RnaSeqGeneEdgeRQL

DOI:10.18129 / B9.bioc.RnaSeqGeneEdgeRQL

利用Rsubread和edgeR拟似然管道进行基因水平RNA-seq差异表达和通路分析

生物导体版本:发布(3.12)

这个工作流包通过它的小插图提供了一个使用Rsubread和edgeR包的RNA-Seq实验的完整案例研究分析。该工作流程从读取对齐开始，接着是数据探索，到差异表达，最后是路径分析。分析包括出版质量图、GO和KEGG分析，以及先前实验生成的表达签名分析。

作者:陈云顺、Aaron Lun、Gordon smith

维护人员:陈云顺

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!安装BiocManager::install("RnaSeqGeneEdgeRQL")

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文档

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browseVignettes(“RnaSeqGeneEdgeRQL”)

超文本标记语言

R脚本

从reads到基因到pathway: Rsubread和edgeR拟似然管道的RNA-Seq实验差异表达分析

细节

biocViews	GeneExpressionWorkflow，ImmunoOncologyWorkflow，工作流
版本	1.14.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3.0),刨边机，gplots，org.Mm.eg.db，GO.db，BiocStyle
进口
链接
建议	knitr, knitcitations
SystemRequirements
增强了
URL	http://f1000research.com/articles/5-1438
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	RnaSeqGeneEdgeRQL_1.14.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RnaSeqGeneEdgeRQL
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RnaSeqGeneEdgeRQL
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/RnaSeqGeneEdgeRQL/
包下载报告	下载数据