测序

DOI:10.18129 / B9.bioc.sequencing

序列数据生物导体简介

生物导体版本:发布(3.12)

生物导体能够分析和理解高通量基因组数据。我们有大量的包，允许对大数据进行严格的统计分析，同时记住技术工件。Bioconductor帮助用户将他们的分析结果置于生物环境中，并提供丰富的可视化机会。可重复性是生物导体分析的一个重要目标。例如，使用Bioconductor可以进行不同类型的分析;测序:RNASeq、ChIPSeq、变体、拷贝数等;微阵列:表达、SNP等;领域特异性分析:流式细胞术、蛋白质组学等。对于这些分析，通常需要导入和使用不同的与序列相关的文件类型，包括fasta、fastq、BAM、gtf、bed和wig文件等等。Bioconductor包支持导入、通用和高级序列操作操作，如微调、转换和校准，包括质量评估。

作者:Sonali Arora [aut]， Martin Morgan [aut]， Bioconductor Package Maintainer [cre]

Maintainer: Bioconductor Package Maintainer < Maintainer at Bioconductor。org>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!require ("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("sequencing")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(测序)

超文本标记语言

R脚本

序列数据生物导体简介

细节

biocViews	BasicWorkflow,ImmunoOncologyWorkflow,工作流
版本	1.14.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3.0),GenomicRanges,GenomicAlignments,Biostrings,Rsamtools,ShortRead,BiocParallel,rtracklayer,VariantAnnotation,AnnotationHub,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14
进口
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	//www.andersvercelli.com/help/workflows/sequencing/
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	sequencing_1.14.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sequencing
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/测序
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/sequencing/
包下载报告	下载数据