塞尔达

doi：10.18129/b9.bioc.celda

蜂窝潜在的差异分配

生物导体版本：版本（3.13）

CELDA是用于聚类单细胞RNA测序（SCRNA-SEQ）数据的贝叶斯分层模型的套件。它能够执行“双聚类”，并同时将基因聚集到基因模块中，并将细胞分为细胞亚群。它还包含Decontx，这是一种新型的贝叶斯方法，可在没有空液滴信息的情况下在单个细胞中估计并消除RNA污染。还包括各种SCRNA-SEQ数据可视化功能。

作者：Joshua Campbell [Aut，Cre]，Sean Corbett [aut]，Yusuke Koga [aut]，Shiyi Yang [aut]，Eric Reed [aut]，Zhe Wang [aut]

维护者：Joshua Campbell Camp>

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ celda”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Celda”）

PDF	R脚本	用CELDA分析单细胞基因组数据
PDF	R脚本	估计并从具有Decontx的单细胞数据中从环境RNA中删除交叉污染
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯 ，，，，2021年欧洲杯
版本	1.8.1
在生物导体中	Bioc 3.9（R-3.6）（2年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	R（> = 4.0）
进口	plyr，，，，foreach，，，，GGPLOT2，，，，rcolorbrewer， 网格，秤，，，，gtable，grdevices，图形，矩阵，，，，多帕尔，，，，消化， 方法，RESHAPE2，，，，S4VECTORS，，，，Data.Table，，，，RCPP，，，，rcppeigen，，，，UWOT，，，，富集，，，，总结性特征，，，，McMcCrecision，，，，Ggrepel，，，，RTSNE，，，，用，，，，评分（> = 1.14.4），斯克兰，，，，Singlecellexperiment，，，，dbscan，，，，延迟，，，，Stringr，，，，矩阵，，，，复杂的图像，，，，多印象，，，，循环
链接	RCPP，，，，rcppeigen
建议	测试，，，，尼特，，，，roxygen2，，，，rmarkDown，，，，Biomart，，，，COVR，，，，生物管理器，，，，生物使用，，，，M3DEXAMPLEDATA，，，，tenxpbmcdata，，，，Singlecelltk
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/campbio/celda/issues
取决于我
进口我	Singlecelltk
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	celda_1.8.1.tar.gz
Windows二进制	celda_1.8.1.zip
MacOS 10.13（高山脉）	celda_1.8.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/celda
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/celda
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/celda/
软件包下载报告	下载统计
Bioc 3.13的旧源软件包	来源存档