GSEABase

DOI:10.18129 / B9.bioc.GSEABase

这是发展GSEABase版本;稳定发布版本请参见GSEABase．

基因集富集数据结构与方法

Bioconductor版本:开发(3.16)

这个包提供了支持基因集富集分析(GSEA)的类和方法。

作者:马丁·摩根，赛斯·法尔肯，罗伯特·绅士

维护者:Bioconductor包维护者< Bioconductor .org>的维护者

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("GSEABase")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“GSEABase”)

PDF	R脚本	GSEABase的介绍
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	去，GeneExpression，GeneSetEnrichment，GraphAndNetwork，KEGG，软件
版本	1.59.0
Bioconductor自	BioC 2.1 (R-2.6)(14.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 2.6.0),BiocGenerics(> = 0.13.8),Biobase(> = 2.17.8),注释(> = 1.45.3)、方法图(> = 1.37.2)
进口	AnnotationDbi，XML
链接
建议	hgu95av2.db，GO.db，org.Hs.eg.db，Rgraphviz，ReportingTools，testthat，BiocStyle，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	AGDEX，BicARE，CCPROMISE，Cepo，cpvSNP，GSVAdata，npGSEA，承诺，splineTimeR，TissueEnrich
进口我	AUCell，BioCor，癌症，类别，categoryCompare，cellHTS2，cosmosR，EnrichmentBrowser，逃避，gep2pep，GISPA，GlobalAncova，GmicR，GSRI，GSVA，MIGSA，miRSM，mogsa，msigdb，oppar，PanomiR，phenoTest，承诺，RcisTarget，ReportingTools，scTGIF，signatureSearch，singleCellTK，singscore，SingscoreAMLMutations，激流回旋，麻雀，TFutils，vissE
建议我	BiocSet，计，globaltest，GOstats，GSAR，GSEAlm，桅杆，phenoTest
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	GSEABase_1.59.0.tar.gz
Windows二进制	GSEABase_1.59.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	GSEABase_1.59.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GSEABase
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GSEABase
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GSEABase/
包下载报告	下载数据