CytofWorkflow.

DOI：10.18129 / b9.bioc.cytofworkflow.

Cytof工作流程：高通量高尺寸细胞计数数据集中的差异发现

Biocometiond版本：释放（3.12）

高尺寸质量和流式细胞术（HDCYTO）实验已成为高通量审查和细胞群体表征的选择方法。在这里，我们介绍了一种用于HDCYTO数据的差分分析的更新的基于R的流水线，主要是基于生物导体包。我们使用Flowsom聚类计算地定义小区群体，并促进可选但可重复的策略，用于算法生成的群集的手动合并。我们的工作流程提供不同的分析路径，包括细胞类型丰富的关联，其特定亚步骤内的信号标记的表型或变化，或聚集信号的差分分析。重要的是，我们显示的差异分析基于回归框架，其中HDCYTO数据是响应;因此，我们能够模拟任意实验设计，例如具有批量效果，配对设计等的试验设计。特别地，我们应用广义的线性混合模型或线性混合模型以分析信令标记的细胞群丰度或细胞群特异性分析，允许跨越样本的细胞计数或聚合信号进行过度建模。To support the formal statistical analyses, we encourage exploratory data analysis at every step, including quality control (e.g., multi-dimensional scaling plots), reporting of clustering results (dimensionality reduction, heatmaps with dendrograms) and differential analyses (e.g., plots of aggregated signals).

作者：Malgorzata Nowicka [Aut]，Helena L.Crowell [Aut]，Mark D. Robinson [Aut，CRE]

维护者：Mark D. Robinson

安装

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if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“cytofworkflow”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

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HTML.

高通量高尺寸细胞计数数据集的差分发现的工作流程

细节

Biocviews.	免疫系统工作流程那singlecellworkflow.那工作流程
版本	1.14.0.
执照	艺术-2.0
依靠	r（> = 3.6.0），生物焦那kn那readxl.那催化剂那diffcyt.那hdcytodata.那uwot.那电台
进口
链接到
建议	kniTcitations.
系统要求
加强
URL.	https://github.com/markrobinsonuzh/cytofworkflow.
Bugreports.	https://github.com/markrobinsonuzh/cytofworkflow/issues.
取决于我
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建议我
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包档案包

跟随安装在r会话中使用此包的说明。

源包	cytofworkflow_1.14.0.tar.gz.
Windows二进制文件
Macos 10.13（高塞拉）
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/cytofworkflow.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ cytofworkflow
包短网址	https://biocumon.org/packages/cytofworkflow/
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