可重复的研究

马丁摩根
2014年10月29日

重复性的重要性

一种警示故事

设施能够进行可重复的分析R.

基础 - 迅速变得不令人满意

• '旧学校的文字脚本
• 描述方法的评论
• 包版本

Vignettes - '识字编程'

• 啰嗦
• R.啰嗦;编织和纠结
• 乳胶

更高级的考虑因素

版本控制

• 替代（更好！）使用密码文件名来表示不同的版本
• 创建“存储库”，添加/编辑文件，“提交”更改
• 轻松查看'Diff'erences，恢复以前版本，...

• rstudio.

  • 文件 - >新项目 - >新目录 - >空项目。单击“创建Git存储库”。
  • 文件 - >新文件 - > R脚本。编辑。
  • 菜单栏上的“git”图标 - >提交

包

• Rstudio'巫师'

• 好处

  • 代码重用标准化分析
  • 无需复制/粘贴代码
  • 易于与同事分享（工作组，公司，世界）

实验室

昨天制作一个简短的“小插图”总结您的RNA-SEQ工作。代码块可能沿着线条

图书馆（Airway）图书馆（DESEQ2）数据（Airway）DDS < -  DeseqDataset（Airway，Design =〜Cell + DEX）DDS $ DEX <-FENFEL（DDS $ DEX，“UNTRT”）DDS < -  DESQ（DDS）RES <- 结果（DDS）

用相关描述信息（标题，作者，日期）以及描述每个步骤的细微差别的文本嵌入这一点，以及您选择的数据或表格来说明实验设计或结果的相关方面。

将此作为HTML文档，以与您的同事分享。