MIGSA

DOI:10.18129 / B9.bioc.MIGSA

这是发展MIGSA版本;稳定发布版本请参见MIGSA．

海量整合基因集分析

Bioconductor版本:开发(3.16)

海量整合基因集分析。MIGSA包允许对多个表达和基因集同时执行大规模和综合的基因集分析。它提供了一个通用的基因表达分析框架，提供了全面和连贯的分析。只需要一个最小的用户参数设置，就可以通过最佳的可用方法，即dEnricher和mGSZ，以综合的方式进行奇异和基因集富集分析。这个大型组学数据工具的最大优势是它提供了几个功能来探索、分析和可视化其结果，以便于在巨大的信息源上进行数据挖掘任务。MIGSA包还提供了几个功能，允许从多个库轻松加载最新的基因集。

作者:Juan C. Rodriguez, Cristobal Fresno, Andrea S. Llera和Elmer A. Fernandez

维护者:Juan C. Rodriguez

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用bio devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("MIGSA")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“MIGSA”)

PDF	R脚本	得到pbcmc数据集
PDF	R脚本	TCGA获得数据集
PDF	R脚本	海量整合基因集分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，GeneSetEnrichment，KEGG，微阵列，RNASeq，软件，可视化
版本	1.21.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (R-3.4)(5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(>= 3.4)，方法，BiocGenerics
进口	AnnotationDbi，Biobase，BiocParallel编译器,data.table，刨边机，futile.logger，ggdendro，ggplot2GO.db,GOstats，图、图形、grDevices、网格、GSEABase，ismev，jsonlite，limma，matrixStatsorg.Hs.eg.db,RBGL，reshape2，Rgraphviz,统计,跑龙套,素食主义者
链接
建议	BiocStyle，breastCancerMAINZ，breastCancerNKI，breastCancerTRANSBIG，breastCancerUNT，breastCancerUPP，breastCancerVDX，knitrmGSZ,MIGSAdata，RUnit
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jcrodriguez1989/MIGSA/
BugReports	https://github.com/jcrodriguez1989/MIGSA/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	MIGSA_1.21.0.tar.gz
Windows二进制	MIGSA_1.21.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	MIGSA_1.21.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MIGSA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MIGSA
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/MIGSA/
包下载报告	下载数据