chipseqDB

DOI:10.18129 / B9.bioc.chipseqDB

检测ChIP-seq数据中差异结合的生物导体工作流

生物导体版本:发布(3.12)

描述使用滑动窗口执行DB分析的计算工作流。其目的是通过提供详细的代码和预期的输出来促进基于窗口的数据库分析的实际实现。这里描述的工作流程适用于具有多个实验条件和一个或多个条件下的多个生物样本的任何ChIP-seq实验。它以全新的方式检测和总结条件之间的DB区域，也就是说，无需对边界区域的位置或宽度做任何预先假设。然后根据它们与基因的接近程度对被检测区域进行注释。

作者:Aaron Lun, Gordon Smyth [aut]

维护者:Aaron Lun

安装

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如果(!安装BiocManager::install("chipseqDB")

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文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“chipseqDB”)

超文本标记语言	R脚本	1.介绍
超文本标记语言	R脚本	2.H3K9ac在B细胞中的差异富集
超文本标记语言	R脚本	3.CBP在成纤维细胞中的差异结合
超文本标记语言	R脚本	4.H3K27me3在肺上皮的差异富集

细节

biocViews	EpigeneticsWorkflow,ImmunoOncologyWorkflow,工作流
版本	1.14.0
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口
链接
建议	chipseqDBData,BiocStyle,BiocFileCache,ChIPpeakAnno,Gviz,Rsamtools,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,csaw,刨边机,knitr,org.Mm.eg.db,rtracklayer,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	//www.andersvercelli.com/help/workflows/chipseqDB/
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	chipseqDB_1.14.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chipseqDB
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ chipseqDB
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/chipseqDB/
包下载报告	下载数据