pwOmics

DOI:10.18129 / B9.bioc.pwOmics

这是发展pwOmics版本;稳定发布版本请参见pwOmics．

基于路径的组学数据集成

Bioconductor版本:开发(3.16)

pwOmics基于预先分析的用户指定的差异基因/转录本和磷蛋白列表，对匹配组学数据集进行基于通路的水平特异性数据比较。对磷蛋白组数据进行单独的下游分析，包括途径识别、转录因子识别和目标基因识别，与以基因或转录本信息作为上游转录因子和潜在蛋白质组调控因子识别基础的上游分析相反。跨平台对比分析提供了数据集成的静态和动态分析工具，可以对单时间点实验和时间序列实验进行综合分析。此外，它还提供了基于数据集成识别单个信令轴的功能。

作者:Astrid Wachter

维护者:Maren站点

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("pwOmics")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneSignaling，GeneTarget，软件，SystemsBiology，转录
版本	1.29.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (R-3.2)(7年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.2)
进口	data.table，rBiopaxParser，igraph，STRINGdb、图形、gplots，Biobase，BiocGenerics，AnnotationDbi，biomaRt，AnnotationHub，GenomicRanges，图， grDevices, stats, utils
链接
建议	ebdbNet，纵向，Mfuzz
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	pwOmics_1.29.0.tar.gz
Windows二进制	pwOmics_1.29.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	pwOmics_1.29.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pwOmics
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ pwOmics
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/pwOmics/
包下载报告	下载数据