## ----设置，回声=假--------------------------------------------图书馆（SearchBiocionders）Stopifnot（Biocinstaller :: biocversion（）==“3.0”）## ----样式，回声=假，结果='ASIS'---------------------------------生物陶器:: Markdown（）## ----基准-------------------------------------------------------------------------f0 < - 函数（n）{##效率低下！ANS < - numeric（）for（i在seq_len（n））ANS < - C（ANS，EXP（I））ANS} F1 <函数（n）{ANS < - numeric（n）for（i在seq_len（n））ANS [[i]] < - exp（i）ans} f2 <函数（n）sapply（seq_len（n），exp）f3 <函数（n）exp（seq_len（n））## ----平行睡眠-----------------------------------------------------------------图书馆（Biocparallel）有趣< - 函数（i）{sys.sleep（1）i} ##串行f0 < - 函数（n）lapply（seq_len（n），有趣）＃#pattinal f1 < - function（n）bpppply（seq_len（n），fun）## ----计数重叠-ORI，eval = false ------------------------------------＃库（txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene）＃exbytx < - Exonsby（txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene，“tx”）## map0 < - read.delim（“〜/ igv / genomes / hg19_alias.tab”，标题= false，＃stringsasfactors = false）＃map < - setNames（map0 $ v1，map0 $ v2）#seqlevels（exbytx，force = true）< - map ## ----计数重叠，eval = false --------------------------------------＃count1 < - function（filename，roi）{###创建和打开BAM文件#bf < - bamfile（filename，产量ize = 1000000）＃打开（bf）＃## initialize变量＃n < - 0＃读取的读取数＃count < - 整数（长度（roi））＃运行读数重叠的ROI＃名称（counts）< -名称（ROI）#############重复{###输入＃ALN < - Readgalignments（BF）＃输入下一个块＃if（长度（aln）== 0）＃stopping condition # break # n <- n + length(aln) # how are we doing? # message(n) # # ## overlaps # olaps <- findOverlaps(aln, roi, type="within", ignore.strand=TRUE) # count <- count + tabulate(subjectHits(olaps), subjectLength(olaps)) # } # # ## finish and return result # close(bf) # count # } ## ----count-overlaps-doit, eval=FALSE------------------------------------- # filename <- "~/bam/SRR1039508_sorted.bam" # count <- count1(filename, exByTx) ## ----count-overlaps-parallel, eval=FALSE--------------------------------- # library(BiocParallel) # # ## all bam files # filenames <- dir("~/bam", pattern="bam$", full=TRUE) # names(filenames) <- sub("_sorted.bam", "", basename(filenames)) # # ## iterate # counts <- bplapply(filenames, count1, exByTx) # counts <- simplify2array(counts) # head(counts)