phenoTest

DOI:10.18129 / B9.bioc.phenoTest

这是发展表型测试版本;稳定版请参见phenoTest．

以高效、结构化、快速和可扩展的方式测试基因表达和表型之间关联的工具。我们也提供工具做GSEA(基因集富集分析)和拷贝数变异。

Bioconductor版本:开发(3.16)

以高效、结构化、快速和可扩展的方式测试基因表达和表型之间相关性的工具。还提供了GSEA。

作者:evalist Planet

维护者:evalist行星< evalist。行星在epfl.ch>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("phenoTest")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“phenoTest”)

PDF	R脚本	phenoTest库手册
PDF		参考手册

细节

biocViews	分类，聚类，DifferentialExpression，微阵列，MultipleComparison，软件
版本	1.45.0
在Bioconductor	BioC 2.8 (R-2.13)(11年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 3.6.0)，Biobase、方法、注释，Heatplus，BMA，ggplot2，Hmisc
进口	生存，limma，gplots，类别，AnnotationDbi，hopach，biomaRt，GSEABase，genefilter，xtable，注释，mgcv，hgu133a.db，椭圆
链接
建议	GSEABase，GO.db
SystemRequirements
增强了	平行,org.Ce.eg.db，org.Mm.eg.db，org.Rn.eg.db，org.Hs.eg.db，org.Dm.eg.db
URL
全靠我
进口我	癌症
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	phenoTest_1.45.0.tar.gz
Windows二进制	phenoTest_1.45.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	phenoTest_1.45.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/phenoTest
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/phenoTest
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/phenoTest/
软件包下载报告	下载数据