Bioconductor软件包

Bioconductor版本:3.14

维护人员 标题
a4 罗兰Cougnaud 自动Affymetrix阵列分析伞包
a4Base 罗兰Cougnaud 自动Affymetrix阵列分析基础包
a4Classif 罗兰Cougnaud 自动Affymetrix阵列分析分类包
a4Core 罗兰Cougnaud 自动Affymetrix阵列分析核心包
a4Preproc 罗兰Cougnaud 自动Affymetrix阵列分析预处理包
a4Reporting 罗兰Cougnaud 自动Affymetrix阵列分析报告包
ABAEnrichment 施特菲·格罗特 人脑区基因表达富集
ABarray 孙永明 应用生物系统基因组调查(AB1700)基因表达数据的微阵列QA和统计数据分析。
abseqR 嘉鸿方 抗体库的Rep-Seq数据集的报告和数据分析功能
ABSSeq Wentao杨 ABSSeq:一种新的基于绝对表达差异建模的rna seq分析方法
acde 胡安·巴勃罗·阿科斯塔 差异表达基因的人工成分检测
王牌 波尔 基于低覆盖率全基因组测序的绝对拷贝数估计
aCGH 季米特洛夫彼得 阵列比较基因组杂交数据的类和函数
ACME 肖恩·戴维斯 计算微阵列富集(ACME)算法
ADaCGH2 雷蒙Diaz-Uriarte 利用并行计算和ff对象分析aCGH实验大数据
亚当 Jose Luiz Rybarczyk Filho 活动和多样性分析模块
ADAMgui Jose Luiz Rybarczyk Filho 活动和多样性分析模块图形用户界面
adductomicsR 乔西海耶斯 内收质谱数据集的处理
ADImpute Ana Carolina Leote 自适应衰减Imputer (ADImpute)
adSplit 克劳迪奥·Lottaz 注解驱动的集群
AffiXcan 亚历山德罗Lussana 归因基因调控表达的功能方法
affxparser 卡斯珀·丹尼尔·汉森 Affymetrix文件解析SDK
affy 拉斐尔·伊里扎里 Affymetrix寡核苷酸阵列方法
affycomp 拉斐尔·伊里扎里 评估Affymetrix表达式度量的图形工具箱
AffyCompatible 马丁•摩根 Affymetrix genchip软件兼容性
affyContam 诉凯利 affymetrix cel文件数据的结构化损坏
affycoretools 詹姆斯·w·麦克唐纳 函数有用的那些做重复分析与Affymetrix基因芯片
affyILM 米里亚姆·克罗尔和法布里斯·伯格 背景减法的线性模型与朗缪尔等温线
affyio 本Bolstad 解析Affymetrix数据文件的工具
affylmGUI 戈登•史密斯 使用Affymetrix微阵列的limma包的GUI
affyPara 马库斯Schmidberger Affymetrix寡核苷酸阵列并行预处理方法
affyPLM 本Bolstad 探头级模型的拟合方法
AffyRNADegradation 马里奥Fasold 分析和纠正微阵列数据中由于RNA降解引起的探针位置偏差
AGDEX 翠兰拉妮高 差分表达式分析的一致性
aggregateBioVar 杰森·拉特克利夫称 多主体scRNA-seq差异基因表达分析
agilp 本尼链 安捷伦表达式阵列处理包
AgiMicroRna 佩德罗Lopez-Romero Agilent microRNA芯片的加工与差异表达分析
目标 埃里克·帕奎特 目的:确定乳腺癌固有分子亚型的绝对归属
airpart Wancenμ 差异细胞类型特异性等位基因失衡
ALDEx2 格雷格Gloor 考虑样本变异的差异丰度分析
alevinQC 夏洛特Soneson 为Alevin输出生成QC报告
AllelicImbalance Jesper R Gadin 研究等位基因特异性表达
AlphaBeta Yadollah Shahryary Dizaji 植物高通量DNA甲基化数据的表观速率和光谱的计算推断
高山 迈克尔的爱 高山
阿尔卑斯山脉 维纳Thatikonda 表观基因组学数据分析例程
AlpsNMR 塞尔吉奥·奥勒·莫雷诺 核磁共振自动光谱处理系统
阿尔萨斯 罗恩Wehrens 用于混合物自动化学探测的ALS
altcdfenvs Laurent Gautier 可选的CDF环境(又名探查集映射)
意大利苦杏酒 奥利弗Gevaert 利用综合多组学分析和惩罚回归评价调控网络推理和驱动基因
AMOUNTAIN 李董 多层加权基因共表达网络的有源模块:一种持续优化方法
amplican 大船瓦伦 自动分析CRISPR实验
Anaquin 泰德黄 亮片的统计分析
ANCOMBC 林黄 微生物群落组成的偏置校正分析
AneuFinder 亚伦Taudt 单细胞测序数据拷贝数变化分析
曾帮工 马天乐 复杂患者聚类的亲和网络融合
微生物 悦赵 交互式微生物组分析工具包
annaffy 科林·a·史密斯 Affymetrix生物元数据的注释工具
annmap 克里斯Wirth 基因组注释和可视化包,用于Affymetrix阵列和NGS分析。
注释 生物导体包装维护者 微阵列注释
AnnotationDbi 生物导体包装维护者 在Bioconductor中操作基于sqlite的注释
AnnotationFilter 生物导体包装维护者 过滤生物导体注释资源的设施
AnnotationForge 生物导体包装维护者 用于构建基于sqlite的注释数据包的工具
AnnotationHub 生物导体包装维护者 客户端访问AnnotationHub资源
AnnotationHubData 生物导体包装维护者 将公共数据资源转换为Bioconductor数据结构
annotationTools 亚历山大·库恩 注释微阵列和执行跨物种基因表达分析使用平面文件数据库
annotatr 雷蒙德·g·卡瓦尔坎特 基因组区域到基因组注释的注释
anota Ola拉尔森 翻译活性分析(ANOTA)。
anota2seq Christian Oertlin, Julie Lorent 一般适用的转录组范围内的翻译效率分析使用anota2seq
antiProfiles 赫克托·科拉达·布拉沃 基因表达反谱的实现
铁砧 马丁•摩根 AnVIL计算环境上的生物导体
AnVILBilling 文斯凯里 在NHGRI AnVIL (anvilproject.org)中提供检索和报告使用费用的功能。
AnVILPublish 马丁•摩根 发布包和其他资源到AnVIL工作区
APAlyzer Ruijia王 一个使用RNA-seq数据进行APA分析的工具包
apComplex 丹尼斯Scholtens 利用AP-MS蛋白质数据估计蛋白质复合体的成员
apeglm Anqi朱 GLM系数的近似后验估计
appreci8R 莎拉Sandmann 升值8r: R/Bioconductor包,用于过滤snv和具有高灵敏度和高PPV的短索引
aroma.light 亨利克·本特松 仅使用基本R数据类型的微阵列数据的轻量级归一化和可视化方法
ArrayExpress 哈姆·默罕默德 在EBI访问ArrayExpress微阵列数据库并构建Bioconductor数据结构:ExpressionSet, AffyBatch, NChannelSet
ArrayExpressHTS 安吉拉·冈卡尔维斯,安德鲁·吉洪诺夫 ArrayExpress高通量测序处理流水线
arrayMvout 诉凯利 表达阵列QA的多元离群值检测
arrayQuality 艾格尼丝Paquet 评估斑点阵列上的阵列质量
arrayQualityMetrics 迈克•史密斯 微阵列数据集的质量度量报告
ARRmNormalization 让-菲利普•福丁 Illumina甲基化数据的自适应稳健回归归一化
artMS 大卫Jimenez-Morales 质谱分析工具
一只 张倩 祖先特定等位基因频率估计
ASEB Likun王 预测乙酰化赖氨酸位点
ASGSCA 海拉Romdhani 基于广义结构方程模型的多snp与多性状关联研究
亚瑟士 流行Lefort 复杂谱的自动统计识别
ASpediaFI Doyeong余 ASpedia-FI:可选剪接事件的功能交互分析
ASpli 给曼奇尼 RNA-Seq选择性剪接分析
AssessORF Deepank Korandla 利用蛋白质组学和进化保守评估基因预测
资产 Samsiddhi保护好 一个基于子集的异质性状和子类型关联分析的R包
分配 沈莹,W.埃文·约翰逊,大卫·詹金斯,Mumtehena Rahman 自适应签名选择与集成(ASSIGN)
ATACseqQC Jianhong欧 ATAC-seq质量控制
atena Beatriz Calvo-Serra 转座元分析
atSNP Sunyoung胫骨 识别调控snp的亲和性测试
吸引 塞缪尔·齐默尔曼 寻找考夫曼吸引子景观驱动因子基因表达模块的方法
AUCell 莎拉Aibar AUCell:分析单细胞RNA-seq数据中的“基因集”活性(例如识别具有特定基因特征的细胞)
自治 Aditya Bhagwat 推广和直观跨平台组学分析
自动调谐 克雷格·麦克莱恩 非目标代谢组学数据处理的自动参数选择
AWFisher Zhiguang霍 自适应加权fisher法的快速计算R包
awst 大卫。Risso 非对称样本内变换
BaalChIP 圣地亚哥伊内斯 癌症基因组中等位基因特异性转录因子结合的贝叶斯分析
BAC 拉斐尔Gottardo 芯片实验的贝叶斯分析
培根 Maarten van Iterson 利用经验零分布控制关联研究中的偏倚和膨胀
贝德 Andreas Neudecker RNA测序数据中差异表达的贝叶斯分析
BadRegionFinder 莎拉Sandmann BadRegionFinder:一个R/Bioconductor包,用于识别覆盖不良的区域
亚历杭德罗Quiroz-Zarate 基因集选择的贝叶斯方法
舞会礼服 杰克傅 灵活的,异构体水平的差异表达分析
bambu 陈应 长读RNA-Seq数据的参考导向亚型重建和量化
bamsignals 约翰内斯·赫尔穆特 从bam文件中提取读取计数信号
强盗 西蒙Tiberi 差分拼接的贝叶斯分析
banocc 乔治·温加特,柯蒂斯·胡滕豪尔 成分协方差的贝叶斯分析
barcodetrackR 迭戈·亚历山大·埃斯皮诺萨 分析小区条形码数据的函数
basecallQC 托马斯•卡罗尔 使用Illumina基本调用和多路复用输入和输出文件
BaseSpaceR 贾里德·奥康奈尔 基于BaseSpace RESTful API的R SDK
Basic4Cseq 卡罗琳沃尔特 Basic4Cseq:一个R/Bioconductor包,用于分析4C-seq数据
基础知识 艾伦·奥卡拉汉 单细胞测序数据的贝叶斯分析
BasicSTARRseq 安妮卡方式 STARR-seq数据的基本峰值调用
蛇怪 亚伦Lun 冻结Bioconductor包中的Python依赖
basilisk.utils 亚伦Lun Basilisk安装实用程序
后面; 亚伦Lun 单细胞批量校正方法
BatchQC Solaiappan Manimaran 批处理效果质量控制软件
BayesKnockdown 威廉·查德·杨 贝叶斯击倒:来自击倒数据的边的后验概率
BayesSpace 马特•斯通 空间转录组的聚类和分辨率增强
bayNorm 朱文昊唐 单细胞RNA测序数据归一化
baySeq 托马斯·j·哈德卡斯尔 计数数据中差异表达模式的经验贝叶斯分析
BBCAnalyzer 莎拉Sandmann BBCAnalyzer:一个R/Bioconductor包,用于可视化碱基计数
BCRANK 亚当Ameur 从排序的DNA序列预测结合位点一致性
bcSeq 嘉兴林 高通量shRNA和CRISPR屏幕中的快速序列映射
BDMMAcorrect 振威戴 对来自不同队列的宏基因组读计数数据进行meta分析
beachmat 亚伦Lun 编译Bioconductor以处理每种矩阵类型
beadarray 马克·邓宁 Illumina BeadArray数据的质量评估和底层分析
beadarraySNP 1月东 Illumina SNP珠阵列的归一化和报告
BeadDataPackR 迈克•史密斯 Illumina BeadArray数据的压缩
BEARscc 本杰明Schuster-Boeckler 单细胞簇鲁棒性贝叶斯ERCC评估
击败 凯末尔Akman BS-Seq表观变化分析工具包
BEclear 大卫粗声粗气地说 DNA甲基化数据中批处理效应的修正
benchdamic 马特奥Calgaro 微生物组数据差异丰度法的基准
BgeeCall 朱利安Wollbrett RNA-Seq存在/缺失基因的自动表达称为生成
BgeeDB Julien Wollbrett, Julien Roux, Andrea Komljenovic, Frederic Bastian Bgee数据库注释与基因表达数据检索。TopAnat,一个用于UBERON本体的解剖实体富集分析工具
BGmix 亚历克斯·列文 差异基因表达的贝叶斯模型
bgx 欧内斯特Turro 贝叶斯基因表达
六氯 丰富的野蛮 贝叶斯层次聚类
BicARE 皮埃尔Gestraud 聚类分析与结果探索
BiFET Ahrim梦想 无偏置足迹富集测试
BiGGR 阿南德·k·加瓦伊,汉内斯·赫特林 在R中使用代谢重建数据库进行基于约束的建模
bigmelon Tyler J. Gorrie-Stone 大型实验的Illumina甲基化阵列分析
bigPint 林赛·拉特 交互式绘制大多元数据
BindingSiteFinder 米尔科Bruggemann 基于iCLIP数据的绑定站点定义
bioassayR 丹妮拉Cassol 小分子生物活性交叉靶点分析
Biobase 生物导体包装维护者 Biobase: Bioconductor的基本功能
biobroom 约翰·d·斯托里和安德鲁·j·巴斯 将Bioconductor对象转换为整齐的数据帧
biobtreeR 温和的电流的 使用生物树工具从R
bioCancer 卡里姆Mezhoud 交互式多组学癌症数据可视化与分析
BiocCheck 生物导体包装维护者 生物导电剂专用包装检查
BiocDockerManager 生物导体包装维护者 访问Bioconductor docker映像
BiocFileCache Lori牧羊人 跨会话管理文件
BiocGenerics 生物导体包装维护者 Bioconductor中使用的S4通用功能
biocGraph Florian Hahne 生物信息学中的图表示例和用例
BiocIO 生物导体包装维护者 生物导体包装的标准输入和输出
BiocNeighbors 亚伦Lun 生物导体封装的最近邻检测
BiocOncoTK VJ凯里 用于一般癌症基因组学的生物导体组件
BioCor Lluís雷维拉·桑丘 功能相似
BiocParallel 生物导体包装维护者 用于并行评估的生物导体设施
BiocPkgTools 肖恩·戴维斯 用于学习bioic包的简单工具集合
BiocSet 凯拉莫雷尔 代表不同的生物集合
BiocSingular 亚伦Lun 生物导体包的奇异值分解
BiocSklearn 文斯凯里 通过Rstudio reticulate实现python sklearn的接口
BiocStyle Bioconductor包 小插图和其他Bioconductor文档的标准样式
biocthis 莱昂纳多Collado-Torres 自动化Bioconductor包的包和项目设置
BiocVersion 生物导体包装维护者 设置适当版本的Bioconductor包
biocViews 生物导体包装维护者 R包存储库的分类视图
BiocWorkflowTools 迈克•史密斯 帮助开发Bioconductor工作流包的工具
biodb Pierrick罗杰 一个用于连接化学和生物数据库的库和开发框架
biodbChebi Pierrick罗杰 biodbChebi,连接到ChEBI数据库的库
biodbHmdb Pierrick罗杰 用于连接到HMDB数据库的库
biodbKegg Pierrick罗杰 biodbKegg,用于连接到KEGG数据库的库
biodbLipidmaps Pierrick罗杰 biodbLipidmaps,用于连接到Lipidmaps结构数据库的库
biodbUniprot Pierrick罗杰 biodbuuniprot,用于连接到Uniprot数据库的库
bioDist 生物导体包装维护者 不同的距离测量
biomaRt 迈克•史密斯 BioMart数据库的接口(如ensemble)
biomformat 保罗·j·麦克默迪 BIOM文件格式的接口包
BioMM Junfang陈 生物信息多阶段机器学习框架,用于使用组学数据进行表型预测
BioMVCClass 伊丽莎白·惠伦 使用生物基础的模型-视图-控制器(MVC)类
biomvRCNS 杨杜 多变量生物数据的拷贝数研究与分割
BioNERO 法Almeida-Silva 生物网络重建综合
生命网络 马库斯> 生物网络功能分析的例程
BioNetStat 维尼Jardim 生物网络分析
BioPlex 路德维希Geistlinger r端访问BioPlex蛋白-蛋白相互作用数据
BioQC 张继涛 用基因集检测组织表达谱的异质性
biosigner Philippe Rinaudo, Etienne thevennot 从组学数据中发现签名
Biostrings h .页面 生物串的有效操作
BioTIP 孙玉曦(Jennifer),王哲珍,杨冬莉 BioTIP:生物引爆点描述的R包
biotmle 尼玛赫亚兹 生物标记物发现的有调节统计的目标学习
biovizBase 迈克尔•劳伦斯 用于基因组数据可视化的基本图形实用程序。
BiRewire 安德里亚·米兰球迷 二部图(或二元事件矩阵)、无向和有向符号图保持度分布(或边际总数)的随机化高性能例程
biscuiteer “雅各莫里森” 饼干的方便函数
BiSeq 卡佳Hebestreit 处理和分析亚硫酸氢盐测序数据
BitSeq Antti Honkela, Panagiotis Papastamoulis RNA-seq数据的转录表达推理和差异表达分析
blacksheepr RugglesLab 两两差分比较的离群值分析
blima Vojtěch Kulvait 用于Illumina微阵列在探测器(珠)级上的预处理和分析的工具
BLMA 挂着阮 BLMA:一个用于双层元分析的包
BloodGen3Module Darawan Rinchai 这个R包用于执行模块表分析和生成指纹表示
咆哮 亚伦Lun 生物导体的聚类算法
bnbc 腌鱼Fletez-Brant Hi-C数据的带向归一化和批量校正
bnem 马丁Pirkl 从摄动实验的间接测量中训练逻辑模型
BPRMeth Chantriolnt-Andreas Kapourani 建模高阶甲基化剖面
大脑 彼得亚雷Dittwald 同位素分布计算的干扰递归算法
brainflowprobes 阿曼达价格 选择BrainFlow目标探针序列的绘图和注释
BrainSABER 生物医学工程 生物基表达集R工具集中的脑跨度图谱
BrainStars Itoshi NIKAIDO 查询来自BrainStars (B*)的基因表达数据和图
分歧点 贝丝信号 内含子剪接分支点的预测
breakpointR 大卫Porubsky 在Strand-seq数据中查找断点
brendaDb 易周 BRENDA酶数据库
