可视化

马丁•摩根
2014年10月29日

三种方法

• “基地”图形
• 晶格

• ggplot2

  • 一个整洁的ggplot2例子:幻灯片19 +摘自Vince Carey的演讲。

Genome-centric

• Gviz用于可视化基因组区域
• ggbio提供广泛的选择

交互式可视化

• rtracklayer用于可视化基因组范围和管理UCSC基因组浏览器会话。
• epivizr对于交互显示
• 闪亮的网络交互式应用程序。

报告

• ReportingTools为了方便报表模板

和…

• RColorBrewer和网站:有助于选择明智的配色方案。
• 偶然的艺术
• 把图

实验室

Gviz / ggbio

通过装饰图案第二节的Gviz包，然后“绘制基因组空间的折叠变化”RNASeq实验室。

仔细的研究装饰图案的ggbio包中。

运行以下DESeq2工作流程到达顶桌;强制结果为data.frame。

DESeqDataSet(se, design = ~ cell + dex) dds$dex <- relevel(dds$dex， "untrt") dds <- DESeq(dds) res <- results(dds) resdf <- as.data.frame(res)

“火山图”显示了p值和对数折线变化之间的关系。这是使用base graphics的基本火山图;创建一个火山图使用ggplot2和/或晶格。

绘图(-log10(padj) ~ log2FoldChange, resdf)