卡格

doi：10.18129/b9.bioc.cager

分析CAGE（基因表达的CAP分析）测序数据，以精确的转录起始位点和启动性挖掘

生物导体版本：版本（3.13）

笼子测序数据的预处理，转录起始位点的识别和归一化以及转录起始位点簇的下游分析（启动子）。

作者：Vanja Haberle [AUT]，Charles Plessy [Cre]，Damir Baranasic [CTB]，Sarvesh Nikumbh [CTB]

维护者：charles plessy

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ cager”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Cager”）

html	R脚本	CAGER：用于笼数据分析和启动性挖掘的R包装
html	R脚本	与Cager一起使用笼子资源
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.34.0
在生物导体中	Bioc 2.12（R-3.0）（8年）
执照	GPL-3
要看	方法，多亚sayExexperiment，r（> = 3.5.0）
进口	beanplot，，，，生物基因，，，，生物比较，，，，BSGENOME，，，，Data.Table，，，，延迟，，，，公式，，，，GenomeInfodB，，，，基因组签名，，，，基因组机（> = 1.37.16），GGPLOT2（> = 2.2.0），gtools，，，，iranges（> = 2.18.0），克恩斯门茶，，，，备忘录，，，，plyr，，，，rsamtools，，，，重塑，，，，rtracklayer，，，，S4VECTORS（> = 0.27.5），SOM，，，，字符串，，，，Stringi，，，，总结性特征，utils，素食主义者，，，，VGAM
链接
建议	BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER7，，，，deseq2，，，，fantom3and4cage，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我	seqpattern
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	cager_1.34.0.tar.gz
Windows二进制	cager_1.34.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	cager_1.34.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cager
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/cager
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/cager/
软件包下载报告	下载统计