BRGenomics 迈克DeBerardine 高效分析高分辨率基因组数据的工具
拉斐尔Gottardo 差异基因表达的贝叶斯鲁棒推理
BridgeDbR 大多Willighagen 在R中使用BridgeDb标识符映射框架的代码
BrowserViz 保罗·香农 BrowserViz:使用websockets和JSON的交互式R/浏览器图形
BSgenome h .页面 高效表示全基因组及其snp的软件基础设施
bsseq 卡斯珀·丹尼尔·汉森 分析、管理和存储亚硫酸氢盐测序数据
BubbleTree 陶德·克里塞,朱伟 利用下一代测序数据阐明体细胞嵌合体中的肿瘤非整倍性和克隆性的直观可视化
BufferedMatrix 本Bolstad 保存在临时文件中的矩阵数据存储对象
BufferedMatrixMethods 本Bolstad 利用BufferedMatrix对象的微阵列数据相关方法
bugsigdbr 路德维希Geistlinger 从BugSigDB获取已发布的微生物签名的r端访问
BUMHMM Alina Selega 从结构探测实验数据计算修改概率的计算管道
bumphunter Tamilselvi Guharaj 撞猎人
BumpyMatrix 亚伦Lun 非标量对象的凹凸矩阵
公共汽车 远华刘 基因网络重建
BUScorrect 象屿罗 带有未知子类型的批处理效果校正
BUSpaRse λ摩西 kallisto | bustools R公用事业
BUSseq 目前方大歌 scRNA-seq数据的未知子类型批量效应修正
卡昂 周严 选择单细胞RNA-seq分类特征基因的分类编码方法
咖啡馆 桑德博伦 表达式数据中的染色体畸变查找器
CAGEfightR 马尔特Thodberg 用Bioconductor分析基因表达的Cap分析(CAGE)数据
cageminer 法Almeida-Silva 候选基因挖掘者
篮球选手 查尔斯·普莱西 对CAGE (Cap Analysis of Gene Expression)测序数据进行分析,以精确定位转录起始位点和启动子组挖掘
平静 库恩梁 协变量辅助的大规模多重检验
相机 史蒂芬诺依曼 质谱数据注释相关方法的收集
癌症 卡里姆Mezhoud MSKCC癌症基因组学数据访问和建模的图形用户界面
cancerclass 丹尼尔Kosztyla 从高维分子数据开发和验证诊断测试
CancerInSilico Thomas D. Sherman, Elana J. Fertig 用于肿瘤进展计算建模的R接口
CancerSubtypes Taosheng徐 基于多基因组数据集的癌症亚型识别、验证和可视化
萤石 凯特琳麦克休 进行染色体祖先差异(CAnD)分析
caOmicsV 亨利张 多维癌症基因组数据可视化
红衣主教 凯莉·a·贝米斯 用于统计分析的质谱成像工具箱
狂欢节 奥尔加伊万诺娃 使用整数值编程的用于网络识别(从基因表达数据)的因果推理工具
卡斯珀 大卫Rossell 基于成对端读的可选拼接的表征
催化剂 海伦娜·l·克罗维尔 细胞术数据分析工具
类别 生物导体包装维护者 类别分析
categoryCompare 罗伯特·m·弗莱茨 使用特征注释的高通量实验的元分析
CausalR 格林·布拉德利,史蒂文·巴雷特 因果网络分析方法
cbaf 阿尔曼Shahrisa 自动功能比较来自cbioportal.org的各种omic数据
cBioPortalData 马塞尔·拉莫斯 公开并提供来自cbiopportal web资源的数据
cbpManager Arsenij Ustjanzew 生成、管理和编辑适合在cbiopportal中导入的数据和元数据文件
ccfindR 小君吸引 癌症克隆发现者
ccmap 亚历克斯·皮克林 组合连通性映射
CCPROMISE 学苑曹 两种形式高维遗传数据的典型相关PROMISE分析
ccrepe 艾玛·施威格,克雷格·贝尔斯基,乔治·温加特 ccrepe_and_nc.score
celaref 莎拉·威廉姆斯 单细胞RNAseq细胞簇参照标记
celda 约书亚·坎贝尔 细胞潜狄利克雷分配
CellaRepertorium 安德鲁McDavid 单细胞免疫受体组(scRNAseq RepSeq/AIRR-seq)的数据结构、聚类和检测
CellBarcode 中国的太阳 细胞DNA条形码分析工具包
cellbaseR Mohammed OE Abdallah 通过高性能Cellbase web查询注释数据
CellBench Shian苏 构建单细胞分析方法的基准
cellHTS2 约瑟夫·巴里 细胞筛选的分析- cellHTS的修订版
CelliD 彰Cortal 利用多重对应分析无偏提取单细胞基因特征
cellity Tomislav Ilicic 单细胞rna序列数据的质量控制
CellMapper 布拉德那里提取 预测在特定细胞类型中选择性表达的基因
cellmigRation 也Leoncio 跟踪单元,分析单元轨迹和计算迁移统计
CellMixS Almut Lutge 评估细胞特异性混合
CellNOptR A.Gabor 利用先验知识网络和摄动数据训练信号网络布尔逻辑模型
cellscape 玛雅史密斯 探讨单单元树上下文中的单单元拷贝数配置文件
CellScore 南希Mah 从转录图谱中评估细胞身份的工具
CellTrails 丹尼尔Ellwanger 分支轨迹的重建、可视化和分析
cellTree 大卫duVerle 单细胞RNA-seq数据的层次树结构推理和可视化
CEMiTool 举行Nakaya 共表达式模块识别工具
censcyt 里特•嘉宝 高维细胞术中右截尾共变量的差异丰度分析
Cepo 哈尼杰恩·金 Cepo用于差异稳定基因的鉴定
ceRNAnetsim Selcen Ari Yuka miRNA与竞争rna相互作用调控模拟器(ceRNA)
CeTF Carlos Alberto Oliveira de Biagi Junior 利用调控影响因子、偏相关和信息论分析转录因子的共表达
CexoR 佩德罗情歌 在ChIP-exo复制中发现高分辨率蛋白质- dna相互作用的R包
CFAssay 赫伯特Braselmann 菌落形成测定的统计分析
cfDNAPro Haichao王 cfDNAPro有助于描述和可视化液体活检的全基因组测序数据
CGEN 贾斯汀•李 遗传流行病学病例对照研究分析R包
CGHbase 马克·范德维尔 CGHbase:用于arrayCGH数据分析的基函数和类。
CGHcall 马克·范德维尔 调用阵列CGH肿瘤剖面的畸变。
cghMCR j .张 找出显示共同增益/损失的染色体区域
CGHnormaliter 巴特·p·范·豪特 具有不平衡像差的阵列CGH数据的归一化。
CGHregions 会发生Vosse 信息损失最小的阵列CGH数据降维方法。
冠军 元田 芯片分析甲基化管道Illumina HumanMethylation450和EPIC
ChemmineOB 托马斯Girke R接口到OpenBabel功能的子集
ChemmineR 托马斯Girke R .化学信息学工具包
印度豹 Jurrian de Kanter 快速准确的scRNA-seq细胞类型识别
别致的 卡门·玛丽亚·利维 芯片序列数据的质量控制管道
芝加哥 米哈伊尔·Spivakov 芝加哥:基因组组织的捕获Hi-C分析
chimeraviz Stian Lagstad 基因融合的可视化工具
ChIPanalyser 帕特里克·马丁 芯片分析仪:预测转录因子结合位点
ChIPComp 李陈 多个ChIP-seq数据集的定量比较
chipenrich 雷蒙德·g·卡瓦尔坎特 ChIP-seq峰值数据的基因集富集
ChIPexoQual 雷内·韦尔奇 ChIPexoQual
ChIPpeakAnno 欧建宏,朱丽华 从ChIP-seq, ChIP-chip实验或任何实验中识别的峰的批量注释导致了大量的染色体范围
ChIPQC 汤姆·卡罗,罗里·斯塔克 ChIPseq数据的质量度量
ChIPseeker Guangchuang余 用于芯片峰值注释、比较和可视化的ChIPseeker
chipseq 生物导体包装维护者 chipseq:用于分析chipseq数据的包
ChIPseqR 彼得汉保格 在高通量测序数据中识别蛋白质结合位点
ChIPsim 彼得汉保格 ChIP-seq实验模拟
ChIPXpress 乔治·吴 利用公开的基因表达谱,从ChIP-seq和ChIP-chip数据中增强转录因子靶基因识别
筷子 Hin-Tak梁 “snp。'和'X.snp。矩阵的类
chromDraw Jan Janecka chromDraw是一个R包,用于绘制线性和圆形的核型方案。
ChromHeatMap 蒂姆·f·雷纳 基因组坐标绘制热图
chromPlot Karen Y. Orostica 基因组数据的全球可视化工具
ChromSCape Pacome Prompsy 用Shiny App分析单细胞表观基因组学数据集
chromstaR 亚伦Taudt ChIP-Seq数据的组合和差分染色质状态分析
chromswitch 《杰莎 从表观基因组数据中检测染色质状态开关的R包
chromVAR 艾丽西亚Schep 不同区域的染色质变化
CHRONOS 帕诺斯Balomenos CHRONOS:一种用于microrna介导的子通路富集分析的时变方法
西塞罗 汉娜多段线 从单细胞染色质可达性数据精确计算顺式共可达性
CIMICE 尼古拉-罗西 CIMICE-R:(马尔可夫)链方法推断癌症的进化
CINdex 看门人尤里卡 染色体不稳定性指数
circRNAprofiler 西蒙娜Aufiero circRNAprofiler:环形rna下游分析的基于r的计算框架
cisPath Likun王 蛋白质-蛋白质相互作用网络的可视化和管理。
CiteFuse Yingxin林 CiteFuse: CITE-seq数据的多模态分析
ClassifyR 达里奥Strbenac 一个用于交叉验证分类问题的框架,应用于微分可变性和微分分布检验
cleanUpdTSeq 欧建宏;朱丽华 cleanUpdTSeq从oligo(dT)介导的3'端RNA测序数据中清除聚腺苷酸化位点的伪产物
切肉刀 塞巴斯蒂安·吉布 多肽序列的裂解
clippda Stephen Nyangoma 一个用于临床蛋白质组分析数据分析的软件包
限幅器 保罗•马提尼 利用路径拓扑的基因集分析
cliProfiler 你周 用于CLIP数据可视化的包
cliqueMS Oriol Senan Campos 源内LC/MS代谢组学数据的同位素、加合物和碎片加合物注释
Clomial Habil Zare 推断肿瘤的克隆组成
单克隆 Irina Ostrovnaya 单克隆测试
clonotypeR 查尔斯·普莱西 T细胞抗原受体序列高通量分析
诺亚·霍夫曼 根据局部相似阈值进行分类
clstutils 诺亚·霍夫曼 用于执行分类分配的工具
CluMSID 托拜厄斯Depke MS2光谱在代谢物识别中的聚类研究
clustComp 奥罗拉多浪迪警官 聚类比较包
clusterExperiment 伊丽莎白Purdom 比较单细胞测序的聚类
ClusterJudge Adrian Pasculescu 互信息聚类方法的质量判断
clusterProfiler Guangchuang余 解释组学数据的通用丰富工具
clusterSeq 托马斯·j·哈德卡斯尔 通过识别共表达模式聚类高通量测序数据
ClusterSignificance 杰森·T·瑟维斯 clustersignificant包提供了一些工具,用于评估降维数据表示中的类集群是否具有与排列数据不同的分离
clusterStab 詹姆斯·w·麦克唐纳 计算微阵列数据的集群稳定性评分
clustifyr 瑞福 使用细胞集群的单细胞rna序列分类器
CMA 罗马霍农 基于微阵列的综合分类
cmapR 泰德Natoli R中的CMap工具
cn.farms Andreas Mitterecker cn。用于拷贝数估计的因子分析
cn.mops Gundula Povysil cn.mops- Mixture of Poissons for CNV detection in NGS data
CNAnorm 斯特凡诺拜里 癌症样本拷贝数畸变的归一化方法
cn 通用电气谭 CNE检测与可视化
CNORdt 答:业务 添加到CellNOptR:离散时间处理
CNORfeeder E.Gjerga 集成CellNOptR以添加缺失的链接
CNORfuzzy t . Cokelaer 添加到CellNOptR:模糊逻辑
CNORode 阿提拉伽柏 ODE附加到CellNOptR
CNTools j .张 通过样本矩阵将段数据转换为区域,以便进行其他高级计算分析。
CNVfilteR 何塞·马科斯·莫雷诺-卡布雷拉 通过SNV调用识别CNV调用工具的误报
CNVgears 西蒙Montalbano 一个组合、分析和解释cnv调用结果的函数框架
cnvGSA 约瑟夫·卢戈 (罕见)拷贝数变异的基因集分析
CNViz 丽贝卡·格林布拉特 拷贝数可视化
CNVPanelizer 托马斯•沃尔夫 靶向测序应用中可靠的CNV检测
CNVRanger 路德维希Geistlinger CNV范围的总结和表达/表型的关联
CNVrd2 黄檀阮 CNVrd2:一种基于读取深度的方法,用于从下一代测序数据中检测复杂共同拷贝数变异和基因型。
CoCiteStats 生物导体包装维护者 基于共引的不同测试统计。
可可 约翰·劳森 坐标共变分析
codelink 迭戈Diez 编码链微阵列数据的操作
食典委 江刘宇超(音) 全外显子组测序的归一化和拷贝数变异检测方法
coexnet 胡安·大卫·赫尼奥 coexnet:一个从微阵列数据构建共表达网络的R包
CoGAPS 艾兰娜J.费尔蒂格,托马斯D.谢尔曼,梅兰妮L.罗思 模式集中的协调基因活动
cogena Zhilong贾 共表达基因集富集分析
我思 安妮卡汉堡 比较基因组间隔工具——基因组和表观基因组数据集的自动化、完整、可重复和清晰的报告
coGPS 迎迎魏 癌症异常基因图谱集
COHCAP 查尔斯·沃登 用于Illumina甲基化阵列和靶向BS-Seq数据的CpG岛分析管道
可乐 Zuguang顾 共识分区框架
结合 尤里斯最大经济产量 基于视觉整合的组分组学模型
彗星 Tiphaine马丁 区域性表观基因组全关联扫描(EWAS)结果和DNA共甲基化模式的可视化
compartmap 本杰明•约翰逊 scRNA-seq和scATAC-seq在单细胞中的高阶染色质域推断
指南针 格雷格Finak 单细胞的组合多功能分析
compcodeR 夏洛特Soneson RNAseq数据仿真、差分表达式分析及差分表达式方法性能比较
compEpiTools 卡马尔•基 计算表观基因组学的工具
ComplexHeatmap Zuguang顾 制作复杂的热图
ComPrAn 佩特拉Palenikova 复杂组分析包
conclus Ilyess Rachedi 从共识集群到有意义的结论
调味品 Hector Roux de Bezieux 微分拓扑,进阶与微分
承认 戴安娜低 细胞的荧光信号排序
共识 Tim Peters 通过实验室间检测方法进行基因组测量的跨平台共识分析
ConsensusClusterPlus 马特·威尔克森 ConsensusClusterPlus
consensusDE 阿什利·j·瓦尔登伯格 使用多种算法的rna序列分析
consensusOV 本杰明Haibe-Kains 基于基因表达的高级别浆液性卵巢癌亚型分类
consensusSeekeR 阿斯特丽德Deschenes 利用基因组位置和基因组范围检测一组经验中的共识区域
CONSTANd 德克。Valkenborg 矩阵秩法数据归一化
contiBAIT 基兰奥尼尔 利用Strand-Seq数据改进早期构建基因组组装
conumee Volker Hovestadt 利用Illumina DNA甲基化阵列增强拷贝数变异分析
转换 杨怡华(Jean) 转换微阵列数据对象
国王杯 詹姆斯·w·麦克唐纳 功能执行癌症异常值概况分析。
copynumber Gro流行病学 用惩罚最小二乘回归分割单航迹和多航迹拷贝数数据。
CopyNumberPlots Bernat凝胶 使用核ploter功能创建复制数图
文案 奥斯卡Krijgsman 使用脱靶读取从目标测序中复制编号信息
警戒线 Anamaria Elek 基因表达性的密码子使用分析与预测
CoRegNet 雷米总 CoRegNet:协同调控网络的重构与综合分析
CoreGx 本杰明Haibe-Kains 作为其他“Gx”包基础的类和函数
Cormotif 迎迎魏 相关Motif拟合
科拉尔 劳伦许 单细胞数据的对应分析
CORREP Dongxiao朱 多元相关估计与统计推断程序。
coseq 安德里亚·劳 测序数据的共表达分析
cosmiq 大卫•菲舍尔 cosmiq -将单一质量组合成数量
cosmosR 凯瑟琳Zirngibl 多组学空间因果导向搜索
COSNet 马可Frasca 用于高度不平衡标记图节点标记预测的代价敏感网络
CountClust 库什戴伊 利用隶属度模型聚类和可视化RNA-Seq表达数据
countsimQC 夏洛特Soneson 比较计数数据集的特征
covEB c . Pacini 块对角协方差矩阵的经验贝叶斯估计
CoverageView 埃内斯托•罗伊 R
covRNA 劳拉的城市 转录组数据的多变量分析
cpvSNP 凯特琳麦克休 SNP关联p值在给定基因集中的基因中的基因集分析方法
cqn 卡斯珀·丹尼尔·汉森 条件分位数归一化
CRImage Henrik Failmezger,袁银银 criage包用于对细胞进行分类并计算肿瘤细胞数
CRISPRseek 朱丽华 基因组编辑系统CRISPR-Cas9靶向特异性引导rna的设计
crisprseekplus 高山Kucukural crisprseekplus
CrispRVariants 海伦林赛 用于计数和可视化目标位置突变的工具
crlmm 贝尼尔顿S卡瓦略,罗伯特沙夫,马特里奇 Affymetrix SNP 5.0和6.0和Illumina阵列的基因型调用(CRLMM)和拷贝数分析工具
crossmeta 亚历克斯·皮克林 微阵列数据的跨平台元分析
CSAR 何塞·M·穆伊诺 用于分析ChIP-seq数据的统计工具
csaw 亚伦Lun Windows芯片序列分析
csdR Jakob Peder Pettersen 差异基因共表达
CSSP 钱德勒左 ChIP-Seq统计功率
CSSQ 佐治亚理工学院风扇实验室 芯片序列信号量化器管道
ctc 安东尼·卢卡斯 集群和树转换。
CTDquerier 泽维尔Escriba-Montagut 用于CTDbase数据查询、可视化和下游分析的软件包
ctgGEM 生物医学工程 从基因表达数据生成树层次可视化
cTRAP 努诺·Saraiva-Agostinho 从差异基因表达数据中识别候选因果扰动
ctsGE 米甲Sharabi-Schwager 时间序列基因表达数据的聚类
腰带 忠诚的A.戈夫 袖扣高通量测序数据的分析、探索、操作和可视化。
customCMPdb 玉柱段 自定义和查询复合注释数据库
customProDB 王小静文博 根据NGS数据生成定制的蛋白质数据库,以RNA-Seq数据为重点,用于蛋白质组学搜索
cyanoFilter Oluwafemi Olusoji 利用细胞色素和/或复杂性识别浮游植物种群
周期 马提亚Futschik 时间序列数据中周期表达式模式的意义
cydar 亚伦Lun 用细胞术进行差异丰度分析
