BP4RNAseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.BP4RNAseq

可重复的RNA-seq分析的保姆包

Bioconductor版本:发布(3.12)

一种可重复RNA-seq分析的自动化管道，研究人员用最少的努力。该包可以处理批量RNA-seq数据和单细胞RNA-seq数据。您只能提供类群名称和保存在国家生物技术信息中心(NCBI)的RNA-seq数据的登录号。在一杯茶或更久的时间后，你将得到形成的基因表达数据，基因计数和转录计数基于基于对齐和无对齐的工作流程。

作者:孙善文(cre, aut)，徐磊(aut)，邹权(aut)

维护人员:孙善文<孙善文，邮箱:gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本为“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("BP4RNAseq")

对于旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的这个包的版本文档，启动R并输入:

browseVignettes(“BP4RNAseq”)

超文本标记语言

R脚本

BP4RNAseq装饰图案

细节

biocViews	GeneExpressionWorkflow,工作流
版本	1.0.0
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	dplyr,fastqcr,stringr,tidyr,统计,跑龙套,magrittr,网状
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements	UNIX, SRA Toolkit=2.10.3, Entrez Direct=13.3, FastQC=v0.11.9, Cutadapt=2.10, datasets, SAMtools=1.9, HISAT2=2.2.0, StringTie=2.1.1, Salmon=1.2.1
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循安装在你的R会话中使用这个包的说明。

源包	BP4RNAseq_1.0.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BP4RNAseq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BP4RNAseq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/BP4RNAseq/
包下载报告	下载数据