annotationhub.

DOI：10.18129 / b9.bioc.annotationhub.

客户端访问AnnotationHub资源

Biocometiond版本：释放（3.12）

此包为Biocuconsion AnnotationHub Web资源提供客户端。AnnotationHub Web资源可以提供一个中央位置，可以发现来自标准位置的基因组文件（例如，VCF，床，WIG）和其他资源，可以发现标准位置（例如，UCSC，EnsemBl）。该资源包括关于每个资源的元数据，例如，文本描述，标签和修改日期。客户端创建并管理用户检索的文件的本地缓存，帮助快速和可重复的访问。

作者：Biocumond Package维护者[Cre]，Marc Morgan [Aut]，Marc Carlson [CTB]，Dan Tenenbaum [CTB]，Sonali Arora [CTB]，Valerie Oberchain [CTB]，Kayla Morrell [CTB]，Lori Shepherd [Aut]

维护者：Bioconductor Package维护者

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.0”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“annotationhub”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“ANNOTATIONHUB”）

HTML.	r script.	AnnotationHub：访问AnnotationHub Web服务
HTML.	r script.	AnnotationHub：AnnotationHub如何
HTML.		annotationhub：创建AnnotationHub包
HTML.	r script.	排除集线器故障
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	2.22.0
在生物导体中以来	BIOC 2.12（R-3.0）（8年）
执照	艺术-2.0
依靠	生物根系（> = 0.15.10），biocfilecache.（> = 1.5.1）
进口	Utils，方法，grdevices，rsqlite.那Biocmanager.那生物转换那卷曲那rappdirs.那annotationdbi.（> = 1.31.19），S4Vectors.那interactiveDisplayPase.那httr.那yaml.那dplyr.
链接到
建议	绞喉那Genomicranges.那genomeinfodb.那VariantAnnotation.那RSAMTOOLS.那rtracklayer.那生物焦那kn那annotationforge.那rbiopaxparser.那运行那基因组法那msnbase.那MZR.那生物仪器那概括分析那实验室那GDSFMT.
系统要求
加强	annotationhubdata.
URL.
Bugreports.	https://github.com/biocumon/annotationhub/issues.
取决于我	制剂瘤那注解那annotationhubdata.那腌制胶癌那EPITXDB.HS.HG38那epitxdb.mm.mm10.那epitxdb.sc.saccer3.那eupathdb.那实验室那基因组那Hipathia.那IPDDB.那Metagxbreast.那Metagxovarian.那雀巢链接那org.mxanthus.db.那panther.db.那Phastcons30way.ucsc.hg38那ProteomicsannotationHubData.那测序那Sesamedata.那鞑靼
进口我	addugdata.那Alpinedata.那alleteringplicingevents.hg19.那alleteringplicingevents.hg38那annotatr.那biscuiteerdata.那celldex.那chipseqdbdata.那Circrnaprofiler那CutatedTCGADATA.那customcmpdb.那DEPMAP.那DMRSEQ.那droplettestfiles.那eNCODEXPLORER.那enmix.那FieldEffectCrc.那基因组织那Grasp2DB.那GSEABENCHMARMARR.那hcadata.那hmp16sdata.那hmp2data.那McSurvdata.那代谢物贴图那metagxpancreas.那msnid.那pathwaysplice.那Psichomics.那粉末那Regutools.那重新那休息那抚慰那scrnapeq.那SCTERSOR.那singlecell multimodal.那spatiallibd.那tcgaworkflow.那tenxbraindata.那tenxbusdata.那tenxpbmcdata.那Tsrchitect那tximeta.那ularcirc
建议我	ahensdbs.那BGEECALL.那芝加哥那Cindex.那ClusterProfiler.那cnvranger.那可可那dnashaper.那Dupradar.那Encodexplorerdata.那EnsembldB.那epinem那EPITXDB.那Epivizrchart.那Epivizrdata.那Genomicranges.那Gosemsim.那Gwascat那和谐的TCGADATA.那蒙越者那米拉那msnbase.那多射线那Organismdbi.那彻底甲基化那VariantAnnotation.
链接给我
建立报告

包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	annotationhub_2.22.0.tar.gz.
Windows二进制文件	AnnotationHub_2.22.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	AnnotationHub_2.22.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/annotationhub.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ annotationhub
包短网址	https://biocumon.org/packages/annotationhub/
包裹下载报告	下载统计信息