CytoDx Zicheng胡 使用细胞术数据在无细胞门控的情况下对临床结果进行稳健预测
CyTOFpower Anne-Maud费雷拉 CyTOF实验的功率分析
CytoGLMM Christof西勒 流式和细胞术实验的条件差异分析
cytoKernel Tusharkanti Ghosh 微分表达式采用基于核的评分检验
cytolib 迈克江 用c++基础结构表示门控细胞检测数据并与之交互
cytomapper 尼尔斯·咨询 R中高度复用成像数据的可视化
CytoML 迈克江 跨平台细胞检测数据共享的GatingML接口
CytoTree 个戴 流式和细胞术数据的工具包
dada2 本杰明·卡拉汉 从扩增子测序数据进行精确、高分辨率的样本推断
dagLogo Jianhong欧 dagLogo:一个Bioconductor包,用于基于概率论将保守氨基酸序列模式分组可视化
daMA Jobst Landgrebe 析因双色微阵列数据的高效设计与分析
DAMEfinder Stephany Orjuela 发现DAMEs -差异等位甲基化区域
DaMiRseq Mattia基 RNA-seq数据挖掘:归一化,特征选择和分类
DAPAR 撒母耳Wieczorek 蛋白质丰度差异分析工具与R
飞镖 郑世杰 基于关联网络拓扑的去噪算法
dasper 大卫·张 从rna测序数据中检测异常剪接事件
dcanr Dharmesh D. Bhuva 微分共表达/关联网络分析
dce Kim Philipp Jablonski 基于差异因果效应的路径富集
dcGSA Jiehuan太阳 基于距离相关的基因集纵向基因表达谱分析
ddCt 张继涛 用于定量实时PCR (qRT-PCR)分析的ddCt算法
ddPCRclust 本尼迪克特·g·布林克 ddPCR数据的聚类算法
dearseq 鲍里斯·p·海布卢姆 通过稳健方差分量检验对RNA-seq数据进行差异表达分析
debCAM 露露陈 混合物的凸分析反褶积
debrowser 高山Kucukural 交互式差分表达式分析浏览器
解读 埃里克·赖特 用于策划、分析和操纵生物序列的工具
德科 Francisco Jose Campos Laborie 使用Omic数据分析分解异构队列
DEComplexDisease “孟 基于双聚类分析的复杂疾病的差异表达分析和DEGs研究工具
decompTumor2Sig 罗萨里奥·m·皮罗 通过特征码改装将单个肿瘤分解为突变特征码
DeconRNASeq Ting龚 mRNA-Seq数据的异质组织样本反褶积
decontam 本杰明·卡拉汉 在标记基因和宏基因组测序数据中识别污染物
deconvR İrem B. Gündüz Omic剖面的模拟与反褶积
解耦 加索尔Badia-i-Mompel 解耦器:从组学数据中推断生物活性的计算方法的集合
位深蓝 Felipe Albrecht, Markus List 位深蓝
DeepPINCS Dongmin荣格 基于深度学习序列的蛋白质相互作用和化合物网络
deepSNV 莫里茨Gerstung 深度测序数据中亚克隆snv的检测。
反编排 Andrzej Oleś 差异基因表达数据格式转换器
DegNorm 中正大学王 DegNorm: RNA-seq数据降级归一化
DEGraph 洛朗•雅各布 图上的两样本检验
DEGreport 曾淡水沼泽 DEG分析报告
DEGseq Likun王 从RNA-seq数据中识别差异表达基因
DelayedArray Herve页面 一个用于透明处理磁盘上和内存中类似数组的数据集的统一框架
DelayedDataFrame 钱氏 使用标准的数据帧隐喻对数据帧进行延迟操作
DelayedMatrixStats 彼得希 应用于DelayedMatrix对象的行和列的函数
DelayedRandomArray 亚伦Lun 随机值的延迟数组
DelayedTensor 露崎引人入胜 R包用于稀疏核外算法和张量分解
deltaCaptureC 迈克尔·夏皮罗 这个包从3C数据中发现中尺度染色质重塑
deltaGseg 戴安娜低 deltaGseg
需求 Jung Hoon Woo, Mariano Alvarez 需求
DeMixT 曹少龙,杨鹏 使用来自RNAseq或微阵列平台的表达数据对含有两种或三种成分的异构肿瘤样本进行细胞类型特异性反褶积
densvis 艾伦·奥卡拉汉 基于非线性降维的保持密度数据可视化
阿恩史密特 蛋白质组学数据的差异富集分析
服饰 Jakob Theorell 高维实体中簇的基本表型元素的测定
DEqMS Yafeng朱 一种对定量蛋白质组数据进行差异蛋白表达统计分析的工具。
derfinder 莱昂纳多Collado-Torres 通过DER Finder方法在碱基对分辨率下对RNA-seq数据进行注释不可知的差异表达分析
derfinderHelper 莱昂纳多Collado-Torres Derfinder助手包
derfinderPlot 莱昂纳多Collado-Torres derfinder的绘图函数
DEScan2 达里奥Righelli 差异富集扫描2
DESeq2 迈克尔的爱 基于负二项分布的差异基因表达分析
DEsingle 逸苗 DEsingle用于检测单细胞RNA-seq数据中的三种差异表达
命运 菲利普·安格勒 创建扩散映射
DEsubs 阿里斯蒂迪斯·g·弗拉哈提斯,帕诺斯·巴洛梅诺斯 DEsubs:一个R包,用于使用RNA-seq表达实验灵活识别差异表达的子通路
DEWSeq 生物信息学团队Hentze 基于负二项分布的微分表达式窗口
DExMA 胡安·安东尼奥Villatoro-García 差异表达元分析
DEXSeq 亚历杭德罗雷耶斯 RNA-Seq中差异外显子使用的推论
DFP 罗德里戈Alvarez-Glez 基因选择
DIAlignR Shubham古普塔 基于动态规划的MS2色谱图比对
DiffBind 罗里斯塔克 芯片-序列峰值数据的差分绑定分析
diffcoexp Wenbin魏 差分共表达分析
diffcyt 卢卡斯·m·韦伯 通过高分辨率聚类在高维细胞术中的鉴别发现
diffGeneAnalysis Choudary Jagarlamudi 进行差异基因表达分析
diffHic 亚伦Lun Hi-C数据的微分分析
DiffLogo •Treutler DiffLogo:生物低聚物基序的比较可视化
diffloop 迦勒Lareau 从染色质拓扑数据识别不同的DNA环
diffuStats 塞吉奥Picart-Armada 生物网络的扩散评分
diffUTR Pierre-Luc日尔曼 diffUTR:简化差分外显子和3' UTR的使用
diggit 马里亚诺·阿尔瓦雷斯 驱动细胞表型的遗传变异推断
恐龙 杰瑞德布朗 单细胞mRNA测序数据的规范化
dir.expiry 亚伦Lun 缓存目录过期管理
导演 凯瑟琳Icay 多层次数据的动态可视化工具
DirichletMultinomial 马丁•摩根 微生物组数据的dirichlet -多项式混合模型机器学习
不和谐的 夏洛特Siska 不协调法:微分相关的一种新方法
DiscoRhythm 马修·卡卢奇 在生物数据中发现节律性的交互式工作流
截然不同的 西蒙Tiberi 不同的:一种通过等级排列检验进行差异分析的方法
dittoSeq 丹尼尔Bunis 用户友好的单细胞和大块RNA测序可视化
散度 Wikum Dinalankara, Luigi Marchionni 散度:根据与基线的散度来评估组学数据的功能
dk 杰弗里·t·莱克 用于评估多个测试过程的双Kolmogorov-Smirnov包。
DMCFB Farhad Shokoohi 用贝叶斯泛函方法研究差异甲基化胞嘧啶
DMCHMM Farhad Shokoohi 基于隐马尔可夫模型的差异甲基化CpG
DMRcaller Nicolae Radu Zabet 差异甲基化区域调用者
DMRcate Tim Peters 甲基化阵列和测序空间分析方法
DMRforPairs 马丁Rijlaarsdam DMRforPairs:使用基于甲基化配置文件的阵列识别不同样品之间的差异甲基化区域
DMRScan 克里斯蒂安·M·佩奇 差异甲基化区域的检测
dmrseq 基冈Korthauer 全基因组亚硫酸氢盐测序中差异甲基化区域的检测与推断
DNABarcodeCompatibility 席琳Trebeau 下一代测序平台多路实验中DNA条形码组合优化工具
DNABarcodes Tilo Buschmann 用于创建和分析用于下一代测序多路复用实验的DNA条形码的工具
DNAcopy Venkatraman E. Seshan DNA拷贝数数据分析
DNAshapeR Tsu-Pei赵 DNA形状特征的高通量预测
DominoEffect Marija Buljan, Peter Blattmann 蛋白质热点残基的识别与注释
doppelgangR 李维沃尔德伦 从基因组或元数据中识别可能的重复样本
Doscheda 布鲁诺Contrino 下游化学-蛋白质组学分析管道
剂量 Guangchuang余 疾病本体语义与丰富分析
定量给料器 ake.vastermark 定量给料器
dpeak 东峻涌 芯片序列分析中峰值的反褶积
drawProteins 保罗•布伦南 包从Uniprot API输出中绘制蛋白质示意图
DRIMSeq 马格达雷娜Nowicka RNA-seq中差异转录本使用和dirichlet -多项式模型tuQTL分析
DriverNet Jiarui叮 驱动网络:发现调节癌症转录网络的体细胞驱动突变
DropletUtils 乔纳森·格里菲思 处理单单元液滴数据的实用程序
drugTargetInteractions 托马斯Girke 药物相互作用
DrugVsDisease j。Saez-Rodriguez 利用基因集富集分析比较疾病和药物概况
DSS 郝武,郝峰 用于测序数据的弥散收缩
dStruct 克里希纳。乔杜里 从RNA结构分析数据中识别差异反应区
DTA Bjoern Schwalb 动态转录组分析
dualKS 埃里克·j·科特,杨雅荣 双KS判别分析与分类
沙丘 Hector Roux de Bezieux 提高单细胞RNA-Seq细胞类型发现的可复制性
dupRadar 塞尔吉·萨奥尔斯,霍尔格·克莱因 RNA-Seq数据集的重复率评估
dyebias 菲利普Lijnzaad 用于校正滑动依赖基因特异性染料偏倚的GASSCO方法
DynDoc 生物导体包装维护者 动态文档工具
更容易 奥斯卡Lapuente-Santana 从RNA-seq数据估计系统免疫反应
easyreporting 达里奥Righelli 帮助创建报告以改进可重复计算研究
easyRNASeq 尼古拉斯Delhomme RNA-Seq数据的计数汇总和归一化
EBarrays 明元 同步聚类和差异表达识别的统一方法
EBcoexpress 约翰·a·道森 用于差分共表达分析的EBcoexpress
EBImage Andrzej Oleś 图像处理和分析工具箱
EBSEA 阿尔发Mehmood 基于外显子的基因表达分析策略
EBSeq 宁愣了 一个R包用于RNA-seq数据的基因和亚型差异表达分析
EBSeqHMM 宁愣了 在有序rna序列实验中识别基因或异构体表达变化的贝叶斯分析
ecolitk Laurent Gautier 大肠杆菌的元数据和工具
EDASeq 大卫。Risso RNA-Seq探索性数据分析与归一化
边缘 约翰·d·斯托里,安德鲁·j·巴斯 差异基因表达的提取
刨边机 陈云顺,戈登·史密斯,艾伦·伦,马克·罗宾逊 数字基因表达数据的实证分析
eegc 小袁周 基因分类技术在工程评价中的应用
天哪 莎拉Ballouz 通过关联和程度来扩展罪行
EGSEA 妈Alhamdoosh 集合体基因集富集分析
eiR 托马斯Girke 加速小分子相似性搜索
eisaR 迈克尔·施 基因外显子-内含子分裂分析(EISA)
埃尔默 蒂亚戈·切德拉维·席尔瓦 利用癌症甲基组推断调控元素景观和转录因子网络
EMDomics Sadhika Malladi和Daniel Schmolze 基因组数据差分分析中的地球移动距离
EmpiricalBrownsMethod 大卫·吉布斯 使用布朗的方法组合依赖检验的p值
ENCODExplorer 查尔斯·乔利·博帕朗 ENCODE元数据的编译
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enhancerHomologSearch Jianhong欧 确定已知增强子的哺乳动物同源物
EnMCB 鑫昱 基于甲基化相关块的集成模型预测疾病进展
ENmix Zongli徐 Illumina DNA甲基化BeadChip质量控制和分析工具
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EnrichmentBrowser 路德维希Geistlinger 集合与网络富集分析相结合的结果实现无缝导航
enrichplot Guangchuang余 功能富集结果的可视化
enrichTF 郑魏 转录因子富集分析
ensembldb 约翰内斯Rainer 用于创建和使用基于ensemble的注释数据库的实用程序
ensemblVEP 生物导体包装维护者 R集成变效应预测器接口
ENVISIONQuery 亚历克斯·利索维奇,罗杰·戴 从ENVISION生物信息学数据门户检索到R
epialleleR Oleksii Nikolaienko 快速,外等位基因感知甲基化报告器
epidecodeR Kandarp Joshi epidecodeR:表观遗传和转录调控的功能探索工具
EpiDISH 郑世杰C. 样本内异质性的表观遗传学解剖
epigenomix 汉斯克莱因 表观遗传和基因转录数据归一化和混合模型集成
epigraHMM 佩德罗·巴尔多尼 基于隐马尔可夫模型的表观基因组r分析
epihet 晓文陈 从亚硫酸氢盐测序数据确定表观遗传异质性
epiNEM 马丁Pirkl epiNEM
epistack DEVAILLY Guillaume 来自表观遗传信号的堆栈剖面热图
EpiTxDb 菲利克斯·恩斯特 使用AnnotationDbi接口存储和访问墓志铭信息
epivizr 赫克托·科拉达·布拉沃 R界面到epiviz web应用程序
epivizrChart 赫克托·科拉达·布拉沃 R界面的epiviz web组件
epivizrData 赫克托·科拉达·布拉沃 数据管理API为epiviz交互式可视化应用程序
epivizrServer 赫克托·科拉达·布拉沃 用于epivizr应用程序和包的WebSocket服务器基础设施
epivizrStandalone 赫克托·科拉达·布拉沃 运行Epiviz交互式基因组数据可视化应用程序在R
erccdashboard 莎拉·芒罗 评估差异基因表达实验与ERCC对照
erma VJ凯里 表观基因组路线图冒险
ERSSA Zixuan邵 经验RNA-seq样本量分析
esATAC 郑魏 一个易于使用的ATACseq数据分析系统管道
逃避 尼克Borcherding 简单的单细胞富集分析平台
esetVis 罗兰Cougnaud expressionSet Bioconductor对象的可视化
eudysbiome 小袁周 16S微生物资料的笛卡尔图及偶然性检验
evaluomeR José安东尼奥Bernabé-Díaz 生物信息学指标的评价
EventPointer Juan A. Ferrer-Bonsoms 利用结阵列和RNA-Seq数据有效识别可选剪接事件
EWCE 艾伦•墨菲 表达加权细胞型富集
ExCluster R.马修·坦纳 ExCluster可以在RNA-seq数据的两种条件下检测差异表达的外显子,每一种条件至少需要两个独立的生物重复
ExiMiR Sylvain Gubian R函数用于Exiqon miRNA阵列数据的归一化
exomeCopy 迈克尔的爱 从外显子组测序读取深度检测拷贝数变异
exomePeak2 魏甄 基于偏差感知的MeRIP-Seq峰值调用与量化
ExperimentHub 生物导体包装维护者 客户端访问ExperimentHub资源
ExperimentHubData 生物导体包装维护者 向ExperimentHub添加资源
ExperimentSubset Irzam Sarfraz 使用Bioconductor实验对象管理数据子集
ExploreModelMatrix 夏洛特Soneson 设计矩阵的图形探索
ExpressionAtlas 佩德罗情歌 从EMBL-EBI表达式图集下载数据集
fabia。 Andreas Mitterecker 二聚体获取的因子分析
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小伙子 塞吉奥Picart-Armada 代谢组学数据的解释和丰富
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鱼池 迈克尔的爱 鱼塘:差异转录本和基因表达与推理重复
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flowBin 基兰奥尼尔 结合多管流式细胞术数据分箱
flowcatchR 费德里科•马里尼 分析活体显微镜成像数据的工具专注于追踪流动的血细胞
flowCHIC 作者:约阿希姆·舒曼 利用直方图信息分析流式细胞术数据
flowCL 贾斯汀Meskas 流式细胞术细胞群的语义标记
flowClean 腌鱼Fletez-Brant flowClean
flowClust 格雷格·菲纳克,迈克·江 流式细胞术的聚类
flowCore 迈克江 flowCore:流式细胞术数据的基本结构
flowCut 贾斯汀Meskas 基于时间与荧光分析的文件离群事件和标记的精确和准确自动删除
flowCyBar 约阿希姆舒曼 利用门信息分析流式细胞术数据
flowDensity Mehrnoush马列 顺序流式细胞术数据门控
flowFP 草Holyst 用于流式细胞术的指纹图谱
flowGraph 爱丽丝越 根据标记频率在流式细胞术数据中识别差异细胞群
flowMap 赵文乔丝萧 利用弗里德曼-拉夫斯基检验绘制流式细胞术数据中的细胞群,进行跨样本比较
flowMatch Ariful Azad 流式细胞术中的匹配和元聚类
flowMeans 尼玛Aghaeepour 非参数流式细胞术数据门控
flowMerge 格雷格Finak 流式细胞术数据聚类合并
flowPeaks Yongchao通用电气 用于流数据聚类的R包
flowPloidy 泰勒史密斯 分析流式细胞仪数据以确定样品倍性
flowPlots n .霍金斯 flowplot:门控流式细胞术数据的分析图和数据类
FlowSOM 苏菲·范·加森 使用自组织映射来可视化和解释细胞术数据
flowSpecs Jakob Theorell 处理高维细胞术数据的工具
flowStats 格雷格·菲纳克,迈克·江,杰克·瓦格纳 流式细胞术数据分析的统计方法
flowTime R.克雷·赖特 流式细胞术对生物动力系统的注释和分析
flowTrans 格雷格Finak 流式细胞术数据转换的参数优化
flowUtils 约瑟夫Spidlen 流式细胞术的实用程序
flowViz 迈克·江,杰克·瓦格纳 流式细胞术的可视化
flowVS Ariful Azad 流式细胞仪(和微阵列)的方差稳定
flowWorkspace 格雷格·菲纳克,迈克·江 用于表示门控和非门控细胞术数据集并与之交互的基础设施。
