rnaseqgene.

DOI：10.18129 / b9.bioc.rnaseqgene.

RNA-SEQ工作流程：基因级探索性分析和差异表达

Biocometiond版本：释放（3.12）

在这里，我们使用生物孔包穿过端到端基因级RNA-SEQ差动表达工作流程。我们将从FASTQ文件开始，显示这些与参考基因组对齐，并准备计数矩阵，该计数矩阵为每个样品计算每个基因内的RNA-SEQ读取/片段的数量。我们将对质量评估进行探索性数据分析（EDA），并探讨样品之间的关系，进行差异基因表达分析，并在目视探索结果。

作者：Michael Love [Aut，Cre]

维护者：Michael Love

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.0”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“rnaseqgene”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“RNASEQGENE”）

HTML.

r script.

RNA-SEQ在基因水平上的工作流程

细节

Biocviews.	GeneexpressionWorkflow.那免疫系统工作流程那工作流程
版本	1.14.0.
执照	艺术-2.0
依靠	r（> = 3.3.0），生物焦那呼吸道（> = 1.5.3），tximeta.那Magrittr.那deseq2.那apeglm.那VSN.那dplyr.那ggplot2.那六己那Pheatmap.那rcolorbrewer.那Poiclaclu.那glmpca.那ggbeeswarm.那Genefilter.那annotationdbi.那org.hs.eg.db.那ReportingTools.那GVIZ.那SVA.那Ruvseq.那裂变
进口
链接到
建议	kn那RAMAMAMDOW.
系统要求
加强
URL.	https://github.com/mikelove/rnaseqgene/
取决于我
进口我
建议我
链接给我

包档案包

跟随安装在r会话中使用此包的说明。

源包	rnaseqgene_1.14.0.tar.gz.
Windows二进制文件
Macos 10.13（高塞拉）
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/rnaseqgene.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包装/ rnaseqgene
包短网址	https://biocumon.org/packages/rnaseqgene/
包裹下载报告	下载统计信息