请注意:应执行本文件中的所有说明在你的笔记本电脑，而不是在RStudio服务器AMI上。
我们将首先在主目录中创建一个名为“igv”的目录。你可以通过在Linux或Mac的终端窗口中发出以下命令来确定你的主目录:
echo $ HOME
在Windows上，单击“开始”，然后单击“运行”，然后单击“输入”，打开命令窗口cmd并按回车。在窗口中输入
回声% USERPROFILE %
因此，转到指定的目录，然后发出命令
mkdir igv
这会创建一个进口目录在您的主目录。
复制文件hg19_alias.tab这个目录。这是一个简单的以tab分隔的文件，它在比对使用的序列名称和IGV已知的序列名称之间进行映射。
如果还没有安装Java，请安装Java。去https://www.java.com/en/然后点击免费Java下载。下载并安装。
下载进口https://www.broadinstitute.org/igv/download。有几种方法可以做到这一点，最简单的是单击一个Java Web Start链接。确保你有比启动按钮下面列出的更多的可用内存。您可能需要更改计算机上的安全设置，以允许IGV启动。
在运行IGV时，让我们更改默认的基因组。它目前被设置为人类hg18，所以点击左上角的下拉菜单，上面写着“人类hg18”。点击“更多…”，然后在过滤器框,输入hg19。人类hg19然后会显示在框中，你可以双击它。我们现在使用人类hg19作为默认基因组。
你现在可以在IGV中打开bam文件。下面是这个类的BAM文件的url。你可以通过点击IGV打开它们文件菜单，然后点击从URL加载…。你可以将其中一个url粘贴到框中，然后点击确定:
http://s3-us-west-2.amazonaws.com/oct2014bamfiles/SRR1039508_sorted.bam http://s3-us-west-2.amazonaws.com/oct2014bamfiles/SRR1039509_sorted.bam http://s3-us-west-2.amazonaws.com/oct2014bamfiles/SRR1039512_sorted.bam http://s3-us-west-2.amazonaws.com/oct2014bamfiles/SRR1039513_sorted.bamhttp://s3-us-west-2.amazonaws.com/oct2014bamfiles/SRR1039516_sorted.bam http://s3-us-west-2.amazonaws.com/oct2014bamfiles/SRR1039517_sorted.bam http://s3-us-west-2.amazonaws.com/oct2014bamfiles/SRR1039520_sorted.bam http://s3-us-west-2.amazonaws.com/oct2014bamfiles/SRR1039521_sorted.bam
您可能会看到一个警告:bam文件不包含任何与当前基因组匹配的序列名。您可以忽略这一点(单击OK)。
去。调整缩放，直到读取到视图，并解释结果。