fmcsR 托马斯Girke 容错最大公共子结构搜索
核磁共振 Farhad Shokoohi AFT回归和FMR有限混合变量的选择
fobitools 波尔Castellano-Escuder FOBI本体操作工具
FoldGO 丹尼尔Wiebe 用于特定折叠GO术语识别的包
弗雷泽 基督教莫特 在RNA-Seq数据中找到罕见的剪接事件
frenchFISH 亚当•伯曼 组织切片FISH图像中DNA拷贝数量化的泊松模型
FRGEpistasis Futao张 功能回归模型对数量性状的上位性分析
frma 马修·n·麦考尔 冻结的RMA和条形码
frmaTools 马修·n·麦考尔 冻结的军事革命工具
FScanR 小陈 从mRNA/cDNA BLASTX输出中检测程序核糖体框架转移事件
FunChIP 爱丽丝Parodi 基于形状的ChIP-Seq峰的聚类和对齐
funtooNorm 凯瑟琳·克莱因 Infinium HumanMethylation450 BeadChip Kit归一化程序
GA4GHclient Welliton Souza 用于访问GA4GH API数据服务器的Bioconductor包
GA4GHshiny Welliton Souza 与基于ga4gh的数据服务器交互的闪亮应用程序
gaga 大卫Rossell 用于高通量数据分析的GaGa层次模型
Weijun罗 路径分析中普遍适用的基因集富集
克里斯托弗·裸 R和Gaggle之间的广播数据
盖亚 美国摩根氏菌属 GAIA:一个用于显著染色体畸变基因组分析的R包。
GAPGOM Rezvan Ehsani 新基因注释预测和其他GO度量
GAprediction 乔恩·波林 利用Illumina HumanMethylation450数据预测孕龄
加菲尔德 瓦伦蒂娜Iotchkova 带有LD校正的调节或功能信息富集的GWAS分析
空对空导弹 Mattia基 遗传算法在高维和具有挑战性的数据集中识别变量的鲁棒子集
GateFinder 尼玛Aghaeepour 基于投影的流式细胞仪门控策略优化
gcapc Mingxiang腾 GC感知峰值调用者
gcatest 魏浩,约翰·d·斯托里 基因型条件联想试验
gCrisprTools 罗素贝恩 集成的Crispr屏幕质量控制和分析功能套件
gcrma z吴 利用序列信息进行背景调整
GCSConnection Jiefei王 创建与谷歌云存储的连接
GCSFilesystem Jiefei王 将谷歌云桶挂载到本地目录
GCSscore 盖伊·m·哈里斯 GCSscore:用于Affymetrix/Thermo Fisher阵列微阵列分析的R包
GDCRNATools 李瑞东,瞿涵 GDCRNATools:一个R/Bioconductor包,用于GDC中lncRNA、mRNA和miRNA数据的综合分析
GDSArray 钱氏 将GDS文件表示为类数组对象
gdsfmt Xiuwen郑 CoreArray基因组数据结构(GDS)文件的接口
宝石 香港锅 基因、环境和甲基化相互作用的快速关联研究
双子座 Sidharth耆那教徒的 双子座:变分推理方法,从成对的CRISPR屏幕推断遗传相互作用
genArise 国际金融公司发展团队 微阵列分析工具
genbankr 盖伯瑞尔贝克 将GenBank文件解析为语义上有用的对象
GeneAccord 阿丽亚娜·l·摩尔 在一组癌症患者中检测克隆专属基因或途径对
GeneAnswers 黄磊和冯刚 基因的综合解释
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GeneBreak 埃弗特·范·登·布鲁克 基因断裂检测
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genefilter 生物导体包装维护者 基因过滤器:从高通量实验中过滤基因的方法
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GeneNetworkBuilder Jianhong欧 GeneNetworkBuilder:一个生物导体包,用于使用ChIP-chip/ChIP-seq数据和基因表达数据构建调控网络
GeneOverlap 安尼奥·米格尔·德赫苏斯·多明戈斯,马克斯-普朗克细胞生物学和遗传学研究所 测试和可视化基因重叠
geneplast 毛罗·卡斯特罗 同源群的进化和可塑性分析
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geneRecommender 格雷格已经 一种基因推荐算法,用于识别与查询集基因共表达的基因
GeneRegionScan Lasse Folkersen GeneRegionScan
geneRxCluster 查尔斯·贝瑞 gRx差分聚类
GeneSelectMMD Weiliang邱 基于三组分多变量分布的基因谱边缘分布进行基因选择
《创世纪》 斯蒂芬妮·m·高加滕 结构化样本中的遗传估计和推断(GENESIS):分析来自具有群体结构和/或亲缘关系的样本的遗传数据的统计方法
GeneStructureTools 贝丝信号 剪切基因结构操作和分析工具
geNetClassifier 莎拉Aibar 利用基因表达谱对疾病进行分类并建立相关的基因网络
GeneticsPed 大卫·亨德森 谱系和遗传关系功能
GeneTonic 费德里科•马里尼 喜欢分析和整合差异表达分析和功能富集分析的结果
geneXtendeR 波丹Khomtchouk 优化了ChIP-seq数据的功能注释
GENIE3 范安黄杜 树集成的基因网络推理
genoCN 魏太阳 基因分型和拷贝数研究工具
GenoGAM Georg斯特里克 基于GAM的ChIP-Seq数据分析框架
genomation Altuna Akalin, Vedran Franke, Katarzyna wreck 基因组数据的汇总、注释和可视化
GenomeInfoDb 生物导体包装维护者 用于操作染色体名称的实用程序,包括修改它们以遵循特定的命名风格
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基因组 克里斯Stubben 基因组测序项目元数据
GenomicAlignments 生物导体包装维护者 基因组短序列的表达和操作
GenomicDataCommons 肖恩·戴维斯 NIH / NCI基因组数据共享访问
GenomicDistributions Kristyna Kupkova 基因组分布:用Bioconductor快速分析基因组间隔
GenomicFeatures 生物导体包装维护者 方便的导入和查询基因模型
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genomicInstability 马里亚诺·阿尔瓦雷斯 scRNA-Seq的基因组不稳定性估计
GenomicInteractions 莉斯Ing-Simmons 用于处理基因组相互作用数据的实用程序
GenomicOZone 钟华,宋明洲 描绘差异基因活性的突出基因组带
GenomicRanges 生物导体包装维护者 基因组间隔的表示和操作
GenomicScores 罗伯特Castelo 基础设施与全基因组位置特异性评分
GenomicSuperSignature Sehyun哦 通过与公共数据库的健壮、高效的比较来解释RNA-seq实验
GenomicTuples 彼得希 基因组元组的表示与操作
genotypeeval 詹妮弗·汤姆 gVCF或VCF文件的QA/QC
genphen 单Kitanovski genphen:全基因组关联研究(GWAS)中基因型-表型关联的量化工具
GenVisR 圣扎迦利斯基德莫尔 基因组可视化在R
GeoDiff 杨直 基于计数模型的GeoMx RNA数据差异表达和归一化
GEOexplorer 人猎杀 GEOexplorer:用于基因表达分析和可视化的R/Bioconductor包
GEOfastq 亚历克斯·皮克林 下载ENA Fastqs与GEO接入
GEOmetadb 杰克朱 NCBI GEO的元数据编译
GeomxTools 妮可Ortogero NanoString GeoMx工具
GEOquery 肖恩·戴维斯 从NCBI基因表达综合数据库(GEO)获取数据
GEOsubmission 亚历山大·库恩 准备提交给GEO的微阵列数据
gep2pep 弗朗西斯科·纳波利塔诺 通路表达谱(PEPs)的建立与分析
gespeR 费边Schmich 基因特异性表型估计器
getDEE2 马克Ziemann 程序化访问DEE2 RNA表达数据集
geva Itamar José Guimarães Nunes 基因表达变异分析(GEVA)
GEWIST 邓伟问。 基因环境宽相互作用搜索阈值
ggbio 迈克尔•劳伦斯 基因组数据的可视化工具
ggcyto 迈克·江,杰克·瓦格纳 用ggplot可视化细胞术数据
ggmsa 郎周 使用'ggplot2'绘制多个序列对齐
GGPA 东峻涌 图- gpa: GWAS结果优先排序和研究多效性体系结构的图形模型
ggspavis 卢卡斯·m·韦伯 空间解析转录组数据的可视化功能
ggtree Guangchuang余 一个用于树和注释数据可视化的R包
ggtreeExtra Shuangbin徐 在圆形或其他布局树“ggtree”上添加几何图层的R包
GIGSEA 家朱 基因型归一化基因集富集分析
girafe j . Toedling 功能探索的基因组间隔和Read对齐
GISPA 巴克提已经受理 GISPA:基因集成集谱分析方法
很高兴 菲利普Hupe DNA得与失分析
GladiaTOX PMP S.A. R支持 处理高含量筛选数据的R包
Glimma Shian苏 交互式HTML图形
glmGamPoi 江诗丹顿Ahlmann-Eltze 拟合γ -泊松广义线性模型
glmSparseNet 安德烈Verissimo 弹性网正则化模型的网络中心性度量
GlobalAncova 曼胡默尔 通过模型比较对变量组进行全局测试
globalSeq 阿明罗森伯格 计数的全局测试
globaltest Jelle Goeman 与响应变量关联的协变量/特征的测试组,及其在基因集测试中的应用
gmapR 迈克尔•劳伦斯 GMAP/GSNAP/GSTRUCT套件的R接口
GmicR 理查德Virgen-Slane 结合WGCNA和xCell读出与贝叶斯网络学习生成基因模块免疫细胞网络(GMIC)
gmoviz 凯萨琳Zeglinski 转基因生物和编辑细胞系中复杂基因组变异的无缝可视化
GMRP Yuan-De谭 基于gwas的孟德尔随机化和路径分析
GNET2 陈陈 通过功能模块推理,从表达数据构建基因调控网络
GOexpress 凯文Rue-Albrecht 使用基因本体论注释可视化微阵列和RNAseq数据
GOfuncR 施特菲·格罗特 利用FUNC富集基因本体
还装有 莉迪亚Chrabaszcz 为人类基因组找到最具特征的基因本体论术语
goProfiles 亚历克斯·桑切斯 goProfiles:用于功能概要的统计分析的R包
GOSemSim Guangchuang余 语义相似性度量
goseq 马修·杨,纳迪亚·戴维森 用于RNA-seq和其他长度偏倚数据的基因本体分析器
GOSim Holger Froehlich GO术语与基因产物功能相似性的计算氧化石墨烯富集分析
goSTAG 布莱恩·d·班尼特 一个使用GO子树标记和注释一组基因的工具
GOstats 生物导体包装维护者 操作GO和微阵列的工具
GOsummaries Raivo Kolde GO富集分析的词云总结
哥特 Borbala Mifsud Hi-C数据分析的二项检验
goTools 艾格尼丝Paquet 基因本体数据库的功能
平均绩点 东峻涌 融合多效性和注释的遗传分析
gpart软件 金善亚 通过识别单倍型块对人类基因组密集测序数据进行划分
gpl 生物导体包装维护者 广义偏最小二乘分类
gprege 阿尔弗雷多Kalaitzis 基因表达时间序列的高斯过程排序与估计
gpuMagic Jiefei王 openCL编译器,能够编译R函数并在GPU上运行代码
gramm4R Tianlu陈 代谢组和微生物组的广义相关分析及模型构建策略
制粒机 萨拜娜斯 大量RNA-seq数据的硅片反褶积方法的快速基准测试
葡萄 布丽塔一起创造Velten 高维回归中的自适应惩罚和使用变分贝叶斯的外部协变量分类
生物导体包装维护者 graph:处理图数据结构的包
GraphAlignment 乔恩·p·迈耶 GraphAlignment
GraphAT 托马斯LaFramboise 图论关联测验
石墨 Gabriele销售 路径拓扑环境的相互作用
GraphPAC 格里高利Ryslik 用图论方法识别蛋白质中的突变簇。
GRENITS 爱德华·莫 利用时间序列进行基因调控网络推理
GreyListChIP 英国首相戈登•布朗(Gordon Brown) 灰色列表——基于芯片输入的屏蔽伪影区域
GRmetrics 尼古拉斯·克拉克,马里奥·梅德韦德维奇 计算生长速率抑制(GR)指标
groHMM Anusha Nagari, Tulip Nandu, W. Lee Kraus GRO-seq分析管道
GRridge Mark A. van de Wiel 利用协同数据进行更好的预测:自适应分组正则化岭回归
GSALightning 黄荣昌 基于排列的快速基因集分析
GSAR Yasir Rahmatallah, Galina Glazko R
GSCA 志诚记 GSCA:基因集上下文分析
gscreend 凯瑟琳Imkeller 合并基因筛选的分析
GSEABase 生物导体包装维护者 基因集富集数据结构与方法
GSEABenchmarkeR 路德维希Geistlinger 可重复的GSEA基准测试
GSEAlm 艾瑟夫巴德或者 基因集富集分析的线性模型工具集
GSEAmining Oriol Arques 使基因集富集分析结果具有生物学意义
gsean Dongmin荣格 利用网络进行基因集富集分析
GSgalgoR 卡洛斯卡塔尼亚 癌症预后基因表达特征识别和研究的进化框架
GSReg 巴曼·阿夫萨里,伊莱娜·j·费尔蒂格 基因组调节(GS-Reg)
GSRI 朱利安格林 基因集调控指数
GSVA 贾斯汀Guinney 微阵列和RNA-seq数据的基因集变异分析
gtrellis Zuguang顾 基因组级网格布局
GUIDEseq 朱丽华 GUIDE-seq分析管道
吉他 贾孟 吉他
Gviz 罗伯特Ivanek 沿着基因组坐标绘制数据和注释信息
GWAS。贝叶斯 杰克·威廉姆斯 自交物种的GWAS
gwascat VJ凯里 EMBL-EBI GWAS目录中的数据表示和建模
GWASTools 斯蒂芬妮·m·高加滕 全基因组关联研究的工具
gwasurvivr 阿巴斯Rizvi gwasurvivr:用于全基因组生存分析的R包
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MetID Zhenzhi李 基于网络的假定代谢物id的优先排序
MetNet 托马斯Naake 从非目标高分辨率质谱数据推断代谢网络
mfa 基兰•坎贝尔 为基因组分岔建模的贝叶斯层次混合因子分析法
Mfuzz 马提亚Futschik 时间序列基因表达数据的软聚类
MGFM Khadija El Amrani 微阵列基因表达数据中的标记基因查找器
MGFR Khadija El Amrani RNA-seq数据中的标记基因查找器
mgsa 塞巴斯蒂安·鲍尔 基于模型的基因集分析
米娅 菲利克斯·恩斯特 微生物分析
miaSim Yagmur西姆西可 微生物组数据模拟
miaViz 菲利克斯·恩斯特 微生物组分析、绘图和可视化
MiChip 乔纳森•布莱克 解析和汇总功能
微生物组 狮子座拉赫蒂 微生物分析
microbiomeDASim 贾斯汀•威廉姆斯 微生物组差异丰度模拟
microbiomeExplorer 怪不得我里德 微生物组探索App
microbiomeMarker 杨曹 微生物组生物标志物分析工具包
MicrobiomeProfiler Meijun陈 用于微生物组功能富集分析的R/shiny软件包
MicrobiotaProcess Shuangbin徐 一个全面的R包管理和分析微生物组和其他生态数据在整洁的框架内
“詹姆斯·f·里德” 处理microRNAs的数据和功能
midasHLA Maciej Migdał R包用于免疫基因组学数据处理和关联分析
MIGSA 胡安·c·罗德里格斯 海量整合基因集分析
miloR 迈克•摩根 图上的微分邻域丰度检验
mimager 亚伦Wolen mimager:微阵列成像仪
含羞草 格雷格Finak 单细胞测定的混合模型
米娜 鲁伊·关 微生物群落多样性与网络分析
MineICA 安妮Biton 对基因组数据进行ICA分解分析
minet 帕特里克·e·迈耶 互信息网
minfi 卡斯珀·丹尼尔·汉森 分析Illumina Infinium DNA甲基化阵列
MinimumDistance 罗伯特Scharpf Case-Parent三元组中De Novo CNV检测包
MiPP Sukwoo金 错误分类惩罚后验分类
miQC 阿里尔Hippen 用于scRNA-seq数据质量控制的灵活、概率度量
米拉 约翰·劳森 甲基化调节活性的推断
海市蜃楼 Y-h。田口方法 MiRNA按基因表达排序
miRBaseConverter Taosheng徐 一个全面和高效的工具,用于转换和检索miRBase不同版本的miRNAs的信息
miRcomp 马修·n·麦考尔 评估和比较miRNA表达估计方法的工具
mirIntegrator 戴安娜·迪亚兹 将microRNA表达整合到信号通路中进行通路分析
miRLAB Vu Viet Hoang Pham 探索miRNA-mRNA关系的干燥实验室
miRmine 科维奇Randjelovic 包含miRmine数据库中的miRNA-seq数据集的数据包作为rangedsummarizeexperiment
miRNAmeConverter Stefan J. Haunsberger 将miRNA名称转换为不同的miRBase版本
miRNApath 詹姆斯·沃德 miRNApath: miRNA表达数据的途径富集
miRNAtap T.伊恩·辛普森 miRNAtap: microRNA目标-聚合预测
miRSM Junpeng张 推断异构数据中的miRNA海绵模块
miRspongeR Junpeng张 miRNA海绵相互作用网络和模块的鉴定和分析
mirTarRnaSeq Mercedeh Movassagh mirTarRnaSeq
missMethyl 贝琳达·菲普森,约瓦娜·马克西莫维奇,安德鲁·朗斯代尔 分析Illumina人类甲基化串珠芯片数据
missRows 冈萨雷斯Ignacio 多组学数据集成中缺失个体的处理
mistyR 约文。Tanevski 多视图胞间空间建模框架
米奇 马克Ziemann 多对比基因集富集分析
mitoClone2 本杰明的故事 利用线粒体和体细胞突变在单细胞rna seq数据中的克隆群体识别
mixOmics 阿巴迪 组学数据集成项目
MLInterfaces 诉凯利 为Bioconductor容器中的数据提供统一的机器学习程序接口
中长期规划 韦贝克托拜厄斯 平均对数P分析
MLSeq Gokmen Zararsiz rna序列数据的机器学习接口
MMAPPR2 乔纳森山 聚合RNA-Seq的突变映射分析管道
