CsawUsersGuide.

DOI：10.18129 / b9.bioc.csawusersguide.

CSAW用户指南

Biocometiond版本：释放（3.12）

用于检测芯片-SEQ数据中的差分绑定区域的CSAW包的用户指南。描述如何在BAM文件中读取以获取每个窗口计数矩阵，过滤以获得感兴趣的高丰度窗口，对特定于样本的偏差的标准化，测试差异绑定，整理每个窗口的结果，得到每个区域统计和DB结果的注释和可视化。

作者：Aaron LUN [AUT，CRE]

维护者：Aaron LUN

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.0”）并输入：

if（！perceneNamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“csawusersguide”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“CSAWUSERSGUIDE”）

PDF.

r script.

用户手册

细节

Biocviews.	EpigeneticsWorkflow.那工作流程
版本	1.6.0
执照	GPL-3
要看
进口
链接到
建议	CSAW.那chipseqdbdata.那edger.那txdb.mmusculus.ucsc.mm10.knowngene.那org.mm.eg.db.那rtracklayer.那RSAMTOOLS.那GVIZ.那kn那生物焦
系统要求
加强
URL.
取决于我
进口我
建议我
链接给我

包档案包

跟随安装在r会话中使用此包的说明。

源包	csawusersguide_1.6.0.tar.gz.
Windows二进制文件
Macos 10.13（高塞拉）
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/csawusersguide.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ csawusersguide
包短网址	https://biocumon.org/packages/csawusersguide/
包裹下载报告	下载统计信息