generegulation

DOI:10.18129 / B9.bioc.generegulation

通过序列匹配寻找已知转录因子的候选结合位点

生物导体版本:发布(3.12)

转录因子蛋白(transcription factor proteins, TFs)与基因转录起始位点(transcription start sites, TSSs)上游DNA启动子区(DNA promoter regions)的结合是控制基因表达和许多细胞过程的重要机制之一。尽管近年来有许多新的数据可以用来识别转录因子结合位点(TFBSs)——其中的ChIP-seq和DNase I超敏区——但序列匹配仍然发挥着重要的作用。在这个工作流程中，我们演示了生物导体技术，使用酿酒酵母模型在DNA序列中寻找候选TF结合位点。这里演示的方法同样适用于其他生物体。

作者:Bioconductor Package Maintainer [aut, cre]

Maintainer: Bioconductor Package Maintainer < Maintainer at Bioconductor。org>

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browseVignettes(“generegulation”)

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R脚本

通过序列匹配寻找已知转录因子的候选结合位点

细节

biocViews	EpigeneticsWorkflow,工作流
版本	1.14.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3.0),BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3,Biostrings,GenomicFeatures,MotifDb,S4Vectors,TxDb.Scerevisiae.UCSC.sacCer3.sgdGene,motifStack,org.Sc.sgd.db,seqLogo
进口
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建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	//www.andersvercelli.com/help/workflows/generegulation/
取决于我
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包档案

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源包	generegulation_1.14.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/generegulation
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ generegulation
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/generegulation/
包下载报告	下载数据