MMDiff2 Gabriele Schweikert ChIP-Seq数据集的统计检验
MMUPHin 马本 微生物组研究异质性的统一管道元分析方法
mnem 马丁Pirkl 混合嵌套效应模型
moanin 内尔Varoquaux 时间课程RNASeq数据分析的R包
这种款式 李董 MODA:加权基因共表达网络的模块差分分析
ModCon 约翰内斯Ptok 在保持遗传密码的同时,通过改变mRNP编码来修改剪接位点的使用
Modstrings 菲利克斯·恩斯特 研究修改过的核苷酸序列
MOFA2 布丽塔一起创造Velten 多组学因子分析v2
MOGAMUN Elva-Maria Novoa-del-Toro MOGAMUN:一种多目标遗传算法在多重生物网络中寻找活动模块
mogsa 陈孟 多组学数据整合聚类与基因集分析
现代艺术博物馆 阳光明媚的琼斯 多组学主调节器分析
蒙娜丽莎 迈克尔·施 宾内Motif富集分析与可视化
单片眼镜 科尔杰尔 单细胞RNA-Seq的聚类、差异表达和轨迹分析
MoonlightR 安东尼奥·科拉普里科,卡萨琳娜·奥尔森 从组学数据中识别癌基因和肿瘤抑制基因
马赛克 东峻涌 MOSAiCS(基于模型的ChIP-Seq一和二样本分析和推断)
mosbi 蒂姆·丹尼尔·罗斯 利用聚类技术进行分子签名识别
MOSim 卡洛斯马丁内斯 多组学模拟(MOSim)
motifbreakR 西蒙·格特·库切 一套用于预测转录因子结合位点上单核苷酸多态性破坏性的方法
motifcounter 沃尔夫冈•科普 用于分析DNA序列中TFBSs的R包
MotifDb 保罗·香农 蛋白质- dna结合序列基序注释集
motifmatchr 艾丽西亚Schep R中的快速Motif匹配
motifStack Jianhong欧 绘制单个或多个DNA、RNA和氨基酸序列的堆叠标志
MouseFM 马提亚Munz 近交系小鼠基因精细定位的硅内方法
MPFE 康拉德的负担 从亚硫酸氢盐测序数据估计扩增子甲基化模式分布
mpra 莱斯利敏 分析大量并行报告分析
MPRAnalyze Tal Ashuach MPRA数据的统计分析
MQmetrics Alvaro Sanchez-Villalba 动力学数据的质量控制
msa 乌尔里希Bodenhofer 多序列比对
MsBackendMassbank rformassspectra软件包维护器 质谱数据后台MassBank记录文件
MsBackendMgf rformassspectra软件包维护器 吉祥物通用格式(mgf)文件的质谱数据后台
MsBackendRawFileReader 基督教Panse 质谱后端阅读热飞世尔科学原始文件
MsCoreUtils rformassspectra软件包维护器 质谱数据核心工具
MsFeatures 约翰内斯Rainer 质谱功能
msgbsR 本杰明·梅恩 msgbsR:甲基化敏感基因分型测序(MS-GBS) R功能
MSGFgui 托马斯·林·彼得森 MSGFplus的闪亮GUI
MSGFplus 托马斯·林·彼得森 R与MS-GF+的接口
msImpute Soroor Hediyeh-zadeh 无标签质谱多肽的归责
msmsEDA 约瑟Gregori LC-MS/MS数据的光谱计数探索性分析
msmsTests 约瑟夫·格雷戈里·丰特 LC-MS/MS差异表达试验
MSnbase 劳伦特与 质谱和蛋白质组学的基本函数和类
MSnID 弗拉德Petyuk LC-MSn蛋白质组学鉴定可信度的探索和评估工具
MSPrep 马克斯·麦格拉思 代谢组学数据汇总、过滤、归因和规范化包
msPurity 托马斯·n·劳森 代谢组学中基于质谱碎片的前体离子纯度自动评估
msqrob2 列文克莱门特 定量LC-MS蛋白质组学的稳健统计推断
MSstats 之一Meena崔 无标签或基于标签的蛋白质组学实验中DDA、SRM和DIA的蛋白质显著性分析
MSstatsConvert Mateusz Staniak 从各种质谱信号处理工具导入数据到MSstats格式
MSstatsLiP 德文郡科勒 基于鸟枪质谱的蛋白质组学实验中的LiP显著性分析
MSstatsLOBD 德文郡科勒 测定特性:白蛋白限(LoB)和检测限(LOD)的估计
MSstatsPTM 德文郡科勒 翻译后修饰的统计特征
MSstatsQC Eralp人偶 蛋白质组学实验的纵向系统适宜性监测与质量控制
MSstatsQCgui Eralp人偶 MSstatsQC包的图形用户界面
MSstatsSampleSize Ting黄 高维ms蛋白质组学实验优化设计仿真工具
MSstatsTMT Ting黄 串联质量标记(TMT)的鸟枪质谱蛋白质组学实验中的蛋白质显著性分析
MSstatsTMTPTM 德文郡科勒 基于鸟枪质谱的蛋白质组学实验中翻译后修饰(PTM)显著性分析
Mulcom 克劳迪奥·Isella 计算Mulcom测试
MultiAssayExperiment 马塞尔·拉莫斯 Bioconductor多组学实验集成软件
MultiBaC Manuel Ugidos 多组批量效应修正
multiClust 内森软件 multiClust:用于识别癌症转录组谱中生物相关聚类的r包
multicrispr Aditya Bhagwat 多位点多用途Crispr/Cas设计
MultiDataSet Xavier Escrib Montagut 多数据集和结果集的实现
multiGSEA 塞巴斯蒂安Canzler 结合基于gsea的通路富集和多组学数据集成
multiHiCcompare 约翰·斯坦斯菲尔德,米哈伊尔·多兹莫洛夫 当每个实验条件的重复可用时,归一化和检测Hi-C数据集之间的差异
MultiMed Simina M. Boca 同时测试多种生物介质
multiMiR 马特Mulvahill 整合多个microrna靶标数据库及其疾病和药物相关性
multiOmicsViz 王静 沿着染色体绘制一个组学数据对其他组学数据的影响图
多屏幕 Mizanur Khondoker 用于组合多个扫描的R包
multiSight Florian Jeanneret 多组学分类,功能丰富和网络推理分析
凯瑟琳·s·波拉德 基于重采样的多假设检验
mumosa 亚伦Lun 多模态单细胞分析方法
MungeSumstats 艾伦•墨菲 标准化GWAS的汇总统计数据
马斯喀特 海伦娜·l·克罗维尔 多样本多组scRNA-seq数据分析工具
肌肉 Alex T. Kalinka 多序列对齐与肌肉
musicatk 亚伦骑士 突变特征综合分析工具包
MutationalPatterns Mark van Roosmalen 突变过程的全基因组综合分析
MVCClass 伊丽莎白·惠伦 模型-视图-控制器(MVC)类
MWASTools 安德烈亚·罗德里格斯-马丁内斯,拉斐尔·阿亚拉 MWASTools:执行代谢组相关性研究的综合管道
mygene 亚当·马克,赛勒斯·阿弗拉西比,吴春雷 访问MyGene。Info_服务
myvariant 亚当·马克,吴春雷 访问myvariable .info变量查询和注释服务
mzID 劳伦特与 R的mzIdentML解析器
mzR 斯特芬·诺伊曼,劳伦特·盖托,寇强 netCDF, mzXML, mzData和mzML和mzIdentML文件解析器(质谱数据)
NADfinder 欧建宏,朱丽华 对测序数据调用宽峰值
NanoMethViz Shian苏 可视化牛津纳米孔测序的甲基化数据
NanoStringDiff 翟婷婷,王宏 纳米串nCounter数据的差分表达式分析
NanoStringNCTools 妮可Ortogero NanoString nCounter工具
NanoStringQCPro 罗伯特•齐曼 NanoString mRNA基因表达数据的质量度量和数据处理方法
nanotatoR Surajit巴塔查里亚 下一代结构变体注释和分类
纳米管 迦勒类 一种简单的纳米串数据分析管道
NBAMSeq 徐任 RNA-Seq数据的负二项相加模型
NBSplice 加芙美利奴 检测差分拼接的负二项模型
ncdfFlow 迈克·江,杰克·瓦格纳 为流式细胞术数据提供基于HDF5的存储包。
ncGTW Chiung-Ting吴 利用邻域化合物特定的图形时间翘曲与不对中检测对LC-MS剖面
NCIgraph 洛朗•雅各布 NCI路径数据库中的路径
ncRNAtools 劳拉·塞尔斯·维达尔 非编码RNA的R工具包
ndexr Florian奥尔 NDEx R客户端库
nearBynding Veronica Busa 辨别RNA结构靠近蛋白质结合
Nebulosa 何塞Alquicira-Hernandez 使用核基因加权密度估计的单细胞数据可视化
NeighborNet 萨哈尔安萨里 Neighbor_net分析
nempi 马丁Pirkl 从基因表达数据推断未观察到的扰动
netbiov Shailesh tripathi 一个用于可视化复杂生物网络的软件包
netboost 帕斯卡Schlosser boost支持的网络分析
netboxr 刘敏伟 netboxr
netDx 信心派 基于网络的患者分类器
nethet 尼古拉斯·斯塔德勒,弗兰克·唐德林格 用于生物网络异质性高维探索的生物导体包
netOmics 安东尼Bodein 多组学(时间过程)基于网络的整合和解释
NetPathMiner 艾哈迈德穆罕默德 用于生物网络构建、路径挖掘和可视化的NetPathMiner
netprioR 费边Schmich 基于网络的基因优先排序模型
netresponse 狮子座拉赫蒂 功能网络分析
NetSAM Zhiao史 网络系列化与模块化
netSmooth 乔纳森Ronen scRNAseq的网络平滑
networkBMA 杨嘉仪 基于回归的网络推理使用贝叶斯模型平均
NeuCA 郝冯 基于神经网络的单细胞注释工具
NewWave 费德里科•Agostinis scRNA-seq的负二项模型
ngsReports 史蒂夫Pederson 加载FastqQC报告和其他NGS相关文件
nnNorm 阿迪·劳伦提乌·塔尔卡 基于鲁棒神经网络的cDNA微阵列数据空间和强度归一化
NOISeq 索尼娅Tarazona RNA-seq数据的探索性分析和差异表达
nondetects Valeriia Sherina qPCR数据未检测到
NoRCE 基尔德Olgun 非编码RNA集顺式注释和富集
normalize450K 乔纳森·亚历山大·海斯 Illumina Infinium 450K数据的预处理
NormalyzerDE Jakob Willforss 归一化方法的评价及差分表达式分析统计量的计算
NormqPCR 詹姆斯·珀金斯 RT-qPCR数据归一化的函数
normr 约翰内斯·赫尔穆特 ChIP-seq数据中的归一化和差分调用
NPARC 尼尔斯·Kurzawa 热蛋白质组分析实验响应曲线的非参数分析
npGSEA 杰西卡·拉森 基因集富集分析的排列逼近方法(非排列GSEA)
特种加工 远华刘 基于常微分方程(ODE)的基因网络预测方法
nucleoSim 阿斯特丽德Deschenes 生成合成核小体映射
诊断 阿尔巴萨拉 核小体定位包
nuCpos 加藤总裁中西宏明 一个用于核小体位置预测的R包
nullranges 迈克尔的爱 通过引导或协变量匹配生成空范围
NuPoP 中正大学王 核小体定位预测的R包
NxtIRFcore Alex Chit Hei Wong NxtIRF的核心引擎:使用IRFinder引擎的用户友好的内含子保留和可选剪接分析
occugene 奥利弗将 多项式占用分布的函数
OCplus 亚历山大plone ( 微阵列实验的工作特性加上样本量和局部fdr
奥得河 大卫·张 优化表达区域的定义
odseq 何塞·吉梅内斯 多序列比对中的离群点检测
益生元 Benilton卡瓦略 寡核苷酸阵列的预处理工具
oligoClasses Benilton Carvalho和Robert Scharpf 类用于oligo和crlmm支持的高吞吐量数组
奥林 马提亚Futschik 优化的局部强度依赖的双色微阵列归一化
OLINgui 马提亚Futschik OLIN的图形用户界面
OmaDB 克拉拉·卡莱布,艾德里安·阿尔滕霍夫 OMA REST API的R包装器
omicade4 陈孟 组学数据集的多重协同惯性分析
OmicCircos 胡应 组学数据的高质量圆形可视化
omicplotR 丹尼尔Giguere 使用闪亮的应用程序对Omic数据集进行可视化探索
omicRexposome 泽维尔Escribà蒙塔古 暴露组数据关联与整合分析
OmicsLonDA Ahmed A. Metwally 组学纵向差异分析
OMICsPCA Subhadeep Das 一个R包,用于定量整合和分析来自异质样品的多个组学分析
omicsPrint 戴维的猫 跨组遗传指纹
Omixer 露西Sinke Omixer:多变量和可重复的样本随机化,以主动对抗组学研究中的批处理效应
OmnipathR 窝Turei OmniPath web服务客户端等
奥纳西斯 尤金尼亚Galeota OnASSIs本体注释和语义相似软件
oncomix 丹尼尔·皮克 从肿瘤正常mRNA表达数据中识别肿瘤亚群中过表达基因
OncoScore 卢卡·德·萨诺 一种识别潜在致癌基因的工具
OncoSimulR 雷蒙Diaz-Uriarte 具有上位性的癌症进展的正向遗传模拟
oneSENSE 陈永记 基于非线性随机嵌入的一维soli表达式(OneSENSE)
onlineFDR 大卫·罗伯逊 在线错误控制
ontoProc VJ凯里 解剖、细胞系等本体的处理
openCyto 迈克·江,杰克·瓦格纳 流式细胞术数据分层门控管道
openPrimeR 马蒂亚斯•多尔 多重PCR引物的设计与分析
openPrimeRui 马蒂亚斯•多尔 在多重PCR引物设计与分析中的闪亮应用
OpenStats Hamed Haseli Mashhadi 用于高通量基因型-表现型关联的可重复分析的健壮和可扩展软件包
oposSOM 亨利Loeffler-Wirth 转录组数据的综合分析
oppar Soroor Hediyeh zadeh R
oppti Abdulkadir埃尔玛 离群蛋白和磷酸位点靶点标识符
optimalFlow 斯托伊Inouzhe optimalFlow
OPWeight 穆罕默德哈桑 具有独立信息的最优p值加权
OrderedList 克劳迪奥·Lottaz 有序基因表的相似性
ORFhunteR 瓦西里·v·格里涅夫 预测核苷酸序列中的开放阅读框
ORFik 哈Tjeldnes 基因组学中的开放阅读框架
Organism.dplyr 马丁•摩根 基于dply访问Bioconductor注释资源
OrganismDbi 生物导体包装维护者 实现不同数据库包之间顺畅接口的软件
orthogene 布莱恩席尔德 种间基因定位
OSAT 李彦 OSAT:最佳样本分配工具
Oscope 宁愣了 Oscope -用于识别非同步单细胞rna序列中振荡基因的统计管道
OTUbase 丹尼尔·贝克 提供OTU数据分析的结构和功能
先驱者 基督教莫特 先行者- RNA-Seq fInDER中的离群点
OVESEG 露露陈 oveseg检测组织/细胞特异性标记物
PAA Michael Turewicz, Martin Eisenacher 蛋白质阵列分析仪
packFinder 杰克Gisby 包类型可转置元素的从头注释
莲花 安德里亚·劳 使用多因素分析的个体化多组学路径偏差评分
PADOG 阿迪·l·塔尔卡 重叠基因权重降低的途径分析(PADOG)
网页排名 经由叮 用于基因调控网络分析的时态和多重PageRank
PAIRADISE 胡强,Levon Demirdjian PAIRADISE:差异亚型表达的配对分析
paircompviz 米甲Burda 多重比较测试可视化
pairkat 卡梅伦塞汶河 PaIRKAT
pandaR 约瑟夫·n·保尔森,丹·施劳奇 熊猫算法
panelcn.mops Gundula Povysil 针对NGS面板数据的CNV检测工具
panp 华伦 负链匹配探针的存在-缺席调用
PANR 新王 从基因扰动的丰富表型推断出后验关联网络和功能模块
PanVizGenerator 托马斯·林·彼得森 从你的泛基因组生成PanViz可视化
parglms VJ凯里 支持glm /GEEs的并行估计
拙劣的模仿 文斯凯里 参数和电阻离群值检测
过去的 研究亚当 通路关联研究工具(PAST)
Path2PPI 奥利弗•菲利普 通路相关蛋白-蛋白相互作用网络预测
pathifier Assif Yitzhaky 量化癌症通路的放松
PathNet 路德维希Geistlinger 使用拓扑信息进行路径分析的R包
PathoStat Solaiappan Manimaran, Yue Zhao 统计微生物组分析软件包
pathRender 文斯凯里 渲染分子通路
pathVar 塞缪尔·齐默尔曼 寻找具有显著差异的变异途径的方法
pathview Weijun罗 用于基于路径的数据集成和可视化的工具集
pathwayPCA 加布里埃尔奥多姆 综合路径分析与现代PCA方法和基因选择
paxtoolsr 奥古斯汀卢娜 通过BioPAX和Pathway Commons从多个数据库访问路径
pcaExplorer 费德里科•马里尼 用主成分方法实现RNA-seq数据的交互式可视化
pcaMethods 亨宁Redestig PCA方法的集合
PCAN 马修·佩奇和帕特里斯·戈达尔 表型一致分析(PCAN)
PCAtools 凯文Blighe PCAtools:一切主成分分析
pcxn Sokratis Kariotis 利用pcxnData包探索、分析和可视化函数
PDATK 本杰明Haibe-Kains 胰导管腺癌工具包
pdInfoBuilder Benilton卡瓦略 平台设计信息包构建器
PeacoQC Annelies Emmaneel 基于峰值的高质量细胞检测数据的选择
peakPantheR Arnaud狼吞虎咽的人 高分辨率实验峰的选取与标注
PECA 托米-芬兰语 探针级表达式变化平均
peco 赵文乔丝萧 的监督方法* * P * * r * * e * * dict * * c公关* *啊,* * * *魔法循环使用scRNA-seq数据移位
pengls Stijn Hawinkel 拟合惩罚广义最小二乘模型
PepsNMR 侬·马丁 预处理1H-NMR FID信号
pepStat Gregory C Imholte 肽微阵列的统计分析
pepXMLTab 小菁王 解析基于肽FDR的pepXML文件和过滤器。
完美的 Quy曹 微生物组数据置换过滤
periodicDNA 雅克Serizay 一套工具来识别DNA序列中周期性出现的k-mers
perturbatr 西蒙Dirmeier 高通量遗传扰动筛选的统计分析
我张 R中的路径指纹框架
pgca 加芙Cohen-Freue PGCA:一种链接从MS/MS数据中创建的蛋白质组的算法
phantasus Alexey Sergushichev 可视化和交互式基因表达分析
PharmacoGx 本杰明Haibe-Kains 大规模药物基因组数据分析
phemd 陈威廉 表型EMD用于单细胞样本的比较
PhenoGeneRanker Cagatay Dursun 表现型优先排序工具
phenopath 基兰•坎贝尔 具有异质性遗传和环境背景的基因组轨迹
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PhenStat 哈米德Haselimashhadi 表型数据的统计分析
