BUSpaRse

DOI:10.18129 / B9.bioc.BUSpaRse

kallisto | bustools R实用程序

生物导体版本:发布(3.13)

kallisto | bustools管道是一套快速和模块化的工具，将fastq文件中的单细胞RNA-seq读取转换为基因计数或转录兼容计数(TCC)矩阵，用于下游分析。该管道的中心是条形码、UMI和集(BUS)文件格式。该包服务于以下目的:首先，该包允许用户将BUS格式文件作为R中的数据帧进行操作，然后将它们转换为基因计数或TCC矩阵。此外，由于R和Rcpp代码比纯c++代码更容易处理，因此鼓励用户调整此包的源代码，以试验BUS格式的新用法和将BUS文件转换为基因计数矩阵的不同方法。其次，该包可以方便地生成所需的文件，以生成剪接和未剪接转录本的RNA速度基因计数矩阵。这里可以过滤生物类型，去除支架和单倍型，提取过滤后的转录组并写入磁盘。第三，该包实现了一些实用函数，以获取将BUS文件转换为基因计数矩阵所需的转录本和相关基因，以bustools所需的格式将转录本写入基因信息，并将bustools的输出读取为稀疏矩阵的R。

作者:Lambda Moses [aut, cre]， Lior Pachter [aut, ths]

维护者:Lambda Moses

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require ("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("BUSpaRse")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“BUSpaRse”)

超文本标记语言	R脚本	将总线格式转换为稀疏矩阵
超文本标记语言	R脚本	转录基因
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯 ，2021年欧洲杯
版本	1.5.3
Bioconductor自	BioC 3.10 (R-3.6)(1.5年)
许可证	BSD_2_clause +文件许可证
取决于	R (> = 3.6)
进口	AnnotationDbi，AnnotationFilter，biomaRt，BiocGenerics，Biostrings，BSgenome，dplyr，ensembldb，GenomeInfoDb，GenomicFeatures，GenomicRanges，ggplot2，IRanges，magrittr，矩阵、方法、plyranges，Rcpp，S4Vectors统计数据,stringr，宠物猫，tidyr跑龙套,zeallot
链接	Rcpp，RcppArmadillo，RcppProgress，黑洞
建议	knitr，rmarkdown，testthat，BiocStyle，TENxBUSData，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，EnsDb.Hsapiens.v86
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	https://github.com/BUStools/BUSpaRse
BugReports	https://github.com/BUStools/BUSpaRse/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	BUSpaRse_1.5.3.tar.gz
Windows二进制	BUSpaRse_1.5.3.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	BUSpaRse_1.5.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BUSpaRse
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BUSpaRse
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/BUSpaRse/
包下载报告	下载数据