ExpHunterSuite

DOI:10.18129 / B9.bioc.ExpHunterSuite

这是发展ExpHunterSuite版本;稳定版请参见ExpHunterSuite。

转录组数据综合分析包

Bioconductor版本:开发(3.16)

ExpHunterSuite实现了一个全面的协议，使用已建立的*R*包分析转录数据，并结合其结果。它涵盖了RNA-seq数据的DEG检测、CEG检测和功能分析的所有关键步骤。它被实现为一个R包，包含可以交互运行的函数。此外，它还包含包装函数的脚本，可以直接从命令行运行。

作者:James Perkins [aut, cre]， Pedro Seoane Zonjic [au]，费尔南多·莫雷诺·贾巴托[au]， José Córdoba卡巴列罗[aut]，埃琳娜·罗哈诺·里维拉[aut]，罗西奥·鲍蒂斯塔·莫雷诺[au]，贡萨洛·克拉罗斯[au]，伊莎贝尔·冈萨雷斯·盖特[aut]，胡安·安东尼奥García拉尼亚[aut]

维护者:James Perkins

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("ExpHunterSuite")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ExpHunterSuite”)

超文本标记语言	R脚本	表达式猎人套件
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneExpressionWorkflow，工作流
版本	1.5.0
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.1.0)
进口	ReactomePA，limma，刨边机，NOISeq，biomaRt，topGO，clusterProfiler，diffcoexp，DT，ggplot2，stringr，WGCNA，dplyr，AnnotationDbi，BiocGenerics，enrichplot，rmarkdown统计数据,Biobase，DESeq2，ROCR，data.table，knitr，magrittr，SummarizedExperiment，miRBaseConverter，pbapply， grDevices，图形，utils，BiocParallel，MKinfer，matrixStats，rlang，plyr，tidyr
链接
建议	optparse，PerformanceAnalytics，naivebayes，reshape2，移行细胞癌，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	ExpHunterSuite_1.5.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ExpHunterSuite
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ExpHunterSuite
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ExpHunterSuite/
软件包下载报告	下载数据