Viseago

doi：10.18129/b9.bioc.viseago

这是发展Viseago的版本；对于稳定版本，请参阅Viseago。

Viseago：使用基因本体论和语义相似性聚类生物学功能的生物通用包装

生物导体版本：开发（3.16）

Viseago软件包的主要目的是进行生物学功能的数据挖掘，并在研究中涉及的基因之间建立联系。我们在R中开发了Viseago，以促进复杂实验设计的功能基因本体论（GO）分析，并进行多个感兴趣的比较。它允许一起研究大规模数据集并可视化GO概况以捕获生物学知识。首字母缩写代表了三个主要概念：可视化，语义相似性和基因本体论的丰富分析。它提供了对最后的GO注释的访问，该注释是从几种物种的NCBI Entrezgene，Ensembl或Uniprot数据库中检索的。Viseago使用可用的R软件包和新的开发，扩展了经典的功能分析，以通过汇总密切相关的生物学主题在同时研究多个数据集的同时通过汇总密切相关的生物学主题来关注功能连贯性。它使用涉及GO图结构的交互功能并确保语义相似性提供的功能连贯性提供了综合和详细的视图。Viseago已成功应用于来自不同物种的几个数据集，并具有各种生物学问题。生物信息学家和生物学家之间很容易共享结果，从而增强了报告能力，同时保持可重复性。

作者：Aurelien Brionne [AUT，CRE]，Amelie Juanchich [AUT]，Christelle Hennequet-Antier [AUT]

维护者：Aurelien Brionne

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ viseago”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Viseago”）

html	R脚本	1：Viseago
html	R脚本	2：Mouse_bionConductor
html	R脚本	3：fgsea_alternative
html	R脚本	4：ss_choice
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	注解，，，，聚类，，，，去，，，，基因烯，，，，多重组合，，，，软件，，，，可视化
版本	1.11.0
在生物导体中	Bioc 3.10（R-3.6）（2。5年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 3.6）
进口	Data.Table，，，，AnnotationDbi，，，，注释，，，，Biomart，，，，Dendextend，，，，雕刻，，，，DT，，，，DynamiCtreCut，，，，fgsea，，，，Gosemsim，，，，GGPLOT2，，，，go.db，grdevices，热图，，，，htmlwidgets，，，，Igraph， 方法，情节，，，，processx，，，，topgo，，，，rcolorbrewer，，，，r.utils，，，，秤，统计insctr，UTILS
链接
建议	htmltools，，，，org.mm.eg.db，，，，林玛，，，，rgraphviz，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，Corrplot，，，，远程，，，，生物管理器
系统要求
增强
URL	//www.andersvercelli.com/packages/release/bioc/html/viseago.htmlhttps://forgemia.inra.fr/umr-boa/viseago
BugReports	https://forgemia.inra.fr/umr-boa/viseago/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	viseago_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	viseago_1.11.0.zip（仅64位）
MacOS 10.13（高山脉）	viseago_1.11.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/viseago
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/viseago
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/viseago/
软件包下载报告	下载统计