诺斯

DOI：10.18129 / b9.bioc.norce.

Norce：Noncoding RNA设置CIS注释和富集

Bioconductor版本：释放（3.13）

虽然已经发现一些非编码的RNA（NCRNA）在生物过程中发挥着关键的调节作用，但大多数仍然在功能上无表。只要需要在功能上下文中分析一个有趣的NCRNAS集合，这会呈现挑战。在基因组上定位的转录物通常被调节在一起，并且该空间接近暗示在功能性结合。基于这个想法，我们介绍了一个R包，Norce，对给定的NCRNA进行了CIS丰富分析。通过使用近端的编码基因的功能注释来进行富集的富集。Norce允许纳入其他生物学信息，例如拓扑相关域（TAD）区域，共表达模式和miRNA目标信息。Norce存储库包括多个数据文件，例如特定于细胞系特定的TAD区域，功能基因集和癌症表达数据。此外，用户还可以输入自定义数据文件。可以以表格格式检索结果或作为图形进行检索。目前尚可用于以下物种：人，小鼠，大鼠，斑马鱼，果蝇，蠕虫和酵母。

作者：Gulden Olgun [Aut，CRE]

维护者：Gulden Olgun

安装

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HTML.	r script.	Noncoding RNA集合CIS注释和富集
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细节

Biocviews.	2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯 那2021年欧洲杯
版本	1.4.0
在生物导体中以来	BIOC 3.11（R-4.0）（1年）
执照	mit +文件执照
依靠	r（> = 4.0）
进口	凯格斯特那PNG.那dplyr.，图形，rsqlite.那DBI.那Tidyr.，grdevices，S4Vectors.那概括分析那反弹.DB.那rwikipathways.那rcurl.那dbplyr.，实用，ggplot2.那iGraph.，统计，重塑2.那读书那go.db.那Zlibbioc那生物雕那rtracklayer.那绞喉那Genomicranges.那基因组法那annotationdbi.
链接到
建议	kn那txdb.hsapiens.ucsc.hg38.knowngene.那txdb.drerio.ucsc.danrer10.refgene.那txdb.mmusculus.ucsc.mm10.knowngene.那txdb.dmelanogaster.ucsc.dm6.ensgene.ensgene.那testthat.那txdb.celegans.ucsc.ce11.refgene.那RAMAMAMDOW.那txdb.rnorvegicus.ucsc.rn6.refgene.那txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene.那org.mm.eg.db.那org.rn.eg.db.那org.hs.eg.db.那org.dr.eg.db.那生物根系那org.sc.sgd.db.那org.ce.eg.db.那org.dm.eg.db.， 方法
系统要求
加强
URL.
Bugreports.	https://github.com/guldenolgun/norce/issues.
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包档案包

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源包	norce_1.4.0.tar.gz.
Windows二进制文件	norce_1.4.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	norce_1.4.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/norce.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包装/诺斯
包短网址	https://biocumon.org/packages/norce/
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