philr 贾斯汀·西尔弗曼 基于系统发育划分的宏基因组数据ILR转换
PhIPData 雅典娜陈 PhIP-Seq实验容器
phosphonormalizer 索拉博Saraei 补偿中值归一化引入的偏差
PhosR Taiyun金 一套综合分析磷蛋白组学数据的方法和工具
PhyloProfile Vinh Tran PhyloProfile
phyloseq 保罗·j·麦克默迪 处理和分析高通量微生物组普查数据
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钢琴 Leif Varemo Wigge 组学数据综合分析平台
pickgene Brian S. Yandell 微阵列表达数据分析中的自适应基因选择
图片 升Sauteraud ChIP-seq的概率推断
Pigengene Habil Zare 从基因表达数据推断生物特征
升Sauteraud 基于mnase或超声短读数据的核小体定位的概率推理
pipeComp Pierre-Luc日尔曼 pipeComp管道基准测试框架
pipeFrame 郑魏 生物信息学管道框架
pkgDepTools 生物导体包装维护者 包依赖工具
地球 维克多元 胎盘DNA甲基化分析工具
plethy 丹尼尔底部 R框架用于探索和分析呼吸计量数据
plgem 诺曼·帕夫卡 利用幂律全局误差模型(PLGEM)检测微阵列和蛋白质组学数据集中的差异表达
钳子 Crispin米勒 实现Affymetrix PLIER算法
PloGO2 杰玛·吴,达纳·帕斯科维奇 Plot基因本体论与KEGG通路注释与丰度
plotgardener 妮可·克莱默 基于坐标的基因组可视化包
plotGrouper 约翰·d·加格农 闪亮的应用程序GUI包装ggplot内置的统计分析
PLPE Soo-heang Eo 配对高通量数据下差分表达式的局部池误差检验
plyranges 斯图尔特•李 一个操作基因组序列的流畅界面
pmm 安娜Drewek 平行混合模型
pmp 加文·里斯·劳埃德 代谢组学数据集的峰值矩阵处理和信号批校正
PoDCall 汉斯·皮特·布罗达尔 DNA甲基化液滴数字PCR阳性呼唤
podkat 乌尔里希Bodenhofer 位置相关核关联检验
pogo VJ凯里 药物基因组学本体支持
聚酯 Jack Fu, Jeff Leek 模拟RNA-seq读取
POMA 波尔Castellano-Escuder 用户友好的工作流程代谢组学和蛋白质组学数据分析
PoTRA 玛格丽特临安 拓扑秩分析的路径
powerTCR 希拉里·科赫 基于模型的TCR曲目比较分析
POWSC 许克农苏 单细胞RNA-seq的模拟、功率评估和样本量推荐
ppcseq 斯特凡诺Mangiola RNA测序广义线性模型的概率离群值识别
PPInfer Dongmin荣格 利用蛋白质相互作用网络推断功能相关蛋白质
ppiStats 生物导体包装维护者 蛋白质-蛋白质相互作用统计包
pqsfinder 雅罗西克亲爱的 潜在四复合体形成序列的识别
婴儿车 彭刘 汇集RNA-seq数据集以组装转录本模型
prebs Karolis Uziela RNA-seq数据的探针区域表达估计,以提高微阵列的可比性
preciseTAD 米哈伊尔·Dozmorov preciseTAD:用于精确TAD边界预测的机器学习框架
PrecisionTrialDrawer 乔治•Melloni 基于NGS的自定义基因面板分析和设计工具
PREDA 弗朗西斯科·法拉利 职位相关数据分析
predictionet 本杰明·海贝-凯恩斯,卡萨琳娜·奥尔森 为(但不限于)基因组数据设计的预测网络的推理
preprocessCore 本Bolstad 预处理函数的集合
primirTSS Pumin李 primirna转录起始位点的预测
王子 迈克尔Skinnider 从协同洗脱预测相互作用体
高伦雅芙 约瑟夫•李 从RNA-Seq数据估计启动子活性
proBAMr 小菁王 为霰弹枪蛋白质组学数据中的pms生成SAM文件
proBatch Chloe H. Lee 蛋白质组学中批效应的诊断和修正工具
过程 小春就李 Ciphergen SELDI-TOF处理
procoil 乌尔里希Bodenhofer 线圈蛋白低聚的预测
proDA 江诗丹顿Ahlmann-Eltze 无标签质谱数据的差异丰度分析
proFIA 亚历克西斯Delabriere FIA-HRMS数据的预处理
profileplyr 汤姆·卡罗尔,道格·巴罗斯 用profileplorer在基因组范围内读取信号的可视化和注释
profileScoreDist 鲍尔·o·韦斯特马克 剖面得分分布
后代 Aurelien Dugourd 从基因表达推断活性的途径响应基因
projectR 吉纳维芙Stein-O ' brien 用于从PCA、cogap、NMF、相关性和聚类中投影权重的函数
pRoloc 劳伦特与 空间蛋白质组学的统一生物信息学框架
pRolocGUI 劳伦特与 空间蛋白质组学数据的交互式可视化
承诺 斯坦·庞斯,曹学元 投影到最有趣的统计证据
适当的 吴皓 RNAseq的前瞻性功率评价
道具 Lichy汉 概率路径评分(PROPS)
Prostar 撒母耳Wieczorek 为DAPAR提供GUI
proteinProfiles 朱利安格林 蛋白质分析
ProteoDisco 约伯·范·里埃特 从基因组变异、剪接和手工序列生成定制的蛋白质变异数据库
ProteomicsAnnotationHubData 劳伦特与 将公共蛋白质组学数据资源转换为Bioconductor数据结构
ProteoMM 尤利娅·V·卡尔皮耶维奇 基于多数据集模型的差异表达蛋白组学分析平台
ProtGenerics 劳伦特与 Bioconductor质谱包的通用基础设施
PSEA 亚历山大·库恩 人群特异性表达分析。
psichomics 努诺·Saraiva-Agostinho 可供选择的剪接量化,分析和可视化的图形界面
PSICQUIC 保罗·香农 蛋白质组学标准计划通用查询接口
psygenet2r Alba Gutierrez-Sacristan 一个用于查询PsyGeNET和在精神疾病中进行共病研究的R包
ptairMS 卡米尔Roquencourt PTR-TOF-MS数据的预处理
PubScore 蒂亚戈Lubiana 基因文献相关性的自动计算
pulsedSilac Marc Pages-Gallego 脉冲silac定量蛋白质组学数据分析
彪马 Xuejun刘 微阵列分析中的传播不确定性(包括Affymetrix传统3'阵列和外显子阵列和人类转录组阵列2.0)
PureCN 马库斯·里斯特 使用目标短读排序的拷贝号调用和SNV分类
pvac 吕俊,皮埃尔·r·布舍尔 基于pca的Affymetrix阵列基因滤波
pvca 李将鹰 主方差分量分析(PVCA)
Pviz 升Sauteraud 基于Gviz的肽注释和数据可视化
PWMEnrich 迭戈Diez 脉宽调制富集分析
pwOmics 麻仁Sitte 基于路径的组学数据集成
pwrEWAS Stefan Graw 一种用户友好的表观基因组广泛关联研究(EWAS)综合功率估计工具
qckitfastq 8月广 FASTQ质量控制
qcmetrics 劳伦特与 质量控制框架
QDNAseq 达乌德您 染色体畸变的DNA定量测序
QFeatures 劳伦特与 质谱数据的定量特征
qpcrNorm 杰西卡3月 高通量qPCR数据的数据驱动归一化策略。
qpgraph 罗伯特Castelo 从高通量基因组学数据估计遗传和分子调控网络
qPLEXanalyzer 阿什利本纪念册 qPLEX-RIME数据分析工具
qrqc 文斯水牛 快速阅读质量控制
qsea 马提亚Lienhard IP-seq数据分析和可视化
qsmooth 斯蒂芬妮·c·希克斯 平滑分位数归一化
QSutils 奔驰Guerrero-Murillo 准物种多样性
Qtlizer 马提亚Munz GWAS结果的QTL综合注释
quantiseqr 费德里科•马里尼 从RNA-seq数据量化肿瘤免疫背景
quantro 斯蒂芬妮·希克斯 测试何时使用分位数归一化
quantsmooth 1月东 阵列数据的分位数平滑和基因组可视化
QuartPAC 格里高利Ryslik 蛋白质四阶结构突变簇的鉴定。
QuasR 迈克尔·施 在R中量化和注释短阅读
QuaternaryProd 卡尔·托尼·法克里 计算有符号和无符号因果图的第四元点积评分统计量
QUBIC 余张 一个用于定性双聚类的R包,支持基因共表达分析
qusage 克里斯托弗·保伦 qusage:基因表达的定量集合分析
qvalue 约翰·d·斯托里,安德鲁·j·巴斯 错误发现率控制的q值估计
R3CPET Mohamed Nadhir Djekidel 3CPET:利用分层狄利克雷过程在cia - pet实验中寻找辅助因子复合体
r3Cseq Supat Thongjuea or 染色体构象捕获与下一代测序(3C-seq)分析
R453Plus1Toolbox 汉斯克莱因 用于从罗氏基因组测序系统导入和分析数据的软件包
R4RNA 丹尼尔·赖 一个用于RNA可视化和分析的R包
RadioGx 本杰明Haibe-Kains 大规模放射基因组数据分析
RaggedExperiment 马丁•摩根 样本间稀疏实验与分析的表示
保罗·f·塔本 结合非参数方法的节律性分析
罗摩 拉斐尔Gottardo 微阵列的稳健分析
ramr Oleksii Nikolaienko 阵列和NGS数据中罕见异常甲基化区域的检测
ramwas 安德烈·沙巴林 富集平台的快速全甲基组关联研究管道
RandomWalkRestartMH 阿尔贝托Valdeolivas 在多路和异构网络上随机游走并重新启动
randPack 罗伯特先生 临床试验随机化常规
randRotation 彼得Hettegger 批量结构高维数据的随机旋转方法
RankProd 弗朗西斯科·德尔·卡拉托雷 鉴别差异表达基因的秩积法及其在meta分析中的应用
RareVariantVis 托马斯Stokowy 全基因组测序数据中罕见基因组变异的分析套件
rawrr 基督教Panse 直接访问Orbitrap数据及其他
RbcBook1 文斯凯里 支持施普林格关于Bioconductor的专著
Rbec Pengfan张 Rbec:用于分析合成微生物群落扩增子测序数据的工具
RBGL 生物导体包装维护者 到BOOST图形库的接口
RBioinf 罗伯特先生 RBioinf
rBiopaxParser 弗兰克·克莱默 解析BioPax文件并在R中表示它们
遏制 Dongmei李 RBM:用于微阵列和RNA-Seq数据分析的R包
Rbowtie 迈克尔·施 领结包装纸
Rbowtie2 郑魏 一个R包装的Bowtie2和AdapterRemoval
rbsurv Soo-heang Eo 基于微阵列数据的稳健似然生存建模
Rcade 乔纳森·凯恩斯 基于r的ChIP-seq和差异表达的分析——一种集成基于计数的ChIP-seq分析与差异表达汇总数据的工具
美国广播公司 拉博拉Uyar 以RNA为中心的注释系统
RCASPAR 杜阿·穆加希德,拉尔斯·卡德拉利 基于分段基线危险Cox回归模型的生存时间预测包。
rcellminer 奥古斯丁·卢娜,维诺德·拉贾帕克萨,法特希·埃洛米 rcellminer: NCI-60细胞系的分子概况、药物反应和化学结构
rCGH 弗雷德里克通讯器 基于数组的CGH数据分析与可视化综合管道
RcisTarget 莎拉Aibar 识别在基因或基因组区域列表上富集的转录因子结合基序
RCM 尤里斯最大经济产量 用负二项分布拟合微生物组的行-列关联模型
Rcpi 南肖 药物发现中化合物-蛋白质相互作用的分子信息学工具包
RCSL Qinglin梅 单细胞RNA测序数据的秩约束相似学习
Rcwl 羌胡 通用工作流语言的R接口
RcwlPipelines 羌胡 基于Rcwl的生物信息学管道
RCy3 亚历克斯·皮科 细胞景观的访问和控制功能
RCyjs 保罗·香农 在cytoscape.js中显示和操作图形
rDGIdb 拉尔斯博萨德 R DGIdb的包装器
Rdisop 史蒂芬诺依曼 同位素图的分解
RDRToolbox Christoph Bartenhagen 一个用Isomap和LLE进行非线性降维的包。
ReactomeContentService4R Chi-Lam Poon Reactome内容服务接口
ReactomeGraph4R Chi-Lam Poon Reactome图形数据库接口
ReactomeGSA 约翰内斯偶联 用于比较多组学基因集分析的反应组分析服务的客户端
ReactomePA Guangchuang余 反应组通路分析
ReadqPCR 詹姆斯·珀金斯 读取qPCR数据
REBET 比尔·惠勒 基于次区域的负担测试(REBET)
锐步 亚伦Lun 再利用生物导体书籍中的内容
receptLoss 丹尼尔·皮克 肿瘤亚群中表达缺失基因的无监督鉴定
reconsi 尤里斯最大经济产量 用于同步推理的折叠空分布重采样
重新计票 莱昂纳多Collado-Torres 从重新计票项目中探索和下载数据
recount3 莱昂纳多Collado-Torres 浏览并从count3项目下载数据
recountmethylation 肖恩·K·马登 访问和分析DNA甲基化数据库编译
收回 Panagiotis Moulos 一个用于创建复杂基因组剖面图的R包
红色的 毛罗·卡斯特罗 交互式可视化和嵌套网络操作
REDseq 朱丽华 酶切处理的高通量测序数据分析
RefPlus Kai-Ming常 外推策略(RMA+)和外推平均(RMA++)方法的函数集。
RegEnrich 东陶 基因调节剂富集分析
地区 Bernat凝胶 基于排列试验的基因组区域关联分析
regionReport 莱昂纳多Collado-Torres 生成一组基因组区域或DESeq2/edgeR结果的HTML或PDF报告
regsplice 卢卡斯·m·韦伯 基于l1正则化的差分拼接检测方法
regutools Joselyn查韦斯 regutools:一个R包,用于从RegulonDB中提取数据
REMP 忆南向郑 重复元素甲基化预测
Repitools 马克。罗宾逊 外遗传性工具
ReportingTools 杰森·a·哈克尼,加布里埃尔·贝克尔,杰西卡·l·拉森 用于制作各种格式的报告的工具
RepViz Thomas Faux, Asta Laiho 基因组区域的复制定向可视化
ReQON 克里斯托弗Cabanski 核苷酸质量的再校准
ResidualMatrix 亚伦Lun 创建回归残差的延迟矩阵
restfulSE 什维塔Gopaulakrishnan 通过summarizeexperiment接口访问矩阵样HDF5服务器内容或BigQuery内容
rexposome 泽维尔Escribà蒙塔古 暴露性探索和结果数据分析
rfaRm 劳拉·塞尔斯·维达尔,拉斐尔·阿亚拉 Rfam数据库的R接口
Rfastp 托马斯•卡罗尔 一个超快和一体化的Fastq预处理器(质量控制,适配器,低质量和多边形修剪)和UMI序列解析)。
rfPred 雨果Varet 将rfPred函数预测分数分配给一个误义变量列表
rGADEM Arnaud所有权 De novo motif发现
RGalaxy 生物导体包装维护者 在Galaxy web平台中添加R功能
rGenomeTracks 奥马尔Elashkar 表观基因组数据的集成可视化
Rgin 赫克托耳Climente-Gonzalez R装杜松子酒
RGMQL 西蒙·帕洛 R/Bioconductor的基因组查询语言
RGraph2js 史蒂芬卡诺 将图形转换为D3js脚本
Rgraphviz 卡斯珀·丹尼尔·汉森 为R图形对象提供绘图功能
rGREAT Zuguang顾 GREAT分析客户端
RGSEA 成成马 随机基因集富集分析
rgsepd Stamm卡尔 基因集富集/投影显示
rhdf5 迈克•史密斯 R HDF5接口
rhdf5client 文森特·凯里 从h5serv访问HDF5内容
rhdf5filters 迈克•史密斯 HDF5压缩过滤器
Rhdf5lib 迈克•史密斯 hdf5库作为R包
Rhisat2 夏洛特Soneson R包装HISAT2对齐器
Rhtslib 生物导体包装维护者 HTSlib高通量测序库作为R包
RiboCrypt 米甲Swirski 基因组学中的交互式可视化
RiboDiPA 中正大学王 Ribo-seq数据的差分模式分析
RiboProfiling 答:Popa 核糖体分析数据分析:从BAM到数据表示和解释
ribor 迈克尔耿 Ribo文件的R接口
riboSeqR 托马斯·j·哈德卡斯尔 核糖体分析实验的测序数据分析
ribosomeProfilingQC Jianhong欧 核糖体谱分析质量控制
RImmPort 胡自成,Ravi Shankar RImmPort:启用准备分析免疫学研究数据
林格 j . Toedling 芯片-芯片寡聚阵列的研究
RIPAT Min-Jeong门敏 逆转录病毒整合模式分析工具(RIPAT)
Risa Alejandra Gonzalez-Beltran 将ISA-tab中的实验元数据转换为Bioconductor数据结构
日坛 迈克尔·齐默尔曼 术语注释与网络资源的快速整合
Yungil金 R包RIVER (RNA-Informed Variant Effect on Regulation)
RJMCMCNucleosomes 阿斯特丽德Deschenes 基于高通量短读数据的全基因组核小体定位贝叶斯层次模型(MNase-Seq)
RLassoCox 刘魏 通过整合基因相互作用信息重新加权Lasso-Cox
RLMM Nusrat Rabbee Affymetrix SNP阵列的基因型调用算法
RLSeq 亨利米勒 RLSeq: R-loop映射数据的分析包
Rmagpie 卡米尔Maumet 基于基因表达的微阵列程序在错误率估计中的应用
RMassBank Eawag的RMassBank 处理串联MS文件和构建MassBank记录的工作流
rmelting j·阿拉 R熔炼接口
RmiR 弗朗西斯科·Favero 包工作与miRNA和miRNA目标与R
Rmmquant Zytnicki马提亚 RNA-Seq多重映射读取量化工具
rmspc Meriem Bahda 多样本峰值调用
RNAAgeCalc 徐任 一个多组织转录年龄计算器
RNAdecay 里德索伦森 RNA降解数据的极大似然衰减建模
rnaEditr 兰屿张 RNA编辑位点和超编辑区域的统计分析
RNAinteract 迈克•史密斯 从多维特征估计两两交互作用
RNAmodR 菲利克斯·恩斯特 检测高通量测序数据的转录后修饰
RNAmodR。AlkAnilineSeq 菲利克斯·恩斯特 AlkAnilineSeq检测m7G, m3C和D的改性
RNAmodR。毫升 菲利克斯·恩斯特 使用机器学习检测转录后修饰的模式
RNAmodR。RiboMethSeq 菲利克斯·恩斯特 RiboMethSeq检测2'-O甲基化
RNAsense 马库斯Rosenblatt 时间分辨RNA-Seq数据分析
rnaseqcomp Mingxiang腾 RNA-seq量化管道的基准
RNASeqPower 特里M瑟诺 RNAseq研究样本量
RNASeqR Kuan-Hao曹国伟 RNASeqR:一个用于自动双组RNA-Seq分析工作流程的R包
