# #设置,回声= FALSE --------------------------------------------------- 库(LearnBioconductor) stopifnot (BiocInstaller:: biocVersion() = = 3.0” ") ## ---- 风格,回声= FALSE,结果= ' asis '------------------------------- BiocStyle:减价()knitr: opts_chunk设置(整洁=假美元 ) ## ------------------------------------------------------------------------ 原子向量x < - rnorm (1000) # y < - x + rnorm(1000年,sd = 5) df <——data.frame (x = x, y = y) #对象的类“data.frame”情节(y ~ x, df) #通用的情节,情节的方法。公式符合< - lm (y ~ x, df) #类的lm方法的对象(类=类(适合))#内省# #——回声= TRUE, eval = FALSE ----------------------------------------------- # 帧< - file.choose ALLphenoData() # #”。tsv“# stopifnot (file.exists(帧)# pdata < - read.delim(帧)# #——回声= FALSE ---------------------------------------------------------- 帧< -系统。文件(“extdata”、“ALLphenoData。tsv”,包= " LearnBioconductor”)stopifnot (file.exists(帧))pdata < - read.delim(帧)# #——所有属性 ------------------------------------------------------ 类(pdata) colnames (pdata)暗(pdata)头(pdata)总结(pdata性美元)总结(pdata cyto.normal美元)# #——ALL-subset ---------------------------------------------------------- pdata [1:5,3:4) pdata[1:5]头(pdata[3:5])尾(pdata [3:5],3)头(pdata时代美元)头(pdata性美元)头(pdata [pdata年龄> 21美元 ,]) ## ---- ALL-subset-NA ------------------------------------------------------- idx < - pdata性= = " F " & pdata美元年龄> 40表(idx)暗(pdata [idx ,]) ## ---- ALL-BCR / ABL-subset -------------------------------------------------- bcrabl < - pdata [pdata $摩尔。% % c(杂志“BCR / ABL”、“底片 "),] ## ---- ALL-BCR / ABL-drop-unused --------------------------------------------- bcrabl美元摩尔。杂志< -因子(bcrabl mol.biol美元)# #——ALL-BT -------------------------------------------------------------- 水平(bcrabl BT美元)# #——ALL-BT-recode ------------------------------------------------------- 表(bcrabl BT)美元水平(bcrabl BT美元)< -子串(水平(bcrabl BT美元),1,1)表(bcrabl BT美元)# #——ALL-BCR / ABL-BT ------------------------------------------------------ xtabs (~ BT + mol.biol bcrabl) # #——ALL-aggregate ------------------------------------------------------- 总(年龄~ mol.biol +性别、bcrabl意味着)# #——全龄 ------------------------------------------------------------- t.test(年龄~ mol.biol,箱线图(年龄~ mol.biol, bcrabl)