biomaRt

DOI:10.18129 / B9.bioc.biomaRt

与生物艺术数据库的接口(即ensemble bl)

生物导体版本:发布(3.12)

近年来，在公共数据库里已经可以获得大量的生物数据。对这些有价值的数据资源的方便访问和与数据分析的牢固整合是全面的生物信息学数据分析所需要的。biomaRt提供了一个接口，以实现biomaRt软件套件( )。该包支持以统一的方式检索大量数据，而不需要知道底层数据库模式或编写复杂的SQL查询。BioMart数据库最突出的例子是由Ensembl维护的，它为BioMart用户提供了直接访问各种数据集的机会，并支持从基因注释到数据库挖掘的各种强大的在线查询。

作者:Steffen Durinck [aut]， Wolfgang Huber [aut]， Sean Davis [ctb]， Francois Pepin [ctb]， Vince S Buffalo [ctb]， Mike Smith [ctb, cre]

维护者:Mike Smith

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“biomaRt”)

超文本标记语言	R脚本	使用biomaRt访问集成注释
超文本标记语言	R脚本	biomaRt用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯
版本	2.46.3
Bioconductor自	BioC 1.6 (R-2.1)或更早(> 16年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	方法
进口	跑龙套,XML,AnnotationDbi,进步,stringr,httr,openssl,BiocFileCache,rappdirs,xml2
链接
建议	注释,BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat,嘲笑
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	注释,BrainSABER,chromPlot,彗星,customProDB,DrugVsDisease,genefu,GenomicOZone,MineICA,PPInfer,PSICQUIC,RepViz,Roleswitch,寿司,VegaMC
进口我	ArrayExpressHTS,artMS,ASpediaFI,BadRegionFinder,BgeeCall,分歧点,BUSpaRse,ChIPpeakAnno,CHRONOS,cTRAP,dagLogo,DEXSeq,diffloop,DominoEffect,easyRNASeq,EDASeq,埃尔默,弗雷泽,GDCRNATools,GeneAccord,GenomicFeatures,GenVisR,gespeR,glmSparseNet,GOexpress,goSTAG,gpart软件,Gviz,等压线,KEGGprofile,mCSEA,MEDIPS,MetaboSignal,metaseqR,metaseqR2,methyAnalysis,MGFR,MouseFM,NoRCE,OncoScore,oposSOM,pcaExplorer,PGA,phenoTest,PrecisionTrialDrawer,pRoloc,ProteoMM,psygenet2r,pwOmics,R453Plus1Toolbox,ramwas,收回,rgsepd,RIPAT,RNAither,RnaSeqSampleSize,scPipe,seq2pathway,SeqGSEA,分裂,SWATH2stats,TCGAbiolinks,TCGAWorkflow,TFEA。芯片,TimiRGeN,transcriptogramer,trena,ViSEAGO,XCIR,纱
建议我	AnnotationForge,bioassayR,BiocCaseStudies,BloodCancerMultiOmics2017,ccTutorial,celda,cellTree,chromstaR,ClusterJudge,ctgGEM,小伙子,GeneAnswers,h5vc,leeBamViews,林肯,MAGeCKFlute,马提尼,massiR,MethReg,MineICA,海市蜃楼,MutationalPatterns,netSmooth,益生元,OrganismDbi,钢琴,Pigengene,后代,PubScore,R3CPET,Rcade,RegParallel,RforProteomics,RnBeads,rTANDEM,rTRM,嘘,ShortRead,SIM卡,sincell,SummarizedBenchmark,systemPipeR,trackViewer,wiggleplotr,zinbwave
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	biomaRt_2.46.3.tar.gz
Windows二进制	biomaRt_2.46.3.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	biomaRt_2.46.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biomaRt
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ biomaRt
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/biomaRt/
包下载报告	下载数据
BioC 3.12的旧源包	源存档