RnaSeqSampleSize 赵世林开发人员 RnaSeqSampleSize
RnBeads 费边穆勒 RnBeads
Rnits Dipen P. Sangurdekar 时间序列数据的归一化与推断
咆哮 埃琳娜格拉希 从rna序列比对中识别不同的APA用法
中华民国 文斯凯里 ROC的实用程序,以微阵列为焦点
ROCpAI Juan-Pedro加西亚 用于评估分类器的接收机工作特征偏面积指数
的方式 劳伦特与 本体查找服务的R接口
ROntoTools Calin Voichita R on - tools套件
ropls Etienne A. thevennot PCA、PLS(-DA)和oppls (-DA)用于组学数据的多变量分析和特征选择
ROSeq Krishan古普塔 用于scRNA-Seq数据耐噪差分表达式分析的建模表达式秩
腐烂 托米-芬兰语 可复制性优化测试统计数据
狮子座拉赫蒂 RPA:用于探针级分析的鲁棒概率平均
RProtoBufLib 迈克江 c++头和协议缓冲区的静态库
RpsiXML 张继涛 R接口到PSI-MI 2.5文件
rpx 劳伦特与 到ProteomeXchange存储库的接口
Rqc Welliton Souza 高通量测序数据质量控制工具
rqt 伊利亚·日班尼科夫 Rqt:用于基因级元分析的工具
rqubic 张继涛 R中表达数据分析的定性聚类算法
rRDP 迈克尔Hahsler RDP分类器接口
RRHO 乔纳森Rosenblatt 有序表之间一致性的推论
rrvgo 塞尔吉Sayols 减少+可视化GO
Rsamtools 生物导体包装维护者 二进制对齐(BAM)、FASTA、变量调用(BCF)和表文件导入
rsbml 迈克尔•劳伦斯 R对SBML的支持,使用libsbml
rScudo 马特奥Ciciani 基于特征的聚类诊断
rsem 莱斯利敏 语义MEDLINE数据库的接口
RSeqAn 8月广 R SeqAn
Rsubread 魏石,廖杨,戈登·K·史密斯 测序数据的制图、量化和变异分析
RSVSim Christoph Bartenhagen RSVSim:用于模拟结构变化的R/Bioconductor包
rSWeeP 丹利·r·费尔南德斯 建立氨基酸序列出现的低维比较矩阵
RTCA 张继涛 分析xCELLigence系统(RTCA)数据的开源工具包
RTCGA Marcin辛斯 癌症基因组图谱数据整合
RTCGAToolbox 马塞尔·拉莫斯 导出TCGA Firehose数据的新工具
研制 毛罗·卡斯特罗 RTN:转录调控网络的重建与调控分析
RTNduals Mauro Castro, Clarice Groeneveld “二元规则”的共规则与推论分析
RTNsurvival 克拉丽斯·格罗内维尔德,莫罗·a·a·卡斯特罗 利用RTN包推断的转录网络进行生存分析
RTopper 路易吉马尔基奥尼 该软件包旨在跨多个基因组平台执行基因集分析
Rtpca 尼尔斯·Kurzawa 热接近共聚集与R
rtracklayer 迈克尔•劳伦斯 基因组注释文件和UCSC基因组浏览器的R接口
Rtreemix 嘉斯米娜Bogojeska Rtreemix:突变树混合模型。
rTRM 迭戈Diez 蛋白质-蛋白质相互作用网络中转录调控模块的鉴定
rTRMui 迭戈Diez rTRM的闪亮用户界面
runibic Patryk Orzechowski runibic:用于分析R基因表达数据的基于行的双聚类算法
RUVcorr Saskia Freytag 去除不必要的基因-基因相关性和相关分析的变异
RUVnormalize 洛朗•雅各布 RUV用于表达式数组数据的规范化
RUVSeq 大卫。Risso 从RNA-Seq数据中去除不必要的变异
旅游房车 托马斯·谢尔曼 计算相关个体共享罕见变异的概率估计值
rWikiPathways 大多Willighagen rWikiPathways -用于WikiPathways API的R客户端库
S4Vectors 生物导体包装维护者 Bioconductor中vector类和list类容器的基础
安全 路德维希Geistlinger 功能与表达的显著性分析
sagenhaft 蒂姆Beissbarth 用于阅读和比较SAGE库的函数集合
SAIGEgds Xiuwen郑 泛因关联研究中使用GDS文件的广义混合模型的可扩展实现
sampleClassifier Khadija El Amrani 样本分类器
SamSPECTRAL Habil 在流式细胞术数据中识别细胞群
sangeranalyseR Kuan-Hao曹国伟 sangeranalyseR:一套用于分析R中的桑格序列数据的函数
sangerseqR 乔纳森山 R中Sanger测序数据的工具
圣诞老人 亚历克斯康沃尔 网络关联的空间分析
衬衣 丹尼斯·威利 后缀阵列核平滑用于发现相关序列基序和多基序域
土星 珀斯吉利· 批量和单细胞rna测序应用中差异转录本使用的可扩展分析
savR R.布伦特·考尔德 解析和分析Illumina SAV文件
SBGNview Weijun罗 SBGNview: SBGN路径的数据分析、集成和可视化
SBMLR 托马斯Radivoyevitch SBML-R接口和分析工具
SC3 弗拉基米尔•Kiselev 单细胞共识聚类
Scale4C 卡罗琳沃尔特 Scale4C:一个R/Bioconductor包,用于4C-seq数据的尺度-空间转换
ScaledMatrix 亚伦Lun 创建一个缩放和居中值的延迟矩阵
scAlign 尼尔森·约翰森 单细胞基因组学的比对与整合方法
扫描。通用产品 斯蒂芬·r·短笛罗 单通道阵列归一化(SCAN)和通用表达式码(UPC)
scanMiR Fridolin总值 scanMiR
scanMiRApp Pierre-Luc日尔曼 scanMiR光亮应用
scAnnotatR 约翰内斯偶联 用于单细胞rna测序数据的细胞类型预测的预训练学习模型
SCANVIS 菲德拉Agius 一个用于评分,注释和可视化拼接连接的工具
SCArray Xiuwen郑 使用GDS文件进行大规模单细胞RNA-seq数据操作
SCATE Wenpin侯 单细胞ATAC-seq信号的提取和增强
艾伦·奥卡拉汉 基因表达数据单细胞分析工具
scatterHatch Atul Deshpande 为散点图创建孵化模式
scBFA Ruoxin李 一种使用基因检测模式降低scRNA-seq噪声表达谱的降维工具
SCBN 燕周 不同物种间RNA-seq数据的统计归一化方法及差异表达分析
scCB2 子健倪 CB2提高了基于液滴的单细胞RNA测序数据的细胞检测能力
scClassifR 约翰内斯偶联 用于单细胞rna测序数据的细胞类型预测的预训练学习模型
scClassify Yingxin林 scclassification:单单元分层分类
scDataviz 凯文Blighe scDataviz:单细胞数据aviz和下游分析
scDblFinder Pierre-Luc日尔曼 scDblFinder
scDD 基冈Korthauer 混合建模的单细胞RNA-seq数据,以识别具有差异分布的基因
scde 让粉丝 单细胞差异表达
scds 丹尼斯Kostka 单细胞RNA测序数据的双链注释
短链脂肪酸 Duc Tran SCFA:通过共识因子分析的子类型
scFeatureFilter Guillaume Devailly 一种基于相关的单细胞RNAseq数据质量滤波方法
scGPS 关丽珍阮 单细胞亚种群的完整分析,从识别亚种群到分析它们之间的关系(scGPS =单细胞亚种群的全球预测)
schex Saskia Freytag 单细胞组学数据的Hexbin图
散粒 Shila Ghazanfar 单细胞高阶测试
ScISI 托尼蒋介石 在silica Interactome中
scMAGeCK 枭龙程 在单细胞CRISPR筛选数据中识别与多种表达表型相关的基因
scmap 弗拉基米尔•Kiselev 单细胞rna序列数据的无监督投影工具
scMerge Yingxin林 scMerge:合并多批scna -seq数据
scmeth Divy Kangeyan 对甲基化数据进行质量控制分析
SCnorm 朗达巴彻 单细胞RNA-seq数据的归一化
司康饼 大卫。Risso 规范化表达式数据的单单元概述
Sconify 泰勒·伯恩斯 一个工具箱,用于对流式和细胞术数据进行基于knn的统计
范围 如金王 单细胞DNA测序的归一化和拷贝数估计方法
scoreInvHap 悲哀Pelegri-Siso 获取预定义区域的反转状态
scp 克利斯朵夫Vanderaa 基于质谱的单细胞蛋白质组学数据分析
scPCA 菲利普波瓦洛 稀疏对比主成分分析
scPipe Luyi田 用于单细胞RNA-seq数据分析的管道
食物 亚伦Lun 单细胞rna序列数据分析方法
scReClassify Taiyun金 screclassification:单细胞RNA-seq数据的事后细胞类型分类
scRecover 逸苗 用于插入单细胞RNA-seq数据的screen
scRepertoire 尼克Borcherding 单细胞免疫受体分析工具包
颈背 哲王 单细胞rna seq UMI过滤辅助器(scruff)
用水晶球占卜 凯利街 高维数据的小计数分析方法
scShapes Malindrie Dharmaratne 建模和识别单细胞rna测序数据差异分布的统计框架
scTensor 露崎引人入胜 利用张量分解检测单细胞RNA-seq数据集的细胞-细胞相互作用
scTGIF 露崎引人入胜 未注释的单细胞RNA-Seq数据的细胞类型注释
scTHI 米歇尔·切 从单细胞RNA测序数据中识别显著激活的细胞簇配体-受体相互作用
scTreeViz Jayaram Kancherla R/Bioconductor包,交互式探索和可视化单细胞RNA-seq数据集,具有层次注释
天窗 亚伦Lun 单细胞rna序列分析工具
SDAMS Yuntong李 代谢组学、蛋白质组学和单细胞RNA测序数据的差异丰度/表达分析
sechm Pierre-Luc日尔曼 sechm:来自总结实验的复杂热图
裂殖体 马哈茂德•艾哈迈德 通过调用ChromHMM在R中执行染色质分割分析
segmentSeq 托马斯·j·哈德卡斯尔 从高通量测序数据中识别小RNA位点的方法
selectKSigs 杨直 使用基于困惑的测量和交叉验证选择突变签名的数量
SELEX 哈曼J.巴斯梅克 用于分析SELEX-seq数据的函数
SemDist 伊恩·冈萨雷斯 基于信息增长的函数预测器评估
semisup 阿明罗森伯格 半监督混合模型
SEPIRA 个陈 调控活动的系统表观基因组学推论
seq2pathway Arjun Kinstlick 下一代测序数据功能基因集(或称为通路)分析的新工具
SeqArray Xiuwen郑 大规模全基因组序列变异调用的数据管理
seqbias 丹尼尔·琼斯 高通量测序数据中每个位置偏差的估计
seqCAT Erik Fasterius 高通量测序细胞认证工具包
seqCNA 大卫Mosen-Ansorena 癌症高通量测序数据拷贝数分析
seqcombo Guangchuang余 序列重组和重组可视化工具
SeqGate 斯蒂芬妮Rialle 低表达特征的滤波
SeqGSEA RNA-Seq数据的基因集富集分析(GSEA):整合差异表达和拼接
seqLogo 罗伯特Ivanek 用于DNA序列比对的序列标识
seqPattern Vanja Haberle 在一组排序的序列中可视化寡核苷酸模式和motif的出现
seqsetvis 约瑟夫·R·博伊德 下一代测序数据的可视化设置
SeqSQC 钱氏 用于下一代测序数据的样品质量检查的生物导体包
seqTools 沃尔夫冈•凯泽 fastq文件的核苷酸、序列和质量内容分析
SeqVarTools 斯蒂芬妮·m·高加滕 用于不同数据的工具
芝麻 扫读周 DNA甲基化珠片的合理逐步分析
SEtools Pierre-Luc日尔曼 SEtools:用于使用summarizeexperiment的工具
sevenbridges 儿子Koc R中的七桥平台API客户端和通用工作流语言工具构建器
sevenC 乔纳斯Ibn-Salem CTCF基序上芯片序列相关的计算染色体构象捕获
SGSeq 伦纳德·戈尔茨坦 基于RNA-seq数据的剪接事件预测和量化
SharedObject Jiefei王 跨多个R进程共享R对象,且不存在内存复制
shinyepico 奥克塔维奥Morante-Palacios ShinyEPICo
shinyMethyl 让-菲利普•福丁 Illumina甲基化阵列的交互式可视化
ShortRead 生物导体包装维护者 FASTQ输入和操作
SIAMCAT Jakob Wirbel 微生物群落与宿主表型之间关联的统计推断
SICtools Xiaobin兴 找出两个bam文件之间的SNV/Indel差异
SigCheck 罗里斯塔克 对照随机特征、已知特征和排列数据/元数据检查基因特征的预后性能
sigFeature Pijush Das开发者 sigFeature:使用SVM-RFE和t统计量选择显著特征
SigFuge 帕特里克·金 SigFuge
siggenes Holger Schwender 使用SAM和Efron的经验贝叶斯方法进行多重检验
风景 Elika Garg HTS的统计和诊断图
signatureSearch 玉柱段 结合功能富集分析的基因表达搜索环境
签名者 升Valieris 突变特征发现的经验贝叶斯方法
sigPathway Weil赖 路径分析
SigsPack Franziska舒曼 单样本的突变特征估计
sigsquared UnJin李 功能验证信号通路的基因签名生成
SIM卡 Renee X. de Menezes 两个人类基因组数据集的综合分析
SIMAT M. R. Nezami Ranjbar GC-SIM-MS数据处理和分析工具
SimBindProfiles 贝蒂娜费舍尔 类似的绑定配置文件
SIMD Jiadi朱 使用MeDIP-seq数据的统计推断(SIMD)来推断每个CpG位点的甲基化水平
SimFFPE 拉妮魏 用于FFPE组织的NGS读取模拟器
similaRpeak 阿斯特丽德Deschenes 用于估计两个ChIP-Seq配置文件之间相似程度的度量
SIMLR 卢卡·德·萨诺 基于多核学习的单细胞口译
simplifyEnrichment Zuguang顾 简化功能富集结果
sincell 米格尔·茱莉亚,安东尼奥·劳塞尔 R包用于从单细胞RNA-seq数据中统计评估细胞状态层次结构
SingleCellExperiment 大卫。Risso 单单元数据S4课程
SingleCellSignalR 雅克Colinge 使用单细胞RNAseq数据分析的细胞信号转导
singleCellTK 王一尘 单细胞RNA-Seq数据的综合和交互分析
SingleMoleculeFootprinting 圭多Barzaghi 单分子足迹(SMF)数据分析工具
亚伦Lun 基于参考的单细胞RNA-Seq注释
singscore Dharmesh D. Bhuva 基于排名的单样本基因集评分方法
SISPA 巴克提已经受理 样本综合集合廓线分析方法
sitadela Panagiotis Moulos 一个R包易于提供简单但完整的标签分隔的基因组注释从各种来源和生物
sitePath 澄霁 基于系统发育的序列聚类和位点多态性
sizepower Weiliang邱 微阵列研究中的样本量和功率计算
skewr 瑞安帕特尼 由Illumina公司的人类甲基化45万串珠芯片产生的可视化强度
激流回旋 戴维斯麦卡锡 单细胞RNA-Seq数据的析因潜变量建模
SLGI 诺尔温恩·勒默尔 合成致命基因相互作用
弹弓 凯利街 单细胞测序排序工具
紧身的 Eric Kort LINCS L1000数据分析的乐趣
SLqPCR 马蒂亚斯•科尔 SIRS-Lab GmbH实时定量PCR数据分析功能
SMAD 青州张 AP-MS数据的统计建模(SMAD)
SMAP 罗宾·安德森 阵列cgh拷贝数分析的分段极大后验方法
击杀 尼尔·阿里·维杰通加,安德鲁·达蒙·约翰斯顿 整合转录组和表观基因组的显著性模块
SNAGEE 大卫Venet 信噪比在基因表达实验中的应用
snapCGH 约翰Marioni aCGH数据的分割、归一化和处理
snapcount 檐沟查尔斯 R/Bioconductor包与Snaptron接口,用于快速查询表达计数
一口 艾伦·奥卡拉汉 python openTSNE库的R包装器
球形结构 约翰·d·斯托里 微阵列的监督归一化
SNPediaR 大卫褐煤 从SNPedia查询数据
SNPhood 基督教阿诺德 SNPhood:利用NGS数据研究、量化和可视化SNPs的表观基因组邻域
SNPRelate Xiuwen郑 SNP数据相关性和主成分分析并行计算工具集
snpStats 大卫·克莱顿 SnpMatrix和XSnpMatrix类和方法
soGGi 汤姆•卡罗尔 将ChIP-seq, MNase-seq和motif的出现可视化为集合图
寄居 寄居的开发者 单分子轨迹的统计分析
SomaticSignatures 朱利安格林 体细胞签名
SOMNiBUS 凯瑟琳·克莱因 亚硫酸氢盐测序的平稳建模
SpacePAC 格里高利Ryslik 三维蛋白质空间突变簇的模拟识别。
猎犬 雷切尔女王 空间转录组学分析
麻雀 史蒂夫Lianoglou 通过统一的接口进行集合丰富分析
sparseDOSSA 任博宇,艾玛·施韦格,乔治·温加特 模拟合成丰度的稀疏数据观测
sparseMatrixStats 江诗丹顿Ahlmann-Eltze 稀疏矩阵行和列的汇总统计
sparsenetgls 艾琳曾 利用广义最小二乘回归中的高斯图形结构学习估计进行多元正态回归
SparseSignatures 卢卡·德·萨诺 SparseSignatures
SpatialCPie 约瑟夫Bergenstraahle 空间转录组学数据的聚类分析
spatialDE 大卫·科索 R包装空间alde
SpatialDecon 妮可Ortogero 从空间和/或大块基因表达数据的混合细胞反褶积
SpatialExperiment 达里奥Righelli 空间实验处理S4班
spatialHeatmap Jianhai张 spatialHeatmap
spatzie 詹妮弗Hammelman 从染色质相互作用数据中识别丰富的基序对
specL 基督教Panse 准备肽谱匹配用于靶向蛋白质组学
SpeCond 弗洛伦斯卡瓦利 从表达式数据中进行条件特定检测
光谱 rformassspectra软件包维护器 质谱数据的光谱基础设施
SpectralTAD 凯伦Cresswell 使用光谱聚类的分级TAD检测
SPEM 欣阳 s系统参数估计方法
SPIA 阿迪·劳伦提乌·塔尔卡 信号通路影响分析(SPIA)使用通路过度表达和不寻常信号扰动的综合证据
spicyR 埃利斯帕特里克 原位细胞术数据的空间分析
SpidermiR 克劳迪娅静脉 SpidermiR:一个R/Bioconductor包,用于miRNA数据的综合网络分析
spikeLI 恩里科Carlon Affymetrix刺入Langmuir等温线数据分析工具
有尖刺的 蒂姆Triche 无细胞MeDIP的峰值校准
spkTools 马修·N·麦考尔 用于插入数组的方法
飞溅 路加福音Zappia 单细胞RNA测序数据的简单模拟
SplicingFactory Endre塞巴斯蒂 转录组数据的拼接多样性分析
