cosmosR

DOI:10.18129 / B9.bioc.cosmosR

这是发展cosmosR版本;稳定版请参见cosmosR．

COSMOS(因果导向的多组空间搜索)

Bioconductor版本:开发(3.17)

COSMOS(因果导向的多组空间搜索)是一种基于信号、代谢和基因调控网络的先验知识，集成磷蛋白组学、转录组学和代谢组学数据集的方法。它估计了转录因子和激酶的活性，并发现了网络水平的因果推理。因此，COSMOS为跨多组学数据集的实验观测提供了机制假设。

作者:Aurélien Dugourd [aut]，阿提拉·加伯[cre]，卡塔琳娜·齐恩布尔[au]

维护者:Attila Gabor < Attila。Gabor在uni-heidelberg.de>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("cosmosR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“cosmosR”)

超文本标记语言	R脚本	cosmosR教程
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CellBiology，GeneSignaling，代谢组学，网络，通路，蛋白质组学，软件，转录组
版本	1.7.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)
进口	狂欢节，多萝西娅，dplyr，GSEABase，igraph，进步，purrr，rlang，stringr跑龙套,visNetwork
链接
建议	testthat，knitr，rmarkdown，钢琴，ggplot2
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/saezlab/COSMOSR
BugReports	https://github.com/saezlab/COSMOSR/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	cosmosR_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	cosmosR_1.7.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	cosmosR_1.7.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cosmosR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/cosmosR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/cosmosR/
软件包下载报告	下载数据