学习R / Biocumon序列分析

西雅图，美国

2014-10-27〜2014-10-29

教师

• Sonali Arora.
• Nathaniel Hayden
• 马丁摩根
• HervéPagès.
• Marc Carlson.
• 瓦莱丽遵守
• 丹·托纳邦
• 保罗香农

描述

本课程针对使用R和Biocumon来介绍高吞吐量序列数据的分析和理解的开头和中级用户。第1天侧重于学习基本背景：对R编程语言的介绍;有效使用生物体软件的中央概念;以及高吞吐量序列分析工作流程的概述。第2天强调使用Biocumon的特定任务：RNA-SEQ差异表达工作流程;探索，机器学习和其他统计任务;基因设定富集;和注释。第3天过渡，了解管理更大挑战的有效方法：与大数据合作的策略，编写可重复使用的职能，开发可重复的报告和工作流程以及可视化结果。该课程将讲座与广泛的实践实用相结合; students are required to bring a laptop with wireless internet access and a modern version of the Chrome or Safari web browser.

材料

下载与R-3.1.1 / Biocumon 3.0一起使用的包装（包含所有材料）。

• searchbiocidodder_0.1.6.tar.gz.

安装课程包

install.packages（“searchbiocionder_0.1.6.tar.gz”，repos = null）

（可选）安装建议的包（用于练习等）

来源（“//www.andersvercelli.com/bioclite.r”）Bioclite（C（“knitr”，“生物陶瓷”，“Biocinstaller”，“全部”，“Bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19”，“Biocomallels”，“生物热点”，“基因组”，“GenomicFeatures”，“GVIZ”，“MLSEQ”，“Poiclaclu”，“RCHORBREWER”，“RNASEQDATA.HNRNPC.BAM.CHR14”，“RSAMTOOLS”，“SHORTREAD”，“TXDB.HSAPIENS”.cc.hg19.kconngene“，”Variantannotation“，”呼吸道“，”类“，”CN.MOPS“，”Dendextend“，”裂变“，”Genefilter“，”GGPlot2“，”GPLots“，”GGPLOT2“，”GGPLOT2“，”GGPLOT2“.g.db“，”sva“，”xtable“，”poiclaclu“，”sva“，”裂开“，”kernlab“，”e1071“）））

通过以下文件探索材料：

• HTML.那R.那RMD.介绍
• HTML.那R.那RMD.R.介绍
• HTML.那R.那RMD.生物体介绍
• HTML.那R.那RMD.序列分析的生物体
• HTML.那R.那RMD.RNA-SEQ工作流程
• HTML.RNA-SEQ实验室
• HTML.那R.那RMD.其他序列分析工作流程
• HTML.那R.那RMD.机器学习
• HTML.那R.那RMD.注释基因，基因组和变种
• HTML.那R.那RMD.基因集富集
• HTML.那R.那RMD.使用大数据
• HTML.那R.那RMD.在函数，文件和包中组织代码
• HTML.那R.那RMD.可重复的研究
• HTML.那R.那RMD.可视化
• HTML.那R.那RMD.hg19_alias.tab.附录：安装IGV