singleCellTK

DOI:10.18129 / B9.bioc.singleCellTK

这是发展singleCellTK版本;稳定发布版本请参见singleCellTK．

单细胞RNA-Seq数据的综合和交互分析

Bioconductor版本:开发(3.13)

在R控制台中或直接通过浏览器运行常见的单单元分析。包括许多功能的导入，质量控制，规范化，批量校正，聚类，差分表达式，和可视化..

作者:大卫·詹金斯， Vidya Akavoor [aut]， Salam Alabdullatif [aut]， Shruthi Bandyadka [aut]， Emma Briars [aut]、曹信云[aut]， Sebastian Carrasco Pro [aut]， Tyler Faits [aut]， Rui Hong [aut]， Mohammed Muzamil Khan [aut]， Yusuke Koga [aut, cre]， Anastasia Leshchyk [aut]， Irzam Sarfraz [aut]，王一晨[aut]，王哲[aut]， W. Evan Johnson [aut]，约书亚·大卫·坎贝尔[au]

维护者:Yusuke Koga

安装

要安装此包，启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager"， quiet = TRUE)) #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("singleCellTK")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“singleCellTK”)

超文本标记语言	R脚本	1.介绍singleCellTK
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐，聚类，DifferentialExpression，GeneExpression，ImmunoOncology，SingleCell，软件
版本	魅惑
Bioconductor自	BioC 3.7 (R-3.5)(2.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0),SummarizedExperiment，SingleCellExperiment，DelayedArray，Biobase
进口	猿，后面;，BiocGenerics，BiocParallel，colourpicker，色彩，cowplot，集群，ComplexHeatmap，data.table，DelayedMatrixStats，DESeq2，dplyr，DT，ExperimentHub，字段，ggplot2，ggplotify，ggrepel，ggtree，gridExtra，GSVA(> = 1.26.0),GSVAdata，igraph，KernSmooth，limma，桅杆，矩阵，matrixStats、方法、msigdbr，乘，情节，RColorBrewer，ROCR，Rtsne，S4Vectors，嘘，scMerge(> = 1.2.0),食物，修拉(> = 3.1.3),闪亮的，shinyFiles，shinyWidgets，shinyjs，shinyBS，shinyjqui，股东价值分析，reshape2，AnnotationDbi，shinyalert，circlize，enrichR，celda，shinycssloaders，shinythemes，uwot，DropletUtils，scds(> = 1.2.0),网状(> = 1.14),工具,withr，GSEABase，R.utils，zinbwave，scRNAseq(> = 2.0.2),TENxPBMCData，yaml，rmarkdown，magrittr，kableExtra，scDblFinder
链接
建议	testthat，Rsubread，BiocStyle，knitr，lintr，bladderbatch，xtable，拼写，org.Mm.eg.db，stringr
SystemRequirements
增强了
URL	https://compbiomed.github.io/sctk_docs/
BugReports	https://github.com/compbiomed/singleCellTK/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	singleCellTK_2.1.0.tar.gz
Windows二进制	singleCellTK_2.1.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	singleCellTK_2.1.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/singleCellTK
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ singleCellTK
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/singleCellTK/
包下载报告	下载数据