topgo

doi：10.18129/b9.bioc.topgo

这是发展topgo的版本；对于稳定版本，请参阅topgo。

基因本体论的富集分析

生物导体版本：开发（3.16）

Topgo软件包提供了用于测试GO术语的工具，同时考虑GO图的拓扑结构。可以实施和应用不同的测试统计数据和不同的方法来消除GO术语之间的局部相似性和依赖性。

作者：Adrian Alexa，Jorg Rahnenfuhrer

维护者：gmail.com上的Adrian Alexa

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ topgo”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Topgo”）

PDF	R脚本	topgo
PDF		参考手册

细节

生物浏览	微阵列，，，，软件，，，，可视化
版本	2.49.0
在生物导体中	Bioc 2.0（R-2.5）（15年）
执照	LGPL
要看	R（> = 2.10.0），方法，生物基因（> = 0.13.6），图形（> = 1.14.0），生物酶（> = 2.0.0），go.db（> = 2.3.0），AnnotationDbi（> = 1.7.19），Sparsem（> = 0.73）
进口	格子，，，，矩阵，，，，DBI
链接
建议	全部，，，，HGU95AV2.DB，，，，HGU133A.DB，，，，GeneFilter，，，，Xtable，，，，多检验，，，，rgraphviz，，，，全球测试
系统要求
增强
URL
取决于我	BGEEDB，，，，CCTORIAL，，，，Celltree，，，，Compepitools，，，，Egsea，，，，格兰妮，，，，理想的，，，，Maendtoend，，，，moanin，，，，翻译
进口我	APL，，，，Biomm，，，，细胞，，，，Exphuntersuite，，，，foldgo，，，，戈西姆，，，，omadb，，，，PCAEXPLORER，，，，psygenet2r，，，，转录图，，，，Viseago
建议我	fgnet，，，，Geva，，，，Intramirexplorer，，，，mirnatap，，，，Pareg，，，，林戈
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	topgo_2.49.0.tar.gz
Windows二进制	topgo_2.49.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	topgo_2.49.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/topgo
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/topgo
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/topgo/
软件包下载报告	下载统计