生物导体版本:发布(3.12)
根据参考基因组计算高通量短读的覆盖范围,并按感兴趣的特征(如外显子、基因、转录本)对其进行总结。数据可以归一化为'RPKM'或'DESeq'或'edgeR'包。
作者:Nicolas Delhomme, Ismael Padioleau, Bastian Schiffthaler, Niklas Maehler
维护人员:Nicolas Delhomme < Nicolas . Delhomme at umu.se>
引文(从R中输入引用(“easyRNASeq”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("easyRNASeq")
有关较旧版本的R,请参阅适当的Bioconductor释放.
参考手册 |
biocViews | 2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 ,2021年欧洲杯 |
版本 | 2.26.0 |
Bioconductor自 | BioC 2.10 (R-2.15)(9年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | |
进口 | Biobase(> = 2.44.0),BiocFileCache(> = 1.7.10),BiocGenerics(> = 0.30.0),BiocParallel(> = 1.18.1),biomaRt(> = 2.40.5),Biostrings(> = 2.52.0),DESeq(> = 1.36.0),刨边机(> = 3.26.8),GenomeInfoDb(> = 1.20.0),genomeIntervals(> = 1.40.0),GenomicAlignments(> = 1.20.1),GenomicRanges(> = 1.36.1),SummarizedExperiment(> = 1.14.1)、图形IRanges(> = 2.18.3),迷幻药(> = 4.0),locfit、方法、并行rappdirs(> = 0.3.1),Rsamtools(> = 2.0.3),S4Vectors(> = 0.22.1),ShortRead(> = 1.42.0),跑龙套 |
链接 | |
建议 | BiocStyle(> = 2.12.0),BSgenome(> = 1.52.0),BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3(> = 1.4.0),旋度,knitr,rmarkdown,RUnit(> = 0.4.32) |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | msgbsR |
建议我 | SeqGSEA |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。
源包 | |
Windows二进制 | |
macOS 10.13 (High Sierra) | easyRNASeq_2.26.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/easyRNASeq |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ easyRNASeq |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/easyRNASeq/ |
包下载报告 | 下载数据 |
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