学习R / Bioconductor用于序列分析

这个包包含2014年秋季入门的培训材料R/Bioconductor课程”的学习R/Bioconductor序列分析”，10月27日至29日，华盛顿州西雅图市提供。

本课程面向初级和中级用户，他们希望了解高通量序列数据使用的分析和理解R和Bioconductor。第一天重点学习基本背景知识:介绍R编程语言;有效使用的中心概念Bioconductor软件;以及对高通量序列分析工作流程的概述。第二天强调使用Bioconductor针对特定任务:RNA-seq差异表达工作流程;探索、机器学习和其他统计任务;基因集富集;和注释。了解管理更大挑战的有效方法:处理大数据的策略，编写可重用的函数，开发可重复的报告和工作流程，以及可视化结果。

该课程将讲授与大量的实际操作结合在一起;学生必须携带一台可无线上网的笔记本电脑和现代版的Chrome或Safari网络浏览器。

计划(初步)

第一天:学习R/Bioconductor

• 9:00 - 10:30介绍R:对象，函数，帮助!
• 11:00 - 12:30介绍Bioconductor:使用包和类
• 1:30 - 5:00(休息时间:3:00 - 3:30)序列分析概论:典型工作流程;数据类型和质量评估;至关重要的Bioconductor包

第二天:使用R/Bioconductor

• 9:00 - 12:30(休息时间:10:30 - 11:00)RNA-seq差异表达工作流程(讲座;实用)
• 下午1:30 -两点其他工作流程(调查):ChIP-seq，变异，拷贝数，表观基因组学
• 下午2 - 3点机器学习;探索性和其他统计分析
• 3 - 4点注释基因、基因组和变异
• 4点- 5点基因集富集的方法

第三天:培养技能和最佳实践

• 9:00 - 10:30处理大数据
• 11:00 - 12:30用函数、文件和包组织代码
• 下午1:30 - 3:00可复制的报告和工作流程
• 3:30 - 4:30可视化
• 4:30 - 5:00总结