SplicingGraphs h .页面 创建,操作,可视化拼接图,并分配RNA-seq读取它们
splineTimeR Herbert Braselmann, Martin Selmansberger 利用样条回归模型进行时间过程差异基因表达数据分析,然后进行基因关联网络重建
分裂 戴安娜低 文本拼接解释器
splots 沃尔夫冈•休伯 在微滴定板或幻灯片格式的高通量分析可视化
海绵 马库斯列表 基因表达的稀疏偏相关
spqn 易王 空间分位数归一化
SPsimSeq 尤里斯最大经济产量 半参数模拟工具批量和单细胞RNA测序数据
SQLDataFrame 钱氏 SQL数据库在DataFrame隐喻中的表示
SQUADD 武术Sankar SQUAD软件的插件
sRACIPE Vivek Kohar 模拟基因调节电路的系统生物学工具
SRAdb 杰克朱 NCBI SRA和工具的元数据编译
SRGnet Isar Nassiri SRGnet:一个R包,用于从转录组学数据中研究基因突变的协同反应
srnadiff Zytnicki马提亚 从RNA-seq数据中寻找差异表达的未注释基因组区域
sscore 理查德•肯尼迪 Affymetrix寡核苷酸微阵列的S-Score算法
sscu 于太阳 所选密码子使用的强度
sSeq 丹尼余 小样本量RNA-seq实验中负二项模型弥散收缩估计
ssize 格雷戈里·r·沃恩斯 估计微阵列样本量
ssPATHS 娜塔莉·r·戴维森 ssPATHS:单样本路径评分
ssrch VJ凯里 一个简单的搜索引擎
ssviz 戴安娜低 一个小的RNA-seq可视化工具和分析工具包
经验丰富的人 Koen Van den Berge 分期:对高通量基因表达数据进行分期分析
斯坦 拉斐尔Campos-Martin 基因组状态注释包
staRank Juliane Siebourg 稳定的排名
StarBioTrek 克劳迪娅静脉 StarBioTrek
STATegRa 大卫·戈麦斯-卡布雷罗,Núria普拉纳尔 多组学数据集成的类和方法
statTarget 半的菜肴 分子图谱的统计分析
stepNorm 肖渊源 cDNA微阵列的逐步归一化函数
strandCheckR Thu-Hien来 计算bam文件的链信息
彩带 马丁•摩根 支持大文件的流处理
STRINGdb Damian Szklarczyk 蛋白质-蛋白质相互作用网络和功能富集分析
STROMA4 Sadiq萨利赫 为TNBC患者分配属性
结构体 加文·里斯·劳埃德 R中使用基于类的模板的统计数据
Structstrings 菲利克斯·恩斯特 生物字符串中的点括号注释的实现
structToolbox 加文·里斯·劳埃德 代谢组学和其他组学的数据处理和分析工具
StructuralVariantAnnotation 丹尼尔·卡梅隆 结构变量的变量注释
SubCellBarCode 亚斯兰谭 SubCellBarCode:集成工作流,用于强大的映射和可视化整个人类空间蛋白质组
subSeq 安德鲁·j·巴斯,约翰·d·斯托里 高通量测序计数数据的分采样
SummarizedBenchmark 帕特里克·金 用于执行基准测试比较的类和方法
SummarizedExperiment 生物导体包装维护者 SummarizedExperiment容器
Summix 奥德丽亨德里克斯 遗传汇总:一种在遗传汇总数据中估计和调整种群结构的方法
supersigs 阿尔伯特·郭 监督突变签名
supraHex 海方 supraHex:用于分析表格组学数据的超六边形地图
surfaltr Pooja Gangras 利用surfaltr快速比较表面蛋白异构体膜拓扑结构
survcomp 本杰明Haibe-Kains 生存分析的性能评估与比较
survtype Dongmin荣格 用生存数据进行亚型识别
寿司 道格拉斯H潘斯蒂尔 基因组数据可视化工具
股东价值分析 Jeffrey T. Leek, John D. Storey, W. Evan Johnson 代理变量分析
svaNUMT 毁了东 从结构变量调用进行NUMT检测
svaRetro 毁了东 结构变异中的逆转录转位转录本检测
SWATH2stats 彼得Blattmann 转换和过滤统计包的SWATH数据
SwathXtend Jemma吴 SWATH扩展了库生成和统计数据分析
swfdr 西米娜·m·博卡,杰弗里·t·莱克 科学的错误发现率的估计和错误发现率的条件协变量
SwimR 兰迪·布莱克 一套用于量化秀丽隐杆线虫游泳行为的分析工具
开关箱 Bahman Afsari, Luigi Marchionni, Wikum Dinalankara 用于训练和验证基于使用K-Top-Scoring-Pair (KTSP)算法的配对交换的分类器的实用程序
switchde 基兰•坎贝尔 单细胞轨迹上的开关样差异表达
突触 露西麦克尼尔 一个R包,用于在减数分裂过程中自动分析双链断裂修复
synapter 洛朗·盖托·塞巴斯蒂安·吉布 无标签数据分析管道的最佳识别和定量
synergyfinder 淑玉商量郑 计算和可视化药物组合的协同作用分数
SynExtend 尼古拉斯·厄尔 用于使用Synteny对象的工具
synlet Chunxuan邵 合成致命RNAi筛选数据的命中选择
SynMut Haogao顾 SynMut:设计具有不同基因组特征的同义突变序列
systemPipeR 托马斯Girke systemPipeR: NGS工作流和报告生成环境
systemPipeShiny Le张 systemPipeShiny:一个工作流管理和可视化的交互式框架
systemPipeTools 丹妮拉Cassol 数据可视化工具
TADCompare 凯伦Cresswell TADCompare:鉴别和表征差分tadads
tanggle 克劳斯Schliep 系统发育网络的可视化
TAPseq Andreas R. Gschwind 针对TAP-seq的scRNA-seq引物设计
目标 马哈茂德•艾哈迈德 预测转录因子的组合功能
TargetDecoy Elke Debrie 评估目标诱骗方法的诊断图
TargetScore 李越 TargetScore:使用microRNA过表达数据和序列信息推断microRNA目标
TargetSearch Alvaro Cuadros-Inostroza GC-MS代谢物分析数据包
TarSeqQC 加芙美利奴 靶向测序实验质量控制
TBSignatureProfiler 奥布里奥多姆 使用TB路径签名分析RNA-Seq数据
移行细胞癌 孙建强,西山友明 TCC:基于鲁棒归一化策略的标签计数数据差分表达式分析
TCGAbiolinks 蒂亚戈·切德拉维·席尔瓦,安东尼奥·科拉普里科 TCGAbiolinks:一个R/Bioconductor包,用于GDC数据的综合分析
TCGAbiolinksGUI 蒂亚戈·c·席尔瓦 TCGAbiolinksGUI:分析癌症分子和临床数据的图形用户界面
TCGAutils 马塞尔·拉莫斯 用于数据管理的TCGA实用程序函数
TCseq Mengjun吴 时间历程测序数据分析
TDARACNE Zoppoli Pietro 从时间过程数据进行网络逆向工程。
tenXplore VJ凯里 来自10x基因组学的130万小鼠神经元scRNA-seq的本体论探索
TEQC 莎拉Bonnin 目标捕获实验的质量控制
ternarynet 麦考尔·n·马修 三元网络估计
TFARM Liuba Nausicaa Martino 转录因子关联规则矿工
TFBSTools 通用电气谭 转录因子结合位点(TFBS)分析软件包
TFEA。芯片 Laura Puente Santamaría 分析转录因子富集
TFHAZ 阿尔贝托Marchesi 转录因子高聚集区
TFutils 文森特·凯里 TFutils
tidybulk 斯特凡诺Mangiola 将转录组学引入了整齐宇宙
tidySingleCellExperiment 斯特凡诺Mangiola 将singlecel实验带到Tidyverse
tidySummarizedExperiment 斯特凡诺Mangiola 为Tidyverse带来总结实验
tigre Antti Honkela 表达重建的高斯过程转录因子推断
TileDBArray 亚伦Lun 使用TileDB作为DelayedArray后端
tilingArray (徐 高密度寡核苷酸平铺阵列转录本映射
timecourse 裕川台 发育微阵列时间过程数据的统计分析
timeOmics 安东尼Bodein 时间-过程多组学数据集成
timescape 玛雅史密斯 患者克隆Timescapes
TimeSeriesExperiment 阮兰香 短时间序列数据分析
TimiRGeN Krutik帕特尔 时间敏感的microRNA-mRNA整合,分析和网络生成工具
Bjarne Johannessen 转录组不稳定性分析
TissueEnrich 阿施施耆那教徒的 组织特异性基因富集分析
TitanCNA 加文·哈 肿瘤全基因组测序的亚克隆拷贝数和LOH预测
tkWidgets j .张 基于R的tk小部件
tLOH 米歇尔•韦伯 利用贝叶斯因子计算在空间转录组学预处理数据中评估LOH证据
TMixClust 莫妮卡Golumbeanu 基于高斯混合效应模型和平滑样条的基因表达时间序列聚类
TNBC。CMS Doyeong余 TNBC。CMS:Prediction of TNBC Consensus Molecular Subtypes
三硝基甲苯 总部位于马 基因组特征的交互式可视化
烤面包 章子怡李 异质组织分析工具
tofsims 洛伦兹格柏 飞行时间二次离子质谱(ToF-SIMS)成像数据的导入、处理和分析
但在 Wendao刘 Tomo-seq数据分析
topconfects 保罗•哈里森 最自信的效应大小
topdownr 塞巴斯蒂安·吉布 自上而下蛋白质组学中片段化条件的研究
topGO Adrian Alexa 基因本体的富集分析
ToxicoGx 本杰明Haibe-Kains 大规模毒理学基因组数据分析
泛太平洋伙伴关系 多罗斯蔡尔兹 分析热蛋白质组分析(TPP)实验
TPP2D 尼尔斯·Kurzawa 从二维热剖面(DLPTP)检测配体-蛋白质相互作用
tracktables 汤姆•卡罗尔 构建IGV跟踪和HTML报告
trackViewer Jianhong欧 R/Bioconductor软件包,具有web界面,可绘制优雅的交互式轨迹或棒棒糖图,以促进多组学数据的综合分析
tradeSeq Hector Roux de Bezieux 基于轨迹的测序数据差异表达分析
TrajectoryGeometry 迈克尔·夏皮罗 这个程序包发现了基因表达模式的时间和伪时间序列的方向性
TrajectoryUtils 亚伦Lun 单细胞轨迹分析实用程序
transcriptogramer 迭戈极其 基于转录图的转录分析
transcriptR Armen R. Karapetyan 基于ChIP-和RNA-Seq的初级转录本检测和量化的综合工具
transformGamPoi 江诗丹顿Ahlmann-Eltze γ -泊松模型的方差稳定变换
石棉水泥板 康斯坦丁·Krismer rna结合蛋白基序分析
tRanslatome 托马·特巴尔迪,埃里克·达西 多水平基因表达的比较
transomics2cytoscape Kozo Nishida 使用Cytoscape进行三维跨组网络可视化的工具集
TransView 尤利乌斯•穆勒 阅读密度图的构建和添加。ChIPSeq和RNASeq数据集的可视化
TraRe Jesus De La Fuente Cedeño 转录重新布线
tra利用 李陈 基因组间隔中GWAS特征相关SNP富集分析
旅行 Jiefei王 一个使用虚拟指针创建ALTREP对象的实用程序
traviz Koen Van den Berge 用于可视化和解释的轨迹函数。
TreeAndLeaf 米莱娜·a·卡多佐 显示二叉树,以树状图树叶为重点
treeio Guangchuang余 系统发生树输入和输出的基类和函数
treekoR 亚当•陈 细胞学集群层次和细胞到表型的关联
TreeSummarizedExperiment Ruizhu黄 树总结实验:一个关于树结构数据的S4类
trena 保罗·香农 利用基因表达,先验,机器学习来匹配转录调节网络
时尚的 朗达巴彻 时间过程表达式数据的断点分析
一绺头发 振兴郭 mRNA表观遗传学测序分析工具箱
三轮车 运输代理郑 三轮车:细胞周期的可转移表示和推断
触发 约翰·d·斯托里 基因表达遗传学的转录调控推断
三人组 Holger Schwender 病例-父母三人组研究中SNP和SNP相互作用的检验
三层 雅罗西克亲爱的 搜索和可视化DNA分子内三聚体形成序列
tripr Iason Ofeidis t细胞受体/免疫球蛋白分析器(TRIP)
tRNA Felix总经理恩斯特 分析tRNA序列和结构
tRNAdbImport 菲利克斯·恩斯特 从tRNAdb和mitotRNAdb导入作为grange对象
tRNAscanImport 菲利克斯·恩斯特 导入tRNAscan-SE结果文件作为GRanges对象
TRONCO 卢卡·德·萨诺 TRONCO是转化肿瘤学的R包
TSCAN 志诚记 单细胞分析工具
tscR 费尔南多Perez-Sanz 结合斜率和Frechet距离的时间序列聚类包
tspair 杰弗里·t·莱克 微阵列分类的最高评分对
TSRchitect r·泰勒·拉伯恩 从大规模TSS分析数据中识别启动子
ttgsea Dongmin荣格 基因集富集分析的标记文本
TTMap 瑞秋Jeitziner 双层映射器:一种基于拓扑数据分析的聚类工具
TurboNorm Maarten van Iterson 一种适用于微阵列归一化的快速散点图平滑器
TVTB 凯文Rue-Albrecht TVTB: VCF工具箱
tweeDEseq 胡安·R·冈萨雷斯 使用泊松- tweedie分布族的RNA-seq数据分析
《暮光之城》 斯蒂芬妮Scheid 局部错误发现率的估计
twoddpcr 安东尼赵 对二维液滴数字PCR (ddPCR)数据进行分类,量化起始分子数量
txcutr 默文Fansler 转录组刀
tximeta 迈克尔的爱 使用自动元数据的文本量化导入
tximport 迈克尔的爱 导入和总结转录水平估计用于转录和基因水平分析
TypeInfo 邓肯庙朗 可选型号规格
Ularcirc 大卫·汉弗莱斯 闪亮的应用程序规范和背面剪接分析(即圆形和mRNA分析)
UMI4Cats Mireia Ramos-Rodriguez UMI4Cats: UMI-4C染色质接触数据的处理、分析和可视化
uncoverappLib Emanuela Iovino 交互式图形应用于临床评估序列覆盖在碱基对水平
撤销 Niya王 肿瘤-基质混合表达的无监督反褶积
unifiedWMWqPCR 尤里斯最大经济产量 统一Wilcoxon-Mann Whitney Test用于检测qPCR数据中的差异表达
UniProt.ws 生物导体包装维护者 R UniProt Web服务接口
Uniquorn “Raik奥托” 基于加权突变/变分指纹的癌症细胞系识别
universalmotif 本杰明·让·玛丽·特伦布莱 导入,修改和导出主题与R
的作用 陈郝 uSORT:一种用于基因选择的自精炼排序管道
VAExprs Dongmin荣格 用变分自编码器生成基因表达数据样本
VanillaICE R.B. Scharpf 高通量基因分型阵列的隐马尔可夫模型
VarCon 约翰内斯Ptok VarCon:一个R包,用于检索SNV的相邻核苷酸
variancePartition 加布里埃尔·e·霍夫曼 在多水平基因表达实验中量化和解释多种变异
VariantAnnotation 生物导体包装维护者 遗传变异的注释
VariantExperiment 钱氏 VCF/GDS数据的范围总结实验容器与GDS后端
VariantFiltering 罗伯特Castelo 编码和非编码遗传变异的筛选
VariantTools 迈克尔•劳伦斯 用于变量调用探索性分析的工具
VaSP 慧慧于 群体剪接变异的量化与可视化
vbmp 尼古拉喇嘛 变分贝叶斯多项式概率回归
VCFArray 钱氏 将磁盘上/远程VCF文件表示为类数组对象
VegaMC 桑德罗摩根氏菌属 VegaMC:一个实现变分分段平滑模型的包,用于识别癌症驱动染色体失衡
伶盗龙 凯文Rue-Albrecht 单细胞速度工具包
veloviz 李拉阿塔 VeloViz: rna -速度通知二维嵌入可视化细胞状态轨迹
VennDetail Kai郭 用于可视化和提取细节的包
左页 大卫。Maspero 病毒进化重建(VERSO)
vidger 布兰登Monier 用R创建RNAseq数据的快速可视化
毒蛇 马里亚诺·阿尔瓦雷斯 基于丰富正则分析的蛋白质活性虚拟推理
ViSEAGO Aurelien Brionne ViSEAGO:一个Bioconductor包,用于使用基因本体和语义相似性聚类生物功能
vissE Dharmesh D. Bhuva 可视化集富集分析结果
VplotR 雅克Serizay 一组制作v图和计算占用空间概况的工具
vsn 沃尔夫冈•休伯 微阵列数据的方差稳定与校正
vtpnet VJ凯里 变异转录因子-表型网络
火神 费德里科·m·乔尔基 基于网络的虚拟芯片seq数据分析
waddR 朱利安Flesch 基于2-Wasserstein距离检测差分分布的统计检验
西瓜 Leo C Schalkwyk Illumina 450和EPIC甲基化阵列归一化和度量
wavClusteR 费德里科•Comoglio PAR-CLIP数据中rna -蛋白质相互作用位点的敏感和高分辨率识别
韦弗 赛斯猎鹰 用于处理Sweave文档的工具和扩展
webbioc 科林·a·史密斯 Bioconductor Web界面
weitrix 保罗•哈里森 用于具有精确权重的矩阵的工具,测试和探索加权或稀疏数据
widgetTools Jianhua张 创建一个交互式tcltk小部件
wiggleplotr Kaur Alasoo 从BigWig文件制作读覆盖率图
个字 海琳博尔赫斯 井板制造机
wppi 安娜Galhoz 加权蛋白质-蛋白质相互作用
扳手 赫克托·科拉达·布拉沃 稀疏计数数据的扳手归一化
XCIR 升Sauteraud XCI-inference
xcms 史蒂芬诺依曼 LC-MS和GC-MS数据分析
XDE 罗伯特Scharpf XDE:用于差异基因表达交叉研究分析的贝叶斯层次模型
Xeva 本杰明Haibe-Kains 患者源性异种移植(PDX)数据分析
XINA 李朗和和萨沙·a·辛格 用于网络分析的多路等压质量标记动力学数据
xmapbridge 克里斯Wirth 将绘图文件导出到xmapBridge以便在X:Map中可视化
XNAString 玛丽安娜Plucinska 修饰寡核苷酸序列的有效操作
XVector Herve页面 Bioconductor中外部向量表示和操作的基础
山药 莱斯利敏 高通量代谢组学工具
YAPSA 丹尼尔Huebschmann 另一个签名分析包
约瑟夫·N·保尔森 YARN:健壮的多条件rna序列预处理和归一化
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zinbwave 大卫。Risso RNA-Seq数据的零膨胀负二项模型
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