chipseqdb

doi：10.18129/b9.bioc.chipseqdb

这是发展chipseqdb的版本;对于稳定版本，请参阅chipseqdb。

生物导体工作流以检测芯片序列数据中的差异结合

生物导体版本：开发（3.16）

描述了用于使用滑动窗口进行数据库分析的计算工作流程。目的是通过提供详细的代码和预期输出来促进基于窗口的DB分析的实际实施。此处描述的工作流程适用于在一个或多个条件下具有多个实验条件和多个生物样品的任何CHIP-SEQ实验。它以从头的方式检测并总结了条件之间的数据库区域，即没有对边界区域的位置或宽度做出任何事先假设。然后根据其与基因的接近度对检测区域进行注释。

作者：Aaron Lun [AUT，CRE]，Gordon Smyth [aut]

维护者：aaron lun

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ chipseqdb”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ chipseqdb”）

html		1.简介
html		2. B细胞中H3K9AC的差异富集
html	R脚本	3.成纤维细胞中CBP的差异结合
html		4. H3K27me3在肺上皮中的差异富集

细节

生物浏览	表观遗传学，，，，Immunooncologyworkflow，，，，工作流程
版本	1.21.0
执照	艺术2.0
要看
进口
链接
建议	chipseqdbdata，，，，生物使用，，，，Biocfilecache，，，，Chippeakanno，，，，GVIZ，，，，rsamtools，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm10.nowngene，，，，CSAW，，，，EDGER，，，，尼特，，，，org.mm.eg.db，，，，rtracklayer，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL	//www.andersvercelli.com/help/workflows/chipseqdb/
取决于我
进口我
建议我
链接到我

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	chipseqdb_1.21.0.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13（高山脉）
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chipseqdb
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/chipseqdb
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/chipseqdb/
软件包下载报告	下载统计