甲基疗法arrayAlysis.

DOI：10.18129 / b9.bioc.m.methylationarrayanalysis.

用于分析甲基化阵列数据的交叉包生物体工作流程。

Biocometiond版本：释放（3.12）

已知人类基因组中的甲基化与发育和疾病有关。Illumina Infinium甲基化阵列是迄今为止在人类基因组上询问甲基化的最常见方法。该生物体工作流程使用多个包来分析甲基化阵列数据。具体而言，我们展示了典型的差分甲基化分析管道所涉及的步骤，包括：质量控制，过滤，归一化，数据探索和探针差分甲基化的统计测试。我们进一步概述了其他分析，例如区分区的差异甲基化，差异可变性分析，估计细胞类型组成和基因本体检测。最后，我们提供了如何可视化甲基化阵列数据的一些示例。

作者：Jovana Maksimovic [Aut，CRE]

维护者：Jovana Maksimovic

安装

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r script.

用于分析甲基化阵列数据的跨包生物体工作流程

细节

Biocviews.	EpigeneticsWorkflow.那工作流程
版本	1.14.0.
执照	艺术-2.0
依靠	r（> = 3.3.0），kn那RAMAMAMDOW.那生物焦那林马那Minfi.那illuminahumanmethylation450ka​​nno.ilmn12.hg19.那Illuminahumanmethylation450kmanifest.那rcolorbrewer.那MissMethyl.那MatrixStats.那minfidata.那GVIZ.那dmrcate.那stringr.那flowsorted.blood.450k.
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源包	甲基疗法arraYanalysis_1.14.0.tar.gz.
Windows二进制文件
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源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/methylationarrayanalysis.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包装/甲基化arrayany分析
包短网址	https://biocumon.org/packages/methylationarrayanalysis/
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