuals: genotypic data (e.g., SNVs, indels and structural variation calls) and annotations in SeqArray GDS files are stored in an array-oriented and compressed manner, with efficient data access using the R programming language.

作者：Xiuwen Zheng [Aut，CRE]，Stephanie Gogarten [Aut]，David Levine [CTB]，Cathy Laurie [CTB]

维护者：Xiuwen Zheng

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“seqarray”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

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HTML.	r script.	r集成
HTML.	r script.	SEQARRAY数据格式和访问
HTML.		SEQARRAY概述
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	1.32.0
在生物导体中以来	BIOC 2.12（R-3.0）（8年）
执照	GPL-3.
依靠	r（> = 3.5.0），GDSFMT.（> = 1.23.5）
进口	方法，平行，绞喉那Genomicranges.那Genomeinfodb.那生物仪器那S4Vectors.
链接到	GDSFMT.
建议	BioBase.那生物根系那生物相投那运行那rcpp.那snprelate.那消化那蜡笔那kn那啰嗦那RAMAMAMDOW.那RSAMTOOLS.那VariantAnnotation.
系统要求
加强
URL.	http://github.com/zhengxwen/seqarray.
Bugreports.	http://github.com/zhengxwen/seqarray/issues.
取决于我	Saigegds.那SEQVARTOOLS.
进口我	GDSARRAY.那创世纪那variantexperiment.
建议我	delayeddataframe.那Hibag.那vcfarray.
链接给我
建立报告

包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	seqarray_1.32.0.tar.gz.
Windows二进制文件	seqarray_1.32.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	seqarray_1.32.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/seqarray.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包/ seqarray
包短网址	https://biocumon.org/packages/seqarray/
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